1L69A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l69A00
1OYUA 4GRVA 1DYAA 1QT5A 1L0JA 168LA 3HTGA 1CU2A 3FI5A 236LA 2B6ZA 1C63A 2OTYX 1L09A 3ODUA 1L45A 127LA 3L2XA 169LA 1CV1A 138LA 1CUPA 1KY0A 254LA 1L95A 1L14A 1C6JA 1L46A 4EJ4A 1PQOA 3F8VA 1G0MA 210LA 1SWZA 3HT6A 2OU9A 1L10A 4I7MA 252LA 1L89A 3DN0A 131LA 4EKRA 1C62A 3CDRA 4ARQB 1C6EA 1L53A 1JQUA 1ZYTA 1L11A 1CUQA 157LA 1WTHA 3V2YA 4W57A 164LA 3HH5A 187LA 1L08A 1CX6A 1C6NA 1L0KA 4YXCA 3RUNA 3GUNA 2QB0B 174LA 1QSBA 180LA 218LA 170LA 240LA 4LDOA 197LA 1L42A 1L05A 1LWKA 175LA 1LYHA 1XJUA 256LA 184LA 2QARC 4DJHA 1LWGA 4ARMA 163LA 3HTBA 2RBQA 246LA 1QTVA 1G0GA 217LA 215LA 143LA 1C66A 1CV3A 1L32A 1L97A 1DYBA 1OWYA 122LA 110LA 147LA 1LI6A 1L99A 182LA 2O79A 146LA 3HT7A 3HH4A 4EKQA 2A4TA 1OVHA 144LA 1G0LA 3EMLA 3FA0A 112LA 212LA 2RBSA 4PJZA 1L91A 2B6YA 1C6PA 3PBLA 1ZWNA 1C6DA 1QUHA 1T8GA 1LYGA 206LA 3C8QA 1QT6A 1G1VA 2IGCA 1D2YA 3SB5A 1L60A 3GUKA 3HH6A 1L23A 3SB8A 4LDEA 2B7XA 1LYFA 3C80A 3HUAA 251LA 2OU0X 245LA 2LCBA 2OE4X 259LA 1L87A 3DN4A 1L66A 1SSYA 1L29A 130LA 4W55A 3SBAA 1PQIA 1D3NA 2B6WA 223LA 244LA 196LA 1L06A 1KW5A 1LW9A 3G3WA 2RBNA 1L38A 119LA 1C6IA 1C61A 1L20A 1L70A 1DYDA 4EPFA 1PQKA 1T6HA 1L12A 1CU0A 5I14A 2RBOA 1SWYA 2OE9X 172LA 1L37A 1L00A 1CV5A 1L49A 1G06A 1L31A 3HDEA 1P64A 108LA 255LA 1QTDA 1CX7A 102LA 1C6FA 137LA 1G0JA 4ARMB 1C64A 3GUMA 190LA 2B72A 186LA 249LA 2B6XA 183LA 3DN2A 4W52A 111LA 3HU8A 2OEAX 2OU8A 3HT9A 3C81A 1C69A 3NY9A 1C6BA 1C6KA 1L81A 1LYDA 3G3VA 2L78A 209LA 1D3FA 3GULA 226LA 1SX7A 213LA 250LA 2LZMA 1QSQA 1G07A 1L90A 3G3XA 1NHBA 177LA 3C83A 4ARJA 159LA 4EXMA 1L72A 1QUDA 1C6QA 1LLHA 1C6HA 4LDLA 2RB2X 125LA 3RZEA 7LZMA 3PDSA 1L92A 1LGWA 141LA 1OV7A 257LA 1G1WA 205LA 1L52A 3HH3A 4EKPA 1SX2A 150LA 145LA 1L86A 1EPYA 4W51A 1QTBA 1L54A 3VW7A 1L36A 1L88A 109LA 1L74A 173LA 1CU6A 1L26A 3DN8A 1G0QA 1L79A 3HUKA 1L40A 3SN6R 1D3JA 1DYEA 2NTHA 128LA 4I7SA 1P2RA 1L47A 148LE 1D9WA 2ANVA 1DYFA 2Q9DA 248LA 140LA 234LA 2F32A 118LA 1L48A 1OWZA 3CDVA 4YX7C 3C7ZA 3JR6A 1P56A 1LPYA 3HU9A 2OTZX 1PQMA 