1LJEA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 10% sucrose
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljeA00
1G7IC 2YBIA 3TMWA 4G4HA 2ZYPA 4IJ4A 3KAMA 1LMOA 2FBDA 1GBZA 3SP3A 4BADA 3TXGA 5KY1A 1JIYA 1FN5A 3LN2A 1HENA 2DKVA 2PC2A 5B1FA 1CKCA 4N9RA 4HJVA 7LYZA 1LZ9A 207LA 3AZ4A 1XSFA 1HERA 2BQGA 1OUAA 1HEPA 3D9AC 1UIBA 3CT0A 3EBAB 3F6ZA 3ZVQA 1CKGA 2EPEA 1LAAA 2YBJA 4DD3A 5LA5A 2A7DA 1GB0A 4M6DA 2YVBA 4FJRA 2W1XA 5L9JA 3ZEKA 1WQOA 2Z18A 5L3HA 1YKXX 4AGAA 5KXRA 1GDWA 4NGVA 1IR8A 3AZ6A 1H87A 2MEDA 1GE3A 3B0KA 1LMAA 1FLWA 1GFUA 1REMA 1XEIA 1XFPL 1NKHA 2ZNXY 1NF5A 4LYCA 1EQ5A 134LA 2F2NA 5LAFA 2DQGY 2EIZC 1A2YC 1GB9A 2ZNWY 1JUGA 3CT1A 1LZ8A 5K7OA 4J1AA 1IWZA 4P2EA 4PGJB 1YAQA 2DQHY 4WM5A 1LZSA 1IOSA 1W6ZA 1BVXA 4GCCA 4WLTA 4RDSA 4WM2A 4WM1A 1LZNA 1YILA 1O23A 4LT0A 1GXXA 1IWWA 1UA6Y 1YKZX 4YEMA 1INUA 4UWUA 5HNCA 1J1OY 2XBRA 1B5XA 1FLUA 4WOAA 1LSPA 1C10A 2Z2FA 3RU5A 3W6DA 5KJ9A 1JKAA 4J0LA 1TCYA 4XYYA 5LVKA 1CNSA 1EL1A 2BQDA 2F4AA 5D5CA 3T6UA 1OP9B 1B5WA 1LHMA 1LMNA 1DXJA 3AGHA 4XN6A 4HSFA 1RCMA 3T36A 1BWIA 1QTKA 2NWDX 2YBMA 4NGZA 3WXTA 1B7NA 1YL1X 1JJ3A 1LZ5A 1W08A 4GN4A 3LHMA 2YBLA 1WQPA 1IC4Y 5LVIA 3WUMA 1GDXA 2BQLA 1GF3A 2DQIY 3LYZA 1PZYA 1BVKC 2B5ZA 154LA 2MEFA 1GEVA 1OUJA 4HTQA 4R6CA 3AW7A 1C43A 2MEBA 2ZQ4A 3P64A 1XGUC 5FHWA 2BQFA 2HU1A 1LZYA 4NG8A 1JEFA 6LYZA 1GAZA 4H9AA 2W1MA 3A3QA 3A34A 4LYOA 1NMMA 3TMUA 3A90A 1GWDA 4XJHA 5FELA 6LYTA 1DPWA 2HU3A 2MECA 4NGYA 1TAYA 4OOOA 3WU7A 4W96A 2Z2EA 5LINA 153LA 3WU9A 1LZEA 1WQMA 1FLYA 1B7PA 1LZBA 1B7LA 4PRQA 1GBOA 3CSQA 4RLNA 1XGTC 4DDAA 1LZDA 1LHLA 3WU8A 4NIJA 4ZEEA 2BQMA 1AT5A 4LYMA 1UBZA 4C5FA 1ZVHL 3W3EA 1GPQC 3WW5A 1GE0A 1OUFA 4HV1A 1GF9A 2X0AA 1LYYA 1LYZA 1NBYC 2CJLA 5F9UA 1B7SA 1CJ9A 4WG7A 2FYDA 4XJBA 3W6AA 1LSBA 1RFPA 3FE0A 