1LJGA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 5% glycerol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljgA00
3WUAA 1GBZA 1UUZC 4LYTA 2DQEY 3B0IA 1UC0A 2BQNA 5DM9A 4LYCA 1LJFA 4NGWA 1IEEA 1B7NA 1CJ7A 3A3RX 4OWAA 3W6FA 4HV2A 1LTMA 1LJGA 2C8OA 1A4VA 4R0FA 1BVXA 1HEQA 1D0KA 1GB8A 2DQGY 2HECA 2Z12A 4NGJA 2CGIA 1GF8A 3WXUA 4BADA 3WMKA 1BWJA 4N5RA 5KXLA 4RDSA 1NBZC 1LZYA 4WL7A 1LSMA 5M1YA 4AXTA 1LHLA 1GFJA 3LYTA 4LT1A 2F2NA 1LMAA 1QIOA 3BKHA 4WG7A 1LZRA 1XEKA 1XSFA 5B07A 2BQGA 4N8ZA 1PZYA 1JSEA 1BHZA 4GCBA 1XEJA 2YBIA 5LAFA 2MEBA 2BQHA 4OWCA 1G7IC 1KIQC 2BQJA 2CWIA 5KXZA 1OUHA 4PRUA 1LZAA 1LYSA 1UIGA 1VDSA 4H93A 1AT6A 2BQMA 4B4EA 4FDYA 1WVVA 2BQDA 4LZTA 2MEGA 1JUGA 2D4JA 1D6QA 1HERA 1REXA 4XN6A 132LA 1LJNA 1GWDA 4QEQA 1IWVA 1LZEA 1GAYA 3B6LA 1DI3A 1WQMA 4J7VA 1GF6A 8LYZA 1XGRC 1ZV5L 2FBBA 1IY3A 1FLQA 1UIAA 2F30A 7LYZA 1LSZA 5B59A 1LZ1A 1B0DA 1LZSA 1QSAA 2X0AA 4H9BA 5IDDA 1TEWA 2DBTA 4NGVA 3TXHA 2BQBA 1IP6A 1V7TA 4WOAA 3WVXA 1WTNA 1LJKA 4HPEA 1NF5A 4H9EA 1GB7A 193LA 2HEEA 2Z38A 4H1PA 4HJZA 1GXXA 1BWHA 1JWRA 3QE8A 4GLVA 1B7PA 5KXXA 1AM7A 3W6CA 1LMOA 3WUMA 194LA 4N1EI 2D4KA 1HEWA 4OWHA 5A3ZA 3CT0A 6LYTA 1YL1X 1LOZA 1UIBA 4B49A 2ZIJA 3HBEX 5I54A 1IWXA 5HNLA 5KJ9A 1G7JC 5KXYA 3MGWA 1GEVA 4KT3A 3TMUA 3WH1A 1NHEA 2YSSC 1FKVA 5I4YA 4NSHA 1O23A 4LGKA 5DL9A 1DKJA 1BB5A 4OOTA 4BAPA 1LZ5A 2EPEA 2YVBA 1BB4A 1KIPC 1LJIA 3AGIA 1UIDA 3A91A 1GBYA 4DDBA 2VB1A 1LMTA 3J6KA 1VDTA 1HNLA 3A34A 1G7HC 4ETCA 2Y8PA 4XADA 1B5ZA 3N9AA 1DI5A 1DPWA 1HFXA 4DYGA 4NGKA 1WQOA 1IWTA 2CJLA 3SP3A 3W6EA 5F9UA 1T6VL 1VAUA 1IWWA 4WLTA 3P4ZA 4ETBA 1IP2A 4QY9A 5FCPA 4GCCA 2MEFA 3LYOA 2YDGA 4EOFA 3IWRA 2MEHA 4U3XB 1HC0A 2DQJY 2W1LA 4Z3MA 1LYZA 1YKZX 1OUFA 4H92A 1F6SA 1EQ5A 1JTPL 3LN2A 4PRQA 5FHWA 1GEZA 1HELA 1OUIA 2XTHA 