1LJKA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 15% trehalose
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljkA00
4PHIA 1LSPA 2LZTA 3SP3A 1IVMA 1GFKA 4H8ZA 1GB8A 5DL9A 2MEIA 2Z38A 1TDYA 2CDSA 1CJ8A 1LZ6A 2H5ZA 4LFPA 5B06A 4BAFA 4OOTA 5M1YA 2MEFA 1WQNA 1HEWA 5K7OA 1KIRC 3AW6A 5KXSA 1B7LA 1YIKA 1LZ4A 4HV1A 2LYOA 4AGAA 1NMMA 1F6SA 3GXRA 5LAFA 3WU7A 5LINA 1D0KA 5HMVA 1RE2A 2EQLA 5F14A 4WM3A 2BQCA 1CJ6A 5LA8A 1LMCA 3WULA 1CKDA 2RSCA 1XEKA 2CGIA 4WMGA 2W1MA 3AW7A 2LYZA 1F0WA 1JJ3A 4XJHA 1GB9A 1HNLA 2MECA 1LSBA 2GV0A 1REZA 4NGKA 3W6DA 1WVUA 1IC4Y 5FCPA 4DWXA 1UCOA 1QSWA 3WL2A 4C3WA 1GB6A 1IY4A 1MLCE 3AGGG 5KXTA 1GFAA 1G7MC 5KXYA 1IEEA 1F10A 1LZEA 1AT5A 1DZBX 1EL1A 1LMAA 4WL7A 1GF6A 5B59A 4N5RA 4B0DA 5LVJA 5A3ZA 4ZIXA 1D0MA 4WL6A 3ZEKA 2F4GA 1NBYC 4H91A 153LA 2ZYPA 1HFZA 1GFVA 3FI7A 1CKHA 1HF4A 4ANRA 4QY9A 4N0JA 5LVGA 1IP4A 2YSSC 3A6CY 5D5CA 4Z46A 4G4HA 4B1AA 1BHZA 1ZMYL 2G4NA 4Z3MA 1NQIA 4NHQA 4GCFA 1GFGA 1LZAA 5F16A 132LA 5EBHA 5KXKA 1YL0X 4H9EA 1DPWA 1JEFA 2H9JA 4J1BA 4YM8A 2BQLA 1CNSA 1YKZX 2PC2A 4O34A 1LMTA 1V7TA 1HELA 4HTQA 2C8OA 1RCMA 3EO5A 3ATNA 3EXDA 2DQFC 4NGOA 1IWUA 4NHTA 9LYZA 4RW2A 2EIZC 4YEOA 2ZWBA 2LHMA 4WM5A 1LTMA 5LYMA 4CHXA 1HFXA 1RJCB 5L3HA 5D5FA 4ZFPA 4GLVA 1LSFA 4NEBA 4XJGA 1DPXA 1HC0A 1LYZA 1UIHA 1BWHA 1NBZC 1UIGA 2Z19A 5LXWA 4PRUA 1C43A 1OUJA 4HPEA 1EQEA 4DT3A 3CSQA 3TMWA 3QNGA 1LCNA 2AUBA 1OUAA 2Z12A 4R6CA 1LHHA 1IR9A 1BB4A 1GF5A 1GFTA 2D4KA 2FBBA 4G4BA 4X3BA 1VAUA 3WVYA 1GF9A 1LZNA 4XJIA 3LYTA 5E4PA 3P65A 1B7NA 4DD7A 5KXZA 2ZIKA 1JSFA 1LSEA 1OUGA 1OQMA 4L41A 3CT5A 1LSYA 1HMKA 1LJKA 1UACY 3MGWA 2XTHA 1V7SA 3BKVA 3WU9A 2ZNXY 4I8SA 1GB7A 135LA 5LYZA 2ZQ4A 1GF3A 4NWHA 1KIQC 5B05A 5ILFA 1XGPC 1VDSA 1GB0A 5I54A 1JKAA 4NG1A 2HECA 3AGIA 4OWEA 3A8ZA 4GN3A 1IOTA 4LZTA 