1LI6A

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 5-methylpyrrole
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1li6A00
3EMLA 1L15A 1D3JA 1L88A 1ZURA 245LA 2B72A 1LYIA 1L23A 1LYDA 4ARMA 1SWYA 1C6IA 4ARQA 180LA 4OO9A 112LA 1L17A 170LA 1C6MA 3FADA 250LA 1PQDA 219LA 104LA 1L94A 4I7JA 2B6ZA 7LZMA 1DYFA 1L55A 1PQIA 1L68A 215LA 234LA 1DYEA 4I7KA 1DYBA 1L95A 222LA 176LA 3SBBC 1C6GA 2RBQA 1C69A 1L62A 1L85A 144LA 205LA 1L73A 1CU0A 3HUKA 1L46A 1LGXA 2B6XA 216LA 1L58A 1P6YA 1L72A 2IGCA 4DJHA 3HTDA 252LA 2O79A 1T6HA 1L32A 3HWLA 218LA 1LWKA 3C7WA 1L57A 3DKEX 4ARPA 2A4TA 1L16A 1SWZA 3C7YA 1G0JA 4I7TA 1CV1A 4EKPA 3L2XA 1CV4A 4S0WA 2QB0B 4K5YA 1JTNA 4DAJA 1L61A 238LA 3GUMA 240LA 1CV0A 1ZWNA 4LDLA 3CDVA 3HUAA 4GBRB 2HUKA 1L41A 1P2RA 259LA 3NY8A 173LA 1G1WA 3OE0A 159LA 3C8SA 4W53A 3G3XA 182LA 2RB1X 1OVHA 3C80A 1QTDA 103LA 1QT6A 1QTBA 2ANVA 224LA 1D2WA 209LA 118LA 2RH1A 3ODUA 1CV3A 1G0KA 1OVKA 4YXCA 3PDSA 1P56A 1JTMA 1QT7A 1CX6A 1LI3A 1L48A 1CVKA 1L53A 1L83A 258LA 2F2QA 1L39A 2CUUA 1L91A 3CDRA 3HTFA 2O4WA 1P64A 1QS9A 4EKRA 1QUDA 2ANXA 1C6JA 1OV5A 253LA 4DKLA 2B6TA 3C83A 3JR6A 1L97A 1L06A 229LA 129LA 1SX7A 197LA 147LA 1D3FA 1L56A 192LA 1L80A 2RBNA 107LA 1C67A 1C6TA 1P46A 3G3VA 214LA 4W52A 1L25A 1C62A 3DMVA 4EPIA 1C6QA 3NY9A 167LA 2OU8A 1XEPA 190LA 1L36A 152LA 1L98A 1LGWA 2LCBA 191LA 2O7AA 3VW7A 1CTWA 1D3NA 1KNIA 102LA 2B6WA 200LA 1L67A 3DN8A 1L34A 4I7QA 1QTZA 1T8FA 3OE6A 3K2RA 239LA 2RBRA 164LA 1B6IA 3SB8A 187LA 1CU2A 255LA 1L65A 131LA 115LA 260LA 3DN6A 3QAKA 1QT4A 3HDEA 1L66A 223LA 1LWGA 3FA0A 4ARLA 171LA 4W51A 126LA 1C6EA 4I7LA 3HDFA 3F8VA 149LA 1G0PA 1L99A 3HT7A 3DN3A 4W55A 4YXAC 2RB2X 3OE9A 4EKSA 4W56A 3SBAA 1CU6A 1OWZA 1KW5A 1L12A 247LA 3GUOA 262LA 120LA 3DN0A 1C6LA 261LA 4ZPUA 248LA 3CDTA 1QSBA 157LA 1L70A 225LA 123LA 2F47A 1L87A 2OE4X 3DN4A 1C61A 1L93A 256LA 1P36A 4I7RA 3HTGA 2Z6BA 1L28A 1L74A 3CDQA 4LDOA 1SSYA 108LA 4ARMB 1P7SA 4I7SA 4ARQB 220LA 1C6FA 1L0JA 206LA 174LA 1DYDA 3DN1A 1L02A 3DN2A 139LA 113LA 2F32A 1G06A 254LA 161LA 3C81A 2B6YA 2Q9EA 3L64A 1L60A 1P3NA 1QSQA 