1LI3A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3-chlorophenol
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li3A00
3RZEA 1DYDA 3C82A 2RBNA 150LA 4W58A 1L53A 1SWYA 1L92A 1L61A 2IGCA 227LA 3DMVA 3G3WA 3FI5A 3SBBC 1L48A 1QUDA 1L63A 176LA 1L08A 1QT8A 2B7XA 2NTGA 1CU6A 1C66A 4PK0A 112LA 1L97A 3F8VA 1D2YA 3RUNA 4DAJA 158LA 1CV3A 3PDSA 1L75A 190LA 1CU0A 1P37A 1L33A 2LZMA 3C7WA 1L82A 1LLHA 1PQJA 2B6ZA 4I7LA 1C60A 2QB0B 1XEPA 1L20A 1L58A 3FA0A 4I7OA 131LA 4W56A 111LA 2B74A 1L99A 4I7TA 1SX7A 1L12A 126LA 3L64A 2B72A 4OO9A 3CDRA 258LA 3HH3A 3HT7A 1C6IA 159LA 1L69A 2OU0X 225LA 1QTDA 1L06A 2OE4X 1L96A 3D4SA 3G3XA 1JQUA 1L81A 3OE9A 1NHBA 1L10A 2CUUA 145LA 4ARMB 1D3NA 1DYGA 107LA 1WTHA 141LA 253LA 4LZMA 1L36A 1P2LA 1T8GA 3NYAA 3GUJA 1KNIA 4W54A 254LA 1PQDA 2RBSA 4E97A 127LA 143LA 255LA 1CTWA 1G0QA 262LA 1KW7A 3NY9A 3V2WA 4YXCA 3DN8A 1L32A 174LA 1OYUA 1OWYA 259LA 1L68A 196LA 7LZMA 1L34A 4I7SA 187LA 2B70A 3HH6A 3HH4A 3DMZA 1L70A 3HTBA 261LA 2OU9A 1LGWA 228LA 4EPFA 220LA 2F47A 1QTCA 3DMXA 1C6FA 1L22A 142LA 163LA 1SSYA 1L79A 3V2YA 3PBLA 2RH1A 1L80A 191LA 1T97A 1CVKA 2O79A 4PJZA 199LA 1L24A 1L93A 2F2QA 4I7MA 2ANXA 4GRVA 4I7PA 6LZMA 1G1WA 1P5CA 1L42A 1QS5A 1CV0A 4EKSA 1L84A 1P46A 3GULA 1LWGA 1L35A 237LA 1XJUA 164LA 186LA 3C8QA 183LA 1L21A 1L02A 3C8RA 1L72A 1G0KA 1OVJA 3OE0A 1QSQA 3DN6A 230LA 1G0LA 175LA 1L41A 3HH5A 4ARQA 1QTVA 3HT8A 1JTNA 2Q9DA 1EPYA 2LC9A 1QUGA 2B6XA 1T6HA 171LA 125LA 1G0JA 129LA 1D3MA 1C6TA 1L54A 2Z6BA 3DN3A 3DN2A 3K2RA 1LYDA 1CV6A 1L73A 140LA 248LA 173LA 122LA 1G07A 200LA 188LA 232LA 195LA 257LA 1SWZA 4W52A 217LA 3SN6R 1XJTA 1D2WA 182LA 1OV7A 1L56A 4LDLA 1KW5A 2OE9X 3OE8A 1CV5A 4I7JA 3OE6A 1QTBA 1ZYTA 1L28A 1L23A 1C6AA 197LA 2A4TA 2ANVA 1C6CA 1L51A 1L46A 1L01A 1L19A 201LA 1L25A 1DYAA 119LA 1L85A 2B6WA 108LA 243LA 3SB5A 3C7ZA 3HDEA 1D3FA 1L0JA 1L87A 1C61A 247LA 2OE7X 3GUMA 1DYEA 3DN1A 3C81A 4EXMA 221LA 1L13A 1L07A 1L67A 1C6DA 1QTZA 1C6KA 251LA 2Q9EA 3HWLA 1C6HA 155LA 1PQOA 120LA 1G1VA 244LA 1CUQA 3GUIA 1QUHA 239LA 115LA 139LA 1G0MA 2RB0X 4EJ4A 1SSWA 3CDTA 1L39A 