1LMQA

The crystal structures of three complexes between chitooligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of three complexes between chito-oligosaccharides and lysozyme from the rainbow trout. How distorted is the NAG sugar in site D?
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmqA00
2DQEY 1ZVYB 1XEIA 1BB7A 2H9KA 2Z37A 1LZ1A 2H5ZA 4NSIA 1OUAA 1I20A 1B7LA 1JJ1A 1JPOA 4NGIA 4CFOA 4RDSA 4Z46A 5LVJA 4M4OA 1FKQA 6LYZA 1LHHA 1YKZX 4NFVA 1JKDA 5F9XA 2YBMA 3B0OA 4XJHA 3QE8A 1OUEA 4ETBA 1HEMA 1IY4A 4NGYA 1BB5A 2C8PA 4WLYA 5LVGA 4EMNA 4H9HA 4XJDA 4TWSA 1LSZA 1IR8A 1LZEA 1EQ5A 4TSCA 1LSBA 3A3RX 1BB4A 1FDLY 1IOCA 3W6DA 4G4HA 2D4JA 2EQLA 4R6CA 2BLXA 3A91A 1IO5A 4DD3A 4G4BA 4YENA 1LSEA 3LN2A 4OOTA 2G4QA 5APFA 1UIHA 1GEVA 2BQDA 1KXWA 133LA 1IC5Y 3ZEKA 3LZTA 1ALCA 1DI4A 1TDYA 2BAAA 4ZEEA 1BGIA 3VWOA 5LVIA 5EBHA 1YIKA 1JHLA 1AT5A 4GCBA 3HBEX 4N0JA 1GE0A 1LMQA 1T3PA 1B7PA 1GE3A 1CJ7A 1LZTA 1JTOL 1RCMA 1LOZA 1TAYA 1TBYA 3A94A 4H9EA 1JISA 1LJFA 4WM4A 5ILFA 2CWIA 4WMGA 4CGEA 5KJ9A 1GFVA 4G4CA 1LZ5A 1XFPL 2YBNA 5F81A 1YL1X 1HEPA 3B72A 1IY3A 4GCEA 2LYZA 1HENA 4P2EA 4LFXA 1YKYX 208LA 3AW6A 3WUNA 2X0AA 5B1FA 1IP4A 1DI5A 1QUTA 3AZ6A 4LT0A 5DL9A 4XENA 2DQDY 1B5WA 4N1EI 4HV2A 1GB3A 3FE0A 1UUZC 4HPEA 4XJFA 5HLLA 1IP7A 2D4KA 1OUGA 1VFBC 1GB9A 1QTKA 2DQFC 1LZ9A 1XEKA 2XBSA 3AZ5A 1CKDA 3IJVA 1LSPA 3G3AB 4WLTA 3A6CY 4GN5C 4LYOA 1GBXA 4PRUA 2CDSA 1UIDA 2DQCY 3WUMA 4DD9A 1GF3A 4XYYA 4LYCA 1QSWA 3GXKA 1YKXX 2BQOA 1LZGA 4XJIA 1IP2A 4H92A 2MEBA 1WTNA 2Y8PA 1WQNA 3LYTA 3A95A 3HFMY 1PS5A 2I6ZA 5LYMA 3RW8A 2F30A 4NGWA 2PC2A 1LJHA 1BQLY 1WVVA 3AB6A 3AGGG 3A3QA 5D5CA 2IHLA 5AMYA 5LXWA 4PHIA 5FELA 3WW6A 4RW2A 5IHGA 1B5UA 1B7QA 1GFAA 1LSAA 1LJEA 5IDDA 2YBJA 4ETCA 2BQGA 4N5RA 1ZMYL 3LZ2A 4LYZA 5LA8A 4DD2A 5II3A 2HUBA 1RI8B 1YQVY 2D91A 1JKBA 1JUGA 