1L95A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTVRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l95A00
1LYIA 233LA 3L2XA 1QUOA 3ODUA 1L00A 1L61A 4E97A 1LYHA 1C6EA 1SWYA 2B6ZA 3V2WA 1KW7A 1C6NA 183LA 1QUDA 3DN8A 1L41A 4GBRB 146LA 4DKLA 211LA 2B7XA 1L20A 3HDFA 2OU8A 1P7SA 1G07A 239LA 4EPFA 2B73A 4W53A 167LA 1PQOA 3C82A 1CU5A 1L72A 1SSYA 1L59A 3C7ZA 2RB1X 185LA 164LA 4EPIA 1CU0A 1C67A 3EMLA 1ZURA 4I7MA 1XJTA 1L30A 249LA 2RBQA 1P56A 209LA 1G0QA 1L24A 1C6GA 1NHBA 216LA 1CVKA 238LA 1C63A 225LA 1C68A 1D9WA 172LA 1D3JA 1L56A 1D3FA 162LA 3SB5A 1L21A 1OYUA 217LA 3HH6A 1D3NA 1L29A 192LA 5I14A 130LA 1L42A 128LA 213LA 1SSWA 262LA 1L31A 1L68A 1L97A 112LA 227LA 3HUQA 1C6JA 1L04A 3DMZA 7LZMA 2NTHA 3LZMA 1OWYA 4K5YA 1L22A 3GUNA 4ARQB 1CU6A 3FA0A 3GUKA 103LA 6LZMA 161LA 186LA 3CDRA 2HULA 1KNIA 1P3NA 1PQDA 2RB2X 145LA 237LA 1LGWA 4AQNA 212LA 3G3XA 1C62A 231LA 1CV6A 1C66A 1CV1A 1CV5A 4ARLA 1QUHA 3CDQA 1L90A 1CX7A 3GUMA 2NTGA 1QS5A 246LA 1XEPA 1C6FA 3HH4A 1L64A 1C6CA 1L32A 4W58A 2LC9A 2HUKA 1LI3A 3OE6A 166LA 1L91A 4I7SA 1LI2A 1CUPA 3SBBC 4LZMA 191LA 1L27A 261LA 2B70A 4I7JA 1L51A 226LA 1L36A 158LA 1L12A 1L74A 1PQJA 1G1WA 1L44A 1L17A 2CUUA 1LWGA 3HT9A 3HTGA 1C6BA 126LA 1G0JA 174LA 4ARQA 4S0WA 3SB9A 1L14A 1L23A 4W52A 3JR6A 2O7AA 3L64A 245LA 1L95A 3C83A 1L43A 3OE8A 1L60A 159LA 2Z6BA 3QAKA 2B74A 1KY0A 220LA 3VW7A 1D2YA 4I7TA 3C7WA 1LYEA 3HU9A 235LA 2OE4X 1OVHA 1P64A 139LA 1QUGA 3HUKA 4YXCA 1OWZA 3C8QA 140LA 1L79A 1L39A 1D3MA 1L40A 3DN3A 141LA 3GUJA 4ARJA 3F9LA 120LA 178LA 156LA 1CU3A 150LA 4W59A 2Q9EA 3G3VA 1KY1A 3DN2A 1L45A 1L09A 228LA 1L62A 1LYFA 1KS3A 219LA 3HT7A 3HT6A 152LA 1L63A 175LA 4W56A 147LA 4EKPA 3C8SA 1L65A 1L16A 1L89A 1LI6A 2ANVA 3UONA 2RH1A 3HWLA 1C6AA 1ZYTA 1LGXA 1L05A 102LA 3GULA 1C61A 1L0KA 4I7RA 1LW9A 1L35A 171LA 4ARPA 2HUMA 122LA 1DYCA 1L06A 2RBNA 214LA 3OE9A 155LA 177LA 4EKQA 157LA 1C60A 1OV5A 4PK0A 3DN1A 1C6KA 250LA 1P36A 197LA 260LA 1T6HA 2O79A 137LA 215LA 3HH5A 1K28A 4ARMB 1LGUA 1L28A 243LA 3CDTA 254LA 1L0JA 1DYDA 4GRVA 4YX7C 1L13A 1C64A 1L55A 2A4TA 4W54A 