4NGIA 1IP7A 4M4OA 1XEJA 1LKSA 1MELL 1IWVA 1B7MA 4QDNA 1GFEA 1C45A 4H9HA 1IWXA 1HERA 4HJZA 4OOOA 2I6ZA 1OUBA 2DQAA 1HEPA 3A96A 1EQ5A 1BB3A 2B5ZA 5FEKA 1YL1X 5APEA 1HEMA 1B7RA 1JKCA 4H9CA 4IJ4A 3WPJA 5I4WA 2HU1A 5KXNA 3TXFA 4CGEA 1GBZA 1QIOA 4GCDA 4KXIA 3TXDA 4RLMA 1LJIA 2CWIA 3B0OA 3P68A 4H92A 2A7FA 1CKFA 1LMOA 4GLAA 4XJBA 3WXUA 1JWRA 4YOPA 1JIYA 2XBSA 3B72A 3B0IA 4TSCA 4G4CA 4DD9A 4M6DA 4YENA 1GXV2 2DQIY 3CSRA 5KXRA 2LYMA 3TXIA 1WQQA 4HSFA 1J1XY 1E8LA 3W6CA 3WYHA 4LT0A 1RFPA 2I26L 3W6EA 4HP0A 3T36A 4IASA 1GAYA 2HEAA 1IIZA 194LA 1KXXA 1NDMC 2ZIJA 1IWWA 4DD3A 4DD1A 4GCCA 4ETDA 1FLWA 5LVHA 1GEVA 1HEOA 2XBRA 4HPIA 1LHKA 5F9XA 3WUNA 1QUTA 1LZ1A 2D6BA 1IY3A 3CT0A 1LYSA 1REXA 4G9SA 4J0LA 3A3RX 3CSZA 1XGTC 1NKHA 3AZ4A 3D3DA 4UWVA 4WLXA 5KY1A 5L9JA 4ETCA 1LZ5A 3W3EA 5II3A 3WMKA 5FDJA 2I25L 3N9CA 1GDXA 1GBYA 3WW5A 3A94A 1JUGA 1GPQC 2G4PA 1LPIA 1BVKC 4QEQA 2F30A 1JJ1A 3T6UA 4MSTA 4RDSA 5KXOA 1JTOL 3J4GA 2HTXA 4II8A 4WO9A 4GN4A 1LZSA 2A7DA 4LT3A 3ATOA 2CJLA 4NY5A 4GN5C 1LSMA 4TSBA 1FLUA 4XJFA 1JSEA 1D6QA 2MEGA 4UWUA 3AZ5A 1G7JC 1IOQA 1G7IC 2Z18A 3G3BB 1IP3A 1YROA 3G3AB 1OUFA 1WTMA 1SLYA 1J1PY 2YBHA 1JJ0A 5E9RA 2FYCA 5JENB 1LAAA 1FLQA 4LYOA 4NIJA 2W1XA 2YBMA 5HQ1A 4NSGA 1LJHA 2EKSC 3TXEA 5LYTA 2BPUA 4N1EI 4I0CA 3OJPA 3QY4A 2HEDA 3TXJA 3BKHA 5C6JA 4ETAA 3RZ4A 1W6ZA 1UC0A 1W08A 2YVBA 5C6IA 1YILA 3AYQA 3WUMA 3LZTA 2Y8PA 1LYYA 2BAAA 3TMVA 133LA 1IWZA 1EQ4A 1DKKA 4RW1A 3IJVA 5LVIA 4NGJA 4DD2A 4HTNA 1IX0A 2BQHA 4WG1A 1GFJA 3P4ZA 1P2CC 4WO6A 1HENA 4MCKA 5B1FA 1G7LC 3A93A 3W6FA 1BB6A 3AJNA 3AZ6A 5HMJA 1LHMA 1GFHA 1LSAA 1UUZC 4CFOA 1LZDA 208LA 1LSCA 1J1OY 4IATA 1HSXA 6LYZA 4W96A 3K3TA 5ILCA 3A90A 1GE1A 1LZ8A 1QTEA 1UIBA 1WQOA 4NWEA 4NFVA 1LMPA 2BQIA 2HU3A 4N9RA 1KIPC 1B7SA 4LGKA 1DI5A 3W6AA 1OUCA 1GWDA 5APDA 