1LLHA

Are carboxy terminii of helices coded by the local sequence or by tertiary structure contacts
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGIWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A test of proposed rules for helix capping: Implications for protein design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1llhA00
5I14A 1L44A 4AQNA 156LA 2OU8A 1CV0A 5LZMA 1C6GA 1P64A 1C68A 244LA 1L33A 1C6JA 1OV7A 3OE9A 1QT4A 2B6ZA 2RBOA 4I7OA 1L53A 1P6YA 1L96A 4GRVA 1P37A 2OE4X 1OWYA 173LA 3C8SA 1L24A 1L64A 188LA 2OEAX 4W54A 1CV1A 165LA 1LYHA 1L14A 1L47A 183LA 1G07A 1L41A 1CU6A 1L83A 1QSBA 227LA 1K28A 209LA 261LA 3FADA 1P3NA 4LDLA 1L81A 1L93A 1L04A 4EPFA 161LA 176LA 4ARMA 4K5YA 3GUOA 1DYBA 1C6BA 233LA 4ARMB 4ARJA 1L87A 1L50A 1L35A 3C80A 2RBSA 3DN1A 3DN2A 1L71A 3DN6A 1L94A 1LW9A 3HDEA 1XJTA 149LA 1L55A 1C6CA 1L84A 2O7AA 1L88A 4W55A 2OU0X 1G1WA 157LA 1LYGA 1G06A 1L57A 4DJHA 1C6TA 211LA 4ARLA 182LA 4GBRB 3GUPA 158LA 4I7LA 143LA 1L49A 3SBAA 1CVKA 1L89A 1ZYTA 248LA 1L73A 1G0KA 4EKPA 174LA 1D3JA 1L63A 4ARPA 1C66A 3L2XA 1SWZA 1L0JA 1C6KA 1LI6A 198LA 1L45A 1P46A 1QT5A 1DYEA 1CX6A 3CDTA 159LA 1OYUA 3CDOA 3HTFA 1LYIA 3K2RA 1CU5A 206LA 147LA 1QT3A 3DMVA 189LA 137LA 177LA 1LYJA 262LA 1C61A 3OE6A 1C6QA 1L69A 4ARQA 1L25A 250LA 2RBNA 4I7SA 185LA 245LA 1L07A 1L08A 1QUGA 1L30A 1G1VA 1L91A 3HH4A 126LA 4W57A 3F8VA 3HTBA 1EPYA 3DKEX 3OE0A 1G0JA 1OVJA 3PDSA 1P36A 3HDFA 1C63A 181LA 1QS5A 103LA 2O4WA 1L17A 171LA 120LA 252LA 195LA 2Z6BA 2Q9EA 129LA 3CDVA 128LA 4ZPUA 2A4TA 1WTHA 4YXAC 112LA 3C81A 1L67A 3V2WA 1CUPA 1L37A 2RAZX 2ANXA 4DKLA 1KY0A 1L98A 2NTHA 178LA 180LA 4S0WA 3ODUA 1QT7A 1T6HA 1KW5A 1L00A 3QAKA 260LA 2F32A 1SX7A 226LA 1SX2A 1L15A 1C60A 3GUMA 1L65A 1L27A 152LA 3SB8A 3SBBC 1XEPA 3GUKA 1C62A 1L12A 1T97A 1L74A 1L99A 3CDRA 2B70A 3FA0A 197LA 1L02A 1PQKA 1L72A 3RUNA 229LA 1CTWA 3F9LA 155LA 232LA 1LYDA 1P7SA 1C65A 228LA 2B75A 1DYAA 1L38A 3HUQA 138LA 3FI5A 191LA 243LA 3NY8A 1C6MA 3L64A 1QTZA 2RB2X 3JR6A 1C6IA 164LA 1KS3A 1L52A 1LLHA 172LA 107LA 1L46A 1P2LA 4W56A 257LA 4EKSA 190LA 3HTGA 1L61A 1OV5A 4YXCA 2RB0X 1DYFA 2HULA 