1L59A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGENGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l59A00
3DN3A 4EKPA 1C6CA 1L18A 164LA 4E97A 1L85A 1G0LA 1D3NA 139LA 3HTDA 5LZMA 1L99A 1L14A 1L77A 2B6XA 3DN6A 4I7NA 1P37A 1T8FA 1G06A 1L92A 1DYFA 1L60A 3SB9A 1CUQA 198LA 1LYDA 260LA 3NY9A 243LA 3GUKA 1DYBA 1C65A 3SB8A 217LA 1C6KA 2ANXA 2LCBA 2Z6BA 1KY1A 1L25A 1K28A 2NTHA 1QTHA 1OVKA 1C68A 1L90A 1T97A 1L11A 1PQMA 1OYUA 1C6HA 4I7RA 131LA 1QUOA 3FI5A 1C6EA 3GUOA 1L01A 1KY0A 1LWGA 1PQDA 229LA 2OTZX 1CU0A 223LA 1SWYA 4I7TA 3SB7A 2NTGA 4LDLA 2L78A 1L73A 192LA 255LA 2B6TA 1CX7A 3RZEA 3HU9A 119LA 3CDQA 1DYEA 3OE0A 188LA 1L0KA 191LA 1DYCA 3UONA 3HDFA 1G1VA 3QAKA 1L13A 1QS5A 137LA 1JTMA 1PQKA 1PQJA 4YXCA 200LA 1L05A 1L38A 214LA 1CTWA 3C80A 261LA 1C6GA 175LA 3C7WA 3NY8A 177LA 3HUKA 3NYAA 4I7PA 3C7ZA 1L41A 1L15A 3C8QA 3GUNA 1L68A 221LA 1C6LA 2RBNA 233LA 1QTDA 1P56A 1L53A 113LA 1OVHA 1OWZA 130LA 1L21A 209LA 3C7YA 155LA 4I7LA 211LA 178LA 120LA 1G07A 4W54A 166LA 1T6HA 1L28A 114LA 3K2RA 1KW7A 104LA 1L02A 4IAPA 1G0JA 246LA 195LA 1C64A 3HH4A 213LA 3C82A 1C6FA 1L46A 232LA 1CV1A 1L26A 1L40A 1EPYA 254LA 236LA 1L48A 1LWKA 3HT8A 2F32A 140LA 1C6MA 1L12A 1QTZA 1L62A 1L22A 242LA 4PJZA 1C6AA 1L71A 3HT6A 1L36A 1NHBA 1DYAA 3CDRA 1L54A 231LA 1L76A 3OE6A 4EJ4A 216LA 5I14A 1C6TA 199LA 1LI3A 230LA 160LA 1L55A 256LA 1G0PA 1G0GA 1L69A 226LA 4DKLA 1L66A 168LA 1L09A 1QTVA 2B70A 3DN1A 1WTHA 1L50A 184LA 1L61A 2CUUA 190LA 1CUPA 225LA 3HWLA 1L49A 1L44A 4LDEA 1P2LA 1ZYTA 1CU3A 1L64A 215LA 4W51A 241LA 1L39A 4EKSA 197LA 107LA 212LA 3HTBA 237LA 2OU0X 4I7QA 1XJTA 244LA 3HDEA 103LA 1L00A 1CU5A 2B6YA 7LZMA 150LA 218LA 1P2RA 2OU8A 4LZMA 4LDOA 3ODUA 3GUJA 1P64A 2OE4X 109LA 1D2WA 2LC9A 1L59A 2IGCA 4W57A 1L06A 262LA 2O7AA 165LA 2F2QA 161LA 1CVKA 163LA 1XJUA 3F9LA 1L20A 3SN6R 189LA 3CDTA 1QTBA 2B7XA 1L83A 144LA 2HUKA 1KW5A 1SSWA 224LA 1LI6A 245LA 3GULA 1L19A 4EKRA 4W53A 2RBQA 1P46A 3OE9A 3G3VA 151LA 1C61A 251LA 4GBRB 1G0MA 1LGUA 172LA 1L91A 4W52A 2OE9X 185LA 1P6YA 3DKEX 1LGXA 2QARC 1CV4A 1C67A 173LA 1D9WA 4EPFA 