4GN3A 4HJYA 4Z41A 4XYYA 2FYCA 4WM2A 1B7MA 1NBYC 4H94A 2PC2A 4WLYA 207LA 1DZBX 4PPOA 5C6IA 1DQJC 1LYOA 5F16A 3A90A 2YBHA 4B4JA 4H8ZA 1CKFA 1VEDA 2F4GA 2ZYCA 4LFXA 4DD0A 4EMNA 3AZ7A 1GAZA 1GF9A 1CJ9A 4ETEA 1GFTA 1FKQA 1LJ3A 2IHLA 1GFUA 1QSWA 4M6DA 2DQFC 1GXV2 2CDSA 4NGIA 4D9ZA 1IWZA 5LA5A 2D91A 4PHIA 1UICA 1TDYA 5HMVA 5HQ1A 3RZ4A 1IOSA 1J1XY 4YM8A 1LMPA 1NMMA 1LZ4A 5LYMA 3A94A 5LINA 3AGGG 1GFVA 1NKHA 1YKYX 3CSZA 4B0DA 1GE1A 1LJJA 1UIFA 1QUSA 3ATNA 3AZ5A 3WPJA 4TSBA 1B7SA 4ET8A 5LVHA 4W96A 3AW7A 1OP9B 4WM3A 1AT5A 4DD3A 1HF4A 5HNCA 2IFFY 2G4NA 5EBHA 1FLUA 1CNSA 2BQFA 2I6ZA 3HFMY 3AGHA 3EMSA 4LT3A 2H5ZA 3W6BA 1GB3A 4Z98A 5LIOA 2Z39A 1T3PA 3A6BY 1IP1A 1OUGA 1YAPA 1OUJA 3A92A 1GBOA 4NSIA 1OUEA 1B7OA 1B5VA 1JJ3A 1LSFA 1N4FA 4I0CA 1UCOA 1REYA 4LT2A 1B7RA 4YEOA 1LKRA 1GB2A 2NWDX 3TXGA 4ETAA 1KIRC 1D6PA 5B05A 5F14A 4C5FA 1BB7A 5D5CA 1E8LA 1W08A 5L3HA 4NHQA 3D3DA 1LZGA 1HFZA 1WVUA 4NWEA 3TMWA 2H9JA 1GFGA 1VFBC 2MEEA 3P68A 4WLDA 1FLWA 4O34A 4GCDA 4NSGA 1JKDA 4NHPA 1NWGA 1GDXA 4H90A 1IR8A 4DD9A 1LAAA 4NHSA 3F6ZA 1YAMA 1YIKA 5D5FA 4NGYA 5L3IA 4XENA 1BB3A 5KKIA 3WVYA 3N9EA 5B1FA 1EQ4A 2DKVA 1JJ1A 1IY4A 5LYZA 1B5XA 2FYDA 1IP5A 1LJ4A 1MELL 1RI8B 1HHLA 5KXNA 4IASA 5KY1A 1GFEA 3A67Y 5F81A 1OUCA 3T6UA 5K7OA 4DD2A 1JKBA 208LA 4ZFPA 2ZYPA 1HMLA 3ZEKA 1JPOA 2LZ2A 4G9SA 4NHIA 3A8ZA 1CKGA 1ZVYB 5DLAA 3WPKA 1IVMA 1D0MA 3WPLA 2BLYA 2AUBA 3LZTA 4J0LA 4NGZA 2LYOA 2EIZC 4XJBA 1LSPA 3LYMA 4NG1A 5LVGA 3K3TA 1IORA 4WM6A 1IX0A 4LYMA 1JJ0A 2ZIKA 1GF5A 2G4PA 3RU5A 4ETDA 1IR7A 4P2EA 3TXDA 4OW1A 3ULRA 4CJ2A 2HU1A 2XBSA 4X3BA 1B5WA 4DWXA 1UIHA 1GF4A 1IC4Y 1LMNA 1GB6A 1BWIA 3A93A 3OK0A 1NQIA 4TSCA 1G7LC 2DQIY 1QTEA 2HTXA 3M18B 5E4PA 5L9JA 1JHLA 1SLYA 3CT5A 3G3AB 1JISA 4NWHA 4HP0A 4B4IA 133LA 1YILA 3P64A 5LXWA 3LZ2A 4TWSA 1B2KA 1CJ6A 