1L93A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l93A00
248LA 1L81A 148LE 1KS3A 4ARMB 247LA 195LA 190LA 108LA 198LA 3GUKA 4EJ4A 1CVKA 1L12A 110LA 5I14A 231LA 2RBSA 3HT6A 1L31A 3SN6R 4EPFA 3HUQA 246LA 137LA 1L69A 1CTWA 3G3WA 1L05A 131LA 1LI2A 219LA 1C62A 1L28A 118LA 1L67A 1L70A 1C61A 1C6MA 1L04A 217LA 184LA 3PDSA 112LA 1C65A 1QSQA 1P3NA 4LZMA 2RAYX 1L97A 4I7QA 1L58A 192LA 1L80A 3QAKA 159LA 172LA 1L36A 1OWYA 1P2LA 1L65A 170LA 1P46A 216LA 1L61A 2QB0B 1SWYA 1QUDA 6LZMA 1QTBA 206LA 4ARMA 1L08A 1D3NA 158LA 1I6SA 1L95A 1CX7A 209LA 253LA 251LA 4I7MA 1L17A 1C6GA 1L22A 3D4SA 2Q9EA 1CU3A 1L37A 1L21A 3HUKA 2B6WA 2Z6BA 3JR6A 242LA 1P64A 1G1WA 1QT7A 4W51A 4EPIA 3C81A 3C83A 3K2RA 1QSBA 222LA 1L15A 156LA 171LA 1C69A 1L47A 114LA 1L14A 1L0KA 3DN8A 4DJHA 1JQUA 3DMZA 1QS9A 1SX2A 2RBRA 2B7XA 3SBAA 3L2XA 227LA 2QARC 3GUMA 1LGWA 1OWZA 3HDEA 1QUGA 1L73A 1QTZA 2B6XA 3CDOA 3HDFA 2B74A 2RH1A 1C60A 224LA 3C7WA 1D3FA 1L44A 1PQOA 174LA 1C6JA 214LA 4DAJA 1LYJA 1C6BA 3NY8A 234LA 1L38A 212LA 1L53A 2F47A 3DMVA 2OEAX 1LWGA 3DKEX 1DYGA 1L88A 1D3JA 1QT6A 1C6AA 1OV7A 189LA 173LA 221LA 3DN4A 1B6IA 1T8GA 141LA 3G3XA 1L07A 1LLHA 2F2QA 1L84A 4I7RA 188LA 2RBOA 1LYEA 1L94A 1QTDA 223LA 3OE6A 1LYGA 3FA0A 1L18A 168LA 2ANXA 102LA 1EPYA 229LA 107LA 3PBLA 1L41A 1L11A 1L29A 1PQDA 1DYDA 1LGUA 1P56A 182LA 1L56A 230LA 1PQIA 1QS5A 1L25A 250LA 1L55A 164LA 1PQJA 220LA 3CDRA 3CDVA 3NY9A 1QUOA 1L32A 2NTGA 4EKRA 1L60A 3GUOA 213LA 2RBQA 1L98A 2RAZX 1L89A 2B73A 1L46A 1L09A 1OVKA 3LZMA 3F8VA 1LGXA 262LA 111LA 3GULA 1C6TA 187LA 2HUKA 1WTHA 127LA 140LA 2OE9X 1C6EA 1L91A 2B75A 2LCBA 1CUPA 1LYIA 1DYCA 239LA 138LA 1G06A 1C6HA 1L86A 3SBBC 1L03A 3HH3A 129LA 1P36A 1L13A 1L23A 4I7SA 1P7SA 4W55A 1LYHA 122LA 1C6FA 244LA 3HTDA 1G0MA 1JTMA 1CV4A 3DN2A 1KY1A 128LA 1QT5A 3V2WA 3C7YA 1L93A 4YX7C 186LA 3CDTA 1L83A 4W52A 1XJTA 1L72A 3C8SA 3ODUA 147LA 1L24A 249LA 1D2YA 1L45A 1L49A 4ARPA 143LA 2F32A 4W54A 125LA 4YXCA 4ARQB 103LA 3HUAA 1G0QA 1G0KA 1L52A 245LA 197LA 1DYFA 2RB0X 1L16A 3NYAA 1L0JA 1K28A 167LA 3GUNA 1L40A 1L64A 2B6TA 