1LMNA

The refined crystal structure of lysozyme from the rainbow trout (oncorhynchus mykiss)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refined crystal structure of lysozyme from the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).
pubmed doi rcsb
molecule keywords RAINBOW TROUT LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Oncorhynchus mykiss
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmnA00
5F81A 1GFEA 1XGQC 2W1XA 135LA 4UWVA 1C08C 5I4XA 1IWTA 1LJNA 1AT5A 3HBDA 4QGZA 3D3DA 4WM2A 5B05A 1NF5A 3AGHA 1JWRA 5KXRA 1GE1A 1ZV5L 1GEZA 4O34A 5AMYA 2BAAA 2BQIA 1LZEA 2Z38A 4N5RA 1LYYA 4DD9A 4ETBA 5LYMA 3AZ6A 1IO5A 1YROA 1GDWA 4ETCA 2NWDX 2W1MA 1GB8A 1INUA 3LYMA 1Z55A 1IP4A 4H9BA 5HMVA 5M1YA 1UCOA 2AUBA 4HV2A 3VWOA 4ANRA 1BHZA 1F10A 4B0DA 1B5YA 4B4IA 1N4FA 1GB9A 1OUCA 2IHLA 1VAUA 1REYA 1YQVY 2XBRA 1D0MA 3EO5A 4UWUA 1JHLA 1LZRA 3B72A 5F16A 2BQFA 1IP6A 1JEFA 1QSWA 4QDNA 3ZVQB 5FCPA 4LFXA 1FLQA 2BQBA 1EQ4A 4J0LA 5IDDA 1YANA 5KXOA 4OWCA 2XBSA 5KXSA 4H8YA 5LINA 133LA 1UUZC 1GEVA 1BB4A 2HEBA 3BKVA 3BKHA 1CKGA 1TEWA 3LN2A 1AKIA 1QDRA 4WLTA 5LVJA 4XJIA 2DQAA 3E3DA 1IOQA 4WOAA 4XJFA 1HEMA 1FN5A 1UIAA 2A7DA 4G4CA 4B4EA 4RDSA 1GFHA 2HTXA 1RCMA 2MECA 1LSGA 1DPWA 1IP7A 208LA 5LVIA 1UBZA 2FYCA 4NGZA 1CJ6A 1IOCA 1BB3A 2LYOA 2ZIKA 2BQOA 4NIJA 4U3XB 1LJGA 4HJVA 1C46A 1FLWA 5LA5A 4BADA 1NMMA 1FKVA 1GFTA 2XJWA 5JENB 1IP2A 2F2NA 4NWEA 1GF5A 8LYZA 1LHMA 3WU9A 1GF4A 4XJBA 1DKJA 2RSCA 5I53A 1LOZA 1WQRA 2CWIA 4Z98A 4YM8A 1G7LC 2HEEA 2ZYCA 1GD6A 4GLVA 1KIPC 4NFVA 4BAFA 1JIYA 1CJ7A 4PJ2C 3ATNA 3TXIA 5LVHA 2BPUA 4EOFA 4ETEA 1EQEA 2MEIA 3WUMA 1YKXX 1GFKA 1GF7A 3G3BB 4GCDA 5B1GA 1JJ0A 1J1OY 4OOOA 1WTMA 2DQJY 4KL7A 3TMUA 1D6PA 1LTMA 1J1PY 3IJUA 2YBIA 3IJVA 3TMVA 4ET8A 1EQ5A 1F0WA 4WMGA 1RI8B 4KXIA 1LJEA 1KXXA 1IWXA 1LKRA 2BQGA 1GFAA 3LZTA 4NHPA 4ET9A 4H94A 4I8SA 1NDGC 1OUBA 1CKHA 1LZ8A 1NHEA 1QTEA 1XGRC 3AZ4A 3WW6A 1KXYA 2FBBA 1IR8A 1IWUA 1FBIX 132LA 5I4WA 4LYMA 1IOTA 1C10A 1LHKA 2BQEA 5HQ1A 4H9HA 1GB3A 4TX7A 1LSMA 3WPLA 1CKFA 4AGAA 3ZVQA 4G9SA 4QY9A 1PS5A 4LYCA 