1LMPA

The crystal structures of three complexes between chitooligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of three complexes between chito-oligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout. How distorted is the NAG sugar in site D?
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmpA00
1GF3A 1GBWA 1YL0X 2Z38A 4GCCA 8LYZA 1B7LA 1MELL 2MEBA 4LGKA 1KXXA 3TXJA 3WXUA 1LOZA 5KXMA 4B1AA 2G4QA 3ZVQB 1UCOA 1QSAA 3A93A 3TXDA 4PRUA 1BB4A 2EPEA 3TXFA 3P4ZA 1BB5A 2YBHA 4WMGA 4WLDA 1GB5A 4H9AA 3WH1A 1JTPL 3BKVA 1WQOA 2BQCA 3AGGG 4X3BA 1FLQA 4ETDA 1LCNA 2ZQ3A 2FBDA 1GB2A 1REZA 2B5ZA 2YBJA 5B05A 5DM9A 4I8SA 4LT3A 1SQ2L 2BQGA 1OQMA 1GF8A 1XGUC 4GCFA 4UWVA 5KJ9A 3WPKA 1VDSA 5KKJA 1EQ5A 4BAFA 1WVVA 2Q0MX 1KXYA 1YIKA 2F4GA 1OUJA 3B6LA 1LZGA 1HMLA 4N1EI 3WPJA 4YENA 1IC7Y 1IP5A 5KXTA 1YKXX 1C46A 2MEEA 3LYZA 4OW1A 5A3EA 1D0MA 1B7NA 2I26L 1LKRA 1PZYA 3ATNA 3LZTA 4NWEA 4YM8A 4NGOA 1FKQA 1LSAA 1LYZA 3QE8A 1YROA 4NGYA 1GE1A 1LTMA 2BQOA 2CDSA 2MECA 1TEWA 4RLNA 4H9EA 1JKCA 5FDJA 1GF5A 2BQEA 1LMTA 3CT5A 5LVHA 5IHGA 1GF4A 3WW6A 4WL6A 1FBIX 1LZCA 3TXGA 1IC5Y 1GF7A 1XGRC 1LZ4A 1JEFA 1CJ9A 3AB6A 1T3PA 3KAMA 1GDXA 4XJGA 2I6ZA 1GFVA 4D9ZA 1WTMA 4WM4A 1C43A 5LAGA 4PHIA 4XJBA 4DD9A 1LSYA 4NGIA 3RZ4A 5LIOA 3AW6A 1LKSA 4H9CA 4KXIA 4TTDA 1HFYA 3A6BY 1IC4Y 1GXXA 4XJFA 1FDLY 4H1PA 4Z98A 3LN2A 5L3IA 3K3TA 1DPWA 1IIZA 1QSWA 1JTTL 1G7IC 2FYCA 3A8ZA 1AT6A 1GBXA 4Z41A 1XEKA 2F2NA 5F14A 4NGWA 5B1FA 1UBZA 3B0OA 1LSGA 4LT2A 1QUTA 1GPQC 1HEPA 4B4EA 1OUFA 1JHLA 5KXYA 1BQLY 1B7MA 1LHIA 1IR9A 3HBEX 4NGJA 4DC4A 1OUEA 2BLYA 1Z55A 4WLXA 1GE2A 4XADA 1B5WA 1YQVY 5B07A 2W1YA 3CSRA 1LZRA 5HMVA 1BVXA 1GF6A 4Z46A 4NGVA 4ET8A 2LHMA 4BS7A 1CKDA 1UIDA 3A3RX 4N5RA 1LZ1A 1LZBA 153LA 2F4AA 4GLVA 2BQLA 3WMKA 1BB7A 1JKBA 1GF9A 4LT0A 1IP3A 1YAOA 1HEWA 1JWRA 4IASA 5APDA 4G49A 5DN5A 4C5FA 3IJVA 3J4GA 2DQDY 5I5QA 3LZ2A 1IP2A 1UC0A 4H93A 5FHWA 5I53A 4DD2A 4DDCA 3AYQA 1CJ6A 2HEFA 3A67Y 3W6CA 1OUHA 1OP9B 1B5YA 1AT5A 1IORA 4ETAA 4RW2A 1GEVA 5APCA 5IDDA 3QNGA 2DKVA 1I1ZA 5E9RA 4GLAA 