1L83A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)S2 (25-28)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l83A00
1T6HA 1L51A 3SBAA 1L88A 185LA 1CU2A 4ARLA 214LA 228LA 211LA 1KS3A 4EKPA 200LA 4LZMA 1T97A 3SB7A 1PQIA 3SBBC 1L63A 1L75A 3DMXA 115LA 1L59A 199LA 4EJ4A 3DN0A 1L02A 1LYIA 258LA 1C6EA 140LA 1LYHA 2RAYX 1L99A 3C81A 4ARMB 1C60A 1CUQA 1L23A 150LA 144LA 1OVHA 2HULA 1L76A 3GUIA 4DAJA 1DYGA 158LA 3LZMA 178LA 2OTYX 3FA0A 3HH5A 257LA 3CDOA 3C8RA 145LA 2B70A 1L67A 4LDEA 3K2RA 2B6YA 1L06A 195LA 1SSYA 127LA 1NHBA 4I7SA 1ZURA 1L31A 1C6QA 216LA 1C6AA 1JTMA 1QTCA 1P2LA 1CV6A 227LA 1C6MA 1L95A 1QUHA 1C64A 1L11A 1L97A 120LA 186LA 247LA 1XEPA 3SB9A 1CX7A 149LA 4IAPA 2HUMA 2RBSA 174LA 1QT3A 2RBRA 4DKLA 1DYBA 237LA 4ARJA 1L52A 4ZPUA 2F32A 1L04A 5LZMA 4EKSA 175LA 3HWLA 243LA 168LA 2Q9EA 4W59A 4W55A 1CV4A 4EKQA 1QTVA 1P64A 4I7JA 1C67A 1L41A 2B7XA 3C83A 3RUNA 1DYDA 1CU3A 1L98A 4LDLA 1DYCA 1L19A 1L22A 3GUMA 1G0JA 205LA 1OWZA 3F9LA 1L03A 172LA 4I7PA 130LA 1G0KA 1QT6A 139LA 3CDRA 1OV5A 1L37A 3HDEA 250LA 3DN4A 1JTNA 4I7KA 1L48A 151LA 156LA 224LA 4PJZA 2OU0X 3D4SA 182LA 1C6HA 161LA 3G3VA 5I14A 3OE0A 167LA 4YXAC 1G06A 1L46A 3HUAA 1L30A 1LI6A 2RB0X 1L38A 160LA 4I7OA 1L45A 1OV7A 123LA 183LA 197LA 1L72A 3SB5A 4ARPA 1L62A 128LA 1L08A 3HUQA 1CU5A 180LA 259LA 1SSWA 215LA 1QUDA 245LA 1T8AA 110LA 1C6GA 3SB8A 2HUKA 4YX7C 1C6DA 1XJUA 107LA 1T8FA 1CX6A 2B74A 4DJHA 218LA 1L10A 2LCBA 2CUUA 4LDOA 1G0MA 254LA 122LA 3F8VA 143LA 1G1VA 1L96A 3HT8A 1L24A 1D9WA 2Z6BA 244LA 223LA 4W54A 3UONA 3HH3A 1L00A 1L26A 1CV0A 239LA 3G3WA 108LA 1QUOA 1L55A 1LGXA 192LA 109LA 1DYEA 240LA 1P7SA 142LA 1D3NA 1G0QA 1QTBA 3NYAA 1QT7A 4GRVA 4E97A 2B6ZA 1L84A 1L91A 2RBQA 3HU9A 3DMZA 1LWKA 1QUGA 1L43A 1D2YA 1D3JA 3HT9A 2RAZX 1P3NA 3HTGA 1D3FA 3DN1A 2QB0B 7LZMA 1D2WA 2B6XA 3CDQA 3DKEX 248LA 261LA 3GULA 191LA 1P6YA 1PQKA 1SX7A 4GBRB 1EPYA 252LA 2O4WA 3DN2A 1L20A 209LA 1L68A 1L36A 141LA 1L86A 2F47A 3GUOA 1QSBA 255LA 1L83A 1DYAA 1CV3A 213LA 210LA 1L32A 1L0KA 2IGCA 1L74A 1L28A 138LA 1KW5A 2OTZX 1L60A 220LA 2OE4X 