1LI2A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by phenol
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li2A00
191LA 1QS5A 200LA 212LA 2OE4X 3UONA 1C6AA 3GULA 1L86A 1OV7A 3LZMA 4EPFA 1L81A 3L2XA 3GUPA 1L07A 1L29A 3HTFA 3HT6A 1QT6A 2RB0X 145LA 1QTBA 1QT8A 1P3NA 4GBRB 1DYFA 172LA 3RZEA 183LA 223LA 160LA 1L52A 2IGCA 4W59A 3VW7A 4AQNA 1L09A 3C7YA 2RBNA 2B70A 2F2QA 1C6MA 178LA 1CU0A 240LA 1LWGA 1L48A 1LYGA 192LA 2B75A 3SB9A 3JR6A 1C6LA 216LA 3SB5A 4I7PA 4PJZA 4W57A 2Z6BA 110LA 1P2LA 1QT5A 1SX2A 1T8AA 1L02A 227LA 2OE9X 4DJHA 3HDEA 2NTHA 4EKQA 217LA 104LA 1C6TA 3DN4A 1D9WA 1L95A 4W53A 1L45A 5LZMA 3D4SA 3C8QA 1LWKA 262LA 1L35A 3V2WA 122LA 1L92A 125LA 1L64A 1P6YA 4ARPA 1C64A 1L28A 1L0KA 2RBOA 2RH1A 4IAPA 1L37A 114LA 1DYGA 1L27A 2B7XA 1XJUA 2HUMA 3ODUA 2O7AA 2F32A 4I7JA 4EKSA 2B6WA 1CV3A 4I7NA 175LA 4YXAC 205LA 158LA 151LA 176LA 1L38A 102LA 228LA 4LZMA 1L25A 3SB6A 1C66A 1L49A 1LYHA 107LA 1C69A 139LA 1C68A 1D3FA 1L51A 1QSBA 260LA 2LC9A 1C63A 1L26A 1PQJA 1LLHA 233LA 1P36A 159LA 1G0QA 197LA 2QB0B 1PQIA 3DMZA 148LE 1L83A 3HTBA 4EPIA 1L42A 2B74A 1L68A 1L17A 3CDVA 3V2YA 1SSYA 1L04A 1KS3A 1L58A 4I7TA 1L84A 1ZYTA 1C6JA 4EKRA 1L33A 3HUQA 1CV5A 1KW7A 167LA 1L30A 1L94A 259LA 1OVJA 239LA 170LA 2B72A 1B6IA 1QT7A 3C83A 1L46A 108LA 1G07A 1L93A 1QUHA 1PQKA 4GRVA 196LA 1P56A 1T8GA 1PQMA 4OO9A 144LA 2O4WA 1L70A 2B6YA 7LZMA 261LA 1C6QA 2LZMA 4I7SA 1TLAA 1G0LA 3K2RA 1L76A 3HH6A 4ARQA 1ZWNA 235LA 4I7OA 1L72A 1LYEA 2ANVA 3FA0A 3FADA 1T8FA 4YX7C 1L63A 169LA 1L90A 1SWYA 234LA 3SBAA 1L21A 1L44A 1QSQA 3SB8A 3OE6A 1C6DA 1JQUA 181LA 112LA 4E97A 184LA 1T97A 1L66A 1D2WA 1CV1A 4I7LA 242LA 4ARLA 3NY8A 1C6GA 1LGUA 4W51A 1LI3A 1L47A 2NTGA 1L53A 150LA 255LA 4W54A 3RUNA 195LA 1CU5A 218LA 182LA 1G0GA 206LA 1QTHA 2RAYX 1KNIA 1CU2A 2B6ZA 1L91A 1G1WA 1L36A 149LA 3C82A 244LA 4W52A 3DMXA 1C6HA 210LA 4W55A 129LA 165LA 2OTYX 143LA 243LA 2HULA 3HUAA 1L0JA 1LYJA 3HU8A 3OE0A 1L98A 3DKEX 3CDRA 3GUIA 155LA 1PQOA 3FI5A 1DYEA 256LA 1L74A 1QT3A 226LA 1KY0A 3HUKA 1L61A 1L71A 230LA 214LA 4LDOA 3HT9A 1L10A 2Q9DA 209LA 