1L98A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFEMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l98A00
2O4WA 188LA 1QSQA 3HDEA 1L67A 1C69A 1C6NA 1L05A 1L98A 3GUOA 2LC9A 235LA 3GUJA 244LA 114LA 3GUKA 3C82A 4EKRA 2B6XA 3F8VA 1C6JA 248LA 1EPYA 3OE0A 1OYUA 3SB9A 145LA 182LA 3FI5A 158LA 1L01A 1L24A 255LA 1L41A 1QT3A 2HUKA 2O79A 219LA 3C83A 1P56A 104LA 1KY0A 1D2WA 3SN6R 176LA 1L43A 170LA 1L40A 171LA 1C67A 2RBPA 1L65A 1OV7A 1PQJA 3HTDA 3DN2A 4DJHA 1CV3A 1L74A 1SSWA 1QUOA 186LA 140LA 4I7SA 4ARQB 1L63A 3DMXA 4EXMA 3DMZA 1D3JA 197LA 1CX7A 1L80A 1XJUA 1L72A 3L64A 1JTMA 4ARPA 111LA 3V2YA 1T8FA 138LA 4W57A 1OVHA 1L19A 1P3NA 3DN6A 1L64A 1G07A 1L23A 1LWGA 1C63A 1T8AA 2O7AA 4E97A 1C66A 199LA 1G06A 1L79A 1TLAA 183LA 2B6YA 1L92A 237LA 4W56A 1B6IA 1DYAA 6LZMA 3G3VA 1L58A 1L10A 1QTBA 3D4SA 4S0WA 2OU9A 1L56A 1G0JA 226LA 122LA 1LYFA 3DKEX 1L93A 1PQDA 2F32A 4W58A 160LA 1QS9A 4PJZA 236LA 1CV6A 147LA 1C6TA 142LA 1L34A 131LA 3DN0A 198LA 1G1WA 228LA 2F2QA 109LA 1L26A 102LA 2Q9EA 3F9LA 2OE4X 220LA 1C6DA 1CU5A 1L14A 223LA 1C6EA 1L73A 4PK0A 150LA 1L66A 3HH5A 141LA 164LA 1L17A 1L31A 4EPIA 144LA 1P46A 1L16A 254LA 1DYFA 1L53A 2HULA 4I7LA 1QTDA 1ZURA 1QSBA 1L71A 1QUGA 214LA 1CU2A 3HUAA 1L12A 1L38A 4I7JA 155LA 1L07A 1D2YA 3HTBA 3HUQA 3CDTA 2B6WA 1QT8A 201LA 3C7YA 1JQUA 1L29A 159LA 3DN4A 1L76A 1LLHA 4K5YA 1DYGA 2A4TA 128LA 1L11A 2OE7X 1DYEA 115LA 258LA 3C8SA 4W59A 3DN8A 4W53A 2RBNA 1SWZA 231LA 1L04A 174LA 1C6QA 1LYDA 1LYJA 216LA 1D3NA 3FADA 1T6HA 1L62A 247LA 4EKSA 1CVKA 3GUMA 4I7PA 1L28A 230LA 1DYDA 233LA 2NTGA 1SX7A 1L99A 1LYEA 3JR6A 2Z6BA 1L88A 7LZMA 1L46A 148LE 1CU3A 1G0LA 1C60A 1SSYA 259LA 257LA 2L78A 1P6YA 2OU8A 151LA 1L03A 3DMVA 1C6IA 110LA 1T97A 4LDEA 125LA 3V2WA 234LA 2B6ZA 3CDRA 3CDOA 1L57A 1LI3A 2IGCA 103LA 119LA 4ARMA 4AQNA 2B72A 2CUUA 2OE9X 1L50A 2RAZX 1LYIA 162LA 1SWYA 1L0JA 1L68A 3CDVA 212LA 3GUIA 229LA 3RZEA 3HT9A 215LA 4DKLA 1L42A 165LA 1JTNA 250LA 221LA 1C64A 161LA 252LA 108LA 191LA 209LA 1CU6A 1LYHA 2B6TA 3NY8A 1L70A 1G0MA 1QUHA 200LA 1L33A 4LZMA 1LI2A 3HDFA 