1LPIA

Hew lysozyme: trp...na cation-pi interaction
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Cation-pi (Na+-Trp) interactions in the crystal structure of tetragonal lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lpiA00
4H90A 1HMKA 1OUHA 1HMLA 4OWEA 4WLTA 1F6SA 2DBTA 1GAZA 5F16A 5FSTA 3WUMA 4EOFA 3VWOA 1CJ6A 1J1PY 4NGKA 5FCPA 5KXMA 1RI8B 2N5ZA 4DD9A 5KXTA 3WYHA 1WTNA 2EPEA 2MEDA 3TXBA 2C8PA 1B5UA 1REMA 3D3DA 4P2EA 2YBJA 3EMSA 1GB8A 1EL1A 4BAFA 1GE0A 4ML7A 4J0LA 1QQYA 3WPKA 3CT0A 4XJHA 1HFZA 1NQIA 1OUJA 1VFBC 4G4HA 4NGJA 3P4ZA 4YEOA 1C08C 1JWRA 1F10A 1JSFA 1FDLY 1OUBA 4GCCA 1PS5A 4HV2A 1LHLA 1DPWA 1QSWA 2FYDA 2MEHA 1I1ZA 2W1YA 2YBMA 1UIAA 1KIRC 4LYZA 1LMPA 1UIDA 1UIGA 1YL1X 3AGIA 3RU5A 1LHIA 1LHHA 4B0DA 1ALCA 5L3IA 3W3EA 5DLAA 1LZRA 5LVGA 3BKHA 4KL7A 4H8YA 1IP1A 4IASA 3TXEA 1AT6A 3AW6A 4N0JA 5I53A 207LA 4MCKA 4FDYA 3ULRA 1JITA 3HBDA 1LMNA 1GBXA 1GHLA 4YEMA 1MLCE 3A96A 3EBAB 1HELA 1IOCA 1LSGA 3LYZA 4WG7A 1BB7A 4CFOA 4D9ZA 3WXTA 4LYBA 5A3ZA 2BQKA 2DQAA 4DWXA 1IWZA 1C7PA 1NWGA 1TBYA 1ZMYL 4RW1A 5B1GA 1B7QA 4NHTA 1IR7A 2BQCA 5KXOA 4Z41A 4C3WA 2BQLA 2DKVA 1BB5A 1B7NA 1WQNA 3F6ZA 4YOPA 1Z55A 1BWIA 1LYYA 2BLXA 4ET9A 4LGKA 4I8SA 1FN5A 1IC7Y 3HFMY 1CKCA 4GLVA 1DI4A 3IJUA 5HMJA 1HHLA 1YKZX 4KT3A 4H9IA 4U3XB 4B4JA 1IP3A 1LSNA 2BQDA 5LYZA 3T36A 1YILA 4NGLA 3ATOA 3IJVA 1LPIA 2Z19A 3CB7A 2D4KA 1LSCA 4NHIA 4C5FA 1UCOA 2H9KA 5KXWA 3AB6A 1A2YC 3K3TA 5DL9A 1BWHA 4XJIA 2F30A 4H9EA 1DQJC 3A3RX 4NY5A 2MECA 4NSJA 1LSDA 4J1BA 4NG1A 1IO5A 194LA 4LZTA 1LJ3A 1KXXA 1XGQC 3QNGA 4XENA 5FEKA 1JPOA 1LSBA 1VDSA 1LSEA 1OUDA 1OUFA 2HEEA 1LSAA 5FDJA 4DD0A 2A7DA 1LZDA 3B0KA 1BVXA 1IR8A 1F6RA 3J4GA 4H92A 4E3UA 1GAYA 4HTKA 4M6DA 3WU9A 3KAMA 1LZ9A 2Y8PA 1GE2A 1DXJA 2DQJY 1C46A 1CKHA 1B5WA 4QGZA 1REZA 1WQMA 4B4IA 1LZ5A 1I56A 2A7FA 3CT5A 3WPJA 4AGAA 1C43A 2H5ZA 1NDMC 4RLNA 5LYTA 3A92A 1D0LA 4LT2A 4WM3A 1UACY 4W94A 2X0AA 1LZEA 3RNXA 3QY4A 1B5ZA 1GF7A 4A7DA 2WARA 1NF5A 1NMMA 2DQGY 193LA 1JISA 2CJLA 1J1XY 4UWUA 2MEAA 1GEVA 1YKYX 4WG1A 1TDYA 2HEBA 