1L86A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTIRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l86A00
4W53A 1LYHA 2L78A 3DMZA 1JTNA 4I7NA 1L79A 3D4SA 1P2RA 1G0JA 215LA 3DN8A 1I6SA 241LA 4EKRA 3CDRA 2OTYX 3SB9A 1OV7A 1C6DA 1L42A 246LA 3RUNA 191LA 1NHBA 1QTHA 1WTHA 4ZPUA 1DYDA 110LA 1L29A 1LYDA 1L01A 1P5CA 3C80A 1C6JA 1OVKA 1L97A 114LA 1L13A 253LA 1L56A 122LA 2B75A 251LA 1SX2A 1L41A 1L61A 127LA 1C60A 3F8VA 2HUKA 1L37A 108LA 3JR6A 1QS9A 1LYEA 140LA 2HULA 2Q9DA 3QAKA 142LA 4EKQA 197LA 1L52A 3DMXA 1LI3A 3FI5A 138LA 1D3FA 3HH3A 1QT3A 1D2WA 4EPFA 1D3JA 2RBNA 201LA 3RZEA 4W52A 1KW5A 257LA 1L11A 2RBOA 245LA 1L88A 160LA 173LA 2OE9X 3NY9A 3HH6A 3L2XA 4I7MA 156LA 1P37A 1SWYA 165LA 1L46A 4I7LA 1L72A 1L30A 2OU9A 4OO9A 1QT4A 3PDSA 4YXAC 1CV6A 1LW9A 2F32A 1DYBA 1QT6A 166LA 126LA 1C6HA 224LA 1L85A 3DN0A 1QUHA 168LA 4I7QA 1L44A 238LA 1LYFA 1LGXA 2OTZX 186LA 4ARLA 1C6PA 1L99A 1DYGA 4ARQA 1C6IA 129LA 250LA 1OVJA 1QT8A 3HUKA 1L09A 227LA 258LA 1L27A 1L94A 104LA 1L03A 2OE7X 1L69A 1QTBA 1L58A 167LA 1CUPA 3HTGA 181LA 1JTMA 4IAPA 4PK0A 1L70A 1L12A 3L64A 4I7JA 1LI6A 150LA 1D3NA 4I7KA 1KS3A 180LA 1OWYA 1C65A 1L90A 1QTZA 1LLHA 1D3MA 1L55A 217LA 3C8RA 1L33A 1L93A 243LA 2ANXA 2F2QA 1DYAA 4W51A 1QS5A 4LDLA 1G1WA 4S0WA 185LA 1C67A 3GUJA 2NTHA 1L35A 3HU9A 148LE 1DYFA 2RB2X 4LDEA 171LA 139LA 4DAJA 4DJHA 1CU5A 2B70A 3NY8A 1L08A 3OE8A 2RBSA 144LA 1OWZA 2B6TA 1CU0A 2RAYX 1CV3A 244LA 3CDVA 3FADA 1P2LA 261LA 1L87A 175LA 3CDQA 195LA 3HUQA 4GRVA 260LA 1G07A 4AQNA 1C6CA 1C6TA 1G06A 3C7WA 240LA 2NTGA 1OYUA 4W58A 157LA 1L43A 1CV4A 3SN6R 3DN1A 189LA 1C69A 1PQMA 1XJTA 1T8FA 1L04A 1L40A 1L53A 1L73A 3HU8A 1QSQA 1C6FA 1P3NA 4W57A 3GUOA 1L62A 2ANVA 1C6AA 2LZMA 1L39A 1L45A 242LA 3VW7A 1L92A 6LZMA 1L23A 3DNAA 1CX6A 1L18A 1G0GA 4I7SA 254LA 183LA 1L15A 255LA 3C83A 120LA 2RBPA 3DN3A 1L25A 2Q9EA 3HWLA 188LA 1LWGA 239LA 1P6YA 3GUKA 1XEPA 1L49A 147LA 1LYGA 1ZURA 1EPYA 1T6HA 2Z6BA 7LZMA 1L07A 1L22A 1L0KA 1L96A 2QARC 3HTDA 4ARQB 233LA 1L51A 1C62A 111LA 1LWKA 252LA 3HH5A 1JQUA 216LA 1L02A 4W54A 113LA 163LA 1L80A 