1LKRA

Monoclinic hen egg white lysozyme iodide
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lkrA00
4TSBA 5J7CA 2MECA 4LT2A 4LT3A 3HFMY 1YANA 4GN4A 5EBHA 2YBNA 1LHMA 1LZ8A 2D4KA 1QTEA 1IOCA 2LYOA 4B49A 3J6KA 4P2EA 4WL6A 1UA6Y 3TMVA 3B0IA 1AM7A 1RJCB 2ZQ4A 2DQAA 1NKHA 1QUTA 2BAAA 3ULRA 1GFAA 1IR9A 1LZ6A 1SQ2L 1NHEA 2N5ZA 1OUJA 4B1AA 1LSYA 2DBTA 4OOOA 3WU7A 4J0LA 1JEFA 5I5QA 1GFVA 4B4EA 1WVVA 4XJBA 4DT3A 2MEIA 1JKCA 1B5YA 1HEQA 2C8PA 3A96A 3CB7A 3HBDA 4ETAA 1CJ9A 1GEZA 3ATOA 1JSFA 1IWXA 1O23A 1LSDA 2CDSA 3A67Y 5IELA 1IWZA 3FE0A 1OUGA 1BHZA 5FHWA 3SP3A 1LZ9A 1TCYA 1UIDA 2BQEA 1YQVY 2MEAA 1F6RA 1T6VL 3FI7A 4N1CC 4NSJA 5F81A 5B59A 5KXTA 3RZ4A 2WARA 1UIBA 2YBHA 1GF0A 2A7DA 1C46A 2LYMA 2BQKA 1OUAA 4NSHA 1YL1X 1IP5A 1B7SA 1YKXX 4TSCA 1GBXA 1LZ4A 4O34A 1RE2A 5LVKA 1XEKA 4RLNA 2MEDA 5HLLA 1NWGA 3D9AC 3N9EA 1AT6A 1HFZA 1IP2A 2F4GA 2H9KA 2BQBA 2Q0MX 3A8ZA 1ALCA 4M6DA 1LSGA 4DDCA 1HC0A 1ZVYB 4NHSA 4WLXA 5KXRA 5B1GA 1GB8A 1IP1A 3WUMA 5A3ZA 5KXXA 4WM3A 4BAPA 4DC4A 1LTMA 1LHLA 133LA 3A92A 1C08C 1UIEA 3RNXA 1PS5A 4H9HA 1YIKA 4H94A 5F16A 1AZFA 2XBRA 1ZV5L 3W6FA 135LA 4DDBA 1LZ5A 1ZVHL 1G7IC 2D91A 3AZ4A 3T6UA 1WQQA 1GB7A 4I8SA 2ZWBA 5I4YA 4NGJA 4H8XA 1QDRA 1SLYA 1BB5A 3EMSA 3LZ2A 1FLYA 1RCMA 1IO5A 3IJUA 2BQOA 1CKHA 2CGIA 4LZTA 4OWEA 2IHLA 3WW6A 1VDPA 4CJ2A 4NHQA 5M1YA 2I6ZA 4XJIA 4E3UA 1V7SA 1WQPA 1D0KA 2EIZC 2W1MA 4HTKA 1N4FA 1D9UA 1TAYA 1GAYA 1GFJA 2DQJY 5HNCA 1KIPC 1IWWA 1B7QA 1GE0A 1NBYC 4NY5A 1DI5A 2HU3A 4HJYA 4NHTA 4WM6A 1BQLY 2FYDA 2X0AA 1OUHA 1YKZX 3N9CA 4N0JA 208LA 3AZ6A 1DI4A 1UIFA 1FLWA 1DPXA 4J7VA 4GCFA 1JKAA 3AW7A 2MEGA 4XENA 1HFYA 4WM1A 3WPLA 1GXXA 1IX0A 5LAFA 1T3PA 4QY9A 1REXA 4XADA 1WQMA 2EPEA 3CSRA 1LHIA 1NBZC 4XJFA 5I4XA 5LVHA 1G7MC 3ZVQB 2Z2FA 3WYHA 1TBYA 1NDMC 1LSCA 3WVXA 4GCBA 1B5XA 4HPEA 4QEQA 3AGGG 4LYCA 3G3AB 4H92A 2NWDX 1UIHA 2ZYCA 1OUCA 1NDGC 4G4BA 4H91A 1F0WA 1LJFA 1A2YC 3RU5A 1A4VA 1LZTA 1XEJA 4NWEA 4WG7A 1LMNA 3WH1A 3B0OA 2BQJA 2Z12A 4H9AA 4ET9A 1UIAA 3WUNA 1OP9B 2Z19A 2DQDY 