2LYOA 5LVGA 1CNSA 2W1LA 1LYYA 1FLWA 3A3QA 135LA 1VAUA 4NIJA 3RU5A 1T6VL 1HFZA 1JIYA 2BAAA 4UWNA 4XN6A 194LA 1C10A 4RW1A 2A7FA 4C3WA 1LHMA 3A92A 1LHLA 2HEDA 3TMXA 4OWEA 1XGQC 5FELA 4NG1A 5F9UA 4HJZA 4TWSA 1J1PY 2IHLA 2YBMA 1QTEA 3IJUA 5IELA 2RSCA 1B7QA 2YBLA 3WU9A 3M18B 1YILA 3AZ6A 1HELA 3LYTA 2FYDA 4ZIXA 1NKHA 1LYSA 2I25L 2BQMA 4WG7A 5C6LA 2CGIA 2BQIA 4NWHA 3CSQA 1BWIA 1C45A 5I4YA 2Y8PA 1F0WA 1WQPA 1C7PA 3WUMA 2YVBA 4N9RA 5ILFA 1GFEA 1GBZA 5I4XA 4WO9A 4DDAA 2LZTA 3WU8A 4W94A 4CFPA 3RT5X 1NMMA 3W6BA 2EQLA 3M3UA 1D0KA 1FKVA 1RJCB 3W6AA 4ETCA 1NDGC 3WVYA 1XEIA 1ZVHL 1KIPC 2W1MA 1TBYA 1B5ZA 4MCKA 2EIZC 4DWXA 1UIHA 1LSFA 2BQFA 4XJIA 1BWHA 3CT1A 5LAFA 1HMKA 1I56A 1LMAA 2ZYPA 1GBYA 1G7JC 1N4FA 4XYYA 3A96A 4GN3A 1LSDA 1D6PA 3N9EA 5KXSA 3N9CA 5KXXA 1OUBA 4NHPA 6LYZA 2MEGA 3P65A 1I20A 5LXWA 3HFMY 2YBNA 4J7VA 1GE3A 5KXKA 4U3XB 1GB8A 1MLCE 2ZIJA 1GFKA 3A91A 1IP6A 2BQJA 1GB0A 2HEEA 3EO5A 1DI3A 3OJPA 4GN4A 4B0DA 1NDMC 2VB1A 1GFGA 4XENA 1E8LA 1WTNA 4HV1A 1LMOA 1JSFA 1LSCA 2BQNA 1B7PA 3LHMA 2YBIA 4PRQA 5KXZA 5F9XA 5C6IA 1BB3A 4G9SA 1C08C 1FN5A 1G7HC 4HPIA 2MEDA 1EL1A 1EQ4A 2D6BA 4ZFPA 1IVMA 4RLMA 1IWTA 1CJ8A 1JISA 3AJNA 1QQYA 2H5ZA 2BQAA 3GXKA 4ET9A 1UA6Y 5ILCA 2ZWBA 3G3AB 3ZVQA 1LJ4A 3CQLA 3HBDA 1B5UA 1GD6A 2HECA 3TXKA 1IWXA 1JUGA 1NQIA 1NWGA 1OUCA 2DQHY 1LYOA 1IEEA 3P64A 1UIFA 1LZNA 4FJRA 2D4JA 5F81A 1LZ8A 4DD7A 1CKFA 1IY4A 4LYBA 1HERA 1JPOA 4HTNA 3RNXA 4MSTA 1LHKA 1GWDA 2D4KA 1DKJA 1HEOA 2ZILA 3A34A 4NHTA 4W96A 1OUAA 5E4PA 4J0LA 1JKDA 4NSJA 1GF0A 1LZYA 5HMJA 3B0IA 3CSZA 4II8A 5FSTA 1IR8A 3W6DA 4G4CA 4H90A 4PPOA 1GE4A 5LVJA 4B4JA 5KXRA 5D5FA 1YAMA 5HQ1A 1GB7A 1REMA 3EXDA 1GBOA 1REYA 1VDQA 2C8PA 4H9IA 5KXOA 4MR1A 1B5XA 1GHLA 3P68A 3AGHA 1D9UA 1XSFA 2GV0A 1XEJA 1RI8B 6LYTA 5B59A 1TCYA 1GFUA 3AZ7A 1B0DA 1LJGA 1UACY 1B9OA 1V7TA 2MEAA 3FE0A 4H94A 1UICA 4LYMA 1GE0A 1NHEA 2HU3A 4KL7A 4NGLA 4AXTA 5J7CA 2H9JA 4KT3A 5M1YA 4CGEA 1LMCA 1JTOL 3TXHA 1JJ1A 4AGAA 1UUZC 1GXV2 1GDWA 1NBZC 5T3FA 4H92A 1BVKC 4OWAA 1YKZX 1RE2A 1H87A 1UIBA 1VDTA 1LSMA 5LYZA 4WL7A 3TXIA 