1C6LA 3CDQA 145LA 123LA 180LA 183LA 4W56A 3HTBA 2B6ZA 201LA 3HH5A 1L50A 175LA 3UONA 1L33A 1L85A 4EKPA 1L43A 1L71A 236LA 3SB5A 4EKQA 3DN1A 205LA 4LDOA 1L06A 169LA 199LA 1KW7A 3SB7A 1L96A 1T8FA 1G0GA 1LYFA 1CU0A 1P2RA 225LA 1QT8A 1LW9A 254LA 178LA 252LA 1QTHA 1L66A 4W59A 210LA 4W58A 3RUNA 1L74A 1G0PA 4YXAC 1LPYA 1L26A 1KY0A 1G07A 1TLAA 215LA 144LA 1OVJA 3HTFA 3HT8A 181LA 149LA 4DKLA 157LA 259LA 4ARQA 3OE9A 2LC9A 238LA 211LA 3FI5A 228LA 3HH6A 1SSWA 1ZURA 2HUMA 1LWKA 1L68A 1T97A 4ZPUA 2B72A 1L76A 1PQMA 4LDEA 1G0LA 152LA 260LA 1L57A 4K5YA 119LA 139LA 1QT3A 1CX6A 2O4WA 1SSYA 1G1VA 1L63A 1L48A 2LZMA 3C8QA 2RBPA 3C7ZA 3SB9A 4I7PA 3DN0A 1NHBA 191LA 232LA 1L75A 1L92A 4W53A 4EXMA 1C67A 1L82A 1LI3A 1DYBA 3DN6A 3OE0A 2HULA 1P37A 3DNAA 3F9LA 165LA 1LI6A 2B70A 177LA 4EKSA 1T6HA 3VW7A 1G0JA 2OU0X 1L54A 4I7LA 185LA 2ANVA 166LA 151LA 4W57A 1CV6A 235LA 1OVHA 4IAPA 126LA 4GBRB 130LA 1L19A 3HT9A 1L30A 2OE7X 162LA 1CV5A 3RZEA 113LA 1D9WA 1C6DA 3GUJA 142LA 1DYAA 3HH4A 1L02A 2L78A 261LA 115LA 3FADA 1OYUA 1L10A 1OV5A 1L34A 150LA 3C8RA 4PK0A 1L90A 1T8AA 3GUPA 4OO9A 3OE8A 1CV0A 243LA 2OTYX 1L01A 4GRVA 2IGCA 1L20A 3HU8A 104LA 4E97A 4I7KA 3HU9A 1DYEA 1CV3A 4I7OA 1C6PA 1JTNA 1LYDA 1CV1A 1C6NA 1KNIA 1XJUA 1ZWNA 3C80A 256LA 120LA 1C66A 1L77A 155LA 1L62A 2OTZX 1C6QA 163LA 3HT7A 1QTVA 109LA 1L42A 226LA 1L87A 2OE4X 200LA 3L64A 3SB8A 1SWZA 1L79A 1QUHA 160LA 233LA 176LA 3SB6A 2RBNA 2OU9A 1ZYTA 1L99A 3HTGA 3V2YA 161LA 1QTCA 196LA 1L27A 1CUQA 3DMXA 1QT4A 2O7AA 3EMLA 1C63A 1CU6A 146LA 4S0WA 4I7TA 2OU8A 1PQKA 255LA 2O79A 1L35A 2RB2X 1CU2A 4LDLA 1KW5A 3GUIA 1L00A 241LA 257LA 2B6YA 4ARJA 7LZMA 1C6IA 1C64A 1P5CA 3C82A 2RB1X 2Q9DA 1XEPA 3G3VA 1C68A 1L51A 218LA 258LA 1P6YA 4I7JA 2CUUA 1SX7A 1C6CA 1D2WA 2A4TA 237LA 1CU5A 1L39A 3HWLA 4I7NA 4PJZA 3DN3A 240LA 4ARLA 1L59A 2NTHA 5LZMA 1C6KA 1D3MA 4AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4IA 1IWUA 4XJBA 3A92A 4WOAA 1CJ8A 4ARMB 3M3UA 1LSDA 195LA 4BS7A 2W1XA 2YVBA 5LYZA 4DDBA 4H91A 108LA 5M1YA 4WMGA 5FSTA 3GUKA 5APDA 1CVKA 110LA 3HT6A 5HNLA 1GFJA 