1L73A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l73A00
228LA 2QB0B 3HU8A 199LA 1LLHA 1D2WA 262LA 3V2YA 2B75A 1KNIA 1L63A 4PJZA 2RB1X 4EKPA 3G3WA 4DAJA 4ARJA 1D3JA 1L70A 2Q9DA 214LA 3HUAA 139LA 176LA 1L58A 4EKRA 1L41A 1L08A 1L06A 259LA 2RH1A 1L27A 1L22A 3HH4A 2OEAX 4W56A 3L64A 1L44A 1D9WA 1P2LA 229LA 1QSQA 1LYEA 3OE8A 1L36A 1CU5A 2L78A 3NY8A 2RAZX 212LA 1L98A 3HU9A 257LA 1L94A 253LA 197LA 3C7YA 1L64A 1L88A 1C6CA 1G0MA 172LA 1L19A 1D3MA 149LA 1L02A 1L0KA 1JQUA 1QT8A 2OU8A 180LA 233LA 3F9LA 216LA 6LZMA 1L15A 141LA 1P6YA 3HT6A 1L79A 1G0PA 1L61A 1DYGA 4W58A 2NTHA 3DN2A 104LA 220LA 177LA 142LA 4GRVA 2O7AA 1TLAA 1OYUA 2RBNA 1OVJA 1L68A 1L11A 2B6TA 1LGWA 1L37A 1JTMA 1G1VA 1L14A 162LA 4OO9A 1KY0A 111LA 255LA 2RB2X 252LA 1L38A 1OWYA 2Z6BA 1CUQA 195LA 1XJUA 1P46A 2F32A 225LA 1C6KA 1L00A 4PK0A 131LA 243LA 3HT8A 1LWKA 1QS9A 1QSBA 2B72A 250LA 221LA 3CDOA 2IGCA 4YXCA 239LA 1L77A 4W52A 1P2RA 1SWYA 123LA 1LYJA 1NHBA 2OE9X 126LA 174LA 242LA 1C6LA 201LA 2LC9A 3V2WA 3HT9A 1PQDA 2B6YA 2RAYX 215LA 3OE9A 2QARC 2RBRA 3CDRA 4DJHA 1OV5A 114LA 1QT3A 166LA 2B74A 1L53A 1CU3A 2B73A 1C6NA 4E97A 110LA 1QTVA 175LA 127LA 1C65A 1L17A 1L67A 1XJTA 1L20A 190LA 1L87A 3DMVA 3FADA 1LWGA 1QUOA 230LA 4I7SA 1PQIA 1L04A 1XEPA 260LA 1CTWA 169LA 1L21A 1OVHA 3HH3A 2LZMA 155LA 1L05A 4LZMA 1C6JA 1L97A 3C8QA 3G3XA 4W51A 238LA 145LA 1P64A 2B6WA 2O79A 3PBLA 1CV5A 3DN4A 1QTCA 256LA 152LA 3HTBA 1DYFA 1L83A 186LA 1KY1A 2B70A 4K5YA 2B6XA 1PQJA 4YX7C 4LDLA 138LA 1QTZA 3C80A 1QUGA 1QT7A 187LA 1LYGA 1C62A 188LA 3SB8A 1L46A 254LA 1C6EA 1L45A 218LA 2B6ZA 245LA 1QT6A 209LA 1L39A 1C60A 3DMXA 1P7SA 226LA 1T8FA 2ANXA 219LA 3HH5A 1L54A 1L65A 1SX2A 4EKSA 1G0LA 1L28A 1L73A 173LA 1KW7A 1L66A 1L24A 191LA 2HUMA 4EXMA 1L74A 1L93A 4ARLA 1L18A 1L16A 3D4SA 3HTGA 200LA 1L96A 1CV3A 1C67A 3CDQA 5I14A 4IAPA 3JR6A 3GULA 1L35A 1WTHA 2OE7X 1L80A 4EPIA 3QAKA 196LA 3DN3A 1C6GA 1C63A 1C6PA 1G0KA 143LA 1P56A 232LA 183LA 1LI6A 211LA 4W55A 1LPYA 1L59A 1P3NA 4W53A 1OVKA 1L09A 1C69A 1L99A 261LA 1LYDA 1DYAA 1L90A 1LYIA 171LA 113LA 3GUPA 