1G1VA 1L49A 109LA 5LZMA 2QARC 200LA 1EPYA 1DYAA 1G0LA 1LYGA 3G3WA 1L84A 1PQMA 1L34A 2RBPA 1P46A 3FI5A 1L02A 2QB0B 4W55A 1L73A 4EJ4A 104LA 252LA 4OO9A 1L93A 2RBOA 2B6TA 1L92A 3HDEA 2ANXA 1T8FA 2RB0X 4DJHA 1L96A 3RUNA 1QT4A 1JQUA 1ZWNA 1L58A 1C6MA 1L88A 1L18A 1L67A 1WTHA 3RZEA 234LA 3SN6R 1LYJA 170LA 3K2RA 1L38A 1OV7A 4I7PA 4IAPA 189LA 1L08A 2B6YA 3DN6A 4ARMA 1G06A 2F2QA 3HU8A 1L50A 1P2LA 2B72A 248LA 1CX6A 3F8VA 1L01A 230LA 242LA 2OEAX 182LA 1L53A 1L19A 1L11A 1L37A 3C80A 3CDVA 1L15A 1L26A 1JTNA 1L70A 240LA 3DNAA 259LA 4I7OA 1G0PA 4EKSA 108LA 3NY9A 181LA 224LA 1QTHA 247LA 1LYDA 251LA 1C69A 148LE 2RBSA 221LA 118LA 1L94A 1L07A 1L76A 1C6LA 258LA 1C6PA 1L87A 1QTVA 1OVJA 1SX2A 3HTDA 187LA 1SWZA 232LA 2OE7X 1L57A 1L66A 4LDEA 151LA 1LLHA 1QTDA 1L81A 4I7QA 131LA 2OTZX 127LA 4I7KA 3SBAA 1G0KA 3NY8A 3HT8A 253LA 205LA 1DYBA 3FADA 1QT8A 1QTCA 2RAZX 196LA 222LA 4EXMA 1L52A 1C6TA 1T97A 2L78A 1QSQA 1L99A 149LA 2F32A 4W51A 1T8AA 1CTWA 4W57A 1L69A 138LA 3HUAA 1JTMA 142LA 1QS9A 1T8GA 3HTBA 3GUIA 1L75A 2OU0X 190LA 3HH3A 1CV3A 3DKEX 2IGCA 3SB7A 1DYEA 2RBRA 4YXAC 4DAJA 1G0GA 1L71A 3CDOA 2F47A 163LA 1L48A 1C65A 123LA 144LA 129LA 165LA 241LA 4LDLA 1L98A 236LA 223LA 110LA 3GUOA 1L77A 2B6WA 1L47A 1L82A 143LA 111LA 1PQKA 1C6QA 1G0MA 3GUPA 1B6IA 125LA 173LA 201LA 195LA 1DYFA 1L86A 210LA 1L80A 188LA 1LPYA 2B75A 1QSBA 3C81A 1L54A 4I7NA 1TLAA 198LA 3DN4A 1L10A 176LA 2O4WA 2Q9DA 3SB6A 1P5CA 4PJZA 1QT6A 160LA 2OTYX 4EKRA 119LA 1DYGA 1I6SA 3OE0A 1P2RA 3C8RA 4LDOA 206LA 1CUQA 3DN0A 1C6HA 1QT3A 1QT5A 107LA 1QT7A 1P37A 180LA 3SB8A 1L46A 168LA 184LA 1C6DA 1CV0A 2B6XA 2OE9X 169LA 3NYAA 3C7YA 1QTZA 1OVKA 2OU9A 1XJUA 1L25A 1SX7A 3DMVA 199LA 1D2WA 256LA 1KW5A 1L83A 2RAYX 1CU2A 4ZPUA 2LZMA 1LWKA 3PBLA 3V2YA 1L33A 1QTBA 2LCBA 257LA 1C6IA 3HTFA 229LA 244LA 218LA 1L85A 3DMXA 3PDSA 4I7LA 1L03A 113LA 1P6YA 3D4SA 114LA 1PQIA 1CV4A 255LA 115LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B07A 1JKCA 3ODUA 4I8SA 4X3BA 4LFXA 2B6ZA 3V2WA 4C5FA 1C6NA 146LA 211LA 2OU8A 1B0DA 4XYYA 4ANRA 1REMA 4DD7A 1G07A 5L3HA 7LYZA 1FBIX 