3TXGA 1BB7A 1V7SA 5HLLA 4ZIXA 1XFPL 1D0KA 4WG7A 5APEA 2Y8PA 1B7OA 1UIBA 4TSBA 1HF4A 5FHWA 5I54A 1O23A 1IVMA 4TSCA 1OUEA 3P64A 3RNXA 4H9IA 2BQLA 4DD3A 1HHLA 1V7TA 4MCKA 5F9UA 1GFJA 1TCYA 5F9XA 2YBNA 5L3HA 4WLDA 5DM9A 5I5QA 1HENA 1LZ4A 4LT1A 5HNLA 3CT5A 3EBAB 1REZA 3TXEA 4Z41A 2F4AA 1TBYA 4DD0A 5KXYA 3MGWA 1JKAA 3WYHA 1MLCE 1I1ZA 1IP3A 2I25L 3B0KA 1HEQA 4YOPA 4NEBA 4W96A 4PRUA 1GF3A 4LYZA 4NGYA 4YEOA 3W6FA 1OP9B 1GAYA 1GFGA 2HEAA 4IJ4A 1FKQA 3J6KA 1B5UA 3WH1A 1C43A 1BQLY 2HEFA 4H8XA 4CJ2A 1UICA 1SQ2L 3AGGG 2HEDA 1VDSA 4NHTA 4NSGA 5IELA 4OWBA 4LYBA 3TXJA 4G49A 5DN5A 1LZ6A 3LYTA 6LYZA 1CKDA 2FYDA 2DQFC 1YAPA 4WM3A 3CB7A 4N9RA 3W6DA 1LSAA 1D6QA 2X0AA 1YL0X 2D6BA 4ZFPA 5LIOA 4HPIA 194LA 1LSDA 2ZNWY 3TXKA 4OOTA 1G7JC 4B4JA 3A96A 4C3WA 1F6RA 1GE4A 1LMTA 1LZ9A 3A95A 193LA 5EBHA 1GBYA 1GBWA 1UIHA 3HBHA 4LT2A 3WXTA 1OUGA 5LYZA 3RT5X 3N9EA 5LYTA 1QUSA 4HJYA 1I20A 1FLUA 4HPEA 4DD7A 3RW8A 1LHHA 1LZCA 5FDJA 1HEWA 3B0IA 4GN5C 1LZ5A 1IOSA 1BB5A 3WVXA 1MELL 2EPEA 5LXWA 1GFUA 5K7OA 3A94A 3LYZA 1LJJA 2BQJA 1GPQC 1SLYA 1GBOA 2BQMA 3AZ5A 3GXRA 1B5VA 1GFVA 1JTPL 4GN3A 4N1EI 3SP3A 1IR7A 1DI3A 1LMCA 2D91A 2DQGY 4WLXA 2MEAA 1T6VL 3WMKA 2Z19A 1B7NA 1IC5Y 3K3TA 1JKBA 4NGOA 5FEKA 3ULRA 3AYQA 1B7MA 2BQNA 5ILFA 4CGEA 4LT3A 3CSZA 1IWWA 1E8LA 2ZWBA 5C6IA 4WG1A 5E9RA 1XEKA 5C6JA 1LJKA 4XENA 3W6BA 2D4JA 4ETAA 4H9AA 3T6UA 1WQQA 4LYOA 4X3BA 4TTDA 5KXWA 1UIEA 1B2KA 1UC0A 2W1LA 1LHJA 3T36A 4Z46A 1H87A 1WQOA 1REXA 4R0FA 1A2YC 1B5ZA 4FJRA 1XGUC 4MSTA 2EKSC 1J1XY 4N8ZA 1DPXA 1QQYA 2YVBA 3EXDA 5KXTA 4KPMA 3A67Y 4NY5A 2MEFA 2D4IA 1OUHA 2HU1A 2EQLA 3M3UA 1KIQC 4CHXA 1YIKA 1G7MC 1PZYA 2BQAA 1YAQA 1DKKA 3A92A 1B7SA 5LAFA 4E3UA 1BGIA 3HFMY 4GCBA 4NGLA 153LA 1LSBA 5KXLA 1JSEA 4R6CA 1LZTA 2MEBA 1XGPC 2C8OA 3TMXA 4B1AA 4LYTA 3WPJA 3TXBA 1JJ3A 1GB0A 1JITA 2LYMA 1XGTC 3WL2A 9LYZA 4I0CA 1B7LA 1NDMC 2HECA 5J7CA 2ZYPA 1JUGA 2H5ZA 2ZNXY 4GCEA 2FBDA 4HTQA 1QSAA 4H90A 1ZVHL 5LAGA 2MEHA 4II8A 4PRQA 1GB5A 5B06A 4WM4A 3A6BY 5B59A 1JTTL 1CNSA 1YAOA 1H6MA 2F30A 4IATA 4J7VA 1XEIA 4HJZA 1LPIA 1AT6A 4M4OA 2BLYA 1ZMYL 3TXDA 