1LMCA

The crystal structure of a complex between bulgecin, a bacterial metabolite, and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a complex between bulgecin, a bacterial metabolite, and lysozyme from the rainbow trout.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmcA00
3WVXA 1LMNA 3ZVQA 2BQBA 2BQEA 4E3UA 1GBYA 3AYQA 3P4ZA 2BQMA 4HTNA 5KKJA 4O34A 4D9ZA 2CWIA 3WPJA 4H9IA 2Z2FA 1GE0A 1HEWA 1C46A 3OJPA 132LA 1UIFA 4B4JA 2F30A 2MEEA 4NGYA 1KXXA 1LMAA 3J4GA 1WQNA 1GAZA 1REXA 133LA 5KXSA 1IO5A 1KIQC 2Z38A 1LJJA 1SLYA 1GB9A 1CKDA 4WM3A 5ILFA 1LMOA 3EXDA 153LA 2BLYA 6LYTA 1B7MA 4ETDA 1B5XA 4HP0A 4HSFA 4R6CA 5T3FA 3W6EA 1GFTA 5KXTA 1LHKA 3TMUA 3BKVA 1BB4A 2Z12A 4H9AA 2FBBA 4NWHA 6LYZA 2BQCA 7LYZA 1WTMA 4TWSA 1B5YA 4RLNA 1HFXA 1HEMA 1HEQA 2DQJY 4WL6A 4DD3A 1C43A 1JITA 1REZA 134LA 2HTXA 3MGWA 8LYZA 1JTPL 1REYA 3RU5A 1GDWA 1LAAA 2IFFY 5LVJA 1LZNA 1LKSA 2F2NA 5KXOA 5APCA 1F6RA 1GPQC 1J1OY 2DQCY 4KPMA 2MEAA 4II8A 4XJBA 5LVIA 5J7CA 5FDJA 5KXRA 5LVKA 4XJDA 4ETEA 4H92A 1HC0A 1GFEA 4DT3A 4YF2A 1B7NA 4B0DA 4LT2A 1B5UA 2Z37A 2HEAA 1JJ3A 4XJIA 4GCBA 4WOAA 1WQMA 2CGIA 4AGAA 2DKVA 4YM8A 1D0MA 5M1YA 2YBNA 4ANRA 1B2KA 1LCNA 5KJ9A 1WQOA 5FHWA 3WULA 4H91A 1IOCA 3EO5A 3TMWA 154LA 2D4IA 1PZYA 1NHEA 1LHHA 1LZYA 1O23A 3HBEX 4ZIXA 1YILA 5LVGA 4CJ2A 1HERA 1HENA 5APFA 1GBOA 3FI7A 2BPUA 1LZEA 1LYSA 4WMGA 5DN5A 1BVXA 4LYMA 2BQJA 2G4NA 5HQ1A 1LMPA 1UIGA 2YDGA 1UACY 1OUJA 4B4IA 1XGTC 1IEEA 3A3QA 4LFPA 1YROA 4EOFA 1IWTA 3ZEKA 5DL9A 2LYZA 1HHLA 1DI4A 2ZIKA 5C6IA 1NQIA 5IDDA 2IHLA 4PGJB 3CT1A 2EKSC 4H8XA 5HNCA 5KXKA 3AW7A 5L3IA 1OP9B 1XGQC 3WMKA 5LAFA 1IP7A 4DD2A 1HMKA 4LYOA 4P2EA 4OWBA 5APDA 3VWOA 3WU9A 4OWHA 1IX0A 2PC2A 4OOTA 4DD7A 1LJIA 1C08C 3P66A 5LA8A 1EQEA 3ATNA 2W1YA 2WARA 1HMLA 4HV2A 3TXIA 1QDTA 1LJKA 3QY4A 1IIZA 3T36A 1HEOA 1OUHA 1LHJA 2ZNWY 135LA 3G3AB 1FLWA 1YIKA 3LYTA 4GN3A 5JENB 1GF5A 4NFVA 1HEPA 1LMTA 2RSCA 4B4EA 4DD0A 2C8PA 4DD1A 9LYZA 1LZ6A 4WM5A 1KXYA 1F10A 1LZBA 4LYCA 1BB7A 1EQ4A 2YBLA 4GCDA 1LZ5A 1GE2A 3AW6A 4LT3A 4NGOA 1CKCA 4WLTA 