1L61A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPNLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l61A00
1L20A 1JTMA 1L80A 4YXAC 201LA 1L12A 1PQOA 3OE8A 1L50A 1P46A 1L65A 118LA 1L34A 3HTGA 1QTDA 162LA 4LDLA 2RBSA 1CUQA 1DYDA 2A4TA 4EPIA 127LA 4I7JA 4I7RA 1PQIA 107LA 1L57A 2RB2X 2O4WA 3C8RA 3HU8A 1KW7A 3FI5A 4GBRB 4I7LA 3VW7A 1L45A 141LA 246LA 2OE9X 129LA 102LA 3GUOA 1L94A 4W59A 1D3JA 1L76A 3HTFA 1CX6A 236LA 1C69A 1L79A 112LA 210LA 3UONA 1LGUA 4W57A 1QT5A 1L00A 230LA 170LA 1QT3A 233LA 3PDSA 142LA 2Q9EA 3DNAA 2HUKA 1L58A 1P2LA 4DKLA 4ZPUA 125LA 1L01A 1L31A 4EKSA 168LA 1L26A 3G3XA 1L43A 1L75A 1CV4A 1G07A 4EKPA 261LA 4I7OA 2OEAX 4ARMB 184LA 1C60A 3DN0A 1L54A 1CU5A 1C6JA 1DYGA 1K28A 1P56A 6LZMA 226LA 240LA 4ARPA 1L47A 4ARQB 254LA 1L06A 3CDOA 3OE9A 1JTNA 251LA 2RAYX 3DN6A 3GUPA 110LA 1LPYA 1C6AA 1QUDA 190LA 3SBBC 1L70A 3DN1A 1SWYA 255LA 113LA 1OVJA 1SX2A 3HT7A 3GULA 4OO9A 2IGCA 187LA 1L48A 1SSWA 152LA 1C6TA 3LZMA 1L14A 1LWKA 215LA 3HDFA 1QSBA 1L71A 1L30A 1LYHA 237LA 234LA 1C63A 1OYUA 4W56A 3GUKA 1C6QA 171LA 2QB0B 176LA 178LA 161LA 3DKEX 1P7SA 1KNIA 2B70A 1L88A 245LA 1LYEA 3HU9A 1QTZA 241LA 148LE 1C6IA 3HDEA 3V2WA 145LA 2L78A 1C6FA 1C6MA 159LA 1L81A 1JQUA 3K2RA 4PJZA 3SBAA 2NTHA 3CDQA 143LA 160LA 1LI3A 213LA 1L61A 1L03A 1KS3A 2RBNA 3OE6A 3DN2A 1T8GA 200LA 1L40A 149LA 1LW9A 3NY8A 224LA 2RBQA 238LA 173LA 2RBPA 3CDVA 2QARC 1DYAA 2Z6BA 3ODUA 1XEPA 229LA 2B6XA 2B7XA 2CUUA 4W52A 1D3MA 4I7QA 1L28A 1OV7A 1L91A 1L72A 3SB5A 1L89A 108LA 1T8FA 1D9WA 3HH4A 1L95A 156LA 183LA 163LA 1KY0A 1LYFA 1TLAA 1SSYA 3F9LA 260LA 1C6KA 123LA 2B75A 4EPFA 222LA 1QS9A 3EMLA 1L32A 175LA 1I6SA 1CVKA 2B6TA 231LA 3GUNA 235LA 1L19A 3HTBA 1L02A 1LWGA 1L51A 155LA 122LA 1L42A 2RBOA 1L07A 1L29A 1L37A 252LA 1CU6A 1L22A 1L73A 1L86A 1L52A 1CU2A 103LA 1T8AA 1L44A 1C66A 3V2YA 3CDTA 1L49A 1CV3A 3HH5A 223LA 2B6YA 1C67A 1L82A 1SX7A 1ZYTA 3QAKA 4K5YA 1L24A 1C6CA 1P2RA 1CV1A 247LA 4W51A 1L15A 198LA 2OE4X 1LI6A 1C6EA 1L16A 186LA 1L0JA 3NY9A 3NYAA 2OU9A 1L35A 1G0PA 4I7PA 1L17A 206LA 192LA 1CU3A 2F47A 1PQMA 157LA 