1L75A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAAAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l75A00
172LA 1DYCA 1QT7A 1D3NA 1C6TA 2LZMA 3HDEA 1L79A 4EPFA 3NY9A 1L85A 1L94A 4ARLA 260LA 3DN4A 2L78A 3DN3A 1L31A 2CUUA 1EPYA 1LYDA 1L14A 4I7TA 3GULA 1C65A 1SWYA 160LA 1QTVA 1G1WA 1OYUA 1C6DA 3CDQA 1L27A 241LA 3OE9A 1C6JA 1I6SA 188LA 147LA 2RBSA 1QUOA 217LA 1L0KA 1LGXA 4I7PA 1P56A 1C6FA 1L37A 6LZMA 1L36A 3HDFA 110LA 1L66A 1L54A 1OV7A 2ANVA 140LA 1L84A 3PDSA 1L53A 1LI2A 1P37A 3HT7A 3FADA 1L81A 158LA 1L70A 122LA 1L16A 3DKEX 1L75A 162LA 4E97A 1L62A 3HU8A 1C66A 1D3FA 1L38A 1JQUA 1PQKA 2Z6BA 211LA 1KNIA 174LA 2OTZX 1L59A 3C7ZA 4LDLA 4ARMB 1L57A 1C67A 1P3NA 1L45A 1L26A 1ZYTA 261LA 3HT8A 210LA 1C60A 2HULA 156LA 3CDVA 3L2XA 209LA 1L05A 4I7JA 1P7SA 200LA 190LA 182LA 3F8VA 1CTWA 1L34A 1P2RA 1CV5A 1P64A 1QSQA 252LA 1SX2A 1L44A 242LA 1CX6A 4I7RA 152LA 3FA0A 1DYEA 3CDOA 4W55A 3HU9A 3FI5A 1QUGA 1LYEA 1L41A 1WTHA 1G0QA 243LA 3DNAA 1L88A 1OWZA 1C6EA 1QSBA 1C6MA 206LA 195LA 4I7LA 2OE9X 1L52A 1G0KA 128LA 2RBQA 1L76A 3GUIA 2NTHA 1L24A 163LA 1QTHA 3DMZA 3HT9A 1T8GA 1LGWA 197LA 1L06A 1L48A 4W58A 4EXMA 2B6XA 3HH4A 3HTBA 3DN8A 5LZMA 126LA 3HTGA 2B6YA 3GUPA 145LA 1C6PA 146LA 137LA 1QT8A 1L90A 191LA 1C6QA 1L02A 1T8AA 4ARQB 3EMLA 4W54A 1G0JA 1ZURA 1L12A 1ZWNA 1L55A 1KY0A 1D2WA 1KW5A 144LA 4EPIA 262LA 171LA 3HH3A 1LPYA 232LA 1LW9A 249LA 1L10A 3GUKA 3NY8A 1L69A 2O7AA 1LYHA 1QS5A 1G0PA 3HT6A 1DYDA 3HWLA 2A4TA 4EKSA 1L63A 240LA 1CVKA 227LA 254LA 1L97A 1L98A 3C7WA 4YXAC 1PQOA 1C6LA 1CV4A 3C82A 3SBBC 1KS3A 1G0LA 1L33A 181LA 1OVKA 3UONA 178LA 2OTYX 4EKPA 1L22A 4PJZA 2B70A 228LA 2RBPA 184LA 2LC9A 1L80A 1L13A 4IAPA 1QTBA 4EKRA 220LA 4K5YA 218LA 3GUMA 4W52A 1L83A 1C63A 1L77A 4YX7C 1CU5A 1L60A 1L43A 3SB8A 1PQJA 3JR6A 3GUNA 1L07A 257LA 1L91A 143LA 1D9WA 1SSWA 258LA 2B6TA 3OE0A 3RUNA 3K2RA 1L68A 3SB5A 3VW7A 1D2YA 198LA 1D3JA 4GBRB 3DN6A 1QUDA 1L67A 1QS9A 2Q9EA 2O79A 1LYJA 3DMXA 1T97A 2OEAX 2B72A 1QTCA 1QT5A 120LA 3HH6A 1PQMA 129LA 2ANXA 157LA 189LA 1C69A 236LA 1L15A 1L19A 201LA 1L18A 1LI6A 229LA 