1LJGA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 5% glycerol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljgA00
1GDWA 1IVMA 1FLQA 1MLCE 2Z37A 5KXMA 1B2KA 5HLLA 1XGTC 5JENB 2DQDY 2G4QA 1VDSA 2MEHA 4CGEA 1PZYA 1ZVHL 2MEBA 5KXWA 1C45A 2DQIY 2MEEA 4E3UA 1VATA 4H9AA 1LPIA 1W6ZA 8LYZA 5I4YA 3OK0A 4NGVA 1FN5A 4O34A 1IOQA 2HEDA 3WVXA 1OUIA 1BGIA 2PC2A 1LTMA 4M6DA 1CJ8A 4WLYA 1DXJA 3B72A 5B05A 4HTKA 1NKHA 1LJFA 4G4CA 4XJIA 4AGAA 1LJIA 1XSFA 1D0KA 4LYMA 1QSAA 5EBHA 1BHZA 1GE3A 3AB6A 3ZVQB 1LSNA 5K7OA 1HC0A 1YAQA 2FYCA 3EBAB 1DI4A 1YQVY 4J0LA 1HEWA 3KAMA 4RDSA 3WPLA 2LYOA 3OJPA 4GCDA 3CSQA 1LZYA 1LZSA 1EQ5A 1C7PA 1OUCA 4NHQA 3N9AA 4W94A 3M3UA 1GD6A 4XJGA 1INUA 1XGQC 1IP2A 5I5QA 208LA 1LJ4A 3AW7A 4LFXA 4YEOA 1LJ3A 3FE0A 1F10A 1GFKA 1C43A 5KXOA 1LHLA 4ZFPA 4H91A 1CKDA 1LZCA 1D9UA 4PRQA 2D6BA 2BQCA 3D9AC 1LMPA 4GCBA 1PS5A 1UIDA 2DQCY 2BQBA 3MGWA 3WUNA 3WUMA 4Z3MA 2MEIA 1GF0A 1GBOA 1P2CC 1WVUA 3LYZA 5F9UA 3TXJA 2DQGY 5LA8A 1AKIA 5T3FA 4A7DA 3F6ZA 2BAAA 4WM2A 1KXXA 5KXPA 4I0CA 1D0LA 3EMSA 4MSTA 1IWYA 3WW6A 4B4EA 1GE0A 2YBHA 2W1YA 2DQAA 2HU3A 2HEBA 3A95A 1OUFA 2YDGA 4XADA 1WQMA 1LHJA 2BQJA 2XBRA 4ZIXA 2Z12A 5L9JA 1V7SA 1A4VA 1GBYA 1B9OA 3G3AB 5C6JA 2DQJY 1DQJC 1NDGC 4LZTA 5KKJA 5FEKA 4BS7A 1GFTA 3P68A 4B49A 4KXIA 1DPWA 5II3A 2BQHA 1DI3A 4H1PA 3ATNA 4H92A 5LIOA 9LYZA 4LYCA 4CFPA 5APEA 4NHIA 1DPXA 1QIOA 5DN4A 1UIEA 1REMA 1LHMA 5LAFA 2XBSA 4EOFA 4BAPA 3W6DA 1IEEA 1IP5A 4II8A 5KXNA 5B59A 1UIGA 3M18B 1YANA 4FJRA 1UIBA 1F0WA 1JJ1A 1GBSA 1GFVA 3AGIA 5AMYA 3BKVA 1IORA 3A3QA 1QTKA 2X0AA 3A91A 1IR7A 4NIJA 1GBZA 1OUJA 2HUBA 4WMGA 4ETEA 1UCOA 1GF9A 1GB7A 1XEIA 1JTTL 3CSZA 1TBYA 4NGLA 4WG1A 4NWHA 5LVIA 5LYZA 2VB1A 3ZVQA 4N0JA 4ET8A 2YBMA 5LVJA 4PJ2C 4LYOA 1EL1A 1XEKA 2BQLA 5IDDA 1AT6A 132LA 133LA 4LT0A 