1LSAA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsaA00
4LT3A 2HUBA 1HFXA 5KXZA 4QY9A 1LSZA 1B7QA 1GF4A 4NWEA 1IX0A 2H9KA 3WW5A 4YM8A 4HTNA 3CT1A 2BLXA 3M18B 1GBZA 1OQMA 1QUSA 3ZVQA 4WMGA 1BGIA 1LKRA 3P66A 4HP0A 4H9BA 4LGKA 153LA 4KT3A 1B7RA 1F0WA 2BQGA 3CSZA 5HNCA 5LVHA 4LYTA 1LJJA 5HMVA 3WUAA 4H8XA 4B1AA 4EOFA 4WM5A 1VEDA 1IWUA 4DD1A 2DKVA 1YROA 1LHKA 4NGJA 5LYTA 1JTTL 4NGVA 4UWUA 5D5FA 3A91A 5A3ZA 5F14A 1LZNA 4IASA 3RZ4A 1NWGA 1LHMA 1UICA 1XEKA 3TMUA 3FI7A 4DD3A 4WL6A 1IR7A 1IIZA 1D6PA 1LMNA 1JISA 3B0KA 5DM9A 5FELA 1INUA 1IC5Y 4DDAA 5KXLA 5L3IA 5KXXA 1GE4A 1LZ8A 1IR9A 1VDPA 2H9JA 1GB2A 1D0LA 1GFAA 4H9FA 1GPQC 5KXTA 1B5XA 1JHLA 4HTQA 1BWIA 2IHLA 4AXTA 2BQHA 5B05A 1A2YC 4GCEA 3A34A 4RDSA 4J0LA 1D6QA 1HERA 1XSFA 132LA 2B5ZA 1UBZA 2DQHY 4H93A 3SP3A 1B7PA 5KXMA 1YAMA 3WUMA 1IP5A 4WM6A 4DDBA 1HF4A 1B5ZA 1C7PA 1CJ9A 3IJVA 1B5VA 1A4VA 4KL7A 1LZYA 1V7SA 1IOSA 3E3DA 2ZNWY 1UC0A 3CT5A 4II8A 4NGKA 4RW2A 5HMJA 3WPLA 1JKCA 193LA 1LZSA 1GBYA 4OWEA 1JJ1A 1D0MA 2Z38A 1C45A 4H91A 1GBOA 3CSQA 3RNXA 3ZVQB 1GF0A 2F30A 3M3UA 1UA6Y 2N5ZA 2LZTA 3HBHA 1CKHA 1G7LC 1GD6A 1H87A 1HEWA 3HFMY 4DYGA 4L41A 1YILA 4CHXA 1IP2A 4NSJA 3TMWA 4B4EA 1FLUA 3P64A 4NWHA 1AT6A 3CSRA 4B49A 8LYZA 1QTKA 3ATNA 4GN4A 4M6DA 5E9RA 4J1AA 1LYZA 2HECA 1XGPC 1GAYA 2MECA 3EMSA 1LTMA 1FDLY 1JITA 1GBWA 1GF7A 3TXJA 1PZYA 1TEWA 2LZ2A 4GN3A 4WM1A 2IFFY 3AW7A 3QY4A 1G7IC 4I8SA 3WUNA 4ZEEA 2HTXA 2CGIA 4XADA 1IY4A 1LSDA 2X0AA 3N9EA 4LYCA 2Z2EA 3W6EA 4ET8A 2HEAA 3EXDA 4ETBA 1LZDA 1UCOA 4H9AA 4OWCA 1LZ4A 1JSFA 1LSMA 4LYZA 4XJBA 1UACY 5AMYA 2D4IA 4YENA 5APFA 5I54A 1V7TA 4NGZA 1IOQA 1GE2A 2D4JA 1MELL 2G4PA 4N9RA 3TMVA 4J7VA 1HEOA 1QUTA 2YSSC 3RW8A 4CFOA 4G4BA 5KY1A 2MEGA 4QGZA 4A7DA 2W1XA 4TWSA 1B7SA 1F10A 1G7HC 1OUAA 3D3DA 1FKVA 4PRQA 