1L55A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLNAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l55A00
2F32A 1L71A 228LA 172LA 3GUKA 3NYAA 247LA 3C83A 4ARMA 2O79A 3DN3A 1PQJA 119LA 1DYFA 1C6KA 226LA 3C82A 1L00A 1L09A 3QAKA 2RB0X 5LZMA 1L88A 1QUOA 1ZWNA 2QARC 3OE9A 1C6HA 190LA 1G06A 219LA 118LA 2Q9DA 166LA 142LA 1C6LA 1D9WA 1P5CA 3SBBC 3GUIA 5I14A 122LA 2B6YA 1CV3A 216LA 1L30A 2OU8A 4I7SA 4I7JA 1L27A 3DMZA 4I7RA 1CU5A 4W58A 3F8VA 4EKRA 1DYBA 4EPFA 3G3WA 1XJUA 3PDSA 1EPYA 184LA 1P46A 1L15A 4W59A 262LA 4LZMA 1LW9A 1C69A 1P6YA 1C6QA 1L68A 2OEAX 1T8GA 1I6SA 1OV5A 2F2QA 1L97A 223LA 3UONA 3DMVA 1T6HA 4EKQA 3HT9A 1D3NA 1QTBA 111LA 220LA 1L50A 1L86A 2LC9A 3PBLA 1L37A 1L35A 1LGWA 3HH4A 103LA 1L60A 1QTVA 131LA 2B74A 3C7ZA 2O7AA 1KS3A 1CX6A 1L48A 3EMLA 1QS9A 1TLAA 2RB2X 3HTGA 3DN1A 188LA 1CV6A 4YX7C 1C6JA 1C6DA 4YXCA 1L96A 1PQKA 3L64A 1P7SA 112LA 3VW7A 1QUGA 3DMXA 4ARQB 4I7LA 1CU2A 3HT7A 1P2RA 4IAPA 162LA 3ODUA 168LA 180LA 4AQNA 3C7WA 176LA 109LA 3RUNA 237LA 254LA 1L89A 3GULA 4W53A 1C6BA 3C8RA 4I7KA 1CU3A 1L08A 4I7OA 1L63A 1SSWA 1G1VA 2RAYX 4W57A 4W52A 1G0KA 1PQOA 126LA 1C65A 130LA 3HDFA 1PQIA 2CUUA 4E97A 2RBPA 241LA 3DN6A 4W55A 1LI3A 115LA 113LA 214LA 4ARJA 1LYGA 3CDRA 1XJTA 212LA 171LA 1CV1A 128LA 1L85A 1KW7A 2RH1A 4S0WA 217LA 2F47A 1B6IA 2OTYX 1C6GA 1QUDA 170LA 2Z6BA 1L91A 201LA 206LA 3SB6A 4K5YA 197LA 1KY0A 1L16A 235LA 2NTGA 1C64A 1C67A 3HTBA 3HDEA 192LA 1L84A 1CV5A 1OYUA 1L79A 152LA 108LA 4EPIA 4YXAC 2OE7X 107LA 196LA 2ANXA 1L45A 2LZMA 1L43A 1C6EA 1L0JA 3HU8A 1L73A 1L82A 258LA 156LA 140LA 225LA 3C7YA 1L42A 1L74A 2OU9A 2IGCA 251LA 4W54A 2L78A 1CV4A 1LI2A 1L40A 169LA 1L90A 1C66A 4ARMB 3NY8A 1L01A 238LA 211LA 3HH5A 1C61A 3HU9A 2B72A 1L11A 4I7NA 1CU6A 1L36A 1G0MA 2RBSA 1L05A 1L21A 3DN8A 1L02A 3FA0A 195LA 1L75A 2NTHA 3SN6R 3HT8A 1T8FA 1QTZA 2B70A 3SB9A 1L38A 1P56A 259LA 1ZYTA 3HUAA 1KW5A 181LA 3HH6A 1CV0A 1D3FA 256LA 1D2WA 1JQUA 1L81A 1L03A 242LA 1L07A 1G1WA 1C6TA 1L39A 1OWZA 3K2RA 2A4TA 1L67A 1L69A 4LDOA 1PQDA 1L34A 1G07A 210LA 6LZMA 1L22A 1OVJA 4PJZA 1L46A 1QT7A 