2RBRA 219LA 113LA 224LA 4DKLA 247LA 2L78A 3CDTA 161LA 1L85A 1PQDA 2O79A 3G3WA 1L24A 1L80A 1QUGA 1ZURA 3SBBC 1L54A 3HU9A 1SWZA 1CV6A 1OWYA 1CV4A 1L87A 103LA 220LA 1L99A 1C6PA 241LA 142LA 1P2RA 1LYDA 3DN1A 131LA 3HH3A 3NY9A 1L32A 166LA 3C8RA 3C80A 1QTCA 1WTHA 3DN8A 1C6NA 2OEAX 211LA 1L12A 1D2YA 187LA 1L01A 1L77A 1DYBA 258LA 1P64A 3QAKA 1L13A 3DN6A 157LA 201LA 215LA 1C60A 1CU6A 1OYUA 3GUOA 1C6KA 1G0KA 1I6SA 3C81A 2A4TA 4EXMA 225LA 4ARMA 111LA 1CVKA 177LA 2LCBA 1QT4A 4K5YA 245LA 1XEPA 119LA 3GUJA 109LA 1CV0A 3HT7A 1L16A 1L22A 1L75A 1L11A 1KY1A 168LA 1C6IA 4ZPUA 147LA 6LZMA 1SSWA 251LA 1L88A 141LA 3DMVA 3SB7A 229LA 2OU0X 231LA 1C6CA 3HT8A 4ARQB 1T6HA 2RB1X 3L64A 1L19A 1L57A 1LYIA 1OVKA 1C62A 237LA 4I7RA 4PK0A 1OWZA 1L82A 1L55A 1L96A 3OE9A 1NHBA 249LA 3C8SA 1L59A 173LA 1C6EA 1DYAA 1G06A 156LA 115LA 185LA 1CU3A 1L15A 232LA 1XJTA 252LA 1L69A 257LA 1LGWA 5I14A 2RAZX 3CDOA 213LA 127LA 4I7QA 1C65A 1L89A 1C67A 1L67A 1CUPA 238LA 188LA 1CX7A 4EKPA 2B6TA 1QUDA 2Q9EA 2HUKA 1DYCA 1L05A 1QTVA 2RBPA 1LW9A 3C7WA 2RBQA 1D3JA 3PDSA 1L50A 254LA 4EJ4A 4I7KA 1L43A 174LA 1LGXA 140LA 4S0WA 123LA 4LDEA 1OVHA 1QTDA 1D3MA 199LA 1KW5A 3EMLA 2F47A 3PBLA 1G0JA 120LA 128LA 1CTWA 1L08A 2B6XA 236LA 1C6BA 4W56A 248LA 1G1VA 1CX6A 2ANXA 1L31A 1QS9A 3HWLA 1LYFA 3DN0A 1DYDA 180LA 4I7MA 3HTGA 2CUUA 126LA 4YXCA 3GUMA 1L18A 1L23A 118LA 2OU8A 2RB2X 163LA 171LA 1D3NA 164LA 138LA 3HDFA 186LA 1SX7A 146LA 3GUKA 3GUNA 1L20A 3G3VA 3SN6R 2OU9A 1L60A 1L79A 253LA 3G3XA 1LI6A 4W58A 222LA 2B73A 4ARJA 1P7SA 1L56A 1QTZA 137LA 3HTDA 3DN3A 1G0PA 130LA 1L03A 221LA 1L14A 1EPYA 1L65A 1OV5A 3CDQA 198LA 1CUQA 162LA 1L41A 3HH4A 3NYAA 1L40A 1P5CA 3DNAA 3OE8A 1QUOA 1L39A 1L62A 3C7ZA 1L06A 1LI2A 2OE7X 189LA 1L34A 3F8VA 1LPYA 1L00A 1L97A 152LA 3HH5A 190LA 4DAJA 1JTNA 1C6FA 2QARC 2RBSA 3F9LA 1K28A 1P46A 1JTMA 246LA 1L73A 4LDLA 1P37A 250LA 2OTZX 1C61A 1G0MA 3DN2A 4ARMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMAA 1UIFA 1ZVHL 1C6AA 3GULA 3CB7A 4G49A 2VB1A 1YQVY 3HTFA 1QT6A 1JIYA 1ZV5L 1P3NA 4H94A 1D6QA 4GBRB 4GCBA 1LJKA 2IGCA 2YBJA 4AQNA 