1LMAA

Protein hydration and water structure: x-ray analysis of a closely packed protein crystal with very low solvent content
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein hydration and water structure: X-ray analysis of a closely packed protein crystal with very low solvent content.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmaA00
4HJYA 1AT6A 1DPWA 2ZQ4A 1TBYA 1QQYA 3A95A 4N1CC 4OOTA 4BAFA 3IWRA 5DN4A 4YENA 5APCA 3WUMA 3WXTA 2MEDA 1OUBA 4WM3A 2Z12A 4YM8A 1XGPC 3CT0A 3ULRA 2BQKA 1G7LC 4TSBA 2DQCY 3W6BA 1HEOA 2G4NA 1LSPA 1GFGA 4LT3A 4NGZA 2EKSC 5M1YA 1YKYX 3B6LA 4NSJA 4UWNA 5LYTA 2ZYPA 4RW2A 133LA 1EQ4A 3J4GA 2ZILA 4X3BA 1WVVA 1BWHA 4H93A 2DQJY 1GB0A 2C8PA 2HUBA 5LVHA 4GN4A 4WM1A 4IASA 4LYOA 1O23A 3BKVA 3TXEA 1IP3A 2F30A 5FHWA 1A4VA 1HERA 4B4EA 1LCNA 4N5RA 4PHIA 4DDCA 5DM9A 1IR9A 1UIHA 1VFBC 3EMSA 3N9EA 4N0JA 4N8ZA 3WYHA 1NBZC 4DD9A 4H9BA 1VDQA 3M18B 4LT2A 1LZ5A 4GLVA 2I25L 2BQEA 1GBYA 1GBXA 1LSMA 2BQOA 4G4CA 1XGQC 5C6IA 1YL1X 4FDYA 1B7QA 1GDWA 2YBNA 5LAGA 1OUEA 1OUGA 1I1ZA 3MGWA 208LA 5ILFA 1B7RA 5KXSA 5LA8A 1J1OY 3M3UA 5KXMA 5AMYA 2BQJA 1CJ8A 4LT1A 4UWUA 1XGRC 4C5FA 2Z39A 1I20A 1LKSA 4Z98A 1B5YA 3WW5A 3A67Y 3WPKA 1IR7A 2YBJA 2Z2EA 4NSGA 3RU5A 1LMOA 1QDTA 3AZ7A 1V7TA 4UWVA 1CJ6A 1GE4A 3AW6A 5LVKA 1D6PA 5A3ZA 1WQQA 1AKIA 1LZ9A 1REYA 1KIRC 1KXWA 3J6KA 4XYYA 3AJNA 5F9XA 3WU9A 4NHTA 5LA5A 3E3DA 1HEQA 4KPMA 4DD2A 3D9AC 5E9RA 5APDA 2D6BA 4B4JA 3A34A 1GAZA 2RSCA 1IY4A 5B1GA 4AGAA 2CJLA 135LA 1IP7A 4LYTA 1JTPL 3EXDA 3W6FA 6LYTA 1BVXA 3CSQA 5HQ1A 1REXA 4J7VA 2HTXA 1LSCA 1LHJA 1VDPA 4GCDA 1JITA 1ALCA 1LSFA 1RFPA 2BQAA 4AXTA 1LYZA 1B5ZA 3AZ4A 1JJ0A 4P2EA 5DLAA 4ETCA 1GFUA 2CGIA 2G4QA 5DN5A 1FLUA 1H6MA 1LJIA 4NHSA 5FELA 2MEAA 4ETBA 4TTDA 4WO9A 3IJUA 1YAMA 1DI4A 1OUCA 1WQOA 2A7DA 2B5ZA 1UBZA 3P66A 4GCEA 4NGYA 1LHMA 1CKCA 1IWYA 2MECA 5IDDA 4H9AA 3QY4A 1WQMA 1ZVYB 5I4YA 2ZIJA 153LA 1IC7Y 4YEOA 1F10A 1B7PA 5KXPA 4N9RA 4WL6A 1BB3A 3WVYA 2YVBA 1NKHA 3TMUA 1IVMA 5C6LA 4WM4A 1UIAA 2VB1A 1HSXA 1J1XY 1JSEA 1JUGA 2YDGA 3A6CY 3B0OA 4NG8A 4NHPA 