1L59A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGENGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l59A00
4YXAC 238LA 1L98A 1G06A 1CV1A 126LA 1L47A 3C8QA 4W53A 1QT6A 252LA 1L99A 1L51A 197LA 1SWZA 1L69A 2OE9X 1L45A 247LA 3PDSA 4W52A 3DKEX 2F2QA 1QUHA 1QUGA 1EPYA 1G0JA 3DN1A 1L62A 3HH5A 2NTHA 3L64A 1L01A 1L82A 1CTWA 4W58A 1L30A 1L79A 1CX6A 3HWLA 258LA 201LA 1LPYA 7LZMA 169LA 174LA 1L77A 102LA 1DYFA 173LA 1L60A 1L07A 205LA 196LA 2QB0B 1P5CA 210LA 2RBRA 3SB5A 1CV4A 1LI2A 1L91A 1C6NA 3C81A 152LA 4OO9A 3GUKA 2B6ZA 1L90A 1D3MA 1L63A 3SB6A 1OWZA 3FADA 4EKQA 1L86A 1L73A 1PQDA 2NTGA 1L04A 4W55A 245LA 1D3FA 3DN0A 3G3XA 251LA 234LA 235LA 104LA 1L68A 3HDFA 2B74A 1QT8A 138LA 185LA 170LA 3HUKA 4DJHA 3G3VA 1L06A 1DYDA 1P37A 1C6AA 2Q9DA 109LA 1L20A 119LA 3C82A 177LA 2RBSA 1C6QA 143LA 1L84A 2OU0X 141LA 4LDEA 1L81A 3EMLA 4W56A 1QS5A 1QTBA 3SBBC 4EKRA 3CDQA 4W59A 228LA 3DMVA 156LA 4I7PA 2RBPA 1P7SA 4I7NA 1C68A 159LA 1C6DA 246LA 3HTDA 255LA 1PQIA 4IAPA 113LA 1C6BA 3F8VA 1L57A 1L22A 3RZEA 158LA 1QSQA 107LA 1LWGA 3GUIA 1B6IA 1C6LA 1QTDA 243LA 1T8FA 1L43A 1KS3A 4EPFA 1L42A 1OWYA 1PQKA 189LA 2OTZX 4ARQA 122LA 218LA 4W57A 1L54A 171LA 1KY1A 1T6HA 1KY0A 217LA 227LA 1C6KA 164LA 1SSWA 172LA 1L89A 1L72A 1QUDA 1QT4A 125LA 3HU8A 2RBQA 4ZPUA 181LA 1OV5A 3OE8A 4ARMB 140LA 163LA 241LA 3CDTA 1CUQA 1P64A 3UONA 1C6IA 1L21A 250LA 2B72A 3GULA 1XJUA 256LA 166LA 2B6WA 2B73A 3DN3A 1ZURA 4ARLA 3OE9A 2A4TA 4AQNA 1L09A 186LA 1C62A 1L67A 1P2RA 4GRVA 237LA 2RB1X 3GUJA 1C6TA 1LYIA 192LA 127LA 229LA 1G1WA 3DN6A 198LA 1C6HA 1P6YA 3C7YA 2RBNA 1L66A 4I7QA 3GUPA 2B6XA 249LA 3C8SA 1C6JA 178LA 1L80A 1L92A 3C80A 3DN8A 1L87A 1L24A 4ARPA 1L88A 1QT3A 130LA 1CV6A 1L15A 139LA 1L48A 1T97A 213LA 1L64A 1L50A 1LI6A 1L95A 151LA 262LA 1L17A 1L33A 2OEAX 1L18A 3HT6A 2Q9EA 1P2LA 1LGWA 5LZMA 1L35A 2RB2X 1CV5A 2OTYX 112LA 3C83A 1KNIA 1SX2A 1L05A 1L97A 3HT7A 242LA 4LDLA 4S0WA 1D3JA 4GBRB 1G0QA 1SX7A 3D4SA 160LA 1L27A 1L96A 175LA 3F9LA 162LA 257LA 1G1VA 1QSBA 2L78A 145LA 2RBOA 3HTFA 1L25A 1L11A 191LA 3GUOA 3ODUA 1L29A 