1LJKA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 15% trehalose
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljkA00
3G3BB 1OUEA 4OWEA 1DPWA 4WO6A 1LJKA 1BB5A 2ZQ4A 3A3RX 4XJIA 1TCYA 1B7QA 2XBRA 2D4IA 1JTOL 3LZ2A 3OK0A 4NG1A 3E3DA 1LAAA 3IWRA 5DLAA 9LYZA 3AGIA 3GXKA 4LYZA 1G7JC 5LINA 5DN5A 4ETCA 1WVVA 1YILA 2DQAA 1HSXA 1G7IC 2FYDA 3AZ5A 2BQGA 4TWSA 2CGIA 4LT3A 4YM8A 4WM1A 1IR7A 1REZA 1BHZA 2LHMA 4H9CA 1LZEA 5C6IA 1B7OA 1LHMA 1DKKA 1NDGC 1VDQA 3TXJA 5II3A 5I5QA 4GN4A 1FLUA 1B5WA 2BPUA 3AGHA 1LSDA 1QIOA 4R6CA 1ZVHL 1NMMA 2LZTA 1QDRA 2G4QA 4HTKA 4UWVA 1JKAA 5B06A 1TDYA 4DD3A 1UIBA 3A6CY 3W6AA 1LMQA 1LZ9A 5C6LA 4NGIA 4LYMA 5KXXA 1AT6A 4ML7A 3TMUA 2DQFC 3A34A 4MCKA 1H6MA 1GB2A 3G3AB 5APDA 2D6BA 2WARA 5KXKA 3N9CA 4AGAA 3BKHA 1OUGA 2BQAA 1GFHA 2G4NA 1DI3A 5KXWA 2GV0A 4NHPA 5D5FA 1G7LC 2FBDA 4N1EI 1OUBA 1WQOA 4O34A 3A6BY 4WLDA 5I4YA 133LA 1HELA 1FN5A 3A96A 4HTQA 6LYZA 1UC0A 1IEEA 1GXXA 1LJNA 1OUIA 1VAUA 2IHLA 1LZ4A 1XGTC 3QE8A 4N0JA 1JJ3A 1IOCA 3P64A 4B4EA 5E9RA 1B7SA 2Z38A 1F6RA 1F6SA 2W1MA 4G4CA 3WMKA 2FBBA 5LXWA 1W08A 1OQMA 1XSFA 1B7PA 2BLXA 4XN6A 2MEFA 4HV2A 4NSJA 4TSBA 2X0AA 3RU5A 3TXKA 5KJ9A 1GB6A 1RE2A 3HBHA 4W94A 2DQEY 4LT2A 4M6DA 1LJFA 1F0WA 2F4GA 3B0IA 4W96A 3CT0A 5T3FA 1GFAA 3LZTA 1OUJA 1YAQA 2D4KA 3CSQA 4OW1A 1BB4A 1CKFA 2EKSC 5LVIA 1NWGA 3D9AC 4B4IA 3B6LA 4DC4A 5FSTA 2HU3A 1DI4A 1VDTA 5HNLA 2W1XA 4WG7A 1LYYA 1KXXA 1WQNA 1YIKA 2XBSA 4DD7A 1JTTL 4B49A 5KXLA 2BQOA 4H9BA 1GBOA 3HBDA 1LYZA 4N9RA 3SP3A 3AZ4A 3TMVA 4EMNA 1NQIA 4NIJA 1KXYA 1IP4A 4H9FA 4II8A 5L3IA 1UICA 4PRUA 1VEDA 5KXSA 3W6FA 1C45A 1B9OA 1HEPA 4NGLA 1CKDA 4KPMA 5ILCA 1J1PY 2F30A 1RJCB 4GCBA 5KKJA 1SQ2L 4ETEA 4MR1A 1GEVA 3P66A 3WXTA 3WL2A 8LYZA 2W1LA 1GB8A 2YBLA 3N9EA 2HEEA 3RZ4A 1IWVA 2HEDA 1IP2A 1JWRA 2DQCY 4KT3A 4NEBA 4WM4A 3WVYA 1IWYA 4AXTA 4RW1A 2Z37A 1WQRA 5M1YA 3LYTA 4XADA 1GD6A 3TXHA 1B5ZA 1CJ9A 4YF2A 1PS5A 4UWUA 3CQLA 4KL7A 4B4JA 1CJ7A 3N9AA 2MEAA 1IWUA 1DKJA 3A3QA 1JPOA 4LGKA 1LZSA 1GE3A 1GB9A 1GF8A 1NKHA 1GB0A 