1L74A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAAAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l74A00
3HH6A 1L53A 3DN3A 1L65A 253LA 1L27A 3SB8A 112LA 1LI2A 215LA 236LA 248LA 3PBLA 156LA 3C8QA 5I14A 4W58A 4LZMA 4ARLA 7LZMA 4EKSA 1KW7A 2LCBA 1C6CA 4IAPA 258LA 1LGUA 168LA 3DN4A 1XJUA 165LA 252LA 3ODUA 237LA 3GUMA 1CV5A 1SWYA 1PQMA 1L54A 3VW7A 2B74A 1L83A 3HUAA 199LA 110LA 1C6TA 1D3JA 3V2YA 1G0PA 1L37A 1QUGA 122LA 2OTZX 261LA 2LC9A 2OE9X 6LZMA 3OE6A 1L41A 2RAZX 158LA 2CUUA 1C67A 140LA 260LA 4I7LA 1OWZA 238LA 1QTHA 1SX2A 3C8RA 1D9WA 1L05A 2QB0B 1CV0A 127LA 4EPFA 137LA 1L42A 143LA 1P2LA 1C65A 1L21A 1P5CA 3CDTA 1C6EA 4DAJA 255LA 1L92A 259LA 1ZWNA 1QT5A 4LDLA 1QSQA 1I6SA 226LA 1DYFA 160LA 1KY0A 234LA 1QSBA 102LA 1L48A 3NYAA 1K28A 1CV6A 1LYGA 1L45A 1LGWA 1JQUA 2OU8A 191LA 192LA 1PQOA 4EKPA 1L97A 4I7TA 189LA 1L04A 1SSWA 1L24A 3HH4A 3G3WA 2ANXA 247LA 3HT6A 1L08A 1QT7A 1C60A 4I7NA 1ZYTA 1PQIA 1L07A 1G0JA 181LA 1OVHA 1PQJA 1L93A 2RBOA 1L77A 1LYEA 3HH3A 2B6WA 4YXAC 3DMVA 3CDVA 2Q9DA 4EJ4A 3L2XA 2B6ZA 1L40A 1L10A 1L17A 209LA 1L84A 3NY9A 1L55A 1DYCA 152LA 1L29A 3C7WA 1L94A 2RBSA 1L13A 1L31A 2RH1A 1L02A 1L36A 1L19A 1L72A 3SBBC 4EPIA 1C6IA 1WTHA 2HUMA 151LA 1L70A 3DMXA 2L78A 177LA 142LA 3DN0A 1C6BA 4EKQA 1L11A 2B7XA 1C68A 1CUQA 1LYFA 2B75A 1L80A 175LA 108LA 3F9LA 4LDEA 173LA 219LA 3C81A 1L20A 3CDOA 4DKLA 2OTYX 183LA 1L89A 1L01A 1TLAA 1L28A 1CUPA 141LA 1G06A 1L46A 1KW5A 218LA 2RBQA 4W51A 1KNIA 149LA 3L64A 2RB1X 1PQKA 2O7AA 257LA 2RBRA 3G3VA 3DN2A 3V2WA 221LA 2Z6BA 249LA 4YXCA 171LA 1C6AA 223LA 1D3NA 5LZMA 2A4TA 182LA 1CU5A 4ARQA 123LA 1SWZA 1LI3A 1D2YA 1G1VA 211LA 184LA 3FA0A 2HULA 188LA 148LE 1P6YA 3HTGA 1CU0A 2NTGA 1L98A 1JTNA 4W59A 1OVKA 1QT6A 3SN6R 1T97A 214LA 1LWGA 2IGCA 113LA 172LA 1L38A 3HUKA 1L56A 1L71A 212LA 231LA 225LA 1LYHA 147LA 1LPYA 185LA 1L34A 2B6TA 109LA 1L82A 1L43A 2O4WA 4GRVA 1L35A 4I7RA 1C6KA 1L25A 198LA 1P46A 2B6YA 3NY8A 163LA 2F2QA 1OYUA 126LA 1G1WA 3D4SA 144LA 1OV5A 1SX7A 1C6GA 1L87A 1QS5A 1SSYA 232LA 1QT4A 1G0QA 1L63A 155LA 4I7OA 1C6PA 1P56A 162LA 