1I6SA 1L34A 2RH1A 1LYGA 3SB9A 2OU9A 2Z6BA 1LGUA 1G0PA 3GUMA 4I7JA 4PK0A 2RB0X 1L93A 236LA 3HT9A 1CVKA 3DNAA 206LA 161LA 1QTZA 3SB8A 1L0JA 233LA 2ANVA 2IGCA 1L74A 1L65A 254LA 1DYEA 3HUAA 3L2XA 1G0KA 3SBAA 114LA 2O4WA 1C6FA 1L94A 3OE6A 2B75A 2RAZX 1P3NA 1SSYA 2LCBA 1D9WA 3PBLA 3C7WA 129LA 144LA 2F47A 224LA 2RAYX 1T8GA 1DYBA 1DYGA 1L53A 1G0MA 2O79A 1P56A 4I7KA 1L14A 1JTMA 1L52A 1LYFA 3SB7A 2LZMA 3QAKA 1QTVA 111LA 1LGXA 1P36A 4I7RA 120LA 1L49A 3HTBA 2B6TA 4ARJA 3C7ZA 2HUMA 2OE7X 223LA 1L41A 2B7XA 4EXMA 3HTGA 216LA 2B70A 3HT8A 1L44A 180LA 3SN6R 6LZMA 222LA 4E97A 183LA 1OVKA 103LA 1D3NA 4LDOA 1G0GA 2OU8A 1OVHA 4I7OA 1C6GA 176LA 3DMXA 2OE4X 1LLHA 4ARQB 253LA 1L46A 260LA 4I7LA 1CX7A 230LA 1KW5A 1LYDA 1C61A 2HULA 3JR6A 1QTCA 1L76A 3VW7A 221LA 190LA 4I7SA 3RUNA 2F32A 1XEPA 1JTNA 168LA 1QT7A 1QT5A 2ANXA 212LA 1C64A 1L55A 115LA 261LA 3NY9A 149LA 1L38A 1OYUA 3V2WA 215LA 182LA 4I7TA 1L85A 1C69A 1C6CA 1NHBA 220LA 3NY8A 3HH4A 1CV3A 3NYAA 4EKPA 1L16A 3V2YA 3OE0A 150LA 248LA 1G07A 3GUNA 110LA 148LE 1QS9A 4YXCA 1P46A 3FI5A 1C6PA 1CUPA 1T8AA 1L71A 1L36A 1CU0A 1C63A 1CU5A 1SWYA 167LA 200LA 1L40A 1C66A 4W54A 1L37A 199LA 5I14A 1C65A 3DMZA 1L10A 2CUUA 1DYCA 137LA 1LWKA 165LA 1LI3A 147LA 1QUOA 1CU3A 4YX7C 131LA 219LA 1CV0A 1LYHA 3DN2A 1C6MA 188LA 4PJZA 1L75A 1L02A 1DYAA 1KW7A 3CDVA 1L08A 1CU6A 2QARC 1L03A 4EPIA 1L31A 3LZMA 4LZMA 1PQOA 4ARMA 1OV7A 1L58A 4EKSA 2LC9A 1XJTA 1C60A 1L28A 1C67A 1D2WA 1G0LA 1L59A 1CU2A 3FA0A 1PQMA 118LA 1L23A 142LA 3K2RA 4I7MA 3HU9A 1L26A 1TLAA 2HUKA 225LA 155LA 1LYJA 1D2YA 4W51A 1ZYTA 1LYEA 2B6YA 1QTHA 232LA 123LA 244LA 3CDRA 157LA 240LA 3HH6A 214LA 128LA 211LA 1L83A 231LA 1L70A 4DKLA 3HUQA 1L32A 3DN4A 3C8RA 1PQJA 3G3WA 3HDEA 3HH3A 146LA 1L19A 1K28A 4DAJA 3CDOA 4K5YA 108LA 1LW9A 239LA 259LA 1L0KA 184LA 187LA 1L12A 209LA 1L13A 195LA 1ZWNA 1C6EA 1L56A 1OVJA 2O7AA 1L61A 4EJ4A 1L39A 226LA 1L00A 1JQUA 1WTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