1XJTA 1L56A 1D3MA 1OVKA 3GUJA 1KS3A 4YXAC 1L94A 2F2QA 3C8RA 142LA 1L55A 1P7SA 103LA 2CUUA 200LA 3HUQA 1L85A 1L28A 3OE9A 211LA 2ANXA 3NY8A 3DN1A 3C7WA 1L75A 3OE0A 1PQDA 1L62A 1QS5A 1L83A 227LA 228LA 1L04A 243LA 178LA 4K5YA 5LZMA 3QAKA 1CVKA 160LA 214LA 4S0WA 1L65A 129LA 1C60A 201LA 1QTCA 1L61A 3DNAA 4GBRB 115LA 232LA 1QS9A 3LZMA 1L30A 165LA 1L50A 1TLAA 176LA 3CDOA 1KW7A 192LA 3HTFA 4I7KA 1DYGA 4I7RA 1L96A 2RBPA 1L19A 4W53A 139LA 3FADA 1L93A 199LA 1CTWA 229LA 114LA 1QUOA 262LA 1L21A 4W58A 3UONA 6LZMA 3SB9A 1L67A 1L82A 235LA 3GUPA 1XEPA 195LA 253LA 4W59A 258LA 1LYEA 1L69A 1L76A 3SB6A 4EPIA 3OE6A 247LA 1ZURA 188LA 222LA 1CU3A 1CV0A 1L80A 4I7NA 1L73A 241LA 1L22A 1L25A 4I7QA 1KNIA 3HT8A 1CU5A 1L51A 171LA 1L16A 1OV5A 3CDTA 1JTNA 149LA 2RB0X 4I7TA 3DMZA 1QT8A 2HUMA 2RAZX 2RB1X 1G0PA 219LA 1QTHA 1T8FA 1SSWA 1L71A 230LA 1LYIA 1L15A 1CV6A 3DN6A 181LA 1PQJA 2O4WA 3F9LA 238LA 1DYCA 3K2RA 4W54A 2B75A 3OE8A 1B6IA 1QT4A 2NTGA 2B74A 1D2WA 4ARLA 4AQNA 1C6TA 1C6AA 158LA 1C6MA 2O7AA 3HDFA 2HUKA 161LA 4ARPA 3GUIA 1P37A 185LA 1CV4A 216LA 233LA 1L59A 1L01A 3NYAA 1C6CA 1P3NA 1JTMA 1G0KA 1QUGA 4OO9A 4DAJA 1L07A 261LA 4W56A 1T97A 1C65A 1LI2A 1L57A 237LA 1LYJA 1QTZA 3DMVA 1L39A 1P5CA 4I7LA 220LA 104LA 1L02A 1LGUA 1QT3A 4LZMA 225LA 1L35A 3C7YA 1KY1A 3GUOA 152LA 3HTDA 4DKLA 126LA 4IAPA 123LA 3L64A 155LA 4ARQA 1L68A 2RH1A 1I6SA 1L63A 191LA 1L18A 4EKSA 1L03A 1L33A 260LA 3C82A 3DN3A 1C6GA 167LA 166LA 1P6YA 2HULA 2LC9A 107LA 189LA 4I7PA 2B70A 120LA 151LA 2OE7X 1L58A 1LI3A 1L24A 3SBBC 198LA 1L17A 2B6TA 3D4SA 1L64A 242LA 1T8AA 1OVJA 2B73A 3V2WA 3DMXA 162LA 1L13A 1L34A 3CDQA 1L44A 2RAYX 1L98A 113LA 3DKEX 2RBRA 4ZPUA 156LA 224LA 221LA 1L27A 1L43A 1L84A 3HWLA 1P46A 2F47A 4E97A 1P2LA 1C6LA 4PK0A 4I7JA 1C67A 1K28A 3C8SA 231LA 1LGXA 3SB7A 2Z6BA 1QT7A 2Q9EA 4I7OA 239LA 1C68A 1P36A 1L77A 1L41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4PA 1IC4Y 1WQQA 2HEEA 1BB5A 3FI5A 1GFHA 4U3XB 4ML7A 1YAQA 2Z19A 1SWZA 1GPQC 2CDSA 1UUZC 1AKIA 3DN0A 1GF5A 1L53A 4RW2A 1HF4A 1IWWA 4DD3A 1NKHA 1L08A 1CX6A 1C6NA 