1LMTA

Structure of a conformationally constrained arg-gly-asp sequence inserted into human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVCRGDSCNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a conformationally constrained Arg-Gly-Asp sequence inserted into human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lmtA00
1F6SA 2N5ZA 2HU1A 2YDGA 1LZDA 1A4VA 1HELA 4WO9A 2YSSC 5J7CA 2ZNXY 1LMCA 5AMYA 4P2EA 5C6LA 4HTNA 4NGZA 1OQMA 2D4JA 4HTQA 1LJ3A 4M6DA 4DDAA 3AZ6A 2XJWA 4G4HA 1GE4A 1LHMA 1YAPA 1REYA 4DD2A 1CNSA 1HEMA 1WQOA 1CKGA 1G7HC 4I0CA 3W6BA 1J1PY 1LSFA 4BADA 3BKHA 2PC2A 3LZTA 4TWSA 3TXKA 2BAAA 5KXWA 1KIPC 1GAZA 4MCKA 1LMPA 4OWAA 4B4IA 1LHJA 1LMTA 4YENA 3W6FA 1BB6A 4XJHA 1B7OA 4AXTA 1CJ8A 4TTDA 4UWVA 5LVIA 5IHGA 3A94A 3A91A 1LJEA 2YBMA 4NHPA 2G4PA 1IP4A 2DQEY 2I25L 3WYHA 1FN5A 3TMUA 207LA 4DD1A 1HHLA 1CKCA 1UICA 5I5QA 5KKIA 3RNXA 3OK0A 1B9OA 4J0LA 1RE2A 1GF3A 4HPIA 3WH1A 1JTPL 1LYOA 1GXV2 1QUSA 1LCNA 1JJ0A 2ZILA 3A6CY 2BQEA 5B05A 2FYCA 4N5RA 4N1EI 1LZAA 1GFRA 2Z39A 1QUTA 1LSZA 5HNCA 4R0FA 1IEEA 1C10A 1LHLA 1T6VL 2BQGA 2Z38A 2MEDA 1UIAA 1CJ7A 1FDLY 4N8ZA 4H1PA 1HEOA 3TMVA 208LA 2FYDA 4N1CC 1BGIA 1C08C 1OUAA 3B6LA 5APFA 1IOQA 1IOTA 4W94A 3ZVQB 5LVJA 1UCOA 1UC0A 3AZ7A 1LZBA 1EQ5A 1AKIA 1LJ4A 1LSGA 1GB0A 1LZCA 1XGUC 5KXPA 1WQNA 3A90A 1JHLA 1IX0A 4G4CA 4TUNA 4ZFPA 4HV1A 4XN6A 2ZNWY 4A7DA 4OW1A 4LYBA 1FKVA 1LMOA 1UUZC 1TAYA 1TDYA 1KIQC 1FBIX 2H9JA 4RLNA 5LIOA 1OUDA 1NKHA 1NDGC 3KAMA 3B72A 1LSYA 2MECA 1QQYA 1T3PA 1GF8A 1UIFA 1GE3A 1KXXA 3AB6A 3CB7A 3GXKA 1E8LA 3T36A 1LHHA 5I54A 3A96A 1XFPL 2HEEA 4MSTA 5B07A 4H9AA 1C46A 1A2YC 1IC4Y 1JWRA 1QTKA 3TXJA 1WTNA 1INUA 1LJKA 4B49A 4LYZA 5KXXA 1I1ZA 2HTXA 4H90A 1NQIA 1GDWA 1VDPA 5HMJA 3A6BY 1XEJA 4NGYA 5B06A 1GBZA 4LT0A 3AJNA 1JITA 1PS5A 1HMKA 4WM1A 2I6ZA 1IWTA 1MELL 5LYMA 3F6ZA 