3LZMA 2QB0B 1L86A 138LA 1LYFA 1LYHA 3DNAA 182LA 1C69A 4AQNA 1SX2A 2B73A 4W55A 1L24A 156LA 1L29A 4DJHA 1C6IA 1C6PA 1L45A 1LYIA 2OTYX 128LA 1LYJA 162LA 1LPYA 2OEAX 1L84A 1L89A 1QT6A 2B74A 4GRVA 4PK0A 4I7OA 1C60A 227LA 1T8AA 2RBOA 1ZWNA 1CU2A 125LA 157LA 1L23A 1PQOA 205LA 1QUDA 252LA 2F47A 2B6WA 129LA 2Q9DA 1L70A 1OV5A 1L88A 6LZMA 220LA 1L07A 250LA 1L58A 1QSQA 167LA 1L56A 1LLHA 3GUMA 4I7SA 3DN4A 4W58A 1L72A 249LA 3CDOA 1P5CA 1C6BA 4OO9A 2RBRA 1L32A 4ARQA 3L64A 183LA 1SX7A 171LA 247LA 4W59A 3V2WA 4K5YA 1L17A 1CX6A 1OVJA 3PDSA 159LA 1L94A 3C83A 3V2YA 1SWZA 1L33A 1ZURA 1L75A 2O4WA 3SB5A 108LA 1JTNA 1QSBA 1C6QA 248LA 1P36A 259LA 1C63A 1OV7A 146LA 1L65A 1D3JA 1L30A 1KNIA 2RBPA 1L51A 1L63A 234LA 170LA 1CV0A 3SBAA 1CU6A 1L80A 4W56A 1QT4A 1C6NA 1LI2A 149LA 1QUHA 2LZMA 2OE7X 1L98A 1PQIA 176LA 2RB1X 3HH3A 115LA 3HH6A 1L04A 1L57A 3EMLA 1L10A 147LA 142LA 1B6IA 1L97A 1DYGA 1L47A 180LA 143LA 1L87A 2RB0X 219LA 158LA 3DN8A 1P3NA 1L93A 1C62A 122LA 1LYGA 4EXMA 3C8RA 1QT3A 2HULA 111LA 3C8SA 4YX7C 174LA 1L27A 4ARQB 1L67A 3OE8A 3GUIA 3FADA 1C6DA 1QS9A 4I7JA 3DN2A 1L35A 1L81A 240LA 1G1WA 3G3WA 1LW9A 2B6ZA 1CV6A 1QT8A 1L31A 2B72A 123LA 145LA 3DMXA 2ANVA 187LA 2O79A 1G0KA 3HH5A 102LA 3VW7A 127LA 1CV3A 3CDVA 1XEPA 4ARJA 141LA 1D2YA 4S0WA 1LGWA 1L82A 1L74A 1L79A 2A4TA 3DMVA 3HU8A 3FA0A 4ARLA 210LA 1L43A 4ARMA 1L95A 118LA 1DYDA 1TLAA 2RAZX 3HTGA 2RH1A 2RAYX 1SSYA 4ARPA 1OWYA 253LA 2B75A 228LA 1QUGA 2RBSA 1C6JA 1P7SA 1JQUA 3HT7A 1D3FA 1KS3A 1L0JA 3L2XA 206LA 222LA 1L34A 1G0QA 1LYEA 3GUPA 181LA 1C66A 2Q9EA 3SB6A 1QT7A 3HUQA 3PBLA 4DAJA 1D3MA 1QT5A 1L96A 1L16A 239LA 4I7KA 3D4SA 1L42A 235LA 3RUNA 4EKQA 2HUMA 1CV5A 152LA 169LA 3SBBC 3G3XA 3DN0A 126LA 1I6SA 112LA 2OU9A 1L08A 201LA 3F8VA 1L52A 2RB2X 4ZPUA 4YXAC 4EPIA 238LA 4I7MA 3DMZA 257LA 3HTFA 3HT9A 258LA 1QTCA 1T8GA 196LA 1L37A 3JR6A 186LA 3HUAA 148LE 3C81A 4ARMB 110LA 1L03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKPA 1LMAA 3A93A 4H8XA 2AUBA 2W1LA 1L85A 1D3NA 1B0DA 1L99A 1L14A 4DDAA 3AJNA 1LZBA 4NGVA 1L60A 1ZV5L 243LA 3EMSA 4XJGA 4HTNA 1LZ6A 