1LGWA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 2-fluoroaniline
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lgwA00
233LA 177LA 161LA 1L34A 4K5YA 141LA 4YX7C 214LA 243LA 1L24A 1L64A 1KW7A 3FI5A 1L31A 4I7SA 112LA 237LA 1QT3A 4I7RA 1C64A 1OWYA 3GULA 1L33A 3JR6A 1L10A 4W52A 1DYEA 1L12A 3OE0A 4DAJA 3DMZA 1PQIA 147LA 2OTYX 114LA 1P56A 138LA 4YXAC 1LI6A 1LYDA 1JTNA 1L57A 156LA 201LA 152LA 7LZMA 1QUGA 3DN0A 196LA 3HUAA 1L77A 4W54A 104LA 2B72A 3HWLA 192LA 3UONA 1JQUA 1D9WA 1DYCA 171LA 1SSWA 225LA 2O7AA 3DN1A 212LA 1L95A 4I7KA 1L30A 1L90A 3C81A 2HULA 3C82A 130LA 3HH3A 2RH1A 4PJZA 1C63A 1L26A 3SB5A 2B6YA 3CDQA 1T8FA 259LA 158LA 1G0JA 1C60A 1L72A 3HTGA 1QSQA 4EJ4A 1CU6A 3CDTA 1L69A 108LA 248LA 2B6WA 1L86A 245LA 142LA 1CX7A 239LA 4W51A 3DN3A 1G0GA 1PQKA 231LA 3SBBC 2B73A 3HDFA 1KW5A 258LA 3C7WA 1OWZA 1L71A 1PQDA 1K28A 232LA 4W55A 217LA 4I7NA 5LZMA 3HDEA 1XJTA 4LZMA 1G07A 4I7QA 1L61A 4W59A 1QT8A 151LA 137LA 191LA 3DN8A 2Q9DA 1L08A 3GUJA 1L29A 3VW7A 2F32A 190LA 1C6PA 1T8AA 4YXCA 165LA 2OE4X 1OV7A 2ANXA 2O79A 172LA 1D2WA 1NHBA 227LA 150LA 1CV5A 1LWKA 1G0PA 1LPYA 1SX2A 2LCBA 3K2RA 3HT7A 2F2QA 219LA 3PBLA 1L32A 1L38A 1ZWNA 1L37A 4EKPA 2CUUA 1L73A 3OE8A 2IGCA 3GUKA 1C6QA 198LA 1CU3A 242LA 3C8RA 127LA 1D3JA 3CDOA 144LA 1DYAA 1L48A 3HU9A 2LC9A 1LI2A 1G0LA 4IAPA 4ARLA 1L46A 1L84A 1QSBA 229LA 185LA 1L04A 234LA 4E97A 4LDOA 1C68A 176LA 1P36A 1L59A 163LA 1L41A 1L07A 3GUIA 1DYGA 4DJHA 3PDSA 180LA 4ARQB 1L60A 4W57A 205LA 2OU8A 4EPFA 2RB0X 1SX7A 1L80A 1QT6A 110LA 4OO9A 4EKRA 3SB7A 1OYUA 3QAKA 1G06A 1L00A 240LA 1LGUA 1L40A 3CDVA 1LYGA 236LA 1CV6A 3GUMA 1L87A 1L92A 1T6HA 195LA 1C6LA 3DKEX 1DYBA 1QTHA 2RB2X 3C80A 1T8GA 200LA 199LA 1CUPA 181LA 1OVKA 122LA 1L55A 235LA 1QTDA 261LA 1LYEA 1CTWA 1L99A 111LA 174LA 1C67A 1CX6A 1JTMA 3G3WA 2B70A 1QUHA 4GBRB 1L94A 1L96A 1OV5A 210LA 4LDEA 262LA 115LA 1EPYA 1L02A 222LA 160LA 1L82A 2RBQA 1QS5A 1L23A 1I6SA 1L13A 1L66A 1C6DA 2QB0B 4S0WA 1LYHA 4DKLA 1B6IA 1L22A 1L16A 1L89A 1LGXA 103LA 1LWGA 123LA 1L47A 4EKSA 3CDRA 3OE9A 1KNIA 159LA 149LA 4ARMB 145LA 