2QARC 1L99A 3HUKA 1L61A 1L00A 237LA 3SB6A 3HH5A 225LA 235LA 1LYGA 1OVJA 2NTGA 138LA 244LA 246LA 1C6CA 1OVHA 1CX7A 192LA 186LA 247LA 233LA 108LA 1L96A 4ARMA 3CDTA 1P36A 199LA 196LA 1L32A 255LA 113LA 3DN2A 3ODUA 4I7MA 1PQDA 1QTDA 2OU8A 239LA 3HUQA 2OE4X 3C8SA 4PK0A 5I14A 3C7YA 130LA 1C6BA 1TLAA 1K28A 1L04A 256LA 4LZMA 3PBLA 222LA 4EJ4A 1DYFA 1C68A 4I7KA 4DJHA 3V2WA 1L50A 2HUKA 1OWYA 3L64A 2B6ZA 1PQIA 1L65A 1L29A 177LA 148LE 164LA 2F2QA 1L35A 4YXCA 139LA 1L56A 1L25A 1DYBA 1L09A 2RAYX 1KY1A 248LA 4I7QA 119LA 3HTDA 2RBNA 1OV5A 1LI3A 1LWKA 1XJUA 1B6IA 1LYIA 4W53A 1SSYA 2B73A 1L74A 1L11A 131LA 221LA 1L51A 170LA 4ARQA 3GUOA 1CU2A 1T6HA 1G1VA 1L20A 1CV0A 1CUPA 1QUHA 1C61A 123LA 214LA 3G3XA 151LA 1D3MA 2B7XA 149LA 245LA 1LYFA 3DN1A 3SBAA 3C80A 1L23A 4W57A 3G3WA 180LA 2OU9A 3SB7A 159LA 187LA 1L03A 1L87A 102LA 4W56A 205LA 1QT3A 4DAJA 4GRVA 1QTZA 111LA 3C81A 250LA 1C64A 224LA 4I7SA 2Q9DA 1L47A 2O4WA 4DKLA 3NYAA 3OE6A 1LLHA 1QT4A 1SX7A 1XEPA 2OU0X 1L92A 115LA 230LA 216LA 4OO9A 1L71A 3GUJA 167LA 1P5CA 4ARPA 1DYGA 1L95A 1L17A 2RH1A 1G0GA 1KW7A 1L0JA 2B6WA 2RB2X 4W51A 259LA 3CDRA 1L40A 183LA 1C6KA 168LA 1G0MA 1C62A 2F47A 1L58A 1C6NA 3LZMA 251LA 1JTNA 1XJTA 3HUAA 176LA 1L08A 1L72A 2F32A 2RBRA 4LDOA 3V2YA 1CV1A 1L82A 1LGUA 1CU3A 104LA 3OE8A 3HTFA 4I7OA 1CU6A 3QAKA 2HUMA 3F9LA 2B74A 226LA 3RZEA 1L39A 114LA 142LA 1T8FA 3SB9A 1P6YA 2IGCA 185LA 1L01A 1L42A 4ARJA 169LA 2QB0B 4S0WA 150LA 2OE7X 175LA 3D4SA 7LZMA 125LA 1C6HA 1L46A 3C8RA 166LA 234LA 155LA 1CUQA 1L30A 2RB1X 3SN6R 112LA 1L93A 2RAZX 1C6IA 2RBOA 219LA 2RB0X 1C6AA 4I7NA 1JTMA 1L21A 103LA 3G3VA 118LA 1CV6A 213LA 1P2LA 1CU0A 2LCBA 107LA 1C6GA 1LWGA 1DYAA 215LA 165LA 173LA 1L28A 1L64A 109LA 1G07A 1L49A 1L73A 212LA 3DMVA 141LA 4AQNA 3DN0A 3C8QA 4EKQA 1L89A 161LA 1L86A 231LA 1QT6A 1SWZA 4ZPUA 3C83A 1CV3A 4W59A 2B75A 223LA 1G06A 4LDEA 127LA 253LA 1P46A 1NHBA 238LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9AA 3HBDA 1C6TA 2LZMA 3IJVA 4L41A 2YVBA 5KXSA 4EPFA 1IC7Y 3DN4A 2L78A 5B1FA 1FLWA 3W6BA 3J6KA 4I7TA 3GULA 1C65A 3EMSA 160LA 3P66A 