1LLHA

Are carboxy terminii of helices coded by the local sequence or by tertiary structure contacts
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGIWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A test of proposed rules for helix capping: Implications for protein design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1llhA00
149LA 4W55A 1L18A 1L40A 233LA 1LPYA 2OEAX 4LDLA 152LA 1L03A 215LA 3GUIA 167LA 1QUHA 1CUQA 225LA 1P37A 1LWGA 4I7NA 4ARLA 1P64A 1QUGA 3CDVA 160LA 1L62A 2NTGA 256LA 251LA 3DN6A 2ANVA 1LW9A 1C6EA 1L69A 196LA 4YXAC 2O79A 2LC9A 3EMLA 3SB9A 1L43A 1L67A 1G07A 1L23A 2NTHA 3SB8A 1DYGA 177LA 180LA 1LI3A 4ARQB 1P46A 3GUMA 186LA 2OTZX 103LA 4I7QA 1TLAA 1G0PA 192LA 1CTWA 258LA 1P5CA 173LA 1L98A 1C6LA 1SWYA 3HH5A 1DYAA 3PBLA 107LA 2ANXA 2B72A 1L11A 1L82A 3HT7A 198LA 1L35A 3SBAA 209LA 1C60A 2B6WA 1LGWA 1C68A 3CDRA 1G0QA 156LA 249LA 3OE6A 3DKEX 1L04A 1L22A 235LA 1P6YA 1QUDA 2HUMA 3HU8A 4ZPUA 2OE4X 2RH1A 3SB6A 206LA 3C8RA 1CUPA 3SB5A 4PK0A 4I7KA 1L06A 3G3XA 1LYGA 4GRVA 1L92A 145LA 2RB0X 2IGCA 4EKRA 3SN6R 214LA 1PQDA 1OWYA 1L89A 1P7SA 248LA 230LA 3C8QA 195LA 1L96A 181LA 1L08A 4I7LA 1L93A 2O7AA 2OE7X 171LA 257LA 1CU3A 1QT5A 3ODUA 237LA 4W54A 2RBPA 3GUNA 1ZURA 1P36A 4OO9A 127LA 1L58A 1L02A 242LA 3C7YA 1SSYA 1PQKA 1G0MA 1L44A 4DKLA 1L74A 2OU9A 3C81A 197LA 176LA 1L15A 1L51A 1QTZA 1L77A 3RUNA 254LA 1P3NA 147LA 1OWZA 228LA 1L36A 236LA 2LZMA 1L88A 1LYEA 240LA 1P2RA 1LYHA 2B6TA 3G3VA 1L76A 1L34A 162LA 1L52A 5LZMA 1XJTA 1DYBA 4LDEA 4LDOA 4EXMA 210LA 3C82A 3DN4A 2HULA 1T8GA 1CV5A 3D4SA 1QTCA 2RBOA 144LA 141LA 1CU5A 1JTMA 2OTYX 5I14A 243LA 239LA 1L30A 3HU9A 1C69A 1CU6A 4EKPA 109LA 4I7PA 1L59A 1LGUA 1QUOA 1D3MA 1ZWNA 1OV7A 3PDSA 4ARQA 1T6HA 1JTNA 221LA 2F47A 1L95A 2HUKA 2A4TA 4I7JA 2Q9DA 1G1VA 1L13A 3OE8A 1OVKA 1L85A 213LA 104LA 4DAJA 4EPIA 155LA 1QS5A 1L05A 244LA 4LZMA 1XEPA 3HUQA 4I7OA 1C6AA 2Q9EA 3GUKA 250LA 137LA 1I6SA 1D3JA 1L63A 129LA 1C62A 1ZYTA 1L0KA 1JQUA 3HUAA 1C6DA 1L16A 1DYCA 1L49A 1PQMA 4ARMB 1CV0A 3C7WA 2RB1X 253LA 1OVJA 4W59A 2F2QA 1LGXA 1PQOA 1T8AA 1L31A 128LA 1L97A 234LA 1L09A 1QTDA 1C6QA 