1LJ4A

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown at ph 4.6
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lj4A00
3WU8A 3P65A 1IWVA 1B5UA 2LZ2A 1GFJA 2BQHA 2DQCY 1CJ6A 207LA 1HFYA 4GCBA 4ZIXA 1VATA 4NGJA 1B5WA 4RLMA 1C46A 208LA 4DD7A 5FEKA 2BPUA 5IDDA 5KXNA 3RT5X 1BB3A 1GPQC 1RI8B 4EMNA 2Z38A 1GB0A 1GB7A 3B72A 1B7OA 1ALCA 1B7LA 3A92A 4KT3A 1CJ7A 2NWDX 4OOOA 2LZTA 2HTXA 3AGGG 1UICA 3LYMA 4HSFA 5KKJA 1GBWA 4KPMA 1LSNA 1BVXA 3LZTA 5LAGA 4PJ2C 3T6UA 5I4WA 1B5XA 4B49A 1WQPA 4NG8A 1XGQC 2MEGA 4WL7A 1CJ8A 4DD0A 4DWXA 1CKFA 1VDSA 1IWWA 5LYZA 1GBSA 5JENB 1LZ5A 4WM4A 4YM8A 1DI4A 1UCOA 2DQFC 1XGPC 2I26L 5APDA 2Z2FA 4H94A 4DDAA 1ZVYB 3BKHA 1LJKA 1HHLA 5KXTA 1LSCA 3WPLA 4NHTA 1LMAA 3FI7A 1D6PA 1LHLA 4DD3A 2W1MA 1LJJA 4PGJB 1PZYA 2CDSA 5B07A 1WQMA 2HEFA 1CJ9A 4R6CA 4GCFA 1GHLA 1FLYA 1OUFA 1G7MC 2I6ZA 5FCPA 4GLAA 1BHZA 3CT0A 2YDGA 3B6LA 5LA8A 1YKYX 1PS5A 1HELA 2Z39A 1LTMA 1UIGA 2W1YA 3B0OA 1UACY 3MGWA 4GCEA 4NHQA 1BB6A 5L3HA 4TTDA 4LT3A 4TX7A 4CFPA 2D4JA 1IP2A 4MSTA 3T36A 4DD2A 2RSCA 3WW6A 4YENA 6LYTA 5I4YA 3AW6A 1XFPL 1I1ZA 4RLNA 4HJVA 1NDGC 2D91A 3A94A 3P66A 5DN4A 1C10A 1N4FA 5I53A 4UWVA 3W6DA 4NEBA 2F2NA 3GXKA 4IATA 4NIJA 4RW2A 3AJNA 3RNXA 5KXWA 1EL1A 1HSXA 4H9FA 2G4PA 3LN2A 1B7NA 1BVKC 1F6RA 4N1EI 2FYCA 4NHIA 4XJIA 4H9CA 2MEFA 1LJGA 1WQOA 1GE1A 1JKBA 2BQGA 2BQNA 2WARA 4H8XA 4NGWA 4QGZA 4HP0A 1GF4A 1IR7A 1AT5A 1JWRA 4NGOA 1OP9B 3A91A 3W6EA 3CSZA 1FN5A 3CT1A 2DQDY 3TMWA 2HECA 2BQJA 5LVHA 1GFHA 1GE4A 3J4GA 1QTKA 2CWIA 3RZ4A 1B2KA 3LYTA 4XENA 2BQCA 1DKJA 1QQYA 3LHMA 1HEWA 1NKHA 1YKZX 1GBXA 4ANRA 1C45A 1OQMA 1GXXA 1ZVHL 1D0KA 3M3UA 4NWHA 1I56A 135LA 3A93A 4Z98A 6LYZA 3IJVA 1BGIA 4DC4A 5II3A 1IC7Y 1IO5A 4R0FA 1GWDA 4NHPA 4YOPA 3HBEX 1BB5A 4XJBA 3RW8A 1GBOA 1NDMC 1LMNA 5E9RA 5C6IA 1UIFA 2H9KA 4H9HA 1GB8A 1B5ZA 1MELL 1LCNA 1AM7A 2YBNA 1BWJA 1GFVA 3A95A 3D9AC 3P68A 4H8ZA 4HTKA 2DQGY 4NGVA 1IP1A 1IR8A 4OOTA 2F4GA 4LFXA 4H91A 4YF2A 4ETAA 4LYCA 4N1CC 1HC0A 5I4XA 5LVIA 3WXTA 1LZCA 1QDRA 1SLYA 4PPOA 1LMCA 