1L72A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l72A00
3GUJA 1L30A 3C81A 1T8GA 1C6KA 185LA 1L40A 2L78A 1LI3A 1L34A 3CDRA 3GUMA 1L16A 3HT9A 1QSQA 3HDFA 1QT3A 1L31A 1KY1A 138LA 1G0MA 1C61A 1C66A 127LA 258LA 1L63A 1G0PA 1G0GA 2OTZX 1L42A 1LWGA 1SSYA 4GRVA 251LA 141LA 2RBSA 226LA 3GUPA 180LA 1LGXA 1C6MA 4K5YA 164LA 1C6HA 1CV0A 1L66A 1QTCA 255LA 2Q9DA 1OV5A 1CU2A 2B75A 1L69A 3HUKA 1L10A 3OE6A 113LA 1LPYA 2HULA 1L95A 3HDEA 3C7ZA 1L54A 1PQIA 1QT4A 2B73A 3SB7A 259LA 2B72A 1P2RA 1T8AA 166LA 3OE0A 3NY8A 4S0WA 3ODUA 1C6PA 1G0LA 229LA 4I7SA 2RB2X 4EKQA 252LA 4I7NA 4YXCA 246LA 1L08A 104LA 2LZMA 3F9LA 3HU9A 115LA 3V2YA 4EKRA 4DAJA 3C83A 3EMLA 2B74A 3OE9A 4LZMA 1G0QA 1L75A 1LGUA 4E97A 1L03A 1L36A 172LA 1SWYA 3DN4A 3HTDA 1CX6A 1LYIA 2NTGA 1D2WA 120LA 1L04A 142LA 1G1VA 1C6LA 1P46A 2B7XA 1L18A 2F32A 4EXMA 1CUPA 147LA 1QT5A 1L29A 2O4WA 2RBNA 3SB6A 170LA 1L01A 1L83A 1CX7A 1OWYA 248LA 1D2YA 3FA0A 4W54A 3HTGA 1L89A 2HUKA 3CDTA 1QTHA 2LC9A 1L45A 1L24A 1C63A 1NHBA 1D3MA 169LA 1L49A 4W59A 7LZMA 1G1WA 1C65A 156LA 139LA 1L58A 1P5CA 4W53A 4EJ4A 197LA 238LA 3HT8A 152LA 1G0KA 1KW5A 1L97A 2RBPA 3LZMA 4DKLA 4IAPA 1P7SA 3DN6A 1P64A 2OU9A 1QUGA 1T6HA 178LA 1C6CA 192LA 1JTMA 227LA 1L57A 4LDEA 261LA 3CDQA 4GBRB 1CUQA 257LA 4ZPUA 1L50A 1L61A 2OE9X 128LA 1G0JA 3HUAA 140LA 1ZWNA 3D4SA 3DN1A 4W55A 1LYEA 2QB0B 1L23A 1L53A 118LA 1CU6A 3HWLA 4ARLA 1L84A 1KY0A 187LA 1L11A 219LA 110LA 4ARMB 1LYFA 1PQJA 3NY9A 217LA 2OE4X 1LLHA 3PBLA 1C69A 1DYDA 1L91A 3DMVA 167LA 4DJHA 1SSWA 1C68A 1JTNA 2A4TA 1G06A 3HH3A 3C7WA 1L37A 1DYBA 175LA 186LA 3GULA 1C6BA 3G3VA 4AQNA 216LA 253LA 4W58A 1P36A 3CDVA 2RBQA 241LA 1QT8A 2B6WA 1C6EA 1T97A 160LA 102LA 1CU0A 1L70A 212LA 4I7TA 3C8QA 1LYJA 1C6GA 109LA 2RB0X 2Z6BA 1L20A 1L13A 3C7YA 131LA 221LA 3GUIA 1L22A 1QS9A 4PJZA 3HT6A 4W56A 220LA 3JR6A 190LA 1B6IA 1C60A 3L64A 2B6YA 1LI6A 181LA 148LE 3C82A 1L90A 1C6AA 1L15A 1CV4A 1L46A 1L80A 125LA 3HH5A 6LZMA 1LYGA 3HUQA 1L44A 1OVKA 1QTBA 3DNAA 1L65A 4EPIA 3G3XA 1WTHA 3SBBC 1P6YA 1C62A 1L52A 1XEPA 1P2LA 1LYHA 1L51A 108LA 4I7PA 