1L27A 1ZURA 1OVKA 2HULA 2LC9A 1L87A 1LYDA 2RAZX 1L67A 257LA 1G1WA 3C8QA 1L18A 2O7AA 191LA 1QTBA 3C7WA 1C6HA 1QT6A 4AQNA 4W58A 3SB6A 2B6WA 2RBRA 4W53A 2RB0X 244LA 130LA 1CUPA 1P36A 2OU0X 4S0WA 3SB8A 1G0MA 1L05A 3G3VA 219LA 225LA 1DYEA 1CX7A 1L36A 1OVHA 211LA 3DMVA 1PQJA 1L41A 128LA 2F32A 1DYCA 1EPYA 1L66A 4EJ4A 1OWZA 4GRVA 3OE0A 114LA 1L98A 1C6GA 1G0QA 146LA 1L60A 248LA 243LA 1DYFA 4I7NA 195LA 1LYJA 221LA 3DMXA 3G3WA 3D4SA 2B72A 1D2WA 1DYBA 2B6ZA 1L83A 3DN3A 1L25A 3HT6A 4I7SA 196LA 1D3FA 1L21A 1D2YA 4I7TA 1QS5A 131LA 1QUOA 1L08A 1L09A 1P64A 1LGWA 262LA 3C7ZA 1P5CA 1CV5A 1L39A 172LA 1T97A 4ARMA 2ANVA 1C62A 1C6BA 4LZMA 2OU8A 4ARQA 4PK0A 3RZEA 3GUJA 2O79A 167LA 1C6NA 104LA 1G0GA 3GUIA 218LA 3JR6A 151LA 111LA 3DN8A 1L85A 3C8SA 1L74A 1PQDA 1P37A 258LA 1G0LA 3SB7A 1L04A 2B73A 4W55A 1XJTA 1L62A 1QTHA 1L55A 5LZMA 1QUHA 228LA 3HT8A 199LA 1L99A 1QTVA 2ANXA 4I7KA 1L63A 3C83A 1P6YA 185LA 1C64A 209LA 115LA 1LYIA 7LZMA 119LA 166LA 1L64A 3C82A 1G0JA 1C6DA 1L97A 1C61A 3C80A 3HH6A 1C6PA 139LA 1L96A 1L69A 158LA 216LA 174LA 1SWZA 180LA 1P3NA 188LA 165LA 212LA 3DN4A 182LA 220LA 177LA 2LZMA 4YXCA 1C65A 1G06A 4EKQA 3HH3A 1B6IA 3CDRA 3FADA 4DJHA 2F2QA 4E97A 1QT8A 3HUQA 150LA 1LI2A 4EXMA 109LA 3L64A 4LDOA 1OWYA 1LYGA 1L0KA 1L11A 1WTHA 1L77A 1KW5A 4EKRA 205LA 256LA 4ARJA 1L23A 1XJUA 1LGXA 1C68A 1L38A 1CU0A 2B74A 227LA 1KY1A 1QT7A 253LA 5I14A 1C6LA 1CV0A 140LA 138LA 2OTYX 1G0KA 2Q9DA 4IAPA 1L93A 239LA 1D3NA 3HT9A 3SB9A 1L92A 4LDEA 1L56A 1L53A 181LA 3HUAA 3HTDA 3FA0A 2RH1A 1QSQA 1LLHA 2OE7X 3SN6R 197LA 232LA 1PQKA 1L13A 3C7YA 1L33A 1NHBA 259LA 250LA 1CV6A 3HWLA 120LA 164LA 3F8VA 137LA 1L59A 3HUKA 1G1VA 1L46A 144LA 242LA 189LA 4ARLA 126LA 249LA 4I7MA 1QT4A 214LA 1ZWNA 4W54A 3GUMA 1CTWA 2NTGA 3RUNA 3L2XA 3PBLA 2RB1X 4DAJA 2HUMA 1OV5A 147LA 1QTCA 1L90A 169LA 3C81A 3DMZA 217LA 1L10A 2LCBA 4YX7C 2OTZX 1L84A 1L68A 1QUGA 1T6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTMA 4DQ5A 1PQOA 4HPIA 2YBMA 1L65A 1L34A 4LDLA 1IOTA 1DYDA 4RLMA 4I7RA 5FHWA 1L57A 2O4WA 1F0WA 3LZ2A 4WL6A 1GF3A 3W6DA 1KW7A 2OE9X 