2RBPA 1C69A 3NY9A 1L25A 131LA 1L14A 1CV0A 3F9LA 1DYFA 1L85A 1QT4A 3HTFA 4I7MA 1L0JA 2RBRA 211LA 3SB6A 226LA 1SWYA 1L74A 146LA 2OU0X 3FADA 1T97A 1PQJA 178LA 1L01A 1L35A 1ZYTA 1L67A 2B74A 1CUQA 167LA 164LA 1KY0A 1L20A 128LA 1L70A 4I7TA 4ARQA 3ODUA 2LZMA 4I7JA 143LA 2B75A 4I7PA 1XJUA 1G0KA 3HT9A 230LA 1L17A 1L63A 157LA 228LA 4AQNA 2RAZX 252LA 1L0KA 2OEAX 3FA0A 1L28A 1L83A 4LDLA 2RAYX 1L19A 1G1WA 1L65A 2ANVA 2HUKA 1QUDA 4W58A 1L79A 1L27A 5I14A 1C6FA 168LA 1LYIA 2OU9A 182LA 2Z6BA 3NY8A 118LA 1L97A 1L52A 1LW9A 1QTVA 1P5CA 3NYAA 3LZMA 1C6EA 3HTBA 1L03A 216LA 4I7LA 1L53A 1L50A 1D3NA 254LA 224LA 1L98A 1L05A 4ZPUA 162LA 129LA 2RBOA 2B6TA 3RZEA 1DYDA 1L75A 3DNAA 1LLHA 220LA 247LA 2RBNA 3C8SA 102LA 184LA 120LA 2OE7X 221LA 253LA 139LA 1P3NA 2B6ZA 148LE 3L2XA 3HH4A 3DN6A 1L44A 2O4WA 2OE9X 209LA 3GUOA 1PQOA 1P2RA 3C7ZA 3GUNA 1P6YA 4EXMA 206LA 2RBSA 2RB1X 4EKQA 3DN2A 3GUPA 175LA 1L88A 2A4TA 1G0QA 1C6JA 1C6MA 215LA 1KY1A 1P64A 2OTZX 3OE6A 1LYFA 4ARMA 1G0MA 1C61A 1L42A 3C8QA 238LA 3EMLA 6LZMA 3HUQA 2L78A 1KS3A 260LA 1QT7A 249LA 257LA 244LA 1P7SA 1C6HA 1L06A 119LA 188LA 213LA 1L09A 3DMXA 1L18A 223LA 2Q9EA 1QS9A 2B7XA 1CU0A 1C6NA 1L81A 3C83A 1L49A 4ARPA 2NTGA 1QT5A 1PQMA 126LA 1CV3A 169LA 1XEPA 113LA 170LA 1C6GA 1C6BA 218LA 3HT8A 4GRVA 109LA 1C6KA 3D4SA 3L64A 166LA 3G3VA 1LGWA 173LA 125LA 3RUNA 4W53A 2F47A 1QTCA 241LA 1P37A 1QTZA 1P2LA 3HTDA 1L43A 1CV4A 3G3XA 4EPIA 3SB8A 1L39A 1SWZA 1CVKA 3HT6A 1CV1A 107LA 1LI3A 1C65A 4ARJA 1OVHA 1L62A 1L36A 250LA 1L76A 4I7OA 1OVJA 1L21A 3HU8A 186LA 1QUOA 1C6TA 1L68A 1L51A 1SSYA 4PK0A 1WTHA 1CU5A 3SBAA 183LA 1D2YA 1G1VA 1L11A 3C7YA 1TLAA 3V2WA 1QTBA 4W56A 187LA 1LYJA 140LA 3DMVA 3HH6A 3HUKA 1L56A 1C6CA 1C6IA 1L58A 256LA 1D3FA 1L93A 3SN6R 155LA 246LA 1L91A 2QARC 2B6XA 1L45A 1L54A 3DN4A 1C62A 1ZURA 1P46A 3V2YA 1C6AA 189LA 3SB9A 1CU2A 1C66A 197LA 255LA 3F8VA 1D3MA 251LA 2HUMA 2NTHA 3HH5A 1L15A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSZA 5LINA 1D0KA 161LA 5KXPA 1BVKC 1L34A 141LA 4ETAA 3RU5A 243LA 4WOAA 1GDXA 1L64A 1KW7A 5L9JA 1L31A 4LZTA 1Z55A 1KIRC 3CT1A 