1QIOA 1KIQC 4EOFA 1TEWA 3T6UA 1JISA 1G7MC 1OUAA 4NHIA 1ZV5L 1D0MA 207LA 4HV2A 4LFXA 5HNCA 2BLXA 5E4PA 2DQFC 1GF0A 5C6JA 1CJ7A 1LZDA 2Z18A 1LMCA 5B1FA 3WPLA 1JKAA 1XEKA 3LHMA 2FYCA 4D9ZA 1UUZC 1VAUA 4EMNA 1CKFA 4ETAA 2BQNA 1GAYA 1OUIA 4NGIA 3LYOA 2ZWBA 2HEEA 3G3BB 4H1PA 1RCMA 4II8A 3LYTA 1JPOA 5APFA 1LPIA 4ETDA 2MEGA 2YBLA 2ZYCA 4ET9A 1GFEA 4DD3A 1IOTA 3WU7A 5KJ9A 4WO6A 4H92A 5D5FA 4IJ4A 4LFPA 3A91A 1IR8A 1LHKA 1IO5A 3KAMA 1CKDA 3HBEX 2HU1A 4KT3A 4TX7A 1XEJA 5JENB 1BB5A 5FEKA 3B0KA 1GE1A 4TSCA 1YANA 1QSWA 3BKHA 1HENA 3WH1A 1BVKC 4ET8A 4NGOA 3B0IA 1G7JC 4OWAA 1VEDA 4XN6A 1UIDA 3IJVA 6LYZA 4WL7A 5KXZA 1LJGA 5L3IA 1J1PY 134LA 1GHLA 1B5VA 4DDBA 4NGVA 2Z37A 4TUNA 1ZVHL 3K3TA 1CJ9A 1FLWA 2DQHY 1IP6A 3HFMY 5APEA 1LSNA 3TXIA 4OWCA 5A3EA 2I6ZA 4QGZA 1VDSA 4MCKA 2MEIA 1BB6A 2EPEA 1MLCE 4NGKA 5KXTA 1YAQA 1QDRA 1I56A 1LJ4A 2Y8PA 1B5XA 1LOZA 3ZVQB 4ZEEA 3T36A 3A93A 1HFYA 1CKGA 5DL9A 2AUBA 2FBDA 1LYYA 1GFKA 1UC0A 1GB5A 1LMNA 2EIZC 2IHLA 4PJ2C 4QDNA 3SP3A 4YF2A 1SQ2L 4MSTA 1D6QA 4KL7A 1DQJC 1F6RA 1LZAA 4WMGA 4Z3MA 4G9SA 5F14A 4ZFPA 4J1AA 3QNGA 1JSFA 4B4IA 3CSZA 193LA 1GF7A 4CHXA 1VDTA 1HEMA 1YAPA 1KXYA 3LYMA 4FJRA 4HSFA 3GXKA 1IOQA 1BHZA 1HMLA 1LJ3A 1LJHA 1WQNA 4H94A 3P64A 4NEBA 5LYMA 2C8OA 4OW1A 1WVUA 1TAYA 1H87A 2DQAA 2MEHA 4HTNA 2YBIA 5KKIA 1REMA 5LXWA 3FI7A 1GB8A 1P2CC 2F4GA 5IELA 1QTEA 4DD7A 1KIPC 1C43A 1D0KA 1GB6A 2BQDA 3WU8A 1CKHA 4B0DA 5J7CA 1QUSA 2H9JA 4NSIA 4O34A 4KXIA 1LZYA 5LAFA 5HMVA 2WARA 3RNXA 1JHLA 2DQDY 3AZ5A 1NF5A 9LYZA 1SLYA 5EBHA 1LMPA 1JIYA 4HJZA 1LJFA 3RZ4A 1LZCA 1FBIX 2XBRA 5L9JA 1TDYA 1NMMA 4RLMA 1CNSA 194LA 4NY5A 2CWIA 1LYSA 1LJKA 4W96A 5LIOA 1FN5A 4LYBA 4LYZA 1HHLA 4WG7A 1LZ6A 1UACY 5B59A 2ZNXY 4HPEA 4BS7A 1XSFA 3A92A 1LHHA 1IC5Y 1JKBA 2H9KA 3TXKA 1C10A 2FBBA 1IWZA 1OUJA 1GFRA 2D91A 2G4PA 4GN5C 4H9HA 1HF4A 2DQIY 3FE0A 5KXOA 1PZYA 1D0LA 5IHGA 3F6ZA 3ZVQA 2Z2FA 1UA6Y 3A94A 3EBAB 1DI5A 2BQBA 1AM7A 2BQFA 4DC4A 3CSRA 4PRUA 1DKKA 1LMTA 1B7SA 1UIBA 1UICA 3TXDA 1JTTL 2HU3A 1HFZA 1LZ4A 3A3QA 3A96A 2BLYA 4WG1A 4B1AA 1W08A 1BGIA 4B49A 3W3EA 1XFPL 