4TSCA 4O34A 3W6AA 2XBSA 3N9AA 4BAFA 5IHGA 1HHLA 4WG7A 1LSYA 5DN4A 2DQEY 2FBBA 4Z98A 4D9ZA 1CJ6A 2Z12A 1LJEA 1GF6A 5APCA 4LYOA 2XBRA 1LJFA 1GB6A 1I1ZA 5ILCA 1B7MA 4N5RA 4WLDA 4MCKA 1BB7A 1CKFA 1ZVYB 1AKIA 5HNLA 4NSIA 2WARA 3GXKA 4HPEA 5LINA 4P2EA 4UWVA 1UIEA 4N0JA 3W6CA 3A90A 1GB9A 2LHMA 3W3EA 3WVYA 1FLWA 4ET9A 5LVJA 1QTEA 1PS5A 1ZMYL 2W1YA 1NBYC 4XJIA 1RFPA 4H9HA 1LZRA 2ZIKA 3RU5A 4YEMA 1UIAA 2H5ZA 3P68A 2HU3A 2YVBA 1D9UA 1JJ0A 1H6MA 1LJKA 1NF5A 2G4NA 3KAMA 1OUEA 3OK0A 4BS7A 4ZFPA 3TXEA 3W6FA 1WQQA 1GWDA 1YAOA 1YIKA 5KXKA 2YBNA 3WPKA 4PRUA 1F6SA 5C6JA 2BQLA 1GBSA 2W1LA 1GF8A 3CQLA 2LYOA 3WW6A 4QDNA 1IC4Y 1HMKA 4NHQA 3TXBA 3A94A 1BVKC 4ML7A 1LZTA 2I6ZA 1KXWA 1IR8A 5HQ1A 2BQDA 1LKSA 2FYCA 1GB7A 1UUZC 5K7OA 3W6BA 4NGWA 207LA 5LAGA 4GN5C 4XENA 4Z3MA 1LJ4A 4HV2A 2DBTA 1AZFA 1GXV2 3EO5A 1UIDA 1LSCA 1OUDA 1EQEA 1LZ6A 1DKJA 4LZTA 3AZ7A 2BQAA 5ILFA 1LSBA 4CJ2A 1W6ZA 2F4AA 1XGQC 2LYMA 4H94A 4X3BA 1KXXA 1BWJA 1I20A 4CGEA 3BKHA 1TBYA 1B7OA 4NHSA 1RCMA 4NGYA 4XYYA 1YKYX 1YQVY 5A3EA 1KIRC 4NFVA 4LYBA 4ETAA 5LVGA 1P2CC 1XGUC 3P4ZA 2ZYCA 2DQCY 2CDSA 1OUJA 2AUBA 4HSFA 3WU9A 1J1XY 1WTNA 1B7NA 1BVXA 1LZ9A 4LFXA 4RLNA 1B7LA 5DN5A 4Z41A 3D9AC 4J1BA 1LMPA 1NHEA 3WU7A 1UIGA 4TUNA 1NQIA 3WULA 1DZBX 4U3XB 4WLTA 3J6KA 4I0CA 4B4IA 1GB3A 4H9IA 5LVKA 1BQLY 1HSXA 1B5WA 1TDYA 3HBDA 4NY5A 4W96A 1RJCB 2Q0MX 6LYZA 4WLYA 1BHZA 1WVVA 1YAQA 2BPUA 2BQEA 2HEFA 1GEZA 1NBZC 2BQBA 4XJDA 4B4JA 5KXRA 3ATOA 5IELA 1FBIX 1WVUA 6LYTA 3AYQA 1IEEA 1REMA 1GF5A 4GLAA 4XJFA 5LA8A 1GF3A 1LHHA 1LMQA 1FKQA 3AW6A 1XFPL 1LOZA 1J1OY 2RSCA 1GEVA 2BQFA 2A7DA 2F4GA 4FJRA 1W08A 3GXRA 5APEA 4TTDA 1EQ5A 5LAFA 3TMXA 3FE0A 3T6UA 1YL0X 5C6IA 3WU8A 4DD2A 4DD7A 4YOPA 2Z19A 1IOCA 5I4YA 1DQJC 5KXYA 3QNGA 4HTKA 2YDGA 1C10A 4PHIA 1GFUA 1IWWA 1BB6A 