1L62A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEDGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l62A00
2Z6BA 1L10A 243LA 4I7PA 1NHBA 3HH6A 1L67A 235LA 1L50A 110LA 1L18A 238LA 3HH5A 1C6PA 2OU8A 241LA 1CV4A 1L40A 4W58A 167LA 1L58A 3DKEX 3V2WA 4I7MA 159LA 1P36A 1C6JA 1L02A 1L42A 4YXCA 1QUOA 4E97A 1L08A 230LA 1LPYA 1C64A 3CDQA 152LA 1L87A 3C83A 1CUQA 1L90A 1LGWA 2L78A 1B6IA 3L2XA 4DKLA 2A4TA 256LA 2RBOA 1ZWNA 1SX2A 1L85A 4ARMB 4PK0A 1LYJA 253LA 4W56A 3HH4A 4I7JA 192LA 6LZMA 212LA 1P7SA 3NY8A 1L69A 210LA 196LA 125LA 174LA 1C6MA 1L21A 3DN4A 3SB7A 3V2YA 4ARQB 1CU6A 1PQDA 222LA 249LA 1L98A 1C6BA 1L47A 1C6AA 1L88A 219LA 2OE9X 1L37A 4YX7C 3GUNA 2LC9A 1L73A 1OWZA 199LA 200LA 2NTHA 4W53A 1L83A 1DYCA 3SB9A 1L35A 1P56A 225LA 3GUKA 1LI6A 1D2WA 1LI2A 1L81A 1EPYA 1L44A 2OU0X 122LA 1L31A 1L28A 180LA 1L97A 1XJUA 191LA 4LDOA 4I7OA 165LA 1T6HA 236LA 2B6ZA 4IAPA 4ARJA 1LWGA 3DMZA 211LA 184LA 242LA 138LA 2RBRA 3DMXA 2B6YA 1LYHA 1P46A 1D9WA 1L51A 1DYBA 1L11A 1L41A 3CDRA 3SBAA 3G3XA 254LA 156LA 260LA 3CDVA 1C61A 4DAJA 1P6YA 1L14A 1T97A 1CV3A 1L74A 1XJTA 2RH1A 1D2YA 3F8VA 3L64A 111LA 1KNIA 1I6SA 1L89A 1JTNA 1CV5A 1P2RA 1L54A 1QSQA 3OE6A 2B73A 4EPFA 1CU3A 103LA 1CTWA 4EJ4A 4YXAC 3SB6A 2B6XA 1L49A 3NYAA 248LA 215LA 3SBBC 3CDOA 3HU8A 3C8QA 3HUQA 1L72A 1DYFA 3PBLA 2B6TA 146LA 1T8AA 1CU2A 4W54A 1LYEA 1D3NA 4W51A 2CUUA 3DN2A 229LA 214LA 2RBSA 4LZMA 1DYAA 1P2LA 109LA 1G0LA 4I7LA 216LA 1L86A 150LA 1L96A 3GUJA 1QT6A 1LW9A 2ANVA 1L12A 1LWKA 1L45A 148LE 1L55A 4EKQA 3RUNA 1L26A 2QARC 1L82A 3DN6A 206LA 1PQKA 161LA 1KY0A 1T8FA 1C6FA 3G3WA 3SN6R 4I7RA 1QT3A 3VW7A 102LA 178LA 2RAYX 4ARQA 1L07A 1LGXA 1QTVA 3HTGA 1QT4A 1C6NA 2OE7X 1L03A 2QB0B 120LA 1C6EA 3JR6A 1G0MA 147LA 1L95A 209LA 1PQJA 128LA 2OU9A 4LDLA 1L27A 1L92A 1G07A 220LA 3EMLA 118LA 107LA 1C6CA 1L63A 2RB0X 1L59A 123LA 1QTZA 221LA 1SX7A 1OWYA 3C81A 3D4SA 1P64A 3OE8A 1L36A 1LYDA 1G06A 223LA 1L06A 1C66A 171LA 3HTBA 257LA 2NTGA 1C6QA 3QAKA 1L32A 252LA 3GUMA 3NY9A 3C7ZA 1CU0A 1SSYA 3HH3A 1P3NA 1OYUA 4EKRA 1CU5A 1L80A 3HT8A 126LA 