1GFRA 4OWHA 1LJFA 5HMJA 1UIFA 4FDYA 3W6EA 1OUIA 1JTOL 1HELA 1QDTA 2LZTA 4J1AA 1B0DA 4DD1A 4HP0A 4GCCA 1XEJA 4H8ZA 3QNGA 3EMSA 5KXKA 1HSXA 4TUNA 1YKYX 1RE2A 1GBXA 1IX0A 1GF0A 3QE8A 3CSRA 3P4ZA 5IHGA 1D9UA 1VDTA 1YKZX 3WXUA 1NQIA 134LA 1LKSA 1LMQA 1LZGA 5LVKA 3A90A 4DDCA 3W3EA 3D9AC 1CJ9A 1HSWA 1HC0A 5LVGA 1QIOA 4EMNA 1KIRC 3ATOA 1YL1X 2W1YA 1GBZA 1OQMA 4KT3A 4WO6A 1YAMA 3AB6A 3QY4A 2G4QA 4NGWA 5DL9A 4OWAA 2DQCY 1LYSA 2D4KA 2LHMA 3A91A 5B07A 3P68A 2Z2FA 1GB2A 4NHIA 1LZDA 1HMKA 4W94A 2Z12A 1NKHA 5DN4A 1LSZA 3GXKA 4DT3A 4YENA 2BLXA 4CFPA 2IFFY 3WUAA 1IORA 3A93A 4ETDA 4HSFA 5APDA 1DZBX 1UACY 1XSFA 1D0LA 3AGIA 3TMWA 1WTNA 3LZ2A 1CJ8A 4DC4A 1LMOA 4OWEA 2ZIJA 4GCFA 4NWHA 1DQJC 1IY4A 2H9JA 4WO9A 1VDPA 4LT0A 4PGJB 4H9FA 4L41A 3AW6A 3FE0A 5F14A 4H9CA 2CJLA 4J1BA 1OUFA 4CFOA 3WUNA 3OK0A 4RW2A 3CT1A 3WU8A 1ALCA 1W6ZA 1LSCA 2MEDA 1HERA 3OJPA 2YBHA 5A3EA 5II3A 1GE3A 5KJ9A 3B6LA 1LZAA 1UIDA 1GHLA 1JKCA 2C8PA 2DQHY 4PHIA 6LYTA 1GB6A 4NGVA 3WW5A 3LYOA 1T3PA 1HFZA 1QTKA 1B9OA 1B7QA 1JPOA 4NG8A 4OW1A 4G4HA 3CT0A 2PC2A 5KXMA 4NSIA 5L3IA 1FDLY 3KAMA 3AW7A 2BQHA 2DQEY 3P66A 3IWRA 1NBZC 1GWDA 2Z2EA 1LHLA 4M6DA 5KXZA 4D9ZA 1BB6A 1GXV2 2HUBA 3RZ4A 1B7PA 2DQDY 4WL7A 2VB1A 3A6CY 2Z18A 3AJNA 5A3ZA 4IASA 2YBMA 2ZILA 5I4YA 2ZQ3A 1LSYA 4ML7A 4H93A 1DXJA 4LZTA 1W08A 1FLYA 4XADA 1LZBA 4H91A 1KXWA 1B7RA 1GXXA 3M18B 4NGKA 4XJDA 5HNCA 2MEEA 3B0OA 5DLAA 1GBSA 3TXHA 1YILA 4P2EA 4NGIA 1JKDA 3G3AB 1I56A 4ZEEA 1VATA 3RU5A 1OUDA 4G4BA 5KKIA 5T3FA 1VEDA 1GF8A 1HFXA 3A34A 5LA8A 2YDGA 1NBYC 1JISA 1LHIA 4QEQA 4DDAA 4Z3MA 4H92A 1GAZA 1HNLA 5D5CA 2B5ZA 1BWIA 3N9AA 1LMAA 4RLMA 1HFYA 2BQCA 1LZNA 1LJ4A 5KXPA 4HTKA 1NWGA 1IY3A 3HBEX 4DWXA 1LYZA 1UIGA 2I6ZA 4MR1A 5ILCA 4C5FA 1IWZA 1GF6A 4BS7A 4NGJA 4NHQA 3F6ZA 4XN6A 3A8ZA 1QUTA 1ZVYB 4BAPA 1F6SA 1BWJA 3A3RX 1CKCA 2DQIY 4XJGA 1AM7A 1VFBC 1IC7Y 1B5WA 4HV1A 3LHMA 1TDYA 4WM5A 1LZSA 5KXXA 1REMA 4HTNA 1JJ1A 4LGKA 1IWYA 1LYOA 2EIZC 2Z39A 1BVKC 4DYGA 2A7FA 1GF9A 5FELA 1C45A 1IIZA 4WM1A 2LZ2A 3J4GA 3WULA 1GB7A 1IWVA 1LMNA 2DBTA 1IP1A 3W6CA 5B1FA 4DDBA 5KKJA 2N5ZA 4RLNA 