3RT5X 3WUAA 4BAPA 5LYMA 1LYOA 1WVUA 4G49A 4GCDA 1LHJA 4HJZA 2BQHA 2CGIA 4YENA 1C7PA 2XTHA 4WLXA 5LVGA 5KXXA 1VAUA 4NGOA 2ZIKA 3LZTA 5D5FA 4TUNA 1EQEA 1JISA 1UIHA 4N5RA 1LJGA 3W6FA 3WW6A 5C6LA 2DBTA 4WM4A 1VDTA 1CKHA 5II3A 5HLLA 4HTNA 5KXWA 1LSDA 1REXA 1LJHA 1UIAA 3CB7A 4XJIA 5IDDA 1LZRA 5B06A 1TBYA 1HHLA 2DQDY 4YF2A 2A7FA 5B1GA 2BLXA 2MEHA 5C6IA 3HFMY 4TSCA 1TEWA 4XADA 1JITA 4NGLA 1JHLA 4ET8A 5IHGA 2F4GA 5KXKA 1V7TA 2I26L 1LMPA 4DT3A 4ANRA 1JTOL 3WULA 1GE4A 3OJPA 3ZVQB 2G4PA 3HBDA 1B7OA 3ULRA 3TMXA 2BQNA 4RW2A 1DKKA 4MR1A 1XEJA 2I6ZA 3A93A 3BKHA 1FLQA 1NDMC 1LZTA 3WUNA 5KKJA 4DD0A 8LYZA 4LFPA 2LYMA 1QSAA 3MGWA 4R0FA 1GFJA 4ZFPA 1ZVYB 1GFVA 2MEAA 5KXOA 1B9OA 1FBIX 2RSCA 2Y8PA 193LA 1VDQA 4H9FA 2ZWBA 3J6KA 3WPJA 2HEFA 1QTEA 1OQMA 1OUHA 1GFAA 1GAYA 1UCOA 4N8ZA 5DN4A 1JTPL 5FSTA 1B0DA 1GB7A 3AB6A 4UWVA 1UIDA 4H9BA 1HSXA 1A4VA 1CKFA 1LPIA 2DQEY 1UUZC 1YKYX 1WQQA 1WTMA 1ALCA 1B5YA 4YEOA 5FDJA 4IATA 1D0KA 3A6CY 1NWGA 1DI3A 1LOZA 1QSWA 3B6LA 1LSMA 3ATNA 5KXMA 4Z3MA 5A3ZA 1VATA 5I53A 1REYA 1MLCE 2IFFY 4H93A 5E4PA 1YANA 2G4QA 1LHKA 1F6RA 4H1PA 4NFVA 2YDGA 1C45A 4LZTA 5LVHA 1PS5A 2LZTA 4GCBA 4PPOA 4WLDA 1BB3A 1IP1A 2DQCY 4HPIA 1DI5A 5DM9A 1D6PA 4GN3A 2ZYCA 1QDTA 4NY5A 4EMNA 1IVMA 2CWIA 1CJ7A 1DQJC 1N4FA 2D91A 1OUIA 4NSIA 1NHEA 1HSWA 4KPMA 1GF4A 5B59A 4B0DA 1IIZA 3BKVA 2AUBA 4U3XB 5KXZA 1IC7Y 4LYZA 3B0OA 1WQNA 4BS7A 2IHLA 4HP0A 4DYGA 135LA 3QE8A 4NWHA 3AYQA 3A92A 4FDYA 4GN5C 4OWAA 2HEAA 1D0LA 3CSRA 4LGKA 4NEBA 5KXPA 4H8XA 1ZMYL 1OUGA 2D6BA 4MSTA 4WMGA 4H90A 2GV0A 1YIKA 5I5QA 4LYBA 1T6VL 1UIEA 2H9JA 4NGWA 132LA 4M4OA 4GLAA 4E3UA 3WVXA 1GD6A 1LKSA 1RE2A 3B72A 4G4BA 3EO5A 4DDBA 3GXKA 4NHIA 4WM3A 4WO6A 1B5UA 1GB8A 4MCKA 1B7QA 1LJJA 4ML7A 5LVJA 1DZBX 1LJKA 1WQRA 2BAAA 1GEZA 3WPKA 3AZ7A 1J1PY 1GB3A 1XGQC 