1L99A

Perturbation of trp 138 in t4 lysozyme by mutations at gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFGMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Perturbation of Trp 138 in T4 lysozyme by mutations at Gln 105 used to correlate changes in structure, stability, solvation, and spectroscopic properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l99A00
1L30A 1CUPA 234LA 2QB0B 3C7YA 1KNIA 1TLAA 3GUKA 1G07A 2IGCA 1L32A 3SB5A 4ARMA 162LA 1C67A 1L22A 4W57A 188LA 1G0GA 1KW5A 1PQKA 1L60A 1NHBA 1LYEA 1CU3A 2CUUA 2B6ZA 1SWZA 1L94A 137LA 1C6MA 3C8SA 216LA 2RB0X 2B6XA 3HH6A 1P37A 1G1WA 1LI2A 2RBOA 1C6PA 1L46A 238LA 3PBLA 1OYUA 3HDFA 1L61A 3C83A 169LA 1SWYA 1L29A 1C6DA 1D9WA 1LYGA 2B70A 3CDRA 1CVKA 1L89A 230LA 1D2YA 1L65A 159LA 1CX7A 3RUNA 1L63A 3LZMA 198LA 3NY9A 3HTDA 1G06A 191LA 1L04A 174LA 1QT3A 1L08A 1L91A 199LA 3D4SA 1QSBA 3G3WA 1L70A 235LA 4PK0A 2Z6BA 149LA 4EKRA 129LA 1QS5A 107LA 1L14A 2OU0X 2B75A 4LZMA 3DMZA 127LA 3OE6A 2B6WA 1L76A 218LA 1L83A 2RBQA 1G0QA 102LA 1C63A 3G3VA 3HUAA 2RAYX 1C6LA 1QT4A 2B74A 1CX6A 123LA 3SBBC 4EKPA 224LA 180LA 1L69A 1L06A 1L09A 214LA 2ANVA 4W56A 164LA 1QTCA 1L40A 206LA 1L20A 3ODUA 1P64A 3NY8A 4ARQB 1QSQA 1ZYTA 3VW7A 1L16A 5I14A 1C62A 1G0MA 4I7OA 4GRVA 3RZEA 212LA 3FADA 2OTYX 141LA 1C65A 1L10A 156LA 1DYFA 2OTZX 245LA 1C6KA 108LA 118LA 2A4TA 259LA 1ZWNA 1QUGA 3QAKA 4DKLA 1LWGA 1L87A 3HTGA 1L85A 172LA 163LA 1L37A 3SB7A 240LA 4W54A 1CV6A 1OWYA 4YXAC 4W58A 112LA 1CU5A 201LA 158LA 2LCBA 1L66A 3GULA 182LA 1C6IA 147LA 1L02A 4ARMB 2RBSA 1L80A 1C6CA 1C6QA 3GUNA 248LA 1C6JA 140LA 3DMVA 3DN8A 4I7KA 3V2YA 1CV1A 222LA 3HH5A 1L42A 2O4WA 1PQIA 1P3NA 1PQDA 1C64A 3HWLA 1CU6A 196LA 1C6GA 1L86A 3CDTA 1C68A 2B6TA 2OEAX 1P2LA 122LA 2OE4X 223LA 1L38A 2L78A 1QTBA 1L96A 1L93A 1DYBA 4GBRB 1SSWA 3CDQA 3G3XA 1L95A 209LA 3CDOA 1L19A 1WTHA 1LWKA 1C60A 167LA 1L45A 1JTNA 3DNAA 3PDSA 4ARJA 1QTVA 1DYCA 2OU8A 4EKSA 3HT9A 3C7ZA 241LA 168LA 2HULA 1L49A 1CV3A 1B6IA 247LA 6LZMA 1DYDA 1K28A 1L92A 215LA 262LA 3HDEA 4IAPA 261LA 166LA 1XJTA 1L26A 4ARLA 119LA 1L53A 125LA 4I7RA 1CU2A 128LA 1D3NA 1L0KA 138LA 4EXMA 1L71A 171LA 3F9LA 