2YBJA 3K3TA 1VEDA 1IOTA 2ZIJA 1HFXA 4W94A 5B07A 1BWJA 1LJKA 2YBIA 1GFRA 3RW8A 5FSTA 4CFPA 1GF3A 5DN4A 3W6EA 3LYMA 1IORA 1B7LA 5DM9A 4WOAA 1LHJA 3BKHA 1G7LC 4XN6A 4WLYA 132LA 1CKFA 3AGHA 3W6AA 4QGZA 1DKKA 2Z18A 4KPMA 134LA 3IWRA 1IWTA 4NFVA 1UUZC 1MLCE 2Z39A 4FJRA 3W6DA 4H8YA 5F14A 4HV1A 1XGUC 1WVUA 4HTNA 4NHIA 3F6ZA 1UIGA 5E4PA 4ETCA 2DQEY 2RSCA 4G9SA 4H8ZA 4H9EA 3E3DA 1VDTA 2ZILA 1GF5A 4EOFA 4GCDA 2H9JA 4KXIA 1LMAA 5B05A 1WQNA 3TXFA 1CKGA 5HQ1A 1JKBA 1GB0A 1I56A 5L3HA 1LAAA 1C43A 1XFPL 4YM8A 3AB6A 2BQDA 2BQFA 1YROA 1D6PA 2Y8PA 3WU9A 1IOSA 4ETBA 1Z55A 4LFXA 4Z41A 1GE1A 5KKJA 4LFPA 5I53A 4DD7A 3B72A 1JJ3A 4W96A 1NMMA 4HV2A 1FLQA 3D3DA 4YOPA 5T3FA 1GDWA 5LVIA 1RI8B 1BB6A 5DN5A 5KXSA 5A3EA 4HSFA 4LYMA 1JTPL 5KXKA 1GBSA 1B7PA 1OUEA 3T36A 1LMPA 1GAZA 3W3EA 4HP0A 5KXYA 3P4ZA 4WO6A 5LYTA 5KKIA 1FN5A 1LZCA 1LZEA 5LA8A 4LT0A 5LXWA 4IJ4A 5L3IA 1QUSA 4ANRA 1IWVA 3KAMA 4A7DA 3QY4A 1XEIA 3CQLA 1LMCA 1LZBA 1OQMA 1XGQC 3W6CA 1F10A 1QQYA 1HEPA 1IWYA 4LYBA 2FBDA 194LA 2HEDA 4II8A 1B2KA 1GB5A 2LZ2A 2D4IA 3ATNA 4CGEA 3P64A 5HMVA 1EQ4A 4GLAA 4X3BA 4D9ZA 2HEEA 2DQIY 3A6BY 1YAOA 1C10A 3WUAA 153LA 5AMYA 3TXBA 5LVJA 1B5UA 1CKCA 3WU8A 3TMXA 3LZTA 1GBYA 2ZNXY 4HTQA 4DD2A 1OUBA 4PPOA 1GFHA 4H9IA 1LZ1A 1WQRA 2DQCY 1FLUA 3CSQA 3A94A 5KXWA 1P2CC 1HNLA 1AT5A 1HMLA 2F4AA 3LN2A 2AUBA 1REYA 7LYZA 1D6QA 1HENA 1GF8A 1LYZA 1EQ5A 2W1XA 4XJDA 1OUIA 1IC5Y 1GBZA 4BAFA 1J1XY 2XJWA 1GD6A 1LSEA 1FDLY 3AGIA 4H9CA 3ZEKA 1HSXA 4PRUA 1KIRC 207LA 1QTKA 1XSFA 1JHLA 4DD0A 1IY4A 5KXLA 4B0DA 3WPJA 4DYGA 4YEOA 1H6MA 1JISA 2HECA 3TMUA 1YKYX 1H87A 1GB3A 1GE4A 4WM2A 1YAPA 1B7OA 1LSPA 4RDSA 4GN3A 5D5CA 4ZIXA 4NGOA 4TTDA 1TEWA 1WTNA 5HNLA 5APCA 4CFOA 1HEMA 1KXWA 2C8OA 1LSFA 4ZFPA 4N9RA 1FKVA 1HSWA 1JTOL 1LZGA 2G4QA 3QNGA 1JJ0A 1LJ3A 3B6LA 3TXKA 5JENB 2Z37A 2HEAA 3LYZA 4RW2A 3TMWA 1KXYA 3A3RX 2VB1A 3TXIA 3M3UA 4ML7A 1NQIA 1BVKC 4XYYA 5D5FA 2YVBA 2BQMA 2MEFA 5DL9A 3A6CY 4IASA 5I54A 1LYOA 4AXTA 1XGRC 4XJGA 3OK0A 4WO9A 5F9XA 3WULA 1EQEA 5II3A 1LZAA 1DI3A 