1L83A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l83A00
1L87A 2O79A 3HT6A 4ARQA 260LA 3ODUA 185LA 1L23A 3HTGA 1L08A 3DN1A 2RAZX 1L55A 1L19A 177LA 1L82A 3HDEA 1C64A 192LA 1G0PA 3DMZA 1QTVA 1L77A 1QTZA 1L76A 1PQOA 2QARC 247LA 1LLHA 1L46A 4ARJA 174LA 210LA 152LA 4ARLA 3D4SA 1L25A 1C6KA 3DNAA 2RBRA 4EKSA 235LA 2HULA 1T97A 1L09A 3GUOA 143LA 4PJZA 3VW7A 1L98A 1SWZA 4PK0A 3NY9A 6LZMA 214LA 1PQIA 3HDFA 1NHBA 138LA 1L13A 4EPFA 1C66A 3HH5A 4I7SA 1WTHA 1L84A 1CU2A 1OWYA 175LA 1D2YA 1G0MA 1L38A 2OE9X 190LA 1L12A 1L47A 3V2YA 1I6SA 217LA 2Z6BA 3C7WA 1C6JA 3EMLA 2CUUA 3DN6A 1DYGA 184LA 213LA 2F2QA 223LA 3V2WA 123LA 1L64A 2B7XA 3HT9A 209LA 2NTGA 1G06A 239LA 3SBBC 1DYCA 1L83A 1T6HA 2RB1X 2OE7X 2OEAX 1CX7A 3HWLA 150LA 107LA 1CTWA 1L45A 131LA 1L41A 1KW5A 4ARMA 1P2LA 3CDVA 1L81A 1L89A 3RZEA 2RAYX 253LA 1LW9A 129LA 1G1WA 3UONA 234LA 1L57A 262LA 1CVKA 2RB0X 4OO9A 114LA 1QTHA 102LA 2OTYX 1L60A 1QTCA 1T8AA 182LA 3OE8A 147LA 1QT7A 1C6AA 1C6MA 2A4TA 167LA 249LA 1L65A 1KY0A 191LA 1L50A 2IGCA 2F47A 103LA 2Q9EA 3SB6A 3C82A 3DN2A 1P3NA 108LA 1L20A 256LA 3PDSA 4I7KA 1LI6A 148LE 168LA 3HH3A 1C67A 1ZURA 1KW7A 146LA 1OV7A 227LA 155LA 3DN4A 3GUJA 1OVKA 1LYHA 229LA 1C62A 3DMVA 4GRVA 1QS5A 3FADA 2HUMA 1L39A 1ZYTA 1G0JA 3SB5A 3G3XA 180LA 1L36A 4I7OA 1D3JA 2OU9A 4EKRA 1CV6A 1L54A 169LA 1LYGA 142LA 1D3MA 176LA 3SBAA 2RBSA 4EPIA 1LGUA 2RBPA 4W54A 1PQKA 1P36A 232LA 3C8RA 3HH4A 246LA 1L29A 230LA 1C6GA 119LA 1DYBA 195LA 1DYAA 1L70A 1L44A 4I7PA 1C6FA 1LI3A 1XJTA 4E97A 1QT4A 2O7AA 137LA 1CV3A 4I7MA 144LA 1QSBA 2B70A 1C68A 4W53A 1C6NA 187LA 1C6LA 2LCBA 1L92A 3FI5A 4W55A 1L0KA 2B6YA 1L35A 1L72A 1L34A 2B73A 1L01A 254LA 2RB2X 3C8QA 1JTNA 198LA 1LGXA 1DYEA 162LA 1QTDA 1L93A 1L17A 3DKEX 3G3WA 1D9WA 3C7ZA 3F9LA 165LA 1QT5A 1C63A 128LA 1L49A 4GBRB 4ARPA 248LA 199LA 1DYDA 3C8SA 4I7JA 1QUGA 3GULA 4EKQA 1L62A 1L97A 1PQJA 2LC9A 1QUDA 186LA 189LA 2OE4X 1L52A 1LYDA 1QS9A 2B75A 4K5YA 164LA 258LA 1C6CA 3CDOA 1QT6A 1L26A 3SN6R 3FA0A 1L33A 3HT8A 3L64A 173LA 1L90A 3GUPA 4IAPA 216LA 2B74A 1P6YA 3DN3A 1L05A 1JQUA 