1LHIA 4LT1A 1IR7A 1VATA 2MEDA 3HBEX 3LYZA 1CJ9A 4KL7A 1BVXA 5L3IA 4WM1A 5HLLA 1TCYA 2MEHA 4LT2A 4AXTA 2D4IA 1B5WA 1NWGA 1GD6A 4XJDA 3WU8A 154LA 3A34A 4TTDA 1IP1A 2DQDY 2H9KA 3CB7A 2YBLA 3WW6A 4OW1A 1GF0A 1YKXX 2BQKA 1T3PA 4B4JA 1B5YA 1GE4A 4R0FA 1YAMA 1B5VA 1WQMA 1NF5A 4WLYA 1GBSA 3CT1A 4EOFA 2BQDA 1LZGA 1JKBA 4Z41A 1LJEA 5KXXA 2ZNWY 4FJRA 3IWRA 2BQFA 2MEBA 2YBJA 1XGQC 2ZILA 1LSGA 4H9FA 2N5ZA 5DM9A 2FYDA 5KXWA 1LHJA 1N4FA 1GF8A 1PZYA 1XSFA 2DQCY 1GEZA 4H1PA 2X0AA 4H8XA 4NGYA 3A92A 134LA 3ZVQB 1QDTA 4DDBA 5KXLA 3AGHA 3A6BY 1FKVA 5FSTA 3E3DA 1TAYA 2BQBA 4H93A 1YAPA 4RLNA 3VWOA 1GAZA 2HEEA 1ZV5L 1CKGA 4ET9A 1D6PA 3IJUA 2F2NA 2ZQ3A 1I20A 4HV2A 5DN5A 1AM7A 1LYOA 1LZBA 5B07A 1LJFA 4NHPA 1LJJA 2HEBA 4ET8A 4XADA 2FBDA 3P64A 1IWTA 1JITA 5F81A 3J6KA 1C46A 1B9OA 1GXXA 2G4QA 4NSJA 3HFMY 2Q0MX 1B2KA 1PS5A 2BQMA 1WVVA 2F4AA 4NHIA 2HUBA 4H9BA 4N1CC 1AT6A 4DDCA 4WM2A 3A3QA 4GCEA 1KXYA 1H6MA 1INUA 1YAOA 2MEEA 1HFYA 1BWIA 4PGJB 2D91A 1OUIA 3AB6A 3B6LA 3RU5A 4PPOA 1IP2A 1IOSA 2BLYA 2W1LA 1DXJA 1ZVYB 1C08C 1GFRA 1UIFA 2BQEA 3LYMA 1ZVHL 2DQHY 2NWDX 1Z55A 5KXMA 4A7DA 2ZYCA 3F6ZA 4MR1A 1WQPA 4UWNA 2BQJA 1IR8A 1REYA 2DKVA 2Z2FA 1OUHA 1LMQA 1UIDA 2W1YA 1FKQA 5FELA 4LFXA 2DQGY 1LHLA 3EBAB 5I4YA 1GE2A 1CKCA 1WQRA 5KJ9A 1GB5A 1VFBC 1HHLA 4TX7A 4H9IA 4OWCA 1YKYX 4WG7A 5B1GA 5LIOA 2Z2EA 1IWYA 1KXWA 1GE3A 4LYMA 4XENA 4LYZA 8LYZA 3B0KA 4PRQA 5APFA 4N8ZA 1LOZA 1FBIX 4U3XB 3D9AC 5KKJA 1IORA 1VDPA 4TUNA 1ALCA 1O23A 4OWBA 4WLTA 5IDDA 1GBWA 4B49A 4DC4A 1DKJA 1C10A 1UICA 1VEDA 5HNLA 3LN2A 1B5XA 1B5UA 4WM4A 1GE0A 4HTKA 3OK0A 4NSIA 3WPKA 1LJGA 1SQ2L 1YANA 1B5ZA 1GHLA 4TWSA 5IELA 4OWHA 5AMYA 1IO5A 4NHSA 3TXBA 1JHLA 1H87A 4BADA 1NHEA 1UIAA 5APCA 1XGRC 4B4IA 5DLAA 1DI3A 1DQJC 1JTTL 3TMUA 1JKDA 5T3FA 1OP9B 1TEWA 4BS7A 4H8YA 1LZCA 7LYZA 