2CJLA 1LKRA 1HEOA 4UWUA 8LYZA 1LYYA 1C45A 4ETEA 1LSAA 1YAMA 1UBZA 3EO5A 3IJVA 3M18B 5LYZA 4G49A 2YDGA 4BADA 3A34A 1UC0A 3GXRA 4QDNA 3A95A 1DKJA 2G4NA 3HBEX 4MR1A 2XTHA 2DQFC 4M4OA 2B5ZA 1BWHA 1LHKA 3WL2A 1D0LA 2CWIA 4NGYA 1GB6A 1LJ4A 3WW5A 1LYSA 1LMQA 4WLTA 3RT5X 2ZIKA 1IC4Y 4PRQA 3LYOA 1G7HC 5KXOA 1RFPA 1JIYA 5C6LA 4DD9A 1GFUA 4R0FA 4HJZA 4NGKA 1VATA 1GFKA 1LJGA 1LZDA 4LYZA 1E8LA 2EQLA 2YSSC 2MEBA 2BQLA 4FDYA 4DD1A 1JTTL 4Z46A 1HMKA 1B7MA 5APFA 1JKDA 4UWVA 3TXJA 1GE3A 1LJHA 4H90A 2MEHA 3CSZA 4Z98A 1I1ZA 1BB4A 1GXV2 4OWCA 5FELA 4BS7A 2GV0A 4NWHA 1REMA 2LZTA 3CT5A 4TX7A 4GCEA 4B4IA 1HEWA 1VDQA 3AYQA 1IP7A 5APDA 1LMTA 4H1PA 2BLXA 1IIZA 1GB9A 2W1YA 4ET8A 1KIQC 1DXJA 1IC7Y 3TXGA 1XGPC 1LJEA 1XGTC 3AZ5A 5B06A 1LJNA 1CJ8A 2IFFY 1IP6A 1QSWA 1WTMA 1DPWA 5LIOA 5L9JA 1LSZA 4NSIA 3WPKA 1PZYA 1YAQA 1LZRA 3WXUA 4DD3A 3MGWA 3P66A 4LGKA 4PHIA 4PJ2C 1B5VA 6LYZA 1YILA 5KXZA 1IR8A 3ZVQA 2BPUA 3QE8A 154LA 5LVGA 4HPIA 1YL0X 1GEVA 4GN5C 4RW1A 3LHMA 1ZMYL 5K7OA 1IEEA 2FBBA 2XBSA 5KXMA 4DWXA 1HERA 4I0CA 1BVXA 2F2NA 3G3BB 4TUNA 5KJ9A 4RLMA 1B5WA 1GBOA 5KY1A 5LA5A 4NGWA 4UWNA 5F9UA 2HU1A 1GF7A 4GCCA 4NGIA 4NIJA 4ZEEA 1JJ1A 1FBIX 2HEBA 2HUBA 3AJNA 4LYTA 4NGLA 1IVMA 4EMNA 1LHHA 5DLAA 4NGZA 2BQNA 1CKDA 1J1PY 4B4JA 4N5RA 4OOTA 5KXNA 4PGJB 4NG8A 5IDDA 1IR7A 1B9OA 3AW6A 1IP4A 4MSTA 4WM4A 4WLDA 1GDXA 3J4GA 2F30A 3LYTA 4L41A 4OWAA 1C7PA 3W6BA 5ILFA 1W6ZA 2BQIA 1QDTA 1IY3A 4LT1A 1CNSA 4MCKA 3CT1A 1LZNA 3A90A 1VDSA 2BQGA 4OWHA 1B0DA 4NGVA 1JUGA 5LAGA 1GHLA 3EBAB 1J1OY 3HBHA 6LYTA 193LA 1REZA 5IHGA 4NG1A 4H9FA 3TXEA 5LINA 1LKSA 3B0KA 5C6IA 2Z38A 4Z3MA 1AKIA 2A7FA 4NSGA 1D0MA 4G4CA 4NHPA 4C3WA 4G4HA 1TDYA 1VFBC 1B5ZA 2BQHA 1KXXA 5ILCA 1QIOA 1GBWA 4N8ZA 2LHMA 1UCOA 2I26L 1JSEA 1JPOA 4ETDA 3OJPA 5HMJA 2D6BA 1GE2A 1DQJC 1MELL 1OUFA 1JITA 3P65A 4TWSA 4WMGA 3WVYA 2DKVA 1BGIA 3WXTA 1OUDA 2ZQ3A 4KL7A 1CJ7A 3EXDA 2MEEA 3A91A 2LYZA 4H93A 5FEKA 4KT3A 1HF4A 1JWRA 1GFTA 3TXDA 1IP3A 2HEFA 5FDJA 5APEA 1GWDA 5KXPA 3A93A 2Z2EA 5LYMA 4XJHA 1GF6A 4R6CA 