1EQEA 4Z46A 4DD3A 3GULA 3WW6A 4HJVA 1HEPA 1DYEA 1B5YA 1D0MA 2D4JA 4DAJA 3DMZA 5B59A 1B9OA 1IX0A 2OTYX 1P56A 1XGTC 138LA 1LI6A 4WO6A 7LZMA 3DN0A 1T3PA 2Z19A 104LA 2MEAA 1JQUA 1DYCA 1GE4A 2LZTA 2Y8PA 4H94A 2XQOA 2YBNA 2HULA 3AZ5A 1LSFA 3HH3A 3EMSA 4TSBA 1L26A 1TCYA 259LA 2D4IA 4D9ZA 1L72A 1LCNA 1IP5A 4WM3A 2MEDA 1EQ4A 4GCCA 1L86A 2F4AA 1F6RA 1G0GA 1XSFA 3ZVQB 1CKDA 1KIPC 258LA 4QDNA 5AMYA 1IY3A 1L71A 1PQDA 4I7NA 1XJTA 4LZMA 1LZ6A 1FLUA 4HJYA 4W59A 1HERA 3DN8A 2Q9DA 3A6CY 3GUJA 4H93A 1L29A 3RW8A 1JITA 4XJHA 4OWCA 3M18B 4YXCA 165LA 2OE4X 5LYMA 5B05A 2O79A 172LA 1D2WA 1LZCA 1NHBA 227LA 4HV1A 5DL9A 4CHXA 2X0AA 1QTKA 1LWKA 1G0PA 1LPYA 2EPEA 1JISA 3J6KA 194LA 3HT7A 3PBLA 3ATNA 2IHLA 1LSAA 1LYYA 1F0WA 1L32A 1GB2A 1L38A 2CUUA 2MEGA 2D6BA 3AW6A 1EL1A 4J7VA 1C6QA 3QNGA 1AT6A 3LYTA 2MECA 4ARLA 1GDWA 1JSFA 1LMQA 1JTPL 229LA 2CWIA 1L04A 3P66A 4L41A 5LVHA 1C68A 4DD1A 163LA 4IJ4A 1L07A 3TMUA 3GUIA 4DJHA 2DBTA 1LJEA 2OU8A 4W57A 1I20A 1IP7A 1QUSA 2DQEY 3OK0A 1CKGA 3A94A 4G4CA 1XEIA 3QAKA 1IP6A 3WUMA 3LZTA 3EO5A 4NHPA 1GB6A 2BQOA 5KJ9A 2YBJA 5A3ZA 1AT5A 1NBYC 199LA 1GWDA 122LA 3AYQA 2MEIA 1RI8B 3W6AA 1LZTA 1LTMA 1UACY 1LHIA 1L96A 1OV5A 2LYZA 1GFHA 4LDEA 1G7JC 1VAUA 2BQJA 3CT5A 1NKHA 5B1GA 1LMTA 3B0KA 1LSPA 5LVKA 1L23A 1I6SA 3W3EA 1LKRA 1OP9B 4HTKA 4S0WA 5C6LA 1B6IA 1CKFA 4DQJA 5HNCA 4DQ7A 4EOFA 2LZ2A 1KNIA 1IP3A 5KXXA 1L25A 5KXOA 2FYDA 2EIZC 1D9UA 3ATOA 1GAYA 1QT4A 4J0LA 211LA 1SWYA 1L74A 4PJ2C 1L67A 1BWJA 167LA 164LA 4ARQA 2LZMA 1JUGA 4I7JA 5FHWA 1UIHA 143LA 1XJUA 230LA 3AZ6A 4AQNA 4NGLA 2OEAX 5LXWA 1L28A 4LDLA 1L19A 3WVYA 4GLAA 4GCEA 5I14A 1YROA 2ZQ3A 4YEOA 4ET9A 2OU9A 3NYAA 118LA 1LW9A 4WMGA 4DQ5A 5KXLA 4BS7A 4NIJA 1LSGA 3A6BY 3HTBA 1L53A 2NWDX 4ETBA 4ETEA 1L05A 1W08A 2C8OA 162LA 129LA 2RBOA 2B6TA 1QIOA 1D0LA 1HELA 2DQDY 5J7CA 3C8SA 102LA 4HP0A 5KXWA 2EKSC 4H9IA 3WPJA 3TMVA 1V7SA 2B6ZA 4Z41A 4G4HA 2O4WA 1OUCA 2FBDA 3CQLA 3C7ZA 1P6YA 2RBSA 1OUIA 1G0QA 5F16A 3WMKA 1C6JA 1IP4A 3OE6A 1LHMA 5ILFA 1LYFA 2BLXA 4ARMA 2HU3A 4B4EA 1B7LA 2Q0MX 1YKXX 260LA 1XGQC 4N9RA 1P7SA 3W6FA 4P2EA 1G7IC 3LZ2A 2B7XA 