1L62A

Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEDGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Analysis of the interaction between charged side chains and the alpha-helix dipole using designed thermostable mutants of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l62A00
1L42A 3F8VA 3NY9A 1LI3A 1L00A 252LA 1LLHA 259LA 222LA 3D4SA 1OVJA 2LZMA 1C6EA 1L85A 170LA 3FA0A 3HT7A 2RAYX 1L73A 1ZWNA 227LA 1L28A 3C7ZA 1PQIA 1L50A 1D3MA 1CV0A 143LA 1KS3A 253LA 2RBQA 3OE6A 1L33A 1D3JA 1P2LA 1L05A 1C62A 1QUGA 1T8GA 169LA 201LA 1L90A 230LA 1D9WA 1QS9A 1G0LA 1L04A 1C6BA 1OV7A 111LA 3V2YA 1T8FA 6LZMA 123LA 1P3NA 1C6QA 2O79A 256LA 1SSWA 249LA 1L47A 146LA 1C6KA 225LA 3HUQA 1C61A 3V2WA 175LA 1PQKA 1CU2A 3HH4A 1QT4A 3ODUA 1L45A 3NY8A 1L71A 4LDOA 2ANXA 1QUHA 1L70A 1L65A 1QT5A 157LA 2RBSA 1C65A 191LA 1LI6A 137LA 1WTHA 1LYDA 2HUKA 233LA 4YX7C 4W55A 102LA 1L14A 1G0MA 239LA 120LA 3CDRA 1QTVA 1QSQA 3HUKA 3HTGA 1LWKA 260LA 3RUNA 2Q9EA 3F9LA 3OE0A 2RB0X 5LZMA 1C6NA 3CDQA 1L96A 2B72A 251LA 104LA 174LA 172LA 4EKSA 1LW9A 3DN6A 2RBOA 4ARQB 1G1VA 1ZURA 1L39A 1DYEA 173LA 1QUOA 2ANVA 3GUJA 1L76A 107LA 210LA 1L98A 2O7AA 189LA 2B6WA 149LA 1QTCA 3DN3A 3DN1A 197LA 4EPFA 2RB2X 2LC9A 1C69A 1G0KA 4ARLA 2NTGA 220LA 3GULA 1L32A 1L79A 1L86A 3G3WA 1G06A 1KY1A 4ARMB 2B75A 4EXMA 1T6HA 1XJUA 131LA 126LA 219LA 4I7QA 1KY0A 3SBAA 1LI2A 3VW7A 1C6DA 2B6ZA 4ARQA 1C6HA 195LA 1L43A 1L89A 223LA 1G0GA 3SBBC 2B74A 144LA 1L82A 145LA 1B6IA 4I7NA 1PQJA 1C6FA 4W58A 1SWZA 247LA 4W53A 5I14A 2QARC 160LA 1L62A 1QSBA 1C64A 200LA 150LA 231LA 255LA 3QAKA 4PJZA 1L67A 1L93A 1L52A 1ZYTA 1L27A 1P46A 2F32A 3CDVA 1P56A 2L78A 3G3VA 2B6TA 4YXCA 1C60A 1QT6A 3C83A 3HH5A 1L95A 261LA 4E97A 159LA 3OE9A 4I7PA 186LA 2F47A 3C8SA 2Z6BA 1D2WA 1PQOA 3C8RA 152LA 3HU9A 1C66A 125LA 1L25A 215LA 4I7RA 158LA 3L2XA 4K5YA 1TLAA 1C6AA 3SB8A 2B70A 1KW5A 1L54A 254LA 3HU8A 3UONA 113LA 238LA 4I7KA 1LYIA 1C6IA 1D3NA 1LWGA 1L19A 3HWLA 3NYAA 162LA 1OVHA 232LA 1L91A 4I7OA 4S0WA 4EKQA 2RBNA 1OVKA 3C82A 3CDOA 1L09A 224LA 1L18A 209LA 4W52A 3HH3A 3GUIA 1CV5A 1L22A 2O4WA 240LA 3CDTA 2CUUA 