1LI3A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3-chlorophenol
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li3A00
213LA 1G07A 1QT8A 104LA 1C6TA 1QTZA 1SX7A 1L48A 4GRVA 4EXMA 3F9LA 3UONA 1D3FA 3OE6A 1ZYTA 1L92A 1CU2A 1L55A 1L30A 1P2RA 4I7PA 3C8QA 171LA 251LA 4I7SA 2Q9EA 4EPFA 235LA 1C68A 1C6BA 3DN6A 3NY8A 1LGUA 1LYIA 1C60A 4DJHA 4I7RA 3HWLA 2RBNA 3HTFA 197LA 3HUQA 1L93A 2OE7X 3C80A 4I7QA 211LA 249LA 1QT3A 196LA 1L54A 130LA 2O79A 1QS9A 178LA 2B6TA 209LA 1L26A 1L74A 1CV3A 3HDFA 258LA 1L51A 242LA 252LA 3PDSA 2RB0X 3DMVA 3C83A 1EPYA 1P2LA 1SWYA 120LA 246LA 2NTHA 1L04A 4W56A 243LA 1CU3A 2B6YA 1L37A 114LA 1DYCA 248LA 3GUPA 2B75A 3C7WA 3CDOA 1QT6A 1T8AA 1CV5A 2HUKA 1SSWA 3HU9A 1LI2A 1TLAA 1D3NA 4EKSA 227LA 1L97A 3GUNA 4ARLA 140LA 115LA 228LA 3SBBC 1C6EA 2B74A 1QT4A 3GUJA 138LA 2RAYX 175LA 212LA 7LZMA 6LZMA 166LA 1DYGA 260LA 1C6PA 185LA 1L70A 4W59A 3C81A 1C63A 1G0GA 1DYAA 2RBRA 3C8RA 1L82A 2IGCA 3G3WA 3SN6R 182LA 4ARMB 1G0QA 159LA 2OE4X 125LA 4PK0A 190LA 1KNIA 3ODUA 2LZMA 110LA 3CDTA 1KY0A 1L0JA 195LA 1LI3A 176LA 1JTMA 1L22A 250LA 3SB5A 239LA 4W55A 108LA 3V2YA 1CV1A 1PQKA 3GUOA 3HU8A 2A4TA 4IAPA 1L77A 168LA 201LA 1C6GA 148LE 3SB9A 4ARMA 3DN3A 3L64A 1LW9A 4EPIA 2Q9DA 3DN0A 118LA 1QTVA 4S0WA 2RB1X 198LA 1C6DA 1CV0A 2B6ZA 229LA 4I7MA 1LYGA 1L90A 217LA 1L03A 1L27A 1CU6A 4ARJA 2B6XA 184LA 4W53A 109LA 4DAJA 3CDRA 146LA 169LA 1CTWA 1PQMA 1SWZA 3VW7A 1QTDA 1L31A 3HH4A 1L34A 4W58A 225LA 2ANXA 3GUIA 4I7OA 1LGWA 1L38A 1L19A 214LA 128LA 3RUNA 189LA 245LA 1L11A 3DMXA 1L28A 1L08A 1L24A 1B6IA 111LA 2B72A 1LLHA 4ARQB 1L71A 2OU0X 1L01A 4GBRB 167LA 218LA 158LA 131LA 1WTHA 1C6HA 1L73A 1L18A 2Z6BA 1L69A 123LA 1L50A 4LZMA 1L42A 1L47A 1CU5A 1D3JA 1L49A 2CUUA 3GUKA 1L44A 4YX7C 2L78A 1C65A 4W57A 1L75A 4I7LA 172LA 107LA 233LA 1KW5A 1L35A 1LYHA 1QT5A 1QUDA 3FI5A 149LA 1L52A 3HH3A 1LYDA 1OWZA 232LA 4I7KA 112LA 3SB7A 4AQNA 1JTNA 1SSYA 147LA 2QARC 1L41A 151LA 4ZPUA 241LA 4EKPA 1XJTA 3HT6A 156LA 238LA 1C6KA 222LA 1SX2A 163LA 1L80A 1OV5A 1L83A 1L62A 1OWYA 1XEPA 1L32A 191LA 255LA 3DNAA 1L86A 3HTBA 