1L98A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFEMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l98A00
4I7OA 4EKRA 4E97A 160LA 1QUOA 1OVHA 243LA 1CU3A 3OE9A 1QT4A 1C64A 1LYEA 1LI2A 147LA 2B6TA 3FI5A 3HT6A 3UONA 1KNIA 1T97A 1D9WA 225LA 1L22A 2F47A 119LA 3SB6A 1LLHA 112LA 2A4TA 1L83A 4ARPA 3GUKA 1L20A 1LI6A 2RBRA 3PBLA 1L12A 1CUQA 1L34A 1OV7A 2RBNA 1L30A 195LA 232LA 255LA 1L44A 1CVKA 226LA 2F32A 1D2WA 3DN2A 1L36A 1QTVA 1LWGA 1P2LA 3CDTA 3HUAA 3G3VA 1CU2A 4I7SA 122LA 1L58A 1PQOA 1L49A 1CV3A 4EKSA 3SB7A 177LA 1KY1A 3HDFA 186LA 1SX2A 1G1VA 4I7TA 4LDEA 1LYGA 2RB1X 120LA 3ODUA 4W55A 2QARC 178LA 3HH3A 180LA 4W53A 1L72A 4EPFA 1SX7A 1L29A 1G07A 2OE7X 157LA 1L0JA 3RZEA 2LC9A 167LA 187LA 1C6JA 1D3JA 125LA 185LA 261LA 1L42A 227LA 1C6KA 4AQNA 2F2QA 126LA 1L26A 1CUPA 3L64A 4I7RA 3HTDA 6LZMA 1QTZA 3GUNA 2ANXA 4W56A 174LA 1G0QA 1L82A 1L86A 1LYFA 1L56A 108LA 1L04A 3GUPA 155LA 1T8GA 1EPYA 1LYJA 4ARMA 1DYGA 1LPYA 218LA 2Q9EA 2RAYX 1XJUA 242LA 2OTZX 214LA 251LA 130LA 3HU9A 1DYAA 172LA 1QT8A 212LA 3HH6A 1C6GA 1G0LA 1L24A 3VW7A 150LA 2RBOA 1L63A 2B74A 1SWYA 146LA 1L16A 3NY8A 148LE 4ARQB 3DN6A 2Z6BA 1C6TA 4S0WA 3HT7A 164LA 1I6SA 1CV5A 1P56A 1D3FA 1P3NA 2NTHA 2RAZX 3GUJA 3HUKA 3F9LA 3GUMA 3HTGA 4I7LA 4YXAC 103LA 3DNAA 3C8SA 1C67A 2B7XA 3QAKA 2O4WA 2NTGA 3OE0A 138LA 1L25A 3DN1A 1QTCA 3C80A 168LA 143LA 1P7SA 235LA 2RB0X 1XJTA 163LA 1KW5A 3HTBA 4LZMA 1QT5A 1D2YA 1OYUA 3C81A 260LA 3DN4A 3HWLA 3HH4A 1CU0A 244LA 1XEPA 1L17A 3L2XA 113LA 4EKPA 4ARLA 1C6NA 258LA 2LCBA 1L65A 1NHBA 1OVKA 4I7MA 262LA 241LA 3C82A 131LA 4I7PA 213LA 1G0MA 2LZMA 3DN0A 3C8RA 3V2YA 190LA 1QTBA 1L61A 1L81A 1C6CA 2RH1A 1C6FA 1LYDA 188LA 210LA 1P46A 1L14A 1L59A 1L68A 3HUQA 3SN6R 109LA 1C6HA 3G3WA 3CDOA 1CV1A 111LA 1L33A 1L57A 152LA 1C6AA 219LA 1L11A 171LA 3NY9A 1ZURA 145LA 1L23A 159LA 1L46A 191LA 1L79A 3HTFA 7LZMA 259LA 3GUIA 165LA 1K28A 140LA 1LGUA 1P5CA 1L60A 4EKQA 137LA 3HDEA 1SSYA 4LDOA 223LA 234LA 1KY0A 1P6YA 3OE8A 1QS9A 1L50A 1QSQA 200LA 1TLAA 1DYCA 1L21A 4W59A 221LA 2B72A 4DKLA 151LA 114LA 1L47A 