1XFPL 3LZ2A 1G7HC 1BB5A 1WTNA 1XGUC 4H9AA 1UBZA 1BWJA 1LZRA 1BGIA 207LA 3W6BA 5DN4A 5C6LA 4ETBA 2Z37A 1FN5A 3QE8A 1GB2A 3HBDA 4LYTA 2DQJY 1I56A 2MEAA 5I53A 4XN6A 3EMSA 3LHMA 1JTPL 1JISA 2IHLA 2BLXA 1B7OA 4G49A 3P66A 4GCBA 3RW8A 4YF2A 1RI8B 4QGZA 4D9ZA 3HBHA 4W94A 4B4EA 1I1ZA 4NGVA 4HJYA 5KXPA 6LYTA 1GB3A 4NGLA 3FE0A 2YBNA 4NGWA 1LMNA 1VDQA 4NGZA 5I5QA 3N9AA 193LA 1IP5A 3LYOA 1REMA 1CJ7A 4J7VA 4EMNA 1LKRA 2D4JA 3RT5X 3ZVQA 2HEFA 1YAQA 1GBOA 2LZ2A 4NG8A 1QSAA 3WPLA 1GBXA 4ZEEA 4C5FA 1A2YC 1FDLY 1LZTA 2XJWA 4NSHA 1TBYA 4DYGA 2VB1A 4FDYA 4BAPA 5HNCA 1YQVY 4ETEA 2Z39A 5KKIA 1B7QA 3CQLA 4H94A 2BQOA 2BQGA 4WOAA 3TXHA 1GF7A 1F6RA 1B0DA 4PJ2C 1NDGC 1T6VL 2IFFY 3M18B 5F9UA 1LJ3A 4P2EA 3N9EA 1LZYA 1LJNA 2BQAA 3WH1A 2EPEA 1GFUA 2BQNA 1IP6A 4LYBA 1D0LA 1FLYA 4HJVA 1D9UA 3A67Y 4XYYA 3A95A 3A91A 1AZFA 1IOCA 1GDWA 3WUAA 1LSDA 4LYCA 1LZ9A 5LAGA 4CFPA 2C8PA 5I4XA 3M3UA 5FHWA 4KPMA 3AZ7A 2WARA 3TXKA 1C7PA 1IC5Y 1IC7Y 1LSNA 4Z98A 1LSZA 5LVKA 4DD0A 1HEQA 1HMLA 4J1AA 1VDTA 3ULRA 3RNXA 1B7PA 4DDAA 1BQLY 1QDRA 1HSWA 1JPOA 2DBTA 1UIEA 1OUDA 1QTKA 1LJ4A 2YBIA 4H90A 5J7CA 5LA5A 1GF4A 3TXGA 1QUSA 4WLDA 2YDGA 3KAMA 4KT3A 3WVXA 1DI4A 3WXTA 4CJ2A 1QQYA 4E3UA 3GXKA 3TMXA 4WM6A 2DQEY 1AKIA 1A4VA 5A3EA 4OWAA 1OUEA 1XEIA 1UA6Y 4YEMA 5IHGA 4ML7A 1BB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
157LA 1GFKA 1GB8A 2MEIA 2CDSA 1CJ8A 4BAFA 1C6GA 1WQNA 1L52A 5K7OA 1YIKA 3GXRA 5F14A 4WMGA 3SB7A 1GB9A 2MECA 1ZURA 3HUKA 3W6DA 1G0GA 1WVUA 1IC4Y 5FCPA 2B73A 4DWXA 1CV5A 215LA 128LA 4DQ5A 5KXYA 1G7MC 1AT5A 1EL1A 3GUJA 1GF6A 2QARC 4N5RA 4ZIXA 4DJHA 4WL6A 2F4GA 1NBYC 153LA 1QTHA 3FI7A 1HF4A 1OVHA 1LI2A 5LVGA 2YSSC 2G4NA 4Z3MA 1NQIA 103LA 1QSQA 1GFGA 1LZAA 1DYDA 2Q9EA 1JEFA 2BQLA 2PC2A 2OE4X 1HELA 3F9LA 3ATNA 3EXDA 4W54A 4YEOA 4IAPA 