1L95A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTVRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l95A00
4E97A 1CUPA 1P46A 1L30A 1C6IA 1T6HA 113LA 2RH1A 1L06A 2NTGA 1B6IA 2OE4X 3F9LA 1L14A 4W59A 234LA 3DMXA 1LI3A 3SBAA 1LWGA 1LLHA 1T8FA 1QTHA 2B74A 1SSYA 3C7ZA 1L25A 240LA 1XJTA 1OYUA 2RBPA 1L97A 1C6LA 1P2RA 1L36A 1L45A 1DYFA 4W54A 1L24A 1L46A 1C66A 1L11A 2A4TA 223LA 2RB1X 1L67A 1P2LA 3HUAA 1XEPA 2OTYX 1L66A 1L07A 261LA 1L39A 142LA 1L96A 119LA 1L88A 1L15A 1LI6A 1OVKA 1P5CA 3G3XA 221LA 1T8GA 1CV4A 1L33A 4DJHA 215LA 253LA 232LA 2LCBA 4AQNA 1PQOA 157LA 1QTCA 2OU9A 1LW9A 175LA 2B6XA 178LA 2RAYX 1QSQA 1LGWA 4GRVA 161LA 3DN6A 1G1WA 2OE9X 1JTNA 4I7MA 198LA 1C6PA 1G0JA 1L73A 1L90A 1QTBA 210LA 1C6NA 1CU5A 156LA 3C7YA 3HH6A 3HT7A 3HUKA 4YXCA 1LPYA 3CDQA 1QUGA 1DYDA 155LA 3NYAA 174LA 1L0JA 2O7AA 112LA 1K28A 1L32A 244LA 1P7SA 1C6AA 1D2YA 3SB9A 1G0QA 201LA 1L52A 4W52A 125LA 1L62A 1EPYA 1L95A 259LA 2QARC 3QAKA 1QTVA 243LA 182LA 3HU9A 3PDSA 126LA 3OE9A 1L99A 104LA 1C6HA 1C6BA 1L60A 229LA 4W55A 1L03A 1L72A 1P56A 3HH3A 1SWYA 1L28A 191LA 3SB7A 1L71A 181LA 2Q9DA 1C61A 189LA 1G0GA 1L56A 1L69A 1L44A 1QT7A 1C6MA 122LA 3CDTA 1CU2A 123LA 2B6ZA 4EJ4A 131LA 1XJUA 1L77A 168LA 1OVHA 2L78A 230LA 1L23A 2OU0X 3DMZA 3L64A 139LA 118LA 1L87A 3CDOA 1L98A 149LA 1ZYTA 1KNIA 1T97A 1G0PA 245LA 3RZEA 1C6EA 1CV1A 1QSBA 1L68A 224LA 1G0KA 4LDOA 1L74A 1P3NA 1L43A 237LA 1SX2A 3DN8A 1L18A 3HT9A 1L50A 4ARLA 3DMVA 7LZMA 3PBLA 2F32A 2O79A 4W57A 158LA 1L54A 2RB2X 129LA 3HT6A 1C64A 225LA 246LA 3DKEX 3DN1A 1L51A 1JQUA 1L64A 3HTGA 1OV7A 3L2XA 216LA 2ANXA 1L70A 1L94A 1KY0A 247LA 1SWZA 192LA 3OE6A 3C81A 4ARQB 1L47A 5I14A 197LA 3HTDA 1L41A 4EKPA 1D2WA 3HWLA 108LA 4S0WA 3JR6A 1QTDA 205LA 3C8SA 3SB5A 1L93A 130LA 3C7WA 2ANVA 200LA 1L38A 1L13A 1ZURA 248LA 4ARQA 4W51A 2LC9A 3CDVA 262LA 127LA 176LA 209LA 241LA 222LA 1G1VA 138LA 236LA 1CV0A 3LZMA 3D4SA 4W58A 180LA 186LA 1C6JA 102LA 1L92A 1OWZA 4ZPUA 3K2RA 4EKQA 177LA 1WTHA 1LYGA 1L17A 3HH5A 2O4WA 1P64A 2Q9EA 3HTBA 1L85A 1CUQA 214LA 3DN2A 4K5YA 1L02A 1L82A 145LA 146LA 