1L0KA 1B7MA 1IP5A 1I56A 4H93A 3A90A 1YAPA 1GF0A 1LZ9A 1LYHA 1XJUA 256LA 3WPJA 3HFMY 1QTVA 1I1ZA 4J7VA 5HLLA 1DYBA 5LINA 147LA 1L99A 3HT7A 3HBHA 3TXGA 4EKQA 1QTKA 2BQBA 1IWZA 1OVHA 4NIJA 1BB7A 144LA 1G0LA 2Z18A 3EMLA 1L91A 2DQAA 1LYGA 2DQIY 5FSTA 1B7SA 2HU3A 4H8ZA 1D2YA 1IR7A 1VDSA 3AGIA 3GUKA 5B1FA 1GB2A 3SB8A 4LDEA 5LIOA 1A2YC 3C80A 3N9EA 5APFA 2LCBA 4Z46A 3B0KA 1FLUA 2MEIA 1IORA 1L29A 1GBOA 4LYBA 4CFOA 4C5FA 1GB5A 1GBZA 1IY4A 1C61A 4WLTA 3HBDA 1LSZA 1LMOA 1T6HA 3A8ZA 4LYOA 4HJZA 1L37A 1LZ8A 1L49A 3HDEA 1IIZA 5HMVA 1CX7A 2BQAA 2Z2FA 3GUMA 1REMA 1LCNA 4PJ2C 4W52A 4D9ZA 2LZTA 2OEAX 3HT9A 3C81A 3NY9A 4H9AA 4HV1A 5LVGA 1LYDA 209LA 3GULA 1LJ3A 5L3HA 5C6IA 4LT2A 2BQCA 1B2KA 2G4NA 1GFGA 3G3XA 1YAMA 1LSDA 1GF8A 3P4ZA 4EXMA 1LLHA 1C6HA 3RZEA 125LA 3PDSA 3W6FA 4RW1A 3F6ZA 1F6SA 4H94A 8LYZA 1CKCA 1H6MA 3P68A 150LA 1BVXA 1EPYA 1LZAA 1OUFA 1QTBA 1L54A 1VDTA 1UBZA 2MEFA 4XJFA 3VWOA 3DN8A 1E8LA 1L79A 1DYEA 1L47A 4WM6A 1D9WA 5ILFA 1DYFA 3WL2A 234LA 118LA 4ANRA 5FEKA 1OWZA 2A7DA 3JR6A 3W6EA 1B5ZA 4KXIA 1LMNA 3AW6A 5LVIA 1GBSA 1XEKA 1G7MC 3B0OA 1C08C 4YXAC 142LA 1GBWA 4GLAA 3HUQA 3OE9A 2ZIJA 4W94A 3OE0A 5JENB 1IP6A 1PQDA 1YILA 4A7DA 178LA 3OJPA 4UWNA 214LA 1C60A 5KXSA 4EMNA 1GB0A 1GFTA 1QS9A 2YBJA 3WYHA 1GF6A 3TMVA 176LA 2Z37A 4TSBA 2YSSC 3CDOA 1KW7A 2A7FA 192LA 4NWEA 4BAFA 2ZWBA 1L96A 1IWYA 1HELA 2ZQ4A 1L19A 4W53A 1GAZA 4NGZA 2F30A 4X3BA 1JUGA 2FBBA 199LA 5KKIA 1CTWA 3W3EA 1DQJC 114LA 4TTDA 4QGZA 1XEPA 195LA 4FDYA 2BQHA 4W59A 4DD9A 258LA 1LYEA 1L76A 3CB7A 3TXJA 222LA 1CU3A 4Z98A 1BGIA 4W96A 4XJDA 1L73A 4Z41A 4NGLA 1IP7A 241LA 1Z55A 3FE0A 3CQLA 2F2NA 4ZEEA 171LA 1L16A 1GBYA 1OV5A 5J7CA 149LA 1YKZX 4I7TA 2EIZC 4NG1A 3TXEA 4NHPA 1HENA 3WPLA 4GCEA 1T8FA 1T6VL 1IO5A 2IFFY 1LSNA 238LA 2D91A 1DYCA 3K2RA 5LAGA 3G3AB 4DD1A 1RJCB 1LMAA 5FCPA 1FKQA 3T6UA 1HERA 2X0AA 4LFPA 2BQKA 1P3NA 1GBXA 1JTMA 1F0WA 1QUSA 4DD2A 261LA 1ALCA 4W56A 1C65A 2W1YA 2BQNA 237LA 1LYJA 1QTZA 1LHJA 1OUJA 3EMSA 4GCFA 4I7LA 2Z2EA 104LA 1IP1A 225LA 3ZEKA 4ET8A 4DKLA 207LA 1RCMA 2DBTA 1LZYA 4YM8A 3CT0A 2C8OA 4B4IA 