4OWCA 3A94A 1QDRA 1IX0A 1JJ3A 4NSHA 1XFPL 1GBSA 5B06A 5LVIA 1WQNA 4M6DA 1GB6A 2BLXA 5HNCA 5LA5A 2D91A 1IY3A 4GN5C 5DL9A 4WO6A 3T36A 4H9FA 2BQBA 4LZTA 1XGPC 1ZMYL 132LA 4FDYA 4J1AA 4BAPA 5LINA 2G4PA 2DQCY 1CKCA 1SLYA 1LJKA 4DD3A 2IFFY 1UIGA 2Z2FA 1IOSA 1LZAA 2ZYCA 1LJ3A 4NEBA 1F10A 1DPXA 4BADA 4EMNA 4HTQA 3LYMA 1B5VA 1VEDA 4WOAA 5II3A 4KPMA 1REXA 2ZQ4A 3CB7A 2ZNWY 4N8ZA 4IJ4A 4NHQA 1CKHA 1GEZA 2G4NA 1LSPA 2LYMA 2YSSC 3WXTA 1DI5A 1VFBC 2X0AA 1J1OY 1VATA 2XJWA 1BGIA 1IR7A 1IWVA 1LHJA 3D3DA 154LA 1LMPA 208LA 1LJFA 4PJ2C 1WQRA 2XTHA 1IOQA 4E3UA 4G4HA 1OUIA 4LYTA 1BB6A 5EBHA 1KIQC 4R6CA 1A4VA 2Z12A 1FLUA 5DLAA 1G7LC 2Z18A 1JITA 1AZFA 4R0FA 2BQDA 4H9HA 1LJJA 1NF5A 4TSBA 1LZ9A 1F6RA 3W6FA 4M4OA 1QTKA 1IP1A 1HNLA 2XBRA 4OWBA 2WARA 3FI7A 4LYCA 4HSFA 1W08A 2N5ZA 4EOFA 4DD1A 4LYZA 2LZ2A 1HENA 1YANA 2DQEY 1CKGA 1LZTA 5HNLA 4WM5A 3TXBA 3W3EA 1GFTA 3AZ5A 4QY9A 4RDSA 1GAYA 1DXJA 2NWDX 1DKKA 1KIRC 2XBSA 4GCDA 4H91A 1QIOA 4WM3A 4QEQA 3WL2A 3WU7A 4NSGA 2Z39A 4B4IA 2HTXA 7LYZA 1PS5A 1TDYA 4IATA 3WW5A 1LJHA 1IWWA 2YDGA 5HLLA 3EMSA 3J6KA 4LYOA 4LT1A 1DQJC 2MEFA 4N1CC 4UWUA 4ML7A 3WULA 4L41A 5LA8A 4ANRA 1CJ7A 5C6JA 1HEMA 3LYOA 5KY1A 2C8OA 1RFPA 4NG8A 4GCEA 2CJLA 5DN4A 4HP0A 3VWOA 5AMYA 4ETEA 5L9JA 1INUA 2LYZA 1IP4A 1LPIA 2BQKA 2DBTA 3ATOA 5JENB 4NHIA 1LAAA 5KXLA 4A7DA 1LJEA 2DQJY 1HHLA 1JJ0A 2DQIY 3B72A 1GFHA 3GXRA 1BHZA 3ZEKA 1B2KA 1LSZA 4NGKA 2Z37A 1IWYA 1IP7A 1LSNA 1AKIA 1JKAA 1NBYC 2MEHA 1LZEA 1YAQA 4I0CA 1P2CC 1GFRA 4P2EA 4WM1A 1LZ6A 133LA 1YKYX 3WUNA 3P66A 4DDBA 5FCPA 3G3BB 2HU1A 1IOCA 4HTKA 5APEA 2MEIA 2AUBA 4ZEEA 3A95A 134LA 3D9AC 1LJNA 1WQMA 4XJHA 4O34A 3E3DA 4H8YA 3TMVA 4DYGA 5I54A 1IWZA 1F6SA 5APFA 1OUGA 2FBBA 1DZBX 1QUSA 3AGIA 1H6MA 4G4BA 1HF4A 3EBAB 1WQQA 1G7MC 4HJVA 1UIAA 5B1GA 3AW7A 1A2YC 3WPLA 1IWUA 4Z3MA 4QDNA 2HEAA 2ZIKA 3OK0A 4HPEA 4OOTA 2EKSC 4HJYA 2BQHA 1HFXA 1KXWA 3BKHA 2A7DA 5FEKA 193LA 1LSBA 1LSEA 4WG1A 1DI4A 4WLTA 1HEQA 4DT3A 3T6UA 1W6ZA 1GFAA 4J1BA 4NGZA 1GB9A 5D5CA 5KXPA 3IWRA 4CHXA 5L3HA 5A3ZA 3A6CY 5LYTA 1HC0A 4OWHA 2F30A 1ZV5L 