1LI3A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3-chlorophenol
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li3A00
1D9WA 247LA 4YXAC 2QARC 1LYEA 2B7XA 3NYAA 1QTBA 259LA 3EMLA 211LA 1L52A 1C6CA 1L99A 3HTDA 1C6BA 3CDRA 4LDLA 148LE 1L06A 4AQNA 243LA 1L97A 1C6QA 2O79A 168LA 1G0PA 3HUAA 3C7ZA 1JTMA 3DN8A 1L96A 1T97A 2OU8A 4YXCA 3HUQA 251LA 1KY0A 162LA 1WTHA 1DYFA 1G0QA 244LA 1LYGA 1T8AA 3CDVA 173LA 3GUPA 1C6EA 1LYDA 3F8VA 1ZWNA 1L49A 3DN0A 1LGUA 4LDOA 226LA 4W58A 237LA 176LA 3DN4A 1L32A 174LA 3DMVA 2B6TA 3HDFA 1ZYTA 1XEPA 167LA 1L47A 178LA 1KY1A 2ANXA 1L61A 3GUNA 1G1VA 1LYIA 4DKLA 1CV5A 1CV1A 1D3FA 4IAPA 118LA 3SBBC 2OE9X 3C83A 3SBAA 1L94A 158LA 1PQMA 2RBRA 192LA 1QTCA 1L79A 3C7YA 1L19A 3DN2A 189LA 4K5YA 156LA 1G0GA 1C68A 1QUGA 205LA 1L89A 225LA 3D4SA 4I7JA 152LA 2O7AA 2RBOA 3HU9A 4EJ4A 3C7WA 3GUMA 2B6WA 212LA 1C6GA 1QS5A 157LA 108LA 2OE4X 1L20A 4YX7C 1CU0A 4ARJA 3QAKA 3SB5A 4LZMA 4ARMA 3FI5A 1L03A 1L50A 1L45A 2RAYX 1PQJA 4I7OA 3RZEA 1L39A 1C65A 119LA 1L28A 2OE7X 1SWZA 4LDEA 1QT7A 3SB8A 4ARQB 233LA 1C6DA 1L64A 234LA 2RB1X 1LYHA 2RB0X 125LA 1L75A 1DYEA 145LA 1L56A 3SN6R 1OWYA 1L76A 1P5CA 230LA 1L40A 1L98A 1L22A 1L69A 3HH4A 4ARPA 103LA 3DN6A 1L38A 1L90A 195LA 2RBNA 1QUHA 3PBLA 241LA 1OVHA 122LA 140LA 1SSWA 1P37A 4GRVA 1LLHA 1QTZA 221LA 1L04A 2B6ZA 1L36A 1NHBA 4W54A 222LA 1CU2A 112LA 1TLAA 3G3XA 232LA 1G0MA 1L86A 1L73A 1L66A 3F9LA 1CV3A 253LA 3HTFA 102LA 4EPFA 1QTVA 206LA 129LA 2OTYX 1CTWA 3VW7A 210LA 1C62A 216LA 4I7SA 4W52A 1L34A 201LA 2HULA 3CDOA 1C66A 2ANVA 3OE9A 1L93A 3DN1A 1L77A 1QUOA 3GUOA 3OE8A 1L07A 2Q9DA 1T6HA 1L42A 2F2QA 3CDTA 1L21A 1CUQA 1K28A 2OTZX 2F32A 166LA 2LCBA 3L2XA 2QB0B 186LA 1L11A 1L17A 1OVJA 1P64A 4W56A 1L62A 1P2LA 1QTHA 2OEAX 191LA 182LA 1QSBA 1QT4A 1G06A 242LA 197LA 1L48A 1QT8A 1L84A 2RBPA 198LA 1CV0A 1QS9A 1L13A 217LA 1L80A 1C61A 1SWYA 4W57A 7LZMA 1L71A 1KNIA 1L01A 1L27A 1PQDA 4W59A 4DAJA 3DMZA 231LA 3HT9A 1L09A 4PK0A 1DYAA 1LYJA 3ODUA 1L59A 3PDSA 2O4WA 1L46A 3HT8A 160LA 1DYGA 2RBSA 4EKPA 2RBQA 1L00A 1L83A 1LYFA 139LA 3NY9A 165LA 1C60A 1QSQA 