3IJUA 5B07A 4XENA 1OP9B 1REZA 2Z38A 4NHSA 2LZTA 2D4JA 3IJVA 4M4OA 4IATA 1UUZC 1NDMC 2W1LA 1YAPA 1RJCB 1LZ9A 1VDTA 2ZNXY 4TWSA 3TXEA 4HTNA 1VDQA 1QTEA 1CJ9A 1CNSA 1HMLA 1LZ4A 3B0KA 3WPKA 2C8PA 1LHKA 4WLTA 2AUBA 1OUHA 4RW2A 1AM7A 1IWZA 3WU8A 2YBNA 1QDTA 2HEAA 4TX7A 4RW1A 4N1EI 2XTHA 4DT3A 1B7OA 4WLXA 1HERA 4NGWA 1LZAA 1G7MC 1GE1A 2Z39A 3A34A 4KPMA 3CQLA 4HSFA 5LVGA 3WW5A 1JWRA 2F4GA 1I20A 3RZ4A 4NGJA 3TXFA 4H9BA 3LYOA 5KXRA 1YKZX 1H87A 1VDPA 1NBZC 1HFZA 3RW8A 1NF5A 2ZIJA 2BLYA 4NGYA 5I4WA 1BB6A 4PGJB 2F4AA 3LZTA 3TXBA 1LOZA 4ZEEA 4WO6A 1QUSA 3AGGG 1DKKA 2MEGA 4OOOA 1GE4A 3AZ6A 3BKHA 3LYTA 5HQ1A 1LZGA 4LYBA 2MECA 1GB3A 1YAMA 2BQFA 2EQLA 3EO5A 4I8SA 1LZTA 4LT2A 3N9CA 4NGZA 4TTDA 1WVVA 1LZ8A 1GAZA 3J6KA 4G4HA 3WU7A 4Z46A 1GFJA 3QE8A 4LT3A 4NWEA 4G49A 3RU5A 2MEAA 1GB8A 4AXTA 1B5ZA 2EPEA 1LJNA 1LHHA 5KXSA 1WTNA 2LZ2A 2D4IA 1GAYA 4XYYA 1AT5A 1QQYA 4D9ZA 4ETAA 1YKXX 2IFFY 4OWAA 1GB9A 3P4ZA 2FYDA 3K3TA 1XEJA 4WM1A 2Z2EA 5KY1A 1GFUA 3ZEKA 5HNCA 3HBEX 3CB7A 1HSWA 5DN5A 1JHLA 1G7IC 1B7QA 153LA 3AZ5A 4HJZA 6LYTA 5APFA 1D6QA 1JEFA 4H94A 4TSCA 1CKFA 4BADA 1HENA 1YROA 2LHMA 1GF3A 4HPEA 4N5RA 1JKCA 2BQNA 3G3BB 1BB5A 1GE2A 5F14A 1FLYA 4H9CA 4ETCA 2BQDA 1LJKA 1TAYA 1N4FA 4J7VA 207LA 3WU9A 1KXYA 4U3XB 1GF6A 1JTPL 4GN3A 4N1CC 5D5CA 1GF7A 5M1YA 1LAAA 1BVKC 1UC0A 1ALCA 1IY3A 3A93A 1CKGA 4PPOA 1LJJA 1UICA 2FBDA 4LYTA 4Z98A 1KIPC 2H9JA 1D0MA 3GXKA 4MCKA 2ZQ4A 4XJBA 3AYQA 1W08A 1RCMA 4RLNA 1OUEA 1VEDA 2CDSA 154LA 1GBWA 3TXKA 1NBYC 1HEMA 4OWCA 2MEFA 2ZWBA 4DWXA 4OWHA 4DDAA 5I4XA 1LYSA 5KJ9A 1FBIX 1LZBA 1OQMA 1RE2A 1UA6Y 5A3ZA 1IOSA 3WMKA 4H9IA 2G4NA 5KXLA 3T36A 1GB6A 3ULRA 3LYMA 5A3EA 4H8XA 1NMMA 1JIYA 4WL6A 3TXDA 5I54A 1GEZA 1GB2A 2BQIA 2HECA 4J1BA 1IC4Y 1IO5A 1T6VL 1NQIA 1G7LC 2CGIA 3TXIA 5LXWA 3WUAA 4B4IA 4YM8A 4NSGA 