1LJIA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence 10% sorbitol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljiA00
1LJ4A 1OUGA 4NIJA 4NGWA 1LZ9A 4NHIA 2YBLA 3F6ZA 1HEWA 2XBSA 4ET8A 1HMKA 1F6SA 1TAYA 4MSTA 5LVKA 3AGIA 1GBYA 4MR1A 1VEDA 2FBDA 2PC2A 3LHMA 1UIEA 2XBRA 1IP2A 5HQ1A 1EQEA 4DDAA 4ETDA 2BQFA 5M1YA 1TCYA 1QQYA 1ZV5L 2I25L 2XTHA 4NHPA 5DN5A 4LFXA 1BWJA 1JISA 4XENA 1QIOA 5EBHA 2EQLA 1IOTA 2DQDY 4DDBA 1F0WA 3BKVA 4NHSA 3TXIA 1G7LC 4AGAA 1LZAA 2W1YA 1LZBA 3KAMA 1BB7A 5C6JA 4G4HA 1WQMA 4WO6A 1YKXX 1LZEA 1OUEA 1LHHA 2BQBA 4R6CA 3LYOA 4LT2A 5I4YA 4HV1A 4ZEEA 4H9BA 5KXSA 1LHIA 4NGJA 6LYZA 1GAYA 2ZWBA 1GE2A 1IY4A 5KXWA 4BAFA 1LJFA 2G4QA 5LA8A 1G7MC 1EQ4A 4H9EA 2BAAA 2EKSC 2ZYPA 9LYZA 4RLNA 1FKVA 1T3PA 4TWSA 1LJ3A 4O34A 4N5RA 3LYMA 1UIAA 1GB6A 1REMA 4FJRA 4NGLA 2BQIA 4B4JA 1BVKC 1LJIA 1W6ZA 3TXBA 1JSFA 1IOQA 5KXYA 1JEFA 1QDTA 1P2CC 153LA 2I6ZA 1OUBA 1GE3A 1HSWA 2D4JA 4NG8A 1DI4A 4H9CA 1LZ5A 4XN6A 2DQCY 2A7DA 1BB6A 1YKYX 2BLXA 1QTEA 4HJYA 133LA 1B5ZA 1IC5Y 4B1AA 1AT5A 1CKFA 2N5ZA 4ZIXA 4L41A 1TEWA 1YAMA 1J1OY 1XEJA 4DD3A 3WUAA 1D6PA 3A3QA 3AZ4A 1C08C 1B5UA 1D6QA 2VB1A 4G4CA 4G49A 3TXEA 1C10A 1GFHA 2LZTA 2BQMA 1YAPA 3WXUA 2Z38A 1FBIX 1LHJA 4GCEA 4GCDA 1LZNA 2F4GA 4HJVA 4QY9A 1DKJA 5F14A 2I26L 1GHLA 1NMMA 5B06A 3LN2A 5KXXA 4NGZA 2F30A 4NY5A 1IWXA 4ANRA 4J1BA 2C8PA 5LVIA 1AKIA 2GV0A 3W3EA 1G7IC 1AT6A 208LA 1H87A 2YBHA 2Z18A 2ZNWY 4H9FA 1LOZA 1LMNA 3M18B 3A96A 3ZVQA 4ETCA 1HFXA 3CSQA 4H92A 1NBZC 1REXA 4OWCA 4RW2A 1LZTA 2BQDA 2CDSA 1IWUA 4E3UA 3WPKA 1OUAA 8LYZA 4WM2A 4X3BA 3RW8A 5I4XA 1GF3A 5LAGA 1B7RA 1B5WA 3CQLA 1LSBA 4QEQA 3VWOA 2HUBA 1JKBA 3RNXA 1QUTA 4WLTA 2ZQ3A 1LSPA 3AZ5A 4LT0A 154LA 4BADA 1GBOA 3AJNA 1GWDA 4C5FA 4H8ZA 1LJJA 4XJFA 4DD1A 1GB3A 3P64A 4IATA 1CJ7A 1B7PA 1QDRA 1EQ5A 1IWWA 3TMWA 1V7TA 1C43A 2Z19A 4WLDA 1HFYA 1BWIA 3J6KA 2F4AA 4HPEA 1BHZA 4NG1A 1UA6Y 4B49A 1UCOA 2Y8PA 1IOCA 4OOTA 4NWHA 1FKQA 5KXOA 1HEQA 2Q0MX 3D9AC 3CB7A 1REYA 1LZGA 1VFBC 1GB8A 1SQ2L 1LSGA 4H90A 4HV2A 4LT1A 