3C7ZA 1JQUA 1C62A 3C8QA 3V2YA 1L71A 1L49A 1C61A 1QS5A 104LA 1ZYTA 1PQMA 1QT8A 2B6WA 1LLHA 2OU8A 260LA 3GUKA 3FI5A 4EPIA 1K28A 225LA 3DN8A 1WTHA 1L21A 112LA 1C6BA 246LA 1CTWA 1C6JA 4I7LA 164LA 1P46A 201LA 253LA 1KY0A 2A4TA 1L65A 235LA 232LA 1PQDA 233LA 2B72A 2NTHA 3QAKA 1KW7A 1L92A 1I6SA 1L16A 169LA 119LA 6LZMA 1C6PA 1LPYA 2ANXA 1C66A 1PQOA 1L40A 1LI3A 2RBNA 1L50A 3C8SA 113LA 1LYEA 249LA 1L61A 1ZWNA 2O79A 4I7TA 3GUPA 3G3XA 1L33A 1L93A 4W58A 1G0PA 1LYDA 103LA 262LA 1CV5A 3C7WA 131LA 159LA 189LA 3HTBA 1L53A 4W56A 1OVKA 3NY8A 4W53A 4AQNA 1L0JA 2QARC 3C80A 1L15A 1SWZA 1L34A 2RB2X 1L58A 1G07A 1LYFA 1C6TA 3ODUA 3V2WA 1C6IA 4EKRA 1G1WA 1L29A 155LA 1L89A 219LA 2O7AA 3OE6A 3HT7A 125LA 3C82A 1L54A 1QTHA 1SX2A 2RBOA 2B6TA 256LA 238LA 1OVJA 1L25A 2L78A 1CU0A 1QT5A 1P2RA 3DNAA 4I7QA 1L05A 1L82A 1L90A 188LA 166LA 1L73A 1QT4A 2RBPA 1C65A 1LGUA 1KNIA 3GUJA 2OU9A 4PK0A 3HTDA 1L80A 176LA 1C68A 3SB6A 217LA 1OWYA 1C6KA 3L64A 1L66A 2B73A 114LA 1L79A 2B75A 1XJTA 212LA 1C6LA 1T8GA 1L81A 4EPFA 1LYGA 241LA 157LA 1G0LA 4I7MA 3HU8A 4ARQA 1L64A 3C7YA 3GUNA 3SN6R 1L69A 1C6CA 148LE 163LA 1SWYA 129LA 3PBLA 1C6FA 1C63A 4EXMA 126LA 4S0WA 198LA 2OEAX 3HTFA 3DMVA 1L47A 1LGWA 229LA 4K5YA 1L35A 4W51A 4OO9A 1L44A 171LA 1G0GA 196LA 1L87A 231LA 3DN3A 1C69A 170LA 1L27A 3HDFA 3OE8A 3NY9A 1L57A 147LA 1L94A 1LYJA 3JR6A 2OE9X 3HH6A 2LC9A 2F2QA 1L09A 234LA 4I7NA 1CU6A 1L17A 1P36A 1C6NA 1PQJA 1LWGA 230LA 184LA 251LA 1L13A 2RH1A 4YXCA 162LA 4ARMA 118LA 187LA 102LA 2Q9DA 3FADA 3HT6A 242LA 152LA 226LA 1L01A 1L12A 1TLAA 1D3MA 1L18A 3CDVA 146LA 1B6IA 2NTGA 3HH4A 1OYUA 1L85A 1L77A 165LA 1DYFA 1P5CA 181LA 221LA 1L42A 206LA 4W52A 4W57A 1P56A 1L70A 1QTZA 3DN6A 1L07A 1CV1A 222LA 3RZEA 1QSQA 173LA 1QS9A 1CUPA 2OE7X 1CVKA 137LA 1KY1A 1P37A 2LZMA 3OE9A 111LA 4I7RA 1L39A 177LA 4ARQB 1L56A 1QTDA 2ANVA 3PDSA 3EMLA 236LA 190LA 3CDTA 1LI2A 3HUKA 3L2XA 3VW7A 2RB1X 1LW9A 1L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C43A 4UWUA 1CU2A 4ARLA 4LT0A 3AB6A 4OOTA 5I4WA 2BQDA 4N0JA 1KS3A 2C8OA 4EKPA 6LYTA 1LMCA 3SP3A 3SB7A 3CSZA 