4I7TA 178LA 1L80A 1L66A 4DAJA 147LA 250LA 2HULA 3C8QA 1JTMA 161LA 1L93A 4PK0A 4EJ4A 3L2XA 198LA 3SBAA 227LA 1SX7A 1ZURA 248LA 1LGUA 2OTZX 3G3VA 1L24A 3CDVA 3DKEX 2RBNA 3HTFA 1L54A 249LA 2B73A 146LA 3V2YA 1CUQA 4I7QA 230LA 1QT8A 127LA 1L83A 129LA 1L59A 4I7MA 3D4SA 2B6XA 3SB5A 144LA 164LA 159LA 3OE0A 1C6FA 1QSQA 3HT6A 1D2YA 191LA 1QT3A 1QT5A 252LA 143LA 182LA 1C68A 1L06A 1SX2A 1G0LA 1LGXA 1DYEA 2RB1X 1LYDA 4GRVA 1QSBA 2RBRA 1L55A 1LLHA 1T97A 215LA 3LZMA 2OU0X 1L10A 1L04A 2Q9EA 1LYFA 1JTNA 1CX7A 1QS5A 3FI5A 1G0PA 1C6MA 2B7XA 7LZMA 1L49A 1DYCA 4LDLA 1G0JA 1L87A 4DJHA 185LA 1OVKA 2OE9X 2B6ZA 1CTWA 1KNIA 1L20A 158LA 1LWKA 138LA 1SSYA 213LA 189LA 2RBQA 1CU0A 1P37A 1L77A 177LA 3HUKA 1L25A 4I7PA 175LA 1WTHA 1XEPA 244LA 1P3NA 1C6NA 1LYEA 4EKPA 260LA 1LYHA 1L76A 2B75A 1D3JA 3SB7A 1L65A 1L29A 1C6PA 1QTCA 1SWYA 3NY9A 1L14A 209LA 1NHBA 236LA 245LA 3GUNA 3DN2A 3GUMA 3HUQA 3CDTA 2RAZX 1LYIA 1DYGA 2QB0B 1DYAA 110LA 1D3MA 3F9LA 3HWLA 1DYDA 3SB8A 1L72A 1CUPA 1P36A 114LA 1QT4A 1L94A 1QUHA 4ZPUA 1LI6A 3DN0A 1QTHA 4EKSA 163LA 3JR6A 4GBRB 160LA 3RZEA 145LA 1L61A 165LA 3C81A 3CDQA 1OV7A 3C8SA 4ARQA 150LA 246LA 4LDEA 4W51A 2HUKA 257LA 123LA 218LA 120LA 1K28A 1L23A 3DNAA 221LA 253LA 3HH3A 205LA 4ARLA 1OWYA 1L57A 1KY1A 1C63A 2LCBA 1P64A 4W56A 1PQMA 222LA 2HUMA 3V2WA 243LA 3GUPA 3HTDA 2RBOA 1C60A 1L92A 4EXMA 1L70A 1L44A 1P2LA 3CDOA 1SWZA 1C62A 125LA 1T8AA 232LA 255LA 1L32A 1L41A 1G0GA 1C6IA 3C80A 1L12A 1L52A 2ANVA 1L0KA 139LA 1LWGA 1QTDA 1L98A 155LA 1CVKA 1L26A 1QT6A 234LA 240LA 229LA 1L51A 1L17A 1L62A 149LA 2B6TA 1L13A 1L95A 141LA 1C6AA 1G0QA 4OO9A 1LPYA 224LA 183LA 157LA 148LE 1L64A 186LA 102LA 173LA 3GUJA 187LA 1L28A 4ARPA 2OE4X 137LA 3FADA 1L53A 1L99A 3DN4A 167LA 3GUOA 3G3XA 3OE6A 1OVHA 1C6CA 151LA 1L18A 1L31A 1L56A 174LA 200LA 1L58A 4DKLA 239LA 2B6WA 231LA 199LA 1L19A 2O4WA 1L33A 261LA 1L47A 233LA 104LA 1LYJA 3OE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GXRA 3N9EA 4DYGA 5LVGA 3NYAA 247LA 3C83A 4ARMA 1J1PY 1GBYA 3LN2A 5L3IA 4M6DA 1GFTA 4NGWA 1LSEA 5LZMA 1L88A 2HUBA 1QUOA 4LT1A 1GB7A 