165LA 1L09A 1C62A 3GUNA 151LA 4ARPA 1G07A 4EXMA 1C67A 1JTMA 3FA0A 1L40A 103LA 1TLAA 4I7RA 250LA 2B6TA 1KW5A 213LA 3G3WA 4DKLA 1CX7A 137LA 1C6QA 1L57A 143LA 3HH4A 1L00A 3HDFA 2RBSA 1L80A 3GUKA 4EPIA 1L76A 169LA 1L27A 239LA 196LA 1L49A 242LA 1KY1A 1L37A 3DN0A 1QUDA 1P37A 3HUQA 1L22A 1CV6A 5LZMA 1LYIA 3C82A 4I7KA 212LA 3CDRA 1QT4A 1L16A 1L79A 4I7QA 1L48A 2Z6BA 195LA 1QT3A 2B70A 1L91A 3C8RA 173LA 170LA 1CV5A 160LA 1L21A 1L58A 238LA 219LA 3DN4A 1LYDA 1CU3A 1C6FA 1LWKA 1L63A 2HUKA 4ARJA 1D3JA 147LA 217LA 3C8QA 3DN3A 1C63A 1L20A 4LZMA 1L26A 1G0MA 1T8AA 1C60A 3GUOA 1CU6A 3UONA 4ARMB 4DAJA 159LA 3DNAA 1C68A 3RUNA 1PQIA 163LA 1C65A 3HTFA 1LYJA 260LA 4I7PA 1LI2A 1QTZA 114LA 1PQJA 1CV3A 1C6CA 1P36A 128LA 231LA 227LA 235LA 1G0LA 4W56A 206LA 3V2WA 1D9WA 2OTZX 1OVJA 4IAPA 1L65A 4ARMA 1QT6A 4YXAC 1L84A 1CTWA 1L04A 1OWYA 1L83A 3GUIA 2RBNA 3FADA 1L10A 1QS5A 3GUMA 1PQMA 255LA 152LA 2B72A 1NHBA 3SB6A 4YX7C 1SX7A 1KW7A 226LA 1QS9A 1C6GA 3HDEA 3OE8A 4I7LA 164LA 4PJZA 144LA 1D3NA 1L86A 1L61A 1LYFA 249LA 2B73A 2QB0B 2HUMA 1L08A 1L05A 1C6KA 3VW7A 2B6YA 258LA 3C83A 107LA 111LA 1DYEA 4I7NA 1P6YA 2B6WA 228LA 1L19A 1G06A 1LGXA 3GUPA 184LA 4LDEA 1C6TA 3G3VA 110LA 199LA 2F47A 2RB0X 1DYAA 171LA 233LA 1D3MA 254LA 1L01A 1L55A 1DYBA 167LA 4I7SA 4EKSA 1L75A 1DYGA 3HT8A 3SN6R 3NY8A 1L81A 1QUHA 2OE7X 220LA 148LE 1CU0A 2IGCA 1C69A 2RBQA 1QUOA 1PQDA 256LA 3C80A 6LZMA 1L89A 1QT8A 3ODUA 2RBOA 4LDLA 1L59A 2B7XA 3F8VA 109LA 3V2YA 2F2QA 4W53A 1L29A 2CUUA 4PK0A 3HU8A 183LA 2NTHA 141LA 1I6SA 4OO9A 1CVKA 115LA 1L53A 120LA 1LYHA 1L35A 166LA 150LA 1L0KA 1LYEA 185LA 1KS3A 2RBRA 3GUJA 251LA 1ZWNA 2RAZX 3GULA 3FI5A 1LGUA 4EKRA 257LA 162LA 140LA 2LZMA 2OU8A 1C6DA 188LA 218LA 2HULA 3NY9A 3OE0A 3EMLA 1L12A 1CX6A 187LA 211LA 252LA 3SB8A 190LA 1L31A 4EPFA 1PQKA 1L42A 2OEAX 4I7JA 1QT5A 3SBBC 1L34A 1SSWA 1OV5A 1DYCA 4I7OA 1D3FA 2B75A 4GBRB 4I7TA 172LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OWAA 1AM7A 1C6IA 4Z98A 1L06A 2NTGA 3WW5A 153LA 1HC0A 1B7OA 1LI3A 4H8XA 4HJYA 4GN5C 1JSFA 1L25A 4YEMA 194LA 1L97A 4XJDA 1BVXA 5LXWA 