1LJ4A

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown at ph 4.6
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lj4A00
1CJ9A 1BWHA 5LAFA 2XTHA 1BB3A 2Y8PA 1FLUA 4OWEA 4YM8A 5KXPA 3WUNA 1VDPA 5APEA 4HJVA 1XGPC 4OW1A 2NWDX 1RCMA 3TMXA 5HNCA 1HFYA 1IWYA 5C6LA 3T6UA 1IR7A 1GF4A 1ZVYB 4J1BA 1WTNA 1G7JC 4CFOA 4WO6A 4YOPA 4OWBA 1GE0A 2LZ2A 2MEFA 3TMVA 1B5WA 4FDYA 5FCPA 1IVMA 1GDXA 2HU1A 4ZIXA 1GBXA 2D91A 3SP3A 1FKVA 5I54A 1YILA 2DQFC 5D5FA 4I0CA 2FYDA 1DXJA 2YBMA 4KL7A 5F16A 4BAFA 1D0MA 1O23A 2PC2A 2MEGA 4P2EA 1QUSA 1C45A 1I20A 1XEJA 1RE2A 1QTEA 3OJPA 4NGVA 1HFZA 4J1AA 4NEBA 5M1YA 1GFTA 1GFEA 3WXUA 2HEAA 5APDA 1IR9A 1LSBA 2Z39A 3TXKA 3BKHA 5HMVA 3AZ7A 1UIHA 4N1CC 2D4KA 3AGIA 1XSFA 2MEEA 1IX0A 1RI8B 1PZYA 2HEFA 1F0WA 1LZNA 1OUEA 1ZV5L 207LA 5KKIA 2F4AA 5IELA 1BVXA 2F2NA 2W1LA 2Z2EA 1LJHA 4YEMA 4TTDA 1GFVA 3W3EA 4QY9A 4DT3A 1GFHA 1VEDA 2H5ZA 1BWJA 1GB9A 1VFBC 4AGAA 5E4PA 2BQIA 4KPMA 5KXOA 1NBZC 4H1PA 4UWVA 1LSZA 1JITA 1WQMA 3W6FA 4GCBA 3TXJA 1BB7A 2BQKA 1C46A 2YBIA 3A96A 1JPOA 3W6DA 4ZFPA 2VB1A 1D9UA 4RLNA 4X3BA 5APCA 1EQ5A 1LZ4A 4RW1A 2BQGA 5I4XA 1LJEA 1LSMA 3A92A 4WLXA 1CNSA 1YIKA 4GN5C 1UIEA 1A2YC 4L41A 1GFRA 1YKYX 3W6EA 2BAAA 4H9FA 3LYOA 1IWVA 1NHEA 2G4QA 2WARA 1LSGA 1AM7A 2Z18A 1NMMA 5LVHA 3EO5A 1LAAA 4KT3A 1JTTL 4B4JA 1LKRA 3HBDA 1UIBA 1GAYA 2LYOA 4LT1A 3P64A 1KIQC 1UA6Y 1OP9B 2DKVA 4H90A 3J6KA 3WW5A 1J1OY 1P2CC 1OUFA 1ZVHL 2XBSA 1HEQA 1LZ8A 2BQHA 3CT1A 1HEPA 1JJ1A 2HEBA 1GFUA 1JISA 1G7MC 1IP2A 1HFXA 2LYMA 4NFVA 2ZNWY 5LXWA 1HSWA 2A7FA 4UWNA 3ULRA 5LVKA 1NBYC 1LSAA 4WL6A 3RNXA 1DKKA 4N0JA 4WM4A 4LYBA 1REYA 1SQ2L 4NGZA 1LSNA 1REMA 1AT5A 4HTQA 1LZYA 2DBTA 1G7HC 2YBHA 1W08A 4NWHA 1LMAA 4ETDA 5KXZA 1YAOA 5KXSA 1G7LC 1DI5A 1YAPA 1RFPA 4XADA 4YENA 3G3BB 4EOFA 3GXKA 4DD2A 1IOQA 1VDSA 4GN4A 4LGKA 3RZ4A 2Z12A 4ETBA 1JKDA 3B72A 3VWOA 1UIAA 1GB6A 2HUBA 134LA 2YDGA 5F9UA 5T3FA 1AKIA 2IFFY 3AW6A 4NG1A 4G9SA 4H8XA 2MEDA 1FDLY 5LYMA 1SLYA 2BQNA 133LA 1GDWA 1LHMA 208LA 3ATNA 4BADA 4O34A 4WM5A 2ZILA 5KXRA 