209LA 4I7NA 3FADA 4IAPA 1L29A 1C6JA 260LA 1G0GA 2O7AA 2RAZX 3SB8A 3DKEX 1KY0A 162LA 161LA 3GUPA 185LA 1C6LA 249LA 1P6YA 1LYIA 1LYGA 1QT5A 1L30A 1LI6A 252LA 4EPIA 1L62A 1C6MA 1OVKA 224LA 1DYBA 3HU8A 4ARMA 2HUKA 212LA 1P7SA 1C6BA 1G0PA 1LGUA 110LA 144LA 1LI2A 1C6NA 238LA 3HUKA 4ARQB 123LA 2RB1X 104LA 4YX7C 3HUAA 166LA 2RBPA 3SB9A 1LI3A 137LA 3VW7A 128LA 3HU9A 4K5YA 4W59A 216LA 1L98A 3HUQA 1C6EA 3C7YA 1L40A 1CUPA 1QT7A 205LA 1CX6A 2OEAX 1L16A 1L17A 192LA 2RBOA 3CDOA 3ODUA 1P2RA 165LA 1L66A 109LA 178LA 1L15A 160LA 1C6QA 1JTMA 1L77A 148LE 213LA 1LYJA 147LA 1LYHA 3SBAA 4I7QA 1C69A 3GUOA 2LCBA 4DKLA 1L44A 1CV1A 223LA 1L90A 1QT3A 1LYFA 3C8SA 229LA 1PQMA 1D9WA 1L89A 250LA 210LA 3GUNA 3SB7A 167LA 1QUOA 169LA 151LA 2O4WA 1L03A 1B6IA 3G3VA 2B6YA 246LA 152LA 2OU8A 3NY8A 1P3NA 2OTZX 1L65A 214LA 170LA 189LA 242LA 118LA 3HTGA 4EKRA 1L05A 215LA 1K28A 4GBRB 3GUKA 5LZMA 4I7RA 4YXAC 1T8AA 1L47A 4W53A 1L43A 1L18A 184LA 1L83A 1KS3A 3C80A 1L31A 2RBRA 3EMLA 156LA 1DYCA 198LA 1P56A 1TLAA 102LA 3HDFA 3C83A 177LA 256LA 3L2XA 1LGXA 1L11A 1LWKA 2F32A 1KY1A 1ZWNA 2B6TA 245LA 1L91A 4EKPA 1L50A 3DN0A 1CU3A 1L00A 1C6GA 4W55A 138LA 3HTDA 3CDQA 3UONA 1SX2A 1L45A 4ARJA 3QAKA 1L64A 4ZPUA 2HUMA 168LA 4AQNA 4I7KA 1DYFA 4DJHA 1LPYA 4EKQA 1PQIA 236LA 1P64A 234LA 3LZMA 4LDOA 1C65A 4W51A 219LA 1C67A 1QSBA 2L78A 1OV5A 4S0WA 3DN4A 1I6SA 2B75A 3JR6A 1L04A 2NTHA 235LA 1L0KA 4ARLA 1L86A 157LA 1P36A 2QARC 1T8FA 241LA 103LA 130LA 4LDEA 211LA 1L38A 1C63A 1L94A 1OWZA 1L88A 231LA 1C6PA 149LA 1L59A 1L95A 2OTYX 1ZURA 1G06A 1LW9A 2HULA 218LA 172LA 1L55A 1LYEA 114LA 2RB2X 1C68A 1CU5A 1L60A 1CX7A 1L37A 180LA 1L52A 1C62A 233LA 5I14A 1OVHA 2RAYX 1L09A 1L26A 1L76A 3CDVA 1QTHA 240LA 2RBQA 146LA 113LA 1C64A 3HTFA 4W57A 1CV4A 2B73A 1D3JA 1QS9A 1L27A 1L57A 4ARPA 1L71A 226LA 181LA 1L74A 3DNAA 3HT6A 1QT6A 1L49A 1CU2A 1QT4A 222LA 206LA 3HT9A 3F9LA 1L14A 3SB6A 1PQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYDA 1IP4A 1GBSA 2RBNA 1LYYA 1GDXA 2LHMA 3WVXA 2IGCA 3AGGG 1MLCE 1GBZA 4HTKA 5T3FA 1VATA 7LYZA 5C6IA 176LA 1IY3A 4N1EI 5KXSA 