1L93A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l93A00
239LA 1CUQA 1P5CA 1L19A 4GBRB 5I14A 3DN3A 3C7YA 1QS9A 3HDFA 1QT4A 1OYUA 1LYIA 1PQOA 1L00A 162LA 1PQIA 2OTYX 3SBBC 1L01A 1XJTA 1L52A 3C81A 2OU8A 3K2RA 1DYGA 1OWZA 4ARLA 197LA 3G3XA 4E97A 214LA 1L38A 3HWLA 218LA 113LA 137LA 147LA 1JTNA 1L89A 219LA 142LA 1G06A 206LA 226LA 245LA 2OE4X 3JR6A 4ARPA 2RB1X 4YXCA 1L45A 1D3MA 4OO9A 4YXAC 1ZWNA 216LA 236LA 1DYBA 1T8FA 3HH4A 167LA 3F8VA 2RBSA 1CVKA 3DNAA 1L70A 1LLHA 235LA 1SX7A 2A4TA 185LA 1L80A 2Q9EA 3D4SA 223LA 4I7MA 232LA 1L33A 2OU9A 4DJHA 1L47A 3NYAA 3C83A 4EPIA 189LA 3CDRA 6LZMA 1T97A 1C6PA 2QB0B 1L02A 1C6JA 1C65A 1K28A 1L91A 3FA0A 110LA 4AQNA 181LA 2F2QA 1L09A 1L57A 1CU3A 4W51A 1L71A 1QUGA 233LA 1LGXA 1SSWA 240LA 2RBRA 1LPYA 1L49A 1L60A 1C6GA 4PK0A 2LC9A 3C7ZA 1L39A 146LA 1OVHA 1TLAA 1L94A 1L72A 225LA 1L44A 4LZMA 4ZPUA 1QT5A 1CV1A 158LA 1QTCA 2B72A 1L23A 2HUKA 1C6CA 3DMXA 1DYEA 1QTDA 3SB7A 3OE8A 1C68A 172LA 3QAKA 3SBAA 220LA 2B75A 140LA 1L08A 159LA 1L65A 126LA 3C8RA 3GUPA 118LA 3HUKA 160LA 1CV0A 3HUQA 2ANXA 141LA 1C6MA 2RBOA 262LA 2B70A 3F9LA 4GRVA 1L15A 4I7OA 4ARMA 1L12A 1L03A 2F32A 1LI6A 111LA 1P46A 1C6TA 3L64A 1L79A 165LA 119LA 1LW9A 2B6XA 3HH5A 1LYFA 196LA 254LA 3RZEA 107LA 2F47A 1L40A 1L96A 3LZMA 2ANVA 4W52A 148LE 1SX2A 3HTDA 1L20A 1L37A 246LA 1L67A 1CU0A 1DYDA 169LA 182LA 210LA 3GUKA 1P64A 1L10A 3NY8A 4ARMB 3ODUA 1L86A 1L29A 1L87A 2OU0X 3CDVA 1L11A 1LI3A 3G3WA 3HTFA 1NHBA 4K5YA 3HUAA 1C6AA 2B6YA 164LA 2OE9X 1G0KA 1L35A 1KW5A 3GUOA 3GUJA 1P3NA 1CUPA 3SB9A 247LA 3PDSA 1G0JA 230LA 1L66A 1C67A 1LYJA 1L73A 1WTHA 1D3JA 1QS5A 163LA 1P7SA 1L16A 4DKLA 1G0GA 4EXMA 1C6HA 3HT8A 2NTGA 2RAYX 1QTZA 1DYFA 1PQJA 3C82A 1KW7A 257LA 1LYGA 3HT9A 3HDEA 1L90A 1QT6A 3C7WA 1PQKA 1G0QA 1KY0A 1D2YA 188LA 1C6QA 1L30A 1L50A 2OTZX 1CX7A 3C8QA 229LA 3HU9A 1L75A 4I7NA 1L54A 1L69A 