1V7TA 3KAMA 4N1EI 4CFPA 5B59A 1YROA 4H9CA 1GF6A 132LA 1GF8A 1MELL 4NWEA 4LT2A 4DYGA 2BQDA 4LYOA 1IWZA 3M18B 3EBAB 4WL7A 4NSHA 4ETAA 2BQAA 1QUTA 1AZFA 3OK0A 4WG7A 1KXXA 3CQLA 4HPIA 1N4FA 1HMKA 5FHWA 1LHLA 1GHLA 3WYHA 1B7RA 1BWIA 2W1XA 4W94A 1GFGA 4B0DA 1DI3A 2HEEA 3P4ZA 4WLTA 4OOOA 3WU8A 2XJWA 3WMKA 2DQGY 135LA 1B2KA 1LCNA 2AUBA 2XBRA 2ZYCA 1GBWA 4NHTA 4RLMA 4B49A 4ANRA 1QSAA 1E8LA 1LHKA 153LA 1GFKA 1LMTA 3A6BY 3A8ZA 3A91A 1JWRA 4OWHA 4MSTA 1LZGA 3WU7A 5KXMA 3A94A 4ET9A 2ZNXY 1JIYA 1J1PY 1LYYA 4Z46A 3J4GA 3CSQA 4R6CA 4XJIA 2FYCA 4B1AA 1LMPA 1B7OA 1PS5A 2BQBA 2MEIA 4YEOA 4H9HA 4ZEEA 4DD7A 3RW8A 1GBYA 1LSYA 3G3AB 4DDAA 1LJKA 1D6QA 3AZ4A 4H93A 1LSCA 1F6RA 1MLCE 1JSFA 1GXXA 1J1XY 1IWXA 4GLAA 4HV1A 2H9KA 4M4OA 1GB2A 4IATA 4QGZA 1F10A 1IR8A 2CDSA 1B7SA 3IJUA 4WM2A 5DL9A 3RU5A 8LYZA 5L9JA 1GF0A 5LVGA 1IOCA 4EMNA 1LZ5A 1IC5Y 1YL0X 2YBNA 1IEEA 4WMGA 2G4PA 1I1ZA 1HENA 2H9JA 3GXRA 4NHQA 4GCFA 4H91A 1IP6A 1LJGA 4DDCA 1CJ7A 5B07A 1OUCA 4HSFA 1GE4A 1CKGA 1VATA 1OUIA 3AGGG 2HECA 3N9CA 5APFA 1A4VA 1FKQA 2MECA 3WVXA 4XJGA 1B0DA 2FBDA 1TDYA 2D6BA 4G4HA 4CJ2A 1VDQA 3A3QA 4H9IA 5ILFA 2Z38A 4Z3MA 1LSPA 4PJ2C 1JTPL 4R0FA 2Z19A 4NHSA 3ZVQA 1HC0A 5LA5A 1FLWA 1LZ9A 1BGIA 1IWUA 3D3DA 1GB0A 4LFPA 4LYMA 4NY5A 4XJFA 1GPQC 1I56A 1H6MA 1YKXX 5LA8A 3LHMA 2LZTA 4XN6A 3WULA 4DDBA 1DI4A 1JEFA 1IY4A 3TXFA 4NGLA 2BQJA 3IWRA 1IY3A 5B06A 4BS7A 3TMUA 3W6BA 9LYZA 4OOTA 5KXKA 1XGRC 3AGHA 4PPOA 5IDDA 3K3TA 1GD6A 1EQ4A 1XEKA 1NWGA 3WL2A 2BPUA 3N9AA 5DN4A 1QTKA 2DQHY 4HJZA 1GAZA 1LMNA 1UCOA 1JJ3A 1UACY 1LKSA 1OUGA 3WPJA 2BQLA 2CJLA 1XFPL 4LYZA 4ETCA 1CJ6A 3EXDA 3A67Y 3EMSA 4DD1A 1B7QA 1GE3A 1TBYA 5LVIA 4NIJA 3P68A 1CKCA 1VAUA 2EPEA 1IP7A 4QDNA 4BAPA 3E3DA 5F14A 1LZTA 1C7PA 2X0AA 3QE8A 2YVBA 1LOZA 4WG1A 5B1GA 5KXYA 4M6DA 3QNGA 193LA 4WM3A 5I5QA 3WW6A 1DQJC 1HERA 3LZ2A 3FE0A 1B7PA 2FBBA 3B6LA 4NHPA 5DLAA 1JTOL 5E9RA 5LIOA 3TXGA 4ETEA 1JKAA 1XGQC 1KXWA 3WUMA 3WH1A 1H87A 1XGUC 3ZVQB 4A7DA 3AJNA 4Z41A 5KXWA 2DQCY 4NGIA 5KXXA 4PGJB 5D5CA 1LZCA 1UC0A 