1L61A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPNLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l61A00
107LA 259LA 3CDRA 144LA 1KY1A 4EKQA 127LA 3HU8A 3JR6A 177LA 1OWYA 239LA 2LZMA 261LA 1LYGA 4I7QA 1CX6A 4ARPA 238LA 4E97A 1L53A 3DN6A 1LI3A 251LA 1QUOA 3HUKA 4EPFA 1L71A 172LA 3NY9A 1L40A 3SB9A 1KY0A 197LA 166LA 3HT9A 1C66A 3C83A 3LZMA 4I7RA 1L30A 1L36A 190LA 126LA 4AQNA 1L49A 1C61A 140LA 1C6CA 2B70A 1L43A 257LA 149LA 1L10A 1D3JA 4ARJA 1L25A 3HH6A 1KW7A 3HUAA 1D3NA 139LA 2RAZX 4YX7C 2F32A 1L06A 1L31A 4ARMA 1CTWA 1CU2A 104LA 1L15A 3HUQA 1XEPA 222LA 1L80A 1ZYTA 3K2RA 150LA 1G06A 2OE9X 156LA 2QB0B 1L68A 3DNAA 223LA 1B6IA 4PK0A 1L18A 4LZMA 3G3WA 1C6MA 1T97A 109LA 108LA 1L99A 1LPYA 3CDOA 2RB0X 1L61A 171LA 216LA 2O7AA 2HUMA 1L63A 1QTVA 1QTZA 1C6TA 3SB7A 152LA 3DN2A 4LDLA 1L69A 3DN0A 1D9WA 1DYDA 1CV3A 1QTBA 138LA 1LGWA 1T8GA 4ZPUA 1G0JA 1L82A 3EMLA 1L20A 1L04A 3DMVA 3V2YA 184LA 4ARLA 1C65A 3C82A 241LA 3NYAA 1KW5A 4ARMB 1C6LA 123LA 1XJTA 1L66A 256LA 2NTHA 1C64A 1L57A 1L34A 3GUJA 4LDOA 2O4WA 1L98A 3HDEA 1L90A 1L07A 1LYIA 3GUOA 181LA 1QT4A 3GUPA 1CV5A 191LA 178LA 1JTNA 1G0MA 1QT3A 232LA 4EXMA 2RBSA 1ZWNA 242LA 2OTZX 1CU5A 187LA 1SSYA 4W57A 1CV1A 206LA 1C6BA 1L01A 3C80A 3HU9A 3DN1A 1PQIA 1CUPA 1L23A 145LA 151LA 1LGUA 217LA 240LA 4EKPA 186LA 3L2XA 111LA 1LI6A 1L38A 1LWGA 1QUDA 258LA 2RBQA 174LA 1G0PA 214LA 3F9LA 158LA 1OYUA 4W56A 1OVJA 236LA 3DN8A 2OEAX 1L13A 1L42A 1L45A 3V2WA 1L03A 1P36A 1L83A 110LA 1QTDA 231LA 176LA 2RBRA 1QS9A 1L59A 4W59A 1DYGA 226LA 213LA 1PQOA 3D4SA 2B75A 230LA 3DN3A 3G3XA 143LA 2Q9EA 3C7YA 244LA 160LA 168LA 2ANVA 2B72A 1L29A 1QSBA 1L27A 1CU3A 4EKSA 218LA 1JTMA 3F8VA 243LA 1T8FA 1L19A 1OVKA 233LA 1L93A 3VW7A 170LA 1C67A 246LA 4PJZA 1QT6A 2LCBA 5I14A 1L51A 225LA 1L74A 2B6XA 4I7NA 1D3FA 248LA 2B6TA 255LA 128LA 4W58A 1L37A 1L09A 3HTGA 3HTFA 2B6WA 3SN6R 2RB2X 1L87A 3G3VA 3RUNA 4I7LA 1L67A 1L52A 221LA 4ARQA 3HWLA 1P2RA 1L95A 247LA 182LA 228LA 3HDFA 1LYHA 1T8AA 249LA 1L44A 2B6YA 1L17A 201LA 1WTHA 3DMXA 1CV4A 250LA 1PQKA 1PQDA 3HH4A 3C7WA 1CU6A 1L81A 