1L88A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l88A00
1CU6A 1NHBA 2RAYX 149LA 2LCBA 3JR6A 3GUNA 1OYUA 1CTWA 1P2LA 2B70A 211LA 1L64A 1KY0A 168LA 3G3VA 1L59A 2RBOA 1L81A 148LE 249LA 1L45A 2B72A 1L76A 1LYIA 1L98A 1L91A 1QUOA 1LYDA 196LA 1C6EA 1L23A 1XJUA 1L0KA 1G0GA 4GBRB 1QS9A 1C6JA 3L2XA 161LA 1L04A 1P64A 219LA 1QTBA 3HU8A 2RBQA 4LZMA 1B6IA 4I7SA 3F9LA 1OVJA 3CDQA 3DMVA 187LA 163LA 213LA 237LA 2O4WA 3HT6A 1P2RA 1CVKA 3HTFA 1L83A 1T8GA 1C6BA 1D3NA 2Q9EA 3C8SA 1L05A 244LA 3CDRA 182LA 4EXMA 243LA 1L56A 3OE0A 185LA 2NTHA 245LA 3HTDA 1XEPA 6LZMA 147LA 1P6YA 1JQUA 1D2YA 1SWZA 1T97A 3SBBC 1L88A 3SB5A 4LDEA 201LA 3C7YA 1L03A 1L70A 1T8FA 1OWYA 205LA 145LA 2OTYX 2RBNA 1QTCA 1L27A 1D3MA 1OVHA 1PQOA 258LA 1L29A 2RBPA 1L01A 1L68A 1D3JA 115LA 1C6KA 3HUKA 1L61A 3OE8A 2B74A 1C64A 1QTVA 241LA 4W56A 1QTDA 1DYDA 1L08A 1L92A 2B6YA 3QAKA 4PJZA 2QB0B 2RB1X 3PDSA 250LA 127LA 1L06A 2NTGA 3CDOA 3DMXA 239LA 1P5CA 1LWKA 3HUAA 1C6CA 1DYFA 1QTHA 200LA 227LA 1C67A 247LA 183LA 1CX6A 4IAPA 1L43A 157LA 1I6SA 1LGXA 4EKSA 2Z6BA 2CUUA 1LYFA 1K28A 1C6NA 2RB2X 1CV4A 3DMZA 206LA 1L49A 1L02A 3DN1A 1L65A 1SSWA 166LA 170LA 186LA 192LA 4YXCA 254LA 158LA 4I7MA 1CV6A 146LA 151LA 3UONA 3C80A 1L36A 103LA 114LA 1QT6A 1T8AA 1L35A 3HT8A 1L13A 3C7WA 2L78A 1L62A 1L12A 1C6GA 218LA 1CV3A 1CV5A 1L58A 4I7KA 2B7XA 228LA 1CUQA 2QARC 1L75A 120LA 2HUKA 3HTBA 1KS3A 2RBSA 1C65A 1C66A 1L74A 111LA 3EMLA 1SX7A 1L33A 260LA 2B73A 1L69A 1LYJA 3DNAA 126LA 4W55A 180LA 1L47A 3GUMA 1L51A 1G0QA 1QT4A 1OV7A 1KW5A 257LA 3C8RA 4I7RA 3HH6A 1L89A 4EKPA 1QUDA 109LA 112LA 1L73A 1QUHA 110LA 1DYGA 1L16A 1QUGA 1WTHA 1L95A 4W58A 1DYBA 3GUIA 1LI6A 1C6QA 1P56A 2B6TA 3DN4A 3OE6A 1C6TA 4I7LA 3DN3A 119LA 1L0JA 4I7NA 3DKEX 1L79A 3DN8A 4W54A 216LA 4W51A 1L54A 1CV0A 142LA 1ZURA 3NYAA 1L48A 3HH4A 1C6FA 2OEAX 240LA 3HUQA 131LA 1C63A 1QS5A 2HUMA 3F8VA 3C8QA 1CU3A 3GUPA 118LA 1C6LA 3HWLA 3CDTA 1OWZA 1QTZA 3DN6A 2Q9DA 3SN6R 3SB8A 229LA 1L26A 197LA 1D9WA 1L40A 210LA 4DAJA 262LA 236LA 1JTMA 3CDVA 3K2RA 209LA 2OU9A 3DN0A 1SWYA 184LA 2ANVA 1L21A 