1L58A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTANRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the Interaction between Charged Side Chains and the Alpha-Helix Dipole Using Designed Thermostable Mutants of Phage T4 Lysozyme
rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l58A00
1L42A 4W59A 137LA 1D3JA 3HT6A 2RBOA 4I7PA 1C6BA 1OWZA 2OE7X 4PK0A 143LA 1CV6A 2LC9A 250LA 252LA 1LWGA 112LA 1L27A 1L58A 2B6TA 1L61A 5LZMA 3VW7A 4EKPA 4ZPUA 1QT5A 1C65A 1L56A 1L62A 1L59A 1D2YA 245LA 184LA 4I7QA 3HT7A 1LYJA 1DYCA 1L43A 1L73A 1JQUA 1PQMA 1P36A 4ARJA 1L75A 1L72A 181LA 213LA 256LA 3HTFA 4OO9A 3DMVA 226LA 239LA 1P37A 3CDTA 144LA 4EKRA 3G3XA 1JTMA 1L09A 3HUAA 1QSBA 248LA 1LYDA 1LI6A 200LA 254LA 1QT3A 120LA 1G1VA 168LA 2RBPA 192LA 224LA 1QT4A 1LPYA 2B74A 3OE8A 1LYGA 1C6EA 1L10A 3HDEA 1KY0A 107LA 1QUHA 1SX2A 2Q9DA 1OVHA 2RBSA 1T8FA 2QARC 244LA 186LA 3C81A 3NYAA 3OE6A 4DKLA 1C68A 1L67A 1LI3A 3SB5A 259LA 1L36A 1L15A 3F8VA 187LA 1ZURA 164LA 3PDSA 130LA 1L83A 206LA 2B6WA 1SWYA 1SWZA 1L38A 1L53A 2B72A 1KY1A 115LA 102LA 3DNAA 1L91A 4W52A 3HUKA 2F32A 4EPIA 3D4SA 4ARQA 3CDQA 3HH6A 246LA 225LA 1L44A 221LA 160LA 4I7OA 214LA 1DYGA 3HDFA 3C8QA 191LA 235LA 4W58A 3C83A 3HTDA 1L0KA 4W55A 2HULA 1C60A 1PQDA 1T97A 1QTCA 4AQNA 1CU5A 198LA 4GRVA 173LA 123LA 1L05A 1C6GA 1C6KA 1L31A 1L41A 4I7TA 1SSYA 1L25A 1C6AA 167LA 1L96A 175LA 1CTWA 1L14A 247LA 261LA 1L20A 1L81A 3FI5A 114LA 4I7SA 1G1WA 1G0LA 2Z6BA 3SB6A 1CU0A 3DMXA 1T8GA 108LA 1L33A 1L06A 3HTBA 155LA 1L16A 2HUKA 1L13A 3L2XA 3L64A 1KNIA 1QUDA 1LI2A 1QT7A 3NY8A 1C66A 217LA 2OE9X 111LA 4I7RA 3SN6R 1G0QA 1L49A 1OWYA 1L0JA 163LA 1L18A 3GULA 3DN3A 4LDEA 3EMLA 253LA 1L11A 1L39A 156LA 1C6QA 220LA 2B6XA 3C8RA 1CV0A 1L99A 1L08A 3SB7A 1L02A 4EXMA 4ARPA 1XJUA 128LA 1B6IA 2RBNA 1P3NA 3OE9A 2RAYX 215LA 4GBRB 1L57A 1LGUA 1L71A 4YX7C 1QTBA 1L24A 1G0MA 1D3FA 1C6MA 262LA 3F9LA 1LYEA 1PQJA 1L60A 1XJTA 1L98A 1L66A 1C63A 1QTDA 176LA 2O79A 1G0JA 1LWKA 169LA 1QTZA 129LA 119LA 188LA 258LA 4I7MA 4W56A 1L90A 122LA 1CV3A 1LGWA 3CDRA 1OVJA 1P6YA 127LA 241LA 1G07A 3C7ZA 4S0WA 126LA 1L46A 1L52A 1LYFA 172LA 