4DYGA 5FCPA 2MEFA 1LZSA 2EPEA 1NWGA 1RFPA 1HMLA 3D9AC 1FBIX 4NHIA 4WM2A 1HEOA 4WG7A 5KXWA 1DXJA 4H8ZA 4N1CC 3W3EA 8LYZA 2CJLA 3A92A 3AZ4A 4HTNA 1HEWA 1JKAA 5KXRA 1IWTA 2DQAA 5KXLA 4LT2A 1TEWA 1YL0X 1I56A 1HERA 5HNLA 2MEAA 1AZFA 2YBLA 4NWEA 4LYBA 5I53A 3WVYA 4DDAA 4I8SA 3T6UA 3P66A 5K7OA 1BWHA 4J1AA 4R0FA 3WYHA 1HMKA 1LCNA 2Z18A 1LJGA 1UIAA 3AYQA 4PGJB 5KXKA 1GB5A 1VDQA 5HMVA 4ET9A 3WPJA 3EXDA 2MEHA 1XGQC 2A7FA 4RLMA 3CT5A 4WM6A 5A3EA 1HSXA 2MEGA 3W6CA 4WLXA 4G9SA 1GF4A 5F9UA 1YAQA 2Q0MX 1EQ4A 1FLWA 2BQIA 1IWUA 4G49A 1IP1A 3WUAA 1OUJA 3AW7A 4O34A 1H87A 1LSMA 3WPKA 5LVHA 5B59A 1NBYC 3MGWA 1IX0A 1B9OA 1UA6Y 194LA 2EKSC 4UWNA 3EMSA 3CQLA 2HTXA 4LT3A 1WTMA 4WL7A 1UIBA 4QY9A 3AZ7A 1B2KA 3LYMA 1LZNA 4LYTA 5DLAA 4C5FA 4W96A 4B4JA 4GN4A 4HJVA 2Z38A 135LA 4YF2A 1QDRA 4H90A 4J7VA 5LVKA 3A90A 1D0MA 1GFEA 1BVXA 1EQEA 1B7NA 1J1PY 4WO9A 3W6EA 4X3BA 4ML7A 1XGUC 1OP9B 1CKFA 4NIJA 1VATA 1KIRC 3B0IA 132LA 1B7RA 4H8YA 1NHEA 4IJ4A 4NGOA 1KXYA 1D0LA 4PRQA 1LSCA 2ZYPA 3EBAB 2F2NA 4OWAA 4WL6A 4II8A 1WQOA 2HEBA 1FLQA 1REZA 4HJYA 4LT1A 4BAFA 1GHLA 1O23A 1V7SA 4ANRA 4DT3A 1DI3A 4NWHA 1HC0A 4NGVA 3TXDA 4AGAA 4N8ZA 1VDPA 1KIQC 4DDCA 4OWBA 1LZ6A 5LAFA 4NY5A 1C43A 1LAAA 2BQKA 5APEA 3TMUA 5HQ1A 1GDXA 2MECA 2BPUA 1RE2A 4U3XB 4DD7A 1IWVA 2XTHA 1JIYA 1IC4Y 1F6RA 2ZIJA 4C3WA 5FSTA 4FJRA 4Z98A 4ETEA 1QDTA 1CKHA 2BQCA 2C8OA 5APDA 2MEEA 1NDGC 1REXA 4YOPA 1GF9A 1IP5A 4OOOA 1YANA 1C7PA 5E4PA 1LZRA 1KIPC 4OWCA 1GF5A 4KPMA 1CKCA 1F10A 1OUHA 2YBIA 2G4PA 3TXHA 5LYTA 1LZAA 1LMAA 4PJ2C 2ZILA 1G7JC 2HEFA 2FBBA 4QEQA 1GAYA 5C6LA 3TMVA 1D0KA 1GFJA 2W1YA 1CKGA 4XJGA 1LHMA 3E3DA 3TMWA 1JTTL 5IELA 4B4EA 4HTKA 2W1MA 1KXXA 1LZ8A 4UWVA 4KT3A 1LMPA 4NSJA 3ZVQA 1OUFA 1JTPL 4TTDA 1DPWA 4CJ2A 4B1AA 2I26L 5I5QA 4WO6A 4AXTA 3AGHA 5LIOA 3QNGA 5DN4A 1GF8A 4GN3A 4PPOA 1HEQA 4J1BA 1HF4A 3IJUA 