5KXLA 3A6CY 3WPKA 1LZ1A 2DQIY 4HTKA 2G4NA 4NG8A 2HTXA 4HPEA 1HSXA 4CGEA 5HNLA 5II3A 3TXHA 1B5XA 4PHIA 1DKJA 4AXTA 1GB7A 4XENA 4D9ZA 1WQPA 4B4EA 1LJJA 4J0LA 1BQLY 1W6ZA 4DD0A 5A3ZA 1IIZA 2CGIA 4HP0A 4J7VA 4H92A 5FEKA 4QEQA 2DQDY 5DN5A 1CKDA 3TXBA 1KIPC 1LYZA 1D0KA 1YL1X 1G7IC 1YANA 1QQYA 5AMYA 2EKSC 2ZQ4A 1NF5A 1JKCA 4LT0A 4H9BA 3WVYA 1UIDA 5KXTA 1B5YA 1KXYA 4NGYA 1FN5A 2ZWBA 1GB3A 2BLYA 3LZTA 5I4YA 1IWTA 1CKHA 1B7MA 1B5VA 1YAMA 3T36A 3LYTA 1UICA 4E3UA 4C3WA 5LYZA 1DPXA 1TAYA 3WPLA 3B0IA 3W6AA 1JSEA 1QSWA 1JJ0A 2HEDA 4DC4A 1BB5A 3CSRA 1C08C 1YAQA 4OWCA 2W1YA 1GBZA 1IP4A 2C8OA 3HBEX 1BB4A 1NDGC 1UBZA 5ILCA 4NGWA 5EBHA 4H9AA 3A95A 1LSFA 2EQLA 2GV0A 3P65A 5B05A 3A3RX 1GF9A 1GF7A 4TUNA 4ET8A 2RSCA 5J7CA 5LYTA 3TXEA 5LINA 1TCYA 1GXV2 1LSEA 2ZYPA 5HMJA 3M3UA 3BKVA 3TXDA 5KY1A 4DWXA 5LVJA 1B7LA 1WVUA 3MGWA 3RT5X 2Z37A 1LHHA 1F6SA 3ATOA 1LJNA 2C8PA 1IO5A 5FSTA 1EQEA 2DQEY 4FJRA 1LYSA 1WQQA 3N9EA 2BQOA 1LZBA 4LZTA 4DD3A 4N9RA 4HTNA 4OWAA 194LA 1HEMA 1DPWA 4LFXA 1GF5A 2BQEA 3CT0A 3HFMY 4PRUA 2ZIJA 1GFAA 3QY4A 4HJYA 4CHXA 4YF2A 4N5RA 5F81A 2BQCA 4C5FA 1OQMA 4TSCA 1HF4A 6LYZA 1CKFA 1OUDA 1OUJA 2F30A 1LPIA 4HV2A 3LYMA 4WLYA 1GF3A 1LZRA 1LMOA 1IC7Y 4LYTA 1IORA 3TMWA 3W6CA 1BVKC 1UIGA 5KKJA 2ZIKA 1LZSA 1HMLA 2EIZC 1LTMA 1EL1A 3B0KA 5DM9A 1LMQA 2I25L 1JUGA 3AYQA 4NGJA 4G49A 1GFJA 1Z55A 4LYCA 1TEWA 1B9OA 2DQAA 1OUAA 1IP5A 3FI7A 2Z2FA 4GN3A 4TX7A 4UWUA 1T6VL 1QDTA 2N5ZA 4LT3A 2YBLA 4W96A 1GE2A 3A93A 1HEWA 2MEAA 1XEIA 4WLDA 3WUAA 5FDJA 4ML7A 4GCDA 1LZ6A 1WTMA 2LYZA 2BQFA 1JHLA 4GLVA 1AT6A 4H94A 4B4IA 5IHGA 5F9XA 5L3IA 1RJCB 1HHLA 1T3PA 2F4GA 1NQIA 2YBJA 4G4CA 4IJ4A 4XYYA 1FLYA 2LHMA 1NDMC 3B0OA 3A34A 5KXNA 4TWSA 1IWWA 1LJ3A 1V7SA 1GB5A 3CB7A 4N8ZA 1LHIA 4NGOA 3TXIA 5A3EA 1GE1A 1LYOA 3AB6A 1VDTA 4TSBA 4WM1A 1LJ4A 1NKHA 5I4WA 1IP3A 1UUZC 4XJDA 5C6IA 7LYZA 4MCKA 5C6JA 4NSJA 2BQMA 4IASA 1B5ZA 2I26L 1B5UA 4I8SA 2A7DA 2B5ZA 5JENB 2HU3A 3IJVA 3CSZA 4II8A 4H9EA 4H8ZA 1GBSA 1YQVY 1HELA 3CT5A 1CJ8A 1YKZX 2D4JA 2CWIA 5FELA 1LHJA 