238LA 1L98A 1B7NA 1VDSA 1QT6A 1SWZA 1L69A 3WW5A 1L45A 1OUBA 247LA 1AZFA 3PDSA 4WM6A 2LZ2A 1EPYA 1G0JA 4H92A 1B7SA 3DN1A 3AGHA 1L82A 1L79A 3WW6A 174LA 1DYFA 205LA 196LA 3GXRA 3HBDA 5JENB 1GFRA 4OO9A 2LYZA 4H9IA 1YKZX 1IOSA 4HV2A 1L63A 3WU7A 1OWZA 1JSEA 1W08A 5F14A 4H94A 3A8ZA 4DDBA 1L73A 2MEFA 2FBDA 1L04A 4B4JA 245LA 251LA 3HDFA 5KXLA 2B74A 2ZNXY 138LA 4ET8A 3G3VA 3C82A 1LYSA 143LA 4LDEA 4EKRA 4W59A 228LA 3OK0A 4I7PA 2RBPA 1E8LA 1CNSA 1LCNA 1C68A 246LA 3AZ6A 1BWHA 2YBIA 3HTDA 1MLCE 4IAPA 5FSTA 1SLYA 4NGOA 4LFPA 3ULRA 1GB8A 1GFGA 3RZEA 1C08C 5L3IA 4GCEA 4DQJA 2BQEA 1B7MA 3T6UA 4NGKA 4HJYA 1HSWA 4OWEA 1P2CC 3TXJA 2EIZC 1BGIA 122LA 1BWJA 3LHMA 1G7IC 1JSFA 3E3DA 5APFA 1LAAA 217LA 1GE3A 227LA 1SSWA 1D9UA 1L89A 1QT4A 2MEIA 125LA 4ZPUA 1B7LA 1CUQA 3UONA 2D4JA 3WPJA 2B72A 1L21A 1BB5A 2D6BA 4B4EA 1NHEA 4ARLA 5DM9A 3OE9A 1JWRA 186LA 1C62A 1C10A 1L67A 1NDGC 2LZTA 4PGJB 1LPIA 4E3UA 1C6TA 4IJ4A 1WQQA 4NWEA 192LA 1JISA 229LA 3DN6A 1J1PY 3A6CY 1GF7A 3GUPA 2B6XA 3ZVQA 4H93A 4LYMA 1CJ9A 4ARPA 5KKJA 4DD1A 3AW7A 2BQJA 1L48A 1L64A 1EL1A 2CJLA 1L95A 1EQ5A 2OEAX 5HNCA 2YVBA 1LGWA 5LZMA 3A6BY 5D5FA 1CV5A 1JJ3A 1SX2A 3OJPA 1HELA 2CGIA 4LDLA 5ILCA 1ZMYL 1HERA 1L27A 1LHKA 2BQOA 191LA 3GUOA 4EOFA 2RH1A 3SB9A 2Z6BA 1LGUA 1YKYX 3HT9A 3TXDA 1GFUA 1TAYA 2ZWBA 3SB8A 1LJNA 5KJ9A 233LA 2ANVA 3J4GA 1EQEA 254LA 1DYEA 3HUAA 3AGIA 4DD2A 5ILFA 114LA 1IC7Y 1B9OA 4MR1A 1XFPL 1P3NA 2ZNWY 4NGLA 1D9WA 1W6ZA 1VDPA 2D4IA 129LA 3A90A 3EXDA 1DKKA 2F47A 224LA 2YDGA 1GWDA 1DYGA 4WLDA 1GFHA 4GN5C 1LYFA 1HNLA 5LYTA 1QTVA 111LA 1LGXA 1P36A 120LA 3W3EA 2B6TA 2OE7X 1IVMA 4H8XA 1JUGA 4EXMA 1NBZC 1KIQC 1LYYA 3HTGA 1LZ6A 2BQIA 1L44A 2HEDA 222LA 183LA 1REYA 4LDOA 4GN4A 2HU3A 1GB5A 2HTXA 1GF5A 1OVHA 4I7OA 1C6GA 1HEMA 3DMXA 253LA 3QE8A 260LA 2MEEA 1KW5A 1LYDA 1QDTA 3TMVA 2HEEA 1GDXA 5E9RA 4HTQA 1LJ4A 2Z2FA 3D9AC 1QSAA 1LZ1A 2HEFA 4NSJA 2ANXA 1LZNA 2IHLA 4KPMA 1OYUA 3V2WA 4H9FA 5DN5A 1BB3A 1HFXA 4AXTA 4DDCA 1LHJA 220LA 1CJ7A 4CJ2A 1WTMA 248LA 3AW6A 1LZRA 1XEJA 1QS9A 4YXCA 1NMMA 1A4VA 4ETEA 1BWIA 4RW1A 1C66A 3TXBA 199LA 1CKHA 4H91A 3DMZA 4O34A 1IWYA 1RE2A 5I53A 137LA 4H8ZA 1LWKA 4NFVA 2Z37A 1FKQA 1WTHA 4PJZA 1L75A 4WG7A 3CDVA 4WM5A 