3D3DA 1LHJA 4MCKA 5APCA 1I1ZA 4QDNA 3LYZA 1J1OY 1G7MC 3TXEA 1BVKC 1QIOA 2HU3A 2EIZC 2BQLA 4YM8A 1IOSA 1NMMA 3IWRA 3WULA 2BQJA 3A96A 1NQIA 4NGZA 3P65A 1LJ3A 4H9CA 1IWZA 4WOAA 4DDBA 1INUA 1D6QA 1DKJA 2HEEA 5DN5A 153LA 1GD6A 3BKVA 3G3BB 4NHSA 1LZCA 4HPIA 4NGKA 4FDYA 1GFRA 3A67Y 3AJNA 5L9JA 1T6VL 2G4NA 2HEAA 5DM9A 4DD1A 1LJIA 1BB3A 1VDSA 1LMOA 1B7SA 1ZVHL 1IWWA 1IWYA 1LHLA 1NDMC 1XGPC 1SLYA 2W1XA 2ZQ3A 1JSFA 1QUSA 1GFUA 2XJWA 4KL7A 7LYZA 4H9FA 5I4XA 3RZ4A 3WH1A 5I54A 1GBZA 1C10A 1OUCA 1V7TA 2IFFY 1LJJA 2LZTA 4E3UA 3WPLA 2DQGY 2HECA 1C45A 4WM1A 1NF5A 4HTQA 1FLYA 5B06A 1XGRC 5ILCA 3W6AA 4HSFA 3WW5A 1BHZA 4DC4A 3HBHA 1IR7A 1UC0A 4OWEA 4BS7A 5KXXA 1PZYA 4TUNA 2ZWBA 1JEFA 2GV0A 2NWDX 1XSFA 3TXBA 4QGZA 1IOTA 1LYYA 1LJNA 1HELA 1RJCB 1B7OA 1JITA 2RSCA 3B6LA 1GEZA 3A34A 4GLAA 2YDGA 4NSHA 2YSSC 4WG1A 4XJBA 1BWJA 1LKRA 4NHPA 1XGTC 1OQMA 1HFYA 3EO5A 2CGIA 4XADA 1DZBX 1QQYA 6LYTA 2BLYA 1LMTA 2D4IA 3N9AA 3T36A 1GBSA 4H93A 4B4IA 4HP0A 1YAMA 2DQJY 1FN5A 1HFXA 1GF7A 5L3IA 4WM5A 1F6SA 1IORA 1GXV2 2F4GA 1BB6A 4NG8A 5KXNA 2Z19A 3RU5A 3TXIA 3WU7A 2DQHY 4XN6A 134LA 1GE4A 1GB0A 2DBTA 1LTMA 3GXRA 5E9RA 4H9IA 1IR9A 1LSDA 4UWUA 1JWRA 1G7HC 1IVMA 1D6PA 1F0WA 1LSFA 1GF6A 4WLDA 4GCDA 1LJ4A 2ZNWY 3WU9A 1YAPA 2LZ2A 2WARA 3CSRA 5KXSA 4Z41A 1HFZA 3TXJA 1W6ZA 4NHTA 3RT5X 1FLUA 3WXUA 3CSZA 5F14A 2FYCA 3OJPA 4H94A 1W08A 4H8XA 5I4YA 1UCOA 4CFPA 4NGJA 2BQMA 3WMKA 1GBOA 4BAPA 4ET8A 1GE2A 1IEEA 2DKVA 1CJ9A 2BQAA 4J0LA 1B5YA 2BQHA 3ATNA 1GE1A 3CT0A 1GDWA 1LZYA 3J6KA 4L41A 4EOFA 4MR1A 1GB8A 1LHIA 5C6IA 2A7DA 2N5ZA 4RLNA 1LSNA 4CHXA 4NSGA 1IWXA 3M18B 3TXFA 2FBDA 4RW1A 3A6BY 4Z3MA 3CSQA 3K3TA 1MLCE 1N4FA 1LHKA 1IP6A 1QTEA 1SQ2L 5KXZA 1GXXA 4IASA 1AKIA 5HMJA 4DWXA 1DPXA 5FEKA 4WM3A 1B0DA 2F4AA 1GFTA 2LYOA 4IATA 1GBYA 1AM7A 1NKHA 1UIEA 1G7IC 1DQJC 1UIGA 4ZIXA 1GAZA 1YROA 