2MEBA 1IR7A 190LA 1UICA 5IDDA 1D9WA 1DKJA 1CV3A 216LA 2DQHY 4I7JA 1L27A 4OWCA 2LYZA 1IP6A 6LYZA 1IORA 1UBZA 1EPYA 3PDSA 184LA 4I8SA 1B0DA 1GFEA 4PRUA 1P6YA 2OEAX 1T8GA 3WPJA 3B0KA 4OOTA 2H9JA 3DMVA 2I25L 1HMLA 1LJ3A 111LA 1L86A 5F14A 4GCDA 1QSWA 4ANRA 5KXKA 3ATNA 131LA 3C7ZA 1RJCB 1L48A 1CX6A 3RZ4A 2EQLA 1GF8A 5KJ9A 3HTGA 5KKJA 2LYOA 5APFA 1CV6A 5HMVA 1C6JA 1BWIA 1IEEA 1GFHA 3WPLA 3EO5A 1XGTC 3L64A 1P7SA 1J1XY 1B5ZA 3WUMA 2DQEY 1CU2A 3HT7A 4NHQA 162LA 3P64A 2D4KA 180LA 176LA 1FLWA 1QDTA 4W53A 1GAYA 4W94A 1C6BA 3C8RA 3WL2A 2BQDA 1CU3A 5I54A 2YBHA 1G1VA 4WLTA 4DD0A 4RDSA 3QNGA 1QDRA 3TXKA 1PQIA 5DL9A 4E97A 3RNXA 1XFPL 3OJPA 2YSSC 113LA 5HNCA 4WO6A 171LA 2RH1A 4PHIA 4GN3A 217LA 2F47A 2OTYX 2Z12A 2XBRA 1JITA 1JSEA 201LA 4YF2A 1IOCA 197LA 1L84A 1GF4A 4CJ2A 4N5RA 4BAFA 5FDJA 3P4ZA 1NMMA 2OE7X 2ZIKA 1PZYA 2D4JA 3HU8A 4HV1A 5ILFA 1GFKA 1L74A 1W08A 4HTNA 2EIZC 2L78A 1HFZA 1L40A 3WW6A 1L90A 4ARMB 1DZBX 1LJJA 3NY8A 5LINA 1C61A 3HU9A 1GB8A 2MECA 1NBYC 1WQPA 1L05A 3DN8A 4HJYA 1D6PA 1IWWA 5I4WA 1EQ4A 1T8FA 1QTZA 4HSFA 1P56A 3W6BA 5LIOA 256LA 1D2WA 135LA 1CKCA 4WG7A 2RSCA 1CKHA 4QEQA 4NGZA 1PQDA 4DWXA 1G07A 1OUEA 1B5UA 4U3XB 2HEEA 1L46A 1QT7A 1YAOA 4I7TA 1JHLA 4WMGA 178LA 3N9CA 2HULA 5II3A 3C8QA 1SQ2L 1JTMA 4LYTA 1AT5A 1DPXA 1L93A 3L2XA 1YKZX 2XBSA 1LOZA 1YL1X 1REXA 1G7IC 3DKEX 3HTFA 1JKDA 249LA 2N5ZA 3V2YA 1CUQA 4OWAA 4I7QA 230LA 4Z3MA 2B6XA 3SB5A 144LA 2CGIA 1C6FA 1C68A 1L06A 1RE2A 1SX2A 4NGYA 4B0DA 1GFJA 1LLHA 2BQCA 3LZ2A 4NGVA 3WU8A 3FI5A 4G49A 1G0PA 2LZTA 2B7XA 7LZMA 4LDLA 2OE9X 3M3UA 5C6IA 1B7MA 158LA 1OUJA 4YEMA 1GXV2 4GLVA 4LYZA 189LA 1BB3A 1FKVA 5LYMA 2HECA 3HUKA 4I7PA 244LA 260LA 1LYHA 1L76A 3G3BB 1QTCA 4NHIA 1SWYA 4ETCA 5I53A 4ZIXA 1L14A 236LA 245LA 1YIKA 4LYOA 2Z19A 1H87A 3LYZA 4O34A 2RAZX 110LA 1D3MA 3RT5X 2F4GA 5LVIA 1CUPA 1P36A 1L94A 1QUHA 4ZPUA 1UIGA 1ZMYL 1UUZC 1QTHA 4GN4A 163LA 3JR6A 4GBRB 1RCMA 3C81A 5KXMA 1EL1A 4ARQA 1DI4A 218LA 1LZ1A 1L23A 1BWHA 2Z37A 4KT3A 1C63A 2LCBA 3V2WA 4NGIA 1LSDA 243LA 4H92A 1C46A 1C60A 1L92A 1SLYA 4B49A 3W3EA 4H9BA 3CDOA 1NF5A 4XJDA 232LA 1L41A 