185LA 1P2RA 1L48A 1CTWA 2B72A 1L01A 1ZURA 1KY0A 1L00A 3GUIA 1P56A 2RB2X 219LA 1L34A 255LA 3C81A 3SB9A 1C6TA 2HUMA 1QT8A 1L90A 1OVJA 1L47A 4I7LA 1L99A 1L03A 227LA 3F8VA 1L59A 1OVHA 2F32A 3FI5A 205LA 3DN4A 1G0JA 1CV4A 1T8FA 2O7AA 3C82A 221LA 1P7SA 181LA 1L64A 1L54A 1CUQA 1L77A 4I7SA 155LA 1C6BA 1LYFA 4I7NA 1L73A 184LA 252LA 3CDVA 114LA 143LA 1T6HA 1L98A 1PQOA 111LA 1L39A 1L82A 4LDEA 1C6NA 220LA 1L57A 233LA 2HUKA 1QUOA 3C8QA 2Q9EA 144LA 113LA 3SB6A 1G1VA 160LA 260LA 2ANXA 175LA 1T8AA 1LW9A 115LA 183LA 1EPYA 1L18A 3HT8A 1SX7A 4W55A 131LA 4I7JA 1JTMA 1LI6A 3V2WA 1C69A 256LA 239LA 1LYHA 2OE9X 120LA 1KS3A 3NYAA 232LA 1L79A 1P5CA 1CV5A 1QTZA 3C8RA 3OE0A 2B6YA 1L74A 4LDOA 126LA 1L13A 243LA 4S0WA 2NTGA 1L0JA 1L35A 210LA 3OE9A 2F2QA 250LA 1OVKA 1LGXA 1D3JA 242LA 1L21A 189LA 3L2XA 2RBPA 1L31A 3DN0A 1L84A 3HU9A 1QUDA 1LI3A 109LA 251LA 1L28A 4I7TA 1P36A 178LA 1P46A 4YX7C 130LA 1PQMA 1T8GA 104LA 1L27A 1L88A 228LA 3L64A 3SB8A 1P6YA 1L23A 4LDLA 1QUHA 3SBAA 1QTDA 1L15A 4EPFA 4YXCA 246LA 3DN1A 4I7PA 1QS9A 1LYJA 151LA 1L50A 173LA 236LA 3JR6A 176LA 1C61A 190LA 3GUOA 186LA 1C6EA 1QTHA 4DJHA 3K2RA 1G0PA 1L51A 195LA 1L17A 1C6AA 103LA 1DYAA 148LE 1L43A 3DN6A 1L55A 1L41A 3DMXA 4I7MA 110LA 2QARC 1QT6A 2OU9A 211LA 1D3FA 1L52A 1L62A 258LA 1LYIA 253LA 3DKEX 1L97A 177LA 2RB1X 225LA 3HU8A 150LA 1L67A 1D2WA 1I6SA 139LA 142LA 1L56A 192LA 4DAJA 231LA 1SX2A 5LZMA 4E97A 1C6FA 4AQNA 1L72A 1L07A 3GUPA 1DYEA 1LGWA 1L25A 4K5YA 244LA 217LA 1G0KA 1DYGA 200LA 165LA 3HUKA 4EPIA 1LGUA 3FA0A 1L11A 145LA 1L58A 1QT5A 3EMLA 1L24A 1T97A 2F47A 1G0LA 3HT7A 2RH1A 4I7QA 4ARPA 157LA 1XEPA 4OO9A 197LA 1OWZA 1L12A 4ZPUA 3GUJA 161LA 226LA 1OV5A 1LPYA 1XJUA 1OV7A 2NTHA 237LA 3C7WA 2B73A 4EKQA 3GUMA 1L33A 3OE8A 4EJ4A 1L75A 1L68A 146LA 1KW7A 1SSYA 257LA 3C80A 249LA 1QT7A 1PQJA 2B7XA 2RBNA 4W59A 4ARQA 1D3MA 3HT6A 3HUQA 152LA 1C6HA 1CV0A 2Q9DA 1L05A 3HTFA 170LA 2RAZX 3HTBA 187LA 229LA 3SN6R 4W51A 4W52A 2LC9A 254LA 1C66A 1LYDA 2O79A 2OE7X 7LZMA 1L36A 1L44A 1LLHA 1KY1A 2RBRA 1CU0A 3DN2A 3HH4A 3HH3A 3UONA 3DN3A 4PJZA 4W53A 1L81A 1JQUA 213LA 2LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BAAA 