4BS7A 3IJUA 5LVGA 3TXJA 1YAMA 2W1LA 1ZV5L 1GFKA 5J7CA 4BAPA 3B0IA 4TWSA 1IR9A 5I54A 1NF5A 1HENA 2BQOA 4WM3A 4B4EA 4B4IA 2G4QA 4IJ4A 3WVXA 5KXKA 1GB5A 4GCCA 2G4NA 2EKSC 1IOSA 2ZWBA 1JEFA 3ZEKA 1HFXA 1WQQA 1VEDA 4H9IA 3GXRA 1OUAA 2D6BA 4LYZA 1CKDA 2BQIA 1LZGA 1GBZA 3WUMA 4LZTA 1B7RA 1W6ZA 4UWNA 4DDBA 4DT3A 1LSMA 1JKDA 4AGAA 1IP3A 4B0DA 132LA 1HEPA 1QTEA 4NWEA 2FBBA 2MEEA 5AMYA 2ZIJA 1IVMA 4D9ZA 4Z41A 3HBDA 1GXV2 4WM2A 4E3UA 5A3ZA 4G9SA 1YL1X 1B5YA 3ATNA 4FDYA 2MEIA 1JTPL 1JISA 1IWYA 4NGIA 1IC4Y 1G7HC 4WG7A 1YL0X 1JIYA 4H90A 1GE2A 2VB1A 1WVVA 1NQIA 2Q0MX 1BQLY 1LMQA 1LSDA 2F30A 4HV1A 5DM9A 4P2EA 5C6LA 1KIQC 1LZBA 4FJRA 1UIEA 1J1OY 4U3XB 4X3BA 4J7VA 1DZBX 5KXYA 3LYOA 1NMMA 1G7JC 3WL2A 3WMKA 4ETEA 2EQLA 2ZILA 4N9RA 1DI3A 1WTMA 4WOAA 4W94A 1GB9A 3AZ5A 1B9OA 1AZFA 1D0MA 5APCA 2BLXA 3BKVA 1A4VA 1OUGA 1ZMYL 3A6CY 4L41A 4WO9A 1LPIA 3WU7A 5L9JA 1BWHA 2HUBA 1REYA 1JSEA 4HPEA 5FHWA 2MEDA 2ZNXY 2HEAA 4QDNA 3WW5A 1LZSA 2BQAA 8LYZA 5LAFA 3AZ7A 1OUEA 4H92A 4N0JA 3TXDA 2Z18A 1IORA 5M1YA 4J1BA 5T3FA 3WULA 3W6FA 1DXJA 1GE0A 9LYZA 1JHLA 1CKCA 1WQNA 1LOZA 1B7QA 2C8OA 1HSWA 1IIZA 1LSGA 1IOCA 4GLVA 4H9EA 4PRUA 1GB2A 2A7FA 1GEZA 2FBDA 3EXDA 1LZEA 2C8PA 4I8SA 4NY5A 4NSIA 5LIOA 5HNLA 1AT6A 2XBRA 3EO5A 4WG1A 4WO6A 1LKRA 1WTNA 1VDTA 4W96A 4WM5A 1GB6A 1J1XY 1NBYC 1GFGA 2Z19A 4M4OA 1LSFA 5K7OA 1J1PY 4GN5C 2Z12A 4LGKA 1LZ6A 1C43A 1HNLA 2Y8PA 5HMJA 5LINA 2LYMA 2BQBA 5LYMA 3ATOA 1HF4A 1GFRA 3AGIA 4G49A 1IWXA 3WVYA 4NSHA 1AKIA 4PRQA 4TSCA 1LSBA 1UC0A 4GCDA 1GF3A 4XN6A 5B05A 5ILCA 3TXGA 2MEAA 1OUBA 2MECA 1WVUA 4A7DA 1BB7A 5ILFA 4CFOA 4RW1A 2CGIA 1LZRA 4NGKA 4H1PA 3W6CA 1EQ5A 3TXBA 5KJ9A 3WH1A 1LZNA 4B4JA 4XJFA 4WM6A 4CHXA 5C6JA 2Z37A 5KXPA 3EBAB 2LYOA 1TBYA 2YBJA 4NG1A 1IOQA 1JJ3A 3D3DA 1EQEA 1QUTA 1JJ0A 5APEA 1GD6A 1P2CC 5LXWA 4ETCA 4N8ZA 5KXXA 1LMPA 3CQLA 1XGTC 3AGHA 4LYOA 1IOTA 4MR1A 4YEOA 4XJDA 1F6SA 1LZYA 1LSYA 1QSWA 1UA6Y 2BQKA 3QE8A 3P4ZA 4IASA 1IWUA 1GF6A 4NHSA 3TXIA 4BAFA 1C08C 1IX0A 1QSAA 1UIDA 1LJ3A 3AZ6A 1B7SA 4DD9A 1KXYA 