4KXIA 3SN6R 3HUQA 137LA 1CTWA 2IHLA 5E9RA 1REXA 3VWOA 1C6MA 184LA 1IR8A 3PDSA 1C65A 5L3HA 1MLCE 4I7QA 1L58A 3QAKA 2YBJA 1TBYA 159LA 2RSCA 1IP1A 1XEJA 5JENB 1IP6A 1BB5A 2ZIJA 2G4PA 1LHMA 2BQNA 2QB0B 1LZNA 4IJ4A 1IR9A 4N0JA 4XN6A 1QTBA 206LA 2ZQ4A 253LA 5FHWA 3TXFA 1LSGA 1LSMA 1L21A 2YDGA 2B6WA 1G1WA 4W51A 4LZTA 5KXPA 2ZNWY 3C81A 3C83A 1NBYC 222LA 1LZRA 4J1BA 4NGOA 5J7CA 4NGLA 1D9UA 1CJ6A 1L14A 1LSCA 1CKHA 3ULRA 5HNCA 1N4FA 227LA 1KXXA 1CJ7A 1QUGA 1L73A 3A93A 1QTZA 2B6XA 2RH1A 5LVJA 1C60A 3C7WA 1PQOA 1BVXA 4H8ZA 214LA 1RFPA 1LZGA 4QEQA 3NY8A 5DN4A 3DMVA 3D3DA 3DKEX 1DYGA 2DQAA 1D3JA 1QT6A 4OWBA 1IP4A 3G3XA 1L07A 5LVIA 1AZFA 188LA 1IWXA 1L94A 1EQEA 1B7LA 1LZEA 3A67Y 168LA 1GFAA 3B0OA 2ANXA 102LA 1L41A 1L11A 1DKKA 3WUAA 3HBDA 1GBSA 4NGWA 230LA 250LA 1LKSA 3CDRA 3NY9A 1QUOA 3GUOA 1GAYA 4XADA 2B73A 1L09A 4DD9A 1C6TA 4WM6A 187LA 2YSSC 1LTMA 3A6BY 4EMNA 3TMVA 1VDTA 1L91A 1CUPA 2DQIY 1LZ6A 4DQ5A 1DYCA 1G06A 1L86A 3SBBC 4G49A 5A3ZA 1HEWA 4I7SA 1P7SA 1HC0A 4W55A 1C46A 1GFVA 3DN2A 2MEIA 3C7YA 1L93A 4OWCA 4DDAA 1HFZA 1LYYA 1D6PA 1IY4A 1L24A 4WLXA 249LA 1HFXA 1REYA 4RW1A 1JPOA 4YXCA 4U3XB 4ARQB 1G0QA 1L52A 3NYAA 167LA 3QY4A 1LHKA 1YIKA 1TCYA 145LA 1QUSA 4W56A 2B6ZA 201LA 5DM9A 1L33A 1GBOA 1GB6A 4C5FA 1OQMA 1GFTA 3SB5A 4EKQA 1F6RA 4ET8A 1KW7A 1JKCA 1IORA 1LJIA 4DD7A 3WVYA 1G0GA 1LYFA 1QUTA 4Z46A 1QT8A 4GLVA 4R6CA 1GWDA 2YBLA 4CHXA 3ATOA 4W58A 3RUNA 1L26A 1D6QA 1G07A 215LA 1QTEA 181LA 149LA 4DKLA 157LA 1B5VA 211LA 4J0LA 2FYCA 1B7SA 5KXMA 4ZPUA 4ANRA 4WLYA 1A2YC 4QGZA 2HEEA 4B4EA 1Z55A 1HEMA 2G4NA 1CX6A 1SSYA 5LINA 135LA 1HF4A 3E3DA 3WPJA 3T6UA 2LZMA 134LA 3AGIA 4UWNA 4I7PA 4B1AA 3TMXA 4H1PA 1L75A 1LI3A 3DN6A 2LYOA 3CSZA 1JKBA 3A8ZA 3CB7A 1P37A 4DWXA 1IIZA 1FLUA 1LI6A 4TSBA 1T6HA 1B5WA 2OU0X 1MELL 3TXIA 151LA 1HMKA 235LA 1NWGA 3CT0A 3RZEA 1LJKA 1JTOL 1GBXA 3HFMY 5KXOA 113LA 3GUJA 1L02A 1O23A 4OOOA 2Q0MX 115LA 3F6ZA 8LYZA 1V7SA 1B7QA 1B7PA 1JISA 5I4WA 1T8AA 4NG1A 1SLYA 3OE8A 243LA 1LZ9A 1GF3A 4I7KA 3IWRA 3HU9A 1CV3A 1C6PA 4H9EA 2LZTA 1ZWNA 1VAUA 4RLMA 120LA 3LYOA 2A7DA 4PJ2C 