1QT6A 257LA 166LA 3HU8A 1C63A 4LDLA 1DYBA 4K5YA 1OWYA 3OE6A 3CDVA 4EXMA 1C62A 1L00A 1L01A 1L48A 1L80A 2QB0B 1L0KA 3DN8A 2OE4X 1C65A 2L78A 1L09A 205LA 1L76A 3DMXA 3SB9A 169LA 3C83A 2Q9DA 1L87A 1L62A 3C8QA 1CTWA 141LA 1C66A 1CX6A 3CDQA 118LA 4OO9A 1L89A 1QUGA 3GUOA 149LA 239LA 1CV4A 1L93A 238LA 3NYAA 254LA 1QUDA 3DMVA 1QTHA 2B6YA 2HULA 3HH5A 175LA 1CX7A 2RBPA 1L67A 3RUNA 1L35A 1L95A 1LYIA 127LA 1QTDA 1OVJA 184LA 1L05A 1L13A 1D3MA 1L96A 228LA 176LA 4I7NA 4YXCA 199LA 123LA 1CU6A 3DKEX 107LA 4I7KA 1QUHA 1WTHA 3PDSA 224LA 4ARQA 1L54A 1C6BA 1L02A 1C6QA 253LA 1L19A 1L77A 1L98A 1L91A 189LA 1PQJA 2RB2X 1L70A 1L28A 2OE9X 3SB5A 1PQIA 1CV6A 1JTMA 1L45A 4EPIA 142LA 156LA 1LYHA 1L71A 1L51A 1L97A 1PQDA 245LA 2RBSA 1L32A 4EJ4A 220LA 4W52A 2OU9A 1SWZA 4I7QA 170LA 1G1WA 197LA 4I7JA 1LWKA 229LA 1L74A 1L88A 248LA 1C61A 3JR6A 4W58A 173LA 1DYDA 1L90A 1L64A 4W57A 1L85A 1OV5A 2O79A 1PQMA 236LA 182LA 3GULA 1QT7A 2HUMA 1P64A 1LGXA 2B6WA 3C7ZA 4DAJA 1L41A 209LA 2B75A 4ZPUA 1L75A 3HT8A 4YX7C 1G06A 1L69A 252LA 2RBQA 1QSBA 1ZYTA 1L37A 1T8FA 1G0KA 233LA 183LA 4DJHA 4PK0A 1C6IA 104LA 1OWZA 181LA 1P2RA 1LI3A 250LA 1L52A 3FADA 3V2WA 1JQUA 1C6DA 1C6LA 1L40A 1QS5A 201LA 4IAPA 222LA 215LA 1L94A 1L08A 1KS3A 1L92A 3D4SA 4GBRB 1L31A 1LGWA 115LA 4ARMB 1B6IA 1L10A 1P36A 2CUUA 4W54A 1G0PA 2IGCA 129LA 1LW9A 1C6PA 249LA 1C68A 1D3NA 1T8AA 1L39A 1L53A 3EMLA 2OU8A 3F8VA 1P37A 1L15A 1C69A 1L84A 161LA 206LA 1C6MA 247LA 2B73A 1G0GA 1T6HA 1KW7A 3DMZA 237LA 162LA 139LA 3K2RA 1L27A 1L18A 1L07A 1DYFA 231LA 3SBBC 2O7AA 1L66A 4PJZA 5LZMA 4W51A 4ARJA 246LA 4GRVA 110LA 5I14A 2ANVA 196LA 1L73A 1CV0A 1QT3A 3SB8A 1L43A 158LA 256LA 3HT9A 1JTNA 1L99A 211LA 1PQKA 240LA 3C7YA 1C6EA 1ZWNA 2OEAX 2OTYX 216LA 1L55A 3FA0A 2HUKA 1L03A 230LA 3C7WA 1CU5A 1L06A 2OU0X 2B6XA 3LZMA 2B6ZA 198LA 3DN3A 1SSWA 102LA 1G0JA 1L38A 217LA 3CDRA 144LA 3G3XA 1DYEA 128LA 1C60A 192LA 2B70A 3SBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J6KA 5KXWA 5B05A 4EKRA 5L3IA 2I6ZA 4NWHA 1CKHA 1NBYC 1GF3A 3OE9A 2EQLA 2B6TA 3UONA 3FI5A 4M6DA 2DQEY 3B0KA 