4S0WA 1D3FA 1C6MA 2OU9A 3ODUA 1L03A 3HWLA 3CDVA 1QTDA 3SB6A 1L72A 1C6AA 3LZMA 1PQKA 4I7LA 1L30A 3DN1A 102LA 1G1WA 119LA 2A4TA 1L49A 140LA 158LA 3FA0A 4LDOA 164LA 1OWZA 1DYCA 1T97A 1C61A 159LA 4I7NA 4I7KA 4I7PA 4W54A 2F2QA 3DN6A 165LA 150LA 1CU0A 182LA 3SB7A 1C68A 112LA 3CDTA 1L01A 2O4WA 1K28A 118LA 1L25A 1T6HA 189LA 1QS5A 5LZMA 1L29A 3GUKA 241LA 3DMZA 251LA 4ARPA 3C8RA 4DKLA 2RBSA 1T8GA 1L57A 2ANVA 4ARMA 3C7ZA 1L60A 1LYHA 4I7OA 107LA 1CU6A 1P37A 3HTFA 3GUJA 160LA 217LA 1LGXA 3RZEA 249LA 1L23A 1QTHA 1CX6A 1DYDA 1L95A 2NTGA 3HT7A 1D3NA 1C6FA 3NYAA 1SSYA 1ZURA 125LA 205LA 1L34A 1DYEA 4ARMB 1L69A 240LA 3FI5A 4AQNA 1CVKA 1L26A 1CU2A 1CV4A 236LA 1C6QA 1QUHA 3DN8A 1L40A 3G3VA 224LA 4ARQB 1L10A 1C6TA 1KS3A 1L89A 246LA 2Q9EA 3SB9A 7LZMA 4GBRB 235LA 2HUKA 3SBAA 144LA 1L31A 146LA 1P36A 1KW5A 115LA 151LA 1I6SA 3HH6A 234LA 1LGUA 2B7XA 1LYFA 244LA 1L07A 122LA 1ZYTA 1C6BA 1L86A 3OE0A 1L50A 167LA 1ZWNA 181LA 128LA 1SSWA 248LA 210LA 3SN6R 2CUUA 2OE4X 3HDFA 1L47A 3EMLA 1G0QA 4EPFA 1L12A 2RB0X 4W59A 129LA 168LA 3K2RA 1L13A 148LE 108LA 163LA 2RBQA 1G06A 1CV0A 1PQMA 213LA 1LI2A 3UONA 4I7MA 184LA 2RBPA 1L76A 3GUIA 1L0JA 1P5CA 198LA 1JTNA 1LI3A 1L92A 157LA 103LA 206LA 156LA 120LA 3C8SA 4ZPUA 223LA 227LA 3GUNA 1L84A 3HDEA 1C6HA 4W57A 1L33A 1B6IA 1L85A 178LA 161LA 1D2YA 3HTDA 3VW7A 1L71A 170LA 1C6DA 3GUMA 237LA 1SWZA 3C83A 1L91A 1L48A 2HULA 1OV7A 3PDSA 4I7QA 3GUOA 222LA 4YXAC 3NY9A 185LA 2OU0X 258LA 231LA 3RUNA 1QT4A 2OTZX 1L82A 1CUPA 1CV1A 2OTYX 1G0JA 1L75A 247LA 1QUDA 1G0GA 2F47A 1CV6A 4EJ4A 1CX7A 1T8AA 1L32A 192LA 1LW9A 3DN0A 1DYBA 1L81A 1C6IA 3F8VA 4LDEA 1L42A 3HUQA 2RBOA 1L62A 4ARQA 4I7RA 1C64A 1L51A 1L56A 1G07A 147LA 137LA 1QTBA 3C82A 4EKQA 3C7WA 1L52A 1QT5A 3C81A 3SBBC 1EPYA 3SB5A 3L2XA 1L55A 4I7TA 3DKEX 4I7JA 3DNAA 1PQOA 109LA 1L43A 3OE6A 1C66A 3HUKA 130LA 2LCBA 1SX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QB0B 1D2WA 2BQDA 3V2YA 2RB1X 4UWNA 1GHLA 3B72A 1GBSA 5FCPA 1NKHA 1LJ4A 4XENA 4DAJA 1D3JA 214LA 4DQ7A 4ET9A 1HMLA 3ZVQB 4NFVA 5B1FA 1UACY 1KXWA 4RW1A 134LA 3L64A 