1LMPA

The crystal structures of three complexes between chitooligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of three complexes between chito-oligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout. How distorted is the NAG sugar in site D?
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmpA00
1KXWA 1LSFA 4DD0A 4LYOA 4NGIA 2ZYCA 4XENA 4WLYA 4N5RA 5HMJA 3AW7A 4HV1A 1TBYA 2Z2FA 5L3HA 4PHIA 2BAAA 1D0KA 1LZ1A 1GBYA 1FBIX 4WM3A 1GDWA 4H91A 4PGJB 1DZBX 1LJNA 1IWYA 1JTTL 4GCBA 4DD9A 1J1XY 1E8LA 1DQJC 4TX7A 4GCCA 3LYMA 1UACY 4G49A 5M1YA 2FYCA 5IDDA 5HQ1A 4DDCA 1YL0X 1B9OA 2BQMA 4W96A 208LA 4BS7A 1GBXA 5LXWA 1HC0A 1C7PA 3ATNA 4WM6A 1QQYA 2YBIA 4NG1A 3A96A 4XYYA 1JISA 4N9RA 2F2NA 1OUHA 4WL7A 5L3IA 2HEAA 4N1EI 1HNLA 1FDLY 2Z39A 3ZEKA 1NQIA 4ET8A 1LPIA 1GHLA 4H8YA 2H9JA 1IOQA 1B7SA 5B07A 3TMUA 1OUGA 4NGOA 2WARA 1UIFA 1FLWA 1WQNA 4Z98A 5LVKA 1GPQC 2VB1A 1D0LA 1CJ9A 1GBWA 1XGRC 2CGIA 1GBOA 2I25L 4HV2A 1IO5A 3LHMA 1NBYC 1BB4A 1IR8A 3A8ZA 4HPIA 5KXPA 1CJ8A 1V7SA 3RW8A 3TMXA 1RFPA 2HU3A 1B5UA 4MCKA 3ZVQB 5J7CA 1T3PA 1CKFA 2HEFA 1LJKA 2MEBA 2ZIKA 3B0KA 3CSQA 4LT0A 1LZYA 3TXKA 8LYZA 1OUEA 4I0CA 1ZVHL 4NSGA 1G7JC 3EBAB 2H9KA 2FYDA 4IATA 3HBDA 5FSTA 132LA 1GF5A 4HTNA 1J1OY 1QSAA 2ZIJA 1GF4A 1IR9A 2GV0A 2ZQ4A 4J7VA 4UWNA 4P2EA 2HUBA 1JKDA 5C6JA 1KXYA 4H93A 4NEBA 1W08A 4R6CA 1KIQC 2F4GA 1HELA 1B5WA 4OW1A 1QTEA 3CT5A 1GFRA 2BQBA 1I20A 4DYGA 2MEEA 4NHTA 3WU7A 3OJPA 4ETCA 4DDBA 3CSRA 1GE4A 5LVHA 4B1AA 4OOTA 3GXRA 1VDTA 1FLUA 4O34A 3RU5A 1QUTA 3WH1A 2BQJA 1T6VL 3T36A 1DPXA 4GCDA 4C5FA 1INUA 1EQ4A 1VEDA 4XJBA 4GN3A 5LVIA 1VDQA 5E9RA 1GFUA 5APEA 1BB7A 5KKJA 2BQEA 1LJGA 1GE1A 4B4IA 5AMYA 1LSPA 4G4BA 1HEPA 2C8PA 1JPOA 3FI7A 1JKAA 1G7MC 2XTHA 3LN2A 3P66A 1B5XA 4CJ2A 1LSGA 4DT3A 1JTOL 4FDYA 1B7PA 1IWZA 1GDXA 4H92A 4WLDA 5LAGA 3P64A 3AB6A 1IEEA 5F81A 3LYTA 1HMLA 5HLLA 2ZNWY 1LZNA 3P4ZA 4PPOA 1SQ2L 2Z19A 1AT5A 1DI5A 1GD6A 1LMOA 3AZ6A 4WM2A 1KIRC 3EXDA 4NGYA 2AUBA 1LMPA 1QSWA 2N5ZA 3A3QA 1IX0A 1KXXA 4M4OA 4LZTA 2Z18A 1IWWA 4LYTA 1I56A 4ANRA 1LSEA 2BQOA 