1DPXA 2BQDA 3CSRA 4HJZA 4RDSA 4TX7A 4GCFA 2B5ZA 1IP6A 3FE0A 1LJEA 2F2NA 2F4AA 5IHGA 1GBSA 1LYOA 1TBYA 4MSTA 1OUCA 2YBJA 3WW5A 4WLXA 5DM9A 5KXZA 1LHKA 4CGEA 4NHQA 1LMPA 3TMXA 3F6ZA 1D6PA 1GE4A 4NGYA 4NG8A 4FJRA 5LIOA 154LA 4RW2A 1GE2A 1UUZC 2W1YA 1UIFA 5B07A 4DWXA 1LZBA 4G4HA 5I53A 1XGUC 1LSPA 1J1XY 3A92A 1QTEA 2Z2FA 1GXV2 1I1ZA 4C3WA 4NHSA 4Z41A 1DQJC 1FLQA 1IC5Y 3M3UA 1LZYA 1BVKC 1QSAA 2Z12A 4DD9A 3TXDA 5LVGA 1LMCA 1LZGA 1LZ5A 1IP5A 1HEWA 4ETAA 1IOQA 1UCOA 1CJ6A 4ETDA 4BAPA 2LYMA 3M18B 1FLYA 4HPIA 4KXIA 4NGKA 3AYQA 5FELA 1REMA 3OJPA 3WPLA 1WQMA 3WU8A 4HSFA 4LYTA 5KXYA 5APCA 4ETBA 3GXRA 5ILFA 4N8ZA 2Z19A 1HHLA 4B0DA 4PPOA 1BWJA 1LZ1A 1PZYA 1YL1X 2N5ZA 4J1AA 5LVKA 3VWOA 2BQBA 1GB5A 3KAMA 1C08C 1WTMA 1LMNA 1XGRC 4G4BA 4DDBA 1RCMA 1D0MA 1CKHA 2EQLA 4TSCA 4NFVA 5APFA 1D0KA 3RNXA 2XTHA 4HPEA 1YROA 1LOZA 1LTMA 3CSZA 1LSNA 1XEIA 2BQLA 1GBXA 1ZMYL 4WOAA 1YAPA 1IC4Y 1YKZX 4HJVA 1A2YC 5APEA 1LSMA 2LYZA 1GE0A 4XJGA 4OWHA 193LA 2EPEA 4GN5C 1LJ3A 1JIYA 1HENA 4NGOA 1JKCA 4D9ZA 1YAMA 2BQNA 1GEZA 5LYMA 4WO9A 4WLYA 1JISA 1JKDA 1GFTA 1LMOA 2BQKA 5AMYA 3A91A 1IO5A 4WL6A 3W3EA 2DKVA 1GBZA 4LT0A 1NHEA 1KIRC 1B7LA 5FDJA 4DYGA 3TXIA 1UBZA 4QDNA 1I56A 1GFEA 4NGWA 4HP0A 4BS7A 2MEBA 1BWIA 1HEQA 1BB7A 5FHWA 5L3HA 1LSBA 1NDMC 2DBTA 4XJHA 5LA8A 3A94A 1BGIA 1XGPC 4R0FA 2CWIA 4XENA 4HV1A 2YSSC 4IASA 4IJ4A 2MEIA 2HEFA 2HECA 4TUNA 3P68A 4GCCA 1FDLY 5F81A 4HTNA 3WU7A 1LZTA 3WPKA 4J7VA 3AZ6A 5LAGA 4XYYA 1DI5A 3ZEKA 5KKIA 1TAYA 194LA 4YEOA 4A7DA 1HFXA 4DDAA 1AKIA 2MEGA 4NGVA 3W6DA 5LVHA 2RSCA 1UIHA 1YKYX 1D9UA 1GF5A 2MECA 4HJYA 1HFYA 3TXFA 3WUMA 1IVMA 4N5RA 3FI7A 4H93A 3P65A 1C7PA 3WU9A 1E8LA 1B2KA 1HMLA 5B1GA 5LYZA 1LSCA 3A67Y 3ZVQB 2BQJA 207LA 2YDGA 1GBYA 2G4PA 2ZNXY 2H5ZA 1BB6A 1HEMA 1B5YA 3WPJA 4LYOA 1GF9A 4H9AA 1LSGA 4DT3A 1KIPC 3AJNA 1GFRA 3QY4A 5F9XA 1JTPL 2BQEA 3A93A 1RI8B 4M4OA 1FLWA 2H9KA 4H90A 3WW6A 4YOPA 134LA 1MLCE 1O23A 1VFBC 4ANRA 1IWWA 3A95A 5A3ZA 4U3XB 1Z55A 1GAZA 2I25L 4LFPA 1A4VA 5KY1A 1KIQC 1GF0A 1I20A 4QEQA 1V7SA 