4IASA 4L41A 4LYOA 2MEBA 4LYBA 1F6SA 5D5CA 1UIGA 1OUCA 2LCBA 1GE2A 1GB9A 1OVKA 2YBJA 4J1BA 4YENA 3WU7A 1PQMA 5LVIA 2BQDA 2DQIY 1IY4A 3OJPA 2BQBA 1LWGA 3LZTA 1CU0A 1CJ8A 4MSTA 3SB7A 1ALCA 1HEWA 4LDLA 1H6MA 5E4PA 1LJ3A 192LA 2B6TA 3RZEA 119LA 1LMPA 1UIHA 3OE0A 1GF8A 191LA 1QDTA 1G1VA 1HF4A 2YSSC 4ETCA 4GCEA 1JTMA 4CFOA 4XJDA 1C08C 2D6BA 133LA 1IOSA 3LHMA 214LA 3C80A 4NGYA 2W1XA 4N1CC 1HSXA 4BAPA 3C7ZA 2BQHA 4H90A 1L15A 3GUNA 221LA 233LA 2G4QA 3EXDA 2LYOA 1LSAA 1P56A 1L53A 113LA 5B1GA 4PRUA 4WM1A 130LA 1JITA 209LA 2I25L 4QEQA 4RLNA 1GFHA 211LA 3KAMA 1LZ9A 1T3PA 1KW7A 4IAPA 1LJGA 1HFXA 4A7DA 1LSPA 4DYGA 3GXKA 4NSHA 3WUNA 1L26A 2F32A 1GFKA 1GXV2 1L22A 242LA 4M6DA 3LYOA 1C6AA 4B49A 1YKZX 4DWXA 3CDRA 231LA 1IORA 1D6PA 3OE6A 5LAGA 1C6TA 199LA 4WOAA 3CQLA 1LJFA 1QSWA 1L69A 226LA 3CSRA 1BWHA 3WH1A 168LA 1N4FA 3DN1A 1QTVA 3CT1A 184LA 2CUUA 225LA 154LA 3HWLA 1ZYTA 1CU3A 4W51A 4BS7A 197LA 3HTBA 4TSBA 3TXIA 1ZMYL 5I4XA 1B2KA 3EO5A 1GEVA 1GWDA 1IP6A 1IR7A 2MEAA 1TEWA 2B6YA 2Z12A 150LA 7LZMA 1P2RA 4LZMA 3GUJA 1QIOA 1L06A 5F9XA 262LA 1L20A 3FE0A 3GULA 1L19A 3AGGG 2WARA 1FKQA 3M3UA 2ZIKA 4NSIA 5KXSA 4TUNA 4EMNA 1JJ0A 2DQDY 1ZVHL 4GBRB 1OP9B 5APEA 1L91A 3CT0A 2OE9X 1P6YA 1LGXA 1GBSA 3M18B 5KXZA 1LSFA 1J1XY 4G49A 4IJ4A 1CKHA 2XBSA 3A91A 1WQMA 1AT5A 1C69A 4DQJA 2B73A 4W55A 1YL0X 4R6CA 5F81A 4M4OA 4AXTA 5B07A 1LYJA 1GBOA 4PK0A 4I7OA 2EQLA 1IR8A 1BB4A 2BQKA 1BGIA 1GPQC 2B6WA 129LA 1OUHA 3P64A 4XADA 4J1AA 1L58A 4DD0A 1LLHA 4NHIA 5FEKA 3LYTA 4LGKA 1P5CA 1C6BA 3MGWA 3V2WA 4K5YA 3AZ6A 4GLVA 1OVJA 1RI8B 159LA 1CJ7A 2ZQ3A 2BQIA 2YBNA 5HLLA 9LYZA 1C6QA 259LA 2YVBA 4X3BA 5KXYA 3LYZA 1L65A 1D3JA 2RBPA 3TXEA 1UIEA 2HU1A 4XJIA 4NWHA 1CU6A 1GF9A 1JTTL 1C6NA 1QUHA 4DD9A 1L98A 1YKYX 4KT3A 3ZEKA 3T36A 1L04A 147LA 1B6IA 4DQ5A 5APCA 180LA 3WXUA 2RB0X 4P2EA 219LA 1TCYA 208LA 3C8RA 1LHHA 2C8PA 3C8SA 1JEFA 1HENA 1L67A 2BQCA 3A90A 3DN2A 1L35A 3G3WA 4DDCA 4WLXA 4W96A 1QT8A 2FBDA 1LZEA 4H9EA 2ANVA 4J0LA 3HH5A 1G0KA 1CV3A 4OWBA 4XN6A 1LSMA 1GHLA 1UIAA 1L43A 4ARMA 1L95A 1GE3A 1GBXA 5DN5A 4H8YA 1BVKC 2LZ2A 3QNGA 1UC0A 4TX7A 