3DN1A 3GUOA 4I7QA 1C6LA 1L68A 3HTFA 230LA 111LA 1QUOA 1OWYA 1L95A 3C80A 1L16A 3SB9A 1C6FA 4E97A 4W56A 1QT3A 2RBPA 3HDFA 1CV3A 1P7SA 3DMZA 169LA 1CVKA 1L64A 1B6IA 195LA 1ZURA 1G0KA 2B6XA 3C7ZA 244LA 2B73A 1PQDA 2LZMA 115LA 2Q9EA 1L85A 1EPYA 119LA 1L90A 201LA 180LA 251LA 1XJTA 4ARMA 1C63A 1L73A 3OE8A 1C6QA 114LA 4W53A 1CU3A 1QTCA 3HDEA 243LA 1L88A 3HWLA 262LA 1L32A 1P3NA 4ZPUA 224LA 3F8VA 1L15A 1NHBA 3C82A 3SB6A 150LA 1D2WA 159LA 1L75A 240LA 1L69A 186LA 1DYAA 178LA 2RBNA 1CU2A 1T8AA 1C6MA 1G0GA 1DYEA 1LWKA 3EMLA 4W52A 1LYJA 220LA 4ARQB 197LA 2F47A 1OVJA 4GBRB 1L00A 1QTBA 1C6NA 1L96A 235LA 1L09A 1C62A 2OEAX 2HUKA 1KY1A 4K5YA 118LA 1XEPA 1C6DA 4I7SA 4S0WA 233LA 210LA 1L66A 3HU9A 2B72A 2RAYX 1L06A 4AQNA 2F32A 1QT8A 1CV1A 1QTZA 254LA 1CV4A 1P37A 1L30A 1D3MA 1T8FA 2RB2X 1L99A 131LA 1C66A 1D3FA 4ARJA 1L26A 1LLHA 1CX7A 1L0JA 1T8GA 1L62A 3HTDA 103LA 3OE9A 1G0LA 125LA 167LA 256LA 3SBAA 1L33A 205LA 200LA 3HUQA 3GUIA 1DYBA 3C83A 1OV7A 228LA 1P64A 128LA 1L14A 216LA 130LA 4EXMA 1L86A 3HT9A 3C8SA 161LA 2NTHA 1L57A 1QTDA 217LA 3UONA 139LA 1L39A 2OE4X 4YX7C 138LA 1QTVA 1C6JA 3K2RA 129LA 164LA 2OU0X 1L50A 250LA 3HT7A 3FADA 1CX6A 1L18A 1L23A 3RUNA 2OE7X 1QS9A 3PDSA 1P36A 1C61A 3HU8A 229LA 4W54A 4ARPA 1L52A 4ARMB 2RB0X 4PJZA 1JTMA 1CTWA 4W57A 146LA 1L61A 3GUJA 104LA 2O79A 1P2RA 4I7JA 1L74A 241LA 120LA 1LYIA 3HT8A 3SB7A 206LA 3GULA 1QUDA 3G3XA 1DYGA 4LDOA 4DJHA 245LA 1KS3A 3GUPA 4EKRA 3CDRA 242LA 3HTBA 1C69A 3DN8A 1L81A 3DN6A 1L58A 3DKEX 4I7KA 1QUHA 3LZMA 3SB5A 157LA 1DYDA 166LA 4OO9A 227LA 2ANVA 1C6HA 3C7YA 3OE0A 4I7PA 3GUNA 1L44A 1T6HA 107LA 1L76A 187LA 3CDQA 3JR6A 239LA 2B70A 2OU9A 1L67A 246LA 145LA 3DNAA 3GUKA 1L60A 1L03A 190LA 1C64A 1L22A 1L47A 1L49A 222LA 1CU6A 4PK0A 1L59A 3QAKA 1L79A 1LYDA 1L51A 2QARC 4I7MA 1L91A 1L12A 213LA 1L0KA 3FI5A 1LI6A 1G07A 170LA 196LA 1G0MA 1LW9A 3HH5A 176LA 4W55A 1LGXA 174LA 3RZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HH6A 1QIOA 253LA 2BQBA 1L27A 4J7VA 3SB8A 1JTPL 215LA 248LA 4B4EA 4EMNA 4W58A 1GFKA 1B7QA 2XTHA 1LHKA 1LMPA 1H6MA 2YBLA 5KXTA 4MSTA 