1L85A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l85A00
218LA 200LA 2ANXA 1QUDA 4I7LA 4I7TA 1L89A 3DN3A 1CUQA 1CTWA 224LA 155LA 232LA 1G1VA 107LA 3HUQA 166LA 3NY8A 1T8GA 4ARLA 2CUUA 2NTGA 1G0PA 3HDFA 167LA 4ARQA 1C60A 1L63A 2NTHA 1L58A 1JTMA 4EPIA 2O79A 1L15A 1XJTA 174LA 140LA 1DYDA 164LA 3G3VA 1C64A 1QUHA 3NY9A 1L08A 1LI2A 1PQIA 3RZEA 1SX7A 1C6QA 1L13A 1B6IA 2RBNA 4LDLA 237LA 1C66A 3DMXA 1L14A 1L29A 4EKPA 3OE0A 3C80A 1LLHA 2F2QA 2RBSA 2OEAX 253LA 1G06A 1L28A 1LI3A 1ZURA 3DN0A 185LA 3GUKA 3GUNA 240LA 1D3NA 3SB7A 1L99A 1PQDA 219LA 1L83A 1L71A 209LA 1L06A 151LA 3HTGA 177LA 1L92A 173LA 2B72A 1L67A 1L18A 1L98A 2B7XA 1SSWA 231LA 1L55A 1NHBA 1L61A 1T97A 1CUPA 1CU2A 1G0JA 2OE7X 1L0JA 1L72A 214LA 3HU8A 4EKSA 1DYCA 1L30A 1OVKA 1QTZA 7LZMA 262LA 1LYIA 126LA 113LA 2B75A 1L34A 152LA 2RB2X 1T8AA 1OV5A 4EPFA 2QARC 3RUNA 109LA 2F32A 1QSQA 230LA 217LA 120LA 146LA 3C8SA 1L09A 1CU0A 2RBQA 188LA 1L68A 2OE4X 161LA 3QAKA 2B70A 1XEPA 3SB6A 1DYEA 1LGUA 211LA 1CU6A 2RBRA 4YX7C 1P64A 192LA 1L62A 1LYDA 2Q9EA 223LA 183LA 1C6DA 3GUOA 4YXAC 1G0KA 2OTYX 213LA 1CV3A 3DMZA 112LA 3CDVA 4ZPUA 4W57A 2LC9A 102LA 260LA 1L84A 229LA 3OE9A 4I7NA 1C6KA 1LYHA 1L48A 1P2RA 157LA 1L45A 227LA 1L05A 199LA 1JQUA 4S0WA 2B6XA 1L85A 1P2LA 137LA 1L77A 3CDOA 2RBPA 5I14A 1KW7A 1QUGA 1CVKA 149LA 4DKLA 3F9LA 1SWYA 4K5YA 6LZMA 104LA 1L59A 1OWZA 1OYUA 1QTCA 2RB1X 143LA 3NYAA 4LZMA 2HUKA 1XJUA 163LA 130LA 111LA 248LA 1L42A 1QT6A 165LA 1L17A 3DNAA 4W52A 1KY1A 2HULA 4ARQB 2ANVA 3DN6A 1L41A 3HU9A 3C7ZA 1DYAA 1QSBA 1L25A 2RBOA 1P46A 2B6YA 156LA 127LA 1K28A 1G0LA 225LA 186LA 1QT7A 3HT6A 158LA 3GUJA 1JTNA 1ZWNA 1L69A 1CV1A 205LA 4I7MA 3HTFA 3HTBA 257LA 233LA 4LDOA 247LA 3SBAA 1C6HA 261LA 168LA 1QUOA 1C6GA 1LGWA 246LA 256LA 1QT4A 122LA 1L91A 3C81A 1L39A 3C83A 1KS3A 216LA 3DKEX 1LPYA 3F8VA 3SN6R 1L36A 138LA 3PBLA 1C6PA 118LA 1P7SA 1L24A 148LE 4EXMA 128LA 1L75A 3FI5A 1LI6A 1T6HA 1G0QA 1L90A 1EPYA 1L50A 3HT9A 2IGCA 1CV4A 3CDRA 1L12A 3GUMA 182LA 3OE8A 221LA 1L70A 1L27A 1L88A 3GUPA 244LA 169LA 210LA 1KW5A 