1B7OA 1N4FA 3ATOA 4XENA 4XJBA 4DYGA 1HEPA 1HELA 1GB9A 3ATNA 1LZ1A 1GBSA 1GPQC 4XJIA 1GFTA 2MEBA 1QTKA 1IOSA 4GCCA 4H9CA 4PPOA 5FSTA 4NSHA 4R6CA 4XJHA 2Q0MX 4I8SA 4Z41A 4G4BA 1BB4A 4GCBA 2D4IA 4CGEA 1XGTC 1B5WA 2I26L 1GE2A 4M4OA 2W1LA 3LN2A 2LYZA 5KXYA 2LYOA 1G7HC 1HMKA 4OWHA 1RJCB 4IATA 1JTOL 3AGHA 1W6ZA 2D4JA 1GEVA 2N5ZA 1RI8B 1NDGC 4H8ZA 4WLTA 3W6CA 5I4WA 3WMKA 4XJFA 154LA 1GBOA 2FYDA 3A3RX 1IX0A 4RLNA 1HEWA 1YKXX 4NWHA 1B7NA 3AYQA 4LGKA 4RDSA 4QY9A 1LAAA 1JEFA 1LSZA 3A6BY 4G4HA 4DDAA 2F4AA 2DBTA 4DWXA 2LHMA 1LSEA 2A7FA 4ETEA 4R0FA 1F6SA 3AB6A 5LYZA 5HMJA 3TXBA 3D3DA 1LZTA 4H9FA 2BQGA 1IOCA 5T3FA 1LJJA 1YROA 4CFPA 2HECA 7LYZA 4WM5A 4WLDA 1LJNA 1XGUC 1WTNA 1B7MA 5D5CA 1LZSA 5B05A 1FKQA 4I0CA 2ZQ3A 4LT0A 1NHEA 4NGJA 4NWEA 5L3HA 1PS5A 2W1YA 5LVJA 2NWDX 1OP9B 1UIEA 2XTHA 1OQMA 1GBWA 4Z46A 1HC0A 4ANRA 1DPXA 3A90A 5KXLA 3TMXA 1GE3A 5I4XA 4HTKA 5K7OA 2HEFA 3VWOA 1WQRA 4TWSA 2DQGY 4DD1A 4HJVA 1EL1A 3CT1A 1YAOA 2ZNWY 3HBHA 4XADA 3W6DA 4A7DA 1NBYC 5KXKA 5I5QA 1OUDA 2IFFY 3CQLA 3W6AA 3N9AA 5B06A 1GD6A 1GEZA 1MELL 1LZ8A 1IWVA 1T6VL 5LVGA 4WM2A 1LHLA 1LYOA 1FLYA 2Z38A 1C45A 1GXV2 1V7SA 1BWIA 1QUTA 1IWWA 1GB3A 5KXWA 1FDLY 1LSGA 1JKDA 1LJEA 2H5ZA 1GFAA 5I53A 5KKJA 2HEDA 4U3XB 1IP5A 5I54A 1FKVA 1LSDA 1IC4Y 2BQCA 1C46A 3OJPA 4XJDA 1GF4A 5FDJA 3WULA 4HP0A 3AGIA 1IIZA 3OK0A 5F9UA 4E3UA 1GB2A 1LZNA 1NQIA 2DQEY 3RW8A 3P65A 1GFVA 1VATA 3RT5X 4CFOA 4QEQA 4NG1A 4NHQA 1ZMYL 3WPJA 1IWTA 1AZFA 3TXFA 1YQVY 1GF5A 3TXJA 4YEMA 1UIFA 1XEIA 2BQLA 1JJ1A 4OWEA 4J0LA 1BWJA 4NGWA 2HEAA 2Z19A 1JKCA 1UCOA 4DT3A 5LINA 1IEEA 1B7LA 1YL0X 1LKRA 3TMWA 1D9UA 2YBMA 3LYZA 1OUFA 1B0DA 4PRQA 4OWBA 2GV0A 2LZTA 1LMAA 5B07A 2MEEA 1YILA 4NIJA 4N1EI 2YBHA 4LZTA 4BADA 4OOOA 1LSAA 3GXRA 4M6DA 5II3A 1FLQA 1GF6A 3WXUA 5FCPA 1GBZA 1HFXA 4H9EA 1OUHA 1LZGA 5LVIA 5F16A 1GB7A 1NWGA 1LMQA 5KY1A 1IORA 3P4ZA 1B2KA 1T3PA 3ZEKA 4HV1A 132LA 5HNLA 4HPIA 3TXHA 5KXXA 1LSYA 4DD0A 1GDXA 2BQHA 1BB7A 2X0AA 4WLXA 2BPUA 3G3AB 1GF8A 3TMVA 4GCFA 1AT5A 4NFVA 5KXRA 1B9OA 1GXXA 3CB7A 4PGJB 1IP1A 4WOAA 1IP4A 3AGGG 4H9IA 