2RBNA 228LA 3G3VA 1G0KA 4DJHA 1L23A 112LA 1L91A 3HWLA 170LA 1D3FA 1L62A 1QT8A 187LA 2OE4X 3HT7A 4W52A 183LA 234LA 1G1VA 1CX7A 1SSWA 1CV0A 1C69A 1LGUA 1L60A 2OEAX 4I7SA 255LA 195LA 1C67A 4S0WA 1C62A 2RB2X 1C6GA 140LA 1L38A 1LLHA 1L13A 4EXMA 1D3MA 1C63A 1L48A 1L57A 143LA 1C60A 1QTCA 1OVHA 1P37A 158LA 1PQMA 3SB8A 2LCBA 3C8SA 3HDFA 4K5YA 233LA 166LA 1L99A 262LA 1L79A 142LA 1L77A 3HU9A 1L29A 1KW7A 1L04A 4EKPA 3HDEA 1L05A 217LA 1JTMA 1K28A 1L64A 3OE9A 1DYDA 1C65A 3DN3A 2O4WA 232LA 1QUHA 3F9LA 155LA 1L46A 1C6DA 3C7YA 4AQNA 3C8RA 1C6LA 1L09A 3C82A 2IGCA 4OO9A 1L53A 3GUOA 224LA 4I7TA 2Q9EA 1CV6A 239LA 4ARPA 2F2QA 3GUPA 186LA 237LA 3FI5A 4ARMA 2B75A 3DN8A 4GBRB 244LA 1L24A 1G0JA 1L30A 3HT6A 2ANXA 2OTZX 231LA 3DNAA 1L00A 1QUDA 1SWZA 4ZPUA 127LA 1LYFA 3HUAA 246LA 2B74A 1L94A 1DYEA 1L76A 1OV7A 137LA 1WTHA 1CVKA 2B6WA 250LA 3OE0A 3DN1A 162LA 3DMVA 4W55A 1L52A 1C68A 1QT5A 1L66A 2RBQA 1OVJA 4W57A 181LA 2HUKA 1L43A 4EKSA 2O7AA 1LI3A 141LA 114LA 1JQUA 182LA 2B7XA 3RZEA 1C6KA 188LA 3UONA 213LA 1L34A 1PQIA 227LA 1L93A 1QS5A 149LA 259LA 2B72A 2HUMA 115LA 205LA 1XEPA 3FA0A 3SB5A 1L33A 2F32A 1L71A 218LA 3GULA 1L20A 261LA 3HTDA 1OV5A 3C7WA 139LA 1L39A 175LA 1G0PA 1L70A 1L68A 151LA 245LA 2F47A 5I14A 2RBPA 172LA 189LA 251LA 1QS9A 130LA 108LA 1L0KA 1QTDA 2LZMA 4W59A 247LA 3PDSA 1L65A 1D3JA 1L19A 3HT9A 1ZURA 1G0GA 1OVKA 113LA 163LA 1QTBA 3CDTA 2B70A 1LYIA 1C6HA 1T8GA 1ZYTA 1QSBA 4ARLA 198LA 2Q9DA 1L17A 3FADA 1CV1A 168LA 1C6IA 1L25A 226LA 131LA 1CUPA 1L16A 3HUKA 1L75A 2O79A 1QT7A 1L84A 240LA 157LA 169LA 1CX6A 1L0JA 201LA 258LA 2OTYX 129LA 1DYGA 1QUGA 104LA 3ODUA 1L01A 1KS3A 3K2RA 1L56A 1TLAA 176LA 3LZMA 4I7QA 119LA 1LYGA 1QTHA 3HTFA 1C6TA 197LA 3DN0A 3GUIA 1PQOA 5LZMA 1G1WA 7LZMA 4LDEA 177LA 1SWYA 145LA 1G0QA 4GRVA 1L22A 185LA 1P5CA 190LA 1L15A 1KY1A 173LA 144LA 1L61A 2RAZX 160LA 4I7KA 2HULA 164LA 4I7NA 4EPIA 4PJZA 2RB1X 3C80A 1KW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I54A 4I7PA 1BVXA 2LYZA 3HH5A 1C6PA 2OU8A 1XGPC 1J1XY 1REZA 1GBXA 3IJUA 1CKFA 3HBDA 1KIQC 3V2WA 1VDTA 1P36A 