1KS3A 2IGCA 3HH3A 1QUOA 2B6YA 1P64A 1CUQA 3CDOA 2O7AA 2NTHA 219LA 2RB1X 3GUMA 4W54A 1L51A 162LA 3K2RA 2L78A 118LA 257LA 1LGXA 2OU8A 2RH1A 4K5YA 1D9WA 1C6TA 1C6LA 3OE0A 1L64A 1L86A 3RZEA 1L93A 1L77A 1P2LA 3DN6A 1L76A 3GUOA 3HH4A 1KW7A 3DN2A 1L70A 149LA 3V2WA 1L29A 1JTNA 1QS9A 1QTVA 1CV4A 2ANVA 165LA 1SSWA 1CU6A 1L50A 4W51A 2B70A 3C7WA 157LA 190LA 3DN1A 1L17A 3G3VA 1XEPA 236LA 4IAPA 1L47A 1L97A 210LA 1P5CA 185LA 1P56A 238LA 260LA 199LA 158LA 161LA 1C6JA 1L88A 140LA 1L95A 1KW5A 180LA 1L00A 1CVKA 3HUQA 222LA 1OYUA 1L04A 2B73A 2CUUA 3G3WA 3GUNA 4PJZA 1C64A 1WTHA 4ARQB 4I7JA 2QB0B 2RAZX 1C6CA 1P2RA 5I14A 2RBQA 178LA 1C6DA 211LA 170LA 2F47A 1QSQA 4DAJA 1L12A 1QT8A 1PQIA 228LA 3GUKA 223LA 1L85A 212LA 2NTGA 3HH5A 2OU9A 1L74A 4ARMB 2OTYX 4E97A 6LZMA 3C7YA 4EKSA 1C6IA 1D2WA 1L48A 3SB8A 1CU2A 1CUPA 1OV5A 1OV7A 1SX7A 1ZWNA 201LA 1L69A 1PQOA 2ANXA 3DN4A 3HU8A 3CDVA 151LA 7LZMA 1CU3A 3GUIA 1DYBA 1QS5A 1K28A 4YXCA 3GUPA 1C6PA 234LA 1L55A 4EJ4A 2LCBA 1C62A 3DN8A 4W53A 1LYIA 2A4TA 1L34A 148LE 2B6ZA 1L26A 2OTZX 1L87A 1NHBA 230LA 113LA 249LA 147LA 3DN0A 3SBBC 1L40A 138LA 1L92A 1DYFA 1DYEA 1C69A 3NY9A 166LA 3SB9A 4I7KA 1L80A 171LA 1G06A 209LA 4LDOA 1L22A 1L84A 1TLAA 1L82A 1OVKA 1QTHA 3C8SA 3LZMA 1L07A 1C6HA 4YXAC 1P46A 2O4WA 1L32A 1L45A 1LYHA 3C82A 1C61A 255LA 1L65A 231LA 2B7XA 104LA 1I6SA 1T6HA 4DJHA 1L28A 4ARLA 1D3NA 1ZYTA 1C6FA 1CX6A 183LA 1P7SA 4I7NA 3DMZA 3FADA 109LA 1L21A 1L19A 216LA 2LZMA 240LA 3DKEX 3UONA 4EPFA 2F2QA 1CX7A 1T8AA 3C80A 1L35A 1QUGA 1L79A 3QAKA 2HUMA 1G0PA 150LA 1L68A 1QT6A 243LA 3HTGA 1LLHA 2RB2X 139LA 3FA0A 1L54A 205LA 1L94A 159LA 242LA 1CV5A 197LA 1G0KA 1L89A 1L23A 2OE4X 3GUJA 3ODUA 2RB0X 4LDLA 1L03A 182LA 131LA 1L37A 1D3MA 251LA 2OU0X 174LA 3SBAA 218LA 4ARMA 1L63A 196LA 1DYAA 110LA 2B75A 1C6NA 3HT9A 4LZMA 237LA 146LA 141LA 3HWLA 1EPYA 4EKQA 1G0GA 1C67A 3HT8A 125LA 233LA 1LW9A 3RUNA 3JR6A 1L01A 4W57A 152LA 189LA 177LA 3PBLA 145LA 232LA 2RBRA 142LA 195LA 103LA 2OEAX 229LA 227LA 4I7LA 2Q9EA 1CV1A 1DYDA 1L30A 3HU9A 3V2YA 1PQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT2A 4KXIA 1C08C 4PK0A 2LC9A 1LWGA 1LZGA 