4BAPA 1GWDA 5KXNA 1E8LA 4H90A 5ILCA 2LZ2A 2MEFA 4WM6A 2HEBA 1IWXA 1YKZX 1C08C 3TXGA 1LHIA 2CDSA 4G49A 4HTQA 1C7PA 1HSWA 2XBSA 1IY3A 1DKJA 1REZA 3CT5A 4GN3A 3WUAA 4RW1A 3WUNA 2D4KA 1LZBA 1YIKA 1JJ3A 1NDMC 1BQLY 2W1XA 3P68A 4MR1A 1UIGA 3QE8A 2PC2A 1DXJA 3B72A 2XJWA 1G7IC 1EQEA 3A8ZA 1A2YC 3N9CA 4CJ2A 4XJGA 1IWUA 4C3WA 1KXXA 1B5UA 1LTMA 4LYCA 1DI3A 1RE2A 3LZTA 4LYMA 1WTMA 1GF9A 1TCYA 5F81A 3WVXA 1LZRA 4W94A 3EO5A 1LZEA 1GF3A 2BAAA 3LZ2A 2EQLA 3AW7A 2LYMA 4YOPA 3AZ6A 1Z55A 4NGLA 5HLLA 3WW6A 2BQMA 8LYZA 2ZIKA 4GLAA 1WQPA 4ZIXA 2DKVA 4L41A 4ML7A 4H8YA 1GFJA 1GE0A 1INUA 1GFHA 1EQ5A 1HNLA 3W6EA 4H8XA 2YSSC 2W1MA 3WL2A 1F0WA 3HBDA 1IP2A 1QSAA 4H91A 1DZBX 4WLYA 1JWRA 2F2NA 1LSBA 4J1BA 2BQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPWA 1L04A 3A95A 4OOTA 220LA 4YENA 3WUMA 3WXTA 1OUBA 4YM8A 1L67A 3CT0A 262LA 2BQKA 2G4NA 1KY1A 5M1YA 1YKYX 2XQOA 3B6LA 123LA 4H93A 1GB0A 2C8PA 2HUBA 223LA 4LYOA 1C64A 2F30A 1JTNA 216LA 1A4VA 2OE7X 1LCNA 4PHIA 3N9EA 1L46A 1LZ5A 4GLVA 1GBYA 1GBXA 1LSMA 1YL1X 1B7QA 1PQOA 5LAGA 1G1VA 1J1OY 254LA 2BQJA 1D2WA 1XGRC 3DNAA 2Z39A 3A67Y 4NSGA 1LMOA 3AZ7A 5LVKA 1D6PA 1LZ9A 1REYA 1KXWA 2D6BA 1C63A 3A34A 3HT7A 1GAZA 5B1GA 3OE9A 2CJLA 1C60A 1LW9A 3C80A 5HQ1A 2O4WA 1P37A 4GCDA 1LSFA 3RZEA 1LYZA 1B5ZA 1JJ0A 5DLAA 4ETCA 2CGIA 1QTZA 4NHSA 5FELA 4TTDA 3IJUA 1DI4A 1L53A 1CU3A 2B5ZA 4NGYA 1LHMA 3DMXA 1D3NA 1L0JA 1IC7Y 3HT9A 4N9RA 1BB3A 1NKHA 3TMUA 4WM4A 1L30A 1HSXA 1JSEA 4NHPA 2YDGA 4DQ7A 4DT3A 1D3MA 181LA 2LCBA 1L02A 131LA 1OUAA 114LA 1LYGA 1OV7A 1D0MA 1DYCA 2DQFC 5C6JA 1LMCA 3LHMA 1CKFA 4ETAA 1G0MA 164LA 3LYOA 4H1PA 4II8A 1T8FA 2RBNA 4ARMB 4ET9A 5KJ9A 3HWLA 4WO6A 1T8GA 1P6YA 3A91A 3NY8A 1LHKA 3UONA 4KT3A 5JENB 1BB5A 5FEKA 1LWGA 1YANA 1QSWA 2RBQA 1HENA 1CV0A 3WH1A 4EJ4A 2B70A 3RUNA 4OWAA 1C6AA 4WL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HJY A;  1AT6 A;  1DPW A;  2ZQ4 A;  1TBY A;  1QQY A;  3A95 A;  4N1C C;  4OOT A;  4BAF A;  3IWR A;  5DN4 A;  4YEN A;  5APC A;  3WUM A;  3WXT A;  2MED A;  1OUB A;  4WM3 A;  2Z12 A;  4YM8 A;  1XGP