1T8GA 1QUDA 1LGWA 3SN6R 150LA 1G1VA 213LA 3DN4A 3OE6A 211LA 3CDTA 1QUHA 144LA 4W59A 149LA 1L27A 4I7SA 139LA 3GUIA 122LA 4YX7C 2O7AA 3DN1A 1C6FA 166LA 3OE9A 3HT7A 155LA 1P37A 1C60A 2RBPA 1L98A 3OE0A 1ZYTA 231LA 1B6IA 1L84A 1CX6A 1L0JA 3CDQA 1L92A 1CV3A 4ARQB 1CV4A 2B6ZA 3DN8A 1T6HA 1C61A 1L82A 4EKRA 3DN6A 123LA 2LCBA 249LA 1P36A 178LA 3DKEX 1L31A 251LA 3C8SA 143LA 3HH3A 3VW7A 108LA 1L48A 1QTHA 250LA 170LA 228LA 1L93A 1CV6A 1C6LA 1JTMA 1L41A 1LWGA 1D9WA 1CV5A 3HTBA 4LDOA 2RH1A 186LA 1L25A 3G3VA 2LZMA 191LA 2QARC 125LA 1L06A 224LA 238LA 184LA 1L32A 2RBQA 1L76A 4I7KA 183LA 1P6YA 1L56A 2NTHA 1L61A 4I7LA 1QT3A 190LA 1L85A 177LA 3EMLA 3UONA 176LA 248LA 131LA 3GUMA 1SSYA 1C64A 1L83A 2O4WA 102LA 3FADA 1T8AA 3C80A 4I7RA 243LA 1OVJA 1SWZA 2B74A 4EKPA 173LA 261LA 127LA 1QUOA 157LA 1L36A 1D2WA 3SB8A 120LA 3HT6A 1LGUA 1P56A 259LA 4W55A 112LA 1C63A 1L22A 128LA 1C6EA 2B6TA 256LA 1D3FA 215LA 1C69A 1KY1A 2L78A 227LA 1EPYA 1L53A 1L17A 1QSBA 3V2YA 1SWYA 1L46A 1P2LA 1I6SA 1CU5A 1DYCA 1CU6A 2O79A 2RB0X 1OV7A 104LA 1L13A 1L34A 1L18A 174LA 1D3NA 1L51A 3SB5A 1G0MA 161LA 152LA 3DN0A 1P2RA 1L05A 1L68A 1XJUA 1L26A 3DMZA 3HTGA 4ARJA 2RAZX 4IAPA 187LA 1L97A 4I7QA 4I7JA 255LA 1QT7A 1OWYA 3GUNA 3L2XA 130LA 2B73A 1JQUA 4ARQA 1L42A 1QSQA 5LZMA 1L14A 4W54A 1L88A 221LA 4I7TA 1L43A 171LA 114LA 3FI5A 4EPFA 4EKQA 7LZMA 1L62A 1LI2A 1KS3A 3DN2A 1LYDA 1C62A 1CTWA 1L58A 1C6NA 1QTBA 2B6WA 3SB6A 1L28A 1CU2A 180LA 1C66A 241LA 3PBLA 1PQMA 200LA 1DYAA 1L24A 2HUMA 258LA 2B7XA 151LA 195LA 201LA 2HULA 1XEPA 209LA 212LA 1L55A 244LA 1LYHA 1PQDA 1C6KA 1L99A 4LDEA 3V2WA 1QTVA 1G0PA 237LA 2RB2X 4EKSA 1L59A 3RUNA 156LA 1L63A 1L81A 2OE7X 4S0WA 198LA 4EJ4A 1G07A 1LWKA 222LA 1OV5A 168LA 1KNIA 3CDOA 1L77A 4W57A 1L64A 2CUUA 1LYEA 2Z6BA 3HU8A 2RBNA 1L95A 253LA 1L0KA 199LA 2IGCA 1C6DA 192LA 103LA 217LA 3NY9A 129LA 2OEAX 4DAJA 