4KT3A 2CDSA 1DXJA 3CSQA 2ZYCA 4NEBA 1GF6A 3N9EA 2YBHA 4MSTA 3WUMA 1LJNA 4LT1A 4H9CA 3AGGG 3LN2A 1ZMYL 1QSAA 3N9CA 3WW5A 3WVYA 1LPIA 3EBAB 1LJ4A 3A34A 1IP1A 4XYYA 3WH1A 2MECA 1F0WA 2MEBA 3D3DA 3AZ4A 4NG1A 1TDYA 1WVVA 1C7PA 5I53A 4BAFA 1IWVA 5LINA 5AMYA 5LXWA 2DQFC 2G4QA 5KXPA 3B6LA 4WG1A 4XADA 2XTHA 1GB7A 5KXLA 1BWIA 2DQDY 5FEKA 1J1XY 1LKRA 4IASA 3B0OA 2XJWA 4QDNA 1NKHA 2ZIJA 4XJGA 1GF8A 1VDSA 2VB1A 4FJRA 1W6ZA 1WQRA 2A7DA 2YBMA 1QUTA 3N9AA 1LSDA 1V7TA 2YBJA 4WLXA 1ALCA 1GFVA 2LZ2A 4H8YA 1GB0A 4KXIA 1TEWA 4ET8A 3SP3A 5HMJA 1GB3A 1UIDA 5FELA 1D0LA 4LFXA 2HUBA 1BWJA 1GXXA 1XSFA 4W94A 3QNGA 3WUAA 3A3RX 1LJGA 5D5FA 1LZAA 3BKHA 2MEGA 4HJYA 3ULRA 1GWDA 1HF4A 1LSYA 4H9EA 4TSBA 2X0AA 1RJCB 1QUSA 1BGIA 1LSAA 3GXRA 3HFMY 4XJHA 5DM9A 5IHGA 4NHSA 1GF7A 3A90A 3AB6A 4GLAA 1VFBC 5DLAA 4EMNA 1YANA 5KXMA 3G3BB 1CJ9A 193LA 4H90A 4N5RA 4CFOA 4H9HA 4NSJA 3CT0A 1VDQA 5C6JA 1XFPL 4N8ZA 3WPKA 2GV0A 1LYZA 5KXWA 5F16A 2LZTA 5LIOA 1T6VL 4TSCA 1D6PA 4GN5C 4LZTA 4B49A 1GBSA 1G7LC 4R0FA 3B0IA 4G9SA 1B7RA 3AJNA 1VATA 1LZ9A 1CNSA 1IOSA 4IJ4A 4GCEA 3LZ2A 1D0KA 1W08A 1JEFA 2Q0MX 1GDXA 3B0KA 1B7LA 1N4FA 1NDGC 4A7DA 1G7HC 2ZYPA 3TXEA 2XBSA 4QEQA 1B7PA 1F6SA 1JSFA 3RW8A 2F4GA 1D6QA 3B72A 4J7VA 4NGLA 4WM4A 2NWDX 4HTQA 1UIHA 5IELA 1QSWA 1YAOA 5ILCA 1RFPA 4NSIA 3TXDA 1DKKA 1OUDA 2FBDA 4ML7A 5LYZA 1BB6A 1LMQA 1JJ1A 2BQDA 1RCMA 1HSWA 3P65A 1XGRC 2BAAA 1B5WA 1JUGA 4M4OA 1IP3A 4NGVA 5HMVA 1LHMA 1OUGA 1P2CC 4WM2A 1IORA 1B0DA 1NBYC 5I4WA 1YL1X 1GEVA 1LSNA 4G4CA 4UWNA 1G7JC 3M18B 4N9RA 4G4HA 1JWRA 1GB2A 4H9FA 1V7SA 2DQAA 1VDPA 1IOQA 1EQ5A 1GF9A 2I26L 5B1FA 1YAPA 1UIBA 5I5QA 4J0LA 1GB6A 4HPEA 4RLMA 2FYDA 4DD9A 1VAUA 1AKIA 4DDBA 1WQQA 4GCCA 4WL7A 3WYHA 5B59A 3W3EA 4OWCA 4WLYA 4WO6A 1T3PA 1GHLA 3A95A 4NGJA 3CSRA 3K3TA 2EIZC 1UA6Y 5A3EA 1LZ4A 1OUCA 1CJ7A 5I4YA 1LSEA 1GFUA 2Z19A 1DQJC 1GB8A 3WXUA 3FE0A 1LZSA 4GCFA 1OUEA 3A6BY 1IC7Y 1IWZA 3ATOA 3WXTA 1B5VA 4WM6A 1GF3A 1H6MA 4BADA 1PS5A 1CKHA 1LJHA 1REMA 2D4JA 1GD6A 1NMMA 2FYCA 1BHZA 4Z3MA 4NWEA 5B1GA 5F81A 2BQOA 4MCKA 4QY9A 5LYMA 2AUBA 