4PGJB 4GCFA 4PHIA 1GXXA 1NDMC 4LYOA 3TXGA 5KXNA 4R0FA 1JHLA 1HF4A 1CKCA 5DLAA 1LMAA 4J1AA 3TXFA 3B6LA 2G4NA 1FDLY 1LJHA 2BQKA 1XGUC 1GAZA 1LZSA 4H9AA 2HEAA 1LZRA 1HC0A 4W94A 4NSHA 3GXRA 1LSCA 4GLAA 2RSCA 1LYZA 1YQVY 4LYTA 1VDSA 3RZ4A 1OUIA 4WO9A 1JJ1A 1JJ0A 1GFEA 1QSWA 1VAUA 1B7NA 3TXKA 1NDGC 1AM7A 1VATA 1WVVA 1BB4A 1YAOA 3AZ7A 3FE0A 3WUMA 5B59A 4CFOA 1LMTA 3RU5A 1YL0X 2ZILA 3CSRA 3W6BA 2Z12A 1XGTC 1E8LA 5HMVA 2WARA 1LSAA 1LSNA 4WLXA 4WG1A 4B0DA 1HELA 1MELL 3B72A 5LYZA 1GPQC 4YEOA 4XJHA 4YF2A 1BVXA 5LINA 1ALCA 1LYYA 1WTNA 1J1PY 4Z3MA 5LYMA 1FLYA 1ZVYB 4DD9A 2MEFA 1XEIA 1LMOA 5APFA 1W08A 1IIZA 5KKIA 1LHLA 4TTDA 5LVHA 5FCPA 1LZ6A 2BQHA 3D3DA 4YM8A 5IHGA 1V7SA 2LYOA 4WL6A 1FLWA 5L3HA 2HTXA 4NGKA 4B4EA 4PPOA 4WM3A 1IEEA 4XJIA 3M3UA 3J4GA 3AW6A 3CT5A 4OW1A 3N9CA 1IWVA 1NQIA 1IP3A 1LAAA 1B5VA 1I20A 2ZYCA 4TX7A 5I5QA 3A6CY 1I56A 2YDGA 4LYZA 2Z2FA 4NGVA 5KXLA 1VDPA 4WM5A 4HTKA 5LA5A 4TSBA 2DQHY 4RLMA 5L3IA 2MEGA 1FLUA 4P2EA 4OWBA 5D5FA 1B7SA 2W1MA 3WPJA 5B05A 1CKGA 2Z37A 3TXDA 4GLVA 4XJBA 6LYTA 4H93A 3IJVA 4Z98A 1IO5A 1JKAA 4EOFA 3AYQA 1IC4Y 1IORA 1LZDA 2BQGA 1LTMA 3G3BB 1D0MA 1GB9A 1WQRA 1O23A 1RE2A 1XGQC 4OOOA 3WU9A 1YL1X 1WVUA 4NGIA 2LYZA 3CT0A 4YEMA 5C6IA 4LZTA 5L9JA 4J0LA 5HMJA 1YILA 3OK0A 4OWHA 1LSZA 1BWHA 3B0KA 2ZIJA 4NGOA 194LA 1D0LA 2YBIA 2BPUA 4FDYA 1B7OA 1LJKA 1CJ9A 4GN5C 1DZBX 2ZNXY 1XSFA 4H9HA 4U3XB 3AGGG 2MECA 4J7VA 4UWUA 4I0CA 5I53A 1IWYA 2BQLA 2BQAA 3W6DA 1HEPA 2HU3A 3CT1A 3TXHA 1HEOA 4N1EI 1RJCB 1GD6A 1HHLA 4AXTA 4HP0A 1KIRC 1LZ4A 3A6BY 4B4IA 5DL9A 5F81A 4KL7A 1GFKA 1B2KA 1CJ8A 1GF8A 3A8ZA 1B9OA 1JKDA 1LHMA 3A3RX 4GCCA 1GFAA 1HFZA 2G4PA 3A91A 2MEIA 1QSAA 5F9UA 1LSMA 3LYZA 1IX0A 1GFRA 1GE0A 4NSGA 5FSTA 4BAPA 4RW1A 5ILCA 2IHLA 4H8YA 3TMUA 3G3AB 1CKHA 2D91A 1LSYA 1NKHA 4GN3A 3RT5X 2H9KA 4RDSA 5APCA 2DQJY 1INUA 1UICA 5KXZA 1WQNA 1B5YA 5I4WA 1B7QA 1J1XY 1LPIA 4DT3A 4XADA 2NWDX 1LKRA 1HERA 5FELA 1BQLY 3P68A 2DQGY 1GB2A 1LZYA 1I1ZA 4OWAA 4HPIA 3EMSA 4KPMA 2CWIA 1YKZX 3WH1A 1DI5A 2HU1A 2EPEA 1IP5A 