3BKHA 4WM5A 1LJ4A 1NF5A 3A92A 1HFZA 3ATNA 1VDQA 4ZEEA 154LA 2B74A 2HTXA 3AZ7A 199LA 1D3JA 1GF0A 1GE0A 5HMJA 1OUHA 1QUGA 122LA 1YQVY 2LC9A 5KXZA 2CWIA 3OE6A 4WM3A 2CUUA 5KXMA 1C67A 260LA 238LA 1L05A 2QB0B 5KXRA 1VFBC 1P2LA 1CKCA 4PRQA 4O34A 1GFAA 1F6RA 3CDTA 1C6EA 1GXV2 4DAJA 1RJCB 1FLYA 3WUAA 5I53A 226LA 2FYCA 4CJ2A 5D5FA 1L48A 4WOAA 1CV6A 2BQGA 1B9OA 3TXJA 2OU8A 3TMWA 5LYZA 1WTNA 3W6FA 1OUEA 4YF2A 1SSWA 1YL0X 3HT6A 5HNCA 4J1BA 4I7NA 1PQIA 1HSXA 1G0JA 1PQJA 4II8A 4FJRA 4WG7A 1GBXA 3DMVA 132LA 4YXAC 2NWDX 4EJ4A 3L2XA 1L17A 1L84A 4RLNA 1HENA 4OW1A 1UIBA 2LZTA 4LYMA 4G4BA 1FLUA 1GEVA 1L94A 1L13A 3TXDA 1L02A 1L72A 4LYCA 5FSTA 4I0CA 5KXPA 3IJVA 3LYTA 2DBTA 3DN0A 4EKQA 1B7LA 1CUQA 3TXBA 4DQ5A 1B5VA 1YAPA 1GFEA 4XJHA 219LA 5ILFA 183LA 1HEPA 2Z39A 1CUPA 1ZV5L 1LYOA 4OOOA 4W51A 1XEJA 2RB1X 4AXTA 2EKSC 3G3VA 3DN2A 3V2WA 2Z6BA 1LJJA 1SQ2L 2BQCA 223LA 1D3NA 1XGQC 4IASA 182LA 1CU5A 4H8YA 4ARQA 1G1VA 1JKAA 1UACY 1LJ3A 1LZTA 1ZMYL 1GDWA 4GCEA 1HFXA 1VDTA 214LA 2IGCA 1GWDA 2FBDA 1L56A 212LA 185LA 4P2EA 2O4WA 1AM7A 3AGIA 1C6KA 2Z37A 4GCFA 1G7MC 198LA 1LZAA 1LZCA 1OYUA 126LA 3D4SA 1GF8A 4NWEA 1C6GA 1L87A 3J4GA 1L63A 3LZ2A 3WPJA 4E3UA 3WL2A 1LSAA 2AUBA 5F9XA 3HTFA 4NSIA 4WL6A 230LA 111LA 1DZBX 4WL7A 1L95A 2BQKA 4W56A 2RBPA 1CV3A 2GV0A 3DMZA 4NY5A 1ZURA 2B6XA 3C7ZA 2LZMA 2Q9EA 5HNLA 5APFA 119LA 180LA 2LYOA 5KXLA 2W1LA 5KKJA 1D0KA 3CT1A 5KKIA 1L32A 3TXIA 4ZPUA 224LA 3F8VA 1L15A 1NBYC 1NHBA 5F81A 3SB6A 150LA 4H9EA 1NWGA 3B0IA 5I4YA 1IC5Y 1DQJC 2D4KA 1DYEA 197LA 1D0MA 1B5YA 1L00A 1L09A 1JKBA 2HUKA 5JENB 1TDYA 1IP2A 4K5YA 1HEWA 4NGLA 3A3QA 6LYTA 1LSYA 1L66A 1C46A 1JKDA 1GF3A 1L06A 4AQNA 2F32A 1N4FA 1CV1A 1H87A 2BAAA 3QY4A 4YENA 1C66A 1JJ0A 3EO5A 1DXJA 1L26A 1L62A 3HTDA 1UIAA 1SLYA 4WG1A 3SBAA 1L33A 3P4ZA 3GUIA 2YBJA 1OUJA 1IWXA 4XENA 4KXIA 3F6ZA 1P64A 3A95A 2Z19A 4EXMA 4LYOA 2YBIA 1GB6A 2NTHA 4RW1A 1L57A 1GHLA 139LA 3WMKA 1HMLA 1OQMA 138LA 1C6JA 208LA 1L50A 4NSJA 3FADA 4M6DA 1CX6A 2BQJA 1G7JC 1JITA 1QS9A 3PDSA 229LA 4ARMB 3B72A 1DKJA 4ETBA 4W57A 1RFPA 4HV2A 2O79A 4NIJA 2BQOA 1B7PA 1XGPC 120LA 3CT0A 