1C6BA 1L74A 1C6IA 3DMVA 1ZURA 234LA 205LA 4W56A 252LA 1L07A 1G1WA 4W53A 242LA 2Q9DA 175LA 1QT8A 115LA 4LDLA 138LA 1L04A 1G0LA 1L21A 3HH6A 4PJZA 145LA 4W58A 109LA 1OVKA 3GULA 4I7PA 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L19A 3DN3A 5IELA 1REYA 3IJUA 1HNLA 1OYUA 1VATA 1OUBA 4N1CC 5KXKA 2EPEA 2G4NA 2OTYX 3SBBC 1L52A 1DYGA 197LA 2DQEY 3G3XA 4XJDA 4WO6A 3HWLA 218LA 1IP7A 2BQHA 1JISA 219LA 4DYGA 206LA 1G06A 3JR6A 4W94A 1LZ9A 1AT6A 1B5XA 2RB1X 1L45A 1DKJA 1GE2A 4N9RA 1DYBA 167LA 4WOAA 1B7RA 235LA 1LLHA 3DNAA 5F81A 1G7HC 1L80A 2Q9EA 1B7MA 1BWIA 1L47A 4DQ7A 4HJZA 4N8ZA 4NHIA 1JJ0A 1GFVA 1T6VL 4M6DA 4QY9A 4TX7A 3SP3A 1YAPA 4LT0A 3A91A 1J1PY 3N9AA 1C65A 1UIGA 3P66A 1CKDA 3ZEKA 4OWHA 1LYOA 1C45A 110LA 1LHMA 4NHSA 2HTXA 1QUGA 233LA 4H94A 1B7OA 1SSWA 4TUNA 2LC9A 1FKVA 1LZBA 4J1BA 1GXV2 146LA 1BVKC 1TLAA 1NBZC 1GBWA 1GB0A 4ZPUA 1Z55A 3QNGA 4WM1A 2YVBA 4B4EA 153LA 3W3EA 3LYOA 172LA 1LZCA 3SBAA 3IJVA 1IR7A 2AUBA 140LA 1L08A 1FKQA 1L65A 126LA 4YM8A 4J7VA 1GAZA 3GUPA 2C8PA 141LA 2D91A 4H9HA 2EQLA 1GFHA 1IWZA 1FDLY 1WQRA 1HFYA 5AMYA 4I7OA 2LHMA 4ARMA 3WMKA 5KJ9A 1TAYA 2G4QA 5M1YA 1AM7A 2F30A 1BB5A 165LA 119LA 1LW9A 1W6ZA 3RZEA 5K7OA 1L40A 3AJNA 3CSZA 4N5RA 3HTDA 1CU0A 4YEOA 169LA 1DI3A 1L10A 2DQCY 2A7FA 4NGOA 4XJGA 2XTHA 3WL2A 4WLYA 4AXTA 1LSEA 4WG7A 1VFBC 1LZNA 3HTFA 4RLMA 1IOCA 3WUAA 3AZ7A 1OUFA 1XGUC 3HUAA 1V7TA 4PGJB 2BQIA 3GUJA 1CUPA 5LYMA 1LKRA 3AB6A 1G0JA 5LIOA 1L66A 5A3EA 1LYJA 5LA8A 1QS5A 1LHHA 4ML7A 4NFVA 2CDSA 1LJJA 4DKLA 4WM5A 4NGKA 3TXEA 1GF6A 4ZEEA 1PQJA 2D4KA 4U3XB 1LYGA 1LMOA 3C7WA 5LVGA 188LA 1C6QA 2MEHA 4GCEA 2IFFY 3HU9A 1YAMA 4H8YA 3D3DA 1IR9A 1QUDA 3SN6R 1DXJA 213LA 3DN4A 4G4HA 1NDGC 1XGQC 5LVKA 1L27A 122LA 1JJ3A 5B59A 3DN1A 1QSAA 1QTKA 1JSFA 1RE2A 3OE9A 4CHXA 3HT7A 4EOFA 4WM3A 1P37A 4NSGA 3HBDA 3ULRA 1B6IA 1NMMA 1CV3A 1CJ8A 1FBIX 4ARQB 4Z46A 1GB8A 1P36A 