4GRVA 1C6KA 1L97A 7LZMA 254LA 1C6GA 1D3MA 3DMZA 2OE7X 165LA 3PBLA 3OE0A 1C63A 4EJ4A 4DAJA 3GUIA 3OE6A 2OU9A 3GULA 1L84A 2B6ZA 4S0WA 1P46A 2RAYX 1C6AA 1L47A 129LA 1D2YA 1DYEA 209LA 118LA 3HT8A 3L64A 164LA 141LA 205LA 2CUUA 3SB8A 227LA 2B7XA 1G0GA 148LE 210LA 2RBOA 4I7SA 1G0LA 1P6YA 1TLAA 4ARQB 3CDTA 1QUGA 3HTDA 4GBRB 237LA 3C8SA 1L41A 2RBNA 1LGXA 4YXCA 3HH5A 130LA 1P7SA 2HUKA 4OO9A 1L88A 1T6HA 1CV0A 120LA 159LA 2HULA 189LA 1P2LA 1LI2A 1L77A 3OE8A 1L96A 1C68A 2B74A 3FA0A 1L60A 2Z6BA 2IGCA 4EPIA 1L46A 188LA 1LYFA 1L54A 131LA 1LYDA 1CV6A 1P56A 161LA 1L48A 2Q9DA 195LA 2RBPA 3CDQA 1L22A 1L64A 1L65A 1D2WA 1L00A 1CUQA 3HTBA 1L55A 1L76A 175LA 4I7MA 3DKEX 1DYFA 1LLHA 3GUMA 215LA 3GUKA 157LA 1JQUA 262LA 2B73A 119LA 169LA 1CU0A 1C6HA 4W54A 1C62A 1QS5A 1QTCA 3C8QA 5LZMA 1LYJA 1L14A 1PQJA 2LC9A 3C8RA 1L58A 2OU0X 1SSWA 125LA 1C6IA 1DYBA 3C81A 1L92A 112LA 6LZMA 1KS3A 212LA 1K28A 103LA 155LA 4I7PA 3DN4A 1C6PA 1L11A 113LA 1XJUA 3UONA 1OV7A 3GUNA 1LWKA 1QT8A 4W51A 1L75A 1L94A 4DKLA 1L86A 1L0KA 1L56A 1L02A 1SWYA 2L78A 183LA 1G0QA 4W55A 1P64A 211LA 2OTYX 1SX7A 4IAPA 260LA 1P5CA 162LA 4W52A 137LA 1L72A 2ANXA 3CDVA 185LA 1C60A 1L91A 1OV5A 1L32A 245LA 3QAKA 122LA 1QTHA 2OE4X 253LA 1L70A 1C6FA 1C6QA 1QT7A 4I7KA 1L24A 1QSQA 2RH1A 3HH3A 2A4TA 2O79A 1L28A 3SBBC 115LA 4I7OA 1L85A 3C7ZA 4K5YA 1G07A 1G1WA 4I7JA 1QT5A 1L33A 1C6JA 2OU8A 1L73A 1G0KA 1L39A 1PQMA 1L50A 220LA 1P37A 2NTGA 1I6SA 163LA 3FADA 4LDEA 1DYCA 229LA 1P3NA 196LA 224LA 1EPYA 1ZURA 1L05A 1OWZA 173LA 252LA 1G1VA 235LA 4W53A 167LA 3RZEA 3ODUA 1CVKA 4EKRA 3NY8A 4YXAC 3OE9A 1L62A 1L26A 1C6DA 180LA 1L08A 1LYEA 1L79A 1SX2A 234LA 198LA 1L16A 1L35A 200LA 1NHBA 1L12A 1KNIA 1L0JA 3SBAA 1C6EA 1SWZA 147LA 114LA 192LA 2F2QA 142LA 1DYAA 102LA 1QUHA 199LA 3HT7A 2QARC 3PDSA 4I7TA 1L89A 1OVHA 1L21A 1LW9A 2F47A 146LA 219LA 3HT6A 2RB1X 4DJHA 3SB5A 3SB6A 3FI5A 1C69A 1CX7A 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BKVA 2EPEA 1VEDA 4YM8A 1BHZA 4Z46A 2MECA 3TMWA 2LZMA 4I7QA 4UWVA 4EOFA 2XBSA 1LI3A 1JTOL 4XJGA 3HUKA 4EPFA 1LJHA 1LJEA 3AZ5A 5DN5A 2XQOA 