1L75A 211LA 1LW9A 1L40A 1I6SA 1L18A 1L59A 3DNAA 3GULA 1L76A 2NTHA 3V2WA 4AQNA 1P37A 1PQKA 2B75A 1PQMA 3GUPA 1C6KA 1L20A 128LA 155LA 1DYGA 1C6DA 1L63A 1CV6A 3DMZA 3LZMA 2OU9A 1XJUA 2B7XA 114LA 1L69A 1D9WA 1PQJA 1C66A 1L0KA 3SB5A 145LA 1LI2A 2B74A 1L14A 4W59A 1KY1A 3PBLA 1L84A 1OV7A 1QUGA 186LA 1G07A 1LGUA 2OU0X 4E97A 1L71A 3CDOA 1P5CA 4EKQA 175LA 1C6NA 1L04A 137LA 1L92A 1L35A 226LA 184LA 165LA 1LYGA 1L10A 1L42A 1CU3A 2RB0X 1G0GA 246LA 1QTHA 109LA 3F9LA 1C6BA 2OTZX 146LA 3C82A 1L43A 1L54A 1ZYTA 4I7PA 143LA 3OE8A 1EPYA 257LA 169LA 4GRVA 1QTCA 3GUKA 3HH4A 1L45A 3HH3A 3HU8A 3RZEA 1G1VA 1L49A 3HH5A 1LYJA 3HT9A 1L11A 1L51A 210LA 2B73A 4W58A 2L78A 1G0MA 251LA 2HUMA 122LA 195LA 4I7OA 3FI5A 1T97A 3HTBA 1C6HA 189LA 1QTVA 158LA 1LYHA 1SX2A 3GUNA 236LA 1L52A 1C68A 1KS3A 1L33A 1QT5A 177LA 1G0QA 1L89A 2HULA 3C8QA 4W54A 4EJ4A 1L30A 1OWYA 110LA 3DMXA 188LA 3SB6A 4EPFA 4ARJA 130LA 237LA 1L96A 1L08A 1L81A 1D3MA 3UONA 4W57A 1SSWA 241LA 2NTGA 233LA 140LA 1L22A 160LA 125LA 2B70A 148LE 243LA 2LC9A 1L29A 1LLHA 3C7ZA 1OYUA 1C6PA 4I7NA 4PK0A 5LZMA 221LA 1CX7A 2LZMA 178LA 1L26A 3D4SA 1L27A 2RBOA 1T8GA 1LI6A 162LA 1L64A 1L44A 217LA 1K28A 1NHBA 199LA 228LA 2RAZX 1LYEA 4LZMA 1CUPA 1TLAA 212LA 1L82A 1L19A 4EXMA 172LA 142LA 242LA 3HUQA 151LA 231LA 3GUIA 3HU9A 1PQOA 1L00A 2RBSA 181LA 213LA 1L21A 1XJTA 3C8RA 141LA 1QS5A 1D2YA 156LA 3G3WA 1L01A 1CV5A 3NYAA 1QT3A 3SB7A 244LA 185LA 1DYCA 168LA 1L47A 3SN6R 127LA 235LA 1L31A 1QUHA 201LA 1KY0A 1L37A 1QT8A 2OEAX 4IAPA 1L90A 1CUQA 249LA 1T8AA 1C64A 1LPYA 111LA 1L24A 230LA 163LA 1C6AA 3RUNA 1C6CA 2RAYX 3SB9A 1QUOA 3HT8A 119LA 1C65A 1L07A 2OE9X 198LA 1L13A 1DYAA 232LA 1JQUA 1WTHA 1G0LA 4PJZA 1LYFA 2OTYX 1L09A 1L50A 3GUJA 4LDEA 183LA 1L38A 3V2YA 196LA 1L05A 1KW7A 1C63A 5I14A 166LA 4I7MA 2Q9DA 3HT6A 150LA 227LA 1L77A 6LZMA 1CU5A 1OVJA 1L03A 2OE7X 1L79A 2RBPA 4YX7C 1L86A 2QARC 138LA 3HH6A 1P2LA 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L15A 4KT3A 1LHKA 1RE2A 4NGZA 3W6CA 1T6VL 4ARMA 1BQLY 4NGYA 1SWYA 5IELA 1GBSA 112LA 1QSAA 1LHIA 1EQEA 170LA 4DDAA 250LA 1B7NA 