1C7PA 1HSXA 4WM4A 4QGZA 3G3AB 5EBHA 1JTTL 1YQVY 1GB3A 2Z12A 1HEPA 5C6IA 1FKQA 4HPEA 4DDCA 5F81A 1GF7A 1OUBA 1B7SA 4XJIA 1TCYA 4H91A 2LYZA 4KPMA 1G7JC 2CGIA 1LKSA 4W96A 2H9KA 1GDXA 1GB2A 1LZTA 1DXJA 1YL0X 1HC0A 3HBEX 4OOTA 1IIZA 1IORA 5LINA 1QSWA 1GFVA 2YBNA 4LT1A 4ET9A 3AW6A 1EQEA 3IJUA 3W6CA 5FSTA 1JKAA 1QDTA 1HERA 1GFGA 1IC5Y 2C8PA 1MLCE 1NHEA 3LYMA 3OJPA 4NGVA 3IWRA 5B1GA 3T6UA 3TXEA 2BQLA 5IDDA 3D9AC 1LJFA 4DYGA 5LAFA 5LYZA 1GXXA 3HBHA 4J1AA 4Z3MA 4CFPA 3LYZA 4LYMA 2C8OA 3A95A 1BWJA 2ZIJA 3D3DA 2ZYPA 1BWHA 1GEVA 2BQJA 4C5FA 1DPXA 2LZTA 1LZEA 5L3IA 1LJHA 2HUBA 1LMAA 1BB3A 5HMVA 4N0JA 4HSFA 1GBSA 1FLUA 1IWYA 1O23A 5I4WA 1NDMC 1PZYA 1B7PA 2F2NA 3ATOA 4O34A 3RW8A 3TXHA 4XADA 2LYOA 1LKRA 1HEWA 3WW6A 2DQJY 3WVXA 3FE0A 1JJ1A 2BLXA 3W6AA 1IP3A 5APEA 4ML7A 4ZIXA 5KY1A 2DQAA 1GAYA 3WL2A 3P66A 4BS7A 2XBSA 1VDTA 3E3DA 3HBDA 1LYZA 3WPKA 1W08A 3A34A 2ZYCA 3TXFA 4HP0A 1ZVHL 2MEHA 1GFJA 3FI7A 1GF5A 2W1YA 4G4BA 132LA 1LMQA 4NGLA 2H5ZA 5DN5A 4B1AA 2ZQ3A 4RLMA 2EIZC 1B5WA 1LJIA 1GE1A 1OUCA 5D5CA 3J6KA 3TMXA 4J7VA 1B7NA 1UIGA 5DM9A 2EPEA 2HECA 1YANA 5K7OA 5LYTA 1IWVA 1I20A 4I8SA 1BB4A 4NHTA 4XJDA 3CSQA 4IASA 4ETCA 3TXGA 4R6CA 4NY5A 4DT3A 1B2KA 3LZ2A 2Z2FA 4YEMA 1GF0A 135LA 4NSIA 4XJGA 7LYZA 4E3UA 1TEWA 1JSEA 4H9EA 5LXWA 2EQLA 4LFXA 5LAGA 1GE2A 1GE0A 1ZV5L 2YBLA 4H8ZA 5KXYA 2W1XA 1W6ZA 5KXLA 3WPJA 1DPWA 1LZ5A 5B1FA 1DZBX 154LA 1IR7A 4WLDA 1G7MC 2B5ZA 4YEOA 2XTHA 4B0DA 1DI4A 3WVYA 4TSBA 3ZEKA 1RCMA 1AT5A 1UIHA 1HF4A 4XJFA 4CHXA 1YKYX 1B5ZA 1IC7Y 3A93A 1LYSA 4ZEEA 4PGJB 1BHZA 4XENA 1GFEA 1LJGA 1D6QA 1KIRC 3CQLA 3B0IA 5C6JA 3N9AA 1IR9A 4Z98A 1IR8A 4DD0A 1LSEA 1F10A 4RW2A 3P65A 4OWHA 4ET8A 1LSNA 4LT2A 1HEQA 2F4GA 4NGOA 4LGKA 1VATA 4NGIA 2BQFA 1GFKA 3WMKA 4LT3A 4KL7A 2FBBA 4GCFA 194LA 1IWWA 1GFUA 5LVKA 1LSAA 8LYZA 1G7IC 1JSFA 1BWIA 4G9SA 134LA 2I26L 2BQNA 