3SBBC 1LJHA 1L75A 4DD9A 1L59A 4EJ4A 3DN0A 1LYIA 4WM5A 1HELA 1C6EA 1DI3A 1L99A 4QDNA 1VAUA 4CHXA 4Z98A 4NHQA 4J1AA 3HFMY 2ZIJA 144LA 1OVHA 2HULA 4OWBA 1L76A 4BS7A 3GUIA 4DAJA 3LZMA 178LA 4WLXA 2OTYX 3FA0A 132LA 3CDOA 3C8RA 3A34A 1L67A 4XJIA 1BB7A 1L06A 3AGHA 4DDBA 195LA 1SSYA 127LA 1NHBA 4HV1A 4I7SA 1ZURA 1L31A 3EXDA 1QTCA 2ZQ3A 1JJ3A 227LA 5DN5A 1C64A 186LA 1REMA 4NWEA 4LYZA 1IY3A 2HUMA 5HLLA 2RBSA 1QT3A 1LPIA 4DKLA 1DYBA 1WVVA 1XEIA 237LA 3GXKA 4ZPUA 3HBDA 1L04A 4EKSA 1FBIX 4W55A 1CV4A 4EKQA 1NWGA 3IWRA 4B4JA 1L22A 3A6CY 1IR7A 1IR8A 4L41A 3GUMA 4IASA 1NDMC 3A67Y 1L03A 4G4BA 130LA 4HPEA 139LA 2LHMA 1L37A 3HDEA 4BADA 5ILFA 151LA 3AZ6A 3AYQA 1JKDA 4LT2A 2OU0X 182LA 2W1LA 5FDJA 161LA 1GF0A 3OE0A 1OP9B 2W1YA 4NG8A 2BQEA 160LA 1OV7A 1GE4A 3A95A 1KXWA 4ML7A 4H90A 5E4PA 1LSPA 180LA 1QIOA 5LXWA 4N1CC 245LA 2HUKA 1C6DA 107LA 4DJHA 218LA 1GE3A 1LMPA 2LCBA 1MELL 4CFOA 1HEWA 1UIHA 4PPOA 3F8VA 5HMJA 1G1VA 1L24A 194LA 244LA 223LA 4N5RA 4QEQA 1GXXA 3HH3A 1CV0A 3CB7A 1QUOA 1INUA 5DLAA 4XENA 1HC0A 1D3NA 3B6LA 3NYAA 1LHMA 1GB9A 1LSCA 1HHLA 3WU9A 2RBQA 1JSFA 1FKVA 1LSYA 1LJGA 1B2KA 1IP5A 4WM4A 4X3BA 3RU5A 1WQQA 3ATOA 1BGIA 1PQKA 1SX7A 3P66A 1GFEA 1VATA 209LA 1GBXA 4N1EI 3LYTA 3W6EA 141LA 2F47A 3GUOA 1LZ9A 1QSBA 1XGPC 3LZ2A 4DDAA 210LA 138LA 1YROA 220LA 1GD6A 1C62A 5E9RA 1GFJA 3WYHA 1L71A 1OQMA 4DD3A 1B7OA 1GFTA 4WLDA 1ZYTA 1LCNA 1PQMA 5LAFA 260LA 4BAPA 3GUKA 1B7LA 1AT6A 4EPIA 1K28A 225LA 1EQ5A 3DN8A 5F16A 1L21A 1CTWA 2DQHY 1QSAA 2H9JA 1OUGA 3AGIA 5DN4A 1LJNA 1LZEA 2HEDA 2NTHA 2Q0MX 1LZDA 3GXRA 1KW7A 1LMQA 1L92A 2BQKA 169LA 6LZMA 5FCPA 4DT3A 2F2NA 3A6BY 1IP7A 3C8SA 2BQNA 1L50A 249LA 1ZWNA 4DD2A 1L33A 1GFAA 4HP0A 1G0PA 103LA 3AZ4A 5L9JA 1OUIA 3HTBA 4NGOA 1L0JA 3C80A 3LN2A 1SWZA 4LFPA 1L34A 1GF7A 3ODUA 1LZTA 1C6IA 1GDWA 154LA 1L89A 2YBMA 1QTHA 1DZBX 2YSSC 4B4IA 256LA 4LZTA 3RW8A 1LHLA 1QT5A 1XGUC 1LKRA 1XSFA 2Z38A 2IHLA 1BWIA 1XGTC 1L73A 2HECA 3WULA 5EBHA 3LZTA 1L80A 217LA 1OWYA 5IELA 1L66A 4O34A 1CKHA 4WG1A 114LA 3P64A 1LHHA 1ZVHL 4NGIA 4I7MA 4ARQA 4YF2A 4WMGA 3C7YA 3M3UA 5B07A 