4WG1A 4DDAA 1UICA 3GXKA 1LSBA 3AZ7A 4IATA 1GFEA 1I20A 3WMKA 2D4JA 4NEBA 1LSNA 1B7NA 4GLVA 1BWIA 4WL7A 1QSAA 4AGAA 1HHLA 2PC2A 9LYZA 2DQGY 4U3XB 4OW1A 4H9BA 1IWUA 1CJ6A 2I25L 2FYCA 3P68A 1G7JC 1LCNA 4WM5A 1LZSA 1FKQA 1UACY 4YF2A 1INUA 1V7TA 2BQCA 1GF9A 3TXHA 2YBMA 2EKSC 2ZNWY 3CT0A 1LJIA 4J1AA 3VWOA 2ZYPA 1B7RA 1F6SA 4YEMA 1VAUA 1NF5A 5B1FA 2BLYA 5FCPA 5I4WA 1GFGA 3A3QA 4C5FA 5C6JA 5E9RA 1HELA 4HJVA 2HTXA 4YENA 3BKVA 4CHXA 4N1EI 4OWBA 1BB3A 1GB2A 3N9AA 2BQAA 1GF4A 1LMOA 1DZBX 1LSMA 2DQHY 2H5ZA 1WQOA 1EL1A 2G4PA 4LYOA 2YBLA 1LJJA 1LOZA 4J1BA 1LPIA 1GPQC 1W08A 1LZYA 1IOQA 1BB7A 2W1LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSBA 3HFMY 1DYAA 1L06A 1LHMA 2YBNA 1QTEA 1L86A 3J6KA 4P2EA 3C81A 1AM7A 4W57A 1NKHA 2BAAA 3ULRA 4ARMA 173LA 2N5ZA 4B1AA 206LA 1CU3A 5I5QA 4XJBA 2RH1A 3A67Y 5IELA 168LA 1YQVY 5KXTA 2L78A 2WARA 2YBHA 1GF0A 2A7DA 2BQKA 2RBSA 3OE9A 103LA 1YKXX 4TSCA 1QUHA 4O34A 1L28A 3D9AC 1AT6A 139LA 2F4GA 2BQBA 3A8ZA 4M6DA 1P64A 1LSGA 1L52A 1GB8A 4W52A 3WUMA 1L05A 1LTMA 1LHLA 1SWZA 3A92A 1UIEA 237LA 3W6FA 3HH3A 1D2WA 2D91A 1GB7A 1SLYA 1CUQA 1BB5A 1L72A 1ZWNA 2OE9X 1RCMA 3IJUA 2BQOA 4OWEA 4E3UA 2EIZC 2W1MA 1D9UA 1GFJA 2DQJY 1KIPC 4NY5A 201LA 4NHTA 1L50A 208LA 1L38A 1FLWA 197LA 233LA 1T97A 1GXXA 1T3PA 5LXWA 4XADA 4XJFA 3SB5A 4EJ4A 3ZVQB 1L15A 1LSCA 3PDSA 4ARJA 1B5XA 1G0KA 1UIHA 1L73A 1G0LA 4NWEA 3WH1A 1L94A 3K3TA 2YBJA 2ZIJA 2YBIA 2O7AA 5FSTA 3HU8A 4W58A 5DN4A 1IORA 5DM9A 4PK0A 1C6AA 3W6AA 1DKKA 3RUNA 1IWTA 1L59A 1L39A 4FJRA 4HV1A 1XGUC 1WVUA 5E4PA 1L03A 259LA 3E3DA 1VDTA 1G06A 4GCDA 2H9JA 1WQNA 4YM8A 3AB6A 209LA 4LFXA 4DD7A 1L82A 3SB7A 1L00A 4EPIA 5DN5A 5KXSA 1GBSA 1B7PA 1OUEA 1DYFA 1L19A 3W3EA 252LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TSB A;  5J7C A;  2MEC A;  4LT2 A;  4LT3 A;  3HFM Y;  1YAN A;  4GN4 A;  5EBH A;  2YBN A;  1LHM A;  1LZ8 A;  2D4K A;  1QTE A;  1IOC A;  2LYO A;  4B49 A;  3J6K A;  4P2E A;  4WL6 A;  1UA6 Y;  3TMV A;  3B0I A;  1AM7 A;  1RJC B;  2ZQ4 A;  2DQA A;  