1P7SA 226LA 1L11A 1D3FA 127LA 1CU6A 163LA 1L18A 113LA 240LA 1L63A 1C6IA 1C6HA 3HT7A 1QTBA 183LA 1L66A 3GUKA 118LA 251LA 1P56A 4ZPUA 145LA 1CU5A 1CV1A 130LA 3GUMA 1L56A 1EPYA 1L24A 1OV5A 178LA 1LYJA 1K28A 2RBNA 1LYIA 4DAJA 233LA 1C6BA 206LA 3C81A 1L51A 1QT8A 2ANXA 1L75A 252LA 3L2XA 1C6TA 2NTHA 1D2WA 1P37A 1L40A 1L74A 122LA 4W51A 1CUPA 205LA 212LA 3HUAA 1KS3A 1L59A 1L94A 1L95A 4I7LA 1SSWA 1OVJA 4ARQB 3LZMA 219LA 1L53A 1G1VA 115LA 2OTZX 255LA 112LA 140LA 161LA 1L91A 224LA 1LI2A 3DN8A 3G3VA 188LA 3DMXA 3DN0A 5LZMA 1L32A 1SX7A 1L06A 3HU9A 141LA 1CX6A 1LYEA 1SWYA 1CV0A 4EXMA 2QB0B 1T8GA 1L42A 4LDOA 109LA 257LA 4W52A 197LA 1G0GA 1P5CA 1QSQA 245LA 4DJHA 228LA 3C7YA 3PBLA 1CV5A 1C6PA 4W57A 139LA 1QT3A 125LA 1L69A 104LA 1QUHA 1L0JA 1OYUA 1L00A 1C6QA 1SSYA 1C6EA 1LGWA 1CV4A 220LA 1JTMA 261LA 244LA 2RBOA 1L04A 4I7TA 1L22A 1XEPA 243LA 3HTBA 241LA 3NYAA 4LZMA 1OWZA 2B6ZA 3HUQA 2O4WA 1XJUA 1C65A 259LA 1L27A 218LA 1LWGA 2B6TA 1DYFA 160LA 1L96A 237LA 1B6IA 3JR6A 1L21A 4W58A 4W56A 1L86A 4EJ4A 156LA 3CDQA 126LA 4ARMB 4W59A 171LA 1P2RA 2LZMA 1L88A 3HUKA 1L07A 2L78A 2B72A 4I7NA 222LA 1LWKA 157LA 3GUIA 1L58A 1L30A 2B6WA 3OE9A 4EKPA 4YX7C 2OU0X 151LA 3HH6A 166LA 1D3NA 1KY1A 2HUKA 1L10A 3HTFA 158LA 120LA 181LA 1L14A 4AQNA 4I7QA 2RBQA 3C80A 3CDTA 3QAKA 1L99A 2Q9DA 1OVHA 1L15A 1C69A 1L37A 1L31A 7LZMA 238LA 200LA 2B6XA 196LA 3GUNA 1G0QA 1L48A 3OE6A 1G0KA 1L71A 1PQMA 1L67A 1L16A 215LA 1L03A 1L73A 4YXAC 3NY8A 111LA 4S0WA 2ANVA 170LA 1P46A 1LYFA 149LA 110LA 1KNIA 1L28A 1L43A 3C83A 4LDEA 1QUOA 225LA 5I14A 1L80A 242LA 1PQDA 2OU8A 1CU3A 4DKLA 1CUQA 1C61A 3OE0A 201LA 3HTDA 4I7RA 1LPYA 1TLAA 1C60A 1ZWNA 3SB9A 236LA 4YXCA 211LA 250LA 4LDLA 221LA 231LA 1L61A 3CDRA 1L68A 3HU8A 3RUNA 1L02A 3SB7A 1P64A 1CU0A 3F8VA 2F32A 172LA 1L85A 1G0LA 1G07A 1C6DA 1L79A 1SX2A 159LA 1T8FA 3SB8A 3K2RA 2RH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C43A 1HMKA 2BLYA 3HT6A 3ULRA 1LZ6A 1PS5A 4WM2A 1L55A 4NFVA 3E3DA 2HUBA 1C64A 2I25L 1B7MA 3DMZA 1QTVA 1VDSA 1IC4Y 3WUNA 2QARC 1UIFA 174LA 1HSXA 152LA 1BB6A 3A95A 