1KW5A 2QARC 1C6JA 1C6NA 2QB0B 175LA 3F9LA 1QS9A 259LA 1D2WA 247LA 1L72A 1NHBA 260LA 1L28A 3L2XA 2RAZX 3DN8A 1QSBA 115LA 148LE 1G06A 1QTBA 1L54A 159LA 1SX7A 212LA 3SBBC 3DMXA 3DMVA 4I7SA 1L01A 1CV3A 1L33A 2OU0X 245LA 1C6PA 3V2YA 1L25A 1QT6A 2L78A 1L26A 1K28A 2B6ZA 3DMZA 1CV4A 241LA 1C6KA 4W56A 200LA 4EJ4A 151LA 231LA 3HTFA 1B6IA 3V2WA 165LA 1L86A 246LA 1CU0A 163LA 2O4WA 183LA 1D9WA 3NY8A 3HT6A 1C6MA 4PJZA 1P56A 2RBNA 190LA 1L32A 4IAPA 4W52A 220LA 2B6XA 1L38A 1PQIA 3OE9A 188LA 1L42A 2B70A 1L45A 3HDEA 3HTDA 3HDFA 131LA 3SB7A 199LA 3L64A 4EPFA 2RBRA 4EKSA 189LA 3HTGA 4E97A 4I7RA 108LA 4W53A 1C66A 1C64A 1G0GA 1SSWA 232LA 4ARPA 1L29A 1LI2A 3JR6A 1G0JA 1L61A 1QTHA 219LA 4YX7C 1KW7A 3DN3A 1G0KA 118LA 1L12A 201LA 3HH6A 174LA 164LA 4I7MA 130LA 1DYFA 1XJUA 1L60A 1L80A 1CV6A 1LYDA 226LA 1L71A 1C6HA 3CDOA 1KY1A 1C6FA 1L81A 125LA 3FADA 3C8SA 1L10A 1LYIA 157LA 1C63A 178LA 1L83A 3HUKA 114LA 2RB2X 191LA 1L27A 3FA0A 126LA 1QT8A 229LA 2F32A 113LA 168LA 1DYEA 3HT9A 218LA 1G0LA 142LA 3CDQA 1L39A 1L64A 4ARMA 4K5YA 1CVKA 3LZMA 3HH4A 1DYDA 1EPYA 2B7XA 1C6CA 1CU2A 1D2YA 238LA 1L21A 4DJHA 1C6GA 139LA 4GBRB 1L68A 1OYUA 4ARJA 1L41A 1L84A 1QT7A 222LA 3RZEA 1L37A 4AQNA 1KS3A 3NYAA 3VW7A 1LI6A 1L73A 112LA 1L79A 3GULA 1KY0A 185LA 1L46A 1LLHA 146LA 4YXCA 1QT4A 110LA 1C6TA 2B74A 3HT8A 170LA 4W58A 1C6IA 1L07A 3F8VA 3FI5A 184LA 1C61A 1L53A 1C6BA 169LA 2RBQA 123LA 1L66A 1OV5A 1L57A 1LYFA 1L87A 1WTHA 227LA 1T97A 3UONA 2OU8A 3QAKA 3C7ZA 3C80A 1L19A 111LA 2B75A 1L56A 3NY9A 1PQJA 3DN0A 4W57A 2CUUA 1C67A 4I7TA 3GUJA 4S0WA 1L17A 217LA 1L99A 3OE0A 6LZMA 1C65A 1CX6A 1L47A 1L65A 2B6YA 143LA 172LA 3GUPA 4W51A 1QSQA 1L48A 255LA 1L94A 4EKQA 1P2LA 3K2RA 1T8FA 3CDTA 7LZMA 216LA 1L0JA 1L91A 1KNIA 1LWKA 252LA 3C83A 3DNAA 158LA 150LA 140LA 224LA 1L75A 2LCBA 3HWLA 182LA 1SX2A 3GUOA 1L00A 3HH3A 1LYJA 1CV1A 138LA 3HTBA 2OE9X 161LA 1L50A 1QT3A 1G1WA 262LA 166LA 1D3FA 122LA 3DN2A 205LA 120LA 261LA 187LA 1CX7A 223LA 1L14A 1L55A 1L24A 1L20A 3G3WA 1D3NA 102LA 1L90A 2RBSA 2Z6BA 119LA 1L70A 2RAYX 2B73A 3DN1A 1SWZA 211LA 1OVHA 1QTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HEOA 