3G3VA 235LA 3HH6A 1LYEA 2LZMA 216LA 1C6AA 1L80A 109LA 1P5CA 1L01A 1C6LA 1C67A 192LA 141LA 1L66A 2O79A 1D9WA 144LA 1L20A 1L19A 1CU0A 1L59A 1QT6A 1TLAA 130LA 246LA 104LA 1T8GA 212LA 2F2QA 1PQDA 4W58A 1SSYA 3HH3A 2OE9X 3DN3A 127LA 1L0KA 139LA 247LA 1L29A 225LA 4EPIA 1L21A 1LWKA 1L34A 3HUKA 108LA 1L22A 1L13A 2OTYX 1G0MA 223LA 230LA 234LA 1L56A 4I7PA 4I7NA 1C6NA 1L40A 249LA 3HU8A 1ZURA 2RBRA 4ARQB 1QUHA 4LZMA 3GULA 231LA 2QARC 3GUIA 3HU9A 151LA 3HUAA 4W53A 1QUDA 3C7WA 3LZMA 4LDOA 1LGWA 3HWLA 1SWYA 1D2YA 4I7RA 1G0QA 186LA 4I7JA 3DN0A 162LA 1LPYA 3D4SA 1L85A 1QTDA 4EXMA 1QSQA 3C7YA 3DMXA 3C8QA 119LA 4I7QA 2B6WA 3DNAA 1L43A 3HT7A 1OVKA 1CV3A 1T8AA 2B6YA 3NY9A 3DN4A 1L09A 1L62A 256LA 213LA 1G0PA 239LA 4IAPA 3GUNA 184LA 2OE7X 3EMLA 1L32A 2RAYX 3SB9A 1L16A 1QTVA 1G0GA 140LA 1D3MA 122LA 3HTDA 4W51A 123LA 1L10A 3C8RA 1CV4A 1QT8A 3SN6R 2B6XA 1SSWA 1JTNA 6LZMA 142LA 1C6FA 1L05A 1QTHA 1L03A 1C64A 4LDEA 115LA 1C6HA 1C69A 254LA 3C7ZA 1L76A 3VW7A 3SB7A 1CU3A 2CUUA 2RB1X 4OO9A 2HUMA 1KW7A 199LA 3NYAA 4I7KA 218LA 238LA 2IGCA 3G3WA 240LA 1L97A 1L11A 3HH5A 118LA 1OWZA 1C6DA 102LA 1L48A 1D3FA 1T8FA 150LA 2B73A 167LA 1LGUA 214LA 2OTZX 1DYGA 1C6EA 1DYDA 2B7XA 259LA 163LA 251LA 201LA 1L51A 4W52A 1D2WA 2RBQA 2F47A 1L70A 113LA 1L68A 110LA 241LA 4PK0A 3V2YA 2ANVA 3UONA 1P56A 1JTMA 224LA 1PQIA 1LWGA 1D3NA 1LGXA 146LA 1LI2A 166LA 3G3XA 1DYCA 3SB6A 1CU2A 1L75A 2LCBA 1L28A 217LA 4I7TA 1CV5A 2QB0B 2B72A 196LA 1L77A 253LA 1CV6A 1KY1A 168LA 3CDQA 3HT8A 4W59A 1L82A 114LA 169LA 1P2RA 1QS9A 4PJZA 1XJUA 2Q9DA 4I7MA 1L31A 1B6IA 4EKQA 237LA 215LA 1L79A 236LA 145LA 7LZMA 2HUKA 1G0LA 1QUOA 200LA 255LA 4EKRA 4YX7C 258LA 3SB5A 3OE8A 1L39A 187LA 160LA 148LE 1L23A 4DAJA 1L58A 1PQOA 1CUQA 210LA 3HT9A 1LYFA 1PQMA 3DN8A 125LA 1L26A 3GUJA 1L18A 1NHBA 1L54A 205LA 1I6SA 1L86A 1PQJA 1L42A 1L06A 1L90A 1L95A 219LA 4EJ4A 2LC9A 1CX7A 3HT6A 2L78A 175LA 1L92A 1LI3A 1QTBA 220LA 2NTGA 222LA 3C82A 1ZWNA 4E97A 1L36A 3C83A 170LA 3PBLA 242LA 111LA 1JQUA 1QTCA 2OU9A 2B6TA 1L60A 2RBPA 1KNIA 1C6PA 2B74A 1OVHA 3DMZA 2RH1A 221LA 131LA 3RZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A7DA 