4I7JA 119LA 4DAJA 4I7MA 4LDEA 1C6LA 1XJTA 3SB9A 1L48A 1P36A 3DN8A 1L0JA 1L26A 218LA 1L46A 1T8AA 4I7TA 4YXAC 155LA 234LA 2B6YA 1CU3A 129LA 2OU9A 4I7SA 1L16A 3DN2A 127LA 1L97A 1L83A 3JR6A 138LA 1L0KA 235LA 142LA 1L80A 1L81A 198LA 1P7SA 1LYHA 4IAPA 1LYEA 1I6SA 180LA 1DYCA 1OV5A 2OE9X 3HTDA 1L49A 3DKEX 229LA 151LA 1D3FA 1K28A 226LA 4LZMA 3FADA 1L40A 122LA 185LA 4GRVA 3HT8A 1L21A 1L34A 3HTBA 3DMVA 110LA 3HTFA 2OE4X 1QS5A 1LGXA 2RBPA 1G1WA 1CV3A 2B7XA 1LPYA 163LA 244LA 4AQNA 1L60A 3PBLA 1DYDA 1L37A 1L02A 1L20A 2OE7X 3DN0A 1G0JA 130LA 4EPIA 1L07A 1L24A 1D2YA 188LA 1L68A 4I7LA 228LA 1L06A 181LA 4W54A 3L64A 1L15A 161LA 4EJ4A 1CUQA 183LA 1PQMA 1CVKA 7LZMA 1DYFA 1L99A 1QTHA 4ARMA 1L69A 1C6MA 2OEAX 2OU8A 4PK0A 187LA 3GUNA 2IGCA 3SB6A 4DJHA 2QB0B 1CV1A 1L77A 168LA 3GUKA 3RZEA 3HDEA 1SX2A 1QT7A 3DMXA 3GUOA 1SX7A 1CU6A 171LA 108LA 1CTWA 1CUPA 1L01A 2RB1X 1P64A 4W51A 257LA 141LA 1LYGA 1DYAA 139LA 147LA 1L87A 2HULA 1JQUA 1CU5A 3G3XA 1L84A 2OU0X 1C6PA 3PDSA 2OTZX 1C6CA 114LA 1C6TA 112LA 1NHBA 164LA 1JTMA 3HT6A 3HDFA 3OE8A 1C68A 1C6GA 3K2RA 118LA 221LA 250LA 1L44A 140LA 1L10A 1EPYA 1P5CA 3C8QA 3GUMA 4LDLA 1JTNA 192LA 242LA 3C80A 1CX7A 1L88A 190LA 178LA 1L74A 2HUMA 1L11A 115LA 1L53A 216LA 1OWYA 4OO9A 1L03A 1L41A 1T97A 3C81A 1QTDA 2NTHA 1KW7A 1L55A 1P6YA 1QUDA 3DMZA 1G0QA 217LA 205LA 3C7YA 4EKRA 237LA 2RH1A 1L59A 2RAZX 1QT3A 4W59A 206LA 1L66A 1OYUA 3FI5A 1QTZA 1L35A 211LA 182LA 156LA 4ARPA 148LE 214LA 262LA 165LA 1DYBA 196LA 1CV6A 3SB7A 128LA 3SB5A 1KNIA 1C67A 1L30A 1L38A 3C7WA 3SN6R 1L58A 1L17A 1L75A 2LCBA 1P37A 1SSYA 243LA 4W56A 1PQDA 199LA 1L57A 3HUAA 1C63A 1SWYA 2B73A 2RBRA 212LA 1L31A 1L72A 1L12A 248LA 246LA 1G07A 1L94A 2Q9DA 3LZMA 1C6JA 109LA 1L92A 1L64A 176LA 236LA 258LA 167LA 245LA 1L08A 1L13A 184LA 1LGWA 213LA 1L23A 1OWZA 1L36A 1L63A 3HT9A 1QT8A 3HH6A 1LYJA 1LYFA 4EKPA 1CU0A 103LA 1L51A 2A4TA 3EMLA 177LA 1L29A 166LA 3GUPA 4ZPUA 4ARJA 4DKLA 1CX6A 3DNAA 1XEPA 1CV4A 1P2RA 1QTBA 1DYGA 241LA 2F2QA 1L56A 2B6XA 1G0PA 3DN4A 2OTYX 4W57A 1LGUA 1L61A 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C10A 1LI3A 2X0AA 1YL0X 