231LA 2F47A 1QUDA 1L84A 118LA 1L31A 1KY0A 1G0QA 3DN4A 1L86A 1SSWA 1G0LA 209LA 3OE0A 1CTWA 1L59A 3HT7A 141LA 190LA 2O4WA 1QSBA 1PQIA 1C6GA 3GUNA 1P7SA 1L34A 218LA 3DMVA 2O79A 2A4TA 3OE6A 1QUOA 4W56A 1L16A 3C7YA 2B6XA 177LA 1PQJA 1L54A 4PJZA 5I14A 1L67A 1C6QA 1KNIA 1QTCA 3C81A 3ODUA 3C7ZA 2OEAX 1C6LA 1PQOA 4W59A 2LCBA 1L0JA 1T8GA 3SB8A 210LA 1CV5A 172LA 1T8AA 1L36A 1ZYTA 1L95A 4I7PA 3GUMA 3OE9A 3HH4A 3HT6A 262LA 2LC9A 2OE4X 2O7AA 3DN2A 1C61A 4EXMA 3HT9A 174LA 1L81A 1CU3A 176LA 1LGUA 1KY1A 3HDEA 1L60A 248LA 4K5YA 1OVHA 2IGCA 235LA 2CUUA 3GUIA 4E97A 1SX7A 1C6NA 1CX7A 1L17A 1P36A 228LA 1L05A 2B6YA 137LA 115LA 1PQDA 146LA 3V2YA 2RB0X 1L28A 4I7TA 3C8QA 236LA 4ARMA 2HUMA 2RBRA 1CU6A 1CVKA 1DYCA 1LI2A 1KW7A 4I7RA 226LA 3SBBC 259LA 1QT5A 199LA 1C6MA 1P46A 1L20A 107LA 1L83A 3HTBA 3HDFA 2B74A 1C6KA 1L98A 1LYIA 221LA 230LA 4ARPA 4ARJA 1CV1A 2OU8A 4EKPA 3SB5A 213LA 4I7OA 3SB7A 1L24A 1L38A 3NYAA 3V2WA 206LA 2B73A 152LA 1C63A 1L74A 4DKLA 249LA 112LA 143LA 1L19A 162LA 2B6WA 1L63A 1G0PA 3C82A 5LZMA 2B6ZA 149LA 1C66A 237LA 3F9LA 1D9WA 1L48A 182LA 1L26A 109LA 1P64A 1K28A 161LA 223LA 1L65A 3G3XA 219LA 4YX7C 1QTDA 1L10A 102LA 1C64A 1PQKA 1C6BA 1L21A 3K2RA 4W55A 3EMLA 3GULA 4LDOA 119LA 128LA 2RH1A 1B6IA 196LA 1XJUA 205LA 2B72A 229LA 212LA 1G1VA 200LA 125LA 169LA 187LA 225LA 256LA 184LA 1L68A 1LYJA 1L76A 4EJ4A 3SB6A 4LZMA 1L82A 1L06A 3DKEX 3PBLA 2B7XA 123LA 170LA 2QB0B 1CUQA 3CDOA 1G0MA 220LA 4EPIA 1T97A 158LA 3CDTA 1SWZA 103LA 131LA 3G3WA 3HTFA 192LA 1LPYA 198LA 222LA 164LA 3GUPA 151LA 2RAZX 3LZMA 1L77A 1L66A 234LA 1CU2A 130LA 1L50A 3DN6A 4ARMB 1QT7A 1D2YA 3C8SA 1L14A 145LA 1C68A 1OV5A 1L32A 247LA 3G3VA 1L89A 1SSYA 1QTVA 1LGWA 1L00A 1TLAA 232LA 1C6EA 1QUGA 1G0KA 1L75A 3HUAA 178LA 3UONA 2OU0X 4GBRB 159LA 1CV0A 1ZWNA 155LA 1P56A 3FA0A 1L64A 2RB1X 1DYEA 4EKSA 1L47A 1L57A 2RBQA 3SBAA 1L91A 211LA 3HT8A 1L71A 214LA 4YXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM6A 1KXWA 3DMZA 4DQ5A 4I7NA 1L79A 1G0JA 5LIOA 1GBSA 4EKRA 2OTYX 1LOZA 3VWOA 3SB9A 4BAPA 4WG7A 1L42A 5LVKA 3TMUA 4DT3A 3B0IA 5KXYA 