3ATOA 1GAZA 1HF4A 3TXKA 1GBWA 1GDXA 3OE8A 2Q0MX 1L36A 1WVVA 1REXA 1LJKA 257LA 253LA 3A90A 2WARA 172LA 1HEMA 5KXRA 1QT8A 2BQOA 1LTMA 2I25L 3P64A 1HERA 4R6CA 220LA 2DQCY 4GRVA 2EKSC 2HTXA 2RBNA 1OVJA 1L68A 1L11A 1XGRC 2B6TA 1L37A 1LSEA 4H92A 4LYZA 4BADA 4Z41A 252LA 1JHLA 1QSAA 2Z12A 1CUQA 1XJUA 1KXXA 2XBSA 2ZQ3A 1L00A 4PK0A 1LWKA 2DQAA 5LYZA 2X0AA 2FYDA 1YAQA 2IGCA 1D6QA 1JKBA 1P2RA 1JWRA 1LYJA 1NHBA 1ZVYB 201LA 3WXUA 4LYOA 1QT3A 1WQQA 2B74A 2H5ZA 1CU3A 4BAFA 190LA 2C8PA 1UIDA 230LA 1PQIA 1BVXA 1LZYA 1L05A 4LZMA 3ZVQA 3P66A 3CT5A 1GFRA 3G3XA 238LA 4RW2A 5C6IA 5LYMA 152LA 4HTQA 3M3UA 208LA 3RZ4A 2B70A 1F6SA 1GF5A 5I4WA 1GBOA 1AT6A 1JSEA 4L41A 1GDWA 3D3DA 138LA 1F6RA 4NGLA 2ZYPA 3WW5A 1QT7A 4XJIA 1G7HC 3SB8A 1L46A 1L45A 1VATA 4QGZA 5KXOA 4HJYA 3RNXA 226LA 219LA 4CFPA 1DPXA 4EKSA 1G0LA 5DN5A 1BB3A 2HUMA 4HJVA 1GE1A 1L74A 4WM4A 1L18A 2Z39A 2BLYA 5I14A 1UC0A 2CDSA 4XJBA 1IR8A 3GULA 1L35A 1WTHA 4EPIA 196LA 1C6GA 1C63A 4WMGA 232LA 183LA 211LA 4TTDA 1P3NA 4P2EA 4PRUA 2LZTA 4KXIA 1C69A 1LJHA 4LT2A 5I54A 261LA 4DT3A 4O34A 3CSZA 1B2KA 113LA 1D3FA 3AGGG 1J1XY 1UA6Y 1GEVA 3SB6A 5LAGA 3TXBA 4N1CC 1G1WA 1YAMA 158LA 1G7IC 164LA 1OWZA 5IDDA 1C61A 4I7KA 3DN6A 3W6CA 1LJFA 1WQMA 7LYZA 3WULA 4OW1A 118LA 5APCA 5LZMA 3G3AB 241LA 1UIBA 4OWHA 251LA 4II8A 4GCCA 4GLAA 1LZ6A 2RBSA 1JTOL 1T8GA 5L3IA 1L57A 4ARMA 3WUAA 1L60A 3A67Y 1REYA 1NBZC 1LOZA 1IOTA 3AZ6A 2BQMA 3BKHA 1P37A 3EBAB 1LGXA 5KXMA 249LA 5DLAA 1D3NA 2MECA 2MEDA 4B0DA 3WUNA 205LA 2LYZA 4WL6A 1WTMA 1L69A 1NMMA 4KL7A 1D0MA 2HEDA 5C6JA 1CV4A 3EMSA 1AZFA 5HMJA 4QY9A 5KXNA 1L40A 224LA 1B7PA 2Q9EA 1IWZA 2D4KA 1B5UA 2BQGA 5LVHA 2HUKA 1P36A 2HU1A 1WVUA 5LVJA 1KW5A 1GB5A 2B7XA 1HSXA 2YBLA 1OUCA 2Z19A 4J7VA 5HLLA 3TMXA 3RU5A 4GCFA 1VDPA 128LA 2W1XA 3FE0A 1BB5A 5T3FA 2HU3A 1G0QA 4EPFA 4YOPA 2RB0X 129LA 168LA 1HEPA 4I0CA 1LZ8A 1LKRA 2RBQA 4WOAA 3A91A 1PQMA 4NGWA 4DD0A 5FELA 1JUGA 1WQPA 2D4JA 1IP4A 1JJ0A 4M6DA 4ZPUA 1REZA 3B6LA 1NDGC 1OUIA 1P2CC 4NHIA 1IC5Y 1B7QA 2MEGA 3F6ZA 1C6DA 3C83A 1L91A 2HULA 3ZEKA 1F0WA 2FBBA 1DI3A 258LA 1LSAA 4NHQA 