5FHWA 3FI7A 3N9EA 5B1GA 1UACY 1GB7A 1B7MA 4H1PA 4ZFPA 1BWIA 1FKVA 1B5XA 1LZBA 4LGKA 5KXYA 4B49A 3WL2A 4YEMA 4OWHA 1IP3A 4YEOA 2FYDA 1GFKA 3ZVQB 1WQQA 5FDJA 1WQPA 1B5VA 3ULRA 3TXGA 1GPQC 4M6DA 4MSTA 4NG1A 3P4ZA 1GWDA 3AGIA 1XEJA 1LMCA 4N9RA 5D5FA 5M1YA 1WQRA 4H91A 1JJ3A 1LMNA 2DQIY 3F6ZA 1REMA 3CT1A 1LJKA 4NHQA 4ETDA 1C46A 2W1LA 3HBDA 4HV1A 1AT6A 5JENB 1LZDA 2B5ZA 2LYMA 5KXTA 1LYOA 1YILA 3P64A 5J7CA 5A3ZA 4W94A 4GCCA 2YBHA 1GB6A 1G7LC 1IC7Y 2BQFA 2H9JA 3CB7A 4H9BA 1VEDA 3B0KA 1HSWA 5LAGA 9LYZA 1J1XY 1CJ6A 5LINA 5KKJA 1MELL 1IIZA 3LYOA 1ZV5L 3W6FA 2HEDA 2ZIKA 1E8LA 2Z12A 4NGLA 5LYZA 1C08C 1A4VA 1WVUA 1UICA 2D6BA 5HNCA 1B5ZA 1LPIA 1GBWA 2BQEA 2YVBA 5T3FA 3WVXA 4GCFA 1D9UA 1OUIA 2BQNA 3WXTA 2ZYCA 4D9ZA 3N9CA 3M3UA 3OK0A 4TX7A 1LSGA 1LSYA 5KKIA 1TCYA 4LZTA 4NEBA 4B0DA 2VB1A 3J4GA 4BADA 3KAMA 1EL1A 2Z39A 1LZ4A 4H9AA 4A7DA 1VAUA 4OW1A 5LA5A 1JJ0A 1QSAA 5KXMA 2LHMA 1GFHA 3BKHA 1CNSA 1DKKA 5F16A 5B07A 4ETAA 2Z2EA 1JSEA 2MEDA 3A8ZA 3TMXA 2ZQ4A 3W6BA 5C6JA 3A93A 1A2YC 1REYA 1VDTA 5KXPA 1UBZA 3WU8A 2ZNXY 1YAOA 1GB2A 1OUDA 1CJ8A 4DD0A 207LA 1Z55A 1H6MA 3QY4A 1JKCA 1HNLA 2I25L 4GLVA 2BQBA 1GFGA 3RNXA 5KY1A 2Z2FA 1LYZA 4LFPA 3SP3A 3LHMA 4I0CA 2XBRA 1WQMA 1GF0A 3ATOA 3TXKA 3P68A 193LA 4HJZA 5B05A 4LYMA 5I4WA 2AUBA 1IOQA 154LA 4KXIA 2MEIA 1NBZC 1LKSA 1LYSA 1P2CC 1UIFA 4TSBA 5L3HA 5KXOA 1OUBA 2HU1A 1HHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZVYB 2H9KA 3SN6R 4NSIA 3GUKA 1JPOA 4M4OA 1LHHA 2YBMA 4XJHA 3HT9A 1IY4A 4WLYA 4EMNA 1L64A 1LZEA 3A3RX 4DD3A 4G4BA 4YENA 4DJHA 1L54A 1L67A 1L52A 4I7RA 4DQ5A 1IC5Y 1L53A 1ALCA 1DI4A 2BAAA 4ZEEA 1KY1A 5LVIA 196LA 1L18A 1LZTA 1JTOL 4WM4A 5KJ9A 2CWIA 4WMGA 185LA 1GFVA 2YBNA 1YL1X 1IY3A 3C7YA 4P2EA 3AW6A 242LA 3CDQA 5B1FA 5DL9A 2DQDY 1B5WA 4N1EI 2LCBA 4HV2A 1GB3A 4HPEA 2D4KA 1OUGA 1GB9A 2DQFC 3IJVA 