4YXAC 1LYGA 213LA 1KNIA 3NYAA 4W52A 224LA 2QB0B 1XJTA 256LA 1C6CA 2RB1X 1L27A 3GULA 1OWYA 173LA 232LA 1L37A 2RH1A 3HH3A 1L32A 175LA 2F47A 5LZMA 3GUNA 1L86A 1D3MA 1QT4A 2ANVA 1G0KA 2OU0X 3HT8A 3RUNA 1L30A 123LA 4I7OA 2ANXA 1CV1A 1L22A 3CDQA 2OTYX 3C81A 1PQKA 1L35A 3HTGA 1QTVA 1G0QA 3C7ZA 3DN3A 180LA 1PQOA 1L48A 196LA 1ZWNA 1P5CA 1LGWA 1T8GA 178LA 1LW9A 190LA 3PBLA 4I7RA 4IAPA 1L20A 172LA 1L87A 146LA 1G0PA 3HUKA 1L51A 1L52A 1CTWA 126LA 1L44A 3LZMA 2OEAX 222LA 1C6LA 1L77A 1L09A 168LA 1QTCA 3UONA 3G3XA 149LA 2B74A 4EKPA 1QT6A 206LA 177LA 249LA 3HH4A 3HT7A 1L96A 1D3FA 4EPFA 156LA 157LA 167LA 1L61A 169LA 129LA 1OV5A 1C6AA 1L60A 2RB2X 4GRVA 3SBAA 2HUMA 2RAYX 163LA 192LA 1LI6A 1KY1A 3OE6A 137LA 3C7WA 1QS5A 3VW7A 1C6HA 239LA 2RBOA 4LDLA 210LA 1L59A 181LA 1P37A 3NY9A 1CV4A 3L2XA 3EMLA 1LGXA 4ARQA 3HU8A 3OE8A 166LA 1L84A 1C6PA 4ARJA 1L47A 1C68A 1KS3A 1L49A 1OVKA 189LA 1C6GA 1CUPA 118LA 1DYCA 1L08A 3ODUA 3HU9A 1D9WA 1L06A 1C6KA 2B75A 2RB0X 2RBSA 112LA 1QUDA 130LA 3HWLA 240LA 1L21A 1CU0A 1C62A 1OWZA 3SB6A 187LA 2LCBA 242LA 2B70A 107LA 1I6SA 3DN1A 1L13A 261LA 195LA 4LDOA 4EKQA 1L0KA 1P64A 1QTHA 3SB5A 4EJ4A 1PQIA 1P2LA 246LA 1G0GA 3HT6A 1XEPA 2B7XA 225LA 3FA0A 2LZMA 3K2RA 211LA 205LA 1L25A 1G1VA 4YXCA 4ZPUA 3G3WA 1L45A 1L83A 1C6MA 1L85A 1CX6A 3HH6A 1C6BA 143LA 4ARMB 1L55A 4DAJA 1L97A 4ARLA 3SB7A 1CUQA 3HTFA 1NHBA 2NTHA 2OTZX 1L75A 4I7TA 1KW5A 260LA 1QTZA 4I7KA 127LA 1L18A 1P2RA 1LPYA 4OO9A 2B73A 1QT7A 1L94A 2RBQA 1L69A 3PDSA 1C6FA 1L15A 245LA 1L91A 2QARC 1WTHA 1L95A 1L90A 4I7QA 3C8QA 1CV5A 1P7SA 3QAKA 3SB8A 1C61A 241LA 120LA 3DNAA 1DYBA 1L54A 1L36A 262LA 2Q9DA 1ZYTA 1L82A 4GBRB 1C65A 1QT5A 2RBRA 4W54A 1L00A 5I14A 3OE9A 1L02A 218LA 227LA 1OVJA 1PQMA 1K28A 243LA 4W55A 1LWKA 185LA 1L81A 253LA 238LA 139LA 4I7MA 4W51A 251LA 113LA 4I7NA 217LA 3GUPA 1LGUA 184LA 3C80A 3SBBC 1CV0A 4YX7C 1KW7A 1P36A 1SX2A 1L89A 3C8RA 152LA 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZAA 5KJ9A 188LA 1B5YA 1L67A 1C69A 2LC9A 1BWHA 114LA 3GUKA 2B6XA 4PJ2C 5B05A 248LA 4HPEA 4FDYA 4H9HA 5LXWA 1FKVA 