1PQKA 242LA 199LA 1KW7A 1DYFA 254LA 218LA 1L81A 215LA 4PK0A 3G3WA 1L0JA 171LA 1LYDA 3C8RA 3VW7A 3RZEA 3C80A 3SB9A 4EKSA 1L12A 2OE7X 188LA 4I7RA 1C6DA 1L55A 247LA 1L38A 4ARQB 143LA 1T8FA 2B6XA 228LA 145LA 1CTWA 3SB8A 200LA 129LA 3K2RA 3SN6R 1L07A 3DMZA 1G07A 4YX7C 1L88A 1QUDA 205LA 1OVJA 1I6SA 157LA 1L21A 1L68A 5I14A 1KNIA 1KS3A 158LA 1C64A 3SB5A 1L33A 1XJTA 1ZURA 3GUOA 1CVKA 3DKEX 1L00A 234LA 1C67A 150LA 243LA 2LCBA 4I7LA 174LA 1JQUA 163LA 2RBOA 3HTFA 1L93A 144LA 1L56A 168LA 250LA 1L87A 211LA 4ARPA 3DN8A 3DN3A 4I7QA 2OEAX 1L39A 1OVHA 1SX7A 195LA 223LA 3CDOA 1PQOA 146LA 114LA 2F47A 1LWKA 173LA 1QUHA 230LA 1EPYA 1LI2A 3HTBA 1DYAA 4EKPA 3DN0A 1C6IA 1CV6A 2QARC 1CV5A 165LA 2HUMA 182LA 1L98A 245LA 2RAYX 3QAKA 239LA 1L43A 1CV3A 1L27A 2B6TA 1L73A 1D3FA 3GUKA 4W51A 112LA 1CU3A 4LDLA 2NTHA 1D9WA 2RAZX 3UONA 4I7MA 1L67A 4I7OA 4W57A 3RUNA 1L64A 122LA 1L94A 126LA 3HU8A 1L71A 2RH1A 2RBRA 1L09A 1C6TA 1PQDA 2ANVA 155LA 1L02A 3GUNA 1L19A 123LA 4ARMA 1P56A 119LA 1L35A 1L41A 1L48A 1LGWA 1QSBA 1L17A 1L25A 2RB1X 233LA 4EPFA 1QT6A 1C6QA 214LA 236LA 3L2XA 1CU5A 1P37A 1L99A 2B70A 210LA 1PQMA 1L28A 1D3NA 1C6FA 198LA 191LA 1XJUA 260LA 1L62A 4I7KA 3FADA 2B6ZA 1L06A 1SX2A 1QS5A 189LA 3C8SA 130LA 1L32A 4ARJA 3FI5A 1OV7A 2CUUA 1L85A 1LW9A 3HH6A 3HT7A 1L74A 1L47A 1L82A 1QUOA 213LA 2OTYX 4W52A 1L60A 107LA 1K28A 2O79A 256LA 4OO9A 235LA 103LA 3V2WA 2O7AA 1QTDA 232LA 2Q9EA 3HH4A 1OYUA 1L14A 1L26A 3OE8A 2F2QA 1DYEA 149LA 4I7JA 1L0KA 1L86A 206LA 1L05A 201LA 209LA 1L79A 1DYCA 5LZMA 2ANXA 1CV1A 1L76A 4LDOA 3SBAA 1QT7A 162LA 1L72A 1OWZA 2OU8A 3F8VA 262LA 1L59A 151LA 1TLAA 240LA 137LA 1L92A 3PDSA 183LA 1L96A 237LA 249LA 1D3JA 244LA 4ARQA 222LA 1C6JA 231LA 176LA 1SWZA 177LA 1P3NA 1QTZA 4YXAC 2OU0X 3NYAA 161LA 3DN2A 1DYGA 1C6NA 2IGCA 3DMXA 111LA 159LA 1ZYTA 225LA 1QTVA 196LA 224LA 184LA 1L77A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ0A 2A7FA 1L30A 3C81A 1LZNA 1CJ8A 1C6KA 3AZ4A 1L34A 1LZCA 2YBIA 4UWVA 1QSQA 4Z46A 1LJHA 2YBNA 1O23A 4YM8A 4PGJB 1GBSA 251LA 141LA 226LA 2XQOA 3GUPA 5F81A 1H87A 