1CU0A 1C6NA 1IP1A 1MELL 1YAPA 3P68A 1QT5A 3WH1A 4RW1A 126LA 1XEPA 5APFA 208LA 1C6GA 5IDDA 109LA 1C6KA 1FLQA 4E3UA 1LGWA 173LA 5LYTA 4FDYA 125LA 4MR1A 2N5ZA 1HFYA 4PPOA 1LJNA 1P37A 3IJUA 3SB8A 3P64A 3WUAA 1GFVA 5HQ1A 3HT6A 4XJIA 4NGJA 3TXBA 1IWZA 1GB9A 3N9CA 4HSFA 4A7DA 1KXYA 1L68A 2MEBA 1B5XA 1WTHA 1B5UA 3SBAA 1G1VA 1L11A 1LSDA 4LFPA 4TX7A 1UICA 4N8ZA 4Z98A 1D6QA 246LA 1GXV2 1L91A 1VDSA 2D91A 2B6XA 1C62A 1ZURA 1P46A 4B1AA 1IOTA 1OUAA 1C66A 1HEMA 4H9HA 4NEBA 2NTHA 5FCPA 1TDYA 4H8XA 1SLYA 4NSIA 1EQ5A 1KXXA 1LJKA 214LA 3WPLA 4HTQA 1B7SA 3FI5A 1JHLA 4AGAA 4N1CC 1QT3A 5K7OA 3JR6A 1GXXA 4ET8A 1GEZA 4W52A 8LYZA 1L12A 3OE0A 3TXKA 1PQIA 3HBDA 1LMNA 3B72A 4ETDA 1FKVA 4GN5C 152LA 2GV0A 1LHJA 4H91A 3HUAA 1B5ZA 1L77A 5FSTA 1D9WA 171LA 1SSWA 225LA 2XBRA 4HV2A 1L95A 4LYBA 1L30A 3C81A 3CSZA 3C82A 2HEBA 130LA 3SB5A 1C60A 1IEEA 1JKBA 1UIFA 1YAQA 4WM2A 3CDTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSZ A;  5LIN A;  1D0K A;  161L A;  5KXP A;  1BVK C;  1L34 A;  141L A;  4ETA A;  3RU5 A;  243L A;  4WOA A;  1GDX A;  1L64 A;  1KW7 A;  5L9J A;  1L31 A;  4LZT A;  1Z55 A;  1KIR C;  3CT1 A;  1EQE A;  4Z46 A;  4DD3 A;  3GUL A;  3WW6 A;  4HJV A;  1HEP A;  1DYE A;  1B5Y A;  1D0M A;  2D4J A;  4DAJ A;  3DMZ A;  5B59 A;  1B9O A;  1IX0 A;  2OTY X;  1P56 A;  1XGT C;  138L A;  1LI6 A;  4WO6 A;  7LZM A;  3DN0 A;  1T3P A;  2Z19 A;  104L A;  2MEA A;  1JQU A;  1DYC A;  1GE4 A;  2LZT A;  2Y8P A;  4H94 A;  2XQO A;  2YBN A;  2HUL A;  3AZ5 A;  1LSF A;  3HH3 A;  3EMS A;  4TSB A;  1L26 A;  1TCY A;  259L A;  2D4I A;  4D9Z A;  1L72 A;  1LCN A;  1IP5 A;  4WM3 A;  2MED A;  1EQ4 A;  4GCC A;  1L86 A;  2F4A A;  1F6R A;  1G0G A;  1XSF A;  3ZVQ B;  1CKD A;  1KIP C;  258L A;  4QDN A;  5AMY A;  1IY3 A;  1L71 A;  1PQD A;  4I7N A;  1XJT A;  4LZM A;  1LZ6 A;  1FLU A;  4HJY A;  4W59 A;  1HER A;  3DN8 A;  2Q9D A;  3A6C Y;  3GUJ A;  4H93 A;  1L29 A;  3RW8 A;  1JIT A;  4XJH A;  4OWC A;  3M18 B;  4YXC A;  165L A;  2OE4 X;  5LYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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