5KKIA 4LFXA 1D0LA 1GAZA 2HUBA 1B7RA 1UIEA 1LJIA 207LA 2W1XA 2Z19A 1ALCA 3AZ4A 4H8ZA 3B0KA 4NFVA 3TXEA 1LZDA 9LYZA 5F16A 4NHSA 1LZ5A 1XGTC 4N0JA 3QY4A 5I4WA 3WYHA 4CFOA 2BPUA 1GB3A 4WM2A 1IO5A 1WVUA 2DQFC 3A90A 3RW8A 3MGWA 1VDPA 2D4IA 4YOPA 5K7OA 5LYMA 3SP3A 4LFPA 1BWJA 3TMUA 1TAYA 1B7SA 1QDTA 1O23A 2HEBA 1EQEA 4XJDA 1LMNA 4YEOA 1LHHA 4QGZA 3W6EA 3ULRA 1LZSA 3CT0A 2CWIA 3F6ZA 1RCMA 1AM7A 4NY5A 4TSCA 1B7OA 1V7SA 4H9BA 4TX7A 4TUNA 2PC2A 1D6QA 4WM6A 5KXWA 4WLYA 3HBHA 4GCBA 4H8XA 1J1XY 2Z2EA 4NSIA 1HSWA 4B49A 3TMWA 3WVXA 5LVKA 1JSEA 1ZVYB 1YAPA 4CJ2A 4YEMA 1IOTA 3WUAA 1FLYA 1HSXA 4DD0A 1OUDA 2DQGY 1GFJA 4YF2A 1LMQA 4HV2A 4ETBA 2ZNXY 2DQAA 5KXNA 4OOOA 3N9AA 4PGJB 1YL1X 2H9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL0X 238LA 3TXJA 1MELL 1LOZA 4B1AA 1G0PA 1C6NA 2EPEA 3P4ZA 2YBHA 1GB5A 4H9AA 3HH6A 3VW7A 206LA 2B5ZA 2XQOA 4I8SA 151LA 1OQMA 1XGUC 4LZMA 4UWVA 1P37A 1EQ5A 4BAFA 1WVVA 1YIKA 3B6LA 1OUJA 1LZGA 1YKXX 1L75A 1L40A 1C46A 1L86A 3LYZA 4OW1A 3LZTA 4YM8A 109LA 1LSAA 4W53A 4NGYA 1GE1A 2BQOA 1TEWA 4RLNA 250LA 4I7RA 1GF4A 255LA 1LZCA 1SX2A 1JEFA 1DYAA 3AB6A 1T3PA 1OWZA 2I6ZA 4D9ZA 3D4SA 4PHIA 1D3JA 4XJBA 4NGIA 1LKSA 1HFYA 1DYBA 192LA 4XJFA 1FDLY 144LA 102LA 1IIZA 2FYCA 1G7IC 1AT6A 1XEKA 5B1FA 141LA 3B0OA 2B6TA 5KXYA 4NGJA 1L34A 2BLYA 1GE2A 4XADA 1B5WA 5B07A 249LA 1CV3A 1BVXA 3PBLA 2LHMA 4N5RA 1LZ1A 2F4AA 4GLVA 1D2YA 2BQLA 3WMKA 2OTYX 1L27A 2O79A 1LGXA 1PQMA 5DN5A 2DQDY 5FHWA 4DD2A 5I53A 1SSYA 1L30A 3W6CA 1QS9A 171LA 1I1ZA 1C6CA 2LYOA 1FLWA 2Z6BA 3RU5A 5J7CA 1LWKA 4RW1A 1CV4A 4C3WA 3EMLA 3HU8A 1C61A 1LHLA 1QT8A 1J1PY 1B7QA 4LDOA 3LYTA 4ZIXA 1NKHA 5C6LA 3CSQA 1BWIA 2Y8PA 1L39A 3C80A 1GBZA 4WO9A 2LZTA 3WU8A 4DJHA 1L56A 4ETCA 1ZVHL 1L58A 1L38A 4DWXA 3CT1A 3GUJA 1LMAA 1G7JC 3SB9A 4GN3A 3N9EA 6LYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF3 A;  1GBW A;  1YL0 X;  2Z38 A;  4GCC A;  8LYZ A;  1B7L A;  1MEL L;  2MEB A;  4LGK A;  1KXX A;  3TXJ A;  3WXU A;  1LOZ A;  5KXM A;  4B1A A;  2G4Q A;  3ZVQ B;  1UCO A;  1QSA A;  3A93 A;  3TXD A;  4PRU