172LA 197LA 1GB2A 1C66A 2EQLA 3A6BY 1L30A 4AQNA 126LA 2Q0MX 1AM7A 1L49A 1DI5A 4B4EA 1GFKA 149LA 1L10A 1HMLA 4H9AA 4LT1A 1GF4A 1KW7A 5DLAA 139LA 3B0IA 3N9AA 1L06A 4E3UA 5LVHA 2DQCY 1CTWA 4NGIA 2EKSC 4BS7A 3HUQA 4TX7A 3K2RA 4XJIA 1GFHA 2QB0B 4J1BA 2W1LA 3DNAA 223LA 3K3TA 3G3WA 1T97A 2DQGY 4TSBA 1L99A 1UC0A 1LPYA 1QTKA 1I56A 171LA 1DPWA 1SLYA 1YAOA 1L63A 1QTZA 4YEOA 1TAYA 2XTHA 3SB7A 3IJVA 3ATOA 1L69A 1LMCA 1D9WA 3CT1A 2VB1A 2ZQ4A 1DPXA 2BQDA 2D4JA 2W1MA 5KKJA 2RSCA 3CT5A 1LSFA 1HENA 1B2KA 123LA 4HV1A 1L66A 256LA 4P2EA 1QIOA 1GBWA 1V7SA 4NIJA 1NBYC 1L98A 1NKHA 3J4GA 1L07A 3GUOA 3LYTA 191LA 178LA 232LA 4EXMA 3IJUA 3CB7A 3N9CA 1LZGA 1ZWNA 1CU5A 5KXWA 1YKZX 1AT5A 1HFZA 1CUPA 1JEFA 151LA 217LA 1GPQC 3L2XA 1LI6A 4PRUA 258LA 2LYOA 1HEWA 4NFVA 1G0PA 3F9LA 1GF0A 1OVJA 5FHWA 3DN8A 1LJNA 1IWUA 4RW1A 4W96A 1F10A 2ZNWY 4W94A 3V2WA 1L03A 1L83A 2DQEY 4XJBA 1L59A 4W59A 4XJDA 3DN3A 230LA 2Q9EA 1HNLA 160LA 1WVUA 1IC7Y 1KIRC 1L27A 4NG8A 1LKSA 1JTMA 2G4PA 4ZIXA 5HNLA 3B0KA 2BQMA 3AZ6A 1L93A 4NGWA 5I14A 225LA 4GN3A 4O34A 5C6IA 1LMTA 4W58A 1L37A 1L09A 1OUHA 5KXZA 4GN5C 1XSFA 1CKCA 1L87A 2YVBA 1UBZA 2ZYCA 1JKBA 1OUGA 247LA 182LA 228LA 1T8AA 3OK0A 1IR7A 1FBIX 1L44A 4FJRA 1LCNA 2B6YA 3J6KA 3DMXA 5I53A 250LA 1GDXA 1GHLA 4LFXA 1GFUA 1MELL 1HEPA 5KJ9A 1RE2A 6LYTA 2MEIA 2G4NA 1C45A 1GWDA 3L64A 3SB8A 1LZEA 1CJ9A 1J1OY 2BLXA 5FCPA 3HTDA 5E9RA 3C8SA 4MR1A 1TEWA 3W3EA 3HH5A 1YAMA 4OO9A 1EQEA 1CV0A 2HULA 4GCEA 3WH1A 5HMVA 1P2LA 1C68A 3ATNA 1W6ZA 3FA0A 1L60A 2IGCA 2HU1A 1LZ8A 4M4OA 1L54A 4NHSA 1B0DA 2A7FA 3G3AB 1L22A 1PS5A 1IWWA 1DQJC 1L76A 4WO9A 4LYCA 3A8ZA 3GUKA 5LA5A 157LA 1TDYA 1F6SA 119LA 1NMMA 2MEFA 1RCMA 3HBEX 4NHTA 3GXKA 1QS5A 1IP6A 1QDTA 1VDSA 2LC9A 1L58A 4TWSA 3MGWA 1OUDA 1SSWA 4NSGA 1DYBA 1SQ2L 2I26L 1KS3A 212LA 1B7SA 1KXXA 113LA 1GF9A 3GUNA 4N8ZA 5L3HA 1L75A 1L86A 1HF4A 4LFPA 1L02A 1GB5A 1SWYA 2L78A 183LA 1LHMA 2OTYX 3EMSA 4TSCA 1LTMA 3CSZA 1IORA 1C60A 1OV5A 1H87A 1INUA 3W6DA 1IP4A 7LYZA 253LA 3B72A 5LXWA 1L70A 4QDNA 1C6QA 3W6FA 1IOTA 1L24A 1KXYA 2O79A 2Z2FA 1GAZA 3LZTA 1BWIA 1REMA 2ZYPA 1WQNA 