222LA 258LA 259LA 1L19A 1QTBA 4DAJA 4W54A 238LA 1C6NA 1CV5A 1L16A 1C6EA 1TLAA 1L97A 1OWYA 2OTZX 1L87A 4ARMA 4EKQA 1C6BA 1DYBA 4I7QA 3UONA 1CU5A 1LYGA 3DMVA 2OU8A 249LA 170LA 1LWKA 201LA 3G3WA 3SB5A 1L33A 3DN4A 1OV7A 123LA 1L96A 1C6FA 2OU9A 1C6MA 3SB9A 2HUMA 1L86A 3SBBC 4ARPA 2LCBA 103LA 141LA 1PQJA 1QT5A 4W55A 1D2WA 1CV0A 4I7SA 4GRVA 2B6ZA 181LA 226LA 4EJ4A 2RB0X 1KNIA 3CDQA 234LA 1L95A 1C67A 3ODUA 4OO9A 1LYEA 252LA 1QS5A 197LA 1L32A 1C63A 3HT7A 245LA 1DYGA 1PQMA 1C6JA 1L52A 2RAYX 4EKRA 254LA 1D3JA 2OU0X 4W59A 150LA 3HWLA 175LA 1L81A 206LA 3HH5A 4IAPA 1LGXA 1L43A 2RAZX 147LA 1CV6A 4W53A 1L49A 1L20A 3HH6A 110LA 1G1WA 3DN1A 4GBRB 1L04A 1P56A 228LA 3V2YA 235LA 1L57A 1SX2A 1KY0A 2Z6BA 1G0MA 1P5CA 1L54A 4PK0A 1L01A 1C62A 1C6TA 1L64A 4PJZA 4YXCA 3DN2A 1DYFA 1C6AA 159LA 4DJHA 178LA 1P37A 2B6WA 3HDEA 4I7PA 251LA 115LA 3HT8A 129LA 1L65A 196LA 4LDEA 4I7OA 236LA 1CX6A 1L74A 1C61A 3FA0A 1OVHA 250LA 1L79A 1C6LA 255LA 1LWGA 189LA 2O7AA 1SSYA 3GUIA 3HH4A 1D3MA 1SWZA 1C69A 3LZMA 1P36A 3DN8A 2QB0B 131LA 1L38A 1CU3A 243LA 1LYFA 1L82A 3D4SA 1LYJA 187LA 195LA 242LA 4E97A 1QT8A 198LA 180LA 1G0GA 212LA 1L73A 1QTHA 2B74A 1I6SA 1L37A 184LA 1L76A 1L26A 3V2WA 4I7RA 3L64A 139LA 3K2RA 171LA 114LA 1L80A 2F47A 160LA 2OE9X 3GULA 145LA 4I7KA 4ARJA 162LA 1L53A 2RH1A 1QT3A 1L31A 172LA 142LA 1G07A 220LA 4W58A 1C6IA 3FADA 4AQNA 1L46A 3G3XA 1P3NA 2Q9DA 1L44A 3C7WA 1L40A 2LZMA 4ARMB 1ZYTA 1D9WA 1L66A 108LA 1PQKA 125LA 2B73A 3OE6A 2L78A 1C65A 3HH3A 1QTVA 2A4TA 239LA 4W56A 3CDTA 3C82A 4W51A 176LA 1QTDA 3JR6A 5LZMA 1L0KA 2O4WA 1L56A 1QS9A 1D3FA 3HUAA 1D2YA 1LW9A 3C8RA 119LA 3HTDA 1L11A 215LA 3EMLA 1L21A 3SB8A 3L2XA 2B6TA 1T8FA 1L00A 1L94A 190LA 3HUKA 1L03A 3C8QA 4I7JA 1OVJA 1WTHA 1L51A 1C68A 1L35A 1L10A 1L60A 1P6YA 3VW7A 1C6CA 3C7YA 1L47A 1L02A 1L23A 191LA 1PQOA 241LA 3PDSA 1L22A 1L07A 1L93A 1CX7A 144LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUDA 5KXRA 1INUA 3DN3A 3WU7A 4LYBA 194LA 1IY3A 3HUQA 3NY8A 1LKRA 4M6DA 5KXKA 1C46A 3HDFA 3J4GA 4H9IA 4QGZA 4AGAA 3WL2A 4NGIA 2F4AA 174LA 