112LA 1GAZA 2DQDY 2B6TA 3ATOA 4ZPUA 1JIYA 4N9RA 2Z39A 3LYOA 1QT5A 1L59A 1D2YA 4GN5C 4QGZA 3AZ6A 1LYJA 1L43A 1L73A 1IP3A 1HEWA 1P36A 4ARJA 4DDAA 1L75A 1GFAA 1DQJC 1LZAA 1JJ3A 1WVVA 3CDTA 144LA 1IC4Y 1B7QA 4ZIXA 2BQHA 4N0JA 1LMAA 2DQAA 248LA 1AT6A 3RU5A 3LYMA 1JTOL 7LYZA 3ZVQB 2ZYPA 2B74A 4J0LA 1LYGA 1QUHA 4NHIA 2RBSA 1T8FA 1OUDA 244LA 4HPIA 3OE6A 2ZQ4A 4CGEA 4YENA 259LA 4WG1A 1L15A 2CJLA 1GB6A 1JKBA 2BQCA 2B6WA 3TXKA 5KXYA 5LVIA 4DYGA 1SWZA 1KY1A 1JTPL 5KXTA 2F32A 1LSCA 4LYMA 3B0IA 1KXWA 3HTDA 3W6CA 1WVUA 4W55A 4H8YA 3D9AC 2HULA 1C60A 1VDPA 1PQDA 1T97A 1LCNA 1QTCA 1F6RA 1CU5A 173LA 3RT5X 4BS7A 3A94A 1L25A 1C6AA 4KT3A 1L96A 175LA 1CTWA 1L14A 2Z37A 247LA 1LZ1A 154LA 3FI5A 5A3EA 4I7SA 1QSAA 1G0LA 2ZIKA 1DKJA 1CU0A 3DMXA 1T8GA 5C6IA 1L06A 1G7MC 4XYYA 1L16A 4GCDA 4OWHA 5LA5A 1LSPA 1IEEA 4RLNA 3NY8A 3SN6R 2LZ2A 3TXBA 3GULA 3DN3A 3EMLA 3AGHA 1L11A 1GXXA 3A95A 156LA 3C8RA 2DQHY 5I4WA 1L08A 3SB7A 2D4IA 1XJUA 1N4FA 1B6IA 1XGTC 4OWBA 4M4OA 3LHMA 6LYZA 1L71A 4C3WA 1JKCA 3ZVQA 1D3FA 1KIQC 3F9LA 4NGZA 1LYEA 2C8OA 1L60A 4LYTA 1J1OY 5IDDA 5T3FA 129LA 2XBSA 4I7MA 2BPUA 5ILFA 1OVJA 1P6YA 4DT3A 4BADA 1FN5A 3J6KA 1L46A 1TCYA 5DN4A 1L52A 3A3QA 1GE0A 1KS3A 2HEFA 3A8ZA 4H9IA 3GUMA 1JTTL 162LA 1YL1X 257LA 2RH1A 2BQDA 1IR8A 3A34A 5M1YA 3F6ZA 1L86A 4IJ4A 1P2LA 3HH4A 1KW7A 3DN2A 1L70A 3AYQA 3V2WA 1L29A 1UIEA 1IOCA 4HP0A 1QTVA 4N1EI 1CV4A 165LA 3J4GA 1SLYA 1LSEA 2MEIA 1DZBX 2FYCA 3A3RX 1XEPA 236LA 1HENA 5FEKA 4WMGA 1BGIA 3HBDA 1BHZA 3N9EA 158LA 1GEVA 3CT5A 5APDA 180LA 1GD6A 2BQEA 3WUAA 3HUQA 1LSYA 2B73A 2BQGA 1YAPA 1WTHA 1P2RA 2D4JA 5I14A 2RBQA 4H9FA 211LA 1OUFA 4ZFPA 4DAJA 2I6ZA 4DQ5A 3A6CY 3WMKA 4H9EA 5LAGA 1OUJA 1GFGA 1RCMA 1V7SA 4P2EA 1T6VL 3OK0A 1HELA 1GF4A 201LA 1IP5A 3DN4A 1BB6A 3AZ7A 1TDYA 1QSWA 5I53A 1F0WA 4YXCA 1XEKA 234LA 1L55A 1D0MA 2LCBA 3DN8A 4W53A 3GXKA 2B6ZA 1L26A 2G4NA 3KAMA 1D9UA 1LSMA 230LA 1GFTA 1QTEA 3WW5A 1L40A 3EO5A 1LMNA 166LA 1GBWA 1JISA 1L80A 2W1MA 1G06A 1LOZA 2HU3A 1L22A 1OP9B 1L82A 1GBXA 3C8SA 3LZMA 3A67Y 2O4WA 3WL2A 4EMNA 2LYOA 1LZ8A 1RE2A 2B7XA 4OWAA 1GF0A 2IHLA 4G9SA 1UICA 3VWOA 2RSCA 2DQGY 4I7NA 3FADA 109LA 1L19A 