4B4IA 1L97A 1LSBA 3A95A 1CU0A 4QGZA 1IWZA 3C7WA 1L82A 1WTMA 4WL6A 3MGWA 2QB0B 1L58A 4GN3A 4I7OA 1HFYA 1WTNA 1OUCA 4XN6A 4W56A 111LA 1IR9A 3W6FA 4I7TA 1L12A 1IY4A 4NWHA 1IWTA 4EMNA 1L96A 1GDWA 3HBDA 1L81A 5DL9A 1XGRC 4ARMB 3RNXA 1LYOA 2W1LA 1B7NA 3OK0A 2F2NA 254LA 4II8A 2RBSA 1IC4Y 4E97A 3A3QA 1B7SA 4CJ2A 5HMVA 1CTWA 1G0QA 1G7LC 1GPQC 3FI7A 1L32A 1OYUA 1L34A 133LA 2HEFA 3HH4A 2BQCA 1A4VA 5DM9A 4Z3MA 1XEJA 1LGWA 228LA 4YF2A 4LT2A 4D9ZA 2F47A 4A7DA 163LA 2ZNWY 1L79A 3V2YA 3PBLA 1L80A 1T97A 4H9CA 3WUMA 1LMTA 1LAAA 2FYDA 2YBHA 1OUDA 1L93A 5K7OA 5FELA 1G1WA 4O34A 1GBYA 5KKIA 194LA 1CV0A 3QNGA 4BAFA 4EKSA 1LSDA 4YOPA 5A3EA 237LA 164LA 3C8QA 2ZIJA 4X3BA 2N5ZA 3DN6A 1GBXA 3LYTA 4HPEA 1LZ8A 1YQVY 1LTMA 3ATNA 3VWOA 1LZBA 1C10A 4KPMA 4LT1A 1D3MA 4LGKA 1I56A 1L54A 3T6UA 3A96A 5F16A 173LA 1G07A 4Z98A 188LA 2YDGA 1LSPA 232LA 2XBRA 4W52A 1B7RA 2MECA 1CJ8A 3SN6R 4WLYA 182LA 4I7JA 5KXMA 3OE8A 1LHJA 1UIFA 1L28A 5HQ1A 2ANVA 3D3DA 3TMXA 1DPWA 2X0AA 2W1XA 5LAGA 1L19A 119LA 2B6WA 6LYTA 1PZYA 4IJ4A 4I0CA 1BHZA 3GUMA 3DN1A 221LA 3EMSA 3TXHA 2H9KA 1L67A 1UUZC 2BQKA 1JKAA 1HSWA 4HJZA 1PQOA 120LA 139LA 4GN4A 1GXXA 4RDSA 1VFBC 209LA 1VDSA 3FADA 4TSBA 4DYGA 1HEWA 260LA 3DKEX 3GUPA 1GB9A 4HP0A 1LYIA 1LYGA 252LA 5HLLA 4EPIA 224LA 3HU8A 4ARMA 4U3XB 1B2KA 1P7SA 1C6BA 1LZ4A 1D0KA 110LA 1GB7A 5LVJA 4ARQB 2C8OA 4YX7C 3HUAA 3A91A 166LA 5KJ9A 4ZIXA 4K5YA 1L98A 1L40A 1QT7A 4ETCA 4BAPA 1L16A 192LA 2BQFA 2RBOA 3CDOA 3ODUA 2D4KA 4Z41A 178LA 1KIPC 2HEBA 2Z12A 1LYHA 1C69A 4R6CA 2Z19A 5I4WA 3AJNA 5KXKA 3AW7A 1CV1A 3ZVQB 2DQDY 1OUGA 1LSFA 1PQMA 1DI5A 1JUGA 1XEKA 210LA 4WLDA 169LA 1N4FA 1IVMA 1GD6A 1UIBA 4H8XA 1QSWA 1B6IA 1P3NA 5LVIA 2OTZX 1BVXA 1I1ZA 3M3UA 189LA 242LA 4WM4A 4EKRA 215LA 3P65A 5LZMA 4I7RA 1QTEA 4QDNA 1L43A 2WARA 1E8LA 184LA 4DC4A 4H93A 2DQAA 3QE8A 5LVGA 1GE1A 1PS5A 4LYMA 1ZMYL 1KS3A 4R0FA 1L31A 3A67Y 3EMLA 3WPLA 1JISA 4OOOA 2LZTA 2Q0MX 3C83A 177LA 3L2XA 4NEBA 4WO6A 1IP5A 1KXWA 5F81A 1TBYA 2BQGA 1ZWNA 2H5ZA 2BQHA 5KXWA 1L91A 3DN0A 1CU3A 1C6GA 2YBLA 4N0JA 5APFA 2HUMA 1RE2A 1TAYA 4DJHA 1LJ3A 1LJHA 1B5ZA 4OW1A 