1L10A 146LA 1C6HA 1L95A 1ZURA 1CUPA 3HWLA 1P3NA 4I7TA 155LA 4E97A 187LA 228LA 109LA 223LA 1EPYA 4ARMB 4W53A 1C63A 2CUUA 171LA 262LA 1C6FA 142LA 1D3JA 1T8FA 1L15A 1CX6A 215LA 3SB7A 1QUDA 3CDQA 1L67A 1L05A 4GBRB 1T8GA 1QT5A 1CX7A 2Z6BA 3C81A 1CVKA 2F47A 3V2WA 1DYDA 4EKQA 200LA 138LA 1OWZA 1C67A 2L78A 141LA 1L14A 3HH6A 115LA 1G0KA 1L55A 1JTNA 4I7NA 3JR6A 1L85A 143LA 177LA 227LA 3RUNA 2B75A 1OV7A 3V2YA 4S0WA 1LI6A 2B70A 3HT7A 254LA 3HT6A 1D2WA 1JQUA 1C6LA 123LA 2B72A 3HU8A 3HDEA 131LA 1P2RA 183LA 218LA 3GUIA 1C6JA 1L33A 3UONA 3DMXA 190LA 1L65A 3NY8A 1L16A 2OU9A 196LA 104LA 1DYCA 1L41A 1OVKA 1PQKA 1C69A 4EKSA 184LA 126LA 224LA 1L60A 3HTBA 1L58A 3C82A 114LA 150LA 1L63A 113LA 4I7LA 163LA 2OU0X 1L87A 258LA 2B6YA 213LA 255LA 1LGWA 1P56A 248LA 3G3WA 1L88A 130LA 1SX2A 3HUKA 180LA 1KW7A 3DNAA 1L54A 1LI3A 238LA 3C8RA 1L08A 4EXMA 1QTDA 1B6IA 3LZMA 4ZPUA 5I14A 250LA 1CV6A 1L31A 2IGCA 159LA 110LA 1KW5A 120LA 235LA 2RB2X 261LA 1L68A 1G0JA 1G1WA 3SB6A 1XJUA 1C6NA 1QT6A 2RH1A 209LA 1D3NA 1L30A 188LA 1C6TA 256LA 1L25A 172LA 1CU3A 2HUKA 1L92A 1L12A 1LWKA 229LA 2B74A 249LA 2NTHA 1C6KA 2A4TA 1P6YA 1G0LA 128LA 1L0KA 1L35A 3GUJA 137LA 4W51A 1L18A 3GULA 3OE0A 4DJHA 4I7PA 3C8SA 1SSYA 1L43A 1CV4A 4OO9A 4ARLA 1QT3A 239LA 236LA 2HUMA 3SB9A 3HH3A 4EPIA 1L57A 127LA 1L0JA 5LZMA 1LGXA 169LA 185LA 3G3VA 1LI2A 2B6XA 1L02A 2LC9A 2RAZX 1L29A 260LA 246LA 1L82A 3GUKA 1C64A 1G07A 181LA 4I7KA 1LPYA 199LA 2NTGA 1CU5A 1OV5A 1L74A 4ARQA 175LA 1D3MA 161LA 214LA 147LA 3C8QA 4W55A 4PJZA 1L26A 1OYUA 149LA 4I7QA 1SX7A 151LA 1L37A 3C80A 3HH5A 164LA 220LA 4I7MA 219LA 1L70A 1C6AA 4EKRA 3DKEX 1L51A 1P7SA 144LA 3OE6A 111LA 1KS3A 1L81A 3DN3A 1L91A 3K2RA 1C6IA 2Q9EA 1D2YA 1C6MA 1L24A 3FA0A 1PQOA 2B73A 170LA 1L72A 1L23A 1C6PA 1DYBA 1I6SA 245LA 252LA 1LWGA 1L44A 240LA 3HTGA 3FADA 1XJTA 1PQIA 2LZMA 6LZMA 1P46A 1LW9A 257LA 1P36A 1L53A 107LA 3L64A 4I7RA 1CU6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPWA 1D9WA 3LYTA 1LJIA 4DDBA 4QEQA 2ZILA 259LA 4XN6A 3EMLA 3IWRA 2FBBA 1E8LA 5APDA 5HQ1A 3FE0A 3EXDA 1C6QA 1BHZA 168LA 3HUQA 