1L94A 4I7JA 1RFPA 1DYFA 4TX7A 215LA 2ZYPA 234LA 4MSTA 3WPKA 4WO9A 205LA 2FYCA 1L73A 2LZTA 2MEDA 4LT0A 2B6XA 1YKYX 5EBHA 216LA 3W6EA 1L72A 4QY9A 4HJYA 1LYOA 1JJ0A 2O79A 1KIRC 4M6DA 2YBJA 1IWUA 3HWLA 218LA 1LWKA 4ARPA 2VB1A 1LZ9A 1LKRA 1LMQA 1LSBA 1SWZA 3AZ7A 2BQCA 4KPMA 1H87A 1GBOA 1JITA 1CV4A 3WXUA 4DWXA 3LYOA 1HENA 3GUMA 1CV0A 1ZWNA 1WQQA 4UWUA 3HUAA 3G3AB 1KXYA 2HUKA 1P2RA 1IP7A 3NY8A 4H90A 3TXDA 4WLDA 159LA 1KIPC 1QT6A 2G4NA 3HBHA 4P2EA 1UC0A 1JWRA 5I4XA 3WVYA 3PDSA 1QTKA 1IWWA 208LA 1OUDA 4DYGA 4NHSA 3AYQA 2HU3A 1CX6A 3OJPA 3IWRA 1VFBC 1XSFA 2CUUA 3CDRA 1LJGA 1B2KA 2O4WA 1QS9A 4LT1A 3WYHA 4EKRA 4N9RA 1OV5A 253LA 5AMYA 4M4OA 3JR6A 1L06A 2ZQ3A 1SX7A 147LA 1D3FA 194LA 1JPOA 3AGGG 5FELA 4C5FA 1LHHA 214LA 1L25A 1WVUA 4NG1A 1DKKA 3DMVA 1C6QA 1ALCA 1LZGA 1IWYA 4L41A 1WQOA 1L98A 191LA 1YILA 1IC4Y 3GXKA 2W1LA 1JISA 1D3NA 1GXXA 4TSCA 1L34A 4H93A 3WH1A 2RBRA 2GV0A 3N9CA 1IO5A 187LA 2W1YA 1G7LC 1PZYA 3DN6A 2BQIA 1LWGA 3FA0A 4ARLA 1IR9A 1C08C 1GD6A 2BPUA 1LJFA 1L99A 1QTEA 4W55A 2RB2X 3W6DA 2XQOA 1GEZA 3TXBA 5M1YA 1L12A 3AZ5A 2MEHA 1GFEA 261LA 157LA 225LA 123LA 1EQ4A 2BQJA 1IWXA 3A67Y 1IP2A 2BQGA 2BQOA 5ILFA 2Z6BA 1L28A 3CDQA 1UIAA 108LA 4ARQB 1RJCB 1G7JC 5B06A 4B1AA 3B6LA 4WO6A 1L0JA 5F14A 1B5VA 3DN1A 4CHXA 113LA 1PS5A 1LYYA 2F32A 1BB7A 2Z38A 3WU8A 2B6YA 2Q9EA 3TXKA 1GFUA 4XJFA 4B49A 1XGQC 211LA 5DN4A 3M18B 1C43A 1L76A 1P37A 1FBIX 5FCPA 3GUPA 2Z12A 128LA 4W96A 2EQLA 1CV6A 4OWCA 4N5RA 4H94A 154LA 3SB5A 4NHPA 1LI2A 2B74A 1L14A 1KY1A 186LA 4H9IA 4BAFA 2C8PA 1XEJA 184LA 1LYGA 1L42A 1CU3A 2RB0X 5C6LA 3F9LA 3TXGA 5F9UA 1WQPA 1L54A 3EO5A 3ATOA 4GRVA 1IEEA 1QTCA 1B5XA 3GUKA 1F6RA 2MEGA 4ZFPA 5KXPA 1N4FA 1L11A 1L51A 4FJRA 3WXTA 251LA 4EMNA 3FI5A 1CKDA 4YEOA 189LA 2FBDA 1L52A 1C68A 1KS3A 1QT5A 1G0QA 1WQRA 1AT6A 4EJ4A 1LZ5A 110LA 3G3BB 4ET9A 3DMXA 3SB6A 2W1MA 130LA 237LA 1QDTA 1L08A 2Z39A 4W57A 2NTGA 2Q0MX 233LA 2ZNXY 140LA 3KAMA 4Z98A 3WL2A 4MR1A 1IOCA 1LTMA 1CX7A 3D4SA 1LZ8A 4DD1A 1NBZC 1FLYA 1YANA 217LA 2LHMA 228LA 1J1XY 2RAZX 4YF2A 1CUPA 212LA 1WVVA 1L82A 4EXMA 3GXRA 242LA 3HU9A 1NBYC 5D5FA 