4IASA 2YDGA 1NDGC 1L33A 1L73A 1G0KA 2BQEA 2NTGA 220LA 2Z12A 4QY9A 1FKQA 1XGUC 1YQVY 196LA 1L05A 1OWZA 252LA 4W53A 1OUFA 167LA 4NY5A 1FLYA 1LZAA 5I5QA 1QDRA 3WVXA 1IO5A 1D9UA 3A3RX 4ET9A 2BAAA 4NGVA 4WM4A 4NGJA 2Z39A 2F2QA 1YIKA 102LA 4LYOA 199LA 4H9IA 3HT7A 5I4YA 1L89A 1LJJA 1OVHA 1L21A 5IDDA 146LA 5I4WA 3WU9A 1CX7A 3FI7A 1JJ0A 4WO6A 1HEOA 5T3FA 4EKQA 127LA 3JR6A 1LJGA 4UWUA 239LA 3EO5A 3SP3A 2FYDA 4LYTA 1OUJA 1L53A 5B1GA 2BQNA 3A67Y 5HLLA 3WUNA 1KXWA 1QUOA 1LSYA 1L71A 1L40A 1DI4A 1I1ZA 3T6UA 4H8XA 1V7TA 1OUCA 2LZ2A 4B4IA 2B70A 1NF5A 1JSEA 4GCBA 1LMQA 5KKIA 1YL1X 1D3JA 4HTKA 3HUAA 4H91A 1BVXA 4YX7C 2F32A 4YEMA 1LHIA 104LA 4MCKA 1XEPA 222LA 1IVMA 1G06A 4ML7A 156LA 3WULA 1L18A 4G4BA 1LZ6A 4NGYA 1YKYX 109LA 108LA 5C6JA 2RB0X 1FLQA 2HUMA 1QTVA 152LA 2DQFC 3DN0A 1GXV2 2F2NA 1CV3A 3A34A 4XADA 2N5ZA 1O23A 1CJ7A 4G9SA 3ULRA 1G0JA 1NQIA 1HSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3BKV A;  2EPE A;  1VED A;  4YM8 A;  1BHZ A;  4Z46 A;  2MEC A;  3TMW A;  2LZM A;  4I7Q A;  4UWV A;  4EOF A;  2XBS A;  1LI3 A;  1JTO L;  4XJG A;  3HUK A;  4EPF A;  1LJH A;  1LJE A;  3AZ5 A;  5DN5 A;  2XQO A;  172L A;  197L A;  1GB2 A;  1C66 A;  2EQL A;  3A6B Y;  1L30 A;  4AQN A;  126L A;  2Q0M X;  1AM7 A;  1L49 A;  1DI5 A;  4B4E A;  1GFK A;  149L A;  1L10 A;  1HML A;  4H9A A;  4LT1 A;  1GF4 A;  1KW7 A;  5DLA A;  139L A;  3B0I A;  3N9A A;  1L06 A;  4E3U A;  5LVH A;  2DQC Y;  1CTW A;  4NGI A;  2EKS C;  4BS7 A;  3HUQ A;  4TX7 A;  3K2R A;  4XJI A;  1GFH A;  2QB0 B;  4J1B A;  2W1L A;  3DNA A;  223L A;  3K3T A;  3G3W A;  1T97 A;  2DQG Y;  4TSB A;  1L99 A;  1UC0 A;  1LPY A;  1QTK A;  1I56 A;  171L A;  1DPW A;  1SLY A;  1YAO A;  1L63 A;  1QTZ A;  4YEO A;  1TAY A;  2XTH A;  3SB7 A;  3IJV A;  3ATO A;  1L69 A;  1LMC A;  1D9W A;  3CT1 A;  2VB1 A;  2ZQ4 A;  1DPX A;  2BQD A;  2D4J A;  2W1M A;  5KKJ A;  2RSC A;  3CT5 A;  1LSF A;  1HEN A;  1B2K A;  123L A;  4HV1 A;  1L66 A;  256L A;  4P2E A;  1QIO A;  1GBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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