2DQHY 1GE4A 4H9AA 2OEAX 2FBBA 1L03A 3QNGA 1QUHA 1OUIA 3TXDA 2XQOA 3EXDA 4ARLA 1P64A 1JITA 133LA 1L62A 1OUDA 256LA 4QDNA 1WQQA 1XSFA 2ANVA 4XJFA 2XBRA 2Z12A 1GB8A 196LA 2O79A 1GFRA 3EMLA 1B7LA 1LJGA 180LA 2BQNA 1G7MC 4I7QA 4XN6A 1CTWA 1IC5Y 5APEA 1YAQA 4FDYA 4WOAA 2B72A 3HFMY 3AYQA 1GF4A 209LA 1C60A 1J1OY 3A6CY 1LGWA 1EQEA 4OWAA 2G4PA 3EBAB 1IP7A 1L22A 1VDTA 4LGKA 4NIJA 2RH1A 3C8RA 1JHLA 1CUPA 5APDA 3LHMA 3G3XA 4KXIA 1L92A 1GBWA 2IGCA 1PQDA 2F4GA 1LZTA 4R0FA 2BQJA 4WM4A 1IR7A 171LA 1B7PA 4GN3A 1UBZA 1B5VA 4DD7A 1CU3A 5ILFA 237LA 1GE1A 3P68A 3P65A 4OO9A 1XGUC 1L02A 4XJBA 4J1AA 2Z19A 3TMXA 1SSYA 1PQKA 2IHLA 3M3UA 1DI3A 4G9SA 5LYMA 2H5ZA 1L74A 1LZ5A 1F10A 1LSAA 1YL1X 1RJCB 254LA 1P3NA 4ET8A 1C43A 228LA 1GEZA 4NWHA 236LA 1DI5A 2B6TA 5DL9A 1GWDA 1LMTA 3RNXA 4HPIA 132LA 2ZNXY 1LHHA 4H9FA 210LA 2EKSC 1ALCA 2X0AA 2RBOA 4XYYA 1AM7A 1ZVYB 1JTMA 4B4IA 5I14A 1O23A 4PRUA 2BQDA 2YVBA 1LSFA 1DQJC 3HU9A 1LGUA 3PDSA 4ARQA 221LA 4LT2A 1L95A 1QQYA 2HUKA 213LA 4ZIXA 4H90A 1QS5A 1IR8A 1LMAA 1L05A 1LSCA 5LA5A 1IWWA 4J7VA 1BQLY 5E4PA 2Q0MX 2BQLA 137LA 1I6SA 1D3JA 1B5WA 4ML7A 1HENA 129LA 1WQNA 4G4CA 4BS7A 4OW1A 1L0KA 1LMNA 1BB5A 3HUAA 1UIBA 1PQMA 2DQIY 1OVJA 4CFOA 1CJ6A 2DBTA 4YF2A 1L31A 5IHGA 4HPEA 1HFZA 234LA 1B7NA 1QTDA 2QARC 1KW5A 1QS9A 1D2WA 2RSCA 4J1BA 1L72A 1NHBA 3L2XA 2RAZX 1LJ4A 3DN8A 2D4KA 5B07A 115LA 4PRQA 1G06A 1QTBA 1IY3A 4BADA 212LA 2MEHA 3SBBC 4H92A 1T3PA 1JISA 1L01A 5I4WA 1L33A 2OU0X 2W1XA 4NG8A 3T36A 1G7HC 4GN4A 5LAGA 3RW8A 1FKVA 1CV4A 1FBIX 5I4XA 4W56A 4EJ4A 1YL0X 4QEQA 4NSHA 1B6IA 3MGWA 165LA 3V2WA 246LA 1D9WA 1LZCA 1LJIA 1C6MA 4PJZA 190LA 1LMQA 1L38A 2Y8PA 4LT1A 188LA 1L42A 2B70A 1L45A 1JKDA 2Z38A 1FLUA 3L64A 4EPFA 3LZTA 2HU3A 189LA 3HTGA 5LXWA 4W53A 1C66A 1G0GA 1QDRA 3JR6A 4ETBA 4N5RA 4H94A 3ATOA 118LA 4KPMA 4DWXA 201LA 3HH6A 4HSFA 4FJRA 1BWJA 4PJ2C 1DYFA 1LZRA 2BLXA 1XEJA 4LYZA 226LA 1UUZC 1L71A 1OQMA 1C6FA 3A93A 4N1EI 3WU9A 3TXJA 114LA 3B72A 5LA8A 1QT8A 229LA 4NHQA 1YAPA 3HT9A 4OWCA 4GN5C 5KXRA 1IP6A 1L64A 4ARMA 4DDCA 1B9OA 2B7XA 4YEOA 4HTQA 1D2YA 1IOSA 1C46A 1I56A 1IR9A 4IASA 1C6GA 139LA 4HTKA 1LZNA 