3LZTA 4WM2A 1L77A 2OTZX 2AUBA 4G4BA 1WVUA 1L87A 1IWZA 3L64A 1B5UA 1JTTL 154LA 233LA 1HENA 176LA 2I26L 4J7VA 3SB6A 1ZYTA 1QT4A 4XJIA 3AGHA 1L35A 4LDLA 2BQBA 3GUIA 1GF9A 5FDJA 1C64A 4ETDA 2G4QA 3GXRA 2Z38A 1UIBA 4R0FA 1GE0A 2Q9DA 1XEPA 3CT1A 1NDMC 1L51A 1UBZA 1OUHA 1LZDA 3HWLA 4H9FA 4PJZA 3DN3A 240LA 4ARLA 4E3UA 1C6KA 3P66A 4OWEA 5DLAA 1BGIA 2EIZC 2H9JA 1GBZA 1LPIA 190LA 4EJ4A 1YANA 5KXXA 5I14A 231LA 2YBIA 5I4YA 3TXBA 4NHIA 5FEKA 246LA 5EBHA 3SP3A 1L05A 1HSXA 1I1ZA 1F6SA 219LA 1TAYA 1L70A 2DKVA 1B7OA 1QSQA 1GHLA 1LAAA 1XGUC 1LZAA 1L80A 4UWUA 172LA 1FKVA 4H9AA 3WXTA 1P46A 3WVXA 1BB7A 2BQOA 5LVKA 4NSHA 1G7JC 1QUDA 1OUCA 4DQJA 1LJJA 1JJ1A 6LZMA 1DI3A 4ARMA 1CX7A 4HTKA 251LA 4I7MA 1FLYA 1C45A 1UA6Y 133LA 1VATA 3WXUA 1GPQC 4TUNA 1VDQA 3JR6A 2Z6BA 242LA 1P64A 1UIGA 1JIYA 4YOPA 1GF6A 1QSBA 1L15A 171LA 1C69A 4LYTA 114LA 1B7RA 1JQUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4I A;  1IWU A;  4XJB A;  3A92 A;  4WOA A;  1CJ8 A;  4ARM B;  3M3U A;  1LSD A;  195L A;  4BS7 A;  2W1X A;  2YVB A;  5LYZ A;  4DDB A;  4H91 A;  108L A;  5M1Y A;  4WMG A;  5FST A;  3GUK A;  5APD A;  1CVK A;  110L A;  3HT6 A;  5HNL A;  1GFJ A;  4KXI A;  3SN6 R;  3HUQ A;  137L A;  1CTW A;  2IHL A;  5E9R A;  1REX A;  3VWO A;  1C6M A;  184L A;  1IR8 A;  3PDS A;  1C65 A;  5L3H A;  1MLC E;  4I7Q A;  1L58 A;  3QAK A;  2YBJ A;  1TBY A;  159L A;  2RSC A;  1IP1 A;  1XEJ A;  5JEN B;  1IP6 A;  1BB5 A;  2ZIJ A;  2G4P A;  1LHM A;  2BQN A;  2QB0 B;  1LZN A;  4IJ4 A;  1IR9 A;  4N0J A;  4XN6 A;  1QTB A;  206L A;  2ZQ4 A;  253L A;  5FHW A;  3TXF A;  1LSG A;  1LSM A;  1L21 A;  2YDG A;  2B6W A;  1G1W A;  4W51 A;  4LZT A;  5KXP A;  2ZNW Y;  3C81 A;  3C83 A;  1NBY C;  222L A;  1LZR A;  4J1B A;  4NGO A;  5J7C A;  4NGL A;  1D9U A;  1CJ6 A;  1L14 A;  1LSC A;  1CKH A;  3ULR A;  5HNC A;  1N4F A;  227L A;  1KXX A;  1CJ7 A;  1QUG A;  1L73 A;  3A93 A;  1QTZ A;  2B6X A;  2RH1 A;  5LVJ A;  1C60 A;  3C7W A;  1PQO A;  1BVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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