5I5QA 1GF8A 1JTPL 4NGWA 4TWSA 1C6LA 1IC4Y 1JTMA 1TEWA 1LWGA 5LAFA 4DC4A 2RH1A 2BQLA 2LZMA 191LA 2QARC 2RBQA 1L76A 4WL7A 190LA 3UONA 3RNXA 3M18B 1DZBX 5APCA 1FLYA 1LZEA 4I8SA 1LSDA 5II3A 2O4WA 3C80A 4I7RA 243LA 3WULA 1OVJA 1L36A 1LSCA 1UC0A 2HU3A 1IP6A 120LA 1UACY 3N9EA 3TXFA 1GD6A 112LA 128LA 2B6TA 1C69A 2L78A 227LA 1L17A 1QSBA 1SWYA 1P2LA 4LT1A 1CU6A 4J1AA 2RB0X 1BVXA 104LA 3SB5A 174LA 2BQFA 161LA 1LKSA 1TCYA 1L05A 3DMZA 3HTGA 2HEAA 5HNCA 2RAZX 3F6ZA 187LA 1LJKA 1XFPL 3L2XA 4ARQA 1A4VA 1LJFA 1VDPA 1WQPA 4PRQA 4I7TA 2FBBA 1JKAA 1IWVA 1BB3A 1C6NA 1L28A 1IVMA 1CU2A 4NWHA 5B05A 241LA 1IWXA 1LTMA 3PBLA 1DYAA 258LA 4ANRA 201LA 4HV1A 3W6AA 212LA 5E9RA 1PQDA 1C6KA 1WVVA 3N9CA 2D6BA 1JSEA 2X0AA 1BHZA 2RB2X 1IOSA 1L59A 3G3BB 3RU5A 2OE7X 4S0WA 1GFAA 4EJ4A 3B0IA 4LYOA 3TMWA 168LA 3FE0A 3T6UA 1UIBA 3CDOA 4H9IA 1IY3A 4W57A 3W6CA 1KXXA 1L0KA 1DKKA 1C6DA 3NY9A 1C6BA 1L74A 4TSCA 1GE0A 1OP9B 252LA 4W53A 1C43A 1QDRA 1QT8A 4GCFA 4LDLA 3GULA 4I7PA 4G9SA 1P5CA 2EIZC 1OQMA 4GBRB 5I14A 4ET9A 4OWBA 1QT4A 2HECA 1LZ6A 1LYIA 4H8XA 2BPUA 162LA 5FELA 1IOQA 5A3ZA 7LYZA 4HJYA 1L01A 3K2RA 5F14A 4RLNA 4RDSA 1DPWA 1IY4A 3A3RX 1BB6A 3A90A 3AZ5A 1L38A 4C3WA 147LA 1JTNA 142LA 1YAOA 3J4GA 1G7LC 1LHKA 4OO9A 1ZWNA 1H87A 1OUCA 1CVKA 5IDDA 1L70A 5KXZA 1SX7A 5T3FA 2A4TA 3D4SA 223LA 1YKXX 1UICA 232LA 2OU9A 4DJHA 3AZ6A 3C83A 4EPIA 1B5VA 5FHWA 2QB0B 1L02A 1C6JA 3A8ZA 5DN5A 1IP5A 4WLXA 1AZFA 3CT1A 1CJ9A 5I54A 2F2QA 4H9EA 2PC2A 4QDNA 1H6MA 1L71A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L19 A;  3DN3 A;  5IEL A;  1REY A;  3IJU A;  1HNL A;  1OYU A;  1VAT A;  1OUB A;  4N1C C;  5KXK A;  2EPE A;  2G4N A;  2OTY X;  3SBB C;  1L52 A;  1DYG A;  197L A;  2DQE Y;  3G3X A;  4XJD A;  4WO6 A;  3HWL A;  218L A;  1IP7 A;  2BQH A;  1JIS A;  219L A;  4DYG A;  206L A;  1G06 A;  3JR6 A;  4W94 A;  1LZ9 A;  1AT6 A;  1B5X