1NKH A;  1QUT A;  2BAA A;  3ULR A;  1GFA A;  1IR9 A;  1LZ6 A;  1SQ2 L;  1NHE A;  2N5Z A;  1OUJ A;  4B1A A;  1LSY A;  2DBT A;  4OOO A;  3WU7 A;  4J0L A;  1JEF A;  5I5Q A;  1GFV A;  4B4E A;  1WVV A;  4XJB A;  4DT3 A;  2MEI A;  1JKC A;  1B5Y A;  1HEQ A;  2C8P A;  3A96 A;  3CB7 A;  3HBD A;  4ETA A;  1CJ9 A;  1GEZ A;  3ATO A;  1JSF A;  1IWX A;  1O23 A;  1LSD A;  2CDS A;  3A67 Y;  5IEL A;  1IWZ A;  3FE0 A;  1OUG A;  1BHZ A;  5FHW A;  3SP3 A;  1LZ9 A;  1TCY A;  1UID A;  2BQE A;  1YQV Y;  2MEA A;  1F6R A;  1T6V L;  3FI7 A;  4N1C C;  4NSJ A;  5F81 A;  5B59 A;  5KXT A;  3RZ4 A;  2WAR A;  1UIB A;  2YBH A;  1GF0 A;  2A7D A;  1C46 A;  2LYM A;  2BQK A;  1OUA A;  4NSH A;  1YL1 X;  1IP5 A;  1B7S A;  1YKX X;  4TSC A;  1GBX A;  1LZ4 A;  4O34 A;  1RE2 A;  5LVK A;  1XEK A; 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 1GBW A;  4N8Z A;  2LHM A;  1UCO A;  2I26 L;  1JSE A;  1JPO A;  4ETD A;  3OJP A;  5HMJ A;  2D6B A;  1GE2 A;  1DQJ C;  1MEL L;  1OUF A;  1JIT A;  3P65 A;  4TWS A;  4WMG A;  3WVY A;  2DKV A;  1BGI A;  3WXT A;  1OUD A;  2ZQ3 A;  4KL7 A;  1CJ7 A;  3EXD A;  2MEE A;  3A91 A;  2LYZ A;  4H93 A;  5FEK A;  4KT3 A;  1HF4 A;  1JWR A;  1GFT A;  3TXD A;  1IP3 A;  2HEF A;  5FDJ A;  5APE A;  1GWD A;  5KXP A;  3A93 A;  2Z2E A;  5LYM A;  4XJH A;  1GF6 A;  4R6C A;  4WG1 A;  4DDA A;  1UIC A;  3GXK A;  1LSB A;  3AZ7 A;  4IAT A;  1GFE A;  1I20 A;  3WMK A;  2D4J A;  4NEB A;  1LSN A;  1B7N A;  4GLV A;  1BWI A;  4WL7 A;  1QSA A;  4AGA A;  1HHL A;  2PC2 A;  9LYZ A;  2DQG Y;  4U3X B;  4OW1 A;  4H9B A;  1IWU A;  1CJ6 A;  2I25 L;  2FYC A;  3P68 A;  1G7J C;  1LCN A;  4WM5 A;  1LZS A;  1FKQ A;  1UAC Y;  4YF2 A;  1INU A;  1V7T A;  2BQC A;  1GF9 A;  3TXH A;  2YBM A;  2EKS C;  2ZNW Y;  3CT0 A;  1LJI A;  4J1A A;  3VWO A;  2ZYP A;  1B7R A;  1F6S A;  4YEM A;  1VAU A;  1NF5 A;  5B1F A;  2BLY A;  5FCP A;  5I4W A;  1GFG A;  3A3Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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