1IP3A 1H87A 1LPIA 1D0LA 1FKQA 2BAAA 4GCEA 1TEWA 1HF4A 4PGJB 3B0KA 4YEMA 1UIAA 3B0OA 4YENA 4ZFPA 4OOOA 4WMGA 1IP7A 1JSFA 1LSEA 2D4JA 4NGZA 1CNSA 5DN4A 4NHTA 4PRQA 4ZIXA 5DL9A 4FDYA 1GHLA 1GAYA 1JITA 1BB3A 1XEKA 1MELL 1GF6A 1YANA 1GF7A 2MEDA 2Z18A 1DXJA 2Z39A 4H9EA 2MEHA 4NWEA 3B72A 2BQMA 3WYHA 5I54A 1IY3A 1REXA 1UIEA 1HMKA 4BADA 1LZDA 4G49A 3WVXA 2NWDX 1JHLA 4PHIA 1REYA 5J7CA 1IWZA 2DQGY 3IJUA 4LYBA 1EQEA 2ZNWY 4LFXA 1B0DA 1QSWA 3K3TA 4Z98A 5IDDA 4GCDA 2CDSA 5C6JA 1LJJA 1GFKA 4GN3A 1IWTA 4H9HA 4OWCA 5KXTA 5HLLA 1LSYA 3HBEX 1LCNA 1QTKA 1VDSA 3TMWA 1QUTA 2ZIJA 1YQVY 1LZAA 1JJ0A 1KXWA 1BWHA 1WVUA 2BQCA 3IJVA 4H9IA 3ULRA 2MEEA 4NGJA 5E4PA 1GF4A 1IOSA 1LZ6A 2LZ2A 3MGWA 2A7FA 1FBIX 1LHJA 4C5FA 1GFJA 1INUA 3J6KA 2ZYCA 2DQDY 3ATOA 2Q0MX 2Y8PA 1AM7A 1G7MC 2FYCA 3TXEA 4RLMA 1LKRA 1UIDA 2EIZC 1LKSA 1UIGA 2ZIKA 1GWDA 2DQJY 3WH1A 1XGQC 3LYZA 3W6EA 2I6ZA 1HERA 3AZ7A 5HNCA 5KXRA 2BLYA 4H94A 1OUHA 2XJWA 3AW6A 208LA 4NHIA 3TXBA 4CFOA 1J1OY 3EMSA 4CJ2A 4N1CC 2AUBA 5L9JA 4XJDA 4ET9A 4WM2A 1IWXA 1LSAA 1NBZC 4CHXA 4GLAA 5B59A 3AB6A 1UACY 4NSIA 1IR8A 1B7MA 1HNLA 1OUDA 4NSHA 1P2CC 1VATA 1UA6Y 1WQQA 1GF3A 2HU1A 1ALCA 4OWBA 1JKBA 3A8ZA 3WUNA 1B5XA 1RFPA 1GFUA 2ZWBA 4TTDA 1HSWA 1LMAA 4NWHA 3WXUA 3RT5X 5FEKA 6LYTA 135LA 3W6BA 1IR9A 4DD1A 1FKVA 3CT1A 4J0LA 1ZV5L 2VB1A 4QY9A 4Z46A 3EBAB 1NF5A 5KXPA 1B7RA 4I8SA 1HFZA 4OWAA 5K7OA 1LJGA 4XJFA 4PJ2C 1NBYC 4G9SA 1C46A 4IATA 5LYTA 1VDPA 4ET8A 1IY4A 2HUBA 3P4ZA 1OUFA 1YL0X 1LJ4A 2DQHY 1OUAA 1LJHA 2HEAA 2ZQ3A 3CT5A 5HMJA 1IC7Y 2IFFY 1AZFA 3T36A 4WM6A 4WL7A 4DD2A 1CKCA 3A90A 1D6QA 1OP9B 1JSEA 5F9UA 1B7NA 2HTXA 5KXNA 5LVJA 1YAOA 2BQIA 5B1FA 5I4WA 3LHMA 4GLVA 3BKVA 4X3BA 2YBMA 5F16A 132LA 1DZBX 1WTNA 2LYOA 5FCPA 5LA5A 3D3DA 1QQYA 1IX0A 2ZYPA 3WUAA 4H8ZA 5IELA 5LAFA 1JUGA 4LZTA 1LZRA 1BQLY 1CKGA 1EQ5A 1XEJA 2A7DA 4H92A 4H8YA 2H9JA 1LHLA 4LYCA 1G7HC 1LZCA 3RW8A 3T6UA 1LJIA 4E3UA 4XJBA 4J1BA 2I26L 1IIZA 3AGGG 3CB7A 1LHIA 5EBHA 3TXGA 3ZVQA 1GFGA 4NY5A 4P2EA 3EXDA 1LSZA 1GFVA 1LHHA 1QDTA 3J4GA 