1CJ6A 1L24A 4W54A 1UIHA 223LA 4NG1A 4NIJA 1B0DA 2RB1X 1LSNA 1WTMA 1JIYA 135LA 1L66A 1LYOA 4DDAA 142LA 3A67Y 3B0OA 4TWSA 221LA 1A2YC 1CV4A 5KXNA 1GDXA 215LA 4G4HA 1CKCA 1VAUA 232LA 2DQGY 1MELL 1PQOA 1IC4Y 1GF9A 178LA 4NGIA 1LGWA 5KXPA 1G0JA 4B4IA 1LMQA 1GE4A 156LA 3C7YA 3HH6A 3HFMY 3CDQA 4WLXA 1DYDA 1LMTA 2DQIY 174LA 3FE0A 1L32A 5LIOA 1SQ2L 3FI7A 1B7LA 1B5ZA 2YSSC 1JUGA 2MEEA 1REXA 2QARC 5APFA 2W1LA 4IATA 3PDSA 126LA 3OE9A 1RCMA 5KXMA 1L60A 1C6BA 4W55A 1L72A 3SB7A 181LA 1C61A 1IP4A 1XEKA 1CNSA 1L69A 1DI3A 2Z19A 5KKJA 122LA 131LA 1LCNA 2C8OA 4NGWA 1GAZA 3CDOA 1LZSA 1L98A 2BQAA 133LA 1ZYTA 4H90A 1IO5A 1HEWA 4W94A 1GFAA 3E3DA 4B4JA 1C6EA 1CV1A 1YAPA 1L68A 2HUBA 224LA 5KXLA 1D6PA 1G0KA 3TXBA 1N4FA 1JKBA 1B7QA 3HT9A 1ZVHL 3DMVA 2O79A 4W57A 5I4YA 4TTDA 4HTKA 3DKEX 2BQGA 3DN1A 1CKHA 1I56A 4XN6A 1L70A 247LA 4ARQB 1LHHA 1D2WA 3HWLA 2DQAA 1DQJC 2LZTA 3C8SA 1L93A 3C7WA 2ANVA 1L13A 2BQOA 248LA 1QQYA 4W51A 2LC9A 3CSQA 1IWZA 1HSXA 3LYZA 4PGJB 1KXXA 1GE3A 3RW8A 222LA 2ZIKA 1RFPA 1UIFA 1IWWA 4LYCA 180LA 1C6JA 1WQQA 1OUEA 1OWZA 4ZPUA 1IX0A 4EKQA 2BQLA 1L17A 2XTHA 3HH5A 4HTQA 3DN2A 1C43A 4WG1A 1GFTA 165LA 1L09A 3GUNA 3GXKA 1I20A 1BB6A 3EBAB 5T3FA 1DPWA 2HU3A 4N1EI 3IWRA 5DLAA 5KXTA 1LSAA 4B1AA 1XSFA 5FELA 3LN2A 169LA 4LYBA 196LA 2AUBA 1LJJA 4HV2A 4PHIA 3CSZA 3WPJA 4Z46A 2A7FA 1EQ5A 1RE2A 1YAQA 3ULRA 3C82A 1GBYA 2ZWBA 4I7QA 1QT4A 5LA5A 4H8ZA 173LA 170LA 1CV5A 4GN4A 1JHLA 1C6FA 1LMNA 4CFPA 1L63A 2HUKA 4ARJA 4NGJA 2F4AA 1B5VA 1BGIA 217LA 3C8QA 3TXFA 1XGTC 1J1PY 1QDTA 2FBDA 5LVIA 5F81A 1G0MA 2MEAA 4DAJA 5I5QA 1ZMYL 1GF8A 3TMVA 1C65A 5KXOA 2MEIA 2YBLA 2F4GA 1IP6A 1P36A 4W56A 1REMA 5ILCA 4ARMA 1L65A 2LYZA 1QT6A 4WM6A 4YXAC 1LZYA 1CTWA 1OWYA 2HEEA 3FADA 2H5ZA 1PQMA 255LA 2IFFY 1IY3A 2B72A 2BAAA 2BLYA 4NWEA 4RLNA 1HFXA 2YBJA 1C46A 3RNXA 3KAMA 3J6KA 2DBTA 2BQBA 3HDEA 3OE8A 4PJZA 1IOSA 144LA 3HBDA 3WH1A 2HECA 5KJ9A 5L3IA 1I1ZA 3WUNA 1C6KA 4NGKA 1GB6A 1TEWA 3B6LA 1GHLA 111LA 1GBWA 1H6MA 1FBIX 3ATOA 1P6YA 4GLAA 1L19A 4HP0A 4WOAA 1G06A 3IJVA 2D91A 4ZIXA 5FCPA 4N1CC 2F47A 1UIGA 5E9RA 1LOZA 5F14A 4H9FA 1L55A 