4HTQA 2DQHY 2DQAA 1XEKA 1GAZA 1SQ2L 3E3DA 5I5QA 1FKVA 2HU1A 1LKSA 1LMTA 3G3BB 4NGYA 1FBIX 1WQRA 1JKCA 2DQEY 2IHLA 3A3RX 4DYGA 1LYZA 4MCKA 1LJNA 1LJIA 5KXOA 1LSAA 2YBLA 5EBHA 3RU5A 2YBMA 1CKHA 134LA 2N5ZA 5LVJA 1GEVA 1DQJC 1QUSA 3CT5A 2ZQ3A 1LSEA 5DL9A 3WYHA 4OWEA 4PHIA 1JKAA 1IY3A 3TXEA 1UIHA 2BQDA 1IWTA 4EOFA 4ETDA 1HERA 3WXUA 1OUDA 1C7PA 4OWAA 1NBZC 1CKGA 2YVBA 1B0DA 4ML7A 3A6BY 3CB7A 3AW7A 4YEMA 4LT0A 3QY4A 1IP4A 1OUIA 1XGUC 4XJGA 3W6BA 4DD1A 1BWIA 1TAYA 4WLXA 4LFPA 2XBSA 1GDXA 1HFZA 5DLAA 1DPXA 3ULRA 3G3AB 2D4IA 4Z3MA 5B1GA 5IELA 5F9UA 1YANA 3A8ZA 3B0KA 4DDCA 3AYQA 1LHIA 1LHMA 1V7SA 1YAOA 1LJHA 2LHMA 5F81A 5KKIA 133LA 1LAAA 4QEQA 4TSBA 3TXKA 2W1XA 4WLTA 4B1AA 194LA 3TXFA 1VFBC 1HEMA 2D4KA 2YBIA 3OK0A 7LYZA 3W3EA 1KIPC 1KXWA 2LYZA 1TDYA 3TXHA 5FELA 1XSFA 1UIBA 5HNCA 3QNGA 5L3IA 1LZ4A 1MLCE 3N9EA 2XJWA 4KL7A 2H5ZA 2ZYCA 1UIAA 3IWRA 4N5RA 5HQ1A 1FDLY 1JSFA 2I25L 5KXLA 3HFMY 1IY4A 4GN4A 1LHHA 1RCMA 1D6QA 4LYBA 1HEQA 1HEOA 1GBYA 1F10A 2BLYA 4ZEEA 2DQJY 2FYDA 1JTTL 1LJEA 1YAQA 3ZVQA 2BQMA 3K3TA 4AXTA 1REXA 2HEEA 4HV2A 1RFPA 3EMSA 1LHJA 154LA 1DPWA 1YKXX 4OWBA 4ZFPA 3LYZA 1E8LA 2DQIY 5KXRA 2HU3A 5HLLA 5F16A 2AUBA 2HEDA 1IP5A 2DKVA 1GFUA 1GFAA 1REMA 1LZ8A 1LYSA 4I0CA 5D5CA 4G4HA 1JPOA 1LSPA 5B06A 1OUHA 2A7DA 2X0AA 5HMVA 4WMGA 1JUGA 1YROA 1LJFA 4XADA 1V7TA 1UUZC 1GF7A 4NGZA 5LVKA 2GV0A 1B7PA 5FSTA 1FLUA 1IEEA 4NSJA 1I20A 4ET9A 4ET8A 4NSGA 2ZNWY 1INUA 2PC2A 4H9BA 4CJ2A 1LZ1A 4NFVA 4O34A 1IP6A 5APFA 1D9UA 1QDTA 1NHEA 2MEBA 4J0LA 1IP7A 5F9XA 1YIKA 3CSQA 1F0WA 1GAYA 3A34A 4J1AA 1W08A 3W6AA 5KY1A 1YQVY 1G7IC 2BAAA 2IFFY 1RE2A 4H8YA 1LYYA 2CJLA 1LHKA 1LMOA 5LA5A 1VDPA 3A90A 1GFEA 5F14A 3A3QA 4UWUA 5B59A 1B5VA 1JTOL 4H93A 1YAPA 4G4BA 1LZTA 4LT1A 4OWHA 5FDJA 1GE3A 3KAMA 1LZDA 5KXZA 4BADA 1GB3A 1GFTA 2HEBA 4HJYA 3TMUA 3VWOA 1GF5A 2EPEA 1VAUA 5E4PA 1DI5A 1KIRC 1KXXA 1CNSA 1LSZA 3FE0A 1JITA 2XTHA 2ZIKA 3TMVA 4M6DA 153LA 4WL6A 3WUAA 1XEJA 2F4AA 4C3WA 1GF9A 2ZYPA 4ETBA 1T6VL 4WM1A 4QY9A 3AZ4A 4GN3A 4II8A 3F6ZA 3SP3A 