2D6BA 1KY0A 1B5VA 244LA 1LYGA 2WARA 3CDVA 4DQJA 1IC5Y 1F6SA 1GDWA 1L49A 1BWHA 1LGUA 226LA 5EBHA 3TMXA 4OOOA 2ZNXY 1YAMA 4KT3A 9LYZA 5IHGA 1XEJA 1UUZC 1GBZA 4LT2A 3F6ZA 1V7TA 4IAPA 1YAQA 1IC4Y 3C83A 4NGYA 4GCEA 1PQMA 1GFUA 1L19A 156LA 3G3BB 205LA 1L89A 3K3TA 4Z41A 2DQCY 2RBOA 4EJ4A 3A6CY 3C7WA 2HEBA 1NMMA 212LA 1AZFA 1IWXA 1WQOA 1L20A 4HSFA 4ARJA 4LZMA 4QDNA 1LSNA 5LXWA 3FI5A 1HHLA 5LVKA 3LYMA 4R0FA 2RAYX 3AZ7A 1GBYA 1LZDA 1GEZA 1UBZA 2Z37A 3RZEA 1DQJC 4J1BA 1RE2A 1EQEA 3SB8A 1GF9A 1JTPL 3TMVA 1B7MA 2DQEY 3W6EA 1L75A 3FI7A 1UICA 5C6JA 2YBNA 1JKDA 1L76A 4WLYA 3CSZA 1GE3A 1L69A 5DLAA 4CFPA 5L3IA 1H87A 1QUHA 2BLYA 2YBJA 1IR8A 122LA 4GRVA 1P37A 2LZ2A 1LLHA 221LA 1L36A 4QGZA 1JJ3A 1JJ0A 4NGZA 1NBYC 253LA 3HTFA 1HEMA 3AW6A 4PJ2C 3LN2A 5I4XA 1LMTA 1GB7A 1REMA 4W52A 1L34A 1FDLY 2G4PA 4NWEA 3WPLA 3OE8A 1L07A 3A93A 1AT5A 1T6HA 1L42A 2F2QA 3CDTA 2DBTA 2ZQ4A 4YENA 4D9ZA 2F32A 2QB0B 1QTKA 4KL7A 2N5ZA 4Z46A 3WYHA 1L62A 1P2LA 2OEAX 191LA 4B4EA 1OQMA 1G06A 197LA 2FYDA 1HF4A 198LA 5F9XA 1L80A 4ZIXA 3OJPA 2I26L 1GBOA 4J0LA 5APCA 1L01A 4W59A 3DMZA 1LAAA 1L09A 4PK0A 1DYAA 1LYJA 3ODUA 4BAPA 1LSGA 1TCYA 2G4QA 4AGAA 4ML7A 5JENB 1F10A 4EKPA 1TAYA 1CJ6A 1GB0A 2RBQA 4H8ZA 2MEHA 165LA 4LZTA 4HTKA 3B72A 2BQKA 1GB9A 1L95A 1LKSA 1IC7Y 2RSCA 4I7TA 4TUNA 3HBEX 1GAZA 228LA 4NGJA 1EPYA 208LA 1GFRA 4H9IA 142LA 1TBYA 1TDYA 1NHEA 1L67A 4PGJB 1LJJA 1O23A 1DYDA 4PRQA 1OWZA 3WUMA 1C67A 2XBSA 1L14A 2Q0MX 115LA 1G0KA 1JTNA 2Z38A 4I7NA 1WTNA 5LVIA 3JR6A 1BB5A 4ET9A 227LA 4NY5A 1WQMA 2BPUA 1LJFA 4LFPA 3HT7A 1LI6A 1XGPC 1AT6A 1JHLA 3RNXA 5KXLA 1D2WA 1UCOA 1LSAA 1C6LA 5KXZA 1KIQC 4WM3A 2ZIJA 3P4ZA 2CWIA 1QUSA 1C6JA 1OUBA 1B5UA 3N9CA 3UONA 3DMXA 3CT1A 1L16A 1XFPL 2DQIY 4OWEA 4N1EI 4B1AA 3CT5A 4IATA 1DZBX 1HEWA 3C82A 4TTDA 114LA 2ZYPA 2OU0X 1LGWA 3AGIA 3WPKA 1GFJA 1L88A 3HUKA 1XGTC 4CHXA 1KW7A 3DNAA 2B5ZA 2MEIA 4E3UA 4CJ2A 3C8RA 3A34A 250LA 4PRUA 2IGCA 1W6ZA 5I5QA 1JWRA 3CQLA 4UWUA 1FKQA 2D4IA 1RFPA 1LSBA 5KXWA 3B0OA 2PC2A 2RH1A 209LA 4OW1A 2DQDY 256LA 1CJ8A 3LZ2A 2YBLA 5DN5A 2BQNA 1ALCA 1UIAA 5KXNA 1LSPA 1P2CC 5KXOA 4WM2A 