5A3EA 1EL1A 2Z2EA 1HEOA 1IOTA 4Z3MA 4WG1A 1GDWA 5JENB 4OOTA 1B5UA 2HEBA 7LYZA 5KXMA 3LN2A 3QNGA 4ZEEA 4CFPA 4H91A 1C10A 153LA 5HQ1A 4B1AA 1ZVYB 1LSFA 1W6ZA 1WQPA 3LYMA 4WM3A 3WULA 1IORA 1EQ4A 3AW7A 3LYOA 1GE1A 4UWNA 1JJ1A 2PC2A 1HC0A 2C8OA 1CJ8A 2YBIA 2ZILA 1JEFA 1GB3A 4BAFA 1T6VL 1V7TA 1LMTA 5B05A 1BVXA 3HFMY 4RLNA 1XFPL 2BQHA 1B5VA 1T3PA 2D91A 3EO5A 5I4XA 4H8XA 4DDCA 1SLYA 5KXOA 1GBWA 1AT5A 4EOFA 1GDXA 4LT1A 4H1PA 4NSGA 5D5CA 1LYSA 2DQIY 2C8PA 1LZ8A 2YBNA 3ATNA 1GB7A 4WLTA 1IP1A 4QGZA 1F10A 1LZNA 4I0CA 5F14A 2YVBA 2YBHA 1C43A 1GPQC 4DD0A 2BQFA 4L41A 4WM5A 1N4FA 3W6CA 5HMVA 1QUSA 1YKXX 2CJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CVKA 3OE8A 1OUEA 4OWEA 3GULA 1TCYA 2D4IA 9LYZA 2O79A 3AGIA 4LYZA 1WVVA 1YILA 2FYDA 3AZ5A 4TWSA 2CGIA 1PQIA 1CV1A 4YM8A 1REZA 230LA 1BHZA 1T8FA 1L41A 1LZEA 1LHMA 1LYDA 3TXJA 4ARLA 3FI5A 4DAJA 1B5WA 1QIOA 4UWVA 1C65A 5LZMA 2O7AA 1OVHA 198LA 1UIBA 3A6CY 1CV6A 1LZ9A 5C6LA 1L35A 1AT6A 4ML7A 4MCKA 1GB2A 1SX2A 1KW7A 3N9CA 4AGAA 3BKHA 2BQAA 2G4NA 4NHPA 1G7LC 3DN0A 1QTZA 3HH3A 4HTQA 1UC0A 1L95A 1OUIA 3QE8A 2IHLA 1XGTC 3P64A 2Z38A 3WMKA 2MEFA 4TSBA 2X0AA 4W94A 4W96A 3B0IA 3OE9A 1G0LA 228LA 1L10A 3LZTA 3HT8A 1OUJA 1L19A 3B6LA 4DC4A 180LA 4W53A 4DD7A 1WQNA 1JTTL 4N9RA 1LYZA 2B72A 1L48A 4I7PA 1C6HA 2OE4X 1IP4A 2F32A 4NGLA 1B9OA 2F30A 1RJCB 1SQ2L 4MR1A 1GEVA 3WXTA 3WL2A 2W1LA 2DQCY 3HTBA 4WM4A 4RW1A 1L31A 222LA 1D2YA 4W58A 4B4JA 1QTBA 1KNIA 1LZSA 1P56A 2BQDA 4HJZA 5IHGA 1LGUA 1L68A 1D6PA 1QT3A 1GE2A 1UUZC 1L37A 1UIFA 4DWXA 4G4HA 5I53A 1IC5Y 3HUQA 173LA 1QSAA 3TXDA 1LZ5A 1IP5A 4ETAA 4ETDA 4KXIA 4DQ7A 220LA 4ETBA 5ILFA 2Z19A 2L78A 1BWJA 5LVKA 184LA 2BQBA 1DYEA 1GB5A 2OU9A 109LA 1CKHA 4TSCA 2F47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G3B B;  1OUE A;  4OWE A;  1DPW A;  4WO6 A;  1LJK A;  1BB5 A;  2ZQ4 A;  3A3R X;  4XJI A;  1TCY A;  1B7Q A;  2XBR A;  2D4I A;  1JTO L;  3LZ2 A;  3OK0 A;  4NG1 A;  3E3D A;  1LAA A;  3IWR A;  5DLA A;  9LYZ A;  3AGI A;  3GXK A;  4LYZ A;  1G7J