A;  2RB1 X;  1L45 A;  1DKJ A;  1GE2 A;  4N9R A;  1DYB A;  167L A;  4WOA A;  1B7R A;  235L A;  1LLH A;  3DNA A;  5F81 A;  1G7H C;  1L80 A;  2Q9E A;  1B7M A;  1BWI A;  1L47 A;  4DQ7 A;  4HJZ A;  4N8Z A;  4NHI A;  1JJ0 A;  1GFV A;  1T6V L;  4M6D A;  4QY9 A;  4TX7 A;  3SP3 A;  1YAP A;  4LT0 A;  3A91 A;  1J1P Y;  3N9A A;  1C65 A;  1UIG A;  3P66 A;  1CKD A;  3ZEK A;  4OWH A;  1LYO A;  1C45 A;  110L A;  1LHM A;  4NHS A;  2HTX A;  1QUG A;  233L A;  4H94 A;  1B7O A;  1SSW A;  4TUN A;  2LC9 A;  1FKV A;  1LZB A;  4J1B A;  1GXV 2;  146L A;  1BVK C;  1TLA A;  1NBZ C;  1GBW A;  1GB0 A;  4ZPU A;  1Z55 A;  3QNG A;  4WM1 A;  2YVB A;  4B4E A;  153L A;  3W3E A;  3LYO A;  172L A;  1LZC A;  3SBA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1L19 A;  3DN3 A;  5IEL A;  1REY A;  3IJU A;  1HNL A;  1OYU A;  1VAT A;  1OUB A;  4N1C C;  5KXK A;  2EPE A;  2G4N A;  2OTY X;  3SBB C;  1L52 A;  1DYG A;  197L A;  2DQE Y;  3G3X A;  4XJD A;  4WO6 A;  3HWL A;  218L A;  1IP7 A;  2BQH A;  1JIS A;  219L A;  4DYG A;  206L A;  1G06 A;  3JR6 A;  4W94 A;  1LZ9 A;  1AT6 A;  1B5X A;  2RB1 X;  1L45 A;  1DKJ A;  1GE2 A;  4N9R A;  1DYB A;  167L A;  4WOA A;  1B7R A;  235L A;  1LLH A;  3DNA A;  5F81 A;  1G7H C;  1L80 A;  2Q9E A;  1B7M A;  1BWI A;  1L47 A;  4DQ7 A;  4HJZ A;  4N8Z A;  4NHI A;  1JJ0 A;  1GFV A;  1T6V L;  4M6D A;  4QY9 A;  4TX7 A;  3SP3 A;  1YAP A;  4LT0 A;  3A91 A;  1J1P Y;  3N9A A;  1C65 A;  1UIG A;  3P66 A;  1CKD A;  3ZEK A;  4OWH A;  1LYO A;  1C45 A;  110L A;  1LHM A;  4NHS A;  2HTX A;  1QUG A;  233L A;  4H94 A;  1B7O A;  1SSW A;  4TUN A;  2LC9 A;  1FKV A;  1LZB A;  4J1B A;  1GXV 2;  146L A;  1BVK C;  1TLA A;  1NBZ C;  1GBW A;  1GB0 A;  4ZPU A;  1Z55 A;  3QNG A;  4WM1 A;  2YVB A;  4B4E A;  153L A;  3W3E A;  3LYO A;  172L A;  1LZC A;  3SBA A; 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