1GB5A 1OVJA 1IY3A 3FA0A 1A4VA 1L73A 1B5YA 1H87A 1F0WA 4NGWA 1XSFA 3GXRA 1QUSA 1IWWA 143LA 1KS3A 1QDTA 2Z38A 1I56A 1C62A 1QUGA 2MEBA 3W6CA 5FEKA 1L90A 1D9WA 1QS9A 2LHMA 1C6BA 1REXA 4DD7A 2D6BA 1IP6A 1C6QA 1HC0A 1LZYA 1LZAA 1C6KA 4XJDA 3HUQA 4IASA 1VFBC 4BAFA 1B7OA 1JIYA 1QT4A 3ODUA 4HV1A 157LA 2RBSA 3WU8A 2ZNXY 191LA 1LI6A 2H9KA 1IC4Y 4YX7C 2W1LA 102LA 1G0MA 120LA 4W94A 1GHLA 3HTGA 1B5WA 260LA 2DQHY 3LYZA 4HPIA 1OUEA 2RB0X 3CDQA 1FLYA 5DN5A 1GEZA 1C08C 174LA 3WVXA 3DN6A 2RBOA 1AZFA 1C7PA 2I26L 2LZ2A 4ARQB 4RW1A 2BQIA 1L39A 173LA 2ANVA 1QTCA 1IY4A 4EPFA 3FI7A 2LC9A 1C69A 2NTGA 3M3UA 1L79A 4ARMB 4BAPA 4LYOA 2CWIA 3P65A 1T6HA 3AZ5A 4XJFA 4B49A 131LA 1UIFA 1MLCE 219LA 4C5FA 1NDMC 4OWBA 1LI2A 2B6ZA 194LA 2MEGA 4HPEA 1IWYA 4LT2A 223LA 1L82A 1C6FA 5APFA 160LA 1L62A 150LA 3QAKA 1L93A 1L52A 3G3AB 1YQVY 4WO6A 4YXCA 3G3VA 1UIBA 4FJRA 3SP3A 4NFVA 2BQJA 1LHLA 4DDAA 159LA 2F47A 4N0JA 2Z2EA 1PQOA 1LSAA 1W6ZA 152LA 4WL7A 1LJ3A 1TAYA 1KW5A 1WTMA 1LZEA 238LA 1LJ4A 4Z41A 1MELL 1LWGA 1LMPA 2EIZC 2HEBA 3NYAA 1JUGA 2W1XA 3CSQA 1EL1A 3AGHA 2DQAA 2D91A 4J1AA 4RW2A 4H9AA 4M6DA 2CUUA 3RNXA 1YAOA 2Z2FA 119LA 3WL2A 4DAJA 4ET8A 5FSTA 1JKDA 4LYMA 2G4NA 1P36A 218LA 1HSWA 2DQFC 4I7SA 4A7DA 1LYOA 1L97A 2HUBA 3ATOA 2MEAA 1XGRC 3A94A 1L80A 4OWAA 198LA 1I6SA 3AZ4A 4WLDA 3TXHA 1BB3A 1JISA 3J6KA 151LA 1LHMA 1K28A 5F81A 4N8ZA 1UUZC 2BAAA 3A6CY 2MEIA 3HTFA 3AW6A 4W96A 2OE4X 1LHHA 1GFAA 1LPYA 4WL6A 1L60A 1L37A 2F2NA 1IR9A 2OE7X 1IWVA 3DN0A 3AZ6A 130LA 1L07A 5HLLA 4I7LA 1LSZA 4NHSA 1L15A 161LA 1JKAA 1GWDA 1HEPA 4J7VA 5FCPA 4PK0A 187LA 3GUNA 5B59A 4DJHA 2QB0B 1CV1A 3TXBA 5KXTA 3TXDA 3GUOA 5L3IA 1HHLA 4NWHA 4W51A 257LA 1T3PA 5LAFA 3ZVQA 1L84A 4OWCA 1C6PA 1BB7A 3PDSA 112LA 1NHBA 4OWHA 2HEDA 4XENA 3OE8A 4WG7A 4RLMA 118LA 1JJ1A 1NF5A 5DM9A 1L44A 1L10A 1LCNA 1P5CA 2A7FA 1OP9B 4H8ZA 1JTNA 1LHKA 4BS7A 4GN5C 178LA 2BQEA 4XJHA 1T6VL 4XN6A 1CJ8A 1OWYA 1UIHA 1L41A 1GB0A 1D0MA 1WQQA 3WMKA 1L55A 2Z39A 1JPOA 2ZYCA 2Z37A 2RAZX 1QT3A 1XEJA 1L66A 3TXGA 4B4JA 1L35A 148LE 3E3DA 5KY1A 4IATA 3GXKA 1KNIA 1C67A 1P37A 2DQGY 3HUAA 1C63A 4NSJA 1L31A 1L12A 1XFPL 3LYTA 4XJIA 