1LYFA 1G0JA 2RBOA 170LA 4ARPA 1L56A 1C67A 1L61A 2ANVA 1NHBA 3V2WA 3DN1A 1CU0A 1L12A 1QSQA 1L64A 1L67A 1D2YA 4K5YA 3GUMA 3CDQA 200LA 1T8GA 1L20A 4LDEA 1L72A 3QAKA 1L13A 3NYAA 261LA 1C62A 1L17A 145LA 192LA 186LA 2OEAX 1LYJA 2O4WA 1L88A 216LA 1OVHA 2OU8A 1LPYA 144LA 3HT9A 122LA 1QUOA 1G1VA 2OTYX 3C7ZA 3DKEX 1L91A 3OE9A 1CV4A 1L46A 262LA 1P56A 155LA 139LA 1KY1A 259LA 3HUAA 1L29A 221LA 223LA 253LA 1L02A 183LA 1D2WA 1LYEA 1CV6A 2B73A 1KS3A 1LWKA 1OYUA 1L81A 1L79A 1L40A 141LA 1L76A 1QTHA 224LA 2O7AA 3OE8A 1L10A 1L68A 3SB8A 3C82A 1C6CA 1C6MA 1C69A 1C6JA 1L0KA 1QT7A 2RBSA 3G3VA 152LA 1CUPA 1CVKA 1T6HA 215LA 3SBAA 1L95A 2HULA 3FADA 4PJZA 3K2RA 2RBQA 4I7NA 1P46A 1L05A 1L25A 165LA 1L16A 2F47A 256LA 3G3XA 1LWGA 3HT8A 4W54A 1L36A 1DYEA 1L33A 1QUHA 1L59A 1D9WA 3HTGA 181LA 1P36A 1L89A 220LA 244LA 1OVKA 1P6YA 2B70A 247LA 3HTDA 1G0KA 1OV7A 1ZWNA 1G0PA 230LA 126LA 3DN8A 1L57A 4EJ4A 2B6WA 5I14A 226LA 1L66A 234LA 1ZURA 3C8SA 2B7XA 1C6FA 4ARQA 1I6SA 127LA 4YXCA 3FA0A 3CDVA 1OVJA 236LA 164LA 237LA 1L06A 102LA 3C7YA 1L99A 4I7JA 1KW7A 219LA 3HH6A 1G1WA 3HUKA 113LA 1L94A 2NTGA 3DN4A 5LZMA 1DYDA 2HUMA 1K28A 1L87A 3D4SA 2F2QA 3NY9A 1PQOA 3LZMA 1QUGA 3HH5A 3F8VA 129LA 1PQDA 1L96A 1QTCA 1D3MA 1L23A 1L39A 1P5CA 4YXAC 3PBLA 206LA 1G0LA 231LA 2RB2X 3DMZA 150LA 1CX6A 1L21A 1QTBA 2OE9X 4E97A 1C61A 1JQUA 1L00A 1C6NA 1PQIA 1T97A 177LA 1C64A 1DYBA 4W51A 3RZEA 3SB6A 1L15A 1L53A 1LI6A 3L2XA 240LA 1C66A 1L07A 4DKLA 2OTZX 1XJUA 143LA 1L58A 3HT7A 1LGXA 162LA 1L84A 1CUQA 174LA 2OU9A 1G06A 187LA 2RH1A 4OO9A 1DYFA 160LA 1QS5A 2LCBA 1L98A 1PQJA 2LC9A 3GULA 2RAZX 2RBPA 2F32A 1P37A 1L09A 157LA 4EKQA 1C6AA 1P3NA 1P7SA 210LA 1T8FA 3HDEA 205LA 1L63A 142LA 188LA 4LDOA 4W52A 1L65A 4LDLA 257LA 180LA 103LA 4I7TA 173LA 254LA 1QSBA 199LA 137LA 3EMLA 1L14A 1P64A 3OE0A 2QB0B 1L45A 1CX7A 3DN2A 1G0MA 1L60A 1C6IA 1L43A 1L85A 161LA 119LA 1C6QA 4EKRA 1C6LA 3JR6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IEEA 1IWZA 1G07A 1YQVY 1YILA 2XTHA 3TXEA 1CU2A 3P65A 8LYZA 1LZ5A 3C8QA 1IOSA 4DDBA 4I8SA 4GLVA 4GCEA 1REMA 1WTMA 5J7CA 2WARA 