4R6CA 1GBWA 4YF2A 3ZVQA 5L9JA 5LYMA 3E3DA 5JENB 2XTHA 5II3A 5FELA 4QY9A 4B49A 1B7MA 1JHLA 2HECA 2ZNWY 1V7SA 4HPEA 4GN4A 5ILCA 1GWDA 3OJPA 1LMAA 1IC5Y 4MR1A 3B72A 4UWNA 1YANA 4ETEA 2W1LA 1DZBX 2RSCA 1XEIA 4CJ2A 1GFTA 4PJ2C 4LT1A 1LSPA 1INUA 1LOZA 1WQRA 1WVVA 3A67Y 4LYMA 4TX7A 3WW5A 3WVXA 1CNSA 2GV0A 2YBNA 1GFHA 2Q0MX 4N8ZA 5HNLA 4DDCA 4HJYA 4NWEA 1ZVYB 4XADA 1OUGA 4H93A 3WU7A 1LSYA 3WU8A 1LJJA 2G4QA 3A3QA 1B7RA 5AMYA 1FKVA 1LHJA 2F2NA 1NHEA 4H91A 2XBRA 1BB4A 1LZ8A 1VDQA 1GBOA 4ZIXA 3FI7A 1IOTA 4GCEA 1B7OA 3J6KA 1LZGA 3B0OA 3AGGG 3HBHA 3TMUA 4DDAA 5J7CA 154LA 2IFFY 4OWAA 1YROA 2PC2A 1GBZA 3AW7A 4G49A 1FLQA 5C6JA 4GLAA 3P68A 1EQEA 5I5QA 1IP7A 3EXDA 1D9UA 2DQDY 3MGWA 2DQFC 153LA 4N5RA 1HEWA 1IWXA 2I25L 4NEBA 1YAMA 4NSHA 3RW8A 3W6FA 5KXXA 4Z98A 4WL7A 2Z39A 5IHGA 1G7IC 1LZTA 1LJNA 2Z2FA 1B7SA 1OUAA 2HTXA 6LYTA 3IWRA 1REYA 8LYZA 5IELA 1KXWA 4XJBA 1IX0A 1AKIA 3LHMA 2EKSC 1GB7A 1XGPC 2EIZC 1LZ4A 3RT5X 2ZWBA 4QEQA 4OWHA 4DT3A 1JKDA 4WM2A 5F9XA 4W96A 1HC0A 1HSXA 1RCMA 2NWDX 1RJCB 4HP0A 1GBSA 5LINA 1LYSA 1LZCA 5C6IA 1IOQA 1EQ4A 2B5ZA 2IHLA 1UIEA 3A6BY 5EBHA 1UBZA 1XFPL 6LYZA 1HERA 5IDDA 4HTQA 1LJ4A 1SLYA 1IWVA 3A6CY 3TXGA 3LZ2A 3RZ4A 4L41A 4X3BA 4J7VA 4XN6A 1KXYA 2BQNA 1LZ6A 1XGUC 4PRUA 4ZFPA 1W6ZA 1OUEA 3A93A 1LZYA 1F0WA 1YIKA 4ANRA 1JKBA 1H6MA 4H9FA 1KIPC 4BADA 4UWVA 1IP6A 4NGYA 1IEEA 5F14A 1CJ7A 2MEGA 1D0KA 4XJDA 1GFVA 1NDGC 5ILFA 2ZNXY 1I20A 5L3HA 1QSAA 1TAYA 2MEIA 5F81A 1JTTL 1BB3A 1AZFA 1GF9A 5A3EA 1GB9A 2AUBA 1GF6A 4R0FA 3LYTA 4AXTA 1GFEA 3A90A 4NHPA 5LAFA 1LZSA 2LZ2A 1REXA 1BWJA 3TMWA 1G7JC 1GB6A 4GCDA 1LZNA 1UIBA 1QDRA 5DM9A 1GE4A 4KPMA 5KKIA 3W6DA 3LZTA 1GXV2 1WQPA 9LYZA 2BQGA 1IWYA 1IP5A 1PZYA 1TEWA 1DI5A 1GBYA 1LMCA 2C8OA 4PHIA 4XJFA 3TXIA 3WVYA 2MEEA 1E8LA 2ZQ4A 2BQJA 3CT1A 1ZV5L 1IVMA 1J1OY 3AZ6A 4DDBA 1XSFA 1C10A 5LVKA 4LT0A 3T6UA 1VEDA 133LA 2Z38A 3EO5A 1B0DA 1WTMA 4NFVA 4WOAA 5LXWA 4XYYA 3TMXA 1CJ9A 4TTDA 1QTKA 2ZYPA 1B2KA 3AGHA 1CJ8A 4H9HA 1WQQA 4XJGA 1N4FA 1ZVHL 2YBHA 5APFA 5LVJA 2BQAA 3TXJA 4GN5C 4LYCA 1G7MC 