3QE8A 4J1BA 1GHLA 1LSBA 2IHLA 2MEBA 3A3QA 4KXIA 3RT5X 4M4OA 2WARA 1IVMA 4DD9A 2BLYA 1GF6A 4KT3A 1HNLA 1OUJA 1B7RA 2LHMA 5HNLA 5DLAA 1HENA 4YF2A 1RJCB 1I56A 153LA 4DD7A 4LYTA 1GF4A 5DL9A 1EQ4A 1EL1A 2MEIA 4CJ2A 5JENB 193LA 1DKKA 3M18B 5T3FA 1LZ1A 4PHIA 5ILFA 1UA6Y 3A92A 1LAAA 2MEGA 1NBYC 4NFVA 1JPOA 1YL1X 1LHKA 1ZVYB 4QY9A 5HLLA 3WUNA 3ATNA 2RSCA 2BQKA 1VFBC 1B5VA 4ANRA 2F4AA 1GB9A 2YBJA 4HJYA 4H93A 1IY4A 1LYYA 5M1YA 4WM6A 2FBDA 1XSFA 2G4QA 1LHIA 2ZIKA 2BQDA 4GN3A 4ETAA 4XYYA 1FLWA 1IWXA 3AW7A 1F0WA 3N9CA 1V7TA 4D9ZA 4NG1A 1IP7A 3QNGA 3EBAB 3ULRA 1B7MA 1CKFA 3IJVA 4WL7A 4PJ2C 5KXSA 1LZNA 2YBIA 1HFYA 4IATA 1D0MA 4NSHA 1LZYA 3CT0A 2ZWBA 4ETEA 3B0OA 2Z2EA 2DQHY 5LA8A 1TBYA 4AGAA 3CSRA 2BQOA 3N9EA 6LYTA 1B7LA 3WU7A 1IP5A 1LZ8A 3AGGG 1FLYA 1BQLY 2HEFA 1VEDA 5KKJA 1JKDA 2BQAA 5D5FA 4GCEA 4NHSA 3TXIA 1XGQC 4DWXA 2A7FA 4HTKA 1UIBA 3BKVA 1YILA 4NIJA 4NHIA 3CSZA 2NWDX 4NEBA 1WTMA 3A3RX 1H87A 1LSCA 3AGHA 1GB8A 1GBYA 2W1LA 3GXRA 2BQCA 4OWBA 1KXWA 1DI3A 4OOOA 1Z55A 1BVXA 4WO6A 1YAQA 2CWIA 3P4ZA 1LZRA 3AGIA 2HU3A 4H8YA 4UWNA 1JKCA 4HV2A 1CJ6A 4NWEA 4WLYA 1FLQA 3RU5A 4XJBA 4H9HA 1NF5A 1HFZA 3VWOA 1N4FA 4WM2A 1IOSA 1SQ2L 5APDA 1VDQA 3TXDA 2BQHA 2IFFY 3W3EA 1LSMA 1OUGA 4H9CA 5IELA 1IWZA 2ZQ4A 1REMA 3LN2A 1AT6A 4GCBA 4BAPA 5A3EA 4H8XA 4H9BA 1IP6A 1GPQC 1NMMA 1JUGA 4LYOA 3LYOA 1LJJA 4H94A 4PRQA 1WVUA 1WQRA 3CT5A 1IP1A 4OWEA 4HJZA 5KXNA 1D0KA 1NWGA 1GD6A 4GN5C 4WG1A 5KXKA 3WU9A 2DQFC 2Z19A 2F30A 5FCPA 1SLYA 2BQMA 4NSGA 3WXUA 3LHMA 3TXBA 1KXYA 1DI5A 2MEEA 1IP2A 1GBOA 2MEFA 3HFMY 2D4KA 1IO5A 1XEIA 1GFHA 1B0DA 1JISA 1HSWA 1OUFA 1WVVA 3J4GA 4QEQA 5DN4A 5FHWA 4H9FA 1CKHA 2AUBA 4YM8A 2VB1A 4WL6A 1B7QA 2LYMA 1IOCA 3MGWA 2G4NA 9LYZA 3WUAA 1XEKA 1OUEA 3EO5A 5KXMA 5APCA 2YVBA 4Z41A 4BAFA 4PPOA 1QSAA 4GLVA 4UWUA 4ETBA 1YAOA 4NGWA 5KXZA 1GEZA 1UBZA 133LA 1JIYA 