1AT5A 5LXWA 2FBDA 2MEBA 1GFVA 3W6DA 1XEJA 1LHLA 3K3TA 3B72A 4DT3A 1LZ1A 4HPIA 5FCPA 1GFRA 1VAUA 4OOOA 3CT0A 4RW1A 1LPIA 2Z37A 5EBHA 4G49A 1LSAA 1OUHA 3OJPA 4NG1A 1GFGA 4OWAA 4PJ2C 4TSBA 2BQOA 2Z2FA 2DQJY 4G4CA 1JKBA 4HJYA 3TXHA 1FLYA 1LJNA 1VDTA 1IP3A 3AGGG 1DI5A 1VATA 3LYOA 4ETDA 1TAYA 2C8OA 1LSFA 1DI4A 1OP9B 4GLVA 4GCCA 3BKVA 1HFZA 1E8LA 4B0DA 3A67Y 3AZ6A 1C43A 4LFPA 4TX7A 4WL7A 4HJZA 3TXDA 1CKDA 3LYMA 4NGLA 1GFTA 3A3RX 3A95A 5L3HA 1IWYA 4H8ZA 1IY3A 1LHIA 1REYA 1SQ2L 2DQIY 5I53A 3TXFA 5L9JA 1C08C 1IVMA 1KIQC 2I25L 4FDYA 5LYZA 3A6BY 1YKZX 1WQMA 5DLAA 1GB0A 1YKXX 1B9OA 5C6LA 4C5FA 2YBJA 3B0IA 2DQAA 1OUFA 4W94A 2CJLA 4WO9A 1JPOA 2MEEA 5KXNA 4XJGA 1HEMA 1QQYA 1D0KA 3WL2A 1GAZA 1HFYA 5F9XA 3WXTA 4DD0A 2DQFC 4XJHA 1OUBA 1SLYA 2G4QA 2VB1A 2BQIA 3RT5X 4YEOA 1LSEA 154LA 5T3FA 1WQNA 1DPWA 3WXUA 4NSGA 3A8ZA 2XJWA 5II3A 4WLXA 2HEEA 3J4GA 1YAPA 1C46A 2YBHA 3WMKA 3B0OA 3TXKA 5I4XA 1GFEA 4N1EI 5D5CA 2Z18A 4DC4A 1CJ7A 2PC2A 1T6VL 4NGOA 4OOTA 5B06A 2EIZC 1LYSA 208LA 3WH1A 1OUCA 3N9CA 4ETEA 4MR1A 1CNSA 3A93A 1JUGA 2ZILA 5KKJA 5LA5A 4KPMA 1IWTA 1IOTA 5LVIA 2BAAA 4QEQA 1YANA 2HU1A 1GFJA 4ETCA 1J1PY 4NHTA 1LSNA 2EQLA 2BQNA 1LAAA 1HSWA 4G9SA 4H9CA 3LZ2A 4N1CC 3WPJA 4BADA 1TCYA 1OUGA 4YF2A 4C3WA 4EMNA 5FSTA 4GCFA 1YL1X 1G7JC 1UIFA 2W1MA 5B1GA 1JTOL 1WQOA 4GCDA 5FDJA 1LJGA 4ANRA 1GE0A 2ZYPA 4BAPA 1RE2A 1IWZA 4WM4A 5KXOA 1QDTA 5E4PA 1IC7Y 1LZBA 1REXA 3VWOA 2A7FA 1T3PA 1EQ4A 1KIPC 5KKIA 1G7MC 4GCBA 5DL9A 1XGRC 1LHJA 2C8PA 1DXJA 1LMOA 1ZV5L 4OWHA 1JWRA 4H8YA 5B1FA 4WM3A 5IDDA 1ZVHL 1WTMA 1GHLA 1JTPL 2ZWBA 4E3UA 133LA 1JEFA 4H92A 4G4HA 1IWVA 4KXIA 1XEIA 4CFPA 5JENB 1FLQA 1LZCA 1NMMA 4H1PA 1JSEA 4LT1A 2YBMA 2MEDA 4H90A 1GDWA 1OUIA 1QDRA 1WQPA 5F16A 5KXPA 1NKHA 2EPEA 3LZTA 3P65A 4NG8A 3AB6A 1DKKA 3ZEKA 1LMTA 