1B5YA 1P2CC 4TTDA 1XSFA 3EO5A 1LJ4A 1L01A 9LYZA 1P5CA 1LZNA 3C80A 1L97A 3CT5A 2MECA 1L56A 3WU8A 1UIDA 5APEA 127LA 2Z18A 3F8VA 1W08A 2HUKA 3JR6A 4LGKA 1F10A 3CSQA 4H92A 1LI3A 2ZIJA 138LA 3AB6A 3FI5A 4ZIXA 1LZ6A 1LSEA 4J7VA 4HP0A 1N4FA 5KXNA 5KKJA 1L11A 3CT1A 5DN4A 1LJGA 4L41A 1L88A 4DQ7A 1LSPA 2OE9X 3HH6A 156LA 1SWYA 2W1XA 1IORA 2OU9A 1CV6A 1LW9A 133LA 1IP4A 166LA 1L85A 3DN0A 1QUHA 1L44A 186LA 4ARLA 4ML7A 4XYYA 5DM9A 1OVJA 3CB7A 1L09A 227LA 258LA 1LZ5A 4G4CA 6LYZA 4GLVA 1YQVY 4B1AA 4CHXA 3P64A 1LZYA 1L69A 167LA 1LHHA 1CUPA 1GF7A 4IAPA 4PK0A 2ZYPA 4I7JA 4I7KA 3WPJA 1CKHA 1IIZA 1LSBA 1L55A 2YSSC 1L33A 2ZIKA 2F2QA 1QS5A 1LHMA 4LDLA 2RSCA 1IOSA 2NTHA 2EKSC 4NHQA 1CJ9A 2RB2X 2Z38A 1L08A 1LJEA 3OE8A 2RBSA 1OWZA 1ZV5L 1CV3A 1IP7A 2LYZA 4ETEA 1TEWA 2GV0A 3D9AC 3B0OA 3HUQA 1YAPA 1G07A 1C6TA 240LA 2NTGA 1OYUA 157LA 3GXRA 1L43A 4XJHA 189LA 1C69A 1XJTA 2ZQ4A 1L73A 3EBAB 4NGOA 4NSJA 5B1GA 5FEKA 1B0DA 1L45A 4UWUA 1XGPC 2H5ZA 3BKVA 1L18A 1YROA 1WTNA 3N9CA 1G0GA 4I7SA 255LA 4RLMA 1LZBA 1L25A 2Q9EA 4H9HA 3HWLA 1OUCA 188LA 1LWGA 1JKBA 4NHTA 1XEPA 5I5QA 147LA 3WVXA 2D6BA 7LZMA 1L96A 1ZVYB 1L51A 3W6FA 5J7CA 4KL7A 111LA 1LWKA 1LKRA 163LA 1L80A 1OUGA 4J0LA 1L84A 2VB1A 5JENB 3FE0A 1UIAA 4CJ2A 2C8OA 2BQNA 4IJ4A 2O79A 3OE6A 3RU5A 3C7YA 2B6XA 1TAYA 5KXSA 4N0JA 4PJZA 1WQRA 2FBDA 3C81A 3ODUA 2BQFA 5EBHA 5I54A 3P68A 1PQOA 4W59A 1B5XA 1GFAA 4B49A 210LA 3AZ7A 5M1YA 1L36A 1JHLA 1L95A 1GAYA 3WXTA 3A90A 4HJVA 2LC9A 3DN2A 2O7AA 4H9AA 1OUDA 1G7JC 1L81A 2HEEA 1DPXA 2IGCA 2CUUA 2BQDA 1C08C 5B06A 3WPKA 3N9EA 1A4VA 228LA 1V7TA 3AZ4A 1PQDA 1D0KA 3ZEKA 2YBIA 2RB0X 4PHIA 3W6EA 5K7OA 3WUNA 4Z46A 1XGUC 4DD9A 3W6AA 2RBRA 1LMNA 4GLAA 3WW5A 1G7HC 1LSAA 1LI2A 1B7NA 5D5CA 226LA 3SBBC 1QUSA 1JKDA 1GB3A 4G4HA 3LZ2A 3HDFA 1LZEA 1UICA 4NHIA 5KXTA 1REYA 1LYIA 4HTQA 1CV1A 2OU8A 2LYOA 213LA 4I7OA 1L24A 3NYAA 1IP2A 1WQPA 3V2WA 206LA 3WYHA 1GBWA 112LA 4ZEEA 1OUBA 1L19A 1GB7A 1LYOA 6LYTA 1HSXA 1D9WA 1L48A 1L26A 1K28A 1L65A 1IR8A 1L10A 102LA 154LA 2YBHA 3K3TA 1EQEA 2XTHA 2DQEY 1IOTA 1IOCA 2XJWA 1LHIA 4NWEA 1UUZC 1FLWA 5LAFA 1H87A 1B6IA 