6LYTA 4NGIA 112LA 1HEWA 3EBAB 1HERA 3PBLA 2RBNA 195LA 232LA 2EIZC 3GXKA 1L44A 4XJFA 5DN4A 3DN2A 4NSGA 1LSGA 3HUAA 3CDTA 1LJKA 1CU2A 1REMA 122LA 1NWGA 4KT3A 1GF4A 5HNCA 1CJ9A 1DKJA 186LA 1LHIA 4XJBA 1YAOA 4I7TA 4LDEA 1LYGA 1GAYA 2QARC 1IC7Y 2H9KA 1L29A 157LA 3AB6A 1IWUA 5HMVA 4HJVA 1ALCA 187LA 1JKBA 3A95A 4H94A 3WPKA 5A3EA 4WL6A 4NSJA 3WW6A 4I7RA 6LZMA 4W56A 4LYCA 4UWVA 3VWOA 1B7SA 1JIYA 1L56A 108LA 3GUPA 1T8GA 2RAYX 1XJUA 4DD1A 214LA 1VAUA 2D91A 3N9AA 1WTMA 1D0MA 4J1AA 4LZTA 3AW6A 1SWYA 4ARQB 2HEBA 3LYZA 1LJEA 2Z6BA 4S0WA 3WXTA 1GPQC 4H8YA 4H9HA 5C6IA 1I6SA 1WVUA 1BWHA 1LAAA 1GDWA 4OWAA 4I7LA 103LA 1C67A 1GHLA 2B7XA 2MEAA 3CSRA 4CGEA 1REYA 2B5ZA 138LA 3DN1A 3C80A 143LA 1J1PY 2F2NA 2RB0X 1G7LC 5E4PA 1GBWA 3A92A 2ZQ3A 1QT5A 4LZMA 194LA 1NF5A 1D2YA 3T6UA 1QSWA 4NHTA 4NGKA 3DN4A 4UWNA 1CU0A 2BQDA 3QE8A 2HEFA 1L17A 3L2XA 1WQRA 4MSTA 4ARLA 1DPWA 2CDSA 241LA 5FSTA 131LA 2MEFA 213LA 3V2YA 3BKVA 1HFYA 1L61A 2DQHY 2ZYCA 3QY4A 4B4IA 3AGGG 1JEFA 1BVXA 3HUQA 109LA 2G4QA 3CDOA 1GFAA 153LA 1L57A 1G7IC 5KXZA 152LA 1OUAA 3A90A 171LA 2MEDA 1JHLA 1ZURA 4XJDA 1T3PA 4NSHA 1L46A 1BB5A 1D9UA 1AZFA 5IDDA 1L60A 3G3AB 137LA 4YF2A 2HU3A 4WM5A 5KXMA 223LA 1KY0A 4RDSA 3OE8A 1L50A 151LA 1L47A 1QT6A 4PPOA 1C63A 4LDLA 1QIOA 3W6CA 2BQMA 3W6BA 5I54A 1C62A 1L80A 2QB0B 5I4YA 1L76A 4ML7A 1P2CC 2MECA 2ZNXY 5I4XA 1JSEA 5LYMA 2DQDY 1L62A 1IORA 1C66A 4OO9A 1L89A 1QUGA 1LCNA 4WG7A 254LA 3DMVA 2HULA 3HH5A 1LJIA 1L67A 1REXA 2YBIA 1LYIA 2ZYPA 1SQ2L 1CU6A 4H9BA 3AZ5A 4I7KA 1WTHA 4ARQA 1C6BA 2MEEA 5DN5A 253LA 3OJPA 3W3EA 2DQGY 1NKHA 1B7NA 4FDYA 4NSIA 1GBXA 4B49A 189LA 2I25L 2RB2X 1LZAA 133LA 5DM9A 1PQIA 1JTMA 1QDRA 156LA 2LZ2A 1B7OA 1IC5Y 1JUGA 1LSPA 1DI3A 1GXXA 245LA 2WARA 1L32A 1LHJA 1IC4Y 1HFXA 1F10A 1J1XY 1G1WA 248LA 4ZIXA 1DYDA 4G4BA 1I20A 1L85A 1OV5A 2O79A 5D5FA 5LYZA 3GULA 4KXIA 1B7PA 5KXYA 3QNGA 1FLYA 4H93A 1GE3A 2W1LA 4TWSA 3WUMA 4YENA 1CJ7A 1IP4A 2EKSC 4DQ7A 252LA 1TEWA 4XJIA 1L37A 4ZFPA 4ETEA 1G0KA 1OWZA 1LI3A 1FDLY 4WLXA 250LA 1JQUA 1GBSA 1QS5A 3CQLA 1L08A 1IP1A 4AGAA 1HMKA 4ET8A 1LKSA 3FI7A 1UUZC 