2BQHA 3AZ7A 1LJHA 1CKHA 1PZYA 4N1CC 1RCMA 3F6ZA 3QY4A 3W3EA 3WPKA 5B05A 5LVGA 1WTNA 1LZ6A 2F30A 1HHLA 4GCEA 1QTKA 4H9IA 3W6FA 1UC0A 1LZGA 4UWUA 3QE8A 4EMNA 1D6QA 3CT1A 1GFVA 1LKRA 3WMKA 1IC4Y 1NWGA 1JJ3A 1UIBA 1F0WA 1GF6A 3CQLA 2Z37A 3EMSA 5C6IA 4C3WA 2W1LA 4WM1A 5HNCA 1GAYA 2DQDY 2BQLA 1OUDA 4XJIA 4ZFPA 4YENA 2G4QA 4WLXA 3WU9A 4D9ZA 2IHLA 2LZ2A 2BLYA 3E3DA 3HBHA 4J1BA 4CHXA 2D4IA 2BQNA 2IFFY 1IOSA 1UA6Y 1OQMA 3W6BA 1CJ6A 1B7MA 4G4HA 4OWEA 3WULA 1PS5A 2YBNA 3AZ5A 5LAFA 133LA 1GB5A 5DL9A 5FEKA 1GE3A 2YBMA 1LMTA 3B0OA 5EBHA 4HTKA 2DKVA 4NWEA 1LJ4A 1G7HC 1LSNA 7LYZA 1GB8A 4I8SA 4WO6A 4WMGA 3N9AA 1IOCA 1BWJA 4CFOA 1IIZA 1LYZA 1AM7A 1UIAA 2MEHA 1YANA 4NIJA 1LYSA 1NHEA 1AT6A 1EL1A 4DC4A 4ZIXA 4NGJA 1BVXA 1NBZC 1TEWA 3AGGG 3J4GA 3A6CY 4IJ4A 2DQHY 1JSEA 4NGKA 5F16A 5KXMA 1IWVA 1CKGA 3D3DA 4H8ZA 4N0JA 4XN6A 5KXTA 2BQCA 4EOFA 2MEIA 2XJWA 4XJGA 4TUNA 3VWOA 1W6ZA 3A91A 1MELL 1HEQA 1GF3A 2YBLA 3TMVA 1GAZA 207LA 5APCA 5LINA 3ATOA 193LA 4H90A 1LZSA 5A3ZA 5I4YA 4H9FA 1LZDA 2XBRA 5D5FA 5FHWA 4B0DA 4NHQA 3MGWA 4AXTA 4LGKA 1GEZA 1F10A 4XJHA 2W1MA 1GB2A 1YKYX 1V7TA 1YIKA 3RT5X 3N9CA 2BPUA 4TTDA 5LA8A 2X0AA 4HJVA 1RJCB 1D9UA 2LHMA 1ALCA 2LYMA 4LYBA 1XEIA 5ILCA 1LHJA 1EQ5A 2BQAA 1C08C 2CJLA 1LZRA 2MEFA 153LA 1LSBA 4R0FA 3WW5A 1WQOA 1BVKC 1XFPL 1IY3A 2NWDX 1G7IC 2XBSA 3IJUA 1IVMA 2I26L 1REMA 1P2CC 1GFJA 5A3EA 3TXBA 1GF8A 1H6MA 4NGVA 1LTMA 5B1GA 1GXV2 5F9UA 1NDGC 1VDPA 2D4JA 1GB6A 4LT3A 4WM4A 3A6BY 1IORA 4YEMA 1UBZA 1GFAA 4XJDA 1LJ3A 1VDSA 3WVYA 1OUCA 5B1FA 1IP4A 3AZ4A 5FDJA 2I6ZA 2A7FA 4J1AA 1VATA 1DXJA 4TSCA 4KT3A 1ZMYL 4HP0A 1REXA 1XGTC 5APDA 2RSCA 3LZTA 1YQVY 2MEAA 4L41A 5KXSA 4NFVA 4YOPA 4AGAA 1LMCA 4ETBA 1LZ8A 4NSJA 4ETDA 2BLXA 2D4KA 4KPMA 4WO9A 5DN4A 4U3XB 4G9SA 1HF4A 3HBEX 1BHZA 1B7RA 1JUGA 1FKVA 4B4EA 4MR1A 1IP1A 2DQCY 4WL6A 1OUBA 5IHGA 4WLTA 1LKSA 3SP3A 4BAPA 1WVVA 5KXRA 1AZFA 2DQFC 4OWAA 1LOZA 1CJ7A 1RE2A 2HU1A 1FLYA 2ZYPA 4KL7A 2MECA 5F14A 1YAOA 1LHHA 4UWVA 4G4CA 1LJEA 4Z3MA 5APFA 154LA 1A4VA 4H9BA 9LYZA 3W6EA 1DKJA 4OOOA 1OP9B 4LYZA 4TWSA 2MEDA 