1MELL 1HSWA 2HEFA 4PPOA 1LMTA 4EMNA 3QE8A 5LIOA 3N9CA 1FBIX 4H94A 4WM5A 3AJNA 4CHXA 1HF4A 1QUSA 4WLDA 3ZVQB 2Z18A 3CSZA 1GFGA 1YAOA 1AM7A 2D4IA 4NG8A 1GD6A 4M4OA 3TXKA 3P65A 4BAPA 3LN2A 1G7HC 1RE2A 1B9OA 2F4GA 3TXHA 1CKGA 2BQFA 1OP9B 2BQBA 1LSFA 2DQCY 1IOSA 3B6LA 1UICA 1VAUA 4RDSA 1LKRA 2YDGA 5I4WA 1IP2A 3D9AC 1QDTA 1DKJA 1YKXX 1GE1A 2HU3A 1JJ3A 4GN3A 3SP3A 1GF5A 1IY3A 3BKVA 4NHQA 4H1PA 2BQIA 5KXKA 3CQLA 1YAQA 4N9RA 2HEDA 4J1AA 4NHSA 4WO9A 1GFKA 3A8ZA 3WH1A 3W6AA 1QUTA 2Z2EA 4NGVA 4WLXA 1DPXA 4G4BA 1T3PA 5KXSA 1LTMA 4LFXA 4ETDA 3M3UA 2LYOA 5D5FA 1O23A 2FBDA 3W6CA 4FJRA 5I4XA 3AZ4A 4DD1A 1IWTA 1V7TA 1UUZC 1IP4A 4NSGA 2HEAA 2LYMA 3A95A 4WMGA 2ZIJA 4YM8A 5KY1A 3N9AA 1GFRA 1GF4A 2LYZA 2DQEY 4DD2A 2MEFA 1UA6Y 3WXUA 2HU1A 1LZBA 2W1XA 1UIHA 5T3FA 1CKFA 2XBSA 1YL0X 1VATA 4PGJB 5LVIA 4NGWA 1JKCA 4ETAA 2YVBA 1IORA 4MSTA 2G4NA 5KXPA 1JTOL 2H9JA 4G4CA 2BQMA 4GCFA 4CGEA 1FLUA 1NBZC 1P2CC 1GB2A 1LZAA 2CWIA 2LZTA 5LVHA 1LCNA 2YBIA 5KXRA 5LA5A 1WQOA 1A4VA 4LFPA 4H9CA 1QIOA 1JKAA 5LAGA 3TXDA 4WM6A 1T6VL 2DQIY 4IJ4A 5B1FA 3N9EA 5LA8A 4HTNA 4IATA 2YSSC 4NSIA 3FE0A 2I26L 2CGIA 1UC0A 1LJHA 2Z37A 1GF3A 1JSEA 4HPIA 4NIJA 4DD3A 4OWCA 4RW2A 4NGIA 5KKJA 2FBBA 4OOTA 1IWUA 4OW1A 1LZ1A 5D5CA 2D91A 2BLYA 5HNCA 1IR9A 5I4YA 3A94A 1OUIA 3AZ5A 4N1CC 4ETCA 5C6LA 1DI3A 4TWSA 2VB1A 1LJIA 1NKHA 4Z3MA 4HSFA 2D6BA 4I0CA 3P66A 1LHMA 3WW6A 4LYTA 1LMOA 4DC4A 1JJ1A 4B1AA 5K7OA 1AT5A 4TSBA 5KJ9A 4NGZA 4WLYA 4BS7A 2I6ZA 1YAPA 1FLWA 1LKSA 4DYGA 5KXNA 1LMQA 2BPUA 4OOOA 3WULA 5B05A 7LYZA 3P64A 4QDNA 1GB5A 5DN5A 1H87A 132LA 1GFUA 1FLYA 1IC4Y 1GF0A 1HNLA 1OQMA 4WM4A 1LSZA 5APEA 4YENA 3TMVA 1DKKA 1HENA 1HFXA 1QTEA 2ZYCA 4LT3A 5I54A 1GFAA 1GPQC 1IWWA 2F4AA 4GCBA 1XEJA 4WL6A 4HJZA 5F9UA 3B0IA 1LJFA 2CDSA 2ZIKA 1GB0A 1B5XA 2LHMA 4HJVA 3WUNA 3W6EA 1LJGA 3A34A 3M18B 1BQLY 3LYMA 1TCYA 4KXIA 4HV1A 1HFYA 1LAAA 1JUGA 2XJWA 4LYOA 1KIQC 5M1YA 5KXYA 4N1EI 4B4EA 1IIZA 4ZEEA 1BGIA 1JIYA 1GE3A 2MEBA 5HLLA 1GDWA 3GXRA 1WVUA 5B07A 4CFPA 1XEKA 2HUBA 135LA 1B7PA 1G7LC 1GEZA 4H8XA 4TUNA 2BQHA 