3P64A 2D91A 4QDNA 4WLTA 3WU8A 1LPIA 5I53A 5II3A 3ZVQA 2DQDY 1BB7A 6LYZA 1GFAA 4ETDA 1H6MA 1YKXX 3M3UA 1VAUA 1LOZA 4H92A 3RZ4A 1REXA 4WMGA 1D9UA 1YAMA 4C3WA 5B59A 4CGEA 1REZA 1XGRC 2DBTA 4B4EA 1D6PA 2DKVA 4LZTA 2GV0A 4L41A 4B4JA 4NG8A 5KXOA 3WULA 1C45A 1GF9A 5E9RA 5FEKA 2HEAA 5ILCA 4GCCA 4OWCA 2X0AA 1UIDA 1QTEA 1BVKC 1WQPA 1P2CC 4WM5A 4X3BA 4RDSA 5F9XA 4DD3A 1G7LC 4TX7A 1ZMYL 2Z37A 1HFXA 3AZ4A 5I4XA 5F9UA 5KJ9A 1OP9B 2D4IA 2Q0MX 2W1MA 3TMWA 4WM3A 3A67Y 1IWUA 2DQGY 5KXTA 2BQIA 1GB5A 3CT1A 4LYCA 5I4YA 5L3HA 1JKBA 5F14A 1LZSA 2A7DA 3SP3A 4DDBA 1CJ9A 1LTMA 2DQIY 2Y8PA 1JTOL 1V7SA 2CDSA 1B5XA 2Z18A 1LZ6A 4GCDA 5FDJA 1HMLA 3WUMA 1IY3A 1XGPC 4U3XB 4WOAA 1LZ9A 1RI8B 1LZ4A 2LZ2A 1DQJC 1VDSA 3AYQA 4II8A 4N9RA 5E4PA 1UACY 1GB6A 3W6DA 5KXRA 1J1OY 1RFPA 1CKDA 2D6BA 4GN4A 4G49A 5A3ZA 4FJRA 1WQMA 2DQCY 4H9IA 4EOFA 3W6EA 3WPLA 1YKZX 5HQ1A 1GBWA 4DC4A 5LVHA 1GBXA 3AZ5A 4NWHA 1D0LA 1JEFA 1AM7A 5LA5A 1LZGA 1GB7A 4FDYA 1DKJA 3EMSA 1ALCA 4IJ4A 1J1XY 4NSJA 3WXTA 4GLAA 1JJ3A 4NGKA 3P68A 1QIOA 1GFTA 2MEAA 4YOPA 2CJLA 1QDRA 4LFPA 4NHQA 4NGJA 4TSCA 1LMNA 2YBHA 3WW5A 3LYTA 3K3TA 4WLXA 4WG7A 2BQBA 4EMNA 1OUHA 1BB5A 5L9JA 4PRUA 3B0KA 1LSPA 4CFOA 1OUIA 4RW1A 1NBZC 5LVGA 1F6RA 1YROA 2XBRA 3A8ZA 3EXDA 3G3BB 1B5UA 5F16A 1GWDA 4Z46A 1B5YA 1YIKA 1AZFA 1XGTC 2HEDA 3QY4A 1LSDA 2HEBA 4HJVA 1C43A 2EKSC 1LJNA 5FELA 2BPUA 1WQQA 1UIEA 4MR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2N5ZA 2HU1A 1L27A 1LZDA 4WO9A 2D4JA 4HTQA 1C6KA 1GE4A 3HDFA 1HEMA 3NY9A 4I0CA 3W6BA 1LSFA 3LZTA 1KIPC 1B7OA 220LA 2YBMA 2I25L 3WYHA 5I5QA 3RNXA 4J0LA 112LA 1GF3A 1JJ0A 2BQEA 2FYCA 4I7MA 1LZAA 1GFRA 189LA 1IEEA 4R0FA 4I7OA 2BQGA 3DN2A 231LA 4N8ZA 1BGIA 249LA 3B6LA 168LA 1PQMA 3ZVQB 1LJ4A 3A90A 1G0QA 4A7DA 4LYBA 1LMOA 3HU9A 1TAYA 1OUDA 1NKHA 3B72A 2O4WA 1LYFA 1L91A 1L29A 3A96A 5I54A 2HEEA 5B07A 