1GFTA 1HEMA 3ATOA 2BQNA 1IP6A 1IWTA 1H6MA 3HBDA 1GEZA 3P4ZA 5DN4A 4II8A 5T3FA 4CFPA 4ETEA 4IASA 2HEEA 5FEKA 5LXWA 1LKSA 1F6RA 4GCBA 135LA 1JTOL 5KKJA 3QY4A 3A95A 1UUZC 1NBYC 3A34A 2CGIA 1UIGA 2LHMA 4H9IA 4NHTA 5B07A 3WMKA 1LSEA 1RFPA 2BQCA 1YIKA 2MEHA 5LAFA 5A3ZA 2X0AA 1BGIA 2BQOA 2DQFC 2BLYA 5IELA 1PS5A 1HENA 4ETAA 5KXPA 2YBMA 3QNGA 1OUDA 1BB3A 1FN5A 1VDQA 4LGKA 3TMVA 4TUNA 1RCMA 4ET9A 1XEKA 3T36A 4DC4A 4NEBA 1JUGA 1NF5A 2YVBA 5APEA 4TSCA 1C7PA 2BQEA 4H8XA 5ILFA 1WQOA 5C6LA 1UBZA 3HBHA 1GDXA 4M6DA 3A92A 1B5XA 1B0DA 1LYOA 1UACY 3E3DA 3W6AA 5AMYA 2XJWA 4YENA 1OUHA 4EMNA 3QE8A 5F9XA 1A2YC 4HTQA 4MCKA 2MEDA 1YROA 1GFJA 2B5ZA 1OUFA 2DQEY 4OWEA 3ATNA 3LZTA 1A4VA 3N9AA 1DXJA 3MGWA 3P65A 4PRUA 2DQAA 1AZFA 4M4OA 1JIYA 3AB6A 4XYYA 1Z55A 4DD2A 4LYCA 1OQMA 3WW6A 4Z41A 5K7OA 1DI3A 4WMGA 2H5ZA 2HECA 4NGYA 4DD0A 3ULRA 1EL1A 4N9RA 4CJ2A 3ZVQB 3FI7A 4YOPA 5JENB 1VDTA 4NSJA 5KXTA 5KJ9A 3WUNA 7LYZA 1WTMA 207LA 1NHEA 2DKVA 3TXJA 4A7DA 5J7CA 1SLYA 4G4BA 4XJDA 1D0KA 4NFVA 2HEBA 1ZVHL 4HSFA 5APDA 5KXMA 4H91A 4C3WA 1B7MA 3IWRA 1GF4A 5HNLA 3WU8A 2D6BA 2AUBA 1WQPA 2D4IA 3OJPA 4UWVA 1IOSA 4DDCA 2W1LA 1DPXA 1GDWA 1LCNA 1PZYA 3W6EA 4Z46A 5KXRA 1LZ1A 2ZQ4A 3A67Y 1GF7A 1IC7Y 1UIBA 3N9EA 1XFPL 1IP7A 3EO5A 1JSEA 2Z2EA 1LZCA 3CSZA 2FYDA 2F2NA 1LJEA 3A90A 1LJGA 4H94A 2BQJA 2W1XA 1QUSA 1T6VL 4WL7A 1WQQA 3TMXA 3WPLA 4UWNA 1NWGA 4ML7A 1IR8A 3IJUA 1GFUA 3WYHA 1IVMA 1GB5A 4WOAA 1C46A 1QTKA 5E4PA 3GXKA 4LFPA 4DYGA 5A3EA 1GF9A 1KXWA 134LA 1CNSA 1GB0A 3W6FA 1JTTL 1JTPL 2MEAA 3EBAB 4N0JA 5E9RA 1B7LA 2C8OA 2D4KA 1OP9B 4N8ZA 1LSDA 3A94A 4IJ4A 5II3A 4LT3A 2CJLA 4NSIA 3HFMY 1LHKA 1DKKA 3B0OA 3SP3A 2FBBA 1LMCA 2YBJA 4LYBA 1GBWA 3WVYA 1MLCE 2YBNA 5DM9A 1GE4A 4H1PA 1LMQA 1JITA 193LA 5FDJA 5B1FA 4BS7A 1G7JC 1GFVA 1BB5A 4WG7A 1KXXA 5I54A 1HNLA 2H9JA 1GEVA 1GF6A 1JKCA 1N4FA 4NHQA 4PJ2C 1JWRA 1LZ8A 5FHWA 1F10A 1GBXA 1GBSA 5LVJA 3B0IA 2DQIY 1DPWA 1YAQA 1GF5A 1CJ6A 1KXYA 4PRQA 3AGHA 2IFFY 4ZFPA 3AZ6A 1XGPC 3WW5A 1LMPA 3K3TA 1IY3A 5D5CA 4G9SA 1UIHA 2FYCA 