1OUBA 4DQ5A 1C6IA 1L52A 2ZWBA 1L0KA 4KXIA 1LHLA 139LA 1T6VL 2BQLA 1CVKA 240LA 229LA 1G7LC 1UIBA 1L17A 3A8ZA 1G0QA 5B05A 4MCKA 1L64A 187LA 2OE4X 3FADA 1GF7A 1YILA 3GUOA 3G3XA 4FJRA 151LA 1L18A 2W1MA 3TXDA 3ZEKA 1GBZA 1NKHA 239LA 2B6WA 1L19A 2F32A 5KXZA 4EOFA 2ZQ3A 3GUKA 4OOOA 1MELL 4HTKA 4NGOA 3HFMY 119LA 1DYFA 3C82A 226LA 2LYMA 1HMKA 1B7NA 1LZ9A 2DQDY 3KAMA 5C6JA 4LT2A 1C6HA 1G06A 1LSCA 1WVUA 219LA 2ZNXY 1BB7A 1HERA 2W1YA 1P5CA 4B4JA 1IO5A 122LA 4NSGA 2B6YA 3TMVA 3DMZA 2W1XA 1GF3A 3F8VA 4EKRA 4J7VA 1LSFA 4NSIA 1LHKA 1XJUA 5L3HA 4DD7A 3QE8A 4RW2A 262LA 1C69A 1JJ0A 3A6BY 1WQQA 4H8XA 4HPIA 2F2QA 1D0KA 4PRQA 1L97A 223LA 3UONA 1LSNA 4EKQA 3HT9A 1D3NA 1OUAA 3TMXA 5K7OA 2LC9A 1BVKC 4OWEA 1LZ5A 1LGWA 4BS7A 208LA 2MEEA 2F4AA 1Z55A 2B74A 1LMPA 1JWRA 1B2KA 2Z39A 1HEMA 3OK0A 1TLAA 2RB2X 4NGLA 2B5ZA 1OUDA 188LA 194LA 1B5WA 2XJWA 1C6DA 4YXCA 112LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GXR A;  3N9E A;  4DYG A;  5LVG A;  3NYA A;  247L A;  3C83 A;  4ARM A;  1J1P Y;  1GBY A;  3LN2 A;  5L3I A;  4M6D A;  1GFT A;  4NGW A;  1LSE A;  5LZM A;  1L88 A;  2HUB A;  1QUO A;  4LT1 A;  1GB7 A;  2MEB A;  1IR7 A;  190L A;  1UIC A;  5IDD A;  1D9W A;  1DKJ A;  1CV3 A;  216L A;  2DQH Y;  4I7J A;  1L27 A;  4OWC A;  2LYZ A;  1IP6 A;  6LYZ A;  1IOR A;  1UBZ A;  1EPY A;  3PDS A;  184L A;  4I8S A;  1B0D A;  1GFE A;  4PRU A;  1P6Y A;  2OEA X;  1T8G A;  3WPJ A;  3B0K A;  4OOT A;  2H9J A;  3DMV A;  2I25 L;  1HML A;  1LJ3 A;  111L A;  1L86 A;  5F14 A;  4GCD A;  1QSW A;  4ANR A;  5KXK A;  3ATN A;  131L A;  3C7Z A;  1RJC B;  1L48 A;  1CX6 A;  3RZ4 A;  2EQL A;  1GF8 A;  5KJ9 A;  3HTG A;  5KKJ A;  2LYO A;  5APF A;  1CV6 A;  5HMV A;  1C6J A;  1BWI A;  1IEE A;  1GFH A;  3WPL A;  3EO5 A;  1XGT C;  3L64 A;  1P7S A;  1J1X Y;  1B5Z A;  3WUM A;  2DQE Y;  1CU2 A;  3HT7 A;  4NHQ A;  162L A;  3P64 A;  2D4K A;  180L A;  176L A;  1FLW A;  1QDT A;  4W53 A;  1GAY A;  4W94 A;  1C6B A;  3C8R A;  3WL2 A;  2BQD A;  1CU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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