1L76A 2ZWBA 1G7HC 1B0DA 3FE0A 1OUHA 1YIKA 4HTNA 112LA 1IORA 210LA 2D4IA 2NWDX 4ANRA 4G4CA 1L00A 230LA 3B0OA 2YDGA 4B4IA 2Q9EA 4W94A 1B7NA 4WMGA 125LA 1L01A 4LYMA 4WLYA 168LA 2G4PA 1L43A 1I20A 1XEJA 2CDSA 4X3BA 3CQLA 1LHKA 4I7OA 2OEAX 1WTNA 2W1LA 4YEMA 4G9SA 240LA 4ARPA 4DT3A 5FDJA 4ARQB 2DQFC 1L06A 4UWUA 1JTNA 1LJ4A 1UIDA 2EQLA 3DN6A 1BQLY 6LYZA 5I4YA 1IO5A 1J1XY 190LA 3SBBC 1L70A 2YBHA 3DN1A 255LA 113LA 2HEEA 5APEA 2IGCA 187LA 1IIZA 1GFRA 1B5XA 1L14A 1LWKA 215LA 1QSBA 1L71A 1L30A 2HECA 1ALCA 237LA 4NSHA 1HEPA 1C63A 4W56A 1WQPA 1C6QA 2Z18A 2YBNA 161LA 3DKEX 1WQMA 4NGYA 3IJUA 1CKCA 1IC7Y 2Z2EA 4NWEA 4KL7A 4OW1A 1WVVA 3T36A 3HU9A 4WM1A 148LE 1PZYA 3V2WA 2ZQ4A 3CSRA 4WG7A 2L78A 1C6FA 3CT0A 1IP6A 3WYHA 4NHIA 1LI3A 213LA 2LYOA 2BLXA 2D4JA 1NKHA 4ZFPA 1LW9A 2DKVA 2QARC 2Z6BA 4N8ZA 229LA 4DD0A 1FLWA 2B6XA 1DPXA 3WXUA 4BAPA 1JKBA 1JKDA 4H8ZA 5HLLA 1LSEA 1G7JC 1UIGA 5D5CA 5HNLA 4Z41A 2C8PA 123LA 1FLYA 4GCDA 1JHLA 5KXTA 1CVKA 1G7IC 2B6TA 3GUNA 235LA 2A7FA 1IWVA 4J1BA 1L51A 1ZV5L 1LMCA 2RBOA 1FKVA 4WO6A 252LA 1L22A 1TBYA 1L73A 1F6RA 1RCMA 2BQKA 4NGZA 1L44A 2A7DA 4HP0A 134LA 1L49A 1GE3A 5KXWA 1C67A 1GBSA 3WL2A 1BVKC 2IHLA 3FI7A 3NYAA 3W6FA 4I7PA 2MEAA 1PQMA 1ZURA 1L87A 1L67A 2PC2A 1REMA 257LA 1G1WA 2XQOA 4CFOA 1L18A 1SLYA 191LA 4GCFA 3C7WA 1QT6A 2HU1A 3EO5A 5LAGA 2F30A 4W53A 153LA 2MEEA 5B1FA 1L05A 3G3VA 219LA 225LA 1OVHA 1LJIA 1LTMA 1GE2A 1OWZA 4DDAA 2FBDA 1B7OA 5APDA 4OWBA 1KXXA 1FKQA 146LA 3A6CY 243LA 4I7NA 1GEVA 195LA 1UC0A 1D2WA 2XBRA 5I5QA 2G4QA 1OUGA 3P66A 196LA 1D2YA 5AMYA 1QUOA 1L09A 4H9IA 4ARMA 5F9XA 1YAPA 4NG1A 3ZVQA 1C6BA 4EOFA 3RNXA 1LMAA 1UICA 1GB0A 4PK0A 4Z98A 4LGKA 1LSFA 5FCPA 218LA 3JR6A 3RU5A 151LA 111LA 3DN8A 1JIYA 3C8SA 3P4ZA 2G4NA 1YAMA 4PRUA 4XJIA 4LT1A 1XJTA 3W6AA 5LZMA 1L99A 7LYZA 3AW7A 1XFPL 1LZ4A 185LA 115LA 4B4EA 3C82A 1LZ1A 4OOOA 1LYSA 1L96A 1BWJA 2BQCA 2XJWA 216LA 2IFFY 174LA 1B7MA 180LA 2EIZC 2ZYPA 3N9EA 1B6IA 3D9AC 5LIOA 2ZILA 1A2YC 3AW6A 3D3DA 4WM6A 1F6SA 4EXMA 1L0KA 4EMNA 1WTHA 5LYTA 3B0KA 1LSZA 1GFTA 1L38A 4WLTA 3K3TA 5IDDA 1D0LA 1QTEA 1ZMYL 1DKJA 