1GF0A 3LZ2A 2EIZC 4WM4A 1IP1A 2HEDA 2LZ2A 1UIFA 1LJNA 3W6CA 1IR9A 1KIPC 3LYTA 4CHXA 1RI8B 1KIQC 3T6UA 4CGEA 4KT3A 1GXV2 1GE1A 5KY1A 1G7HC 3WXTA 3AW7A 5LVGA 1TBYA 1GBZA 2ZIKA 1IR7A 1OUJA 1UIDA 4KXIA 4ETBA 5HLLA 1FLQA 3A93A 5LYTA 132LA 5LIOA 3BKHA 1IP4A 1HSXA 4I8SA 3WULA 5KXKA 1OUCA 1UC0A 2HEFA 1REZA 1DQJC 2MEBA 3P66A 1GB7A 1IWZA 2LYMA 3HBEX 4WM1A 4DD7A 4GN4A 4N1CC 1JJ3A 2A7FA 1JPOA 1D9UA 5IDDA 4D9ZA 1C45A 5F16A 3ZEKA 4LYMA 1YANA 3EXDA 4DWXA 1TDYA 1LYSA 4NWEA 1HMLA 1LSFA 2DBTA 2Z39A 4HTNA 4WM6A 4XJGA 5B1GA 1GFGA 3WL2A 5HNCA 4WLYA 1XGRC 2YSSC 4W96A 4QDNA 3WVXA 4HJZA 1ZMYL 2MEEA 3WU7A 4QGZA 1CKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJ4A 1HEWA 2XBSA 259LA 4MR1A 3LHMA 2XBRA 5HQ1A 1EQEA 1QQYA 2XTHA 4NHPA 5DN5A 4LFXA 1QIOA 1L39A 216LA 1L70A 1C6MA 1G1VA 4ARJA 1YKXX 4R6CA 3LYOA 4LT2A 5I4YA 4ZEEA 4H9BA 1LHIA 127LA 2ZWBA 1LJFA 2ZYPA 4O34A 2L78A 1REMA 4FJRA 1OYUA 4OO9A 1IOQA 1L89A 5KXYA 1QDTA 1P2CC 153LA 2I6ZA 1C6GA 1DI4A 4HJYA 1EPYA 1PQMA 1L86A 1XEJA 3WUAA 3A3QA 3AZ4A 1C08C 3NY8A 4G4CA 3VW7A 4G49A 4GCEA 1LZNA 2F4GA 4QY9A 1DKJA 1LYEA 2I26L 1L80A 3V2YA 4NGZA 2F30A 200LA 1IWXA 3W3EA 2YBHA 3HDEA 3M18B 3HWLA 1HFXA 1REXA 4RW2A 2BQDA 1P6YA 3VWOA 3HTGA 1I6SA 1QUTA 1LSPA 1TLAA 4GRVA 2HUMA 1GB3A 1QDRA 3TMWA 251LA 1ZYTA 1C43A 1L55A 4HPEA 2F4AA 1L74A 1P3NA 4NWHA 1FKQA 1VFBC 156LA 3HUAA 4PGJB 1CV5A 2NTGA 159LA 167LA 1LMAA 3TXFA 1OVJA 4H9AA 1CU6A 1XGUC 1LYJA 4W94A 3C7WA 2B74A 1C6LA 4GLAA 172LA 1OUIA 4WO9A 1JJ1A 1JJ0A 1GFEA 1QSWA 2OE4X 3AZ7A 143LA 3CSRA 1L34A 1LSAA 4WG1A 4YF2A 4XJHA 1ALCA 1J1PY 5LYMA 4DD9A 1QT8A 4TTDA 5IHGA 4WL6A 1L98A 2HTXA 4NGKA 3F8VA 4PPOA 4WM3A 3J4GA 3CT5A 1IWVA 1L45A 1T8FA 1LAAA 1B5VA 4LYZA 151LA 4HTKA 2B6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LJ4 A;  1OUG A;  4NIJ A;  4NGW A;  1LZ9 A;  4NHI A;  2YBL A;  3F6Z A;  1HEW A;  2XBS A;  4ET8 A;  1HMK A;  1F6S A;  1TAY A;  4MST A;  5LVK A;  3AGI A;  1GBY A;  4MR1 A;  1VED A;  2FBD A;  2PC2 A;  3LHM A;  1UIE A;  2XBR A;  1IP2 A;  5HQ1 