167LA 1L72A 1GFVA 1HERA 1L59A 5LVIA 4EPIA 1EL1A 1C67A 1D6QA 1ZURA 1XJTA 249LA 2IHLA 1L24A 1C6GA 216LA 1CVKA 1UC0A 238LA 1GD6A 3WMKA 4ET8A 172LA 1HNLA 1L56A 1D3FA 3B0KA 5DM9A 1D3NA 4NWHA 2ZYCA 130LA 3A95A 1L42A 213LA 1HEWA 1SSWA 1YIKA 4NY5A 4NGWA 3W6AA 1L04A 3HBDA 3LZMA 1OWYA 3GUNA 4ARQB 1CU6A 3FA0A 5I53A 1EQEA 1TDYA 1KNIA 145LA 237LA 1A4VA 4DQJA 1FLQA 3A8ZA 4CFOA 231LA 2BQJA 1LSNA 1CV1A 1CV5A 5KXOA 1VATA 3HH4A 4FDYA 5II3A 1LTMA 1LJHA 4G49A 3CT0A 4YF2A 166LA 1CUPA 1GB7A 4KXIA 4XJIA 1JKDA 2NWDX 3SBBC 1LZEA 1L27A 4GN3A 226LA 1L36A 158LA 1L12A 2D4IA 1L17A 4BAFA 5FSTA 3SB9A 1L14A 5C6IA 4OWCA 1L23A 1GFKA 3L64A 4N5RA 1L95A 159LA 1GE3A 5HMJA 5LAFA 3VW7A 4PHIA 1LYEA 2BQDA 5EBHA 1LZRA 5D5FA 1LZ6A 3AZ5A 4DQ7A 1QUGA 3N9EA 3DN3A 1L40A 4TX7A 2YBIA 2I26L 120LA 1IWVA 4WLTA 1DXJA 5A3ZA 178LA 4Z3MA 5LA5A 150LA 4W59A 4GCFA 5B1GA 228LA 5HQ1A 1KS3A 1LKRA 3AW6A 3HT6A 5D5CA 1TEWA 147LA 3C8SA 4DD2A 1LSGA 4YM8A 3HWLA 1IVMA 2CGIA 1CKDA 1H87A 1L0KA 3OK0A 171LA 5LYTA 1UIBA 4TTDA 1GF7A 1L06A 1IY3A 177LA 157LA 250LA 1P36A 260LA 4ZEEA 2F4AA 1YAQA 2ZQ4A 3TXEA 4EOFA 1NF5A 1LGUA 4PRUA 4OWBA 1IWXA 1LZBA 254LA 1L0JA 1DYDA 1SQ2L 1C45A 1G1VA 2QARC 1EPYA 2ZYPA 3P66A 1NMMA 1QUSA 2F2NA 3AYQA 1L34A 2HECA 1P46A 4W55A 1L02A 1UBZA 4RLMA 2Z39A 1V7SA 1L93A 2RBOA 2B6TA 3HDEA 1VDQA 2XBSA 1L96A 3IJUA 3RUNA 3WYHA 4B1AA 1L67A 3D9AC 4HJVA 3K2RA 1L38A 2LYZA 1YAOA 189LA 1L08A 2B6YA 3DN6A 1YILA 4ARMA 1L50A 1G7HC 4QEQA 3B0IA 3F8VA 1GXXA 4TSBA 4H9EA 1L53A 4H8YA 1NDMC 1CKFA 134LA 1L19A 1L11A 1L37A 3C80A 1L15A 1IR9A 2ZIJA 4H8XA 4I7OA 1F0WA 108LA 181LA 1B7SA 1V7TA 5F14A 1LMTA 3EO5A 1OP9B 118LA 4IATA 3RW8A 4CFPA 1L07A 1LSYA 3P68A 1C6PA 1L87A 1SWZA 3B6LA 1WQQA 1MLCE 4I7QA 2OTZX 1GAYA 1UICA 1UIAA 253LA 1LMQA 1WQRA 4G4BA 1UA6Y 2FYCA 196LA 1LSAA 4CHXA 1CKCA 4GN4A 1GFAA 1HMKA 3BKHA 1CTWA 4W57A 1GE1A 3A96A 1GFGA 1AT5A 3N9CA 142LA 1T8GA 3AW7A 5KXKA 1OUFA 3HH3A 1UIFA 1LZ9A 5IELA 3SB7A 1VEDA 4YXAC 1LSBA 4WG7A 1REXA 3BKVA 1KXXA 1L48A 123LA 165LA 1OUIA 1L98A 5K7OA 1QUTA 223LA 110LA 3GUOA 1L77A 1DI3A 1PQKA 1YKZX 3GUPA 1QTKA 201LA 1WVVA 3W3EA 5APDA 