1LJIA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence 10% sorbitol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljiA00
3KAMA 1WQRA 1OUAA 4DD0A 3EO5A 1WQQA 4WL7A 1LZAA 1GF9A 1REMA 4LFPA 1GB0A 1UIGA 4HTKA 1P2CC 3EXDA 3IJVA 5KXWA 1QUSA 1WTMA 4DD1A 1REZA 3D9AC 1JHLA 3G3BB 1C10A 1VDQA 2Z2FA 2NWDX 1IC7Y 3WUNA 1F6RA 3WH1A 1GF6A 1YL0X 4ET8A 2FBBA 3ZEKA 4Z41A 2BQNA 5KKJA 1XFPL 2A7FA 1DZBX 2YVBA 4HJVA 1LZ5A 1UC0A 2I25L 4LT1A 1QDRA 5L3IA 1JKDA 4NGJA 4YEMA 3N9EA 4IJ4A 1BB4A 2W1MA 1LMTA 4GCEA 2YBIA 1JITA 1OUIA 2DQGY 4FDYA 4H9AA 2BQDA 4NGLA 1NDGC 3WU9A 3WW5A 1JWRA 4C3WA 1V7TA 1YAPA 2XBRA 4H9EA 1BWJA 1PS5A 5E4PA 1LZCA 133LA 2F30A 3LYMA 1WQMA 4PRUA 5L9JA 1LOZA 1QIOA 1ZVYB 4R0FA 1LJKA 1IP3A 4XJGA 1LHHA 1IWYA 1LZEA 1B7OA 1W08A 3A94A 3LHMA 5AMYA 3WYHA 5KXRA 4YENA 1GB9A 1QUTA 3CB7A 1AT5A 4D9ZA 1JKCA 4II8A 1IC4Y 1RJCB 3BKHA 1GFAA 2HUBA 4H8YA 1GAZA 1D0MA 1BVKC 4NGYA 4NGKA 3TMXA 3ZVQB 1LJJA 4J7VA 1B9OA 4XN6A 3P64A 3TMUA 5KY1A 1LJNA 135LA 2BAAA 2F4AA 2LYZA 3B6LA 1CNSA 1IY4A 2BQKA 4HJZA 4LZTA 4TUNA 2B5ZA 1GF4A 4LYCA 1LZSA 2W1YA 1LJFA 4NHSA 1LMCA 6LYTA 1LZTA 5KXOA 1B7NA 2DQHY 2BPUA 1C08C 2Q0MX 1LKRA 1LMAA 1LSZA 1GFVA 4PRQA 5LA8A 4X3BA 4NGWA 1QSAA 1CKHA 1YQVY 2HEFA 4H90A 1IP1A 1WQPA 1XGRC 5LYMA 4OW1A 1NBYC 1LZNA 1TEWA 5II3A 3W3EA 2BQBA 1KIRC 4HTNA 1AM7A 5KXLA 2EPEA 3W6DA 1DXJA 1GEVA 1C7PA 5APDA 1YKXX 1ZMYL 3WXUA 1GB8A 1TBYA 1J1OY 5FCPA 5JENB 3AW7A 5LVIA 1JJ0A 1G7IC 1HERA 1LPIA 1LSEA 1UBZA 1HEPA 2D4JA 1D0LA 2H9JA 1TDYA 2HEAA 2BQCA 3AGHA 4HJYA 4HV2A 5HNLA 4DDBA 2Z38A 1ZVHL 1IR9A 1XGTC 4N9RA 1FLQA 1GFUA 3P65A 1HMKA 2MEFA 1OP9B 1BWHA 4NY5A 1INUA 4HP0A 1IP4A 1LSGA 3RNXA 4DC4A 194LA 1VATA 1UIBA 1GFKA 1HFYA 1GB5A 1SQ2L 3A96A 1LJIA 3AZ6A 4GN5C 4KL7A 1YKZX 2Z18A 4N0JA 5I4YA 1JJ1A 4H9BA 2IFFY 1GFHA 5IELA 1B7QA 4XJHA 4ETCA 1DI3A 1GFJA 1DI5A 5LVJA 5K7OA 1AKIA 1LCNA 4GLAA 1GE4A 1IP5A 3A6CY 2H5ZA 1EL1A 3CQLA 1UACY 1G7HC 4PGJB 1VFBC 207LA 1IP6A 4GN4A 134LA 1LSMA 1YILA 3A3RX 8LYZA 2D4IA 5LA5A 1B5YA 4L41A 2BQEA 4N1CC 1VDSA 5KXMA 