1XEJA 164LA 1RI8B 1C64A 3G3VA 4WLYA 4G9SA 3FI7A 3NY9A 1L08A 1LZNA 4AXTA 1B9OA 3A95A 1Z55A 1GF9A 2IFFY 1IO5A 3DMXA 4EKPA 3A3RX 2LYMA 1EQEA 2OEAX 1G06A 3DN0A 185LA 2DQCY 3AZ6A 3GUKA 1OUCA 1L99A 219LA 1YAOA 1IORA 2BQOA 4UWVA 2W1LA 1ZMYL 1MLCE 4NGLA 4E3UA 1IWTA 1L18A 4DYGA 1JWRA 1XEIA 3P64A 1GFKA 231LA 1T97A 5APFA 1LMOA 1G0JA 3HU8A 1L30A 1WTNA 1NHEA 1QTZA 4BAFA 4WLDA 1NWGA 113LA 5F14A 1QIOA 4KPMA 1A2YC 152LA 2RB2X 1T8AA 1LHHA 5E4PA 3AW6A 4XJHA 4MCKA 4LFPA 3WPKA 5KXOA 1LHJA 161LA 5LVHA 5KXPA 1I1ZA 1T6VL 2RBRA 1GBXA 4YX7C 1P64A 153LA 1B7SA 1IOQA 2Q9EA 1G0KA 4XYYA 2LYZA 3DMZA 2LC9A 102LA 3OE9A 5DL9A 1B5UA 1LYHA 1HEPA 1OUHA 227LA 3W6DA 1L05A 5KKIA 199LA 2B6XA 1GHLA 1JTTL 5B1GA 1LSEA 1BWJA 4NG1A 5I14A 5JENB 4DC4A 1LMPA 4DKLA 6LZMA 2GV0A 4CFOA 1HNLA 3TMUA 1GE4A 143LA 1DI4A 1GB8A 1XJUA 1HF4A 1L42A 5I4XA 5LYMA 3OK0A 4RW1A 3ZEKA 3DNAA 4W52A 4NFVA 2ANVA 1B7NA 5EBHA 3HU9A 3C7ZA 4YF2A 1JKDA 1HC0A 1DYAA 5D5CA 1LZ8A 2RBOA 5DN4A 1JKCA 1UCOA 156LA 4PGJB 127LA 1NDMC 158LA 3G3BB 3HBHA 1J1PY 1LOZA 1JTNA 2PC2A 5I4YA 2G4NA 4I7MA 1UIGA 1WQQA 247LA 5F9UA 5I54A 2Z37A 3AZ5A 5KXWA 122LA 1L39A 1OUEA 1B5ZA 3F8VA 1F6SA 1C6PA 1P7SA 1L24A 1UIAA 1IWYA 2W1XA 1L90A 4GN3A 1RE2A 1EPYA 3A8ZA 3CDRA 1LKSA 1YQVY 134LA 3GUMA 1B5WA 1V7SA 3B0OA 1JHLA 4DQJA 3B6LA 3AZ4A 5LVGA 1UICA 210LA 1KW5A 222LA 5HNLA 4O34A 1GF0A 1YL0X 5I53A 2D4JA 1GB5A 1CV5A 4H8ZA 1C6EA 3A6CY 1BQLY 1LZRA 4EKQA 3TXEA 1C6BA 1DYBA 2YBHA 1NBYC 3GXRA 4G4CA 170LA 1LWKA 201LA 3G3WA 123LA 1L96A 1C6MA 1VATA 1QQYA 1BVXA 3RNXA 2DQJY 1IP2A 1KNIA 3HFMY 234LA 4NSGA 2ZYPA 5F81A 1L32A 1C63A 3HT7A 1DYGA 4GCBA 4H9EA 3A67Y 2OU0X 4TWSA 1AT6A 5B07A 2D4IA 3HH5A 1LGXA 4DD2A 1L43A 2RAZX 3CT0A 1CV6A 1VDSA 4NGWA 1XFPL 1B7LA 2ZILA 3DN1A 1GF7A 4NG8A 1FKVA 1G7JC 1I20A 3A3QA 1IP7A 3T6UA 1DI3A 1L54A 1C62A 4NHIA 4PJZA 3DN2A 1DYFA 178LA 4N9RA 1C45A 1KXXA 2B5ZA 196LA 1VDTA 4Z41A 1C61A 1OQMA 5K7OA 4WM3A 1WQNA 3LZMA 1P36A 3DN8A 4NGOA 4GN5C 4DT3A 4N5RA 5IHGA 243LA 2CDSA 242LA 1B7RA 2BQHA 1JKBA 6LYTA 3E3DA 1QTHA 5KKJA 3V2WA 3L64A 4H91A 1WVUA 1KXYA 1L80A 2OE9X 