4ARJA 5FHWA 5FEKA 1L37A 4AQNA 2BQHA 3NYAA 1OUHA 3VW7A 112LA 4DD0A 1L79A 146LA 5AMYA 4YXCA 3HT8A 1G7JC 4W58A 3AGHA 3FI5A 1GAYA 2DQGY 1BHZA 2RBQA 4DD2A 3TXGA 1WTHA 153LA 227LA 2OU8A 1GDXA 3C7ZA 5B06A 1WQRA 1DKKA 2CJLA 1NBYC 2HU1A 1HSWA 2CUUA 1C67A 4S0WA 1L17A 3WH1A 1L99A 3OE0A 5HNLA 1LSBA 5II3A 1L65A 1LHJA 1HEMA 1UACY 1GFAA 4EKQA 2PC2A 1P2LA 3K2RA 1HFYA 1QTKA 4H93A 4N1CC 4WG7A 1B7MA 1KNIA 1LWKA 1XGTC 3VWOA 224LA 2I26L 166LA 122LA 205LA 2ZIKA 1GBYA 187LA 1L14A 1L20A 102LA 2ZWBA 5LYTA 1HELA 1HERA 1FDLY 2YBMA 2XJWA 4U3XB 4BAFA 1L70A 2I25L 3DN1A 211LA 4H9HA 4NEBA 4H9BA 149LA 5KXLA 1LHLA 1LMOA 152LA 3LYZA 1CUQA 5D5CA 4WLTA 1E8LA 3CDVA 2ZNWY 2YBJA 4HJYA 1I1ZA 251LA 3DN6A 4UWVA 5LVKA 1I20A 1JKAA 1LJEA 4LFPA 1RI8B 4HV2A 1LJJA 4OOOA 1GE2A 1L43A 3WUAA 1L23A 1DYGA 4NHTA 5IELA 177LA 1KIRC 135LA 4RLNA 2BQKA 4M4OA 4NY5A 1P5CA 173LA 1C6LA 3HH5A 3PBLA 3TXHA 5B1GA 4NGWA 1VATA 1N4FA 4TSBA 1C68A 1LZEA 4LYCA 156LA 3DKEX 235LA 2Z37A 5FSTA 4B1AA 1GFTA 4XJHA 2HUMA 5KXNA 1FLWA 4QGZA 1BB3A 5KKIA 2RB0X 1HEPA 4CGEA 1HC0A 1LJNA 4N8ZA 1L89A 2LYMA 5KXTA 3B6LA 1LPIA 230LA 3C8QA 5DM9A 3WL2A 1JWRA 2BQMA 4H9IA 2BQFA 2OE7X 1GE3A 5KKJA 257LA 1CKFA 3AW7A 1GFEA 3A8ZA 3C7YA 4IATA 3A34A 1INUA 3ZVQA 2C8PA 1CKCA 3A96A 2OU9A 4O34A 2EQLA 2W1LA 197LA 176LA 3RUNA 1GF8A 4DDAA 147LA 1D0MA 1OWZA 1P2RA 4H1PA 3SP3A 1L76A 2DQEY 4GCEA 162LA 1L52A 3AZ6A 1XJTA 1IP4A 1UIDA 5KXWA 1NDGC 1KIQC 134LA 3WW5A 1GEVA 3C82A 3WUMA 1F6SA 4CFPA 1UIGA 1VDQA 1VAUA 4MCKA 243LA 5FELA 1L30A 3EMSA 3P66A 1GB7A 1C69A 4NG1A 1J1PY 1LHMA 1QUOA 2A7FA 1JTNA 4HTNA 1GD6A 4DQJA 1G1VA 3OE8A 1OVKA 5KXXA 1L85A 1LZAA 2D6BA 244LA 4LZMA 3KAMA 3CSRA 1IWZA 1YKZX 3ZEKA 4I7OA 1C6AA 1TBYA 1ZYTA 3A3RX 1JKBA 3N9AA 1JQUA 1L49A 1DYCA 4NSIA 1IWVA 2BQOA 1JPOA 3J4GA 1CKDA 4NGJA 128LA 1L97A 2ZILA 2XBSA 4TSCA 1C6JA 2DQDY 4OWEA 1REMA 5DLAA 9LYZA 247LA 4WG1A 260LA 1C7PA 4TWSA 2BQBA 4WMGA 1QSBA 148LE 3N9CA 1B5XA 1SX7A 4YENA 3DMVA 4XJGA 1OUEA 1CV3A 5LVHA 3V2YA 1L26A 2B6ZA 1ZMYL 1BB4A 1C6KA 231LA 1L86A 4W94A 1IX0A 163LA 1B2KA 1IO5A 1REXA 1GFKA 1SQ2L 4Z3MA 4W52A 2B6XA 3OE9A 4I0CA 3HTDA 3AGIA 1LJFA 199LA 3AZ7A 2RBRA 4WM1A 2ZYPA 