1L81A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l81A00
1XJUA 1G0MA 199LA 1CVKA 1L95A 1C62A 1L29A 1L38A 139LA 2B74A 242LA 1CUPA 254LA 2QB0B 3HH4A 1C69A 3JR6A 3NY8A 1T8FA 4ARMB 1L32A 3HH6A 170LA 2O4WA 1KNIA 4GBRB 239LA 237LA 4I7SA 224LA 7LZMA 175LA 3HT7A 2B70A 1L53A 231LA 111LA 187LA 142LA 218LA 1C6BA 262LA 3C8SA 1L45A 1JTNA 1LYJA 1L62A 4ARQA 1L47A 112LA 1SX7A 1L77A 1CUQA 3DN3A 3HDEA 1L14A 4YXAC 3OE9A 1QTZA 3D4SA 148LE 3EMLA 5I14A 213LA 160LA 249LA 1QT4A 3DNAA 3SBAA 2RBSA 2RB0X 1T8AA 181LA 3GULA 2B72A 4W52A 1L81A 2RBNA 4EKSA 122LA 1C6FA 1L43A 238LA 3CDOA 1P6YA 2B73A 1JTMA 3V2WA 1C6HA 3V2YA 3G3WA 1D3JA 1L75A 1LI2A 1SSWA 1LYGA 253LA 1G1WA 1SSYA 206LA 198LA 1B6IA 1L00A 1L22A 1L25A 1C6AA 1P64A 1L31A 1PQJA 228LA 1OV5A 3HT8A 129LA 3G3VA 3C8RA 1L72A 174LA 2OTZX 1CV4A 152LA 127LA 3DN2A 1LGXA 1CU5A 4W59A 211LA 1P36A 1CX7A 1PQOA 3SB7A 3CDQA 1CV1A 1C6LA 1C67A 260LA 2B75A 184LA 3OE0A 3HH3A 1L06A 2Q9EA 223LA 1L88A 2LZMA 1QT5A 4K5YA 1LW9A 3SB5A 1L91A 1DYCA 1L82A 1P2RA 1G0PA 1L40A 155LA 3RZEA 1OVHA 255LA 2B6XA 4W58A 165LA 1P2LA 2RBOA 1L23A 212LA 1CV0A 1C60A 1G0QA 2RAZX 3GUMA 2OE7X 2CUUA 1L84A 3FA0A 143LA 1L57A 3DMXA 1L10A 225LA 232LA 1P7SA 214LA 1L68A 226LA 257LA 2OTYX 3HU9A 6LZMA 1L73A 178LA 2RH1A 1L24A 4I7RA 3DMVA 2B6TA 1L90A 1L07A 3SB9A 216LA 1L16A 4W57A 215LA 1L26A 209LA 1L12A 1QUDA 3DKEX 200LA 1QS5A 1L94A 2RBPA 220LA 1LGUA 1L80A 1G0LA 3HTGA 1L05A 3SB8A 4EPIA 4I7LA 4IAPA 1L74A 1L96A 3ODUA 2F47A 3OE8A 149LA 1C6EA 250LA 3SN6R 3SB6A 1C6GA 1L99A 1PQDA 1C61A 171LA 1L59A 1L67A 1L89A 164LA 1DYAA 150LA 1L65A 3CDRA 1C6TA 172LA 1L28A 1L97A 1K28A 244LA 3OE6A 1L55A 1L03A 1LWGA 219LA 177LA 3GUKA 3CDTA 1ZWNA 1LYIA 1CU2A 3C7ZA 3DN0A 3L2XA 1SX2A 235LA 1L34A 1LYDA 4W51A 2QARC 2O7AA 185LA 1QUHA 201LA 1G0GA 1DYDA 104LA 125LA 1CU3A 1L21A 1C6JA 103LA 2O79A 3HUQA 3NYAA 1C6CA 3UONA 1G07A 2IGCA 3HT9A 1SWZA 1L61A 4EKPA 1QSBA 162LA 2B7XA 2OU0X 3G3XA 2F2QA 1OVKA 1L41A 3GUIA 2B6ZA 1C6QA 4LZMA 1D2YA 1P3NA 4PK0A 233LA 3C8QA 4ARMA 189LA 109LA 1L20A 221LA 4ARJA 2RB2X 4I7TA 1L49A 3DN8A 1QT8A 