4DYGA 2ZIJA 1XJTA 1C60A 1C67A 1YL0X 142LA 4I7MA 2HUKA 4W51A 1ZYTA 2B6YA 4C5FA 2NWDX 3WU8A 240LA 1LSAA 2BQCA 1IWZA 3HUQA 3DN4A 3C8RA 3HH3A 1L19A 1K28A 4DAJA 3A93A 1IWXA 3AYQA 6LYTA 4NHQA 259LA 187LA 2BQGA 4NY5A 1DI3A 1L13A 2YBJA 1IWVA 1L56A 1OVJA 4GN3A 5A3ZA 226LA 1L00A 3A92A 1G06A 126LA 1L47A 1J1XY 1GF9A 2EQLA 252LA 4XADA 1L99A 5KXZA 1DKJA 1IOTA 2F2QA 1QUHA 1QUGA 3CT1A 3L64A 2ZQ3A 1NWGA 133LA 1CX6A 258LA 169LA 2HEBA 4LYBA 1L07A 2DQFC 2H9JA 2I25L 2QB0B 1VFBC 2HEAA 1JIYA 3SB5A 1YAPA 4DD7A 1L91A 3C81A 1LSBA 1QTKA 1CJ8A 4N1EI 3EO5A 1UICA 1L90A 2Z2EA 2G4QA 4NHSA 3W6AA 4WMGA 1RJCB 1GF4A 1T3PA 4RDSA 1LJ3A 2HECA 1YROA 4ETBA 1GE0A 1GF6A 185LA 170LA 4DJHA 4N5RA 1GE1A 1C6AA 3N9AA 2Q9DA 109LA 1KXYA 177LA 2RBSA 1C6QA 2OU0X 2Z19A 141LA 1GD6A 2XBSA 5E4PA 1QS5A 5LVGA 2EKSC 3DMVA 1OUEA 1WQPA 1LJEA 1LZYA 1UUZC 2BQKA 1GB7A 5IHGA 3AGGG 1HEOA 113LA 5D5CA 154LA 1NQIA 1C6BA 2I26L 1L22A 1QSQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 238L A;  1L98 A;  1B7N A;  1VDS A;  1QT6 A;  1SWZ A;  1L69 A;  3WW5 A;  1L45 A;  1OUB A;  247L A;  1AZF A;  3PDS A;  4WM6 A;  2LZ2 A;  1EPY A;  1G0J A;  4H92 A;  1B7S A;  3DN1 A;  3AGH A;  1L82 A;  1L79 A;  3WW6 A;  174L A;  1DYF A;  205L A;  196L A;  3GXR A;  3HBD A;  5JEN B;  1GFR A;  4OO9 A;  2LYZ A;  4H9I A;  1YKZ X;  1IOS A;  4HV2 A;  1L63 A;  3WU7 A;  1OWZ A;  1JSE A;  1W08 A;  5F14 A;  4H94 A;  3A8Z A;  4DDB A;  1L73 A;  2MEF A;  2FBD A;  1L04 A;  4B4J A;  245L A;  251L A;  3HDF A;  5KXL A;  2B74 A;  2ZNX Y;  138L A;  4ET8 A;  3G3V A;  3C82 A;  1LYS A;  143L A;  4LDE A;  4EKR A;  4W59 A;  228L A;  3OK0 A;  4I7P A;  2RBP A;  1E8L A;  1CNS A;  1LCN A;  1C68 A;  246L A;  3AZ6 A;  1BWH A;  2YBI A;  3HTD A;  1MLC E;  4IAP A;  5FST A;  1SLY A;  4NGO A;  4LFP A;  3ULR A;  1GB8 A;  1GFG A;  3RZE A;  1C08 C;  5L3I A;  4GCE A;  4DQJ A;  2BQE A;  1B7M A;  3T6U A;  4NGK A;  4HJY A;  1HSW A;  4OWE A;  1P2C C;  3TXJ A;  2EIZ C;  1BGI A;  122L A;  1BWJ A;  3LHM A;  1G7I C;  1JSF A;  3E3D A;  5APF A; 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