1OUAA 5FHWA 153LA 1QT4A 1NWGA 5D5FA 1CUPA 1QUDA 1BB6A 1LJNA 4NWHA 1CX7A 3AGIA 4ETBA 192LA 1LW9A 1W08A 1DYBA 2XTHA 1UCOA 1AKIA 1EQ4A 2DQHY 207LA 1FKVA 1GFAA 5B05A 3B0KA 3C81A 1QT5A 3WH1A 2C8OA 4I7JA 1IWYA 4BS7A 4LZTA 1KIPC 2LCBA 133LA 1LMCA 4NY5A 228LA 1EQ5A 3HU8A 4WG7A 199LA 4NGJA 4B4JA 262LA 4KPMA 2B75A 4PJZA 4H9AA 1C08C 5LXWA 2IFFY 3K3TA 5KXYA 4G49A 1LZ9A 139LA 1D0KA 1V7TA 1L06A 5KXTA 4EOFA 4GCDA 4H8YA 2YVBA 1QSQA 1C10A 2G4NA 3BKVA 1C46A 2ZIJA 1CU5A 2L78A 3NY8A 2MEHA 2RAZX 1L98A 3HU9A 2ZNXY 4ETAA 197LA 1C6CA 1IR7A 4PRQA 149LA 1L02A 1JQUA 1LMOA 3RW8A 2A7DA 216LA 2EIZC 1YKZX 1BWHA 2HUBA 1G0PA 4W58A 2NTHA 3N9AA 5A3ZA 5I4YA 2N5ZA 1HFZA 1OYUA 1TLAA 4N1EI 1LYZA 1OP9B 3W6EA 1BB7A 4OO9A 1C7PA 1KY0A 1GXV2 3EO5A 1OUGA 4BAPA 1L38A 2Z6BA 195LA 2BQEA 1P46A 4XYYA 3WXTA 1YROA 193LA 2F32A 4NHSA 3HT8A 4W96A 4B4EA 4ML7A 1IP7A 5KXZA 4R0FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QB0 B;  1D2W A;  2BQD A;  3V2Y A;  2RB1 X;  4UWN A;  1GHL A;  3B72 A;  1GBS A;  5FCP A;  1NKH A;  1LJ4 A;  4XEN A;  4DAJ A;  1D3J A;  214L A;  4DQ7 A;  4ET9 A;  1HML A;  3ZVQ B;  4NFV A;  5B1F A;  1UAC Y;  1KXW A;  4RW1 A;  134L A;  3L64 A;  3ATO A;  1GAZ A;  1HF4 A;  3TXK A;  1GBW A;  1GDX A;  3OE8 A;  2Q0M X;  1L36 A;  1WVV A;  1REX A;  1LJK A;  257L A;  253L A;  3A90 A;  2WAR A;  172L A;  1HEM A;  5KXR A;  1QT8 A;  2BQO A;  1LTM A;  2I25 L;  3P64 A;  1HER A;  4R6C A;  220L A;  2DQC Y;  4GRV A;  2EKS C;  2HTX A;  2RBN A;  1OVJ A;  1L68 A;  1L11 A;  1XGR C;  2B6T A;  1L37 A;  1LSE A;  4H92 A;  4LYZ A;  4BAD A;  4Z41 A;  252L A;  1JHL A;  1QSA A;  2Z12 A;  1CUQ A;  1XJU A;  1KXX A;  2XBS A;  2ZQ3 A;  1L00 A;  4PK0 A;  1LWK A;  2DQA A;  5LYZ A;  2X0A A;  2FYD A;  1YAQ A;  2IGC A;  1D6Q A;  1JKB A;  1P2R A;  1JWR A;  1LYJ A;  1NHB A;  1ZVY B;  201L A;  3WXU A;  4LYO A;  1QT3 A;  1WQQ A;  2B74 A;  2H5Z A;  1CU3 A;  4BAF A;  190L A;  2C8P A;  1UID A;  230L A;  1PQI A;  1BVX A;  1LZY A;  1L05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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