1C6DA 108LA 4I7MA 1KS3A 1KY1A 1NHBA 196LA 188LA 2B6WA 1L71A 1OVJA 2LCBA 1P46A 1L17A 3HTDA 259LA 3C80A 1LYFA 3QAKA 158LA 1LYHA 1KW7A 1L63A 1XJTA 4YXCA 1L13A 229LA 1L01A 1LI6A 2OE4X 4E97A 1L37A 1QT3A 1JQUA 3F8VA 1L64A 3PDSA 4LDLA 4ARQB 1L0JA 3C7YA 191LA 222LA 1L69A 1D2WA 1L30A 1L51A 1L93A 1T8GA 1TLAA 4ARLA 1L48A 1LWKA 3NY9A 1QT6A 131LA 2OE9X 236LA 144LA 3GUOA 2B6YA 1L54A 3GUJA 1QUOA 4I7KA 3GUNA 2ANVA 2NTGA 4EXMA 1C65A 4I7JA 1EPYA 240LA 168LA 1QTBA 1L86A 192LA 113LA 252LA 1C63A 3RUNA 1L18A 1QTHA 114LA 3C83A 4EKQA 4I7PA 1G0JA 141LA 1L44A 115LA 234LA 4DAJA 1LGWA 102LA 147LA 3F9LA 4DJHA 248LA 1L15A 1L33A 1L27A 1L83A 256LA 159LA 1CTWA 3HU8A 1DYFA 246LA 2ANXA 1C64A 3C82A 1L02A 1D3NA 1PQIA 247LA 4EKRA 1L09A 163LA 261LA 1LPYA 151LA 2Z6BA 1L35A 227LA 183LA 1L85A 1P56A 107LA 1QTDA 1QUGA 4DKLA 230LA 157LA 173LA 2NTHA 251LA 1L11A 4I7QA 1T97A 1L08A 1L66A 1CV6A 1L98A 120LA 4W54A 2RAYX 1L56A 205LA 4OO9A 4S0WA 4LDEA 1DYBA 1P5CA 1D3FA 1L76A 1CU6A 3CDVA 2HUMA 130LA 190LA 1DYEA 169LA 1LYEA 4W53A 2LC9A 1C68A 2HULA 110LA 1L50A 1C6IA 3HDFA 1KW5A 1CX6A 3C7WA 3K2RA 1QSQA 145LA 1L42A 245LA 3HTBA 4W55A 1L19A 3DN4A 2HUKA 1ZURA 1KY0A 3FI5A 1OWZA 1D3MA 161LA 1L04A 2A4TA 1CV5A 1ZYTA 4GRVA 1L79A 210LA 1WTHA 1L92A 2L78A 1G1VA 1LLHA 167LA 1L87A 1PQKA 3LZMA 2RB1X 3L64A 2Q9DA 217LA 128LA 1SWYA 258LA 1C6NA 1CU0A 3HT6A 4I7NA 1DYGA 1C66A 1XEPA 4EPFA 138LA 3DMZA 1OV7A 182LA 1OYUA 1G06A 1L0KA 3HH5A 1P37A 137LA 3GUPA 1G0KA 1OWYA 1L39A 3PBLA 1I6SA 1QS9A 126LA 1C6KA 1L36A 2OU9A 4ARPA 3VW7A 1L60A 243LA 4PJZA 3SBBC 156LA 1QTCA 3HTFA 1QT7A 1LI3A 123LA 1C6MA 4I7OA 118LA 1PQMA 2OU8A 180LA 2RBRA 3HWLA 195LA 186LA 1L70A 176LA 1QTVA 2RBQA 3C81A 166LA 197LA 3HUAA 1C6PA 241LA 4EJ4A 1L46A 3DN6A 3FADA 3DN1A 119LA 1L58A 4LDOA 4W56A 1L52A 4ZPUA 2F32A 4YX7C 1CV3A 4AQNA 1D9WA 1T6HA 5LZMA 3HUKA 140LA 2OEAX 146LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C62A 2B74A 1CUPA 3HH4A 2HEAA 1AT5A 3HH6A 1IWTA 4ETDA 4KL7A 4DT3A 7LZMA 4ZIXA 4WO6A 1L53A 111LA 187LA 3IJVA 218LA 4B1AA 2I26L 3C8SA 1L45A 4ARQA 1LHHA 4TX7A 1QDRA 