A;  1BB4 A;  2EPE A;  3TXF A;  3P4Z A;  1BB5 A;  2YBH A;  4WMG A;  4WLD A;  1GB5 A;  4H9A A;  3WH1 A;  1JTP L;  3BKV A;  1WQO A;  2BQC A;  3AGG G;  4X3B A;  1FLQ A;  4ETD A;  1LCN A;  2ZQ3 A;  2FBD A;  1GB2 A;  1REZ A;  2B5Z A;  2YBJ A;  5B05 A;  5DM9 A;  4I8S A;  4LT3 A;  1SQ2 L;  2BQG A;  1OQM A;  1GF8 A;  1XGU C;  4GCF A;  4UWV A;  5KJ9 A;  3WPK A;  1VDS A;  5KKJ A;  1EQ5 A;  4BAF A;  1WVV A;  2Q0M X;  1KXY A;  1YIK A;  2F4G A;  1OUJ A;  3B6L A;  1LZG A;  1HML A;  4N1E I;  3WPJ A;  4YEN A;  1IC7 Y;  1IP5 A;  5KXT A;  1YKX X;  1C46 A;  2MEE A;  3LYZ A;  4OW1 A;  5A3E A;  1D0M A;  1B7N A;  2I26 L;  1LKR A;  1PZY A;  3ATN A;  3LZT A;  4NWE A;  4YM8 A;  4NGO A;  1FKQ A;  1LSA A;  1LYZ A;  3QE8 A;  1YRO A;  4NGY A;  1GE1 A;  1LTM A;  2BQO A;  2CDS A;  2MEC A;  1TEW A;  4RLN A;  4H9E A;  1JKC A; 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 4OOT A;  2EKS C;  4HJY A;  2BQH A;  1HFX A;  1KXW A;  3BKH A;  2A7D A;  5FEK A;  193L A;  1LSB A;  1LSE A;  4WG1 A;  1DI4 A;  4WLT A;  1HEQ A;  4DT3 A;  3T6U A;  1W6Z A;  1GFA A;  4J1B A;  4NGZ A;  1GB9 A;  5D5C A;  5KXP A;  3IWR A;  4CHX A;  5L3H A;  5A3Z A;  3A6C Y;  5LYT A;  1HC0 A;  4OWH A;  2F30 A;  1ZV5 L;  5KKI A;  4LFX A;  1D0L A;  1GAZ A;  2HUB A;  1B7R A;  1UIE A;  1LJI A;  207L A;  2W1X A;  2Z19 A;  1ALC A;  3AZ4 A;  4H8Z A;  3B0K A;  4NFV A;  3TXE A;  1LZD A;  9LYZ A;  5F16 A;  4NHS A;  1LZ5 A;  1XGT C;  4N0J A;  3QY4 A;  5I4W A;  3WYH A;  4CFO A;  2BPU A;  1GB3 A;  4WM2 A;  1IO5 A;  1WVU A;  2DQF C;  3A90 A;  3RW8 A;  3MGW A;  1VDP A;  2D4I A;  4YOP A;  5K7O A;  5LYM A;  3SP3 A;  4LFP A;  1BWJ A;  3TMU A;  1TAY A;  1B7S A;  1QDT A;  1O23 A;  2HEB A;  1EQE A;  4XJD A;  1LMN A;  4YEO A;  1LHH A;  4QGZ A;  3W6E A;  3ULR A;  1LZS A;  3CT0 A;  2CWI A;  3F6Z A;  1RCM A;  1AM7 A;  4NY5 A;  4TSC A;  1B7O A;  1V7S A;  4H9B A;  4TX7 A;  4TUN A;  2PC2 A;  1D6Q A;  4WM6 A;  5KXW A;  4WLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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