1FBIX 4PHIA 3T6UA 3TXFA 4LYZA 1GB5A 1MLCE 3TMVA 1UUZC 2DQHY 3D9AC 4UWUA 4M6DA 1FKQA 1YQVY 3WL2A 3A6CY 4QGZA 4DYGA 2ZQ3A 1GXV2 4B1AA 1DZBX 2YSSC 5B05A 2Z39A 1IP5A 2DQIY 4FDYA 5EBHA 1QDRA 3IWRA 1BWHA 1NDMC 3WUNA 3A96A 2H9KA 4NIJA 3TXBA 1IP2A 2Z18A 1UC0A 4XN6A 1CJ6A 3RZ4A 4ET9A 4PRUA 2LHMA 3AZ6A 1LZDA 1TAYA 1FDLY 208LA 2D4KA 1HFZA 1SQ2L 1QIOA 3WU7A 4TX7A 4CHXA 4DDAA 2BQAA 4J1AA 5F9XA 1I56A 3TXKA 1AZFA 4OOOA 2H9JA 5I4XA 1XGPC 1HSXA 1KIPC 2CJLA 4TTDA 5K7OA 2MEDA 4NHQA 1WQPA 1AM7A 4NY5A 5HLLA 4N1CC 1LJFA 1GFKA 2DQEY 4LYTA 1BQLY 3P64A 1JTTL 1OUBA 4BS7A 1ZV5L 1JIYA 1XEIA 1NBZC 3HBDA 3QE8A 1OUIA 4I8SA 1JKAA 1RI8B 3A94A 5E4PA 1IP6A 1IC4Y 2HECA 2W1XA 3AGIA 5FSTA 5LAGA 4LYBA 4ZFPA 4NG8A 4HTKA 1LOZA 1LHLA 2BQGA 1QTEA 2H5ZA 4LGKA 5C6LA 1C45A 2HU3A 4XENA 1Z55A 4C3WA 4Z41A 4TUNA 1DI5A 1JKDA 2BQLA 1CKFA 4KL7A 4IATA 5F9UA 3WPLA 5FCPA 1JSEA 4PJ2C 1JPOA 1LZCA 1QQYA 3EMSA 4HV1A 5F14A 4GN4A 1IVMA 1HFYA 3TXJA 1UICA 3KAMA 4I0CA 4OWEA 4OWAA 1RE2A 4ZEEA 3W6CA 4WG7A 1NF5A 1GFHA 4RDSA 3TXHA 3F6ZA 1GFRA 4MR1A 1LYOA 5KKIA 1FKVA 3CSZA 1UIAA 1IP4A 1WVUA 2HEBA 1DPWA 2W1MA 2Z2EA 3LYZA 5D5CA 5II3A 1YAMA 4RW1A 2MEIA 1LSFA 1ZVHL 4DC4A 1GBZA 4YOPA 4C5FA 2MEFA 4YEMA 1BB3A 1TBYA 2ZWBA 3P68A 4G4BA 2BQFA 1UBZA 1OQMA 2YBIA 1IY3A 1HNLA 4RW2A 4WLDA 5KXZA 4NGWA 4GLVA 4W96A 1I1ZA 4ETAA 207LA 4L41A 1I20A 4G49A 1UCOA 2Y8PA 5KXNA 194LA 1YKXX 4X3BA 1GE4A 1LSCA 5KXYA 4DWXA 1OUFA 5LYTA 1JTOL 4ETBA 2N5ZA 5B07A 4H93A 1JJ0A 2BQNA 5I54A 3AZ5A 3W6AA 1IWYA 4N0JA 1C10A 2HU1A 3CQLA 2EPEA 3WU8A 1IR9A 4NHPA 1DPXA 1QTKA 4NSHA 3A8ZA 1GF0A 1GE3A 4LT0A 2DBTA 1H87A 1LSZA 2HEEA 2HEDA 1IR7A 4NGIA 5APEA 1JISA 3LYOA 3TXGA 3A92A 1G7IC 1VEDA 2BQKA 2F4AA 3A93A 4H9BA 1GF4A 4N1EI 2MEHA 1LSBA 4H94A 1LZGA 1IWWA 1YKYX 5KY1A 3M3UA 1OUAA 3LZTA 5DN4A 2HEFA 4NSGA 1JHLA 1FN5A 1LYYA 4J1BA 5HNLA 3GXKA 1FLYA 1BB5A 5KXXA 1GFGA 3TMXA 4WM1A 4OW1A 4HJVA 4NHTA 2ZILA 1B9OA 2C8OA 5L3HA 1A4VA 4AXTA 4BAPA 3OK0A 4PPOA 1AT6A 1B5ZA 1UIEA 1J1PY 1LHIA 1AT5A 3W6BA 1LZRA 1GFJA 1CJ8A 1IOTA 1GE1A 1HELA 1B7SA 1LSMA 1LJ3A 2I6ZA 3AZ7A 