1GEZA 1XGQC 1GE0A 5D5CA 1IWUA 1OUBA 4AGAA 5LAFA 4TSBA 3AB6A 1GBYA 3GXKA 4KT3A 1REXA 1IY3A 2ZIKA 4TWSA 3AZ5A 4C5FA 1IWWA 4WM5A 3WUAA 1I56A 2N5ZA 1BHZA 3TXGA 2DQJY 4KXIA 2PC2A 1GB2A 3A34A 4NG8A 2BQLA 5B1FA 1YL1X 2VB1A 4DD3A 1LTMA 5HLLA 5DN4A 2XTHA 4WM1A 1B7LA 1RFPA 2MEBA 3WUMA 5KXSA 4E3UA 2BQHA 1GBXA 1EQEA 1GFEA 1LJGA 1LZ8A 3A6BY 4B1AA 1A4VA 1B5ZA 1RE2A 3LYZA 2C8OA 1FKQA 2CJLA 7LYZA 3B72A 4LGKA 4OOOA 5I53A 4CFPA 1GF5A 4B0DA 1AZFA 3BKVA 4QDNA 4EOFA 1UUZC 5HQ1A 2DQIY 4H9IA 4NSHA 1D6PA 5LYTA 1IWTA 1GF8A 5APCA 4WG7A 1LSBA 3CSZA 1CKGA 1WQNA 2YSSC 4NWHA 4OWEA 4XENA 3AGGG 1IOSA 1FDLY 2LYMA 5LINA 3OK0A 1NBZC 4OWAA 4WLYA 1VEDA 1GBSA 1LZ4A 2MEIA 4DYGA 1J1XY 2ZWBA 1XEIA 3HBDA 3LYTA 4OWHA 3WU7A 5A3ZA 4GCBA 4Z98A 4OWBA 1XSFA 3RW8A 1DPXA 4QY9A 4HPIA 153LA 2FYCA 4NIJA 2BQGA 2I26L 4B4JA 5I54A 5F9XA 3WW6A 1OUFA 4NGZA 4ZIXA 4NFVA 1MLCE 2DQFC 1I20A 3SP3A 5EBHA 1IWXA 1WTNA 4J1BA 1XGPC 4QGZA 2G4PA 1CJ6A 2ZNXY 4BAPA 1GE3A 3IJUA 3WMKA 5FEKA 4XJFA 1FLWA 2HU1A 2XBSA 3A92A 3HBHA 1GB7A 1UIAA 4WMGA 4LYOA 4B49A 3J6KA 1JPOA 4DD9A 2LZTA 2YDGA 4DD7A 1C43A 5KXPA 4R6CA 5L3HA 1LHIA 4H9FA 5ILCA 1GF0A 3EMSA 3A67Y 4GCCA 1C45A 4RW1A 1PZYA 4H94A 1QDTA 1IOQA 2W1LA 1JTTL 5F81A 3WXTA 4H93A 4IATA 2C8PA 4DT3A 5C6LA 4H8ZA 2XJWA 3A8ZA 154LA 4W94A 1I1ZA 1FBIX 1NF5A 4WOAA 1LHJA 1IOTA 1D9UA 4ZEEA 1JSEA 1IORA 1FLUA 5FHWA 1YANA 9LYZA 2MEDA 1VDTA 3HBEX 2LZ2A 3QY4A 1OQMA 1B5VA 1LYYA 2IHLA 4ML7A 1NWGA 4BAFA 6LYZA 1TCYA 5LVKA 3WPKA 1NMMA 1DKKA 2MEEA 3J4GA 4NHQA 5F16A 1NDMC 1G7MC 2A7DA 4CHXA 1GXV2 1TAYA 3AZ4A 3W6CA 5LVGA 3G3AB 1KXYA 4J1AA 1LZYA 5KKIA 4IASA 2ZILA 4Z46A 5B59A 1LSCA 3TXIA 4BADA 1BB5A 1GAYA 5B06A 1OUGA 1UIDA 1YAMA 4NEBA 5IDDA 2DQEY 3P4ZA 2MECA 3CT1A 5B05A 208LA 1LAAA 1LMOA 1LYOA 3A91A 3TXHA 1BB3A 1LHKA 3RZ4A 2ZYPA 4UWVA 2F2NA 2CDSA 5B07A 4QEQA 5LYZA 1NQIA 4YEOA 2Z39A 4HTQA 2D6BA 4WLXA 3TXFA 5HNCA 3AW6A 1G7LC 1JUGA 4NSJA 4WO9A 4EMNA 1NHEA 3W6EA 2HECA 4ANRA 4LT3A 3CSRA 1GB6A 4WLTA 4H92A 1JEFA 5FDJA 1F0WA 4NGOA 1LMQA 1LSNA 4MCKA 4ETEA 2RSCA 1KIPC 