1GDXA 1LYZA 2Z12A 5APDA 3WMKA 1RFPA 134LA 2D4JA 3W6BA 1LHKA 4DD7A 2BAAA 1CKDA 5HMVA 4PRQA 5DN4A 1BHZA 1D0MA 1JTPL 1B5YA 3HBEX 3OK0A 5B59A 4OWBA 208LA 1BB6A 3LYOA 1VDPA 1W08A 3ATNA 4H9BA 4II8A 1HEOA 1LJEA 1YQVY 1HEPA 2ZILA 5FHWA 2YBLA 1GXXA 1D6QA 4RLMA 1NBYC 3CSRA 4ET8A 1LSMA 1LJKA 3A91A 4WM1A 3G3AB 1GF8A 1B5VA 3WUAA 1B7LA 4H8ZA 5E9RA 4ETBA 1C45A 1OUCA 3AYQA 3CSQA 4WO6A 4NWHA 5APCA 1D6PA 1UIFA 4NGOA 1LYOA 2FYCA 1XGTC 4G9SA 1GFJA 1EQ5A 1HEQA 4H9AA 5E4PA 5HQ1A 2DQHY 1JJ0A 1FKQA 3TXFA 4Z46A 2ZQ3A 1XGRC 1IY4A 2EQLA 5KXLA 3G3BB 5KXZA 2BQEA 2W1MA 4TSCA 1GB3A 3ZEKA 5B06A 1SQ2L 1VDTA 3AZ7A 4O34A 3WPLA 1JEFA 3WL2A 2G4PA 1BVKC 2BQOA 3GXKA 1HEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H90A 186LA 252LA 1F6SA 3CDRA 2RAYX 1L32A 231LA 1L91A 139LA 1J1PY 1L28A 5FCPA 5KXMA 2EPEA 1B5UA 142LA 1D3MA 4BAFA 4ML7A 1QQYA 2B6YA 1NHBA 3CT0A 261LA 2B6XA 4XJHA 4NGJA 2OTZX 2W1YA 1G0KA 1I1ZA 4LYZA 1UIGA 3AGIA 3RU5A 1EPYA 4B0DA 1LHHA 1QT6A 4K5YA 2OTYX 4KL7A 262LA 3TXEA 1D3NA 1GHLA 146LA 225LA 1IWZA 4NHTA 2BQLA 2DKVA 1BB5A 1WQNA 4YOPA 164LA 1BWIA 4ET9A 2BLXA 2ANXA 4GLVA 5HMJA 3EMLA 4U3XB 4B4JA 3HT8A 2BQDA 3C80A 205LA 127LA 4GBRB 4I7SA 4XJIA 3CDVA 1L04A 3A3RX 2MECA 4NSJA 1LJ3A 1XGQC 184LA 1LSEA 1OUFA 4DD0A 1LSAA 2A7DA 3HDFA 2DQJY 1C46A 1B5WA 4QGZA 1L19A 2A7FA 3SBAA 1C6IA 4RLNA 1L0KA 3A92A 4LT2A 2X0AA 1LZEA 3QY4A 1L63A 2QARC 2WARA 1L27A 2MEAA 1L95A 2O7AA 1GBWA 1C6KA 1P37A 201LA 2XTHA 2HECA 1L51A 3HH3A 1L18A 4PJ2C 1INUA 1L25A 1C6TA 1ZVYB 1FKVA 2XBRA 2O79A 1BB4A 1L82A 1LZ8A 1VDQA 1GBOA 3FI7A 3HT7A 1LZGA 4W54A 154LA 1GBZA 213LA 4DQ7A 1IP7A 3EXDA 1D9UA 199LA 1L86A 4NEBA 156LA 1CV1A 1LI2A 4WL7A 1LJNA 2HTXA 4LDEA 1G0MA 2ZWBA 4QEQA 1G1VA 1K28A 1UIEA 3A6CY 175LA 4YX7C 3LZ2A 1C67A 4L41A 1LZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H90 A;  1HMK A;  1OUH A;  1HML A;  4OWE A;  4WLT A;  1F6S A;  2DBT A;  1GAZ A;  5F16 A;  5FST A;  3WUM A;  4EOF A;  3VWO A;  1CJ6 A;  1J1P Y;  4NGK A;  5FCP A;  5KXM A;  1RI8 B;  2N5Z A;  4DD9 A;  5KXT A;  3WYH A;  