1KIRC 5LAGA 1GB8A 4U3XB 1UIFA 1LMCA 4WOAA 3LN2A 1LSDA 3F6ZA 3P66A 4XJHA 3LYZA 4GCCA 1OUHA 3WU9A 1REZA 2I6ZA 5K7OA 2YSSC 4NGKA 2Q0MX 1LZAA 1LZDA 1JKBA 1ALCA 3AZ6A 2W1MA 4RW2A 4NHIA 1LJIA 4RDSA 1BB6A 1DZBX 1C10A 3ZEKA 4NSGA 1INUA 1IOSA 5HQ1A 4G4BA 1ZMYL 4DD9A 154LA 1REXA 1C43A 4WM6A 5KJ9A 3WXTA 1QIOA 3AW7A 1FBIX 5B1FA 4NSIA 4GCEA 3D9AC 1GWDA 1OUBA 2ZQ3A 1WQNA 4XJBA 6LYTA 1WQOA 1D6PA 2D4IA 4PRQA 5I53A 1HNLA 3AZ5A 4H8YA 3A90A 1GBOA 1IP1A 1GEZA 1HEOA 1XGTC 2DQJY 1WVVA 4WO9A 1IOTA 1LJFA 1IC4Y 4MR1A 4KXIA 1BHZA 3HBHA 1LZEA 5HLLA 2MEBA 1WQRA 1B7NA 1FLQA 5L3HA 2MEHA 1D0LA 1GEVA 1QDRA 2BLXA 4Z98A 2IHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HT8A 4YM8A 1L0KA 3WUNA 5APEA 4HJVA 3C8RA 5HNCA 1LWGA 1IR7A 3LZMA 4J1BA 1L50A 1WTNA 157LA 4CFOA 1GE0A 1L87A 4FDYA 1P2RA 2HU1A 2OE4X 1FKVA 1YILA 213LA 4I0CA 4KL7A 1DXJA 261LA 4NGVA 3OJPA 1I20A 1GFTA 1GFEA 3WXUA 5APDA 1IR9A 1LSBA 5HMVA 1UIHA 4N1CC 2D4KA 2MEEA 1IX0A 1RI8B 2HEFA 4LYOA 4ARLA 1BVXA 2F2NA 228LA 1LJHA 4QY9A 1BWJA 2F47A 3V2WA 1NBZC 1LSZA 4EXMA 1WQMA 3W6FA 4GCBA 1C46A 2YBIA 1JPOA 3W6DA 5APCA 4RLNA 1EQ5A 1QT4A 5I4XA 1LJEA 1CNSA 1LGUA 1L90A 128LA 1UIEA 4L41A 1GFRA 3W6EA 2BAAA 3LYOA 5LVHA 2Z18A 241LA 3EO5A 1JTTL 1GAYA 1LI3A 253LA 1KIQC 231LA 1WTHA 1P2CC 3RZEA 1L83A 2BQHA 2RB1X 4NFVA 1G7MC 158LA 1C6IA 4I7QA 1LYGA 3FI5A 4WM4A 5I14A 1SQ2L 3GUIA 1LSNA 1L10A 2YBHA 3HTGA 4ETDA 4NWHA 5KXZA 1YAOA 5KXSA 1G7LC 1YAPA 4EOFA 1P36A 3RZ4A 1L43A 3VWOA 4PJZA 1GB6A 1QSBA 147LA 1P46A 4W59A 2YDGA 1L72A 5T3FA 1AKIA 2MEDA 1FDLY 1SLYA 1KS3A 1GDWA 2RBNA 4H9CA 1MELL 1LWKA 4WL7A 1KW5A 1QUTA 1KXXA 2OU9A 4HPIA 1HMKA 1LHLA 1GFGA 3EMLA 4B0DA 102LA 2HEEA 2O4WA 3WU8A 1B2KA 2XBRA 2AUBA 4RLMA 1L38A 1GFKA 238LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CJ9 A;  1BWH A;  5LAF A;  2XTH A;  1BB3 A;  2Y8P A;  1FLU A;  4OWE A;  4YM8 A;  5KXP A;  3WUN A;  1VDP A;  5APE A;  4HJV A;  1XGP C;  4OW1 A;  2NWD X;  1RCM A;  3TMX A;  5HNC A;  1HFY A;  1IWY A;  5C6L A;  3T6U A;  1IR7 A;  1GF4 A;  1ZVY