3N9CA 4LYMA 1FN5A 1HHLA 3F6ZA 4HSFA 5DM9A 1OUCA 3IWRA 1LZBA 4DD2A 4NHIA 132LA 2BQOA 2HEEA 4OWCA 1JKAA 2I6ZA 1HFXA 4NHTA 1BWIA 1DQJC 1GFGA 1CKCA 5FSTA 4B4EA 3AYQA 2BQMA 1HSXA 2D91A 1HMLA 3TMWA 2X0AA 1REYA 1BQLY 1GHLA 1IO5A 2DQAA 3WL2A 2WARA 1ZV5L 1LJ3A 5I4WA 1UIHA 1B2KA 1JSFA 1VDPA 3D3DA 3GXRA 5DN5A 4I0CA 4YM8A 4PJ2C 2BQIA 2W1XA 3A90A 3QNGA 1WQOA 1GBWA 3M18B 2HTXA 1UA6Y 5C6JA 2Z2EA 3RU5A 3ZVQA 1JTOL 1GF3A 3FI7A 4N8ZA 5F14A 1LSPA 3TMVA 1SLYA 4WM6A 5A3EA 1GFRA 4NWEA 1JTPL 4M4OA 2ZIJA 1NKHA 2ZQ4A 4ETAA 2CWIA 2F4GA 1IEEA 1LMPA 3HFMY 1GBZA 2Y8PA 1EQ5A 2EIZC 3CSQA 1IWVA 4ZFPA 4TSCA 1GF7A 1LYSA 1GBOA 3LN2A 1ALCA 3N9AA 1B5XA 3CT5A 1GE1A 1QTKA 1B5WA 3E3DA 4G4BA 1IVMA 2BQFA 1A2YC 1LZ1A 5APEA 1LZ6A 5HMJA 4G4HA 4B4IA 3AJNA 1HELA 1B5UA 4G49A 3W6AA 4DDAA 1F6SA 1IOCA 2BQAA 1V7SA 1D6QA 4RLNA 4XJBA 3ATOA 1YAOA 2G4QA 3TXKA 1LMNA 4LT0A 2DKVA 2MEAA 4G4CA 3FE0A 4G9SA 4O34A 4WM3A 4NGIA 3A93A 2EKSC 2LYOA 1HEWA 2Z37A 3WVXA 3LZ2A 3OJPA 2CGIA 4CFOA 1D0KA 1XGUC 1GB3A 5E9RA 1QTEA 2YBMA 4NSGA 2BLYA 5D5FA 5T3FA 1LZRA 3T36A 3TXJA 4A7DA 1KXWA 3M3UA 1GD6A 1UICA 1UCOA 1H87A 1BB7A 1XEJA 3CT0A 4GCFA 4LYTA 4PPOA 1LKSA 3QE8A 1HFZA 5C6IA 1RI8B 1E8LA 1BVXA 4M6DA 4LYBA 4NSIA 4XJDA 2ZQ3A 1HNLA 2DQDY 1CJ8A 1LZDA 1WVUA 2YBLA 4TX7A 2Z19A 2EQLA 3ULRA 5ILFA 1HEOA 1HEQA 1OUDA 2YBHA 3T6UA 1Z55A 1AT6A 1XEKA 3P66A 5LIOA 4RDSA 5I4XA 3AZ7A 5HMVA 2Z12A 3EBAB 1JIYA 2YBNA 2ZYCA 3WULA 4XYYA 2AUBA 1CJ9A 1LSDA 2ZNWY 4WLDA 1W6ZA 2H9KA 4GN3A 1IR7A 1HENA 4MR1A 3ATNA 3P68A 1GPQC 1LJEA 1CJ7A 5B1GA 1JJ3A 4H9CA 3VWOA 1FLYA 2FYDA 5IHGA 4OOTA 1B7RA 4WL6A 1LZ9A 4FJRA 1J1PY 1RCMA 1KIQC 1IIZA 4WM4A 4WM2A 1IWZA 4Z3MA 4NGVA 4P2EA 4UWNA 4AXTA 4ETBA 5KXTA 1HF4A 5KXXA 1LHMA 1YROA 1UIEA 1YIKA 4TTDA 1GFTA 1JISA 2YBJA 5LXWA 2FBDA 1IP2A 4H1PA 4DWXA 1OUEA 4NHPA 3W6BA 1LZGA 1MELL 1CKDA 4CGEA 4HPEA 1IR8A 4GLVA 1DI4A 4WO6A 193LA 1GWDA 5DLAA 3K3TA 1KXXA 1F10A 1WVVA 4W96A 4H91A 3RT5X 3W6FA 4RW2A 2BQJA 1LSYA 5KXKA 4UWUA 5KXNA 4CJ2A 2GV0A 1OUJA 1LSFA 2DQCY 1EQ4A 1IC5Y 1B7PA 1OUHA 4YF2A 