1LSAA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsaA00
4ANRA 1RFPA 1C08C 4IATA 5F9XA 1KXXA 1W08A 1QTEA 1SLYA 1XGTC 1HF4A 1OUJA 2BQDA 1YQVY 2ZYCA 4WLDA 4CJ2A 1B7OA 3AZ4A 3TMXA 1GB3A 5KXTA 1HMKA 3BKVA 1AM7A 1CKGA 5I4YA 3W6EA 1YKZX 1IP6A 3FI7A 3M3UA 4TTDA 1UIEA 2BAAA 3WXTA 1LSFA 1E8LA 4H8XA 1QQYA 1LJNA 1GDWA 1RCMA 1LJKA 1NQIA 2EKSC 1LJ4A 1NDMC 3W6AA 4BADA 1BB5A 5KXMA 1HC0A 1FKVA 1LZ6A 1Z55A 1IWWA 3RU5A 3TXIA 4A7DA 5KXXA 2BQIA 4WO9A 1GFUA 4H8ZA 3LYTA 3WVYA 1QDTA 2DQEY 4LT1A 4UWNA 2Q0MX 1VDTA 2GV0A 1V7TA 1HFZA 3B72A 1YKYX 5HNCA 1DI5A 1DI3A 2CGIA 4GCDA 5B07A 1XGRC 1LYSA 2CDSA 2BQFA 1GAZA 2HEBA 4LYMA 4ML7A 4NG8A 5DLAA 4WG1A 3RW8A 4TUNA 3WYHA 1LAAA 4LYBA 1LJHA 3WUMA 4WM1A 1JWRA 3A96A 3AYQA 4HTNA 4H9HA 1GB2A 2X0AA 3QE8A 4OWCA 135LA 3AGIA 2A7FA 2W1YA 3WUNA 2ZNWY 2YBHA 3LZ2A 3WMKA 1LSYA 5K7OA 1TDYA 1RI8B 2BQBA 2HUBA 1A2YC 1LZRA 3LN2A 3QY4A 4NGKA 2FYCA 1LHHA 1C10A 3WH1A 4YF2A 3AB6A 1JKDA 4M4OA 4MR1A 3ATOA 1YROA 1LMCA 3IJVA 1CJ6A 1KIQC 1IOCA 1UBZA 3W6BA 2I6ZA 5JENB 4XADA 1KIPC 1VDQA 1AT5A 3OJPA 1AZFA 5LYZA 5B05A 5HMVA 1REXA 3CB7A 1REYA 2Z12A 1UIHA 4LT3A 1J1XY 3RT5X 3A3RX 2W1XA 2Z19A 1H87A 1OUIA 1GE2A 3GXKA 3J4GA 4OOOA 5APCA 4ETDA 4N5RA 1JEFA 1JJ1A 1LJFA 2W1LA 3A6BY 4N1EI 1OUEA 1OUBA 3A93A 4WL7A 5I5QA 1UA6Y 1JTTL 5KXYA 1JISA 2HEAA 4X3BA 1LMOA 1B5YA 1HEMA 4LFXA 4QY9A 1YAMA 2LZTA 4NWHA 4XYYA 2XBRA 1BHZA 4MSTA 4NIJA 1JKAA 2LYOA 2BQHA 3ATNA 5IELA 4NFVA 1B0DA 1G7JC 1J1OY 1GFKA 1UIBA 1IIZA 4H9AA 2HU1A 5KY1A 1LPIA 5II3A 1JIYA 2C8PA 3P64A 5LVKA 4J7VA 1NDGC 4NGLA 3TXDA 2LZ2A 3FE0A 1LZBA 2Z38A 1HEWA 1WVVA 5M1YA 3A91A 3P68A 2ZNXY 1QSAA 3EXDA 4H90A 1WQRA 3M18B 4P2EA 2Z37A 4YEMA 1VATA 5FCPA 1IP4A 5LA5A 1GB5A 3A94A 4G4HA 4LT0A 1VDSA 3CSQA 4G9SA 4XJIA 3BKHA 1QIOA 1GF9A 4WOAA 1G7HC 4DYGA 1LZAA 4DD2A 1FLWA 5KXLA 4U3XB 2G4QA 1LSBA 1HFXA 1OUFA 3WL2A 1YAPA 2DQHY 1BB6A 1YILA 1BQLY 3TMWA 5F14A 1IWYA 1LMQA 2DQAA 4RW2A 1O23A 1JITA 1TAYA 4KL7A 4NGOA 1LKSA 4ZFPA 4HV2A 4ETCA 4XJDA 1OUCA 2C8OA 4WMGA 4D9ZA 1LZCA 3B0KA 1F0WA 1XGQC 5L3HA 5C6JA 5B1FA 3A3QA 1CKFA 1IC5Y 3WPLA 1GXXA 2YBLA 4H92A 5LAGA 1VDPA 1LZ9A 1UIGA 2VB1A 3ZVQB 1C46A 4CGEA 1TCYA 3LYOA 1YANA 4WO6A 4NSJA 1RJCB 4QGZA 1GB9A 