1N4FA 4UWVA 3QE8A 5FCPA 2RBRA 2DQFC 2HULA 1T97A 3GXRA 4C3WA 1Z55A 1GB8A 4PJZA 3VW7A 1GBOA 1GE0A 1GFAA 3NY9A 5APCA 1PQIA 3CSRA 138LA 4EPFA 1C66A 3HH5A 4I7SA 2G4PA 1LSAA 5C6IA 190LA 4GLAA 1I6SA 1FLWA 5FDJA 3EMLA 4HJVA 3WW6A 1XGPC 2CUUA 1XSFA 1B9OA 4NGWA 1GAZA 4LFXA 1QDRA 2B7XA 4ET8A 3HT9A 209LA 3SBBC 2DBTA 1T6HA 4PJ2C 2FYCA 1GF5A 1C45A 5C6LA 131LA 1KW5A 4ARMA 1P2LA 1EL1A 3CDVA 1L81A 3RZEA 1YIKA 253LA 1J1PY 3WXTA 1XFPL 1XEKA 234LA 2F2NA 2HTXA 4HV1A 1CVKA 1LJKA 4DC4A 4H90A 4OO9A 3TMXA 1SLYA 1QTHA 3WUMA 4DQJA 9LYZA 2D91A 4N5RA 1QTCA 5APFA 1C6AA 2A4TA 1W08A 1LZYA 1NWGA 1KY0A 2IGCA 1L50A 4LYBA 2F47A 256LA 148LE 168LA 1CJ9A 1ZURA 3GUJA 155LA 5B59A 1LOZA 3DMVA 1WQQA 3WL2A 4LYCA 3FADA 1L39A 3SB5A 1G0JA 5LYMA 1L36A 1CV6A 1LYGA 142LA 176LA 5KXPA 2MEBA 4EPIA 1LGUA 232LA 3C8RA 4NY5A 230LA 119LA 1LJFA 1JEFA 195LA 4I7PA 1C6FA 3WW5A 1FKQA 1XJTA 1OUEA 1QT4A 4I7MA 3LZTA 3A6CY 4W53A 1C6NA 1C6LA 1B7OA 4J7VA 3RNXA 1GB2A 2B6YA 3QNGA 1L34A 2GV0A 5A3EA 1L01A 1YAMA 2RB2X 3AYQA 1LGXA 1JTTL 1DYEA 5KXZA 1QTDA 2YSSC 3DKEX 1OUHA 3G3WA 1C7PA 165LA 1L49A 2BQAA 4GBRB 5L3HA 4FJRA 3C8SA 2CGIA 1L97A 1LZ5A 1PQJA 2W1LA 1GWDA 1LMPA 1QUDA 186LA 1LYDA 1YL1X 4B49A 4LYTA 3CDOA 1LHLA 3L64A 1L90A 1VFBC 1LKRA 1B5WA 3K3TA 1KXYA 2B74A 1JSEA 1PZYA 2XQOA 1VATA 1GFVA 1IVMA 127LA 1AM7A 1C46A 1JIYA 3B6LA 1L18A 1JKAA 1JHLA 5KXMA 4GCDA 2D4KA 1L63A 4U3XB 1C6IA 3HT7A 1GFUA 4H9IA 5IELA 4HTQA 4Z41A 2BQGA 1LYSA 1OV5A 2ZIJA 2RBNA 2YBIA 4DD9A 4DAJA 1LJIA 206LA 3TXBA 4OW1A 4ET9A 1LSMA 3AW6A 154LA 3B72A 3M3UA 1L75A 1W6ZA 4H8XA 1CJ7A 3LYZA 3L2XA 1C6TA 3HFMY 1D2WA 3CT1A 122LA 4Z98A 1GHLA 2I6ZA 4I7LA 1LJNA 5F9XA 4OWBA 219LA 1JKCA 4BS7A 4GLVA 2OTZX 4PRUA 112LA 3BKVA 161LA 3AW7A 1IY3A 1B7RA 2BQLA 188LA 5LZMA 3HU9A 3WMKA 141LA 4LT2A 1CX6A 1JTOL 1SWYA 1RFPA 3P4ZA 3AZ7A 4EXMA 2QB0B 109LA 1G0GA 2IHLA 3M18B 228LA 4W57A 5HNLA 5DN5A 139LA 4TX7A 1G7HC 1BWJA 1C6QA 1SSYA 1IWXA 1YKXX 1C6EA 5B1FA 5D5CA 2H5ZA 1BB7A 5K7OA 1LHIA 5II3A 3HTBA 3J4GA 1DXJA 3T36A 2O4WA 1XJUA 1RE2A 4GCCA 5I4WA 218LA 1H6MA 193LA 4O34A 5I4YA 1DYFA 1XEJA 1L96A 1B5YA 