145LA 3WXTA 3W6FA 1GBOA 158LA 1TDYA 1HEOA 1D2WA 1B5UA 176LA 1B7LA 1HSWA 4QY9A 4WG1A 4YEOA 3HTDA 3DN2A 1OUHA 1WVVA 1YANA 5KKJA 1HFYA 4ETDA 1YIKA 4EXMA 1IOCA 3DMZA 1IR9A 1BGIA 1C45A 4WM5A 1XJUA 5L3IA 1AKIA 111LA 1FLYA 1B7SA 1B0DA 1GBZA 4W57A 3WVYA 4B4IA 2BQHA 1F6RA 1SLYA 4IATA 4E97A 1F0WA 1G07A 1T8AA 1C66A 237LA 6LZMA 1QTBA 4TWSA 4S0WA 4DD3A 1INUA 1L56A 226LA 3RT5X 1XGTC 3DKEX 3HBDA 1LHJA 2VB1A 1LMQA 1UC0A 6LYZA 1CV6A 1XGQC 1C6TA 1GFAA 3DN0A 1EQ5A 2F2QA 109LA 2Q9EA 4RDSA 4U3XB 1C6DA 223LA 1ZVHL 1UIDA 1GD6A 3EMSA 1L17A 2BQCA 4Z41A 1QTKA 144LA 5F9XA 1WQOA 1QTDA 1QSBA 1HFZA 1JISA 4HTNA 1GXXA 3WVXA 4I7JA 4DT3A 1IC5Y 2LZ2A 5FELA 5C6IA 3WH1A 1JKAA 1IOQA 1B7PA 1OUJA 2B6WA 3AGGG 5LVJA 5II3A 1HMLA 3TMXA 4WM6A 5ILFA 1YL0X 5LYZA 3LYMA 1JTOL 159LA 3GXRA 4WM4A 1B9OA 1IP3A 2Z18A 1L11A 2OE7X 1IY4A 1LKRA 1DYEA 4W59A 1GB0A 1CJ6A 2RBNA 3AJNA 1LYJA 2N5ZA 1D3NA 2EQLA 2W1LA 2LYZA 1LYYA 1DKJA 1IVMA 1MLCE 2PC2A 1I20A 1DYDA 4H9AA 1GFGA 1WQMA 1LYEA 1LSCA 1G0LA 4ZEEA 1C60A 259LA 2L78A 4ZFPA 3TXIA 5L9JA 125LA 3V2WA 1JPOA 4NGLA 4OWAA 4WMGA 1GEZA 1LSYA 3A94A 4NGIA 1W08A 1RJCB 119LA 4ARMA 4XN6A 5KXPA 2MEGA 1SWYA 1L0JA 4Z98A 212LA 1HNLA 1WQNA 1BHZA 1B5VA 1LYHA 3NY8A 2DQHY 1G0MA 1QUHA 4WO9A 1LI2A 1XGPC 1QDRA 213LA 1KNIA 4W52A 2QB0B 2ZNXY 2C8PA 5B59A 1HEQA 3HH3A 3J6KA 1GAZA 1D0KA 4GLAA 1QT4A 4YEMA 3HFMY 3RUNA 123LA 1GFTA 2ANXA 3CDQA 2OTYX 2DQFC 1QTVA 3C7ZA 3HTGA 4II8A 1P5CA 5DL9A 1LJHA 1JJ0A 4I7RA 1RCMA 1FLQA 2ZYCA 1G0PA 1OUDA 1L51A 1JTTL 1XEIA 3ZVQB 1L44A 4O34A 222LA 1LYSA 3CSRA 4L41A 2YBLA 1L09A 2MEFA 1QTCA 2BQOA 2Z2EA 149LA 1EL1A 1QT6A 3D9AC 249LA 2LYMA 3HH4A 4HP0A 3TXJA 1LCNA 4EPFA 1REXA 157LA 4B49A 1OV5A 3SBAA 137LA 3VW7A 3T36A 5EBHA 2ZQ3A 4LDLA 1LYOA 1OUAA 1GB3A 1UUZC 4PRQA 5KXOA 4AGAA 1UICA 1KS3A 1QIOA 189LA 2Z38A 2Z37A 1L08A 1QUSA 4EMNA 4N0JA 1C46A 1D9WA 1L06A 2MEBA 4BS7A 4GCFA 2RBSA 4X3BA 1GFUA 2EKSC 1CU0A 1C62A 3SB6A 1IC4Y 187LA 1LSBA 2Y8PA 1L13A 3BKHA 3WU8A 4GCEA 1WQPA 1GB2A 1VDPA 1L0KA 4H9FA 3HT6A 1TAYA 2B7XA 7LYZA 3K2RA 1LJ3A 1HC0A 5IDDA 4HJZA 1H6MA 1L83A 1L85A 1AT5A 1C6BA 143LA 