C;  3CT0 A;  3ULR A;  2BQK A;  1G7L C;  4TSB A;  2DQC Y;  3W6B A;  1HEO A;  2G4N A;  1LSP A;  1GFG A;  4LT3 A;  4NGZ A;  2EKS C;  5M1Y A;  1YKY X;  3B6L A;  4NSJ A;  4UWN A;  5LYT A;  2ZYP A;  4RW2 A;  133L A;  1EQ4 A;  3J4G A;  2ZIL A;  4X3B A;  1WVV A;  1BWH A;  4H93 A;  2DQJ Y;  1GB0 A;  2C8P A;  2HUB A;  5LVH A;  4GN4 A;  4WM1 A;  4IAS A;  4LYO A;  1O23 A;  3BKV A;  3TXE A;  1IP3 A;  2F30 A;  5FHW A;  1A4V A;  1HER A;  4B4E A;  1LCN A;  4N5R A;  4PHI A;  4DDC A;  5DM9 A;  1IR9 A;  1UIH A;  1VFB C;  3EMS A;  3N9E A;  4N0J A;  4N8Z A;  3WYH A;  1NBZ C;  4DD9 A;  4H9B A;  1VDQ A;  3M18 B;  4LT2 A;  1LZ5 A;  4GLV A;  2I25 L;  2BQE A;  1GBY A;  1GBX A;  1LSM A;  2BQO A;  4G4C A;  1XGQ C;  5C6I A;  1YL1 X;  4FDY A;  1B7Q A;  1GDW A;  2YBN A;  5LAG A;  1OUE A;  1OUG A;  1I1Z A;  3MGW A;  208L A;  5ILF A; 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 1B2K A;  1T3P A;  3ZEK A;  4HV1 A;  132L A;  5HNL A;  4HPI A;  3TXH A;  5KXX A;  1LSY A;  4DD0 A;  1GDX A;  2BQH A;  1BB7 A;  2X0A A;  4WLX A;  2BPU A;  3G3A B;  1GF8 A;  3TMV A;  4GCF A;  1AT5 A;  4NFV A;  5KXR A;  1B9O A;  1GXX A;  3CB7 A;  4PGJ B;  1IP1 A;  4WOA A;  1IP4 A;  3AGG G;  4H9I A;  4BAP A;  1GWD A;  5KXN A;  1E8L A;  4H90 A;  5ILC A;  2LZ2 A;  2MEF A;  4WM6 A;  2HEB A;  1IWX A;  1YKZ X;  1C08 C;  3TXG A;  1LHI A;  2CDS A;  4G49 A;  4HTQ A;  1C7P A;  1HSW A;  2XBS A;  1IY3 A;  1DKJ A;  1REZ A;  3CT5 A;  4GN3 A;  3WUA A;  4RW1 A;  3WUN A;  2D4K A;  1LZB A;  1YIK A;  1JJ3 A;  1NDM C;  1BQL Y;  2W1X A;  3P68 A;  4MR1 A;  1UIG A;  3QE8 A;  2PC2 A;  1DXJ A;  3B72 A;  2XJW A;  1G7I C;  1EQE A;  3A8Z A;  1A2Y C;  3N9C A;  4CJ2 A;  4XJG A;  1IWU A;  4C3W A;  1KXX A;  1B5U A;  1LTM A;  4LYC A;  1DI3 A;  1RE2 A;  3LZT A;  4LYM A;  1WTM A;  1GF9 A;  1TCY A;  5F81 A;  3WVX A;  1LZR A;  4W94 A;  3EO5 A;  1LZE A;  1GF3 A;  2BAA A;  3LZ2 A;  2EQL A;  3AW7 A;  2LYM A;  4YOP A;  3AZ6 A;  1Z55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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