4KXIA 4E3UA 2EIZC 1C43A 1LMQA 1FLQA 2BQGA 1GFEA 1XEJA 1SLYA 2G4PA 1LHKA 4DDAA 1JKCA 5I53A 3RNXA 1NDMC 1LZ5A 1GFKA 5KKIA 1C45A 5T3FA 1IP3A 1B7NA 1CKCA 5FELA 1OUJA 5KXNA 1JTPL 1YROA 4GN5C 3TXJA 1LAAA 1YAMA 4W94A 2EQLA 2B5ZA 3G3AB 4YF2A 1GF7A 2H5ZA 2F4AA 3G3BB 1LSMA 4A7DA 5KY1A 1B5VA 1LYOA 1BB5A 4J0LA 5KXOA 1GBSA 1GFTA 135LA 4B49A 4CFPA 3AJNA 3IJVA 3N9EA 3WPLA 4PRUA 5KXLA 1REZA 5HMVA 2YSSC 1ZV5L 2YBJA 3B0IA 5KJ9A 1WQQA 1QIOA 1IP6A 2Z38A 1LSZA 2BQFA 2Z2EA 1J1PY 4NHIA 4DD1A 1JIYA 1JWRA 1WVUA 4LYCA 4HTQA 1BWIA 1REYA 4ETAA 1JEFA 1RI8B 4LFPA 1IP7A 4BAFA 5LA5A 5LYZA 4NGWA 4XJFA 1IP5A 1B0DA 3TXFA 3WUNA 1HSXA 1UIGA 2YDGA 4RLNA 2PC2A 4ML7A 1LHLA 4XADA 1TDYA 3AYQA 4NGLA 1HEMA 5KXXA 1JITA 1JJ0A 1LZEA 1WQMA 2C8OA 3CT0A 3WW6A 5LYTA 1CKDA 1DPWA 2BQIA 2LYOA 1UUZC 2DBTA 3M18B 1I1ZA 2YBHA 1C46A 1YAPA 5E4PA 5L9JA 2DQAA 1BWHA 1WQPA 4DD2A 2DQIY 1LZCA 1BB3A 2HTXA 1B5ZA 4DD3A 1BB6A 1GWDA 1XGPC 2EPEA 1HERA 3WYHA 4LT1A 4H9EA 5FCPA 2FBBA 1Z55A 4NY5A 5IELA 1A2YC 2D6BA 1GB0A 4LYMA 3TXGA 1QUSA 4RLMA 3TXIA 1B2KA 1QDTA 5K7OA 4GCFA 4QGZA 2YVBA 5KXKA 4NGZA 5LYMA 1FN5A 3AGIA 1LZBA 2DQGY 4WOAA 5HNLA 1GB7A 4X3BA 3T6UA 3RZ4A 3W6CA 5D5CA 1HMKA 2ZILA 4YEOA 1QDRA 4H9HA 4PJ2C 2Z12A 3KAMA 1O23A 3K3TA 2A7DA 3TXDA 1UIDA 1GB3A 3W6AA 4GN4A 1HEWA 1JHLA 1IWTA 3B72A 1NMMA 2ZNXY 1LCNA 4H8XA 4YM8A 1N4FA 5B06A 1FKQA 3LYOA 5LVJA 1B7LA 3D9AC 2CDSA 3FE0A 1GF9A 5JENB 1XGUC 2FBDA 1NKHA 5KXWA 4TSBA 1XSFA 4B4JA 1C10A 1WQRA 1H87A 1LJFA 3A94A 4N8ZA 3ZVQA 3BKVA 1JSFA 4QEQA 2Y8PA 3EO5A 1AKIA 4NHSA 4CGEA 5DLAA 5I5QA 2HECA 2ZQ3A 4OWHA 3TXEA 1B7QA 3P68A 4II8A 4WG1A 1DKKA 1B7OA 1XGQC 3A95A 1GXXA 1LMNA 1OUAA 5F9XA 1YKXX 4OWCA 3LYZA 4RW1A 4QY9A 2W1YA 3OK0A 4WM5A 1YAQA 4HJZA 1DI4A 3A92A 3P65A 4Z41A 1NF5A 1LSYA 2HEBA 4ET9A 3A67Y 1GF0A 4FJRA 4H9AA 1TCYA 4H9CA 4OWBA 4ETEA 5C6LA 1LYYA 4RW2A 1LZTA 3AGHA 1ZVYB 4DD7A 3W6DA 134LA 4H94A 5LIOA 5ILFA 6LYTA 4GLAA 1OUFA 1GBZA 2W1XA 1F6SA 4NSIA 3WXUA 1UIHA 2DQEY 1D0MA 4DWXA 1MLCE 2BQDA 1GE2A 4NSHA 3GXKA 1IC5Y 1VFBC 1LHMA 1G7LC 3A34A 3WPJA 2DQJY 1IY4A 3LZ2A 3TMWA 2ZWBA 