2YBIA 4I7RA 2MEBA 4HJVA 3AW6A 4YM8A 1IP1A 1L29A 3WVXA 3A95A 2DKVA 2XTHA 1G0JA 1L61A 1QTHA 208LA 1L12A 4I7MA 2BQAA 1XJUA 4PPOA 1D0LA 1L60A 2CWIA 1OUCA 1V7TA 1L81A 4WO9A 1GE0A 1NDMC 1L10A 178LA 3OJPA 3A94A 1L27A 4W96A 4PGJB 126LA 113LA 4LYBA 1NWGA 1V7SA 3CDQA 4K5YA 2HEBA 1DYDA 1EPYA 2MECA 5A3ZA 5DN4A 1L68A 1OYUA 3AZ4A 1L41A 2LZTA 1QT7A 3RZEA 1KS3A 1GFVA 2D4JA 1LLHA 1GB0A 3ULRA 5I54A 110LA 1ZVHL 3CT5A 3F8VA 1C61A 3TXFA 4C5FA 1L53A 3W6DA 4WL7A 2ZQ4A 1L66A 2B5ZA 1IORA 1LMCA 1REYA 2W1MA 5KXZA 3QAKA 1PZYA 1C10A 2LHMA 4WM6A 3A3QA 1G7LC 1F0WA 1WTMA 111LA 2MEDA 5B05A 2B75A 1BVKC 1IP5A 4W57A 3GUJA 1D9UA 217LA 1L47A 1CX6A 1LSGA 4UWUA 2B6YA 1LZ8A 1FLYA 255LA 1L94A 4NGVA 1BB6A 4KT3A 4TTDA 1L91A 3WW6A 1L75A 3HWLA 1LYJA 3HTBA 1QT3A 1G1WA 262LA 5I53A 1D3FA 3EO5A 3W6EA 4YOPA 4C3WA 261LA 4WL6A 4N0JA 223LA 1L55A 1L24A 1DPXA 4NFVA 1WVUA 2RAYX 4H8ZA 1DPWA 1SWZA 2BQIA 1OVHA 1GBOA 4ZFPA 1L18A 1L40A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HEO A;  2DQH Y;  1GE4 A;  4H9A A;  2OEA X;  2FBB A;  1L03 A;  3QNG A;  1QUH A;  1OUI A;  3TXD A;  2XQO A;  3EXD A;  4ARL A;  1P64 A;  1JIT A;  133L A;  1L62 A;  1OUD A;  256L A;  4QDN A;  1WQQ A;  1XSF A;  2ANV A;  4XJF A;  2XBR A;  2Z12 A;  1GB8 A;  196L A;  2O79 A;  1GFR A;  3EML A;  1B7L A;  1LJG A;  180L A;  2BQN A;  1G7M C;  4I7Q A;  4XN6 A;  1CTW A;  1IC5 Y;  5APE A;  1YAQ A;  4FDY A;  4WOA A;  2B72 A;  3HFM Y;  3AYQ A;  1GF4 A;  209L A;  1C60 A;  1J1O Y;  3A6C Y;  1LGW A;  1EQE A;  4OWA A;  2G4P A;  3EBA B;  1IP7 A;  1L22 A;  1VDT A;  4LGK A;  4NIJ A;  2RH1 A;  3C8R A;  1JHL A;  1CUP A;  5APD A;  3LHM A;  3G3X A;  4KXI A;  1L92 A;  1GBW A;  2IGC A;  1PQD A;  2F4G A;  1LZT A;  4R0F A;  2BQJ A;  4WM4 A;  1IR7 A;  171L A;  1B7P A;  4GN3 A;  1UBZ A;  1B5V A;  4DD7 A;  1CU3 A;  5ILF A;  237L A;  1GE1 A;  3P68 A;  3P65 A;  4OO9 A;  1XGU C;  1L02 A;  4XJB A;  4J1A A;  2Z19 A;  3TMX A;  1SSY A;  1PQK A;  2IHL A;  3M3U A;  1DI3 A;  4G9S A;  5LYM A;  2H5Z A;  1L74 A;  1LZ5 A;  1F10 A;  1LSA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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