3KAMA 1BWIA 5C6LA 1QUTA 1B2KA 3C7YA 4J0LA 2IGCA 1LZ6A 5KXRA 1L22A 2BQJA 135LA 1B7QA 1KW5A 1GBWA 4H9AA 4OWAA 1B5VA 3TMXA 5KXZA 5LVGA 4NHTA 1B9OA 1LJGA 1C6MA 3AGGG 1JSEA 4HP0A 4HPEA 216LA 3HH6A 1G1WA 4W96A 1C6PA 1I1ZA 1L61A 1BB6A 1SWYA 1LMQA 133LA 1QSWA 1D9WA 1YROA 4PHIA 4LT0A 1L89A 1B7SA 2HEBA 1IIZA 1CX7A 4IJ4A 2DQFC 3W3EA 1IR7A 5D5FA 1LZGA 191LA 1L04A 1L08A 4G4CA 4DC4A 4KXIA 3TXDA 3TXBA 2Z6BA 149LA 129LA 1AT6A 5B1GA 1QS5A 5A3ZA 1XGQC 2ZIKA 1IC4Y 1LMOA 4N1CC 4LZMA 3DMZA 127LA 1LKRA 1L76A 1IP1A 1IP5A 1IWYA 3G3VA 1WQOA 3A67Y 2RAYX 1QT4A 4WM2A 1LMAA 4EKPA 4H9FA 1QDRA 1LZAA 4LGKA 3G3BB 4W56A 1QTCA 2W1MA 5LAGA 1JTOL 1L40A 1LZ8A 3ODUA 2NWDX 2FBBA 3NY8A 3FI7A 5I14A 1C62A 1IY4A 2ZQ3A 1AKIA 4GRVA 1WVVA 212LA 3FADA 1C65A 1L10A 156LA 1JKBA 2HECA 5KXSA 2OTZX 1B5YA 118LA 2W1YA 5HLLA 5DL9A 3LN2A 4YF2A 259LA 4NIJA 2AUBA 4XJDA 1L85A 1UIFA 4W54A 1LYSA 1JIYA 4W58A 2MEBA 1CKFA 4HTNA 5KXKA 147LA 3LZ2A 2RBSA 3EMSA 1L80A 3GUNA 3M18B 1LHMA 4WO6A 3V2YA 5LXWA 4UWVA 3GXRA 196LA 1C6GA 1VFBC 1UBZA 4QDNA 3WPKA 3WYHA 1SSWA 209LA 3CDOA 1L19A 1IP7A 1L45A 2RSCA 1QTVA 3WVXA 1B7PA 4ZFPA 1JJ3A 3C7ZA 3A3RX 1B7LA 4QGZA 1G7HC 1CV3A 4DT3A 262LA 3HDEA 3TXEA 1LZEA 2BPUA 125LA 4WG7A 5E9RA 1OUEA 1FKVA 4EXMA 1GB9A 3A96A 3F9LA 1CTWA 2Z38A 2BQOA 4DD2A 2HU3A 2RB2X 1L34A 3RU5A 3EBAB 4OOTA 5KKIA 4HSFA 3CSQA 227LA 1IO5A 1L59A 1OVHA 1HNLA 3FI5A 4OWBA 1ALCA 1GFTA 1LOZA 2BLYA 1KXXA 1HHLA 5M1YA 1GFRA 2D91A 1P7SA 1IVMA 4N0JA 1GFVA 2BQMA 1B7OA 5LYZA 3WL2A 2IFFY 1C6BA 1GB0A 1L73A 184LA 7LYZA 1L39A 1UCOA 2ZNXY 4XJFA 220LA 3BKVA 1L57A 2Z2EA 2HUKA 1IWWA 2Q9EA 5L3HA 144LA 5C6IA 1G1VA 1D0MA 175LA 1T8AA 115LA 183LA 3HBDA 4HJVA 1GF5A 2YDGA 3HT8A 131LA 1GBXA 3V2WA 1OUFA 1LJ4A 3LYZA 239LA 3A91A 4LZTA 1IP3A 3C8RA 3OE0A 2YBNA 1L13A 208LA 2NTGA 1DI5A 2HEFA 2D6BA 3N9CA 3OE9A 4HPIA 2BQDA 1QQYA 4GLAA 189LA 1L31A 2BQNA 4N9RA 3B0KA 1LI3A 109LA 1YKYX 251LA 2BQIA 1P36A 4YX7C 130LA 104LA 1YKZX 1L88A 3L64A 1P6YA 1I20A 3SBAA 1NDGC 5F9XA 2BQKA 5JENB 3OK0A 4B0DA 1HMKA 4XENA 5B05A 1QS9A 151LA 4DQ5A 4ETBA 1C61A 1J1PY 4NGVA 1OUBA 1C6EA 1L51A 195LA 1LAAA 1IP2A 1C6AA 3TXKA 1UICA 4X3BA 1L43A 1W6ZA 1IR8A 2OU9A 4WO9A 3EO5A 