3WPKA 5IHGA 4J1BA 2BQEA 1LZEA 1LPYA 4PJ2C 152LA 1CKCA 3C83A 1L90A 2RBOA 2FYCA 4G49A 1LZDA 1TAYA 2ZWBA 2BQDA 1LMAA 1B7SA 4J7VA 154LA 1AKIA 5AMYA 4LGKA 4H1PA 196LA 1B9OA 1GPQC 1L21A 3QY4A 3LZTA 4ARQB 1CU6A 4Z46A 4HV2A 5LIOA 3WH1A 7LYZA 1L88A 1L37A 1GFTA 2LC9A 2D4JA 1HSXA 200LA 3TMUA 3SB9A 1L35A 4RLMA 2YBNA 1D2WA 4BADA 1GFAA 1EPYA 1L44A 122LA 4QDNA 1L31A 3WXTA 1LMCA 1LZSA 165LA 236LA 2B6ZA 4KXIA 2DQGY 4WMGA 3DMZA 1G7JC 2B6YA 1XEJA 1DYBA 2F4GA 3CDRA 1LKSA 3G3XA 3QE8A 3CDVA 1IOSA 1PZYA 1L14A 2YBJA 4MSTA 1V7SA 1D2YA 4BS7A 4LT1A 1J1OY 1GFRA 1QSWA 4Z98A 1P2RA 1L54A 3WU9A 1RI8B 1DZBX 2B6XA 1L49A 1GBYA 3HU8A 3TXGA 4AXTA 3HUQA 2Z2EA 4W54A 2CUUA 3CSZA 3GXKA 1P2LA 1G0LA 3IWRA 1QT6A 2ANVA 1L12A 1F0WA 1L45A 4H93A 5LVHA 1GF3A 3RUNA 1L26A 1RFPA 1LHLA 161LA 1T8FA 1NMMA 3SN6R 3A3QA 4I7RA 2Z2FA 3VW7A 102LA 3B72A 1DI4A 1GXV2 1GBZA 1QTVA 4ETDA 1QT4A 1C6NA 4IASA 2QB0B 1PQJA 4H9IA 1BWIA 4R0FA 3WUNA 1GF5A 1GFJA 2EQLA 3TMXA 220LA 3EMLA 5KXRA 2ZYCA 4NHSA 1JJ1A 5KY1A 1QDRA 1QTZA 1UIAA 4ETAA 1P64A 1CKGA 4XJDA 1LZ1A 171LA 3TXEA 3N9CA 3C7ZA 1CU0A 5B1GA 3HH3A 5HMVA 2RBNA 1IVMA 228LA 5L9JA 1G0KA 4DJHA 112LA 3AZ6A 1ZVHL 1D3FA 3LYMA 187LA 2OE4X 3LN2A 3HT7A 1SSWA 1C69A 3A67Y 4II8A 1B5VA 2CWIA 5ILCA 1L60A 5II3A 3K3TA 4ET9A 5HQ1A 1C67A 2F4AA 4NHQA 4NEBA 4NHTA 1AT6A 2EPEA 3AZ4A 1GFEA 2MEHA 1GE3A 2H5ZA 1KXWA 3CQLA 1HEWA 3HDFA 2H9JA 233LA 5FELA 142LA 1L77A 1L29A 1LJKA 1GE4A 3LYOA 5KXSA 217LA 1JTMA 3CB7A 4EMNA 4NSGA 1GB8A 4B4EA 5L3IA 4YEMA 1LZYA 3C7YA 1C6LA 1F10A 3C82A 1IP6A 3W6AA 4I7TA 1GE2A 239LA 1LSYA 5KXXA 244LA 1INUA 1JTOL 2D91A 1QQYA 2ANXA 2OTZX 1D6PA 1FBIX 3OK0A 1SWZA 4DDAA 1RE2A 1LYFA 1JKBA 246LA 1DYEA 1LJIA 5LINA 1WTHA 2YBHA 3SP3A 4B4JA 1GAYA 3DMVA 5APCA 1NQIA 1OVJA 1NDMC 1IP5A 5FEKA 181LA 2F2NA 5LVJA 1VFBC 4EKSA 4GCFA 2HU1A 1GB2A 4HPEA 5I5QA 2DBTA 1JQUA 4RLNA 1GF7A 5IDDA 2B7XA 1C6KA 1CKHA 188LA 3UONA 4NGLA 4NHPA 1L34A 1NDGC 1QUSA 2HEFA 3FI7A 1DI5A 1CKDA 3HBEX 1LSCA 1QDTA 1L33A 4MR1A 1LYZA 175LA 1IORA 151LA 2F47A 3P65A 1B7PA 1GE1A 1YANA 3WPJA 5DL9A 1YAPA 1HELA 1LMQA 189LA 4XJIA 1QS9A 3D9AC 5DN5A 