A;  1EQE A;  4DDA A;  4ETD A;  2BQF A;  5M1Y A;  1TCY A;  1QQY A;  1ZV5 L;  2I25 L;  2XTH A;  4NHP A;  5DN5 A;  4LFX A;  1BWJ A;  1JIS A;  4XEN A;  1QIO A;  5EBH A;  2EQL A;  1IOT A;  2DQD Y;  4DDB A;  1F0W A;  3BKV A;  4NHS A;  3TXI A;  1G7L C;  4AGA A;  1LZA A;  2W1Y A;  1LZB A;  3KAM A;  1BB7 A;  5C6J A;  4G4H A;  1WQM A;  4WO6 A;  1YKX X;  1LZE A;  1OUE A;  1LHH A;  2BQB A;  4R6C A;  3LYO A;  4LT2 A;  5I4Y A;  4HV1 A;  4ZEE A;  4H9B A;  5KXS A;  1LHI A;  4NGJ A;  6LYZ A;  1GAY A;  2ZWB A;  1GE2 A;  1IY4 A;  5KXW A;  4BAF A;  1LJF A;  2G4Q A;  5LA8 A;  1G7M C;  1EQ4 A;  4H9E A;  2BAA A;  2EKS C;  2ZYP A;  9LYZ A;  4RLN A;  1FKV A;  1T3P A;  4TWS A;  1LJ3 A;  4O34 A;  4N5R A;  3LYM A;  1UIA A;  1GB6 A;  1REM A;  4FJR A;  4NGL A;  2BQI A;  4B4J A;  1BVK C; 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 1LMQ A;  1JIT A;  193L A;  5FDJ A;  5B1F A;  4BS7 A;  1G7J C;  1GFV A;  1BB5 A;  4WG7 A;  1KXX A;  5I54 A;  1HNL A;  2H9J A;  1GEV A;  1GF6 A;  1JKC A;  1N4F A;  4NHQ A;  4PJ2 C;  1JWR A;  1LZ8 A;  5FHW A;  1F10 A;  1GBX A;  1GBS A;  5LVJ A;  3B0I A;  2DQI Y;  1DPW A;  1YAQ A;  1GF5 A;  1CJ6 A;  1KXY A;  4PRQ A;  3AGH A;  2IFF Y;  4ZFP A;  3AZ6 A;  1XGP C;  3WW5 A;  1LMP A;  3K3T A;  1IY3 A;  5D5C A;  4G9S A;  1UIH A;  2FYC A;  1GF0 A;  3LZ2 A;  2EIZ C;  4WM4 A;  1IP1 A;  2HED A;  2LZ2 A;  1UIF A;  1LJN A;  3W6C A;  1IR9 A;  1KIP C;  3LYT A;  4CHX A;  1RI8 B;  1KIQ C;  3T6U A;  4CGE A;  4KT3 A;  1GXV 2;  1GE1 A;  5KY1 A;  1G7H C;  3WXT A;  3AW7 A;  5LVG A;  1TBY A;  1GBZ A;  2ZIK A;  1IR7 A;  1OUJ A;  1UID A;  4KXI A;  4ETB A;  5HLL A;  1FLQ A;  3A93 A;  5LYT A;  132L A;  5LIO A;  3BKH A;  1IP4 A;  1HSX A;  4I8S A;  3WUL A;  5KXK A;  1OUC A;  1UC0 A;  2HEF A;  1REZ A;  1DQJ C;  2MEB A;  3P66 A;  1GB7 A;  1IWZ A;  2LYM A;  3HBE X;  4WM1 A;  4DD7 A;  4GN4 A;  4N1C C;  1JJ3 A;  2A7F A;  1JPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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