1C67A 1DXJA 1JJ0A 3DN4A 1T3PA 1L04A 157LA 1P36A 5DN5A 130LA 2DQGY 4UWUA 1LZ6A 149LA 1BGIA 4MSTA 1G06A 3LN2A 1GFKA 4CFOA 2DQFC 4KT3A 1C68A 1CX7A 4YEMA 4OWHA 1C62A 4ETAA 1BWHA 2RAYX 4XJFA 1GF7A 4LYOA 5LXWA 240LA 4GCEA 3HFMY 3AZ4A 113LA 1UCOA 2B73A 1D3JA 5LYMA 4ARPA 181LA 1L74A 5EBHA 1AKIA 1L49A 1GE4A 3EXDA 1EQ5A 1GHLA 1JKDA 4HV1A 3GXRA 2FYCA 3WUAA 3G3AB 1PQKA 3RZEA 5FDJA 3C82A 3P4ZA 4W58A 1SWYA 1L92A 1L61A 2ZIKA 1ZVHL 227LA 3DMVA 3SBBC 3FI5A 1L48A 1QUDA 4NSIA 1GFRA 1UA6Y 1IR8A 2B7XA 3WW6A 4HPIA 2NTGA 4DD2A 4H1PA 3EBAB 1D2YA 158LA 1GWDA 1KIQC 4DQ5A 1LYZA 1L20A 4HJYA 3FA0A 4H9HA 1GFTA 1G7JC 4H9IA 1B7PA 1GE2A 1FKVA 2W1MA 4WOAA 1SX7A 3ZVQA 126LA 2B72A 4OWCA 1O23A 1RJCB 258LA 3HH3A 4HTNA 1C6IA 1GE3A 1LSYA 2OU0X 5LVHA 4H91A 1QTDA 1JSEA 4N5RA 1L06A 1INUA 3G3XA 2ZNXY 2MEEA 1D3NA 1EL1A 1DYGA 135LA 3NYAA 3B0OA 3GUJA 1KNIA 1J1XY 4W54A 1LMAA 3LYOA 1LZRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYD A;  1IP4 A;  1GBS A;  2RBN A;  1LYY A;  1GDX A;  2LHM A;  3WVX A;  2IGC A;  3AGG G;  1MLC E;  1GBZ A;  4HTK A;  5T3F A;  1VAT A;  7LYZ A;  5C6I A;  176L A;  1IY3 A;  4N1E I;  5KXS A;  4B4I A;  1L97 A;  1LSB A;  3A95 A;  1CU0 A;  4QGZ A;  1IWZ A;  3C7W A;  1L82 A;  1WTM A;  4WL6 A;  3MGW A;  2QB0 B;  1L58 A;  4GN3 A;  4I7O A;  1HFY A;  1WTN A;  1OUC A;  4XN6 A;  4W56 A;  111L A;  1IR9 A;  3W6F A;  4I7T A;  1L12 A;  1IY4 A;  4NWH A;  1IWT A;  4EMN A;  1L96 A;  1GDW A;  3HBD A;  1L81 A;  5DL9 A;  1XGR C;  4ARM B;  3RNX A;  1LYO A;  2W1L A;  1B7N A;  3OK0 A;  2F2N A;  254L A;  4II8 A;  2RBS A;  1IC4 Y;  4E97 A;  3A3Q A;  1B7S A;  4CJ2 A;  5HMV A;  1CTW A;  1G0Q A;  1G7L C;  1GPQ C;  3FI7 A;  1L32 A;  1OYU A;  1L34 A;  133L A;  2HEF A;  3HH4 A;  2BQC A;  1A4V A;  5DM9 A;  4Z3M A;  1XEJ A;  1LGW A;  228L A;  4YF2 A;  4LT2 A;  4D9Z A;  2F47 A;  4A7D A;  163L A;  2ZNW Y;  1L79 A;  3V2Y A;  3PBL A;  1L80 A;  1T97 A;  4H9C A;  3WUM A;  1LMT A;  1LAA A;  2FYD A;  2YBH A;  1OUD A;  1L93 A;  5K7O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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