1CKGA 1DI3A 3G3BB 1ALCA 2BQCA 2ZQ3A 4HV1A 4NHIA 194LA 1QSAA 2I26L 1NDGC 1GFKA 4HJVA 1LMCA 4NEBA 2MEAA 4WO6A 4AGAA 2MEHA 1GE3A 3AGIA 3HBEX 4XN6A 1GB5A 2D6BA 2NWDX 3TXIA 135LA 1LSGA 4IATA 1RI8B 2Y8PA 1VDQA 3A6CY 3LHMA 5LIOA 1JJ3A 1GXXA 4MSTA 3AZ5A 4IJ4A 9LYZA 4DD9A 1O23A 5APDA 1LYOA 5F81A 1BB3A 2XTHA 3LYZA 1IP1A 4WM2A 134LA 3IWRA 1BWHA 4OW1A 1IP6A 1KXYA 1WQRA 2MEFA 1LSPA 2YBLA 1I56A 1DPXA 5M1YA 4M4OA 3WVXA 1MLCE 4NGIA 5HLLA 1LZEA 1JIYA 5LYMA 1FN5A 1F6RA 1UIBA 4R6CA 1UIHA 1IP4A 5FHWA 1VFBC 2MEIA 1GB8A 3AGHA 1GDXA 1IWXA 3CB7A 3ULRA 1IP7A 1REZA 1HENA 1HMLA 4Z46A 1B0DA 1LYYA 2HEBA 2F2NA 3A3QA 4PGJB 4N8ZA 5KXSA 3IJUA 4LT0A 3LN2A 1Z55A 1HEPA 1HC0A 5I4WA 1LJIA 2EKSC 1N4FA 3G3AB 7LYZA 1QSWA 3LYTA 2D4KA 4NSHA 3A92A 1B5YA 1AM7A 1CJ8A 1CKCA 2D91A 3AZ4A 4LYMA 4PPOA 1EL1A 4WG1A 1NDMC 4WOAA 5KXWA 3B6LA 1XGTC 4NIJA 4RLMA 3T36A 3TXGA 1LCNA 2YBIA 4DDCA 5B59A 5FEKA 1B5UA 3A96A 2BQMA 2GV0A 3MGWA 4ZIXA 4DWXA 1GBXA 1IO5A 1BB4A 1LZ5A 1BB5A 1VDSA 4H9EA 5KJ9A 5B07A 1HEQA 4OWBA 3QE8A 2HEDA 2ZQ4A 4NHPA 4UWNA 1GFHA 1LMAA 3F6ZA 4R0FA 5F9UA 2ZIJA 1JKAA 5J7CA 2Z39A 1LJ3A 2DQDY 2DQGY 2FYDA 2LYZA 2ZNXY 1LZAA 1LZGA 1JKDA 4LT2A 1B2KA 1HELA 3AJNA 1GE1A 3EBAB 1LJHA 1IORA 1GF9A 1QIOA 2BQKA 1HNLA 2CWIA 2BLYA 5I5QA 3WYHA 2BQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
170LA 1LSZA 1GF4A 1LWGA 1OQMA 1DYAA 112LA 1QUSA 1CUQA 4LYTA 1P5CA 1VEDA 1L80A 1G0JA 1YROA 4NGJA 4UWUA 3RZ4A 3FI7A 4DD3A 4W59A 1D6PA 1JISA 3B0KA 5DM9A 5KXLA 2OE7X 5KXXA 3HH5A 2H9JA 2RB1X 236LA 1GPQC 1CV5A 4AXTA 243LA 1L45A 5B05A 1QSBA 3DMXA 123LA 2ANVA 4GCEA 1XSFA 132LA 5KXMA 192LA 2RBPA 1L05A 3DNAA 1HF4A 3GUNA 1V7SA 3CT5A 5HMJA 4ARMA 1JKCA 193LA 1GBYA 1D2WA 1KY1A 3HH3A 1L55A 3M3UA 145LA 2LZTA 3HBHA 1HEWA 1H87A 3DN8A 109LA 4L41A 3TMWA 1L75A 4B4EA 