1KXWA 1L94A 2Q9DA 3LZMA 3KAMA 1DKKA 3AGGG 245LA 2HEFA 5DL9A 1LZDA 1OWZA 193LA 1JEFA 1L36A 4HTQA 5C6JA 4XJBA 1LYJA 1LYFA 2D4IA 4TSBA 103LA 4WM3A 2A4TA 2ZWBA 4DKLA 4OW1A 4FDYA 1XEPA 1UICA 4DD9A 4B4EA 2BQHA 1IX0A 4DD0A 2YBHA 4O34A 1LZSA 1LZ5A 1IWZA 1DXJA 1HEWA 4LYBA 208LA 3NY9A 5APCA 1LZRA 1G7IC 252LA 1LYYA 1B5ZA 259LA 2BQNA 1VEDA 170LA 5A3EA 1OQMA 1HELA 3WU9A 1LMAA 1IOTA 4KL7A 5KXNA 3C7ZA 3OK0A 1JTOL 1G7LC 5D5FA 2C8PA 1D3MA 5KXZA 2RBQA 1D3JA 1L05A 4I0CA 169LA 2BQGA 230LA 1OV7A 1IC7Y 1T8FA 123LA 5KXWA 1GF4A 4LT3A 1GDWA 1L47A 225LA 1LJFA 2HU3A 1GXXA 1LSBA 4G4CA 1GF5A 1JWRA 4J1BA 3WPKA 1WQOA 5C6IA 1L65A 4QDNA 5JENB 3CSRA 137LA 1IIZA 1WVUA 2AUBA 4PRUA 4HTKA 4J0LA 1QTVA 1QSQA 3ULRA 1P2CC 3A8ZA 3OE0A 5LZMA 5E4PA 1L96A 1AKIA 4EKSA 3VWOA 1B5UA 1GE4A 1GB3A 4G4HA 3WUMA 1DYEA 1D9UA 2GV0A 1L76A 4B1AA 4EMNA 1B2KA 1L98A 189LA 1HEQA 2O7AA 5B1FA 2B6WA 5KXOA 197LA 6LYZA 2G4QA 1G0KA 220LA 4NGIA 3GULA 4N9RA 5KXMA 1GFKA 1G06A 1ZVYB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C10 A;  1LI3 A;  2X0A A;  1YL0 X;  1GB5 A;  1OVJ A;  1IY3 A;  3FA0 A;  1A4V A;  1L73 A;  1B5Y A;  1H87 A;  1F0W A;  4NGW A;  1XSF A;  3GXR A;  1QUS A;  1IWW A;  143L A;  1KS3 A;  1QDT A;  2Z38 A;  1I56 A;  1C62 A;  1QUG A;  2MEB A;  3W6C A;  5FEK A;  1L90 A;  1D9W A;  1QS9 A;  2LHM A;  1C6B A;  1REX A;  4DD7 A;  2D6B A;  1IP6 A;  1C6Q A;  1HC0 A;  1LZY A;  1LZA A;  1C6K A;  4XJD A;  3HUQ A;  4IAS A;  1VFB C;  4BAF A;  1B7O A;  1JIY A;  1QT4 A;  3ODU A;  4HV1 A;  157L A;  2RBS A;  3WU8 A;  2ZNX Y;  191L A;  1LI6 A;  2H9K A;  1IC4 Y;  4YX7 C;  2W1L A;  102L A;  1G0M A;  120L A;  4W94 A;  1GHL A;  3HTG A;  1B5W A;  260L A;  2DQH Y;  3LYZ A;  4HPI A;  1OUE A;  2RB0 X;  3CDQ A;  1FLY A;  5DN5 A;  1GEZ A;  1C08 C;  174L A;  3WVX A;  3DN6 A;  2RBO A;  1AZF A;  1C7P A;  2I26 L;  2LZ2 A;  4ARQ B;  4RW1 A;  2BQI A;  1L39 A;  173L A;  2ANV A;  1QTC A;  1IY4 A;  4EPF A;  3FI7 A;  2LC9 A;  1C69 A;  2NTG A;  3M3U A;  1L79 A;  4ARM B;  4BAP A;  4LYO A;  2CWI A;  3P65 A;  1T6H A;  3AZ5 A;  4XJF A;  4B49 A; 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