212LA 1L67A 137LA 1PQIA 4W52A 1G1VA 167LA 1L53A 1QSQA 3NY9A 4I7QA 3HTGA 251LA 2F47A 1G0KA 1L17A 164LA 3FA0A 1CU0A 1LYEA 1SSYA 4DKLA 1L46A 160LA 189LA 1KW7A 1PQKA 1OVKA 2ANXA 4ARLA 1L57A 7LZMA 4K5YA 1LLHA 1DYAA 104LA 2RB0X 2O79A 4LDLA 1P3NA 4W57A 1C6AA 1LYHA 252LA 2OU8A 3GUJA 3SB6A 3HH3A 3OE9A 4W59A 1D2WA 1KY1A 1P46A 181LA 4YXAC 235LA 4PK0A 2RAZX 125LA 1L18A 1LI3A 171LA 1EPYA 1L09A 253LA 1L34A 177LA 2HULA 2LZMA 4I7OA 3NY8A 3V2WA 1C6DA 1L07A 159LA 138LA 1PQDA 1L63A 155LA 4EJ4A 162LA 1L42A 139LA 242LA 175LA 1L30A 1XJTA 1L84A 1L87A 214LA 3SBAA 1C6PA 4EKRA 1ZWNA 4ZPUA 1L72A 1L77A 172LA 1L99A 195LA 3HH5A 107LA 3HT7A 150LA 1QSBA 2OE7X 169LA 1PQJA 3LZMA 1P7SA 2O7AA 3GUOA 198LA 173LA 1LGUA 1L94A 130LA 234LA 261LA 4I7PA 3SB9A 2B6WA 1PQMA 1G1WA 230LA 1L82A 123LA 1L00A 188LA 190LA 3C81A 1L96A 1L97A 1T6HA 2F2QA 1L44A 191LA 1L28A 3RUNA 3DN2A 2RH1A 1QT7A 129LA 1L20A 259LA 5LZMA 2OU0X 2B75A 3GUKA 122LA 3HDFA 1L66A 1L10A 3FI5A 4ARMB 1LGWA 231LA 256LA 165LA 1L52A 4LDOA 2RBRA 3PBLA 255LA 1L50A 223LA 102LA 1L25A 1L19A 152LA 1L90A 1QT5A 225LA 3GULA 3VW7A 199LA 1CX7A 1C68A 232LA 1LW9A 3HU9A 3C7ZA 1LPYA 1C60A 4ARMA 1C69A 1L55A 1L86A 1LI2A 176LA 222LA 1G06A 1L41A 4EKQA 1KNIA 3D4SA 4S0WA 1G0JA 1CV1A 238LA 2B6ZA 4ARQB 1C62A 2OTZX 3RZEA 1L80A 226LA 233LA 3G3WA 108LA 1TLAA 2OE9X 1SX2A 2A4TA 144LA 1ZYTA 1QT3A 143LA 113LA 1C6IA 1L39A 4E97A 1G0LA 4ARQA 1C6MA 4ARPA 3FADA 1L22A 4EPFA 1P36A 3V2YA 1C6HA 1DYEA 1L31A 224LA 1LYGA 2B6XA 248LA 1L60A 4YX7C 1L71A 1L85A 128LA 1QT8A 3HDEA 178LA 1OV5A 1G0PA 4ARJA 3G3XA 1G0MA 217LA 3C83A 4AQNA 1CU2A 1G07A 1L32A 4DJHA 3L64A 4I7JA 3SB7A 1L93A 1P37A 156LA 3HT9A 4W53A 246LA 4EPIA 2OE4X 3ODUA 1L14A 1L38A 4I7TA 1D3FA 140LA 215LA 221LA 1L24A 1CU5A 1DYCA 1L15A 1JTNA 5I14A 1L37A 4OO9A 1L11A 1C61A 1LWGA 141LA 2IGCA 2LC9A 220LA 1CUPA 2F32A 174LA 4GRVA 3C82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NHBA 1NBZC 149LA 3JR6A 2B70A 4NSHA 2LYOA 5D5CA 1L64A 5F9UA 3G3VA 148LE 249LA 4NGOA 4WLTA 1LYIA 3B6LA 3P65A 208LA 1LSPA 196LA 4HPEA 3WH1A 4CFOA 3A95A 1JKDA 1QTBA 