1QTKA 1A2YC 3TXJA 2QB0B 1INUA 4LYZA 1L63A 3FADA 1GDWA 1L34A 1XEJA 1MELL 5LZMA 5EBHA 1YQVY 1HEPA 1FKQA 4DDCA 5F81A 1GF7A 4DQ7A 1B7SA 1OV5A 1TCYA 1L45A 3DMVA 4H91A 1KW7A 1LKSA 1C6IA 1XEPA 1YL0X 4EKRA 1IIZA 1IORA 2B6YA 4LT1A 3WPKA 2C8PA 1L41A 4NGVA 3IWRA 5B1GA 3TXEA 2BQLA 3D9AC 1LJFA 1GXXA 4Z3MA 3D3DA 2BQJA 1LLHA 2LZTA 1BB3A 5HMVA 4N0JA 1KY1A 1IWYA 1B7PA 2F2NA 4O34A 3TXHA 1L88A 1LKRA 1HEWA 2DQJY 3EMLA 1GAYA 3WL2A 2XBSA 1L0JA 3E3DA 3HBDA 4I7SA 3A34A 2ZYCA 4NGLA 2ZQ3A 2EIZC 1LJIA 5D5CA 3J6KA 147LA 5DM9A 3DKEX 5LYTA 1LI3A 4NHTA 257LA 1B2KA 3LZ2A 1GF0A 4NSIA 5LXWA 2EQLA 4H8ZA 2W1XA 1W6ZA 190LA 1DPWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F6S A;  2N5Z A;  2HU1 A;  2YDG A;  1LZD A;  1A4V A;  1HEL A;  4WO9 A;  2YSS C;  5J7C A;  2ZNX Y;  1LMC A;  5AMY A;  4P2E A;  5C6L A;  4HTN A;  4NGZ A;  1OQM A;  2D4J A;  4HTQ A;  1LJ3 A;  4M6D A;  4DDA A;  3AZ6 A;  2XJW A;  4G4H A;  1GE4 A;  1LHM A;  1YAP A;  1REY A;  4DD2 A;  1CNS A;  1HEM A;  1WQO A;  1CKG A;  1G7H C;  4I0C A;  3W6B A;  1J1P Y;  1LSF A;  4BAD A;  3BKH A;  2PC2 A;  3LZT A;  4TWS A;  3TXK A;  2BAA A;  5KXW A;  1KIP C;  1GAZ A;  4MCK A;  1LMP A;  4OWA A;  4B4I A;  1LHJ A;  1LMT A;  4YEN A;  3W6F A;  1BB6 A;  4XJH A;  1B7O A;  4AXT A;  1CJ8 A;  4TTD A;  4UWV A;  5LVI A;  5IHG A;  3A94 A;  3A91 A;  1LJE A;  2YBM A;  4NHP A;  2G4P A;  1IP4 A;  2DQE Y;  2I25 L;  3WYH A;  1FN5 A;  3TMU A;  207L A;  4DD1 A;  1HHL A;  1CKC A;  1UIC A;  5I5Q A;  5KKI A;  3RNX A;  3OK0 A;  1B9O A;  4J0L A;  1RE2 A;  1GF3 A;  4HPI A;  3WH1 A;  1JTP L;  1LYO A;  1GXV 2;  1QUS A;  1LCN A;  1JJ0 A;  2ZIL A;  3A6C Y;  2BQE A;  5B05 A;  2FYC A;  4N5R A;  4N1E I;  1LZA A;  1GFR A;  2Z39 A;  1QUT A;  1LSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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