247LA 2D4IA 1W6ZA 1D3JA 1IP7A 2LZ2A 4LT0A 1G0GA 1LSEA 2B70A 3AYQA 1ZYTA 1T8GA 4UWUA 1QSBA 1REXA 1YAOA 1ZV5L 4RW1A 1L16A 1L75A 1WQMA 157LA 1HERA 1L0JA 129LA 1DYGA 3WULA 1UUZC 1QIOA 1UIEA 1BB4A 3LZMA 4PRUA 4I7QA 5HMJA 1AZFA 4GCDA 5D5CA 5LZMA 177LA 1SWYA 1EL1A 1KIRC 185LA 1L15A 132LA 173LA 144LA 5LYZA 4O34A 5IELA 1H87A 4I7NA 3AZ7A 1D0LA 4PHIA 2I25L 4NHIA 1G7IC 1KXXA 1L10A 1VDPA 1VEDA 153LA 4KT3A 3HH6A 1L67A 235LA 1L50A 3EMSA 4GLVA 4LZTA 5A3EA 241LA 1CV4A 4W58A 3M18B 3A34A 1L58A 1C6JA 1C43A 2PC2A 4YF2A 4YXCA 1QUOA 5C6IA 1HSWA 2ZNXY 4B0DA 3CDQA 1L87A 1CUQA 2L78A 2A4TA 256LA 5I4XA 1E8LA 1TEWA 1FKVA 1CJ6A 1LSNA 6LYTA 3B6LA 1IC7Y 2Z39A 4W56A 1LYJA 2YVBA 2EKSC 3TXFA 6LZMA 212LA 3NY8A 210LA 4KPMA 125LA 1HENA 4G4BA 3EO5A 4WO6A 1L98A 3A91A 1C6BA 1L47A 3W6DA 219LA 2OE9X 1D6QA 1WQPA 4Z3MA 208LA 1T6VL 2BQGA 3F6ZA 1P56A 225LA 1LI2A 1A2YC 1YKZX 1XJUA 1ZMYL 4HJVA 3ZVQB 4LYCA 2CJLA 4I7OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5I54 A;  4I7P A;  1BVX A;  2LYZ A;  3HH5 A;  1C6P A;  2OU8 A;  1XGP C;  1J1X Y;  1REZ A;  1GBX A;  3IJU A;  1CKF A;  3HBD A;  1KIQ C;  3V2W A;  1VDT A;  1P36 A;  3WPK A;  5IHG A;  4J1B A;  2BQE A;  1LZE A;  1LPY A;  4PJ2 C;  152L A;  1CKC A;  3C83 A;  1L90 A;  2RBO A;  2FYC A;  4G49 A;  1LZD A;  1TAY A;  2ZWB A;  2BQD A;  1LMA A;  1B7S A;  4J7V A;  154L A;  1AKI A;  5AMY A;  4LGK A;  4H1P A;  196L A;  1B9O A;  1GPQ C;  1L21 A;  3QY4 A;  3LZT A;  4ARQ B;  1CU6 A;  4Z46 A;  4HV2 A;  5LIO A;  3WH1 A;  7LYZ A;  1L88 A;  1L37 A;  1GFT A;  2LC9 A;  2D4J A;  1HSX A;  200L A;  3TMU A;  3SB9 A;  1L35 A;  4RLM A;  2YBN A;  1D2W A;  4BAD A;  1GFA A;  1EPY A;  1L44 A;  122L A;  4QDN A;  1L31 A;  3WXT A;  1LMC A;  1LZS A;  165L A;  236L A;  2B6Z A;  4KXI A;  2DQG Y;  4WMG A;  3DMZ A;  1G7J C;  2B6Y A;  1XEJ A;  1DYB A;  2F4G A;  3CDR A;  1LKS A;  3G3X A;  3QE8 A;  3CDV A;  1IOS A;  1PZY A;  1L14 A;  2YBJ A;  4MST A;  1V7S A;  1D2Y A;  4BS7 A;  4LT1 A;  1J1O Y;  1GFR A;  1QSW A;  4Z98 A;  1P2R A;  1L54 A; 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