3SN6R 1FLUA 3WPKA 1SWYA 1LZAA 3G3BB 2OEAX 1B5ZA 1LZBA 1GF3A 1REXA 2ZQ4A 4W51A 1YL1X 207LA 1G0GA 231LA 1C69A 5F9UA 1AT5A 3T6UA 1L94A 2ZNWY 1C6NA 2A7DA 1LWGA 3LYZA 4GCBA 1MLCE 2ZYPA 4GCFA 4IJ4A 1LZNA 187LA 102LA 1VFBC 1YAOA 3EO5A 152LA 226LA 1VDQA 1TLAA 3J6KA 1VDSA 1HFXA 1W6ZA 4DWXA 146LA 133LA 4YEOA 1IOCA 4NHPA 2NTGA 1L77A 181LA 3WXUA 3CSQA 4W57A 5I5QA 1P56A 1G7HC 1OUHA 1CV1A 222LA 1QSQA 173LA 1GB5A 137LA 1KY1A 1P37A 2F4AA 1UICA 4I7RA 1B9OA 1XGQC 3CT1A 2HEEA 2BLXA 3B72A 1B5WA 5KKIA 1LSMA 2LYZA 236LA 1DPWA 4U3XB 1SQ2L 1YILA 2Z2EA 3VW7A 1LW9A 1DPXA 3ZEKA 2MECA 1BHZA 1L88A 185LA 1IO5A 1P2CC 2YBNA 5APFA 200LA 1L63A 1GE1A 2HEFA 4Z41A 1BWJA 1LYHA 4NGVA 4H9HA 4RLNA 3C81A 5KXRA 4ARMB 1GF5A 2MEEA 4R0FA 4DQ5A 5B1GA 4DDCA 1IC7Y 3WMKA 1BWHA 1DYGA 158LA 2NWDX 1IP6A 3A91A 3BKVA 2B70A 1J1XY 3ULRA 2HTXA 5APEA 5D5CA 1C6QA 4KXIA 1LHKA 2FBBA 1LJJA 1P2LA 3N9CA 1L11A 1LMNA 120LA 5KXWA 1NDGC 247LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C43 A;  4UWU A;  1CU2 A;  4ARL A;  4LT0 A;  3AB6 A;  4OOT A;  5I4W A;  2BQD A;  4N0J A;  1KS3 A;  2C8O A;  4EKP A;  6LYT A;  1LMC A;  3SP3 A;  3SB7 A;  3CSZ A;  3SBB C;  1LJH A;  1L75 A;  4DD9 A;  1L59 A;  4EJ4 A;  3DN0 A;  1LYI A;  4WM5 A;  1HEL A;  1C6E A;  1DI3 A;  1L99 A;  4QDN A;  1VAU A;  4CHX A;  4Z98 A;  4NHQ A;  4J1A A;  3HFM Y;  2ZIJ A;  144L A;  1OVH A;  2HUL A;  4OWB A;  1L76 A;  4BS7 A;  3GUI A;  4DAJ A;  3LZM A;  178L A;  4WLX A;  2OTY X;  3FA0 A;  132L A;  3CDO A;  3C8R A;  3A34 A;  1L67 A;  4XJI A;  1BB7 A;  1L06 A;  3AGH A;  4DDB A;  195L A;  1SSY A;  127L A;  1NHB A;  4HV1 A;  4I7S A;  1ZUR A;  1L31 A;  3EXD A;  1QTC A;  2ZQ3 A;  1JJ3 A;  227L A;  5DN5 A;  1C64 A;  186L A;  1REM A;  4NWE A;  4LYZ A;  1IY3 A;  2HUM A;  5HLL A;  2RBS A;  1QT3 A;  1LPI A;  4DKL A;  1DYB A;  1WVV A;  1XEI A;  237L A;  3GXK A;  4ZPU A;  3HBD A;  1L04 A;  4EKS A;  1FBI X;  4W55 A;  1CV4 A;  4EKQ A;  1NWG A;  3IWR A;  4B4J A;  1L22 A;  3A6C Y;  1IR7 A;  1IR8 A;  4L41 A;  3GUM A;  4IAS A;  1NDM C; 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