1BWHA 1GE0A 207LA 5APCA 5E4PA 2LYZA 4NSHA 4NHSA 1OUAA 3WU7A 1LJ3A 1G7IC 1DI5A 154LA 5KXNA 3CQLA 1LSEA 1TAYA 2YBLA 3WPKA 2CDSA 4UWNA 1IC4Y 2G4NA 2I26L 3WVYA 4NG1A 1HMLA 4RW1A 2GV0A 4NSJA 1A4VA 4WM6A 5KY1A 4H9EA 4PPOA 2H9KA 2YSSC 3FI7A 4B49A 1LSNA 4TWSA 1LZ1A 2F4GA 5D5FA 1EL1A 1B5XA 4H1PA 4WLYA 1WQPA 2BQKA 1LMPA 1LSFA 1IR9A 1LZYA 1IEEA 1WQNA 1LJIA 2YBJA 1HEPA 3N9CA 1RJCB 5L9JA 2HU3A 1LSPA 1BVXA 2BQDA 1WQMA 2DKVA 2WARA 3W6AA 4N0JA 3ZEKA 7LYZA 5C6LA 1P2CC 1WVVA 4XJHA 3A3QA 4LFPA 4XYYA 2Z37A 2ZQ4A 4WL6A 4A7DA 1AZFA 2CGIA 4GN4A 2Q0MX 3P65A 1VDQA 4N1CC 1HEOA 3TXFA 2MEGA 2G4PA 1JSFA 1DI4A 2XTHA 1LCNA 4AXTA 1GDXA 1C7PA 1OUJA 1LJHA 4GLAA 1UA6Y 4DD2A 4YEMA 3CSQA 3AZ7A 5APFA 4YF2A 1LAAA 1RFPA 1WVUA 1G7HC 1IP5A 5FSTA 1GE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F81A 1XGQC 5I4XA 4QGZA 3D3DA 1JWRA 3FA0A 1L65A 4EKPA 1C64A 2W1MA 183LA 1C6MA 1G1WA 1IP4A 5HMVA 5M1YA 4HV2A 3VWOA 4B0DA 1VAUA 4ARPA 1D0MA 1L83A 3B72A 5F16A 261LA 1QSWA 5KXOA 5LINA 259LA 1IOQA 1UIAA 4B4EA 4G4CA 1GFHA 1IOCA 2LYOA 4HJVA 218LA 1C46A 1NMMA 1L77A 5JENB 3WU9A 4XJBA 4YM8A 1WQRA 4Z98A 1G7LC 1P6YA 1L98A 1CJ7A 4PJ2C 5LVHA 2BPUA 186LA 4W57A 1L60A 2B72A 1GFKA 3G3BB 5B1GA 4OOOA 2DQJY 2YBIA 4ET8A 1F0WA 4WMGA 4KXIA 1IWXA 4NHPA 178LA 1XGRC 1LZ8A 3AZ4A 157LA 3SB8A 1L51A 3DKEX 4H9HA 3WPLA 2HUKA 1CVKA 1PS5A 5HLLA 4ZIXA 113LA 2Y8PA 3OE9A 1T8AA 5I54A 1CX6A 2CUUA 4H9IA 2BQLA 4DD3A 1HHLA 4MCKA 3L64A 1GFJA 4W55A 4WLDA 1LZ4A 2F4AA 155LA 1L67A 1I1ZA 2O4WA 2I25L 1HEQA 4LYZA 1L39A 2HEAA 1GFGA 4IJ4A 187LA 3J6KA 3WH1A 252LA 1L01A 146LA 3LYTA 6LYZA 3DN8A 1EPYA 3DMXA 4N9RA 1LSAA 1YL0X 1L58A 4ZFPA 1C6FA 1LSDA 4B4JA 3A96A 1GE4A 193LA 3C81A 1GBWA 5LYZA 5LYTA 4HJYA 4DD7A 3RW8A 1LHHA 214LA 1HEWA 1LZ5A 1IOSA 1BB5A 137LA 1MELL 1GFUA 255LA 1LJJA 3GXRA 4GN3A 1B5VA 127LA 3DN2A 1IC5Y 3ULRA 4NGOA 1L38A 1SX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F81 A;  1GFE A;  1XGQ C;  2W1X A;  135L A;  4UWV A;  1C08 C;  5I4X A;  1IWT A;  1LJN A;  1AT5 A;  3HBD A;  4QGZ A;  3D3D A;  4WM2 A;  5B05 A;  1NF5 A;  3AGH A;  1JWR A;  5KXR A;  