1FKQA 1IWXA 1CV0A 2HEDA 5KY1A 1C68A 4NGLA 5KXMA 3W6BA 1WQQA 4XJIA 1L53A 4LYMA 134LA 1DZBX 1L96A 4LT3A 1GD6A 1P37A 4N8ZA 3C8SA 4NY5A 3AGIA 1L24A 2Y8PA 188LA 165LA 1L14A 1L41A 1LJIA 1P3NA 1L81A 3A6CY 3QE8A 4EPFA 1CJ6A 1DYBA 5FSTA 4WL7A 1RJCB 2CGIA 3TXEA 4YOPA 5KXYA 4N0JA 1DPWA 1FLQA 1KXXA 1QTKA 3DN6A 5KXWA 1LSDA 3HDEA 3WUAA 1C6CA 5I54A 1TAYA 2ZQ4A 3A3QA 4AXTA 1B5XA 1G06A 3T36A 5LVJA 1C6TA 2A7FA 1HEMA 3GUPA 3AGHA 1QIOA 5F81A 2AUBA 1CKDA 3TMWA 4ML7A 5C6JA 174LA 1D3JA 1L63A 3WULA 4NEBA 3AYQA 1IWWA 1LZ8A 198LA 1L45A 1QT5A 5L3IA 1GWDA 1OYUA 1LJ4A 1YKZX 1LYIA 3K2RA 3DMVA 1GXV2 1UIFA 1G7IC 3OE6A 1LSGA 3LZTA 1C6QA 1L69A 1MELL 4ARQA 250LA 1IP1A 5EBHA 185LA 2LHMA 1CJ9A 4E3UA 1QUGA 4CJ2A 3LHMA 1Z55A 4Z3MA 2A7DA 1G0JA 1OVJA 3HDFA 103LA 1L17A 1UIHA 195LA 4UWNA 3N9EA 2A4TA 1QSWA 1CUPA 1L37A 1GDWA 4NSJA 3WU8A 2Z2FA 1LMCA 178LA 2DQIY 2W1LA 1LAAA 1L15A 3GUKA 1HNLA 1T97A 1L74A 4EMNA 1A2YC 2YBMA 1IWZA 3TMVA 1ZVHL 2DQGY 4R6CA 1CJ8A 2Q0MX 1IC5Y 3AGGG 1GEZA 1NKHA 232LA 1F6SA 1P7SA 1GBYA 191LA 1UIGA 1B5UA 4N9RA 1JSFA 1LLHA 172LA 2YBHA 2HEEA 5F9UA 1GBOA 1HERA 1LMTA 1DYFA 3WXTA 1C6AA 1GBZA 109LA 1QT6A 1J1OY 1CU0A 1L59A 1L19A 1TLAA 104LA 1LZRA 1F10A 1GBWA 212LA 1GHLA 2F2QA 1PQDA 1IP3A 1LZCA 4B4JA 1L29A 1L34A 1L22A 5FELA 2I25L 1GE1A 1RCMA 223LA 3A96A 4YM8A 4I7NA 4NSIA 1L40A 1IVMA 249LA 3HU8A 1INUA 1D0MA 1NF5A 1LZ5A 3GULA 2XJWA 2QARC 3GUIA 4DQ7A 151LA 3HUAA 3G3BB 3C7WA 5HNLA 3LZMA 1LJFA 4NHPA 1CKCA 4LZTA 1SWYA 4I0CA 3GXRA 3DN0A 3D4SA 2X0AA 1L85A 1FLUA 2B6WA 1CV3A 4DD9A 2H9KA 1YKYX 3DN4A 1L09A 256LA 213LA 4IAPA 1B7QA 3GUNA 2OE7X 2FYCA 1L32A 3SB9A 1QTVA 140LA 122LA 1WQRA 1QT8A 6LZMA 1JEFA 5I4YA 4B49A 3AW7A 4QGZA 1YQVY 1UICA 254LA 3C7ZA 1HMKA 1GE2A 2CUUA 4BADA 7LYZA 2HUMA 5E4PA 4HJYA 1VDQA 238LA 4WM5A 2CWIA 1OWZA 1LZTA 1T8FA 4OOOA 167LA 1C6EA 1DYDA 2HEFA 259LA 5C6LA 3B72A 1D2WA 1C46A 2D6BA 5KKJA 3CSRA 1BWJA 2WARA 3V2YA 1IOTA 4CFOA 2DQAA 224LA 5APEA 1D3NA 4NHQA 4WOAA 1WTMA 1DYCA 1OUDA 4OOTA 1HMLA 4WO9A 1L75A 2LCBA 3D9AC 2DQHY 2QB0B 3HT8A 168LA 3CDQA 1XGTC 1LHJA 169LA 1LSZA 4OWAA 4OW1A 2BQGA 5LYZA 1OUJA 1QUTA 5ILFA 2MECA 145LA 7LZMA 1HEOA 