3LHMA 2LYMA 3HBHA 1IWXA 4H8ZA 3AGHA 1KXWA 1IR8A 1A2YC 5LVHA 1LZTA 3W6DA 3IJUA 4YENA 4DDCA 1G7MC 4CGEA 1KIRC 1GFAA 5L9JA 4UWVA 5E9RA 1YKZX 1B7OA 1XEKA 4U3XB 2BLXA 2EQLA 1FLQA 1D9UA 1EL1A 1BVKC 1DI3A 1LMCA 1TCYA 3CT5A 3LYMA 4ETCA 1LZ8A 1CKGA 1LSPA 1XGUC 4H1PA 2G4PA 1LJEA 3CB7A 5B06A 3E3DA 1IWUA 1JKCA 1XEJA 2ZQ4A 3ZVQB 1YL0X 1GBXA 4HJZA 3WW6A 4HPIA 2D91A 2D6BA 2B5ZA 4NGZA 4WO9A 1LZ1A 1IY4A 4CFPA 2W1LA 5LA5A 1GBWA 4XJFA 3RNXA 1MELL 1IC5Y 1WTNA 1GAYA 3RT5X 2XBRA 3IJVA 1INUA 3A67Y 3J6KA 1DKJA 1ZVYB 4PRQA 2BQIA 4NGKA 2LYOA 1E8LA 1JKBA 1LSGA 1LTMA 2YVBA 5A3ZA 3A91A 4Z98A 4Z46A 1FLUA 1YAQA 3W6FA 1GEZA 4NHIA 2BQHA 2ZNXY 2I25L 2DQGY 1B7QA 1VDTA 4YEOA 1NWGA 2A7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
140LA 3WVXA 115LA 4DQ7A 3GUKA 4O34A 4D9ZA 2RBRA 3G3VA 4LDEA 1UIFA 4NGYA 1WQNA 1QUOA 1QUHA 1IO5A 1KIQC 2Z38A 1P64A 3HT7A 1L54A 1C6HA 3TMUA 7LYZA 1KY1A 4NWHA 2BQCA 189LA 1C43A 1REYA 1GDWA 1LZNA 1L79A 5KXOA 5APCA 1GPQC 2DQCY 5LVIA 5KXRA 2MEAA 249LA 5LVKA 1JTNA 4H92A 1JQUA 1B7NA 2HEAA 1JJ3A 3DN6A 191LA 4GCBA 226LA 1WQMA 1QTCA 2CGIA 2DKVA 1L42A 5M1YA 1T8FA 1PZYA 1CUPA 4I7PA 3HT9A 5APFA 1B6IA 152LA 2BPUA 1LZEA 4WMGA 4I7JA 1UACY 1OUJA 1IEEA 1YROA 3ZEKA 2LYZA 3G3WA 1G0LA 4I7NA 4PGJB 2EKSC 4H8XA 1L07A 5LAFA 4DD2A 1HMKA 4LYOA 5APDA 4OOTA 5LA8A 4EKSA 1EQEA 3GUNA 2B6YA 3QY4A 1IIZA 3T36A 1HEOA 2ZNWY 1LHJA 1FLWA 3HUQA 1YIKA 1L88A 2A4TA 187LA 229LA 2RSCA 4DD0A 1F10A 4GCDA 1LZ5A 1L76A 4KT3A 2CDSA 4S0WA 1GF6A 2YBHA 4W59A 3WUMA 1OVKA 4H9CA 3LN2A 1ZMYL 3WW5A 1L97A 1LPIA 1OV5A 1LJ4A 1IP1A 1L52A 3DN8A 4NG1A 3B6LA 2XTHA 1GB7A 5KXLA 2DQDY 1LKRA 4XJGA 1NKHA 1VDSA 4FJRA 2YBMA 4ARLA 1L70A 4H8YA 1GB0A 3WUAA 2HUBA 1GXXA 4W94A 3QNGA 5D5FA 1LZAA 258LA 1GWDA 3V2WA 1LSAA 3GXRA 1C6GA 1GF7A 3A90A 3RUNA 1CJ9A 3GUOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WVX A;  1LMN A;  3ZVQ A;  2BQB A;  2BQE A;  4E3U A;  1GBY A;  3AYQ A;  3P4Z A;  2BQM A;  4HTN A;  5KKJ A;  4O34 A;  4D9Z A;  2CWI A;  3WPJ A;  4H9I A;  2Z2F A;  1GE0 A;  1HEW A;  1C46 A;  3OJP A;  132L A;  