1GE1 A;  1ZV5 L;  1GEZ A;  4O34 A;  5AMY A;  2BAA A;  2BQI A;  1LZE A;  2Z38 A;  4N5R A;  1LYY A;  4DD9 A;  4ETB A;  5LYM A;  3AZ6 A;  1IO5 A;  1YRO A;  1GDW A;  4ETC A;  2NWD X;  2W1M A;  1GB8 A;  1INU A;  3LYM A;  1Z55 A;  1IP4 A;  4H9B A;  5HMV A;  5M1Y A;  1UCO A;  2AUB A;  4HV2 A;  3VWO A;  4ANR A;  1BHZ A;  1F10 A;  4B0D A;  1B5Y A;  4B4I A;  1N4F A;  1GB9 A;  1OUC A;  2IHL A;  1VAU A;  1REY A;  1YQV Y;  2XBR A;  1D0M A;  3EO5 A;  4UWU A;  1JHL A;  1LZR A;  3B72 A;  5F16 A;  2BQF A;  1IP6 A;  1JEF A;  1QSW A;  4QDN A;  3ZVQ B;  5FCP A;  4LFX A;  1FLQ A;  2BQB A;  1EQ4 A;  4J0L A;  5IDD A;  1YAN A;  5KXO A;  4OWC A;  2XBS A;  5KXS A;  4H8Y A;  5LIN A;  133L A;  1UUZ C;  1GEV A;  1BB4 A;  2HEB A;  3BKV A;  3BKH A;  1CKG A;  1TEW A;  3LN2 A;  1AKI A;  1QDR A;  4WLT A;  5LVJ A;  4XJI A;  2DQA A;  3E3D A;  1IOQ A; 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 1JJ1 A;  4LGK A;  1IWY A;  1LYO A;  2EIZ C;  2Z39 A;  1BVK C;  4DYG A;  2A7F A;  1GF9 A;  5FEL A;  1C45 A;  1IIZ A;  4WM1 A;  2LZ2 A;  3J4G A;  3WUL A;  1GB7 A;  1IWV A;  1LMN A;  2DBT A;  1IP1 A;  3W6C A;  5B1F A;  4DDB A;  5KKJ A;  2N5Z A;  4RLN A;  1BWH A;  1GE0 A;  207L A;  5APC A;  5E4P A;  2LYZ A;  4NSH A;  4NHS A;  1OUA A;  3WU7 A;  1LJ3 A;  1G7I C;  1DI5 A;  154L A;  5KXN A;  3CQL A;  1LSE A;  1TAY A;  2YBL A;  3WPK A;  2CDS A;  4UWN A;  1IC4 Y;  2G4N A;  2I26 L;  3WVY A;  4NG1 A;  1HML A;  4RW1 A;  2GV0 A;  4NSJ A;  1A4V A;  4WM6 A;  5KY1 A;  4H9E A;  4PPO A;  2H9K A;  2YSS C;  3FI7 A;  4B49 A;  1LSN A;  4TWS A;  1LZ1 A;  2F4G A;  5D5F A;  1EL1 A;  1B5X A;  4H1P A;  4WLY A;  1WQP A;  2BQK A;  1LMP A;  1LSF A;  1IR9 A;  1LZY A;  1IEE A;  1WQN A;  1LJI A;  2YBJ A;  1HEP A;  3N9C A;  1RJC B;  5L9J A;  2HU3 A;  1LSP A;  1BVX A;  2BQD A;  1WQM A;  2DKV A;  2WAR A;  3W6A A;  4N0J A;  3ZEK A;  7LYZ A;  5C6L A;  1P2C C;  1WVV A;  4XJH A;  3A3Q A;  4LFP A;  4XYY A;  2Z37 A;  2ZQ4 A;  4WL6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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