1GF8A 3WU9A 3AB6A 2Z2EA 1IWZA 3LZ2A 3HBHA 1HMLA 5A3EA 1G7LC 3P64A 4NGLA 4OW1A 4WLYA 5DN5A 5KXMA 1LZAA 2DBTA 2MEHA 2YSSC 1FLQA 1XEIA 2EIZC 3J6KA 1JJ1A 193LA 1EQ4A 2H9JA 4H9AA 4C5FA 1LJ4A 1DKKA 1LZ9A 1HMKA 1FLWA 2BQFA 1REZA 3WPJA 3A96A 1GDWA 1IC5Y 1GF0A 1O23A 2ZQ4A 3N9CA 5LYTA 2BQEA 2BQLA 2B5ZA 1H6MA 4LT2A 5KXSA 4LYTA 1BB4A 4OWCA 4HPIA 1A2YC 5B1FA 3ZVQB 4RDSA 3M18B 1QIOA 5D5FA 5IHGA 3TMXA 1XGRC 3N9AA 1D0LA 4Z46A 4HTNA 3A67Y 1OUJA 1TCYA 4G4CA 1FKQA 1H87A 1Z55A 2YBHA 3CSRA 1B7MA 1VDQA 1YILA 3WUNA 3OJPA 4WLDA 1OUCA 4HJZA 1UBZA 1LYOA 4TUNA 4LYMA 3WPKA 4KXIA 4CGEA 1T3PA 4XYYA 1NWGA 1TEWA 4XJHA 1RJCB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU8A 3P65A 1CJ6A 2OE4X 1VATA 4NGJA 1C46A 208LA 5FEKA 5IDDA 4E97A 1GB0A 1B7OA 1L0KA 1CX7A 3AGGG 1UICA 5KKJA 1L63A 3LZTA 192LA 5LAGA 1L11A 4PJ2C 3T6UA 5I4WA 231LA 1CU0A 1C6NA 1CJ8A 4DD0A 1VDSA 3GUIA 4YM8A 1L53A 1LI3A 170LA 2Z2FA 4H94A 1ZVYB 1LJKA 3FI7A 4DD3A 1LJJA 2CDSA 1L41A 1C6LA 2XQOA 176LA 5FCPA 1G7MC 4EJ4A 4GLAA 1L88A 1BHZA 2Z39A 1LTMA 2OTYX 5L3HA 1BB6A 4LT3A 118LA 1LYFA 1CU5A 1I1ZA 5DN4A 3P66A 3DN0A 4NIJA 2OU8A 1CTWA 1EL1A 1HSXA 2A4TA 2G4PA 3LN2A 1BVKC 4XJIA 2B73A 1JKBA 2BQGA 2BQNA 4H8XA 3UONA 131LA 3HT9A 1IR7A 1L90A 1AT5A 1CV4A 1JWRA 1L84A 4NGOA 3CT1A 5LVHA 1GFHA 1DYGA 2CWIA 3LYTA 1DKJA 143LA 3LHMA 1YKZX 173LA 3M3UA 3A93A 1IC7Y 168LA 1GWDA 2B72A 3HT7A 1GBOA 1PQIA 4H9HA 4LZMA 1AM7A 4HTKA 4YF2A 3SN6R 3WXTA 1LLHA 1SLYA 4BS7A 3IJUA 3TXJA 1C68A 2W1LA 1IR9A 1NF5A 103LA 248LA 4B4IA 4IJ4A 3WVXA 3HH3A 2G4NA 1IOSA 3JR6A 115LA 1JEFA 1QSQA 4LYZA 1L17A 4LZTA 1B7RA 1OWZA 1W6ZA 130LA 1QTCA 2RB0X 1JKDA 1IP3A 128LA 132LA 1L05A 1G06A 5AMYA 1GXV2 4E3UA 1QUDA 1JTPL 1SX7A 1JISA 2NTHA 4H90A 1P46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WU8 A;  3P65 A;  1IWV A;  1B5U A;  2LZ2 A;  1GFJ A;  2BQH A;  2DQC Y;  1CJ6 A;  207L A;  1HFY A;  4GCB A;  4ZIX A;  1VAT A;  4NGJ A;  1B5W A;  4RLM A;  1C46 A;  208L A;  4DD7 A;  5FEK A;  2BPU A;  5IDD A;  5KXN A;  3RT5 X;  1BB3 A;  