1IP4A 1OUDA 4EJ4A 156LA 1IY4A 1LZ9A 1LSPA 4W59A 1IOTA 4B4JA 1GBWA 4DDAA 194LA 1LZCA 2H9JA 1YAOA 1WVVA 3HH6A 4XJGA 1GB7A 4PRQA 2Z2FA 5FEKA 1CKGA 120LA 1LZSA 4H1PA 4LFPA 3C80A 1QSAA 3QAKA 4RDSA 1RI8B 4C5FA 1TBYA 7LZMA 238LA 2B6XA 1G0QA 2MEEA 4ZFPA 3OE6A 4RW2A 1LJ3A 1QUSA 4G9SA 1HEQA 1LHJA 2BAAA 2BQEA 111LA 4S0WA 2ANVA 1P46A 1LYFA 1L28A 4MCKA 1T3PA 1LMQA 4LZTA 1REZA 4DKLA 1CUQA 2CWIA 1UBZA 4DQ7A 1GF4A 5LA5A 2MEGA 1LSDA 1TLAA 1YQVY 3IJVA 2ZNXY 4XJHA 2BQBA 1QSWA 1DI5A 3A34A 4EOFA 2F32A 1T8FA 172LA 1L85A 1ZMYL 2DQHY 3K2RA 1WTNA 1B2KA 1L23A 1LPIA 3HTGA 1L08A 3AGIA 3MGWA 2BLXA 4N1EI 192LA 1GE2A 1L77A 1SQ2L 4H9BA 1J1OY 1LZDA 1LLHA 1IP7A 4LYMA 1NDGC 1NKHA 3P68A 1GAYA 5E4PA 4J1AA 1IR9A 4EKSA 3GUOA 3ZVQB 2HEAA 2ZYPA 1G7LC 4PK0A 5HMJA 3WPLA 4WM1A 4UWNA 4H8ZA 1A2YC 1UACY 2I26L 1L84A 1OWYA 2PC2A 1L38A 2OE9X 5DN4A 1L47A 3V2YA 5LIOA 2Z6BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C43 A;  1HMK A;  2BLY A;  3HT6 A;  3ULR A;  1LZ6 A;  1PS5 A;  4WM2 A;  1L55 A;  4NFV A;  3E3D A;  2HUB A;  1C64 A;  2I25 L;  1B7M A;  3DMZ A;  1QTV A;  1VDS A;  1IC4 Y;  3WUN A;  2QAR C;  1UIF A;  174L A;  1HSX A;  152L A;  1BB6 A;  3A95 A;  1N4F A;  4UWV A;  3QE8 A;  5FCP A;  2RBR A;  2DQF C;  2HUL A;  1T97 A;  3GXR A;  4C3W A;  1Z55 A;  1GB8 A;  4PJZ A;  3VW7 A;  1GBO A;  1GE0 A;  1GFA A;  3NY9 A;  5APC A;  1PQI A;  3CSR A;  138L A;  4EPF A;  1C66 A;  3HH5 A;  4I7S A;  2G4P A;  1LSA A;  5C6I A;  190L A;  4GLA A;  1I6S A;  1FLW A;  5FDJ A;  3EML A;  4HJV A;  3WW6 A;  1XGP C;  2CUU A;  1XSF A;  1B9O A;  4NGW A;  1GAZ A;  4LFX A;  1QDR A;  2B7X A;  4ET8 A;  3HT9 A;  209L A;  3SBB C;  2DBT A;  1T6H A;  4PJ2 C;  2FYC A;  1GF5 A;  1C45 A;  5C6L A;  131L A;  1KW5 A;  4ARM A;  1P2L A;  1EL1 A;  3CDV A;  1L81 A;  3RZE A;  1YIK A;  253L A;  1J1P Y;  3WXT A;  1XFP L;  1XEK A;  234L A;  2F2N A;  2HTX A;  4HV1 A;  1CVK A;  1LJK A;  4DC4 A;  4H90 A;  4OO9 A;  3TMX A;  1SLY A;  1QTH A;  3WUM A;  4DQJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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