C;  5LIN A;  5DN5 A;  4ETC A;  1WVV A;  1YIL A;  2DQA A;  1HSX A;  1G7I C;  2FYD A;  3AZ5 A;  2BQG A;  4TWS A;  2CGI A;  4LT3 A;  4YM8 A;  4WM1 A;  1IR7 A;  1REZ A;  1BHZ A;  2LHM A;  4H9C A;  1LZE A;  5C6I A;  1B7O A;  1LHM A;  1DKK A;  1NDG C;  1VDQ A;  3TXJ A;  5II3 A;  5I5Q A;  4GN4 A;  1FLU A;  1B5W A;  2BPU A;  3AGH A;  1LSD A;  1QIO A;  4R6C A;  1ZVH L;  1NMM A;  2LZT A;  1QDR A;  2G4Q A;  4HTK A;  4UWV A;  1JKA A;  5B06 A;  1TDY A;  4DD3 A;  1UIB A;  3A6C Y;  3W6A A;  1LMQ A;  1LZ9 A;  5C6L A;  4NGI A;  4LYM A;  5KXX A;  1AT6 A;  4ML7 A;  3TMU A;  2DQF C;  3A34 A;  4MCK A;  1H6M A;  1GB2 A;  3G3A B;  5APD A;  2D6B A;  2WAR A;  5KXK A;  3N9C A;  4AGA A;  3BKH A;  1OUG A;  2BQA A;  1GFH A;  2G4N A;  1DI3 A;  5KXW A;  2GV0 A;  4NHP A;  5D5F A;  1G7L C; 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 5FCP A;  5LA5 A;  3D3D A;  1QQY A;  1IX0 A;  2ZYP A;  3WUA A;  4H8Z A;  5IEL A;  5LAF A;  1JUG A;  4LZT A;  1LZR A;  1BQL Y;  1CKG A;  1EQ5 A;  1XEJ A;  2A7D A;  4H92 A;  4H8Y A;  2H9J A;  1LHL A;  4LYC A;  1G7H C;  1LZC A;  3RW8 A;  3T6U A;  1LJI A;  4E3U A;  4XJB A;  4J1B A;  2I26 L;  1IIZ A;  3AGG G;  3CB7 A;  1LHI A;  5EBH A;  3TXG A;  3ZVQ A;  1GFG A;  4NY5 A;  4P2E A;  3EXD A;  1LSZ A;  1GFV A;  1LHH A;  1QDT A;  3J4G A;  5A3E A;  1EL1 A;  2Z2E A;  1HEO A;  1IOT A;  4Z3M A;  4WG1 A;  1GDW A;  5JEN B;  4OOT A;  1B5U A;  2HEB A;  7LYZ A;  5KXM A;  3LN2 A;  3QNG A;  4ZEE A;  4CFP A;  4H91 A;  1C10 A;  153L A;  5HQ1 A;  4B1A A;  1ZVY B;  1LSF A;  1W6Z A;  1WQP A;  3LYM A;  4WM3 A;  3WUL A;  1IOR A;  1EQ4 A;  3AW7 A;  3LYO A;  1GE1 A;  4UWN A;  1JJ1 A;  2PC2 A;  1HC0 A;  2C8O A;  1CJ8 A;  2YBI A;  2ZIL A;  1JEF A;  1GB3 A;  4BAF A;  1T6V L;  1V7T A;  1LMT A;  5B05 A;  1BVX A;  3HFM Y;  4RLN A;  1XFP L;  2BQH A;  1B5V A;  1T3P A;  2D91 A;  3EO5 A;  5I4X A;  4H8X A;  4DDC A;  1SLY A;  5KXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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