5I4XA 1HFZA 5B59A 1D6PA 2EKSC 1LSCA 1IC7Y 5DN5A 1LSDA 4WG7A 1YKZX 4IASA 1OUIA 1B5YA 1GFHA 1VAUA 3A90A 4NWHA 5I54A 4HPEA 4LFXA 1HFYA 1IWUA 1LHIA 1LZ9A 1KIPC 1LJJA 1EQEA 2MEGA 3WU8A 1BQLY 1YL1X 1BGIA 2D91A 1LSAA 3TXHA 4BADA 1LMAA 2Q0MX 4H1PA 3J6KA 4Z46A 5II3A 1UCOA 4NHPA 1UICA 6LYZA 1GB9A 3A3RX 2G4NA 4RDSA 1LZ4A 4LT2A 1GEVA 2BQKA 1IP2A 3M3UA 1F6RA 5DM9A 3WUMA 1TAYA 1DI3A 3WXTA 1JKBA 2LZTA 1IR7A 3IWRA 4NG8A 3HFMY 4HJYA 3A93A 3CSZA 1WTMA 3ULRA 1HEOA 3QNGA 4MSTA 1LZAA 1JJ1A 1UIEA 2HEDA 1CNSA 1GE0A 3AW6A 5I4WA 3BKHA 4ZEEA 1HFXA 3WL2A 1HSWA 5KXYA 1GFGA 4M6DA 1XEKA 2HEEA 1HENA 1IOTA 3WVXA 4GLVA 5KXZA 4QDNA 1IWXA 2LYZA 194LA 4PRQA 4HSFA 3CB7A 3B6LA 3WUAA 2CWIA 1LJIA 1YILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXWA 3AW7A 1TBYA 2Z2FA 249LA 4PHIA 1T8AA 4PGJB 1QT8A 1IWYA 128LA 2B6TA 1C6FA 1UACY 4DDCA 1L16A 4W96A 2QARC 1LWGA 1L10A 1C7PA 160LA 4NG1A 1G0GA 1EPYA 4N9RA 4W55A 3DN6A 1T97A 1B7SA 5B07A 1L68A 1XJTA 184LA 1L82A 1WQNA 148LE 5LVKA 1D0LA 254LA 1GBOA 1NBYC 237LA 1RFPA 3ZVQB 3B0KA 4I7MA 4I7RA 4I0CA 1QT7A 1ZVHL 247LA 201LA 1GF5A 2ZIJA 1C6JA 2HUBA 2HUKA 5C6JA 1QUDA 2F4GA 172LA 1QTEA 1L33A 238LA 3CSRA 3GXRA 1L00A 1LI3A 4O34A 3T36A 1EQ4A 2RBNA 1LLHA 1BB7A 4I7NA 1LSPA 4G4BA 3FI7A 1G7MC 3P66A 1B5XA 1L09A 1JTOL 185LA 4H92A 181LA 5HLLA 3P4ZA 231LA 1DI5A 3EXDA 212LA 1LSEA 1QTVA 2BQHA 3AZ7A 3JR6A 3WPKA 1RCMA 3QY4A 2F30A 4UWUA 2OEAX 3CT1A 1LKRA 1UIBA 5C6IA 3CQLA 2Z37A 4C3WA 1QUGA 4WM1A 1GAYA 4WLXA 4D9ZA 2LZ2A 1D3JA 4J1BA 2D4IA 1L94A 3DN0A 1OQMA 1B7MA 4G4HA 1PS5A 152LA 3B0OA 3C8QA 1L65A 2DKVA 1G7HC 1L40A 4I8SA 1P3NA 1IOCA 1BWJA 4ARQA 1LYZA 1L06A 1AT6A 1EL1A 1NHEA 4ZIXA 1TEWA 1XJUA 1C67A 222LA 1C6HA 2DQHY 1IWVA 4N0JA 5KXTA 4XJGA 2LZMA 5LZMA 164LA 1T8FA 5APCA 5LINA 2RB1X 118LA 4B0DA 4NHQA 3MGWA 4AXTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXW A;  1LSF A;  4DD0 A;  4LYO A;  4NGI A;  2ZYC A;  4XEN A;  4WLY A;  4N5R A;  5HMJ A;  3AW7 A;  4HV1 A;  1TBY A;  2Z2F A;  5L3H A;  4PHI A;  2BAA A;  1D0K A;  1LZ1 A;  1GBY A;  1FBI X;  4WM3 A;  1GDW