1FDLY 3WPKA 1L09A 1C7PA 3C7YA 1HEWA 1IP1A 1C6MA 4WO6A 178LA 1LSYA 1LWGA 2Z37A 4XJBA 1LZ6A 1DKJA 3JR6A 1C6LA 4WG7A 4HTKA 4I7PA 4UWUA 5IHGA 1QT5A 1SX2A 1T8AA 1UBZA 3CSRA 2HEBA 3LZTA 3ZEKA 1GFAA 4ZEEA 4GCFA 1B7QA 262LA 1L35A 3V2WA 122LA 3TXKA 1LMCA 5KJ9A 4ETCA 4IAPA 114LA 1GXV2 132LA 5DLAA 4YOPA 1IOQA 2FYCA 3CT1A 4AXTA 4CHXA 4ZIXA 1L38A 2BQJA 3SB6A 1C66A 4OWHA 4NSGA 107LA 5LAGA 2LC9A 233LA 1P36A 2ZIJA 1AM7A 1PQIA 4H91A 4N9RA 148LE 1FBIX 3FI7A 2MEBA 4WLXA 1CKDA 1L04A 1L58A 3WW6A 2Z38A 1P2CC 2XTHA 4B4IA 4DDCA 5FEKA 4YENA 1T3PA 170LA 3WMKA 1LZ1A 3C83A 1L46A 1L93A 1GE1A 4GRVA 1T8GA 4OO9A 4DT3A 2Z12A 1WQQA 4BAPA 2MEEA 4I7SA 1MLCE 1LZYA 235LA 4I7OA 4GCEA 1LHLA 4YX7C 7LYZA 1L63A 1SWYA 1HEPA 4Z41A 3M3UA 4CJ2A 2D6BA 1JITA 1B7MA 1GHLA 1L66A 1BWJA 5C6JA 2CGIA 1L53A 1LZBA 4W54A 3RUNA 1CU5A 1G0GA 1VDQA 1LMOA 4LFPA 1DPWA 1QTHA 1C08C 5APEA 1CU2A 133LA 4W52A 1LMQA 5I5QA 5A3ZA 4NHSA 5LVHA 2MEDA 2OTYX 143LA 2HULA 1LYJA 3HU8A 4LZTA 1L98A 3DKEX 3B0KA 3CDRA 3GUIA 4YEOA 256LA 4N0JA 4H9BA 1L71A 230LA 2YDGA 3QY4A 1GAYA 1L10A 1A4VA 5FCPA 4DD7A 3RW8A 1GFGA 2L78A 2DQDY 1CJ6A 1PQDA 6LYTA 1YROA 2YBLA 3A8ZA 5IELA 4WL6A 1CV6A 1L87A 4Z3MA 1IR9A 220LA 1UC0A 1LSPA 241LA 142LA 4E3UA 3DN1A 1DPXA 3CT0A 1BVXA 4R0FA 4DDBA 3C80A 3EMSA 1UUZC 4YM8A 1DQJC 1FLWA 4B0DA 187LA 1F6SA 1RCMA 3CQLA 1DYBA 1LMTA 3WXTA 1P64A 2X0AA 1LZSA 3AZ4A 1CU6A 5APDA 2LZ2A 1MELL 1GB5A 5F81A 1E8LA 225LA 111LA 4IJ4A 4D9ZA 1LJJA 5D5FA 2LHMA 1CV0A 1L16A 1IIZA 1LKRA 5KKIA 6LZMA 2HUBA 1SSWA 2BQDA 229LA 2OU0X 231LA 3AB6A 1C6CA 1T6HA 1L19A 237LA 4PK0A 1C62A 1BB7A 1OWZA 1L96A 173LA 1LYOA 4BS7A 1HSWA 4MR1A 1UIBA 156LA 185LA 5DL9A 1LKSA 232LA 252LA 1NF5A 2RAZX 3LYTA 238LA 4EKPA 2B6TA 3TXBA 1DYCA 1L05A 1LZ4A 2MEGA 3PDSA 1L50A 2ZYCA 1LJNA 3TXGA 1L43A 174LA 1LGXA 2DQGY 3FE0A 4S0WA 5B59A 1JSEA 154LA 1OVHA 1QTDA 5APFA 2DQFC 1IP4A 5I4YA 5KXWA 5LVKA 1CTWA 5L3IA 2B6XA 1C6BA 1LSCA 1HELA 4W56A 1G1VA 1GE2A 4LYOA 2DQHY 1LYSA 1CX6A 1QS9A 4DD2A 1VFBC 2Z2FA 2BQKA 4I7MA 1IC4Y 2EKSC 3HTGA 3A93A 4XJGA 1L18A 1J1OY 2C8PA 1GB7A 1J1PY 5KXZA 171LA 3GUKA 3A95A 5KXYA 1KIRC 