1LSFA 196LA 1GBYA 2B72A 212LA 200LA 1DQJC 225LA 2B5ZA 1NBYC 1ZMYL 4LZMA 4YEOA 3DKEX 1L06A 5FHWA 5LAGA 4NSGA 4HTNA 2B7XA 1REMA 5LA5A 103LA 3G3WA 2BQLA 1LPYA 198LA 5F9XA 5KXKA 2HUBA 1L66A 234LA 4DDBA 4B4EA 3AJNA 1CU2A 5L3IA 3BKHA 1OUJA 1QT7A 4ANRA 1B7SA 1L14A 145LA 1GFEA 1LZAA 3CSZA 1FKVA 1QTVA 1L00A 1AT5A 1G0KA 4R0FA 3UONA 1YANA 2OU0X 4GBRB 207LA 2ZNXY 3EXDA 159LA 1CV0A 1EQ5A 1JIYA 1LMCA 155LA 2IFFY 1YAQA 1GFHA 5E9RA 3ATNA 4P2EA 5KXOA 1XFPL 1L57A 3SBAA 1L91A 3HT8A 1KXXA 2I25L 1TDYA 2L78A 4WMGA 1IWTA 1GHLA 2DQIY 1P2RA 2F4AA 5A3EA 1WQQA 3DN8A 4LT0A 4WL7A 2D4IA 4BADA 1JJ0A 1VATA 3RUNA 2HEAA 135LA 1WTHA 110LA 4KT3A 1JPOA 253LA 1F0WA 5LYMA 1IWZA 251LA 1SX2A 1L41A 4PJ2C 1UACY 2HTXA 1L37A 2Z2FA 108LA 4NGZA 1LSYA 1QS9A 140LA 2Q9DA 1LSZA 4NGYA 5IELA 1XEKA 142LA 1LYSA 1WVVA 4BS7A 1L52A 197LA 1JJ1A 1O23A 1FLUA 2BQBA 4XENA 3N9AA 1QT3A 1GBXA 1D3JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WM6 A;  1KXW A;  3DMZ A;  4DQ5 A;  4I7N A;  1L79 A;  1G0J A;  5LIO A;  1GBS A;  4EKR A;  2OTY X;  1LOZ A;  3VWO A;  3SB9 A;  4BAP A;  4WG7 A;  1L42 A;  5LVK A;  3TMU A;  4DT3 A;  3B0I A;  5KXY A;  1B5Y A;  1P2C C;  4TTD A;  1XSF A;  3EO5 A;  1LJ4 A;  1L01 A;  9LYZ A;  1P5C A;  1LZN A;  3C80 A;  1L97 A;  3CT5 A;  2MEC A;  1L56 A;  3WU8 A;  1UID A;  5APE A;  127L A;  2Z18 A;  3F8V A;  1W08 A;  2HUK A;  3JR6 A;  4LGK A;  1F10 A;  3CSQ A;  4H92 A;  1LI3 A;  2ZIJ A;  138L A;  3AB6 A;  3FI5 A;  4ZIX A;  1LZ6 A;  1LSE A;  4J7V A;  4HP0 A;  1N4F A;  5KXN A;  5KKJ A;  1L11 A;  3CT1 A;  5DN4 A;  1LJG A;  4L41 A;  1L88 A;  4DQ7 A;  1LSP A;  2OE9 X;  3HH6 A;  156L A;  1SWY A;  2W1X A;  1IOR A;  2OU9 A;  1CV6 A;  1LW9 A;  133L A;  1IP4 A;  166L A;  1L85 A;  3DN0 A;  1QUH A;  1L44 A;  186L A;  4ARL A;  4ML7 A;  4XYY A;  5DM9 A;  1OVJ A;  3CB7 A;  1L09 A;  227L A;  258L A;  1LZ5 A;  4G4C A;  6LYZ A;  4GLV A;  1YQV Y;  4B1A A;  4CHX A;  3P64 A;  1LZY A;  1L69 A;  167L A;  1LHH A;  1CUP A;  1GF7 A;  4IAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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