2I25L 1HMLA 1H6MA 5KXNA 2CDSA 2WARA 1XGPC 1QUSA 1YL0X 4NHPA 1LZGA 1VFBC 1LHIA 4TWSA 1FDLY 4Z41A 4H9CA 1QQYA 1LJ3A 1AM7A 2BQAA 1GE1A 4KT3A 1GB6A 3EMSA 5IELA 1VEDA 1IWVA 4ETBA 1AT6A 2DQFC 5LXWA 2BQBA 4LT3A 2HTXA 1YQVY 1BB6A 3WL2A 1RI8B 4X3BA 2YBNA 3A3RX 1IWTA 1GBYA 4WM6A 3W6EA 1LSCA 4LT1A 3TXFA 1JKCA 4NHTA 3A91A 5KXLA 2FBBA 1LJ4A 1CJ6A 4ETEA 1GFGA 1NQIA 1LZ4A 1VDPA 3GXRA 1P2CC 4NGKA 3A94A 3TXIA 1YAPA 2YBHA 4DD1A 1IWUA 2F30A 4NGJA 1BQLY 3A67Y 3WH1A 5HMJA 4WLYA 2ZIJA 5ILCA 1GXV2 4A7DA 5F16A 1IEEA 4G4CA 5M1YA 1FKQA 208LA 2BQJA 4J1BA 1OUDA 2BPUA 2ZILA 4H9HA 4CFPA 4CJ2A 3TXDA 1LJNA 4GCFA 4NSHA 3RNXA 5LIOA 3AZ5A 2HUBA 4GCEA 1LZAA 4B1AA 1SQ2L 3G3AB 4C3WA 4NG1A 1XGRC 1LSFA 4NHSA 5C6JA 2Z12A 2XJWA 4OW1A 1IP4A 1LSEA 1C08C 1D0MA 5APDA 4HPEA 5KXYA 1HF4A 2LHMA 5EBHA 5FEKA 2Z19A 1GF0A 4NSGA 2HECA 1UC0A 1IC5Y 1JTTL 3RZ4A 4II8A 5F14A 4TX7A 1HEQA 2Q0MX 2HEEA 1LJEA 3P65A 4W94A 5APFA 5JENB 2BLYA 3CT5A 4CGEA 1UACY 1LZ6A 5I4WA 2EKSC 1UICA 1HELA 4N0JA 5I4YA 5LYZA 2HEBA 1IP6A 4DC4A 1GE2A 3AGGG 1DKJA 3P68A 5DLAA 5T3FA 1LCNA 1F10A 4Z98A 3LYOA 1GB5A 5HNLA 1IP7A 4DWXA 2Z37A 1C46A 5I4XA 1B7RA 3AJNA 1JJ1A 1G7MC 2DQAA 3A95A 4B4JA 5DL9A 3TXJA 1IY3A 1GFHA 1HEOA 2BQCA 1IO5A 1IOTA 1OUEA 1GF5A 3AGIA 3D3DA 2BQEA 3B0IA 1BB4A 4XENA 3IWRA 3TXKA 5LYTA 194LA 1LHHA 1TDYA 1YAMA 2BQKA 4PJ2C 1LMQA 1HFXA 5AMYA 5F81A 5LAGA 2Z38A 1BWHA 1IY4A 4UWNA 1BWJA 4WL7A 3OK0A 1GF8A 1GFTA 1WTNA 3WMKA 5APEA 2YSSC 4HTKA 1OUCA 5B07A 1HNLA 4DD7A 4PRUA 3N9AA 3W6CA 1KXYA 1QDRA 3RW8A 1GBWA 2H9KA 2DQJY 2LZ2A 4NHQA 1IP5A 2H5ZA 3WYHA 4O34A 1F6SA 1LSZA 5APCA 3QY4A 1JJ0A 2D4KA 4HJYA 5E9RA 4IASA 4H9IA 1JWRA 5ILFA 4HV2A 133LA 1V7SA 1I56A 5KXTA 4CFOA 4OWCA 4H91A 1BB7A 4OWBA 2BQIA 4OOTA 1HEMA 3QNGA 4DD9A 2VB1A 3A96A 1JSEA 1LZ1A 2FYCA 1LMCA 4WL6A 4LFXA 1E8LA 1G7JC 2EQLA 