1NBYC 2YBNA 4I7SA 3F9LA 1OVJA 187LA 4Z3MA 2O4WA 4OWHA 4HV2A 1CVKA 3HTFA 3TXGA 1L83A 2Q9EA 1HNLA 1FLYA 244LA 4J1AA 4A7DA 7LYZA 3WW5A 3HTDA 147LA 4TTDA 1JQUA 1SWZA 1JSEA 4LT0A 2I6ZA 1YL0X 1L03A 1L70A 1C10A 205LA 1D3MA 1PQOA 1BGIA 1REXA 4NFVA 1NMMA 1L29A 258LA 2RBPA 1J1XY 3AW7A 4GN3A 1D3JA 1UICA 1L61A 4LFXA 1IP3A 1QTVA 2BQGA 1JSFA 2BQDA 1QTDA 1LKRA 2WARA 3W6DA 1L92A 1HFYA 1CJ8A 1B9OA 1QSWA 127LA 1L06A 4N9RA 239LA 1I56A 5KXMA 1IWTA 1C6CA 1LYOA 4DYGA 1IOCA 1IWUA 1QTHA 3TMXA 200LA 1FLWA 1C67A 183LA 1CX6A 1I6SA 1OUJA 4EKSA 2CUUA 5HNLA 4WM3A 5I54A 4NHQA 3DMZA 2HEAA 3IJUA 2MEAA 3DN1A 5F14A 4LT3A 166LA 3WUNA 186LA 5LA5A 254LA 158LA 4I0CA 4KT3A 1JITA 4WM1A 4X3BA 3B72A 1UIHA 2Z2FA 1GFKA 1UIAA 2H9JA 1QT6A 1SLYA 5J7CA 3HT8A 2H5ZA 4KL7A 5L3IA 1YIKA 1L62A 5LVJA 4NHSA 1CV3A 1L58A 5B1GA 1IY4A 2BQKA 228LA 1GF5A 120LA 1YAMA 1DQJC 4ZIXA 1KS3A 1C65A 3TXDA 1LSCA 1LJNA 1BB6A 2B73A 1LYJA 1NF5A 1LZBA 1YAPA 1VDSA 1OUBA 4NGWA 1FLQA 1BB7A 1L51A 4DD2A 5A3ZA 3IWRA 1GBOA 1KW5A 3N9CA 3C8RA 1LZ1A 1QUHA 1L16A 5FCPA 134LA 1LMAA 1GF3A 1IO5A 3DN3A 1L0JA 5KXOA 4NGKA 3WYHA 4OWCA 1L79A 1BWHA 4W54A 142LA 1GB2A 1GFJA 4YM8A 1WQRA 3HH4A 1C6FA 131LA 1QS5A 1DI4A 3F8VA 1CU3A 1DZBX 1B5UA 1HC0A 2YBIA 1WTMA 3D9AC 1JEFA 4XADA 3DN6A 1HFXA 4YEOA 1IX0A 4PRQA 2MEDA 197LA 1L40A 1UIGA 1AM7A 236LA 132LA 2HEDA 2MEGA 3K2RA 209LA 1LZAA 4LYOA 1SWYA 2ANVA 1LZTA 212LA 1PQIA 4W52A 4WLYA 3KAMA 2G4PA 3NY9A 4I7QA 1BVXA 3HTGA 251LA 1IWWA 4GN4A 3FA0A 1CU0A 1LYEA 4GN5C 4ARLA 1L57A 1TDYA 1LSEA 1LTMA 2RB0X 9LYZA 2OU8A 4PGJB 3OE9A 1GF8A 2ZIJA 2F30A 1OUAA 1P46A 1JKAA 4PK0A 125LA 1IWZA 4GCCA 1YKYX 4H9HA 4H91A 2HULA 2LZMA 3V2WA 1L07A 1BHZA 1IEEA 3ATNA 3W6EA 4MCKA 2XBSA 3CT0A 4N8ZA 1UUZC 4ZPUA 1A4VA 1L72A 1D6PA 1B7QA 4J7VA 195LA 1P2CC 107LA 1PS5A 2D91A 3HH5A 1P7SA 3GUOA 4LT2A 198LA 5LAFA 1LGUA 4NHIA 1NDMC 5HQ1A 130LA 3SB9A 1G1WA 1HEQA 4OWAA 123LA 188LA 4G49A 1L96A 1L97A 1T6HA 2F2QA 191LA 3AGGG 1L28A 4YEMA 1LMCA 4B49A 1GFAA 5LZMA 1CKFA 1LSAA 3WL2A 3GUKA 1L10A 4ARMB 4D9ZA 3A6BY 1QTEA 5E4PA 1L52A 2ZNWY 2ZWBA 4H94A 1L19A 2YBMA 2DQCY 225LA 