1LPYA 1HFYA 4I7NA 1L10A 176LA 4E3UA 4HPIA 1HMLA 1QT6A 4H8ZA 119LA 1GF3A 3OE0A 1P2RA 2LZTA 1CUQA 1LZGA 1QT3A 1QT5A 1FLYA 1P37A 4LFPA 3SB8A 3A34A 168LA 184LA 1CV0A 2B6XA 1QTZA 1LHKA 3W6CA 1UIDA 1REYA 4N1EI 1D2WA 1IORA 4CGEA 2RAYX 4UWUA 2LZMA 4H9HA 2CJLA 3PBLA 3V2YA 1B7MA 1CKGA 1C6IA 1GB9A 1L85A 3M3UA 1NBYC 3ZVQA 4IJ4A 4YEMA 2I6ZA 3PDSA 4I7LA 3D4SA 1PQIA 255LA 5KY1A 4H1PA 1L00A 4LZTA 4LYCA 4MCKA 1LYHA 2YVBA 1C6EA 3GXKA 1SWYA 4NEBA 1ZVYB 4DKLA 3CT1A 4GCEA 4LT1A 2B7XA 5IDDA 1XEJA 1GB0A 3A91A 3WUAA 1CU5A 3AZ6A 1TCYA 2RB1X 164LA 1DQJC 1LJJA 3EMLA 4I7MA 4GCCA 4B4EA 1P56A 209LA 2YBMA 5L3IA 1FKVA 1G0QA 5KXZA 1QTEA 1GF5A 1Z55A 1LSMA 1LMAA 1C68A 1D9WA 3D3DA 2G4QA 4DD0A 1D3JA 1BB4A 4OWAA 1IR8A 4YENA 3CSZA 1DI5A 1ZMYL 3HH6A 1L29A 192LA 5I14A 2Z2FA 128LA 2YDGA 4NHTA 3FE0A 1JSEA 1L31A 1L97A 1IP2A 4N9RA 2CWIA 227LA 3HUQA 1C6JA 6LYZA 3DMZA 7LZMA 2NTHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5B07 A;  1JKC A;  3ODU A;  4I8S A;  4X3B A;  4LFX A;  2B6Z A;  3V2W A;  4C5F A;  1C6N A;  146L A;  211L A;  2OU8 A;  1B0D A;  4XYY A;  4ANR A;  1REM A;  4DD7 A;  1G07 A;  5L3H A;  7LYZ A;  1FBI X;  167L A;  1L72 A;  1GFV A;  1HER A;  1L59 A;  5LVI A;  4EPI A;  1EL1 A;  1C67 A;  1D6Q A;  1ZUR A;  1XJT A;  249L A;  2IHL A;  1L24 A;  1C6G A;  216L A;  1CVK A;  1UC0 A;  238L A;  1GD6 A;  3WMK A;  4ET8 A;  172L A;  1HNL A;  1L56 A;  1D3F A;  3B0K A;  5DM9 A;  1D3N A;  4NWH A;  2ZYC A;  130L A;  3A95 A;  1L42 A;  213L A;  1HEW A;  1SSW A;  1YIK A;  4NY5 A;  4NGW A;  3W6A A;  1L04 A;  3HBD A;  3LZM A;  1OWY A;  3GUN A;  4ARQ B;  1CU6 A;  3FA0 A;  5I53 A;  1EQE A;  1TDY A;  1KNI A;  145L A;  237L A;  1A4V A;  4DQJ A;  1FLQ A;  3A8Z A;  4CFO A;  231L A;  2BQJ A;  1LSN A;  1CV1 A;  1CV5 A;  5KXO A;  1VAT A;  3HH4 A;  4FDY A;  5II3 A;  1LTM A;  1LJH A;  4G49 A;  3CT0 A;  4YF2 A;  166L A;  1CUP A;  1GB7 A;  4KXI A;  4XJI A;  1JKD A;  2NWD X;  3SBB C;  1LZE A;  1L27 A;  4GN3 A;  226L A;  1L36 A;  158L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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