1REZA 2HEFA 4QGZA 4WO6A 1W6ZA 1NDMC 1C45A 2HEAA 1GBXA 1IC7Y 2Z18A 4WL6A 1LSAA 4HV1A 3WU8A 5A3EA 1FDLY 4FJRA 4LYOA 5LA8A 3TXKA 2BQCA 1IP7A 1GF0A 4HSFA 5FEKA 1LCNA 5LVKA 5LVIA 2DQHY 4NSJA 1DKKA 1LSDA 1UACY 1UA6Y 2HU3A 2YBNA 5APEA 3WULA 1B7LA 1C10A 1JSFA 4BAFA 4DD7A 1LSBA 1GF3A 1IWUA 4TTDA 1GFRA 5KXRA 4AGAA 3WYHA 4TX7A 5HMJA 3WW6A 1XGQC 1B9OA 1GF7A 1GE0A 2Z2EA 2BQLA 3W6AA 153LA 2MEAA 2ZNXY 2HEBA 4DC4A 3FE0A 1F10A 3A6CY 5II3A 2ZQ4A 4G4CA 4H9IA 1GE2A 1CKHA 4WG1A 5APDA 3EBAB 4PGJB 4M4OA 4IJ4A 1FLYA 4LT0A 3WU7A 5F9XA 1H87A 3A95A 4G49A 2BLXA 2Q0MX 4G4BA 1DI4A 1LSEA 3AJNA 4HPIA 1ZVHL 4YOPA 1VDQA 1IR9A 1OQMA 3WXTA 3CB7A 1IP3A 1C08C 4MCKA 1D9UA 4CHXA 3KAMA 1FBIX 1DXJA 3ZVQA 1QDTA 2A7FA 4RW1A 4XJDA 4H8YA 3TXEA 4CGEA 3RNXA 1P2CC 1LZBA 3B72A 4DT3A 4ANRA 4B1AA 3AW6A 4KXIA 2DQCY 5I4XA 1G7MC 2D4IA 4NEBA 1H6MA 1XGPC 1GHLA 3CSQA 3OJPA 2YBJA 4XJGA 4OOOA 3RW8A 1LKSA 1GE3A 1LSGA 3TXBA 1HEPA 2W1XA 4J1AA 3W6DA 4LYBA 2BQIA 2BQAA 2RSCA 3TXJA 1YANA 1DPXA 4IATA 2MEDA 3E3DA 1AKIA 1IOCA 1LHJA 1HENA 3IJVA 2Z19A 4H8XA 4NGLA 1I1ZA 1UBZA 1J1OY 4CFPA 1GBSA 4WM1A 6LYZA 1CKDA 1IOTA 2ZQ3A 3QNGA 4HTKA 3WW5A 1IC5Y 1HFYA 4NIJA 3A96A 2XJWA 4H9HA 2Z37A 1VATA 1I56A 1QUTA 1LJHA 1LZTA 1YKXX 1LZDA 1YL0X 1OUDA 3AZ4A 135LA 2G4QA 5LAGA 4NG8A 1HMKA 5IELA 3AYQA 1WQRA 4WM4A 1WTMA 1JKAA 3J4GA 4GCFA 1QTKA 4YENA 2BQOA 5ILFA 3EXDA 3TMXA 1LMQA 4R6CA 4XJIA 1EQEA 1SQ2L 5AMYA 4UWUA 4WMGA 2A7DA 1JTTL 1BQLY 1XGTC 1GFHA 1IP4A 2W1YA 3GXKA 5I5QA 1FN5A 1LHMA 5I4WA 2ZWBA 2EQLA 4PJ2C 1C7PA 2DQDY 1RJCB 4GLAA 4W94A 4GN5C 4NFVA 1EL1A 1GD6A 4NHTA 1BVKC 1LHKA 1GB5A 2EKSC 4DDCA 1AZFA 1XGUC 2XBRA 4GCEA 4NGOA 3HBHA 4MR1A 5DN5A 4ZEEA 5FELA 5FSTA 4I8SA 4RLNA 2Z2FA 1QDRA 5KXMA 1J1PY 1VDPA 1JEFA 4WM5A 2LYMA 1LYYA 4H9AA 2YBMA 3LYZA 3WU9A 5LVJA 1HSXA 1RFPA 154LA 5KXPA 