3C8RA 1D2YA 4A7DA 4OWAA 1REXA 1DYCA 1ZVYB 1QUHA 1J1OY 4HV1A 2FYDA 1GB3A 1CKHA 2OEAX 2D4KA 1L90A 1CUQA 4OWHA 4YEMA 1DKJA 5DM9A 1GBZA 1L24A 1GF5A 119LA 1OP9B 1FLQA 4HP0A 1C65A 198LA 1L13A 1LSAA 5LAGA 4HTQA 4ETAA 4D9ZA 4NGJA 1L09A 3GUJA 4G4CA 4DT3A 1GF7A 1L05A 1SQ2L 1VDPA 4TSBA 2D91A 4H1PA 1W6ZA 5L3IA 4LFXA 1QIOA 1FLUA 4ETEA 6LZMA 1LSDA 1HHLA 5DL9A 2H9KA 2I26L 1I1ZA 2RBPA 3EMSA 4YX7C 138LA 3HH6A 1P2LA 3EMLA 245LA 1REMA 2DKVA 1IWVA 4N1EI 4H8ZA 4XENA 4QGZA 4XADA 4WM5A 1UIEA 1L17A 1W08A 219LA 1WTMA 104LA 3A90A 2CDSA 2ZIJA 3AW6A 4AXTA 4RDSA 1OUGA 4I7KA 3RU5A 3TXFA 176LA 2RBQA 1DZBX 1C69A 2BQMA 1L85A 144LA 5APCA 2C8OA 1HSWA 4DDCA 3HUKA 2YSSC 1YKXX 1E8LA 3W6BA 4GN3A 2IGCA 4BADA 3HTDA 252LA 1GDXA 1LSFA 5B1GA 5LVGA 1HNLA 3A3RX 1L32A 1YL1X 2BQDA 3C7WA 3DKEX 3FI7A 1L16A 4RW1A 3C7YA 5E4PA 1NWGA 4WM1A 5LA5A 4I7TA 1CV1A 4J1BA 3B0OA 1LMAA 4K5YA 1VDTA 6LYTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L15 A;  4KT3 A;  1LHK A;  1RE2 A;  4NGZ A;  3W6C A;  1T6V L;  4ARM A;  1BQL Y;  4NGY A;  1SWY A;  5IEL A;  1GBS A;  112L A;  1QSA A;  1LHI A;  1EQE A;  170L A;  4DDA A;  250L A;  1B7N A;  1L94 A;  4I7J A;  1RFP A;  1DYF A;  4TX7 A;  215L A;  2ZYP A;  234L A;  4MST A;  3WPK A;  4WO9 A;  205L A;  2FYC A;  1L73 A;  2LZT A;  2MED A;  4LT0 A;  2B6X A;  1YKY X;  5EBH A;  216L A;  3W6E A;  1L72 A;  4QY9 A;  4HJY A;  1LYO A;  1JJ0 A;  2O79 A;  1KIR C;  4M6D A;  2YBJ A;  1IWU A;  3HWL A;  218L A;  1LWK A;  4ARP A;  2VB1 A;  1LZ9 A;  1LKR A;  1LMQ A;  1LSB A;  1SWZ A;  3AZ7 A;  2BQC A;  4KPM A;  1H87 A;  1GBO A;  1JIT A;  1CV4 A;  3WXU A;  4DWX A;  3LYO A;  1HEN A;  3GUM A;  1CV0 A;  1ZWN A;  1WQQ A;  4UWU A;  3HUA A;  3G3A B;  1KXY A;  2HUK A;  1P2R A;  1IP7 A;  3NY8 A;  4H90 A;  3TXD A;  4WLD A;  159L A;  1KIP C;  1QT6 A;  2G4N A;  3HBH A;  4P2E A;  1UC0 A;  1JWR A;  5I4X A;  3WVY A;  3PDS A;  1QTK A;  1IWW A;  208L A;  1OUD A;  4DYG A;  4NHS A;  3AYQ A;  2HU3 A;  1CX6 A;  3OJP A;  3IWR A;  1VFB C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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