1JJ1A 4YF2A 1GFAA 255LA 4QEQA 4WM4A 3QY4A 4XN6A 1GF9A 3HDEA 5KXSA 3C7ZA 1BWIA 4R6CA 1PQIA 259LA 2B72A 166LA 5APEA 3LN2A 3NY8A 3IJUA 4S0WA 1IVMA 3J4GA 3ODUA 1C6PA 3KAMA 1G0LA 229LA 5FHWA 1JPOA 4GN3A 3AZ6A 3CB7A 4NGLA 1IOQA 4I7NA 246LA 1L08A 4HSFA 4B4JA 2BQBA 4CHXA 4EKRA 4DAJA 2MEGA 1DPXA 1CJ9A 1HFXA 1QSAA 1D0KA 3EMLA 4N9RA 3OE9A 4LZMA 4NHIA 2XBSA 1L36A 5LVGA 2NTGA 120LA 1JIYA 4B49A 1L18A 5B06A 2F32A 4EXMA 2O4WA 4WLXA 2D6BA 2HU3A 1CX7A 248LA 5I4WA 1D2YA 1L89A 4BS7A 4PRUA 1L45A 1L24A 1NHBA 169LA 4WLTA 1BVXA 1C65A 4KXIA 156LA 1DI3A 1KW5A 2RBPA 4WL6A 3T36A 5LVJA 4IAPA 3DN6A 5KXRA 1GBOA 192LA 5FSTA 1W6ZA 1LHMA 1JTMA 227LA 1UUZC 261LA 154LA 3HUAA 1LYEA 3FI7A 4CFPA 4DDBA 5IELA 1L84A 5I54A 1C08C 4KPMA 3WH1A 2RSCA 5JENB 3K3TA 1RJCB 1LLHA 4B0DA 1C69A 1DYDA 1GBXA 2A4TA 1DKJA 3C7WA 5KXMA 1L37A 1DYBA 5DL9A 3G3VA 1P36A 4FDYA 1GBYA 4J0LA 3HBDA 5KXLA 4I7TA 3C8QA 4RW1A 4G4BA 3TMXA 4DD1A 221LA 1IOTA 7LYZA 1DXJA 1YKYX 1OUBA 1LYZA 1L90A 1QUSA 1L80A 1NDMC 1LZ5A 4LT2A 1LYGA 2DQIY 4EPIA 1IR9A 1GE3A 1WTHA 3SBBC 4LYBA 4XYYA 1JITA 4H1PA 1JKAA 3WPJA 1GFKA 1L52A 1P2LA 1L51A 5ILCA 108LA 1LZ4A 1YAOA 4I7PA 242LA 1LYYA 1DYFA 2ZNWY 1GXV2 2Z12A 1UCOA 3CSRA 1GB2A 1L81A 3G3WA 1LYDA 3C8RA 4J1AA 3VW7A 1XGQC 5LINA 1IP3A 1C6DA 1L55A 1L38A 2VB1A 3A3RX 4NSHA 1GB7A 2YBHA 200LA 1G07A 2BLXA 1JKBA 205LA 1I6SA 4TWSA 4NY5A 1I1ZA 1GBZA 5I14A 1KS3A 158LA 3FE0A 3EBAB 2BQEA 1GXXA 1LZAA 234LA 3W6FA 1C67A 2DBTA 243LA 2LCBA 2Z19A 6LYTA 1JQUA 2RBOA 1OUFA 144LA 250LA 1L87A 4ET8A 134LA 1LMQA 5LVIA 1PQOA 3B0KA 2F4GA 1QUHA 1DYAA 2H9KA 2QARC 1JUGA 2HUMA 182LA 245LA 4MCKA 1REXA 4DQJA 2RAYX 3QAKA 1YAMA 1HEOA 3A6CY 4N1CC 2BQOA 2ZIKA 3ATNA 1QQYA 2NTHA 4H9BA 2N5ZA 3A6BY 4CFOA 4W57A 3RUNA 2I26L 3HU8A 2RBRA 1L09A 4MR1A 4KL7A 1GF7A 1L02A 4NWEA 4N5RA 1KXYA 2BQGA 4OWEA 2MEHA 3RU5A 5APCA 1L25A 1LMCA 2RB1X 1B7SA 4EPFA 1LJGA 236LA 1CU5A 1L99A 4GCDA 194LA 210LA 1PQMA 1XEJA 1C6FA 4XJGA 1XGRC 4I7KA 5DLAA 4WLYA 2BQMA 4ETDA 4WM6A 1UIEA 1TDYA 2B6ZA 130LA 4J7VA 3B6LA 1B5ZA 1OP9B 4ARJA 153LA 3HH6A 1YAQA 3HT7A 1CKHA 4WO6A 4QGZA 1F6SA 1LMAA 