A;  4H91 A;  4PGJ B;  1DZB X;  1LJN A;  1IWY A;  1JTT L;  4GCB A;  4DD9 A;  1J1X Y;  1E8L A;  1DQJ C;  4TX7 A;  4GCC A;  3LYM A;  1UAC Y;  4G49 A;  5M1Y A;  2FYC A;  5IDD A;  5HQ1 A;  4DDC A;  1YL0 X;  1B9O A;  2BQM A;  4W96 A;  208L A;  4BS7 A;  1GBX A;  5LXW A;  1HC0 A;  1C7P A;  3ATN A;  4WM6 A;  1QQY A;  2YBI A;  4NG1 A;  3A96 A;  4XYY A;  1JIS A;  4N9R A;  2F2N A;  1OUH A;  4WL7 A;  5L3I A;  2HEA A;  4N1E I;  1HNL A;  1FDL Y;  2Z39 A;  3ZEK A;  1NQI A;  4ET8 A;  1LPI A;  1GHL A;  4H8Y A;  2H9J A;  1IOQ A;  1B7S A;  5B07 A;  3TMU A;  1OUG A;  4NGO A;  2WAR A;  1UIF A;  1FLW A;  1WQN A;  4Z98 A;  5LVK A;  1GPQ C;  2VB1 A;  1D0L A;  1CJ9 A;  1GBW A;  1XGR C;  2CGI A;  1GBO A;  2I25 L;  4HV2 A;  1IO5 A;  3LHM A;  1NBY C;  1BB4 A;  1IR8 A;  3A8Z A;  4HPI A;  5KXP A;  1CJ8 A;  1V7S A;  3RW8 A; 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 3AGH A;  1ZVY B;  4DD7 A;  3W6D A;  134L A;  4H94 A;  5LIO A;  5ILF A;  6LYT A;  4GLA A;  1OUF A;  1GBZ A;  2W1X A;  1F6S A;  4NSI A;  3WXU A;  1UIH A;  2DQE Y;  1D0M A;  4DWX A;  1MLC E;  2BQD A;  1GE2 A;  4NSH A;  3GXK A;  1IC5 Y;  1VFB C;  1LHM A;  1G7L C;  3A34 A;  3WPJ A;  2DQJ Y;  1IY4 A;  3LZ2 A;  3TMW A;  2ZWB A;  5I4X A;  1HFZ A;  5B59 A;  1D6P A;  2EKS C;  1LSC A;  1IC7 Y;  5DN5 A;  1LSD A;  4WG7 A;  1YKZ X;  4IAS A;  1OUI A;  1B5Y A;  1GFH A;  1VAU A;  3A90 A;  4NWH A;  5I54 A;  4HPE A;  4LFX A;  1HFY A;  1IWU A;  1LHI A;  1LZ9 A;  1KIP C;  1LJJ A;  1EQE A;  2MEG A;  3WU8 A;  1BQL Y;  1YL1 X;  1BGI A;  2D91 A;  1LSA A;  3TXH A;  4BAD A;  1LMA A;  2Q0M X;  4H1P A;  3J6K A;  4Z46 A;  5II3 A;  1UCO A;  4NHP A;  1UIC A;  6LYZ A;  1GB9 A;  3A3R X;  2G4N A;  4RDS A;  1LZ4 A;  4LT2 A;  1GEV A;  2BQK A;  1IP2 A;  3M3U A;  1F6R A;  5DM9 A;  3WUM A;  1TAY A;  1DI3 A;  3WXT A;  1JKB A;  2LZT A;  1IR7 A;  3IWR A;  4NG8 A;  3HFM Y;  4HJY A;  3A93 A;  3CSZ A;  1WTM A;  3ULR A;  1HEO A;  3QNG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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