1GPQ C;  1RI8 B;  4EMN A;  2Z38 A;  1GB0 A;  1GB7 A;  3B72 A;  1B7O A;  1ALC A;  1B7L A;  3A92 A;  4KT3 A;  1CJ7 A;  2NWD X;  4OOO A;  2LZT A;  2HTX A;  3AGG G;  1UIC A;  3LYM A;  4HSF A;  5KKJ A;  1GBW A;  4KPM A;  1LSN A;  1BVX A;  3LZT A;  5LAG A;  4PJ2 C;  3T6U A;  5I4W A;  1B5X A;  4B49 A;  1WQP A;  4NG8 A;  1XGQ C;  2MEG A;  4WL7 A;  1CJ8 A;  4DD0 A;  4DWX A;  1CKF A;  1VDS A;  1IWW A;  5LYZ A;  1GBS A;  5JEN B;  1LZ5 A;  4WM4 A;  4YM8 A;  1DI4 A;  1UCO A;  2DQF C;  1XGP C;  2I26 L;  5APD A;  2Z2F A;  4H94 A;  4DDA A;  1ZVY B;  3BKH A;  1LJK A;  1HHL A;  5KXT A;  1LSC A;  3WPL A;  4NHT A;  1LMA A;  3FI7 A;  1D6P A;  1LHL A;  4DD3 A;  2W1M A;  1LJJ A;  4PGJ B;  1PZY A;  2CDS A;  5B07 A;  1WQM A;  2HEF A;  1CJ9 A;  4R6C A;  4GCF A;  1GHL A;  1FLY A;  1OUF A; 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 4G4B A;  1LZT A;  4LT1 A;  4OWH A;  5FDJ A;  1GE3 A;  3KAM A;  1LZD A;  5KXZ A;  4BAD A;  1GB3 A;  1GFT A;  2HEB A;  4HJY A;  3TMU A;  3VWO A;  1GF5 A;  2EPE A;  1VAU A;  5E4P A;  1DI5 A;  1KIR C;  1KXX A;  1CNS A;  1LSZ A;  3FE0 A;  1JIT A;  2XTH A;  2ZIK A;  3TMV A;  4M6D A;  153L A;  4WL6 A;  3WUA A;  1XEJ A;  2F4A A;  4C3W A;  1GF9 A;  2ZYP A;  4ETB A;  1T6V L;  4WM1 A;  4QY9 A;  3AZ4 A;  4GN3 A;  4II8 A;  3F6Z A;  3SP3 A;  1GF8 A;  3WU9 A;  3AB6 A;  2Z2E A;  1IWZ A;  3LZ2 A;  3HBH A;  1HML A;  5A3E A;  1G7L C;  3P64 A;  4NGL A;  4OW1 A;  4WLY A;  5DN5 A;  5KXM A;  1LZA A;  2DBT A;  2MEH A;  2YSS C;  1FLQ A;  1XEI A;  2EIZ C;  3J6K A;  1JJ1 A;  193L A;  1EQ4 A;  2H9J A;  4H9A A;  4C5F A;  1LJ4 A;  1DKK A;  1LZ9 A;  1HMK A;  1FLW A;  2BQF A;  1REZ A;  3WPJ A;  3A96 A;  1GDW A;  1IC5 Y;  1GF0 A;  1O23 A;  2ZQ4 A;  3N9C A;  5LYT A;  2BQE A;  2BQL A;  2B5Z A;  1H6M A;  4LT2 A;  5KXS A;  4LYT A;  1BB4 A;  4OWC A;  4HPI A;  1A2Y C;  5B1F A;  3ZVQ B;  4RDS A;  3M18 B;  1QIO A;  5D5F A;  5IHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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