4NG1A 1LYIA 2H9JA 4NGJA 1L97A 4W94A 150LA 4WMGA 3VWOA 142LA 4M4OA 1D6QA 5KY1A 1Z55A 1XEIA 4ET9A 1L72A 3GUPA 2ZILA 4LT2A 1YANA 2BQAA 1DYGA 3HUKA 1SQ2L 3FA0A 1HSXA 145LA 1L58A 1LCNA 1VEDA 4YEMA 3HT7A 4I7QA 4IASA 157LA 4ARPA 4ZPUA 2YBIA 4NSIA 1WQPA 4DWXA 4TSCA 1VDQA 4B4EA 1BGIA 1DQJC 1B5ZA 1FBIX 3WU8A 1GF0A 1BB3A 4Z46A 3T6UA 5B06A 1LSGA 1ZVYB 249LA 4PGJB 2RBNA 4W59A 4RW1A 1LHLA 3WXTA 1F10A 5KXWA 4QY9A 1D0KA 2VB1A 4XADA 1D0LA 187LA 3SN6R 254LA 5IHGA 3AZ5A 5LVKA 4HTQA 1L36A 3D9AC 3LZTA 1VDSA 1KY1A 5KXPA 1IWZA 2RBRA 3DN2A 3HH3A 3UONA 1GFAA 4GN5C 3IJVA 1JQUA 213LA 2LZMA 1CUPA 234LA 2DQDY 1KNIA 4WL7A 4ARMA 1QDTA 4W57A 188LA 5LYTA 1P2CC 3ATOA 4XJBA 4DDBA 4HJYA 1J1XY 1FN5A 2CUUA 2B6ZA 5I4YA 3A95A 137LA 4RW2A 132LA 1BB5A 3LYOA 3WU9A 1CNSA 3QNGA 4YM8A 2CWIA 1L46A 1LJEA 238LA 3PBLA 2FBDA 3A8ZA 5A3EA 5KXXA 1C08C 1QTKA 2DQJY 1L29A 1LSMA 1NKHA 2B70A 1LZ4A 3CDRA 4EOFA 4G4BA 4LYOA 3B0OA 159LA 4DD1A 2Z37A 1BWHA 198LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BAA A;  3KAM A;  1BWI A;  5C6L A;  1QUT A;  1B2K A;  3C7Y A;  4J0L A;  2IGC A;  1LZ6 A;  5KXR A;  1L22 A;  2BQJ A;  135L A;  1B7Q A;  1KW5 A;  1GBW A;  4H9A A;  4OWA A;  1B5V A;  3TMX A;  5KXZ A;  5LVG A;  4NHT A;  1B9O A;  1LJG A;  1C6M A;  3AGG G;  1JSE A;  4HP0 A;  4HPE A;  216L A;  3HH6 A;  1G1W A;  4W96 A;  1C6P A;  1I1Z A;  1L61 A;  1BB6 A;  1SWY A;  1LMQ A;  133L A;  1QSW A;  1D9W A;  1YRO A;  4PHI A;  4LT0 A;  1L89 A;  1B7S A;  2HEB A;  1IIZ A;  1CX7 A;  4IJ4 A;  2DQF C;  3W3E A;  1IR7 A;  5D5F A;  1LZG A;  191L A;  1L04 A;  1L08 A;  4G4C A;  4DC4 A;  4KXI A;  3TXD A;  3TXB A;  2Z6B A;  149L A;  129L A;  1AT6 A;  5B1G A;  1QS5 A;  5A3Z A;  1XGQ C;  2ZIK A;  1IC4 Y;  1LMO A;  4N1C C;  4LZM A;  3DMZ A;  127L A;  1LKR A;  1L76 A;  1IP1 A;  1IP5 A;  1IWY A;  3G3V A;  1WQO A;  3A67 Y;  2RAY X;  1QT4 A;  4WM2 A;  1LMA A;  4EKP A;  4H9F A;  1QDR A;  1LZA A;  4LGK A;  3G3B B;  4W56 A;  1QTC A;  2W1M A;  5LAG A;  1JTO L;  1L40 A;  1LZ8 A;  3ODU A;  2NWD X;  2FBB A;  3NY8 A;  3FI7 A;  5I14 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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