1WTN A;  2EPE A;  2MED A;  3TXB A;  2C8P A;  1B5U A;  1REM A;  3D3D A;  4P2E A;  2YBJ A;  3EMS A;  1GB8 A;  1EL1 A;  4BAF A;  1GE0 A;  4ML7 A;  4J0L A;  1QQY A;  3WPK A;  3CT0 A;  4XJH A;  1HFZ A;  1NQI A;  1OUJ A;  1VFB C;  4G4H A;  4NGJ A;  3P4Z A;  4YEO A;  1C08 C;  1JWR A;  1F10 A;  1JSF A;  1FDL Y;  1OUB A;  4GCC A;  1PS5 A;  4HV2 A;  1LHL A;  1DPW A;  1QSW A;  2FYD A;  2MEH A;  1I1Z A;  2W1Y A;  2YBM A;  1UIA A;  1KIR C;  4LYZ A;  1LMP A;  1UID A;  1UIG A;  1YL1 X;  3AGI A;  3RU5 A;  1LHI A;  1LHH A;  4B0D A;  1ALC A;  5L3I A;  3W3E A;  5DLA A;  1LZR A;  5LVG A;  3BKH A;  4KL7 A;  4H8Y A;  1IP1 A;  4IAS A;  3TXE A;  1AT6 A;  3AW6 A;  4N0J A;  5I53 A;  207L A;  4MCK A;  4FDY A;  3ULR A;  1JIT A;  3HBD A;  1LMN A;  1GBX A;  1GHL A;  4YEM A;  1MLC E;  3A96 A;  3EBA B;  1HEL A; 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 3WUN A;  3W6E A;  1LJG A;  3A34 A;  3M18 B;  1BQL Y;  3LYM A;  1TCY A;  4KXI A;  4HV1 A;  1HFY A;  1LAA A;  1JUG A;  2XJW A;  4LYO A;  1KIQ C;  5M1Y A;  5KXY A;  4N1E I;  4B4E A;  1IIZ A;  4ZEE A;  1BGI A;  1JIY A;  1GE3 A;  2MEB A;  5HLL A;  1GDW A;  3GXR A;  1WVU A;  5B07 A;  4CFP A;  1XEK A;  2HUB A;  135L A;  1B7P A;  1G7L C;  1GEZ A;  4H8X A;  4TUN A;  2BQH A;  1GDX A;  1LYZ A;  2Z12 A;  5APD A;  3WMK A;  1RFP A;  134L A;  2D4J A;  3W6B A;  1LHK A;  4DD7 A;  2BAA A;  1CKD A;  5HMV A;  4PRQ A;  5DN4 A;  1BHZ A;  1D0M A;  1JTP L;  1B5Y A;  3HBE X;  3OK0 A;  5B59 A;  4OWB A;  208L A;  1BB6 A;  3LYO A;  1VDP A;  1W08 A;  3ATN A;  4H9B A;  4II8 A;  1HEO A;  1LJE A;  1YQV Y;  1HEP A;  2ZIL A;  5FHW A;  2YBL A;  1GXX A;  1D6Q A;  4RLM A;  1NBY C;  3CSR A;  4ET8 A;  1LSM A;  1LJK A;  3A91 A;  4WM1 A;  3G3A B;  1GF8 A;  1B5V A;  3WUA A;  1B7L A;  4H8Z A;  5E9R A;  4ETB A;  1C45 A;  1OUC A;  3AYQ A;  3CSQ A;  4WO6 A;  4NWH A;  5APC A;  1D6P A;  1UIF A;  4NGO A;  1LYO A;  2FYC A;  1XGT C;  4G9S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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