240LA 5KXKA 5D5CA 1OUIA 4LYOA 2MEBA 4GCEA 4W94A 1CKCA 1D0KA 1QUGA 3QAKA 2Y8PA 3AB6A 5F9UA 1B5UA 4XJDA 3AZ5A 243LA 4WO6A 1L94A 242LA 1CV5A 2HEAA 1HNLA 4RDSA 1RFPA 2OE4X 4CFPA 5KJ9A 3GUJA 1HC0A 3ODUA 4LDLA 1B5VA 1D3MA 4B4IA 3TXJA 1JPOA 1HFZA 174LA 1XSFA 4LYCA 1JEFA 1OUAA 1NDMC 1GFEA 1LSFA 4XJHA 1IWWA 1BVXA 1LKSA 3HT9A 237LA 141LA 3EBAB 4EKQA 1G0GA 5I5QA 1C67A 1ZVYB 1LW9A 3JR6A 4W57A 3N9AA 2XBRA 3LZ2A 2G4QA 145LA 232LA 2RBRA 4H92A 1GE2A 1LZEA 4J1AA 3TMVA 3HU9A 3V2YA 4B4JA 5B05A 1PQKA 1HEPA 1L42A 1AZFA 137LA 4H8ZA 1D3JA 1MELL 3HT6A 2RBOA 4H90A 4I7PA 1C6BA 2OE7X 1CV6A 250LA 252LA 1QDTA 4O34A 4G49A 1L58A 3AW7A 3LYZA 4EKPA 1IWUA 4TSCA 1WQMA 1C65A 4RLMA 2Z12A 245LA 184LA 3A91A 1DYCA 1LMOA 3W6FA 1L72A 181LA 2LZTA 4OO9A 5B06A 239LA 1IWZA 1LZYA 1J1XY 208LA 1JTMA 1LZBA 1JJ0A 200LA 1WQRA 4DD2A 254LA 1QT3A 120LA 3IJUA 1DI5A 1LPYA 1GEZA 1WTNA 1GWDA 1L10A 1KY0A 4NGVA 3M18B 3B0OA 4IASA 4ET9A 186LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LT2 A;  4KXI A;  1C08 C;  4PK0 A;  2LC9 A;  1LWG A;  1LZG A;  112L A;  1GAZ A;  2DQD Y;  2B6T A;  3ATO A;  4ZPU A;  1JIY A;  4N9R A;  2Z39 A;  3LYO A;  1QT5 A;  1L59 A;  1D2Y A;  4GN5 C;  4QGZ A;  3AZ6 A;  1LYJ A;  1L43 A;  1L73 A;  1IP3 A;  1HEW A;  1P36 A;  4ARJ A;  4DDA A;  1L75 A;  1GFA A;  1DQJ C;  1LZA A;  1JJ3 A;  1WVV A;  3CDT A;  144L A;  1IC4 Y;  1B7Q A;  4ZIX A;  2BQH A;  4N0J A;  1LMA A;  2DQA A;  248L A;  1AT6 A;  3RU5 A;  3LYM A;  1JTO L;  7LYZ A;  3ZVQ B;  2ZYP A;  2B74 A;  4J0L A;  1LYG A;  1QUH A;  4NHI A;  2RBS A;  1T8F A;  1OUD A;  244L A;  4HPI A;  3OE6 A;  2ZQ4 A;  4CGE A;  4YEN A;  259L A;  4WG1 A;  1L15 A;  2CJL A;  1GB6 A;  1JKB A;  2BQC A;  2B6W A;  3TXK A;  5KXY A;  5LVI A;  4DYG A;  1SWZ A;  1KY1 A;  1JTP L;  5KXT A;  2F32 A;  1LSC A;  4LYM A;  3B0I A;  1KXW A;  3HTD A;  3W6C A;  1WVU A;  4W55 A;  4H8Y A;  3D9A C;  2HUL A;  1C60 A;  1VDP A;  1PQD A;  1T97 A;  1LCN A;  1QTC A;  1F6R A;  1CU5 A;  173L A;  3RT5 X;  4BS7 A;  3A94 A;  1L25 A;  1C6A A;  4KT3 A;  1L96 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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