3HDEA 8LYZA 221LA 1LGXA 1QTKA 201LA 4GN4A 3DMVA 1XGPC 251LA 4WM1A 1TEWA 220LA 2LZ2A 4W55A 1KNIA 172LA 3WUNA 2HTXA 2CGIA 4XADA 3W6EA 4LYCA 2Z2EA 1L46A 1C6CA 119LA 254LA 261LA 216LA 4XJBA 1L99A 5AMYA 259LA 1IOQA 2G4PA 3CDOA 4N9RA 4J7VA 1HEOA 4CFOA 5KY1A 1L23A 1B7SA 1OUAA 144LA 2FBBA 1CJ6A 1B7MA 1CU3A 1CKFA 5HNLA 1AKIA 4NSIA 5LINA 1GB9A 3W3EA 3WVYA 1FLWA 5LVJA 1ZMYL 1NBYC 1RFPA 187LA 2YVBA 1LJKA 1NF5A 2G4NA 1OUEA 1C6EA 1L27A 4DQJA 157LA 2YBNA 4PRUA 1F6SA 5C6JA 1HMKA 1DYFA 1DYDA 165LA 1LZTA 1C6TA 3C7YA 2BQDA 1QTHA 1T97A 4GBRB 4NGWA 207LA 3SBAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT3 A;  2HUB A;  1HFX A;  5KXZ A;  4QY9 A;  1LSZ A;  1B7Q A;  1GF4 A;  4NWE A;  1IX0 A;  2H9K A;  3WW5 A;  4YM8 A;  4HTN A;  3CT1 A;  2BLX A;  3M18 B;  1GBZ A;  1OQM A;  1QUS A;  3ZVQ A;  4WMG A;  1BGI A;  1LKR A;  3P66 A;  4HP0 A;  4H9B A;  4LGK A;  153L A;  4KT3 A;  1B7R A;  1F0W A;  2BQG A;  3CSZ A;  5HNC A;  5LVH A;  4LYT A;  1LJJ A;  5HMV A;  3WUA A;  4H8X A;  4B1A A;  4EOF A;  4WM5 A;  1VED A;  1IWU A;  4DD1 A;  2DKV A;  1YRO A;  1LHK A;  4NGJ A;  5LYT A;  1JTT L;  4NGV A;  4UWU A;  5D5F A;  3A91 A;  5A3Z A;  5F14 A;  1LZN A;  4IAS A;  3RZ4 A;  1NWG A;  1LHM A;  1UIC A;  1XEK A;  3TMU A;  3FI7 A;  4DD3 A;  4WL6 A;  1IR7 A;  1IIZ A;  1D6P A;  1LMN A;  1JIS A;  3B0K A;  5DM9 A;  5FEL A;  1INU A;  1IC5 Y;  4DDA A;  5KXL A;  5L3I A;  5KXX A;  1GE4 A;  1LZ8 A;  1IR9 A;  1VDP A;  2H9J A;  1GB2 A;  1D0L A;  1GFA A;  4H9F A;  1GPQ C;  5KXT A;  1B5X A;  1JHL A;  4HTQ A;  1BWI A;  2IHL A;  4AXT A;  2BQH A;  5B05 A;  1A2Y C;  4GCE A;  3A34 A;  4RDS A;  4J0L A;  1D6Q A;  1HER A;  1XSF A;  132L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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