3AZ5A 1CKDA 1LSPA 3G3AB 4GN5C 4W58A 1GBXA 1QUOA 2CDSA 1UIDA 3WUMA 1SX7A 3GXKA 163LA 4XJIA 3HUAA 1PS5A 1KS3A 1L61A 3AB6A 3AGGG 1L13A 2IHLA 221LA 115LA 3D4SA 3F9LA 104LA 1L65A 1LSAA 234LA 4LYZA 1LW9A 1L24A 1RI8B 4EJ4A 2XQOA 1JUGA 4DYGA 2MEFA 2EPEA 1D3FA 1L72A 1HEOA 1P5CA 3SB8A 4WG7A 5KXWA 1HEWA 5KXRA 1IWTA 2LZMA 1I56A 2RB2X 177LA 144LA 4LYBA 183LA 4I8SA 3P66A 5K7OA 1BWHA 3WYHA 1HMKA 1LJGA 1UIAA 3HH6A 1C6GA 2IGCA 3EXDA 2MEHA 4WM6A 3W6CA 1L42A 1GF4A 5F9UA 2Q0MX 1FLWA 3WUAA 2BQIA 1IP1A 3AW7A 1H87A 3V2YA 1NBYC 3MGWA 194LA 3EMSA 4WL7A 3DN2A 4QY9A 4C5FA 4LYTA 5DLAA 2B6YA 3HDFA 3C83A 1QDRA 1B6IA 3W6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQE Y;  1ZVY B;  1XEI A;  1BB7 A;  2H9K A;  2Z37 A;  1LZ1 A;  2H5Z A;  4NSI A;  1OUA A;  1I20 A;  1B7L A;  1JJ1 A;  1JPO A;  4NGI A;  4CFO A;  4RDS A;  4Z46 A;  5LVJ A;  4M4O A;  1FKQ A;  6LYZ A;  1LHH A;  1YKZ X;  4NFV A;  1JKD A;  5F9X A;  2YBM A;  3B0O A;  4XJH A;  3QE8 A;  1OUE A;  4ETB A;  1HEM A;  1IY4 A;  4NGY A;  1BB5 A;  2C8P A;  4WLY A;  5LVG A;  4EMN A;  4H9H A;  4XJD A;  4TWS A;  1LSZ A;  1IR8 A;  1LZE A;  1EQ5 A;  4TSC A;  1LSB A;  3A3R X;  1BB4 A;  1FDL Y;  1IOC A;  3W6D A;  4G4H A;  2D4J A;  2EQL A;  4R6C A;  2BLX A;  3A91 A;  1IO5 A;  4DD3 A;  4G4B A;  4YEN A;  1LSE A;  3LN2 A;  4OOT A;  2G4Q A;  5APF A;  1UIH A;  1GEV A;  2BQD A;  1KXW A;  133L A;  1IC5 Y;  3ZEK A;  3LZT A;  1ALC A;  1DI4 A;  1TDY A;  2BAA A;  4ZEE A;  1BGI A;  3VWO A;  5LVI A;  5EBH A;  1YIK A;  1JHL A;  1AT5 A;  4GCB A;  3HBE X;  4N0J A;  1GE0 A;  1LMQ A;  1T3P A;  1B7P A;  1GE3 A;  1CJ7 A;  1LZT A;  1JTO L;  1RCM A;  1LOZ A;  1TAY A;  1TBY A;  3A94 A;  4H9E A;  1JIS A;  1LJF A;  4WM4 A;  5ILF A;  2CWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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