1GF7A 1GE4A 4OWCA 3OE8A 160LA 1GFAA 4DAJA 1LHIA 3A67Y 1LHLA 1FLWA 3T6UA 210LA 1KIRC 1L26A 2G4QA 4GN3A 1GFJA 2ZILA 1C7PA 1IOSA 219LA 1FN5A 175LA 2NTGA 1QTBA 4NGYA 2YBLA 4O34A 2EPEA 1BB7A 2YBNA 4H90A 1L36A 4LYTA 4NHTA 242LA 1QTCA 1JQUA 4N5RA 1GAYA 1REMA 1LZEA 5IHGA 1HSWA 2F30A 3W6FA 3DMZA 2ZYPA 1NMMA 1L44A 156LA 2D4JA 2MEEA 1UACY 1C6GA 1QTEA 3OE9A 3W3EA 1VFBC 5DLAA 3TXIA 1UA6Y 3WL2A 4I7OA 3A94A 5HMVA 4LT2A 1LYSA 5APFA 173LA 1KIPC 4H8ZA 4DDCA 2MEHA 1OUIA 5E9RA 1LYHA 5M1YA 183LA 1CU6A 1L83A 1OUCA 2YBIA 3FADA 1DPXA 135LA 4LDLA 1L93A 3WUMA 1L04A 5LVGA 5HNCA 1IP2A 1OUBA 1IY4A 1IWUA 1WQMA 1JKBA 1IIZA 5KXRA 2RBSA 1L94A 4KL7A 4W94A 149LA 4H9CA 4GN5C 5LYTA 1L88A 2OU0X 4IJ4A 157LA 3P66A 4DYGA 1BGIA 1L57A 211LA 2Z2EA 182LA 3TXGA 1LMNA 3WH1A 4GBRB 3ZVQA 4GCFA 3SBAA 3WW6A 1WQOA 248LA 1GF4A 4EKPA 2IFFY 4TTDA 1C66A 1QQYA 3LYOA 1LSCA 3AB6A 4LYZA 1LMOA 1JWRA 1LI6A 1CKHA 1P46A 4HV1A 2W1XA 1BQLY 4WG7A 1LSYA 4EOFA 4MSTA 3HTFA 1HFXA 3CSQA 1YILA 1QT3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A7D A;  1FKQ A;  1IWX A;  1CV0 A;  2HED A;  5KY1 A;  1C68 A;  4NGL A;  5KXM A;  3W6B A;  1WQQ A;  4XJI A;  1L53 A;  4LYM A;  134L A;  1DZB X;  1L96 A;  4LT3 A;  1GD6 A;  1P37 A;  4N8Z A;  3C8S A;  4NY5 A;  3AGI A;  1L24 A;  2Y8P A;  188L A;  165L A;  1L14 A;  1L41 A;  1LJI A;  1P3N A;  1L81 A;  3A6C Y;  3QE8 A;  4EPF A;  1CJ6 A;  1DYB A;  5FST A;  4WL7 A;  1RJC B;  2CGI A;  3TXE A;  4YOP A;  5KXY A;  4N0J A;  1DPW A;  1FLQ A;  1KXX A;  1QTK A;  3DN6 A;  5KXW A;  1LSD A;  3HDE A;  3WUA A;  1C6C A;  5I54 A;  1TAY A;  2ZQ4 A;  3A3Q A;  4AXT A;  1B5X A;  1G06 A;  3T36 A;  5LVJ A;  1C6T A;  2A7F A;  1HEM A;  3GUP A;  3AGH A;  1QIO A;  5F81 A;  2AUB A;  1CKD A;  3TMW A;  4ML7 A;  5C6J A;  174L A;  1D3J A;  1L63 A;  3WUL A;  4NEB A;  3AYQ A;  1IWW A;  1LZ8 A;  198L A;  1L45 A;  1QT5 A;  5L3I A;  1GWD A;  1OYU A;  1LJ4 A;  1YKZ X;  1LYI A;  3K2R A;  3DMV A;  1GXV 2;  1UIF A;  1G7I C;  3OE6 A;  1LSG A;  3LZT A;  1C6Q A;  1L69 A;  1MEL L;  4ARQ A;  250L A;  1IP1 A;  5EBH A;  185L A;  2LHM A;  1CJ9 A; 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