3GULA 1N4FA 1L53A 3D3DA 1A4VA 1QTEA 3W6BA 142LA 4BS7A 3M3UA 1C6IA 2A7DA 3FADA 2H9JA 3P4ZA 4AQNA 4Z46A 1L46A 4LYTA 2LZMA 4DD7A 3ATOA 1UIDA 1QDRA 108LA 1PQKA 2BQBA 1IWVA 1B0DA 3HH3A 2A4TA 4W56A 4XJIA 2XJWA 2DQAA 3CDTA 2BQDA 4H9FA 1LMCA 3WUMA 2YDGA 2O4WA 1WQPA 1IWWA 4NGJA 3C8RA 119LA 4YM8A 3A93A 1L21A 2F4GA 1LJ3A 1LSDA 1C43A 4HJVA 1IVMA 1T8FA 1L94A 3QE8A 190LA 2YVBA 1B5VA 4I7JA 4LT1A 4Z3MA 4KXIA 1L10A 2I25L 1LMQA 2YBNA 1L23A 1JJ0A 1LSNA 4OOOA 241LA 4WL6A 1L22A 1L07A 1L93A 5J7CA 1CX7A 4WM1A 3TXHA 218LA 3FE0A 1L89A 4C5FA 4BAPA 4CJ2A 1LHIA 4BADA 1T8GA 3KAMA 3TXKA 5KXTA 5KXZA 2NTGA 2DQEY 4NWHA 3B0KA 1G0PA 5LINA 167LA 1D0MA 1L63A 3TXDA 1OP9B 2O79A 1L15A 1DYDA 3TMVA 1QUHA 1JEFA 1IC7Y 3RZEA 1H6MA 1B6IA 2YBJA 207LA 4L41A 1G7HC 1ALCA 1IY4A 1HMKA 2N5ZA 4NIJA 1L29A 4H9CA 3OE0A 3WUAA 1LLHA 2RBSA 4EMNA 1L28A 3WVYA 5FDJA 3SB7A 1I56A 1PQDA 1LMAA 4RDSA 1L71A 1UC0A 1L06A 132LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUD A;  5KXR A;  1INU A;  3DN3 A;  3WU7 A;  4LYB A;  194L A;  1IY3 A;  3HUQ A;  3NY8 A;  1LKR A;  4M6D A;  5KXK A;  1C46 A;  3HDF A;  3J4G A;  4H9I A;  4QGZ A;  4AGA A;  3WL2 A;  4NGI A;  2F4A A;  174L A;  1XEJ A;  164L A;  1RI8 B;  1C64 A;  3G3V A;  4WLY A;  4G9S A;  3FI7 A;  3NY9 A;  1L08 A;  1LZN A;  4AXT A;  1B9O A;  3A95 A;  1Z55 A;  1GF9 A;  2IFF Y;  1IO5 A;  3DMX A;  4EKP A;  3A3R X;  2LYM A;  1EQE A;  2OEA X;  1G06 A;  3DN0 A;  185L A;  2DQC Y;  3AZ6 A;  3GUK A;  1OUC A;  1L99 A;  219L A;  1YAO A;  1IOR A;  2BQO A;  4UWV A;  2W1L A;  1ZMY L;  1MLC E;  4NGL A;  4E3U A;  1IWT A;  1L18 A;  4DYG A;  1JWR A;  1XEI A;  3P64 A;  1GFK A;  231L A;  1T97 A;  5APF A;  1LMO A;  1G0J A;  3HU8 A;  1L30 A;  1WTN A;  1NHE A;  1QTZ A;  4BAF A;  4WLD A;  1NWG A;  113L A;  5F14 A;  1QIO A;  4KPM A;  1A2Y C;  152L A;  2RB2 X;  1T8A A;  1LHH A;  5E4P A;  3AW6 A;  4XJH A;  4MCK A;  4LFP A;  3WPK A;  5KXO A;  1LHJ A;  161L A;  5LVH A;  5KXP A;  1I1Z A;  1T6V L;  2RBR A;  1GBX A;  4YX7 C;  1P64 A;  153L A; 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