1LMTA 1HFYA 3HBEX 1LYSA 1BB5A 2D4JA 4J7VA 1LTMA 1NDGC 4NGIA 4NSJA 4OWHA 4ETDA 4ET9A 4DDCA 1IX0A 4RLMA 1GHLA 9LYZA 4TTDA 1OUBA 3LYMA 4H94A 2ZQ3A 4AXTA 3WPLA 1B2KA 5B05A 4BAFA 4KXIA 1IP3A 1CJ8A 1FKVA 1GB2A 4LT2A 4N1CC 1G7HC 1REZA 5KXSA 4EOFA 4H9EA 5A3EA 5L3IA 4QDNA 2MEEA 5F9XA 3WXUA 4B4IA 3G3BB 1B7MA 1BHZA 4OWEA 5LA8A 1HMKA 1UIFA 3HBHA 1I1ZA 3M18B 1DI4A 4NWEA 4XJFA 4D9ZA 5I54A 1IR9A 1HC0A 1IORA 1JSFA 2G4NA 4B49A 4L41A 1D9UA 4XJGA 1LSAA 4QY9A 4G9SA 4ETCA 2C8OA 2MEIA 4H92A 3TXHA 3VWOA 3CSZA 3LZ2A 1LSYA 1QUTA 2BQOA 2HEDA 4WG1A 1RJCB 4YM8A 3P66A 2C8PA 1YROA 2MEGA 3FI7A 4QGZA 4ETAA 1KIPC 4RW1A 1KIRC 4XJDA 1LJIA 3K3TA 1F0WA 1KXWA 1LJFA 3AW6A 1G7LC 4TSBA 4B4EA 3IJUA 1IWXA 4KL7A 1GFKA 4WO9A 5DN5A 3WVYA 4H8YA 1GFRA 1AKIA 1BGIA 2N5ZA 1IOQA 1T3PA 4GLVA 3CQLA 1MELL 3TXEA 1LSNA 1UIGA 1JPOA 1XEKA 1YAOA 1IWYA 3A6BY 4H8ZA 4I0CA 4CHXA 1AZFA 1KIQC 5HQ1A 4DD2A 1EQ4A 3A8ZA 3IJVA 4PHIA 1GBXA 1J1XY 3P4ZA 2D4IA 1LKRA 1IP2A 1ZV5L 1HEWA 3N9EA 4Z46A 1JKDA 1JKBA 1I20A 2LYZA 3EXDA 1GFEA 2Z39A 3TMVA 1GF6A 1D6QA 3W6BA 4N1EI 2W1YA 1IOCA 1VDSA 1HFZA 3LYTA 1LZCA 1SLYA 3E3DA 4I8SA 1NBZC 5HMVA 2LYOA 5J7CA 5KKIA 3N9CA 1WVVA 4LYTA 1IR7A 1KXXA 3J4GA 1GF7A 4ZIXA 1B5VA 4YOPA 1Z55A 1LSGA 3ATOA 1CKDA 4QEQA 1B5ZA 1GBSA 3M3UA 1DPXA 2XBSA 5FCPA 3TXBA 2W1LA 1QIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G7IC 138LA 1LMOA 1C6LA 1JIYA 3LN2A 1L44A 4N9RA 7LYZA 1L11A 1HERA 2RB1X 1HEPA 3CT0A 1C60A 1C6TA 1XEPA 1WQOA 4NGVA 3AZ6A 1L77A 2MEDA 1GE3A 1GFUA 1REMA 3SB6A 1EQ5A 260LA 2F2NA 5LAFA 1L10A 4WM5A 1YAQA 3NY8A 1G0MA 1W6ZA 4RDSA 4WM2A 4WM1A 4LT0A 2LC9A 1GXXA 1INUA 4UWUA 2XBRA 4I7QA 108LA 1L30A 1JKAA 3GUOA 1TCYA 5LVKA 1CNSA 261LA 2F4AA 1L85A 1DXJA 4HSFA 3C8QA 1RCMA 2YBMA 4GN4A 257LA 1WQPA 154LA 4R6CA 1GEVA 3AW7A 1C43A 3P64A 1XGUC 5FHWA 