3B0IA 1UIFA 1QQYA 4LT2A 5LVHA 1GXXA 2HU3A 5J7CA 1T6VL 3TXDA 3TXEA 4XJIA 1B7MA 5I5QA 2BLXA 4YOPA 1H6MA 1YKYX 1N4FA 3WU8A 4LFXA 1YAQA 2HEBA 2G4NA 1GDWA 1HSWA 1LYZA 5KXYA 2D4KA 1DKJA 2HEDA 2MEGA 3LYOA 4U3XB 4XADA 4H8XA 1T3PA 5F9UA 1DPWA 4BS7A 4RLMA 1VAUA 4J0LA 2LHMA 4MSTA 5DL9A 4ETDA 3B0OA 1IP7A 1HC0A 4GCDA 5LAGA 1LJHA 4H9HA 3WPJA 1GE2A 3A95A 1O23A 3A3QA 1LSAA 1B0DA 1IX0A 1LJ4A 4HV1A 5KJ9A 3WVYA 3B0KA 3TXBA 4LYZA 1LHLA 4NG1A 3MGWA 5KXZA 5FELA 1CKFA 3AGIA 1QSWA 1G7JC 1HEMA 3LZTA 4I8SA 5M1YA 3WPLA 4KPMA 4DDCA 4N5RA 1B7SA 2DBTA 1BGIA 5APFA 1C46A 4N1EI 1GDXA 4WG1A 2MEHA 4ET9A 1FKVA 1JKBA 1BB6A 4PHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQQA 1LZAA 1GF9A 4LFPA 1GB0A 1CU2A 4DD1A 1L29A 3G3BB 3C83A 3WUNA 214LA 122LA 2O4WA 1EPYA 1QT8A 1CV1A 4ET8A 2B70A 131LA 5KKJA 254LA 1DZBX 104LA 1LZ5A 249LA 1L48A 1L53A 5L3IA 102LA 4YEMA 1LMTA 1L67A 2DQGY 1L56A 4H9AA 4NGLA 3WU9A 237LA 4H9EA 133LA 3SN6R 5L9JA 1L00A 4R0FA 1LJKA 1XJTA 3WYHA 1B7OA 3A94A 5KXRA 3CB7A 4D9ZA 1JKCA 1RJCB 4NGYA 4NGKA 3ZVQB 1C6PA 1B9OA 3B6LA 262LA 2LYZA 1IY4A 2B5ZA 3CDVA 5KXOA 1B7NA 2Q0MX 1L39A 1LKRA 5LA8A 1GFVA 4X3BA 1QSAA 3HH3A 4W58A 2O7AA 1IP1A 1WQPA 196LA 1G0QA 1L75A 1NBYC 1TEWA 5II3A 2BQBA 1KIRC 1CV5A 2EPEA 3WXUA 1TBYA 5FCPA 1J1OY 3AW7A 5LVIA 1JJ0A 251LA 2RBPA 1FLQA 3P65A 2MEFA 3EMLA 1L47A 1C6JA 2QB0B 4NY5A 1IP4A 1L71A 1L22A 1L16A 1HFYA 4GN5C 3A96A 1L34A 1LJIA 4KL7A 1YKZX 2Z18A 1LGWA 1L63A 1QTDA 1GFHA 169LA 5IELA 1B7QA 3NYAA 4W51A 1G7HC 1G1VA 3A3RX 1VDSA 1GE0A 2RH1A 4AGAA 4TSBA 4TWSA 4LDEA 4WM5A 248LA 2PC2A 1NHBA 4NG8A 3A34A 1YL1X 2MEBA 2BQHA 1GFEA 1LJGA 1L96A 1L19A 4QDNA 3K2RA 5HQ1A 1IWTA 1CKGA 2YSSC 4WLYA 2MEIA 4DYGA 1J1XY 2ZWBA 1XEIA 4GCBA 4QY9A 1XSFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KAM A;  1WQR A;  1OUA A;  4DD0 A;  3EO5 A;  1WQQ A;  4WL7 A;  1LZA A;  1GF9 A;  1REM A;  4LFP A;  1GB0 A;  1UIG A;  4HTK A;  1P2C C;  3EXD A;  3IJV A;  5KXW A;  1QUS A;  1WTM A;  4DD1 A;  1REZ A;  3D9A C;  1JHL A;  3G3B B;  1C10 A;  1VDQ A;  2Z2F A;  2NWD X;  1IC7 Y;  3WUN A;  1F6R A;  3WH1 A;  1GF6 A;  1YL0 X;  4ET8 A;  2FBB A;  3ZEK A;  4Z41 A;  2BQN A;  5KKJ A;  1XFP L;  2A7F A;  1DZB X;  2YVB A;  4HJV A;  1LZ5 A;  1UC0 A;  2I25 L;  4LT1 A;  1QDR A;  5L3I A;  1JKD A;  4NGJ A;  4YEM A;  3N9E A;  4IJ4 A;  1BB4 A;  2W1M A;  1LMT A;  4GCE A;  2YBI A;  1JIT A;  1OUI A;  2DQG Y;  4FDY A;  4H9A A;  2BQD A;  4NGL A;  1NDG C;  3WU9 A;  3WW5 A;  1JWR A;  4C3W A;  1V7T A;  1YAP A;  2XBR A;  4H9E A;  1BWJ A;  1PS5 A;  5E4P A;  1LZC A;  133L A;  2F30 A;  3LYM A;  1WQM A;  4PRU A;  5L9J A;  1LOZ A;  1QIO A;  1ZVY B;  4R0F A;  1LJK A;  1IP3 A;  4XJG A;  1LHH A;  1IWY A;  1LZE A;  1B7O A;  1W08 A;  3A94 A;  3LHM A;  5AMY A;  3WYH A;  5KXR A;  4YEN A;  1GB9 A;  1QUT A;  3CB7 A;  1AT5 A;  4D9Z A;  1JKC A; 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 4TTD A;  1GFT A;  1JIS A;  2YBJ A;  5LXW A;  2FBD A;  1IP2 A;  4H1P A;  4DWX A;  1OUE A;  4NHP A;  3W6B A;  1LZG A;  1MEL L;  1CKD A;  4CGE A;  4HPE A;  1IR8 A;  4GLV A;  1DI4 A;  4WO6 A;  193L A;  1GWD A;  5DLA A;  3K3T A;  1KXX A;  1F10 A;  1WVV A;  4W96 A;  4H91 A;  3RT5 X;  3W6F A;  4RW2 A;  2BQJ A;  1LSY A;  5KXK A;  4UWU A;  5KXN A;  4CJ2 A;  2GV0 A;  1OUJ A;  1LSF A;  2DQC Y;  1EQ4 A;  1IC5 Y;  1B7P A;  1OUH A;  4YF2 A;  3B0I A;  1UIF A;  1QQY A;  4LT2 A;  5LVH A;  1GXX A;  2HU3 A;  5J7C A;  1T6V L;  3TXD A;  3TXE A;  4XJI A;  1B7M A;  5I5Q A;  2BLX A;  4YOP A;  1H6M A;  1YKY X;  1N4F A;  3WU8 A;  4LFX A;  1YAQ A;  2HEB A;  2G4N A;  1GDW A;  1HSW A;  1LYZ A;  5KXY A;  2D4K A;  1DKJ A;  2HED A;  2MEG A;  3LYO A;  4U3X B;  4XAD A;  4H8X A;  1T3P A;  5F9U A;  1DPW A;  4BS7 A;  4RLM A;  1VAU A;  4J0L A;  2LHM A;  4MST A;  5DL9 A;  4ETD A;  3B0O A;  1IP7 A;  1HC0 A;  4GCD A;  5LAG A;  1LJH A;  4H9H A;  3WPJ A;  1GE2 A;  3A95 A;  1O23 A;  3A3Q A;  1LSA A;  1B0D A;  1IX0 A;  1LJ4 A;  4HV1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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