1IP3A 3AGGG 1SX7A 1TEWA 4YXAC 3EMLA 1IVMA 1QT4A 1LZ8A 2MEEA 2RBSA 4HP0A 1GWDA 181LA 4W52A 3OJPA 1LMAA 4WL7A 5JENB 4QGZA 5KXPA 5LA8A 1LJIA 3CDOA 2B73A 1SSWA 4WL6A 1SSYA 198LA 1B6IA 1L22A 1DPXA 1GFJA 1L31A 1IR9A 4NY5A 4NGJA 3C8RA 1YKYX 3A6CY 127LA 3WL2A 1Z55A 3FI7A 1O23A 1OQMA 4NSJA 4DD0A 1BWIA 2YBIA 3CDQA 3ATNA 1C6LA 2B75A 184LA 3OE0A 3HH3A 2XBSA 4K5YA 1JITA 1DYCA 3A94A 1LKRA 5E9RA 1GBOA 1L40A 255LA 4LT2A 212LA 1IP7A 2CJLA 3GUMA 1VAUA 2FBBA 1DI3A 2AUBA 1L57A 232LA 1C46A 1F0WA 1P7SA 226LA 214LA 225LA 2OTYX 4KPMA 6LZMA 1L73A 133LA 1LZCA 4I7RA 3M3UA 2B6TA 3WPLA 3SB9A 2W1XA 5FELA 4CHXA 1L26A 5DM9A 4G49A 220LA 1L80A 1G0LA 1QIOA 4PPOA 4DC4A 4EPIA 5B1GA 1B9OA 1L96A 149LA 1GBZA 1LJGA 4YF2A 1D6PA 1DYAA 4LGKA 3T36A 1XGPC 3W6FA 3A3RX 4QDNA 172LA 1LWGA 5FCPA 3GUKA 1G7LC 1LHKA 4ETAA 1E8LA 1UC0A 1KXYA 1IR7A 4NSHA 1LSEA 1QUHA 3HBHA 1REYA 201LA 3A93A 4BAPA 1DYDA 5I54A 4WM5A 3HUQA 1B7SA 1GEVA 1BVXA 3HT9A 1SWZA 4WM3A 1G7MC 1BVKC 2MECA 1OVKA 1L41A 1JTPL 4II8A 4NEBA 2DKVA 2CWIA 1P3NA 4PK0A 1LZ9A 5HMVA 4ARMA 1LZRA 189LA 109LA 5EBHA 3A95A 2RB2X 4NFVA 4YEOA 4NGOA 193LA 1QT8A 2HEBA 3LN2A 1IOCA 4XENA 1P46A 2BQOA 4LYBA 4YEMA 1LYHA 1KW7A 1GBWA 1LZEA 229LA 1LI6A 2Z12A 4C5FA 2G4PA 1L37A 1QT3A 1HFZA 3PDSA 4LDLA 3C7YA 4G4CA 2XTHA 5KXNA 4ARLA 3NY9A 3J6KA 3TXFA 1QUOA 4I7KA 1C65A 4I7JA 1EPYA 4BADA 1D0LA 1GAYA 1UIAA 1IWZA 3D3DA 1LJEA 2HEEA 192LA 2F2NA 5LINA 113LA 4H9FA 1C63A 1IWVA 1HEPA 1QTHA 2WARA 4QEQA 2H5ZA 1C10A 4DJHA 1VDTA 3AZ6A 2ZQ3A 1L27A 2YBLA 3C82A 3IWRA 1L02A 4RDSA 1GAZA 1GE4A 4NGYA 5F9UA 247LA 261LA 1OUBA 1YKXX 1CJ8A 1L35A 5T3FA 1GEZA 1N4FA 1P56A 107LA 1QUGA 2D4JA 173LA 1JTOL 4O34A 2ZWBA 4I8SA 1CV6A 4WLDA 2LZ2A 2RAYX 1YAMA 4H8XA 1OUJA 3BKHA 4PRQA 6LYZA 4ETBA 2A7DA 190LA 5ILCA 2HULA 3HDFA 1HFYA 5HNLA 1LMOA 3W6AA 3C7WA 2Q0MX 5A3ZA 1LTMA 145LA 4OWBA 3WPKA 2Z39A 4WG7A 1YKZX 4HJVA 1HF4A 5LYZA 3FI5A 4BAFA 161LA 4NSIA 210LA 1WTHA 1LLHA 1A2YC 1NF5A 5LXWA 1F10A 4MSTA 1WVUA 2DBTA 2RB1X 1LSBA 3EO5A 1KIPC 4I7NA 1OV7A 3N9EA 1G06A 1L0KA 4LYTA 1LKSA 1XGUC 1I6SA 1C6KA 1L36A 2OU9A 3E3DA 3VW7A 1B7QA 