1XEJA 3RZ4A 3RNXA 1C6JA 1JQUA 1GE1A 2Y8PA 1NHEA 4NHQA 1G0QA 4GLAA 2BQGA 3HUQA 3PBLA 1QT5A 1OUIA 4B4IA 6LYZA 4LT0A 1IVMA 1L16A 4EKQA 1NQIA 1IC7Y 169LA 126LA 1B7QA 2OU9A 1L08A 4KL7A 2YDGA 3F8VA 2RB2X 1J1OY 7LYZA 1QUSA 4I0CA 4YM8A 4H8ZA 3IJVA 1PS5A 4PRQA 196LA 186LA 3HUAA 3C81A 4ARMB 4EOFA 1AM7A 4LFXA 1L18A 164LA 3WU8A 3WUAA 4E97A 1G0LA 3HTDA 1BVXA 2A7DA 1L77A 4ETEA 3DN6A 4I7NA 1T8FA 1L92A 1LZGA 1B7LA 1CUQA 3SB9A 2LYZA 260LA 1C7PA 1DKJA 1XGRC 1AZFA 1NBYC 1B5YA 2ANXA 1XGTC 5I53A 1UIFA 1FKVA 1L25A 4BAFA 1K28A 2NTHA 5DLAA 3A67Y 4GCFA 4NGWA 5KXKA 3A34A 1L11A 3WVYA 4LT3A 1C6HA 3FI5A 4ZEEA 4QY9A 1C10A 1KY0A 1RFPA 4CFPA 1PQDA 5LXWA 2OTZX 223LA 4GN4A 1JKCA 4NG1A 2MEEA 1LKRA 1CX7A 1JSEA 3T6UA 3W6AA 1GF4A 1I20A 1L0KA 4H9BA 3UONA 3HDFA 3QAKA 3D3DA 5L9JA 3BKHA 1QS5A 1SQ2L 1PQJA 1REXA 3BKVA 1L05A 1OUAA 1CTWA 3P65A 261LA 5IELA 1LSDA 1VFBC 3C7WA 4PGJB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EKP A;  1LMA A;  3A93 A;  4H8X A;  2AUB A;  2W1L A;  1L85 A;  1D3N A;  1B0D A;  1L99 A;  1L14 A;  4DDA A;  3AJN A;  1LZB A;  4NGV A;  1L60 A;  1ZV5 L;  243L A;  3EMS A;  4XJG A;  4HTN A;  1LZ6 A;  4IAS A;  4L41 A;  4LYO A;  2MEB A;  4LYB A;  1F6S A;  5D5C A;  1UIG A;  1OUC A;  2LCB A;  1GE2 A;  1GB9 A;  1OVK A;  2YBJ A;  4J1B A;  4YEN A;  3WU7 A;  1PQM A;  5LVI A;  2BQD A;  2DQI Y;  1IY4 A;  3OJP A;  2BQB A;  1LWG A;  3LZT A;  1CU0 A;  1CJ8 A;  4MST A;  3SB7 A;  1ALC A;  1HEW A;  4LDL A;  1H6M A;  5E4P A;  1LJ3 A;  192L A;  2B6T A;  3RZE A;  119L A;  1LMP A;  1UIH A;  3OE0 A;  1GF8 A;  191L A;  1QDT A;  1G1V A;  1HF4 A;  2YSS C;  4ETC A;  4GCE A;  1JTM A;  4CFO A;  4XJD A;  1C08 C;  2D6B A;  133L A;  1IOS A;  3LHM A;  214L A;  3C80 A;  4NGY A;  2W1X A;  4N1C C;  1HSX A;  4BAP A;  3C7Z A;  2BQH A;  4H90 A;  1L15 A;  3GUN A;  221L A;  233L A;  2G4Q A;  3EXD A;  2LYO A;  1LSA A;  1P56 A;  1L53 A;  113L A;  5B1G A;  4PRU A;  4WM1 A;  130L A;  1JIT A;  209L A;  2I25 L;  4QEQ A;  4RLN A;  1GFH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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