2HU1A 160LA 2OE7X 3A3QA 223LA 2W1MA 1NMMA 1GWDA 1K28A 1C6QA 2CUUA 5FELA 4NGYA 4OOOA 3WU7A 5LINA 3WU9A 1LZBA 3UONA 1XGTC 1LHLA 1G0GA 3WU8A 4LYMA 242LA 4C5FA 1OUFA 2X0AA 4WG7A 1LSBA 2RB2X 2HUMA 3RT5X 4EKPA 3C83A 5KXXA 1L05A 5D5FA 2DBTA 200LA 1T8FA 1REXA 1LJHA 5IDDA 4XJIA 1LZRA 1L94A 2DQDY 2MEHA 5C6IA 3HFMY 1TEWA 1L28A 4DT3A 1GE4A 3HBDA 169LA 2BQNA 1DKKA 148LE 125LA 1CV1A 1L59A 2I6ZA 3WUNA 1LZTA 4DD0A 8LYZA 192LA 4ZFPA 5KXOA 1FBIX 2IGCA 4DAJA 3J6KA 2HEFA 3CDTA 1OUHA 1UCOA 1GAYA 4N8ZA 3AB6A 1KY1A 3G3XA 1WQQA 1WTMA 1B5YA 1NWGA 3B6LA 1DYGA 2G4QA 4LZTA 1L33A 5DM9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7I C;  2YBI A;  3TMW A;  4G4H A;  2ZYP A;  4IJ4 A;  3KAM A;  1LMO A;  2FBD A;  1GBZ A;  3SP3 A;  4BAD A;  3TXG A;  5KY1 A;  1JIY A;  1FN5 A;  3LN2 A;  1HEN A;  2DKV A;  2PC2 A;  5B1F A;  1CKC A;  4N9R A;  4HJV A;  7LYZ A;  1LZ9 A;  207L A;  3AZ4 A;  1XSF A;  1HER A;  2BQG A;  1OUA A;  1HEP A;  3D9A C;  1UIB A;  3CT0 A;  3EBA B;  3F6Z A;  3ZVQ A;  1CKG A;  2EPE A;  1LAA A;  2YBJ A;  4DD3 A;  5LA5 A;  2A7D A;  1GB0 A;  4M6D A;  2YVB A;  4FJR A;  2W1X A;  5L9J A;  3ZEK A;  1WQO A;  2Z18 A;  5L3H A;  1YKX X;  4AGA A;  5KXR A;  1GDW A;  4NGV A;  1IR8 A;  3AZ6 A;  1H87 A;  2MED A;  1GE3 A;  3B0K A;  1LMA A;  1FLW A;  1GFU A;  1REM A;  1XEI A;  1XFP L;  1NKH A;  2ZNX Y;  1NF5 A;  4LYC A;  1EQ5 A;  134L A;  2F2N A;  5LAF A;  2DQG Y;  2EIZ C;  1A2Y C;  1GB9 A;  2ZNW Y;  1JUG A;  3CT1 A;  1LZ8 A;  5K7O A;  4J1A A;  1IWZ A;  4P2E A;  4PGJ B;  1YAQ A;  2DQH Y;  4WM5 A;  1LZS A;  1IOS A;  1W6Z A;  1BVX A;  4GCC A;  4WLT A;  4RDS A;  4WM2 A;  4WM1 A;  1LZN A;  1YIL A;  1O23 A;  4LT0 A;  1GXX A;  1IWW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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