1LGUA 2BQLA 4DJHA 5FSTA 3HWLA 1JSEA 2OE7X 1GBOA 4I7QA 5II3A 249LA 2D4IA 1QT3A 4A7DA 130LA 3CB7A 1QS9A 2EQLA 1GDWA 2XBSA 3HDFA 242LA 3DMVA 1D0LA 4DD9A 3C83A 1GFHA 1EPYA 4NHIA 246LA 5KXOA 5KXNA 1L04A 243LA 1GD6A 5FELA 1L37A 1BQLY 5APEA 2DQIY 3CDOA 3A95A 1CV5A 1SSWA 3HU9A 1TLAA 4EKSA 4H9FA 4ARLA 228LA 1C6EA 2B74A 3GUJA 3RT5X 2RSCA 207LA 2FBBA 1DYGA 7LZMA 1JKBA 2YBMA 2NWDX 2LYOA 1ZMYL 1GBYA 2F4AA 3SN6R 4ARMB 1GFVA 2OE4X 4G4CA 5I5QA 4PK0A 208LA 1KNIA 2LZMA 195LA 1BWJA 1J1OY 1JTMA 1UIFA 3SB5A 1CV1A 1LJGA 1PQKA 2W1XA 4E3UA 3GUOA 3HU8A 3ZVQB 168LA 3SB9A 4ARMA 1LW9A 5KXSA 1CJ9A 2LYMA 1QTVA 3HBEX 1TBYA 5C6JA 198LA 4WLDA 1GAZA 2I26L 2XJWA 4CHXA 1J1PY 1HF4A 2XBRA 1LZYA 4XYYA 1CV0A 2B6ZA 1TDYA 4I7MA 4EOFA 1OUHA 2ZIJA 2W1MA 3LYOA 109LA 3WULA 4DAJA 169LA 1SWZA 1JSFA 2PC2A 5LAGA 5KJ9A 2ANXA 1AT6A 214LA 128LA 3P66A 245LA 1L11A 3DMXA 4N5RA 1HMLA 2B72A 4EMNA 1L71A 1LHIA 3M3UA 1OQMA 1LZCA 1LZBA 1YKXX 1LYOA 4NGYA 1CKGA 2Z6BA 1L69A 4XJBA 1L49A 2CUUA 3GUKA 1L44A 4N1CC 1HC0A 4GCCA 1AM7A 172LA 4B4JA 4DYGA 1LYHA 1OUBA 1QUDA 4MCKA 4NSGA 149LA 1BWHA 5HNCA 2HECA 4H9HA 3WW5A 4OWCA 153LA 1JTNA 1BB4A 1OUIA 1IR8A 4ZEEA 156LA 1C6KA 1SX2A 4GCDA 163LA 4OWBA 1L80A 1L32A 4RW2A 1G0JA 5KXPA 2W1YA 170LA 1EQ4A 1LSFA 3WVYA 4XJGA 1OUFA 3AZ6A 4W96A 1JEFA 1L67A 3CDQA 1DQJC 4GCFA 3QAKA 1C62A 7LYZA 186LA 5KY1A 2OEAX 4TWSA 2O4WA 2ZNWY 132LA 3GXKA 2MECA 2G4NA 5KXTA 122LA 3RZ4A 1QUOA 1G1VA 2OTYX 3OE9A 262LA 4O34A 1KY1A 4ML7A 3HUAA 4DQ5A 2MEBA 223LA 253LA 2HTXA 5F9XA 4HV2A 1SQ2L 4MR1A 1L81A 2VB1A 5KXXA 1B7PA 1L10A 3AYQA 1JPOA 4NSHA 4DQJA 1C6MA 2MEDA 4Z3MA 4HTQA 1QT7A 1LKRA 152LA 4WG1A 2HULA 3OJPA 3FADA 3LZ2A 2ZWBA 1GPQC 1HSWA 1L25A 1LYYA 1GWDA 3WH1A 1JJ3A 4TUNA 1LWGA 4W54A 3BKVA 5B07A 4NGVA 181LA 1G7HC 220LA 244LA 1OVKA 1LOZA 3TMVA 1AZFA 3WL2A 4EJ4A 1HFXA 5I14A 2ZQ4A 1LZ4A 234LA 4NGIA 2B7XA 4YXCA 1LPIA 3FA0A 1GB0A 5I54A 1L99A 4PGJB 1IC7Y 4WOAA 1Z55A 1IR7A 113LA 1OUAA 1QDRA 3HUKA 3DN4A 5LZMA 194LA 1JJ1A 2F2QA 1PQOA 1UBZA 3G3AB 3HH5A 3F8VA 1QTCA 5LA5A 4P2EA 3E3DA 1D3MA 1L23A 2YDGA 4HPEA 4XADA 1CX6A 1NKHA 1LMPA 1C6NA 1PQIA 3CSZA 