2H9KA 5APFA 4NGOA 1QT7A 253LA 5I14A 1CV0A 4RLNA 5A3ZA 2Z2FA 1HENA 2BQIA 2OTYX 3AZ7A 1GF5A 2Q9DA 5F9UA 1OP9B 1D3NA 3HT9A 1QIOA 4KT3A 4FJRA 4GLVA 1GF0A 1IEEA 3F6ZA 3AYQA 5HNCA 3FA0A 2RH1A 1QSQA 1LLHA 1E8LA 4ML7A 3RW8A 3EBAB 4DC4A 259LA 250LA 4QY9A 1T3PA 1B7PA 137LA 1FBIX 5L9JA 1L59A 1BB5A 189LA 5KXLA 1LZCA 1NHEA 2HEDA 2MEBA 1OUCA 214LA 1QSWA 1ZWNA 4W54A 2LYZA 3G3AB 3RUNA 3L2XA 1QTCA 5KKJA 1L90A 2LCBA 3QNGA 1CKFA 1LKSA 1QDTA 1LPIA 4GN3A 1L20A 1WVUA 1UIHA 4H9CA 3OE8A 4UWNA 1B7QA 8LYZA 1JSFA 4H9BA 2RB2X 1C46A 4GBRB 129LA 4W59A 4YF2A 2BQOA 1TAYA 236LA 1LGUA 1GDWA 1QT3A 1WTMA 1WQNA 1B7RA 3PDSA 142LA 2HUKA 4GCBA 5LVIA 4DKLA 4ZPUA 1G7MC 4EKSA 5LA5A 1L26A 5KXPA 3HFMY 5DLAA 1NF5A 1GFGA 1BVXA 4HTKA 1CJ6A 261LA 3TMWA 5L3HA 4Z3MA 4HJYA 184LA 1CU5A 1DYGA 3CSZA 1K28A 1P56A 2ZNWY 226LA 1L47A 4GN4A 254LA 3BKVA 1CKDA 1IWUA 4NWHA 3TXKA 2ZIKA 2C8OA 4NGKA 1C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JTM A;  4DQ5 A;  1PQO A;  4HPI A;  2YBM A;  1L65 A;  1L34 A;  4LDL A;  1IOT A;  1DYD A;  4RLM A;  4I7R A;  5FHW A;  1L57 A;  2O4W A;  1F0W A;  3LZ2 A;  4WL6 A;  1GF3 A;  3W6D A;  1KW7 A;  2OE9 X;  1L76 A;  2ZWB A;  1G7H C;  1B0D A;  3FE0 A;  1OUH A;  1YIK A;  4HTN A;  112L A;  1IOR A;  210L A;  2D4I A;  2NWD X;  4ANR A;  4G4C A;  1L00 A;  230L A;  3B0O A;  2YDG A;  4B4I A;  2Q9E A;  4W94 A;  1B7N A;  4WMG A;  125L A;  1L01 A;  4LYM A;  4WLY A;  168L A;  2G4P A;  1L43 A;  1I20 A;  1XEJ A;  2CDS A;  4X3B A;  3CQL A;  1LHK A;  4I7O A;  2OEA X;  1WTN A;  2W1L A;  4YEM A;  4G9S A;  240L A;  4ARP A;  4DT3 A;  5FDJ A;  4ARQ B;  2DQF C;  1L06 A;  4UWU A;  1JTN A;  1LJ4 A;  1UID A;  2EQL A;  3DN6 A;  1BQL Y;  6LYZ A;  5I4Y A;  1IO5 A;  1J1X Y;  190L A;  3SBB C;  1L70 A;  2YBH A;  3DN1 A;  255L A;  113L A;  2HEE A;  5APE A;  2IGC A;  187L A;  1IIZ A;  1GFR A;  1B5X A;  1L14 A;  1LWK A;  215L A;  1QSB A;  1L71 A;  1L30 A;  2HEC A;  1ALC A;  237L A;  4NSH A;  1HEP A;  1C63 A;  4W56 A;  1WQP A;  1C6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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