4DD0A 1JPOA 1B7RA 2FBBA 3TXHA 4WM6A 4YOPA 7LYZA 5E9RA 1DZBX 1JITA 1IWWA 1FKQA 4G9SA 4N9RA 1LMNA 1GPQC 1GB0A 4DD1A 1IP6A 1OUBA 3AJNA 3WH1A 4YF2A 4NY5A 5C6LA 5J7CA 1TEWA 1IR9A 1IIZA 4OW1A 3B0IA 3W6BA 3WYHA 1B0DA 3T6UA 2BQGA 2I26L 5KXYA 2YBJA 2YVBA 3W6AA 1LSDA 2XJWA 1CKHA 4WOAA 1BB4A 2DQEY 1C46A 1HFXA 1NHEA 1LSPA 4DC4A 5DLAA 1F6SA 1YL1X 3A90A 4B4JA 1LYOA 4DDCA 4NFVA 1KIQC 2BQEA 2LYMA 1IOCA 1GEVA 1GF5A 4GCEA 1RFPA 2BQAA 3TMVA 1LMCA 1BWIA 2YBLA 1J1PY 1LSZA 3A6CY 1VAUA 1B5XA 3E3DA 1WQOA 4L41A 4WM3A 3HFMY 1B7NA 4G4BA 4MR1A 4WG7A 5B1FA 4H9EA 2Z18A 1LMOA 5I53A 3TMUA 1GXXA 5HMVA 1YAOA 1LSMA 1JTOL 2CJLA 2D4KA 4NG8A 4EMNA 2G4PA 4NSJA 5APCA 1D6PA 1LSGA 2F30A 2ZIKA 3W6FA 1YKYX 3B0OA 3FI7A 5KXKA 1GF4A 1I56A 1GHLA 1LHIA 5ILCA 1JJ0A 1GB5A 5C6IA 2W1XA 5B06A 1WQQA 1LZNA 4GCCA 3RNXA 4C3WA 4H9HA 1BWHA 5L3HA 4ANRA 5IELA 3VWOA 4GN5C 1GFAA 4WLDA 4UWVA 4CFOA 1F6RA 2ZNWY 4J1AA 1LSFA 1LSAA 4HV1A 1OUDA 1RI8B 3TMWA 2Y8PA 4TSBA 5DL9A 1DKJA 4WM5A 4N8ZA 1UIHA 1XGRC 4RLMA 1LJEA 2HEEA 3A94A 4XN6A 1B7PA 1JISA 4H93A 2IHLA 1GBXA 1ZMYL 4X3BA 5LAGA 1J1OY 3RT5X 5KKIA 1LCNA 1TCYA 5FELA 1HSXA 1HHLA 1CKCA 1LYZA 1YIKA 4IJ4A 4NGOA 1LZEA 4OWBA 5F81A 1B7LA 1LKSA 4R6CA 1GF8A 5E4PA 1BB7A 1HEPA 1YL0X 1HFYA 4NGKA 1BQLY 1GFRA 1IWUA 1HMKA 1SQ2L 2W1MA 3W6CA 2N5ZA 3EXDA 4WM4A 4H9FA 3QNGA 3J4GA 4QEQA 1LZDA 2WARA 1REXA 4B0DA 4LGKA 4DD3A 5F9XA 4B1AA 3TXGA 3A8ZA 1OUAA 1GXV2 2DBTA 1LYYA 1WQPA 5FSTA 1SLYA 2DQHY 2B5ZA 1BB3A 1HEQA 3W6EA 5B1GA 4WL7A 1LJHA 3W3EA 1JJ3A 4GCFA 2BQOA 1G7HC 4ETDA 2LYZA 2RSCA 1B5WA 1JSEA 3AW6A 193LA 4LT1A 5IHGA 1IOTA 1WQRA 4ETBA 5DM9A 1HNLA 1ZVYB 3N9EA 4KT3A 1FLUA 135LA 1UACY 2ZYCA 1KIRC 3ATOA 1GFEA 1ZV5L 1HELA 4HPIA 5LINA 1LSEA 3LZ2A 4ET9A 1G7JC 2Q0MX 4NGIA 1QUTA 5LA5A 2A7FA 1WTMA 1LMQA 1T3PA 1GDXA 1Z55A 1XFPL 2HTXA 2I6ZA 