1GFGA 1NBYC 1VAUA 4YM8A 1L15A 1L53A 1LI6A 3L2XA 240LA 1L07A 1XJUA 4LT2A 162LA 5AMYA 1CUQA 4LYOA 1KIPC 4OO9A 2CJLA 3EO5A 1L98A 3GULA 2RBPA 2F32A 5F14A 1P37A 2LHMA 157LA 1C6AA 4H9CA 1P3NA 2BAAA 210LA 1JKDA 4BAFA 1IWTA 4W52A 2CWIA 1OUDA 4TSBA 1H6MA 4WM3A 3P64A 2D4KA 5KKIA 1QSBA 1BWIA 1IX0A 3OE0A 1DKJA 1L45A 5HQ1A 1L60A 119LA 1IP3A 2IFFY 1IOQA 1HEMA 1WQPA 1QT8A 1QTZA 1L48A 3A90A 4IJ4A 3UONA 3OE6A 1REZA 1ZYTA 3TXGA 5B06A 1L55A 171LA 2Q9EA 1DPXA 2ZNXY 1VDTA 4G4BA 1C6BA 2XQOA 1LCNA 3B72A 4B0DA 1LYIA 3EXDA 3WU7A 5APDA 2YBNA 1J1XY 1HEWA 4PRQA 196LA 1AT5A 1L54A 1LSNA 1LJIA 4DC4A 1C08C 2B6TA 4NGJA 1L74A 1UACY 258LA 1N4FA 2Z37A 1LTMA 2HU3A 1P2LA 1UCOA 3LHMA 3AGHA 3RNXA 3WPLA 114LA 1DYCA 1XEKA 1JTTL 2B75A 4LYCA 1QT6A 1T8AA 1RFPA 227LA 1L97A 115LA 4AXTA 1QT4A 1GFEA 2HUBA 4OWEA 2RAYX 175LA 5IELA 260LA 1C6PA 4NWEA 3CSRA 1YAPA 1G0GA 4RLMA 5B1FA 2ZYCA 1YAOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IEE A;  1IWZ A;  1G07 A;  1YQV Y;  1YIL A;  2XTH A;  3TXE A;  1CU2 A;  3P65 A;  8LYZ A;  1LZ5 A;  3C8Q A;  1IOS A;  4DDB A;  4I8S A;  4GLV A;  4GCE A;  1REM A;  1WTM A;  5J7C A;  2WAR A;  1LGU A;  2BQL A;  4DJH A;  5FST A;  3HWL A;  1JSE A;  2OE7 X;  1GBO A;  4I7Q A;  5II3 A;  249L A;  2D4I A;  1QT3 A;  4A7D A;  130L A;  3CB7 A;  1QS9 A;  2EQL A;  1GDW A;  2XBS A;  3HDF A;  242L A;  3DMV A;  1D0L A;  4DD9 A;  3C83 A;  1GFH A;  1EPY A;  4NHI A;  246L A;  5KXO A;  5KXN A;  1L04 A;  243L A;  1GD6 A;  5FEL A;  1L37 A;  1BQL Y;  5APE A;  2DQI Y;  3CDO A;  3A95 A;  1CV5 A;  1SSW A;  3HU9 A;  1TLA A;  4EKS A;  4H9F A;  4ARL A;  228L A;  1C6E A;  2B74 A;  3GUJ A;  3RT5 X;  2RSC A;  207L A;  2FBB A;  1DYG A;  7LZM A;  1JKB A;  2YBM A;  2NWD X;  2LYO A;  1ZMY L;  1GBY A;  2F4A A;  3SN6 R;  4ARM B;  1GFV A;  2OE4 X;  4G4C A;  5I5Q A;  4PK0 A;  208L A;  1KNI A;  2LZM A;  195L A;  1BWJ A;  1J1O Y;  1JTM A;  1UIF A;  3SB5 A;  1CV1 A;  1LJG A;  1PQK A;  2W1X A;  4E3U A;  3GUO A;  3HU8 A;  3ZVQ B;  168L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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