1UIF A;  4B4J A;  2F30 A;  2MEE A;  4NGY A;  1KXX A;  1LMA A;  3J4G A;  1WQN A;  1GAZ A;  1REX A;  133L A;  5KXS A;  1IO5 A;  1KIQ C;  2Z38 A;  1LJJ A;  1SLY A;  1GB9 A;  1CKD A;  4WM3 A;  5ILF A;  1LMO A;  3EXD A;  153L A;  2BLY A;  6LYT A;  1B7M A;  4ETD A;  1B5X A;  4HP0 A;  4HSF A;  4R6C A;  5T3F A;  3W6E A;  1GFT A;  5KXT A;  1LHK A;  3TMU A;  3BKV A;  1BB4 A;  2Z12 A;  4H9A A;  2FBB A;  4NWH A;  6LYZ A;  2BQC A;  7LYZ A;  1WTM A;  4TWS A;  1B5Y A;  4RLN A;  1HFX A;  1HEM A;  1HEQ A;  2DQJ Y;  4WL6 A;  4DD3 A;  1C43 A;  1JIT A;  1REZ A;  134L A;  2HTX A;  3MGW A;  8LYZ A;  1JTP L;  1REY A;  3RU5 A;  1GDW A;  1LAA A;  2IFF Y;  5LVJ A;  1LZN A;  1LKS A;  2F2N A;  5KXO A;  5APC A;  1F6R A;  1GPQ C;  1J1O Y;  2DQC Y;  4KPM A;  2MEA A;  4II8 A;  4XJB A;  5LVI A;  5J7C A;  5FDJ A;  5KXR A; 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 5HNL A;  3GXK A;  1FLY A;  1BB5 A;  5KXX A;  1GFG A;  3TMX A;  4WM1 A;  4OW1 A;  4HJV A;  4NHT A;  2ZIL A;  1B9O A;  2C8O A;  5L3H A;  1A4V A;  4AXT A;  4BAP A;  3OK0 A;  4PPO A;  1AT6 A;  1B5Z A;  1UIE A;  1J1P Y;  1LHI A;  1AT5 A;  3W6B A;  1LZR A;  1GFJ A;  1CJ8 A;  1IOT A;  1GE1 A;  1HEL A;  1B7S A;  1LSM A;  1LJ3 A;  2I6Z A;  3AZ7 A;  3LHM A;  2LYM A;  3HBH A;  1IWX A;  4H8Z A;  3AGH A;  1KXW A;  1IR8 A;  1A2Y C;  5LVH A;  1LZT A;  3W6D A;  3IJU A;  4YEN A;  4DDC A;  1G7M C;  4CGE A;  1KIR C;  1GFA A;  5L9J A;  4UWV A;  5E9R A;  1YKZ X;  1B7O A;  1XEK A;  4U3X B;  2BLX A;  2EQL A;  1FLQ A;  1D9U A;  1EL1 A;  1BVK C;  1DI3 A;  1LMC A;  1TCY A;  3CT5 A;  3LYM A;  4ETC A;  1LZ8 A;  1CKG A;  1LSP A;  1XGU C;  4H1P A;  2G4P A;  1LJE A;  3CB7 A;  5B06 A;  3E3D A;  1IWU A;  1JKC A;  1XEJ A;  2ZQ4 A;  3ZVQ B;  1YL0 X;  1GBX A;  4HJZ A;  3WW6 A;  4HPI A;  2D91 A;  2D6B A;  2B5Z A;  4NGZ A;  4WO9 A;  1LZ1 A;  1IY4 A;  4CFP A;  2W1L A;  5LA5 A;  1GBW A;  4XJF A;  3RNX A;  1MEL L;  1IC5 Y;  1WTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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