B;  4J1B A;  1WTN A;  1G7J C;  4CFO A;  4WO6 A;  4YOP A;  4OWB A;  1GE0 A;  2LZ2 A;  2MEF A;  3TMV A;  1B5W A;  4FDY A;  5FCP A;  1IVM A;  1GDX A;  2HU1 A;  4ZIX A;  1GBX A;  2D91 A;  3SP3 A;  1FKV A;  5I54 A;  1YIL A;  2DQF C;  5D5F A;  4I0C A;  2FYD A;  1DXJ A;  2YBM A;  4KL7 A;  5F16 A;  4BAF A;  1D0M A;  1O23 A;  2PC2 A;  2MEG A;  4P2E A;  1QUS A;  1C45 A;  1I20 A;  1XEJ A;  1RE2 A;  1QTE A;  3OJP A;  4NGV A;  1HFZ A;  4J1A A;  4NEB A;  5M1Y A;  1GFT A;  1GFE A;  3WXU A;  2HEA A;  5APD A;  1IR9 A;  1LSB A;  2Z39 A;  3TXK A;  3BKH A;  5HMV A;  3AZ7 A;  1UIH A;  4N1C C;  2D4K A;  3AGI A;  1XSF A;  2MEE A;  1IX0 A;  1RI8 B;  1PZY A;  2HEF A;  1F0W A;  1LZN A;  1OUE A;  1ZV5 L;  207L A;  5KKI A;  2F4A A;  5IEL A;  1BVX A;  2F2N A;  2W1L A;  2Z2E A;  1LJH A; 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 3CB7 A;  4N8Z A;  1LHI A;  4NGO A;  3TXI A;  5A3E A;  1GE1 A;  1LYO A;  3AB6 A;  1VDT A;  4TSB A;  4WM1 A;  1LJ4 A;  1NKH A;  5I4W A;  1IP3 A;  1UUZ C;  4XJD A;  5C6I A;  7LYZ A;  4MCK A;  5C6J A;  4NSJ A;  2BQM A;  4IAS A;  1B5Z A;  2I26 L;  1B5U A;  4I8S A;  2A7D A;  2B5Z A;  5JEN B;  2HU3 A;  3IJV A;  3CSZ A;  4II8 A;  4H9E A;  4H8Z A;  1GBS A;  1YQV Y;  1HEL A;  3CT5 A;  1CJ8 A;  1YKZ X;  2D4J A;  2CWI A;  5FEL A;  1LHJ A;  1KIR C;  5LAG A;  1GB8 A;  4U3X B;  1UIF A;  1LMC A;  4WOA A;  3LN2 A;  1LSD A;  3F6Z A;  3P66 A;  4XJH A;  3LYZ A;  4GCC A;  1OUH A;  3WU9 A;  1REZ A;  2I6Z A;  5K7O A;  2YSS C;  4NGK A;  2Q0M X;  1LZA A;  1LZD A;  1JKB A;  1ALC A;  3AZ6 A;  2W1M A;  4RW2 A;  4NHI A;  1LJI A;  4RDS A;  1BB6 A;  1DZB X;  1C10 A;  3ZEK A;  4NSG A;  1INU A;  1IOS A;  5HQ1 A;  4G4B A;  1ZMY L;  4DD9 A;  154L A;  1REX A;  1C43 A;  4WM6 A;  5KJ9 A;  3WXT A;  1QIO A;  3AW7 A;  1FBI X;  5B1F A;  4NSI A;  4GCE A;  3D9A C;  1GWD A;  1OUB A;  2ZQ3 A;  1WQN A;  4XJB A;  6LYT A;  1WQO A;  1D6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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