1LSGA 2EIZC 2X0AA 193LA 3W6EA 4LDOA 1B5UA 2CDSA 2DQGY 4WO9A 1W08A 3DN8A 1L81A 3DN6A 1BB3A 4GN4A 4NGZA 4KPMA 3SB5A 157LA 1XSFA 1QTKA 3C7YA 2FYDA 3OE0A 2Z2EA 5DN5A 4HPIA 1T6HA 1L76A 2HEEA 3CDQA 2Z12A 3JR6A 2B70A 4DDAA 1VDPA 3K3TA 1L60A 1B2KA 1L47A 1GFHA 1QSWA 3QE8A 2F30A 1NKHA 4QGZA 9LYZA 3GXKA 1LYDA 1L51A 3W3EA 4G49A 2W1XA 213LA 1IP4A 1O23A 2ZQ3A 1LI6A 1G07A 5HQ1A 1WVVA 4W55A 1OP9B 3AGHA 4ETAA 4BAFA 3DN3A 4NGVA 2ZNXY 112LA 1LI2A 1LZ9A 3PBLA 4OOTA 156LA 4DD3A 4ETEA 2CGIA 1LAAA 1UA6Y 4LZMA 4ARLA 4NWHA 1KW7A 2LCBA 1CKDA 1B5WA 1LGUA 2MECA 5F14A 5LYMA 3WUNA 3ODUA 1WQPA 1D6QA 3EBAB 1Z55A 1SWYA 1WQMA 3RNXA 1L54A 1IR8A 1C6TA 1GE3A 1WQOA 1XGTC 3V2YA 8LYZA 1G0PA 4N1CC 1GFUA 1GEZA 261LA 2OE9X 3QNGA 6LZMA 3ZEKA 1IR9A 2LYZA 194LA 2RAZX 158LA 1G7LC 4OWEA 2N5ZA 4I7LA 1XEKA 1OWZA 1SX2A 3C8RA 1D9WA 4QDNA 4EPFA 1L42A 3CQLA 143LA 1CKGA 4GCCA 1L21A 4N8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HH6 A;  1QIO A;  253L A;  2BQB A;  1L27 A;  4J7V A;  3SB8 A;  1JTP L;  215L A;  248L A;  4B4E A;  4EMN A;  4W58 A;  1GFK A;  1B7Q A;  2XTH A;  1LHK A;  1LMP A;  1H6M A;  2YBL A;  5KXT A;  4MST A;  3BKH A;  4WM5 A;  1LJ4 A;  1NF5 A;  3A92 A;  1HFZ A;  3ATN A;  1VDQ A;  4ZEE A;  154L A;  2B74 A;  2HTX A;  3AZ7 A;  199L A;  1D3J A;  1GF0 A;  1GE0 A;  5HMJ A;  1OUH A;  1QUG A;  122L A;  1YQV Y;  2LC9 A;  5KXZ A;  2CWI A;  3OE6 A;  4WM3 A;  2CUU A;  5KXM A;  1C67 A;  260L A;  238L A;  1L05 A;  2QB0 B;  5KXR A;  1VFB C;  1P2L A;  1CKC A;  4PRQ A;  4O34 A;  1GFA A;  1F6R A;  3CDT A;  1C6E A;  1GXV 2;  4DAJ A;  1RJC B;  1FLY A;  3WUA A;  5I53 A;  226L A;  2FYC A;  4CJ2 A;  5D5F A;  1L48 A;  4WOA A;  1CV6 A;  2BQG A;  1B9O A;  3TXJ A;  2OU8 A;  3TMW A;  5LYZ A;  1WTN A;  3W6F A;  1OUE A;  4YF2 A;  1SSW A;  1YL0 X;  3HT6 A;  5HNC A;  4J1B A;  4I7N A;  1PQI A;  1HSX A;  1G0J A;  1PQJ A;  4II8 A;  4FJR A;  4WG7 A;  1GBX A;  3DMV A;  132L A;  4YXA C;  2NWD X;  4EJ4 A;  3L2X A;  1L17 A;  1L84 A;  4RLN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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