2YBIA 3CT0A 4GLAA 1O23A 3LN2A 2F2NA 4ML7A 3QY4A 4DDBA 1A2YC 1FKVA 2ZQ3A 2ZYPA 3A92A 1LZRA 1IP7A 1GFGA 4QDNA 4NEBA 1IWXA 4TUNA 1CJ6A 2BQMA 4NHPA 4XJHA 4NHTA 2EKSC 3P66A 4YEMA 2C8OA 1LSYA 1B5UA 1JKBA 1HEOA 3CSRA 5KXTA 4NG1A 4UWNA 5LYMA 2H9KA 2D91A 4XJFA 1IR8A 1JKDA 1J1XY 4NSHA 5LVKA 3WXTA 4OOTA 2DQFC 1LMTA 1JSFA 1IC7Y 4XJDA 4HJVA 1IP3A 4DD7A 3P64A 4DD2A 4C5FA 5LVHA 1QSWA 1LZ6A 1HF4A 2MEDA 3P65A 2CWIA 5FDJA 3SP3A 4DYGA 1B7MA 3AGHA 2ZILA 1V7TA 6LYZA 5KXZA 1LSCA 1IX0A 1TDYA 2HU1A 2BLXA 3HBDA 1EQEA 1I1ZA 1REYA 4Z41A 5FHWA 3GXRA 1LSBA 3AZ4A 3A96A 5ILFA 2Z2FA 4HJYA 4IASA 3WULA 1LZ5A 1LJGA 5FCPA 5L3IA 4H90A 4HV2A 3A6BY 4BAFA 1UIAA 1IC5Y 4H8ZA 2BQKA 4R0FA 1B7SA 1KXWA 3LHMA 1JUGA 1DI5A 1OUGA 1E8LA 1QDRA 1JKAA 1WQNA 3B6LA 4PRUA 2A7DA 4LYZA 1C10A 4DD9A 3IWRA 4NSIA 3WPJA 1IY4A 4GN4A 194LA 2HEFA 1AZFA 2EIZC 5LYTA 4YENA 1EQ4A 4H8YA 1IWTA 5F16A 1FDLY 4HTQA 1XGUC 3AZ7A 1C08C 4KL7A 1LMAA 3WXUA 1FLWA 3A67Y 1VFBC 2DKVA 3A3RX 1IWVA 1UBZA 4UWUA 4CJ2A 1IP1A 1B5VA 4OWEA 3CT1A 3HBHA 1H6MA 1XGPC 4LFPA 2YSSC 4PHIA 1NWGA 2I25L 4HP0A 4FDYA 1IP4A 1BVXA 4GLVA 4W96A 3WVYA 2NWDX 134LA 4P2EA 5APDA 1GWDA 3WL2A 1BWJA 4WO9A 1MELL 3CT5A 5HNLA 1LKRA 5D5FA 3D3DA 2H5ZA 1YILA 4QY9A 1GFHA 5HMJA 4QGZA 1LZ1A 4CHXA 2BPUA 1CJ7A 5KXXA 1B5YA 2Z19A 1UIFA 3TMXA 2GV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F2QA 1OVJA 1VDSA 2MEBA 2MEEA 4E3UA 1FN5A 4O34A 223LA 3SB5A 3WVXA 4M6DA 2OEAX 4HTKA 1LJFA 4XJIA 1D0KA 1QSAA 1BHZA 1GE3A 4I7TA 1HC0A 1L61A 4J0LA 1YQVY 174LA 1L53A 2LYOA 3CSQA 1LZYA 3SN6R 1EQ5A 3FA0A 4W94A 3C83A 1INUA 1L21A 4LFXA 1GFKA 1L22A 156LA 2RAZX 2BQCA 4GCBA 1UIDA 2BQBA 3WUNA 1P2CC 1WVUA 5F9UA 5LA8A 1D0LA 3OE9A 2HU3A 4W55A 4ZIXA 1B9OA 123LA 6LZMA 3P68A 3HWLA 1DI3A 4H1PA 3ATNA 4H92A 4LZMA 5APEA 4NHIA 5DN4A 168LA 5B59A 1YANA 3AGIA 