1LTMA 1L95A 1C6BA 4XJGA 1HC0A 1LYZA 1L26A 1QT7A 2NTHA 3TMWA 2AUBA 1BB4A 1GFTA 1GF9A 3P65A 1B7NA 5KXZA 2ZIKA 1JSFA 1LSEA 1OUGA 1OQMA 1SX7A 3CT5A 1HMKA 1LJKA 1UACY 3WU9A 4I8SA 1KIQC 3DNAA 2RBPA 1C6AA 1IOTA 4NGIA 4M4OA 1XEJA 1IWVA 1D3JA 4QDNA 223LA 4DAJA 2I6ZA 1CVKA 1JKCA 1QTVA 4CGEA 1QIOA 3TXDA 1LJIA 4H92A 3WXUA 3B0IA 1GXV2 3DN0A 2LYMA 2HUKA 1E8LA 3WYHA 1RFPA 2I26L 3SN6R 3W6EA 163LA 3GUOA 1GAYA 149LA 172LA 1IIZA 4ETDA 4DD3A 3WUNA 1QUTA 2D6BA 3V2WA 1IY3A 3HDFA 1LYSA 1REXA 3HDEA 150LA 1XGTC 4DQ7A 3AZ4A 2I25L 1GDXA 1GBYA 3A94A 1C6TA 1JUGA 1LPIA 159LA 4MSTA 5KXOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PHI A;  1LSP A;  2LZT A;  3SP3 A;  1IVM A;  1GFK A;  4H8Z A;  1GB8 A;  5DL9 A;  2MEI A;  2Z38 A;  1TDY A;  2CDS A;  1CJ8 A;  1LZ6 A;  2H5Z A;  4LFP A;  5B06 A;  4BAF A;  4OOT A;  5M1Y A;  2MEF A;  1WQN A;  1HEW A;  5K7O A;  1KIR C;  3AW6 A;  5KXS A;  1B7L A;  1YIK A;  1LZ4 A;  4HV1 A;  2LYO A;  4AGA A;  1NMM A;  1F6S A;  3GXR A;  5LAF A;  3WU7 A;  5LIN A;  1D0K A;  5HMV A;  1RE2 A;  2EQL A;  5F14 A;  4WM3 A;  2BQC A;  1CJ6 A;  5LA8 A;  1LMC A;  3WUL A;  1CKD A;  2RSC A;  1XEK A;  2CGI A;  4WMG A;  2W1M A;  3AW7 A;  2LYZ A;  1F0W A;  1JJ3 A;  4XJH A;  1GB9 A;  1HNL A;  2MEC A;  1LSB A;  2GV0 A;  1REZ A;  4NGK A;  3W6D A;  1WVU A;  1IC4 Y;  5FCP A;  4DWX A;  1UCO A;  1QSW A;  3WL2 A;  4C3W A;  1GB6 A;  1IY4 A;  1MLC E;  3AGG G;  5KXT A;  1GFA A;  1G7M C;  5KXY A;  1IEE A;  1F10 A;  1LZE A;  1AT5 A;  1DZB X;  1EL1 A;  1LMA A;  4WL7 A;  1GF6 A;  5B59 A;  4N5R A;  4B0D A;  5LVJ A;  5A3Z A;  4ZIX A;  1D0M A;  4WL6 A;  3ZEK A;  2F4G A;  1NBY C;  4H91 A;  153L A;  2ZYP A;  1HFZ A;  1GFV A;  3FI7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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