1RE2A 3QY4A 4MSTA 3T36A 4N1CC 1LHHA 1XFPL 9LYZA 2C8PA 1PS5A 2MEIA 3BKVA 1GPQC 2FBDA 4QDNA 2LHMA 1LZ8A 4H91A 1GFAA 1C46A 1B7QA 1ZMYL 3ATOA 5E9RA 1LZNA 1YROA 1C43A 5T3FA 2I25L 3HBDA 1Z55A 1WQNA 2BAAA 1LSCA 5KXKA 2LZTA 1LJEA 1WQQA 2MECA 3VWOA 4KL7A 3TXFA 1KXXA 3TXIA 4A7DA 4OWEA 4BS7A 4HTQA 1JITA 3B0OA 2HEDA 5APFA 4OWBA 1GDWA 1ALCA 1CKCA 1I20A 4L41A 5I53A 3RT5X 4E3UA 4YEMA 1RCMA 1JTOL 1LZ6A 1LSNA 1B5UA 2H9KA 2D6BA 1WQPA 134LA 4LYZA 4YF2A 3AZ6A 4UWVA 1LHIA 4J1BA 1IOQA 5JENB 1B5YA 4C3WA 4ZIXA 3AB6A 3FI7A 1XEIA 3ZVQB 4UWNA 1GBWA 1KXWA 1LPIA 4TUNA 5APCA 4ET9A 2YBLA 4ML7A 1TCYA 4G4HA 1IWYA 4WLXA 2BQEA 3G3BB 1GE4A 4II8A 3D9AC 3WUNA 1GFKA 1A2YC 3M3UA 1BB6A 3WL2A 1YAOA 4XJFA 5B1GA 1V7SA 3CSRA 3LHMA 1HSWA 3TMVA 4DD1A 5J7CA 1UIEA 4LFPA 1LMCA 3A3QA 1TBYA 2B5ZA 2ZNWY 1YAQA 5C6JA 2W1MA 2ZILA 4RLMA 2F4AA 1LSYA 4RW2A 2LYZA 1YQVY 4H9CA 4WO9A 5KXTA 1HEOA 2WARA 1CJ8A 5IHGA 4HTNA 4N0JA 3B0KA 1IIZA 4H9FA 1LZ9A 2HUBA 4HJVA 1REMA 5KXSA 3W3EA 3GXRA 1BGIA 3IJUA 5LYTA 1HEMA 1LZCA 5KXOA 1IO5A 2BQKA 4CFOA 1JIYA 1D0LA 1INUA 1F0WA 1GB9A 3N9CA 4KPMA 2DQAA 4Z46A 1F6RA 3P65A 4GN4A 2N5ZA 3CT1A 1KXYA 1OUAA 1GB0A 5ILCA 1MLCE 5FDJA 3EO5A 1QQYA 3P66A 4N9RA 5DN4A 5KKJA 4XJHA 2BPUA 3CQLA 1NDGC 1OUBA 4DDAA 4NY5A 5C6LA 1TAYA 2I26L 5HLLA 5KXWA 2GV0A 1JKCA 5B06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQEY 1UC0A 2BQNA 242LA 2HECA 4NGJA 2CGIA 3GUMA 1NBZC 251LA 1LHLA 4LT1A 1LMAA 3DMZA 3BKHA 4WG7A 1LZRA 5B07A 1PZYA 1T8FA 1XEJA 2BQHA 4LDLA 2BQJA 5KXZA 1G0KA 1UIGA 1VDSA 1L69A 4H93A 1REXA 4DQJA 1LZEA 1WQMA 8LYZA 1XGRC 1ZV5L 2F30A 7LYZA 1P37A 1LSZA 5B59A 2X0AA 4H9BA 1JQUA 2DBTA 4NGVA 3TXHA 2BQBA 1WTNA 1LJKA 4HPEA 1L60A 193LA 1AM7A 3HT9A 4N1EI 3FA0A 1OYUA 1HEWA 3VW7A 5A3ZA 180LA 4B49A 3HBEX 227LA 1GEVA 3WH1A 1O23A 2RB2X 218LA 2B6YA 1QTHA 