1OYUA 3WUAA 1GF7A 3B0KA 1C6JA 147LA 4CJ2A 2YSSC 3LYOA 3WULA 1L37A 2BQFA 4TSCA 1JEFA 5EBHA 3LN2A 1B7MA 132LA 1LI2A 1FKQA 3HT7A 153LA 3FADA 1BWJA 4II8A 158LA 2YBHA 5FSTA 162LA 4B0DA 1LZSA 4C5FA 4E97A 3HU8A 1IC5Y 4DD7A 4N1CC 2OTZX 133LA 1XFPL 4KXIA 5KY1A 3C7ZA 1OUFA 4LDLA 1C67A 1P3NA 1GFAA 1ZVHL 208LA 1JSFA 3M3UA 200LA 3F8VA 2MEEA 1INUA 1LMNA 1CX6A 1DYEA 4W55A 1DPWA 1QUGA 4DT3A 1LZEA 3DNAA 1C6EA 1QSBA 3GXKA 206LA 1HHLA 3RW8A 2OE9X 5LVKA 128LA 2RBQA 1XGRC 1QTKA 1T3PA 1OUEA 3LYMA 1L24A 1GBSA 1L48A 4W58A 4Z46A 1FDLY 3W3EA 4G4CA 1UA6Y 2B6YA 3HTGA 4H8ZA 4UWNA 3W6EA 1GF4A 145LA 4HV2A 5HQ1A 137LA 1QT8A 3A67Y 1C6QA 1ZURA 4B4IA 1L55A 4GN3A 4KL7A 2A7FA 1KW5A 3HH3A 232LA 1LYOA 1L10A 2YBIA 4H94A 1IR8A 1DYDA 3BKHA 1T6VL 5LYZA 1GF3A 5E4PA 3G3BB 3C7WA 1OUBA 1C6LA 1YIKA 1IWZA 1OUHA 2C8PA 1KS3A 1G0LA 1J1OY 2IHLA 2W1XA 3VWOA 2ZIKA 1JTOL 3UONA 1DXJA 4R6CA 1B9OA 1LJKA 4B49A 3AB6A 4ET9A 2D6BA 1L13A 4IAPA 2MEDA 3TXGA 4EKRA 4K5YA 1LSGA 1DI4A 1JISA 1LSDA 1L77A 3CT5A 5HMVA 3D9AC 3SB8A 5JENB 1PQJA 3A93A 4HSFA 2ZWBA 1L91A 2HEBA 1A2YC 1D9WA 2ZYCA 3OE0A 1FLYA 3K2RA 1L68A 1LJHA 4KPMA 198LA 4BAPA 1HENA 1GB7A 2Q9EA 1L67A 1HSWA 1LYJA 3DMXA 2OEAX 4OWHA 120LA 129LA 5I4YA 4J1BA 1G7IC 1G7JC 4GCDA 1L99A 5KXKA 1L61A 1B0DA 225LA 4UWUA 1IWWA 2NTGA 138LA 244LA 2CGIA 192LA 186LA 2PC2A 1ZMYL 1WQOA 199LA 196LA 2H9JA 3ZEKA 1L32A 1GXV2 4HTNA 5DL9A 2D4JA 1D0LA 4ETBA 4GCBA 1HEWA 4QGZA 1B7LA 3HBHA 4WG1A 1B5UA 2H9KA 3A8ZA 1IY3A 5KXNA 3PBLA 4BS7A 3AZ6A 2G4NA 3WXUA 2LHMA 2C8OA 2DQAA 5A3ZA 2HUKA 1ZVYB 1N4FA 1LSMA 3L64A 1J1PY 1L65A 1L29A 2VB1A 2I25L 1VATA 1LYZA 4YXCA 139LA 1L56A 1REMA 3W6AA 5IDDA 2XTHA 1WQRA 1QSAA 2BQHA 4ANRA 1B5YA 5C6JA 119LA 1LWKA 1B6IA 1LYIA 4W53A 1IR9A 4LT0A 1LSAA 2B73A 1L11A 2WARA 5T3FA 131LA 1UIFA 3RNXA 1L51A 1C08C 4ARQA 3RT5X 1QUHA 1OUAA 151LA 3HFMY 149LA 3RZ4A 1LZ5A 2EPEA 5KJ9A 4H91A 4XENA 1LCNA 5K7OA 4YENA 4W56A 3A90A 111LA 1OUGA 3C81A 250LA 4I7SA 1IP7A 2O4WA 5B05A 1LLHA 4XYYA 3A91A 216LA 4OO9A 4ARPA 1DYGA 1GE4A 3T36A 1UIDA 2ZQ3A 2XJWA 4W94A 1LZGA 3CSQA 2D91A 4GLAA 4G4HA 2W1LA 2F47A 3TXKA 5APDA 1C6NA 1JTNA 