1T6VL 1L79A 2CWIA 1LI6A 1NQIA 1IORA 1QTZA 1AZFA 1IWVA 3HTDA 4NHPA 1G0PA 4OW1A 4H92A 2BLYA 221LA 1EPYA 1OV5A 2FBBA 4LYTA 1L41A 3NYAA 1L40A 1P5CA 3DNAA 3OE8A 1QUOA 5KXTA 4H9IA 1IX0A 1SLYA 4XENA 1LPYA 1L00A 4N1EI 1XGTC 2DQEY 1JTNA 1GB0A 2RBSA 1UIGA 3WUAA 1ZVYB 5LXWA 1K28A 2BQMA 1JTMA 1LZTA 4KT3A 5F9XA 191LA 200LA 4HTNA 2OE4X 1L86A 1L81A 145LA 1QTBA 1B7SA 4A7DA 5II3A 3W6FA 4H8YA 183LA 223LA 3RT5X 4W59A 1GD6A 1B5YA 2B70A 4WM2A 1L48A 8LYZA 1REMA 3P4ZA 1IWXA 3SB5A 2Z6BA 1P2LA 4W94A 1L02A 4DJHA 3J4GA 1XEJA 3MGWA 1IY3A 4EKQA 217LA 2CDSA 104LA 3J6KA 2MEHA 4DQJA 6LYZA 1LJEA 4J1AA 3D4SA 3C8QA 5KXOA 1LWKA 1CKGA 1JEFA 3HBDA 1L28A 1LSFA 3B0OA 1DYGA 2B7XA 2HUMA 1LZDA 5M1YA 2B6WA 1CKFA 1IR7A 3QNGA 4H1PA 4I7NA 175LA 3IWRA 4ANRA 4NGYA 205LA 3WYHA 5ILFA 228LA 1LYHA 1LSGA 2BLXA 1C68A 1LPIA 1B5ZA 1IC7Y 260LA 1C63A 1QTKA 1LLHA 4HP0A 1F6RA 1GEVA 1LAAA 1L68A 2LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMA A;  1UIF A;  1ZVH L;  1C6A A;  3GUL A;  3CB7 A;  4G49 A;  2VB1 A;  1YQV Y;  3HTF A;  1QT6 A;  1JIY A;  1ZV5 L;  1P3N A;  4H94 A;  1D6Q A;  4GBR B;  4GCB A;  1LJK A;  2IGC A;  2YBJ A;  4AQN A;  1FDL Y;  3WPK A;  1L09 A;  1C7P A;  3C7Y A;  1HEW A;  1IP1 A;  1C6M A;  4WO6 A;  178L A;  1LSY A;  1LWG A;  2Z37 A;  4XJB A;  1LZ6 A;  1DKJ A;  3JR6 A;  1C6L A;  4WG7 A;  4HTK A;  4I7P A;  4UWU A;  5IHG A;  1QT5 A;  1SX2 A;  1T8A A;  1UBZ A;  3CSR A;  2HEB A;  3LZT A;  3ZEK A;  1GFA A;  4ZEE A;  4GCF A;  1B7Q A;  262L A;  1L35 A;  3V2W A;  122L A;  3TXK A;  1LMC A;  5KJ9 A;  4ETC A;  4IAP A;  114L A;  1GXV 2;  132L A;  5DLA A;  4YOP A;  1IOQ A;  2FYC A;  3CT1 A;  4AXT A;  4CHX A;  4ZIX A;  1L38 A;  2BQJ A;  3SB6 A;  1C66 A;  4OWH A;  4NSG A;  107L A;  5LAG A;  2LC9 A;  233L A;  1P36 A;  2ZIJ A;  1AM7 A;  1PQI A;  4H91 A;  4N9R A;  148L E;  1FBI X;  3FI7 A;  2MEB A;  4WLX A;  1CKD A;  1L04 A;  1L58 A;  3WW6 A;  2Z38 A;  1P2C C;  2XTH A;  4B4I A;  4DDC A;  5FEK A;  4YEN A;  1T3P A;  170L A;  3WMK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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