1LJ3A 1DYGA 4BAPA 4NG8A 4FJRA 1F6RA 2OE7X 4C3WA 148LE 3AGIA 1RJCB 1C69A 1WQNA 5F9XA 5AMYA 1QUOA 1LSEA 3C80A 3IJUA 1FLQA 1JPOA 3TXIA 4LDLA 5EBHA 3F8VA 1NBYC 4DQ5A 4WM1A 3QNGA 1CKFA 2CUUA 1L53A 2NWDX 1LZDA 5APCA 1LSGA 2EPEA 1LYEA 1KS3A 3GUJA 4LT0A 5LVHA 1H87A 3FI5A 1LGUA 1UCOA 4EKRA 1JJ3A 4HJZA 1C6DA 188LA 5B1GA 2HULA 3NY9A 3EMLA 1L12A 2BQHA 1CX6A 3A96A 1EQ4A 1AT6A 1XGUC 4EPFA 1L42A 3TXGA 2OEAX 4H9IA 4IJ4A 2MEFA 1QT5A 1OV5A 4HSFA 172LA 4E97A 4NY5A 4TUNA 2MEGA 1C08C 3F9LA 3MGWA 1DPXA 4W59A 3DMXA 1LWGA 1LLHA 2B74A 4FDYA 3ZVQB 1WQMA 240LA 4LT3A 1LYSA 1XJTA 1IVMA 1IR8A 1P2CC 1P2RA 3EMSA 1DYFA 2Q0MX 7LYZA 4ETDA 2A4TA 4GLVA 1XEPA 4DYGA 4WL6A 261LA 1L39A 2YBHA 1GFRA 1L15A 4OOOA 4B49A 1P5CA 1EQEA 4DJHA 1LJGA 4QGZA 3P65A 253LA 4R6CA 2MEDA 4LT2A 1OUIA 2H9JA 1NMMA 2D4KA 1LYYA 4OWBA 1IOCA 1REZA 1GE0A 1VDSA 1D0MA 1YL0X 4NSIA 1G1WA 3AGHA 1B7SA 210LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OWA A;  1AM7 A;  1C6I A;  4Z98 A;  1L06 A;  2NTG A;  3WW5 A;  153L A;  1HC0 A;  1B7O A;  1LI3 A;  4H8X A;  4HJY A;  4GN5 C;  1JSF A;  1L25 A;  4YEM A;  194L A;  1L97 A;  4XJD A;  1BVX A;  5LXW A;  1CJ6 A;  1L24 A;  4W54 A;  1UIH A;  223L A;  4NG1 A;  4NIJ A;  1B0D A;  2RB1 X;  1LSN A;  1WTM A;  1JIY A;  135L A;  1L66 A;  1LYO A;  4DDA A;  142L A;  3A67 Y;  3B0O A;  4TWS A;  221L A;  1A2Y C;  1CV4 A;  5KXN A;  1GDX A;  215L A;  4G4H A;  1CKC A;  1VAU A;  232L A;  2DQG Y;  1MEL L;  1PQO A;  1IC4 Y;  1GF9 A;  178L A;  4NGI A;  1LGW A;  5KXP A;  1G0J A;  4B4I A;  1LMQ A;  1GE4 A;  156L A;  3C7Y A;  3HH6 A;  3HFM Y;  3CDQ A;  4WLX A;  1DYD A;  1LMT A;  2DQI Y;  174L A;  3FE0 A;  1L32 A;  5LIO A;  1SQ2 L;  3FI7 A;  1B7L A;  1B5Z A;  2YSS C;  1JUG A;  2MEE A;  1REX A;  2QAR C;  5APF A;  2W1L A;  4IAT A;  3PDS A;  126L A;  3OE9 A;  1RCM A;  5KXM A;  1L60 A;  1C6B A;  4W55 A;  1L72 A;  3SB7 A;  181L A;  1C61 A;  1IP4 A;  1XEK A;  1CNS A;  1L69 A;  1DI3 A;  2Z19 A;  5KKJ A;  122L A;  131L A;  1LCN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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