1LZ9A 1GFAA 1AKIA 128LA 4W51A 1GF8A 1HSWA 2I25L 4HPIA 5T3FA 3KAMA 4H90A 1B7PA 4YEOA 4XADA 1SQ2L 4WG1A 5AMYA 4TSBA 4WO6A 1OUIA 1HENA 3G3VA 1LI2A 2B6XA 1FLQA 5F9UA 2LC9A 4QY9A 4CGEA 246LA 1KIPC 3GUKA 1G07A 1LZTA 1XGUC 2NTGA 3AJNA 1CU5A 1L74A 214LA 3AZ5A 4XJHA 2YDGA 1JJ1A 1LTMA 4I7QA 4OWBA 3C80A 4G4CA 1XGQC 3W6AA 153LA 1C6AA 3DKEX 1LZ8A 2BQGA 3TXDA 1L81A 2H9KA 3WL2A 3WVXA 3A92A 1L23A 1JPOA 1I6SA 1YKXX 4GCBA 2AUBA 1YL1X 4NHTA 4ET8A 3HTGA 1OUHA 1LJKA 1PQIA 6LZMA 1GE2A 3B6LA 3A94A 2Z18A 1QDTA 1RI8B 4I7RA 4H9CA 1CU6A 1CNSA 1LSMA 1OP9B 3TMWA 3WMKA 211LA 1G7HC 1C6CA 3HTDA 3WXTA 1LYOA 1IWWA 3CDRA 4LDLA 4R6CA 1PS5A 1JEFA 1L06A 3HBHA 3RZ4A 4AQNA 4MSTA 3HUAA 1JTMA 1AM7A 6LYTA 1L96A 1T97A 2OU8A 3AYQA 4YXCA 1VDQA 1WTHA 1DYFA 173LA 3WVYA 2BQHA 1C6EA 3T36A 1ZWNA 3DN0A 237LA 2YVBA 3W6CA 176LA 3EBAB 1L32A 3A3QA 2B6TA 1XEPA 5KXKA 167LA 4B4JA 1DI4A 1UA6Y 2ANXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DPW A;  1D9W A;  3LYT A;  1LJI A;  4DDB A;  4QEQ A;  2ZIL A;  259L A;  4XN6 A;  3EML A;  3IWR A;  2FBB A;  1E8L A;  5APD A;  5HQ1 A;  3FE0 A;  3EXD A;  1C6Q A;  1BHZ A;  168L A;  3HUQ A;  2D6B A;  1KY0 A;  1B5V A;  244L A;  1LYG A;  2WAR A;  3CDV A;  4DQJ A;  1IC5 Y;  1F6S A;  1GDW A;  1L49 A;  1BWH A;  1LGU A;  226L A;  5EBH A;  3TMX A;  4OOO A;  2ZNX Y;  1YAM A;  4KT3 A;  9LYZ A;  5IHG A;  1XEJ A;  1UUZ C;  1GBZ A;  4LT2 A;  3F6Z A;  1V7T A;  4IAP A;  1YAQ A;  1IC4 Y;  3C83 A;  4NGY A;  4GCE A;  1PQM A;  1GFU A;  1L19 A;  156L A;  3G3B B;  205L A;  1L89 A;  3K3T A;  4Z41 A;  2DQC Y;  2RBO A;  4EJ4 A;  3A6C Y;  3C7W A;  2HEB A;  1NMM A;  212L A;  1AZF A;  1IWX A;  1WQO A;  1L20 A;  4HSF A;  4ARJ A;  4LZM A;  4QDN A;  1LSN A;  5LXW A;  3FI5 A;  1HHL A;  5LVK A;  3LYM A;  4R0F A;  2RAY X;  3AZ7 A;  1GBY A;  1LZD A;  1GEZ A;  1UBZ A;  2Z37 A;  3RZE A;  1DQJ C;  4J1B A;  1RE2 A;  1EQE A;  3SB8 A;  1GF9 A;  1JTP L;  3TMV A;  1B7M A;  2DQE Y;  3W6E A;  1L75 A;  3FI7 A;  1UIC A;  5C6J A;  2YBN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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