5DM9A 1QTEA 4HTNA 1I6SA 1OP9B 4EKSA 3C82A 1H87A 1C6GA 1GB3A 2HULA 2LC9A 5KXMA 1NDMC 4H9BA 3CSZA 151LA 4WM1A 2OE7X 5F14A 1LI3A 3QE8A 1ZV5L 1IEEA 4H9CA 4WG7A 3TMWA 1WQPA 3A93A 242LA 1T8AA 4DC4A 4WLDA 3DMXA 162LA 3TXDA 4HP0A 3A3RX 3DKEX 1DPXA 4ZPUA 156LA 221LA 1VAUA 1HFZA 4MR1A 1P46A 2F47A 1C6LA 3P64A 1HSXA 1GB6A 1XGUC 1C67A 3C8SA 231LA 5HQ1A 4II8A 2VB1A 239LA 1C68A 1P36A 4GRVA 1LSFA 1QT5A 1GE1A 3IWRA 1IP4A 236LA 2B6ZA 4DQ7A 1C63A 1L45A 3L2XA 1KY0A 2W1MA 4NHSA 7LYZA 1L46A 4H91A 1G0MA 3A91A 5FELA 252LA 1L89A 5E9RA 1C62A 1C6EA 3AGGG 2CJLA 1GE4A 1ZYTA 157LA 3V2YA 3HH5A 187LA 1IY3A 1OUGA 1GFEA 1LZRA 3WVXA 2QB0B 1QSBA 1SQ2L 3AZ4A 3A92A 180LA 1LJIA 240LA 1IR9A 4LT0A 4LDOA 5FDJA 175LA 1RI8B 4XJHA 3WU8A 4IJ4A 163LA 1LPIA 3J6KA 1OUDA 4WO9A 2BQJA 1LSBA 1G0GA 215LA 1L32A 1L97A 1VDPA 1OWYA 3TXIA 182LA 5E4PA 4AGAA 3WW6A 1ZMYL 5B05A 2HEDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G4P A;  1IC4 Y;  1WQQ A;  2HEE A;  1BB5 A;  3FI5 A;  1GFH A;  4U3X B;  4ML7 A;  1YAQ A;  2Z19 A;  1SWZ A;  1GPQ C;  2CDS A;  1UUZ C;  1AKI A;  3DN0 A;  1GF5 A;  1L53 A;  4RW2 A;  1HF4 A;  1IWW A;  4DD3 A;  1NKH A;  1L08 A;  1CX6 A;  1C6N A;  1L0K A;  1B7M A;  1IP5 A;  1I56 A;  4H93 A;  3A90 A;  1YAP A;  1GF0 A;  1LZ9 A;  1LYH A;  1XJU A;  256L A;  3WPJ A;  3HFM Y;  1QTV A;  1I1Z A;  4J7V A;  5HLL A;  1DYB A;  5LIN A;  147L A;  1L99 A;  3HT7 A;  3HBH A;  3TXG A;  4EKQ A;  1QTK A;  2BQB A;  1IWZ A;  1OVH A;  4NIJ A;  1BB7 A;  144L A;  1G0L A;  2Z18 A;  3EML A;  1L91 A;  2DQA A;  1LYG A;  2DQI Y;  5FST A;  1B7S A;  2HU3 A;  4H8Z A;  1D2Y A;  1IR7 A;  1VDS A;  3AGI A;  3GUK A;  5B1F A;  1GB2 A;  3SB8 A;  4LDE A;  5LIO A;  1A2Y C;  3C80 A;  3N9E A;  5APF A;  2LCB A;  4Z46 A;  3B0K A;  1FLU A;  2MEI A;  1IOR A;  1L29 A;  1GBO A;  4LYB A;  4CFO A;  4C5F A;  1GB5 A;  1GBZ A;  1IY4 A;  1C61 A;  4WLT A;  3HBD A;  1LSZ A;  1LMO A;  1T6H A;  3A8Z A;  4LYO A;  4HJZ A;  1L37 A;  1LZ8 A;  1L49 A;  3HDE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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