1LJIA 3HH6A 1L63A 1UIDA 1GBYA 2VB1A 3J6KA 237LA 3A34A 4ETCA 4XADA 1DI5A 211LA 2CJLA 3SP3A 4WLTA 1IP2A 4GCCA 3LYOA 4EOFA 4I7TA 1LYZA 1EQ5A 1JTPL 2B70A 4HJYA 1SX2A 4XYYA 3SB6A 206LA 1CV4A 2PC2A 207LA 1CV1A 5C6IA 178LA 4DD0A 2ZYCA 4I7SA 4LFXA 3AZ7A 1GAZA 1L33A 1CJ9A 1L28A 1LJ3A 1QSWA 2A4TA 4NGIA 1GXV2 1IWZA 2RAYX 5HMVA 1UICA 3RZ4A 1IOSA 4YM8A 1LMPA 1L22A 1NKHA 4AQNA 4B0DA 151LA 1UIFA 4TSBA 4ET8A 4DD3A 4WM3A 130LA 1HF4A 226LA 1L80A 3AGHA 1L00A 2Z39A 3A6BY 1L21A 1OUGA 1OUJA 1GBOA 1B7OA 1B5VA 1JJ3A 1LSFA 145LA 4LT2A 4I7OA 1B7RA 4YEOA 1LKRA 2B6WA 2NWDX 3C7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WUA A;  1GBZ A;  1UUZ C;  4LYT A;  2DQE Y;  3B0I A;  1UC0 A;  2BQN A;  5DM9 A;  4LYC A;  1LJF A;  4NGW A;  1IEE A;  1B7N A;  1CJ7 A;  3A3R X;  4OWA A;  3W6F A;  4HV2 A;  1LTM A;  1LJG A;  2C8O A;  1A4V A;  4R0F A;  1BVX A;  1HEQ A;  1D0K A;  1GB8 A;  2DQG Y;  2HEC A;  2Z12 A;  4NGJ A;  2CGI A;  1GF8 A;  3WXU A;  4BAD A;  3WMK A;  1BWJ A;  4N5R A;  5KXL A;  4RDS A;  1NBZ C;  1LZY A;  4WL7 A;  1LSM A;  5M1Y A;  4AXT A;  1LHL A;  1GFJ A;  3LYT A;  4LT1 A;  2F2N A;  1LMA A;  1QIO A;  3BKH A;  4WG7 A;  1LZR A;  1XEK A;  1XSF A;  5B07 A;  2BQG A;  4N8Z A;  1PZY A;  1JSE A;  1BHZ A;  4GCB A;  1XEJ A;  2YBI A;  5LAF A;  2MEB A;  2BQH A;  4OWC A;  1G7I C;  1KIQ C;  2BQJ A;  2CWI A;  5KXZ A;  1OUH A;  4PRU A;  1LZA A;  1LYS A;  1UIG A;  1VDS A;  4H93 A;  1AT6 A;  2BQM A;  4B4E A;  4FDY A;  1WVV A;  2BQD A;  4LZT A;  2MEG A;  1JUG A;  2D4J A;  1D6Q A;  1HER A;  1REX A;  4XN6 A;  132L A;  1LJN A;  1GWD A;  4QEQ A;  1IWV A;  1LZE A;  1GAY A;  3B6L A;  1DI3 A;  1WQM A;  4J7V A;  1GF6 A;  8LYZ A;  1XGR C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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