2ZNWY 4TWSA 1IIZA 3N9CA 176LA 1L08A 1TDYA 1UACY 1V7SA 3V2YA 1JKDA 2F2NA 1LGUA 2BLXA 3TXFA 1EL1A 1CU6A 1LMCA 2HUMA 4HJZA 2B74A 114LA 3SB9A 185LA 4DD0A 5KXRA 1GE0A 4NGVA 4ARJA 2OE7X 1D0MA 7LZMA 4H90A 1L46A 1C6HA 166LA 1VEDA 3B72A 2LZTA 2RB1X 2MEIA 1FKVA 5J7CA 1C6AA 4I7NA 5F9XA 118LA 4RDSA 3W6FA 1P2LA 1BWIA 4LYCA 1VAUA 2G4QA 4N9RA 5B59A 5I5QA 215LA 4WM5A 4XJFA 165LA 173LA 1J1XY 4DDCA 212LA 2YBJA 3DMVA 3DN0A 1LZ4A 1HMLA 1PZYA 5ILCA 1L89A 4BAFA 4UWVA 231LA 1CV3A 4W59A 4P2EA 1CKDA 1FLUA 1OP9B 4DQ5A 1D3NA 1G7HC 3HDEA 1L79A 1LSYA 1L94A 4N1EI 1GPQC 4WLXA 1L31A 4WM6A 4ZFPA 2HEEA 4PRUA 5APEA 3CDQA 3OE9A 3LYZA 1A4VA 3MGWA 1I6SA 2RBSA 2HEDA 217LA 1L0KA 1GB5A 3EBAB 4B4EA 1P56A 4Z98A 4U3XB 4M6DA 1NDMC 110LA 5KXOA 1L66A 1NQIA 4YEMA 4H9EA 1CKGA 5I53A 1F10A 1L70A 4TX7A 4YEOA 122LA 1JKCA 1L75A 4RW2A 1HSXA 1GE3A 1L38A 1LSEA 2EQLA 174LA 1JPOA 1LOZA 1IWYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N9A A;  3HBD A;  1C6T A;  2LZM A;  3IJV A;  4L41 A;  2YVB A;  5KXS A;  4EPF A;  1IC7 Y;  3DN4 A;  2L78 A;  5B1F A;  1FLW A;  3W6B A;  3J6K A;  4I7T A;  3GUL A;  1C65 A;  3EMS A;  160L A;  3P66 A;  1OYU A;  3WUA A;  1GF7 A;  3B0K A;  1C6J A;  147L A;  4CJ2 A;  2YSS C;  3LYO A;  3WUL A;  1L37 A;  2BQF A;  4TSC A;  1JEF A;  5EBH A;  3LN2 A;  1B7M A;  132L A;  1LI2 A;  1FKQ A;  3HT7 A;  153L A;  3FAD A;  1BWJ A;  4II8 A;  158L A;  2YBH A;  5FST A;  162L A;  4B0D A;  1LZS A;  4C5F A;  4E97 A;  3HU8 A;  1IC5 Y;  4DD7 A;  4N1C C;  2OTZ X;  133L A;  1XFP L;  4KXI A;  5KY1 A;  3C7Z A;  1OUF A;  4LDL A;  1C67 A;  1P3N A;  1GFA A;  1ZVH L;  208L A;  1JSF A;  3M3U A;  200L A;  3F8V A;  2MEE A;  1INU A;  1LMN A;  1CX6 A;  1DYE A;  4W55 A;  1DPW A;  1QUG A;  4DT3 A;  1LZE A;  3DNA A;  1C6E A;  1QSB A;  3GXK A;  206L A;  1HHL A;  3RW8 A;  2OE9 X;  5LVK A;  128L A;  2RBQ A;  1XGR C;  1QTK A;  1T3P A;  1OUE A;  3LYM A;  1L24 A;  1GBS A;  1L48 A;  4W58 A;  4Z46 A;  1FDL Y;  3W3E A;  4G4C A;  1UA6 Y;  2B6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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