5IHGA 5KXMA 2D4KA 3WPLA 1CUQA 4H92A 1NHBA 2NTHA 4NSJA 5T3FA 4ML7A 1GFVA 1FDLY 1LZDA 4NG1A 2BLYA 4OO9A 1LJKA 1HELA 4UWNA 1L69A 193LA 1CJ8A 1L15A 1L91A 1WTHA 2BQNA 3AW7A 1P7SA 3QAKA 1BB4A 3QNGA 3TMUA 241LA 1CKDA 1L54A 1L36A 262LA 1MELL 2Q9DA 1IOSA 2RBRA 3G3BB 1LZRA 3AGIA 2EPEA 2YSSC 1SQ2L 2HU3A 4WLXA 1IY3A 1PQMA 1K28A 5F9UA 2HEEA 4W55A 1LWKA 3LZ2A 4I7MA 2Z12A 1OUBA 5I4WA 1LZ8A 251LA 4LFPA 3GUPA 1KW7A 1AT6A 1L89A 5C6LA 4XJIA 4C3WA 3A6CY 1OUIA 2FBDA 5KXTA 3MGWA 1KXYA 1UIEA 3HDEA 1L05A 1C6NA 1GB6A 3GUJA 5DN5A 9LYZA 3B0IA 3F8VA 5KXKA 1C6JA 4NHQA 1EPYA 1OYUA 3SB9A 1UACY 182LA 4G4BA 4W94A 2BQJA 1GFJA 1LJJA 1A4VA 3LZTA 3SN6R 170LA 1L40A 4N1CC 3A93A 1GHLA 2RBPA 4DJHA 3N9EA 1SSWA 140LA 1OUFA 4ARQB 2MEAA 1D6QA 1L63A 1D3JA 2A7DA 1GB9A 4CFPA 3ZEKA 1YKXX 2AUBA 1OVHA 3DN6A 2O7AA 199LA 4GN5C 4NGZA 1VDSA 2Z19A 2G4NA 4GCBA 1GF0A 1LZGA 3RW8A 2OU9A 5D5FA 1LYFA 1L93A 1PQDA 2XJWA 5J7CA 4W58A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZA A;  5KJ9 A;  188L A;  1B5Y A;  1L67 A;  1C69 A;  2LC9 A;  1BWH A;  114L A;  3GUK A;  2B6X A;  4PJ2 C;  5B05 A;  248L A;  4HPE A;  4FDY A;  4H9H A;  5LXW A;  1FKV A;  145L A;  3WXT A;  3W6F A;  1GBO A;  158L A;  1TDY A;  1HEO A;  1D2W A;  1B5U A;  176L A;  1B7L A;  1HSW A;  4QY9 A;  4WG1 A;  4YEO A;  3HTD A;  3DN2 A;  1OUH A;  1WVV A;  1YAN A;  5KKJ A;  1HFY A;  4ETD A;  1YIK A;  4EXM A;  1IOC A;  3DMZ A;  1IR9 A;  1BGI A;  1C45 A;  4WM5 A;  1XJU A;  5L3I A;  1AKI A;  111L A;  1FLY A;  1B7S A;  1B0D A;  1GBZ A;  4W57 A;  3WVY A;  4B4I A;  2BQH A;  1F6R A;  1SLY A;  4IAT A;  4E97 A;  1F0W A;  1G07 A;  1T8A A;  1C66 A;  237L A;  6LZM A;  1QTB A;  4TWS A;  4S0W A;  4DD3 A;  1INU A;  1L56 A;  226L A;  3RT5 X;  1XGT C;  3DKE X;  3HBD A;  1LHJ A;  2VB1 A;  1LMQ A;  1UC0 A;  6LYZ A;  1CV6 A;  1XGQ C;  1C6T A;  1GFA A;  3DN0 A;  1EQ5 A;  2F2Q A;  109L A;  2Q9E A;  4RDS A;  4U3X B;  1C6D A;  223L A;  1ZVH L;  1UID A;  1GD6 A;  3EMS A;  1L17 A;  2BQC A;  4Z41 A;  1QTK A;  144L A;  5F9X A;  1WQO A; 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