1IORA 1QTKA 2X0AA 4GBRB 4ETEA 1UCOA 1GF9A 1LWKA 1XEIA 3CSZA 5LVIA 1TBYA 2VB1A 5LVJA 4PJ2C 4LYOA 1EL1A 1XEKA 5IDDA 133LA 4LT0A 3DN6A 2Z38A 1L00A 2D4JA 1NDMC 1YAPA 1L51A 1LZ9A 164LA 2ZNXY 3OE6A 4TWSA 3TXEA 4W51A 1LZ4A 1C62A 1L56A 4RW2A 1IWZA 253LA 2YBNA 4DT3A 4N1EI 1GE1A 246LA 225LA 4NGJA 4H9BA 3LYOA 1YKZX 2B73A 2QARC 2ZIJA 151LA 1QTVA 1SWYA 3TXBA 1L18A 1QUSA 3BKHA 4LYBA 2MECA 1QTBA 4I8SA 3EO5A 3WU7A 1LZ8A 4Z46A 3J6KA 3QE8A 2MEAA 2RH1A 2XQOA 2LZ2A 4XYYA 3G3VA 4OWAA 2FYDA 3C7WA 1L10A 2Z2EA 3ZEKA 2OE7X 1JHLA 1L96A 1B7QA 206LA 4H94A 1JKCA 107LA 5F14A 1GF6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GDW A;  1IVM A;  1FLQ A;  1MLC E;  2Z37 A;  5KXM A;  1B2K A;  5HLL A;  1XGT C;  5JEN B;  2DQD Y;  2G4Q A;  1VDS A;  2MEH A;  4CGE A;  1PZY A;  1ZVH L;  2MEB A;  5KXW A;  1C45 A;  2DQI Y;  2MEE A;  4E3U A;  1VAT A;  4H9A A;  1LPI A;  1W6Z A;  8LYZ A;  5I4Y A;  3OK0 A;  4NGV A;  1FN5 A;  4O34 A;  1IOQ A;  2HED A;  3WVX A;  1OUI A;  1BGI A;  2PC2 A;  1LTM A;  4M6D A;  1CJ8 A;  4WLY A;  1DXJ A;  3B72 A;  5B05 A;  4HTK A;  1NKH A;  1LJF A;  4G4C A;  4XJI A;  4AGA A;  1LJI A;  1XSF A;  1D0K A;  4LYM A;  1QSA A;  5EBH A;  1BHZ A;  1GE3 A;  3AB6 A;  3ZVQ B;  1LSN A;  5K7O A;  1HC0 A;  1YAQ A;  2FYC A;  3EBA B;  1DI4 A;  1YQV Y;  4J0L A;  1HEW A;  3KAM A;  4RDS A;  3WPL A;  2LYO A;  3OJP A;  4GCD A;  3CSQ A;  1LZY A;  1LZS A;  1EQ5 A;  1C7P A;  1OUC A;  4NHQ A;  3N9A A;  4W94 A;  3M3U A;  1GD6 A;  4XJG A;  1INU A;  1XGQ C;  1IP2 A;  5I5Q A;  208L A;  1LJ4 A;  3AW7 A;  4LFX A;  4YEO A;  1LJ3 A;  3FE0 A;  1F10 A;  1GFK A;  1C43 A;  5KXO A;  1LHL A;  4ZFP A;  4H91 A;  1CKD A;  1LZC A;  1D9U A;  4PRQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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