1UA6Y 1K28A 1YANA 2O79A 4OO9A 2ZILA 1JTTL 2I6ZA 3LHMA 1OYUA 1UC0A 9LYZA 4I7JA 1GFTA 3ZEKA 1I56A 1L05A 1DYCA 2ANXA 1L76A 1P2CC 2YVBA 1QT7A 1LZGA 1OWZA 1VDQA 2OU8A 262LA 3LZ2A 2BPUA 1IP5A 1HMKA 1CKDA 4IJ4A 3TMVA 1BB6A 2EKSC 249LA 4GN4A 1D3JA 3WW6A 1DPWA 1GDXA 2DQJY 5KKJA 5KJ9A 2G4NA 3NYAA 1LMTA 3SP3A 1C6NA 3A3QA 159LA 1GB9A 3W3EA 1BQLY 184LA 1IP6A 4NIJA 1B7MA 3A91A 1LJEA 3GUJA 1L40A 1LI3A 3HT9A 4II8A 1L16A 5K7OA 1OUGA 3A95A 4M4OA 1KY1A 1G0MA 3A94A 5F9UA 2G4QA 1UIAA 2ZIJA 2MEBA 1L42A 1SSYA 4GRVA 1LGXA 4K5YA 5LVHA 164LA 1QTCA 2XJWA 3IWRA 1OV5A 1XGUC 1LYSA 1WQNA 3OE6A 3CT5A 5HMJA 2HULA 1L95A 2BAAA 4H9AA 3BKHA 1QT4A 1EQEA 2MEFA 3WMKA 5LYTA 3M18B 4OWAA 1IP7A 1T8AA 3OE0A 2CDSA 5KXYA 4ETEA 1HHLA 5M1YA 1HNLA 4I7SA 5IHGA 3CSZA 4NGZA 4YXCA 4LYZA 115LA 3QE8A 4A7DA 5HQ1A 2W1YA 2CWIA 1IR8A 4DT3A 1G0QA 3WL2A 1LZEA 1L75A 1LGUA 1AM7A 1L03A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ0 A;  2A7F A;  1L30 A;  3C81 A;  1LZN A;  1CJ8 A;  1C6K A;  3AZ4 A;  1L34 A;  1LZC A;  2YBI A;  4UWV A;  1QSQ A;  4Z46 A;  1LJH A;  2YBN A;  1O23 A;  4YM8 A;  4PGJ B;  1GBS A;  251L A;  141L A;  226L A;  2XQO A;  3GUP A;  5F81 A;  1H87 A;  1JJ1 A;  4YF2 A;  1GFA A;  255L A;  4QEQ A;  4WM4 A;  3QY4 A;  4XN6 A;  1GF9 A;  3HDE A;  5KXS A;  3C7Z A;  1BWI A;  4R6C A;  1PQI A;  259L A;  2B72 A;  166L A;  5APE A;  3LN2 A;  3NY8 A;  3IJU A;  4S0W A;  1IVM A;  3J4G A;  3ODU A;  1C6P A;  3KAM A;  1G0L A;  229L A;  5FHW A;  1JPO A;  4GN3 A;  3AZ6 A;  3CB7 A;  4NGL A;  1IOQ A;  4I7N A;  246L A;  1L08 A;  4HSF A;  4B4J A;  2BQB A;  4CHX A;  4EKR A;  4DAJ A;  2MEG A;  1DPX A;  1CJ9 A;  1HFX A;  1QSA A;  1D0K A;  3EML A;  4N9R A;  3OE9 A;  4LZM A;  4NHI A;  2XBS A;  1L36 A;  5LVG A;  2NTG A;  120L A;  1JIY A;  4B49 A;  1L18 A;  5B06 A;  2F32 A;  4EXM A;  2O4W A;  4WLX A;  2D6B A;  2HU3 A;  1CX7 A;  248L A;  5I4W A;  1D2Y A;  1L89 A;  4BS7 A;  4PRU A;  1L45 A;  1L24 A;  1NHB A;  169L A;  4WLT A;  1BVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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