2BPUA 1GE0A 2ZIJA 1D3NA 1IWXA 2OU8A 1ZMYL 3TXIA 206LA 134LA 247LA 1G0GA 3TXHA 3DMZA 1CJ8A 237LA 1HMLA 2DQAA 3SBBC 5LZMA 1CKDA 4W51A 3CB7A 4ARJA 1T6VL 110LA 2ANVA 1L73A 1CV0A 3SB8A 1L43A 158LA 1YANA 2W1XA 4PJ2C 1C6EA 2OEAX 1IP6A 3TMVA 1L06A 1BGIA 198LA 1LJHA 2X0AA 3N9CA 3LZ2A 1C60A 2B70A 1LZRA 1D6PA 4HV2A 3SBAA 3LZTA 1IP3A 1D0LA 1LJGA 4NHIA 1B5VA 1ZV5L 1IY3A 1QT4A 1W6ZA 1LI2A 1JJ1A 5D5CA 2F47A 3WH1A 4XJHA 1HEOA 1LLHA 2A4TA 2Z12A 1L83A 1L20A 3WUNA 7LYZA 1LZDA 255LA 2GV0A 1LZ4A 3B6LA 1JKAA 4N5RA 1WQNA 2MEHA 1L36A 5KXPA 4I8SA 1NDGC 3AZ4A 4I7SA 3WYHA 1TBYA 1L58A 3WVXA 3SB7A 1KY1A 1LKRA 1F6SA 2Z38A 1GB0A 2RB1X 3E3DA 1IOQA 3HH3A 180LA 4W53A 1GB7A 4N8ZA 1L0JA 3RZEA 5II3A 2CWIA 3HBHA 4WM1A 227LA 3LYOA 1GBOA 4LGKA 1UIGA 2F2QA 1YQVY 126LA 5HMJA 1CUPA 3L64A 3KAMA 4IJ4A 3WL2A 4H9FA 174LA 1BWJA 1LZBA 155LA 1EPYA 1DYGA 1LPYA 5KXNA 1XFPL 2LYZA 1GB3A 4NGYA 6LYZA 251LA 1FN5A 3WU8A 3HBEX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3J6K A;  5KXW A;  5B05 A;  4EKR A;  5L3I A;  2I6Z A;  4NWH A;  1CKH A;  1NBY C;  1GF3 A;  3OE9 A;  2EQL A;  2B6T A;  3UON A;  3FI5 A;  4M6D A;  2DQE Y;  3B0K A;  6LYT A;  4NGI A;  112L A;  1HEW A;  3EBA B;  1HER A;  3PBL A;  2RBN A;  195L A;  232L A;  2EIZ C;  3GXK A;  1L44 A;  4XJF A;  5DN4 A;  3DN2 A;  4NSG A;  1LSG A;  3HUA A;  3CDT A;  1LJK A;  1CU2 A;  1REM A;  122L A;  1NWG A;  4KT3 A;  1GF4 A;  5HNC A;  1CJ9 A;  1DKJ A;  186L A;  1LHI A;  4XJB A;  1YAO A;  4I7T A;  4LDE A;  1LYG A;  1GAY A;  2QAR C;  1IC7 Y;  2H9K A;  1L29 A;  157L A;  3AB6 A;  1IWU A;  5HMV A;  4HJV A;  1ALC A;  187L A;  1JKB A;  3A95 A;  4H94 A;  3WPK A;  5A3E A;  4WL6 A;  4NSJ A;  3WW6 A;  4I7R A;  6LZM A;  4W56 A;  4LYC A;  4UWV A;  3VWO A;  1B7S A;  1JIY A;  1L56 A;  108L A;  3GUP A;  1T8G A;  2RAY X;  1XJU A;  4DD1 A;  214L A;  1VAU A;  2D91 A;  3N9A A;  1WTM A;  1D0M A;  4J1A A;  4LZT A;  3AW6 A;  1SWY A;  4ARQ B;  2HEB A;  3LYZ A;  1LJE A;  2Z6B A;  4S0W A;  3WXT A;  1GPQ C;  4H8Y A;  4H9H A;  5C6I A;  1I6S A; 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