5FEKA 243LA 1GF6A 4CFPA 1LI3A 3EXDA 2FYDA 4GN4A 1IO5A 1L70A 3C81A 5KXZA 1GF0A 3DN6A 1NQIA 4LDOA 4W56A 2F32A 1D9WA 1D9UA 1FLWA 4AGAA 3MGWA 3TXHA 2MEFA 1XEJA 2Z19A 1B5XA 4OWCA 3JR6A 254LA 2QB0B 1C69A 1P2CC 1T8FA 1XEKA 1KIQC 239LA 237LA 1GXV2 1GHLA 3HT7A 4WM2A 262LA 3B6LA 3TMUA 1L62A 4XADA 1FN5A 4CGEA 1UIHA 4HTQA 1FKQA 1GDWA 3HDEA 1L14A 3OE9A 1QTZA 3ULRA 4H9BA 1NBYC 160LA 249LA 3SBAA 4YENA 4EMNA 1T8AA 3TXKA 2BQHA 4Z98A 5C6IA 3RU5A 3GULA 5KXXA 3HBDA 5APCA 1LHLA 1JTMA 1C6HA 4X3BA 3V2YA 4Z41A 2LYOA 3G3WA 4GN3A 1D3JA 1LSYA 2ZQ4A 3LHMA 1LYGA 253LA 1RJCB 206LA 4WM1A 3CT1A 1C6AA 1QDTA 228LA 1LZ5A 1GB5A 174LA 2OTZX 1LSAA 4LYZA 152LA 1I56A 1NBZC 1GE1A 1IWUA 1YILA 4IJ4A 3SB7A 3CSZA 4TSCA 1LYZA 5DN5A 4BS7A 2EQLA 2LZMA 1QT5A 4DD7A 4CJ2A 1L91A 4OWEA 2Y8PA 1RCMA 3LYMA 4M6DA 1HENA 3A8ZA 4KT3A 1OVHA 3RZEA 2B5ZA 1MELL 1GE3A 3A6BY 5B06A 1CJ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C62 A;  2B74 A;  1CUP A;  3HH4 A;  2HEA A;  1AT5 A;  3HH6 A;  1IWT A;  4ETD A;  4KL7 A;  4DT3 A;  7LZM A;  4ZIX A;  4WO6 A;  1L53 A;  111L A;  187L A;  3IJV A;  218L A;  4B1A A;  2I26 L;  3C8S A;  1L45 A;  4ARQ A;  1LHH A;  4TX7 A;  1QDR A;  1IP3 A;  3AGG G;  1SX7 A;  1TEW A;  4YXA C;  3EML A;  1IVM A;  1QT4 A;  1LZ8 A;  2MEE A;  2RBS A;  4HP0 A;  1GWD A;  181L A;  4W52 A;  3OJP A;  1LMA A;  4WL7 A;  5JEN B;  4QGZ A;  5KXP A;  5LA8 A;  1LJI A;  3CDO A;  2B73 A;  1SSW A;  4WL6 A;  1SSY A;  198L A;  1B6I A;  1L22 A;  1DPX A;  1GFJ A;  1L31 A;  1IR9 A;  4NY5 A;  4NGJ A;  3C8R A;  1YKY X;  3A6C Y;  127L A;  3WL2 A;  1Z55 A;  3FI7 A;  1O23 A;  1OQM A;  4NSJ A;  4DD0 A;  1BWI A;  2YBI A;  3CDQ A;  3ATN A;  1C6L A;  2B75 A;  184L A;  3OE0 A;  3HH3 A;  2XBS A;  4K5Y A;  1JIT A;  1DYC A;  3A94 A;  1LKR A;  5E9R A;  1GBO A;  1L40 A;  255L A;  4LT2 A;  212L A;  1IP7 A;  2CJL A;  3GUM A;  1VAU A;  2FBB A;  1DI3 A;  2AUB A;  1L57 A;  232L A;  1C46 A;  1F0W A;  1P7S A;  226L A;  214L A;  225L A;  2OTY X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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