1GBXA 2FYCA 3WUAA 1C7PA 3C7ZA 2H9KA 1E8LA 4YOPA 5DM9A 2F4GA 4EKQA 1GB8A 2DQGY 1KNIA 3D4SA 1QTKA 1G0JA 1VEDA 2FYDA 3CT5A 1L80A 1LSDA 1YQVY 1D0KA 1LMNA 2A4TA 1HEPA 2EKSC 1XGTC 2IFFY 1C6IA 3RNXA 1V7TA 1C6MA 2CDSA 4DD0A 4ARPA 1L22A 1NQIA 2DQAA 1C6HA 1LJ3A 1DYEA 4XN6A 4WMGA 2BQMA 2LYMA 2D4KA 1GEZA 1L85A 4G4HA 2DQEY 3G3XA 3C83A 4N1EI 4H93A 1CU2A 3QNGA 4DJHA 3TXHA 3SB7A 1P37A 5LAGA 2OE4X 4NWEA 1L14A 5I53A 1GXV2 215LA 1UCOA 1GB3A 1L37A 4OO9A 1L11A 2LC9A 3W6FA 4L41A 2G4NA 3EO5A 3C82A 1IC4Y 1CU6A 2RAYX 4HJYA 2DQJY 2LCBA 1LHHA 1IWYA 1KY0A 1L59A 2RBOA 2B72A 2XBRA 1IOQA 1BWJA 1L98A 3IJVA 5APFA 4OWEA 1HMLA 1L23A 1G0GA 4GBRB 4LYCA 1TAYA 1VDTA 1C6JA 1HELA 5FELA 2DQFC 219LA 1CKDA 2CWIA 3HBHA 1GE0A 3A94A 163LA 3HT6A 4H8YA 2YVBA 1Z55A 3D3DA 2Z38A 4WO6A 2DBTA 243LA 1D6QA 1L56A 185LA 245LA 1XEPA 3A3QA 6LZMA 1P6YA 1LZ5A 4LDEA 201LA 1J1PY 4BS7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NHB A;  1NBZ C;  149L A;  3JR6 A;  2B70 A;  4NSH A;  2LYO A;  5D5C A;  1L64 A;  5F9U A;  3G3V A;  148L E;  249L A;  4NGO A;  4WLT A;  1LYI A;  3B6L A;  3P65 A;  208L A;  1LSP A;  196L A;  4HPE A;  3WH1 A;  4CFO A;  3A95 A;  1JKD A;  1QTB A;  1NBY C;  2YBN A;  4I7S A;  3F9L A;  1OVJ A;  187L A;  4Z3M A;  2O4W A;  4OWH A;  4HV2 A;  1CVK A;  3HTF A;  3TXG A;  1L83 A;  2Q9E A;  1HNL A;  1FLY A;  244L A;  4J1A A;  4A7D A;  7LYZ A;  3WW5 A;  3HTD A;  147L A;  4TTD A;  1JQU A;  1SWZ A;  1JSE A;  4LT0 A;  2I6Z A;  1YL0 X;  1L03 A;  1L70 A;  1C10 A;  205L A;  1D3M A;  1PQO A;  1BGI A;  1REX A;  4NFV A;  1NMM A;  1L29 A;  258L A;  2RBP A;  1J1X Y;  3AW7 A;  4GN3 A;  1D3J A;  1UIC A;  1L61 A;  4LFX A;  1IP3 A;  1QTV A;  2BQG A;  1JSF A;  2BQD A;  1QTD A;  1LKR A;  2WAR A;  3W6D A;  1L92 A;  1HFY A;  1CJ8 A;  1B9O A;  1QSW A;  127L A;  1L06 A;  4N9R A;  239L A;  1I56 A;  5KXM A;  1IWT A;  1C6C A;  1LYO A;  4DYG A;  1IOC A;  1IWU A;  1QTH A;  3TMX A;  200L A;  1FLW A;  1C67 A;  183L A;  1CX6 A;  1I6S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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