4WLTA 5LYTA 5IHGA 1D9UA 1I56A 2XBSA 4B49A 2DQDY 193LA 3TXFA 1AT6A 3B0IA 1IC4Y 1LJJA 1UACY 4WLYA 1GDXA 4RW1A 2HECA 1GFAA 1W6ZA 1B7LA 3CT5A 3N9AA 5KXKA 2Z2EA 2BPUA 2F4GA 1VEDA 1GAYA 1HHLA 4YM8A 1C45A 5LXWA 3HBEX 3WPJA 4I0CA 1UIDA 4NGJA 1FLQA 1FLYA 4G4BA 1LMPA 2ZQ4A 1GBWA 1GHLA 5DN5A 4B4EA 1IVMA 3D3DA 3E3DA 4NHQA 4NGWA 1GXV2 4XJGA 1LHJA 1LSNA 5B59A 3WU7A 133LA 1DPWA 1C43A 1G7MC 1XGUC 2DQIY 3EMSA 1WTNA 3K3TA 4RDSA 4W94A 5A3ZA 1XEJA 1FBIX 1QUTA 1UUZC 4TSCA 1LSCA 1LHMA 1BB4A 3AJNA 4IASA 4GLAA 4LYOA 1LCNA 1B2KA 2W1MA 4I8SA 5AMYA 5I53A 4H1PA 1LZGA 1GEVA 3TMVA 5KXOA 1XFPL 5KKJA 1GE0A 1P2CC 5FHWA 1LZ1A 1GFTA 4RLNA 3W3EA 4OWAA 3KAMA 5KXSA 2XJWA 1IOTA 3G3BB 5E9RA 2LHMA 1JJ3A 4DWXA 1D6QA 1D6PA 5EBHA 2AUBA 1UIAA 3WPKA 1LJ3A 1WQOA 3EBAB 5L9JA 3WU8A 1LJGA 2PC2A 1B7QA 1IOQA 2IFFY 1SQ2L 4NEBA 4YOPA 1JSFA 4GCEA 5IDDA 1LHLA 4UWUA 5DL9A 1LZEA 1KXWA 4LYCA 1B9OA 1UC0A 3AGHA 1IR7A 1GF3A 1FN5A 3W6CA 2MEAA 2BQEA 2YVBA 3WXUA 1GWDA 3ZVQA 4KXIA 4XENA 3TXJA 1XEIA 1FDLY 1T6VL 1V7SA 3A67Y 1HSXA 2ZIKA 2DQGY 3A34A 2D4KA 1BWHA 4W96A 4ET8A 4NGVA 1XSFA 2LYZA 3TXBA 1LZ5A 3WUAA 6LYZA 4HPIA 2BQNA 2DQJY 4HJZA 2HEFA 4NHPA 208LA 4HSFA 4GN3A 3G3AB 5ILCA 1G7IC 3OK0A 4WLXA 4NY5A 5KXRA 2H9JA 5F9UA 4HTQA 2BLYA 4OWHA 1B7MA 4PRUA 1LYZA 4XJFA 5LVGA 5DN4A 4DT3A 2Y8PA 1C7PA 1IP1A 1TEWA 2HU3A 1BGIA 1BVKC 1CJ8A 1JHLA 1LTMA 4NWEA 5FEKA 4H93A 5C6LA 1LSGA 3SP3A 3A90A 1YAOA 4TSBA 1GE3A 3AZ6A 4YEOA 2EQLA 4B4IA 4HTKA 1D0KA 4OWEA 2FBDA 3QNGA 1DI4A 1GF4A 3IWRA 1QDRA 3P65A 4H91A 4UWVA 4Z41A 3LZTA 1RE2A 1B5VA 1EQ4A 3WULA 5I54A 3CSRA 4EMNA 1LSPA 3CSZA 2ZQ3A 2BQKA 5LIOA 1JKCA 2D91A 1HELA 1YAQA 2WARA 1IC7Y 1B5UA 2BQMA 2BQJA 1OUGA 1GFGA 1JUGA 2LYMA 2BQAA 4GCFA 4H9BA 4J0LA 4QEQA 3TXEA 1LSEA 1HSWA 1XGPC 5D5FA 5KXPA 2F2NA 4CHXA 1GF0A 3GXRA 1N4FA 4TWSA 4ETBA 5FSTA 1OUDA 2CWIA 4CFPA 4ETEA 1PS5A 4XN6A 4WM4A 1HENA 1BWIA 1CJ7A 1B7RA 1GB8A 3F6ZA 1FLUA 4H94A 4PJ2C 3WW5A 4DC4A 2MEDA 4G4CA 4OWBA 2DKVA 1INUA 5I4XA 4DDAA 1LZDA 3VWOA 1GB6A 1LSMA 3LYZA 5B06A 5HLLA 1B5WA 1F6SA 1LHIA 1GFHA 1IP2A 2RSCA 1BB3A 4DD1A 1YL0X 2N5ZA 1GFJA 4ZEEA 4L41A 2Z2FA 5A3EA 1LHKA 2B5ZA 4KPMA 5LVIA 1QTKA 5C6IA 154LA 4LFPA 1NWGA 4Z3MA 2BQLA 1LOZA 1F6RA 1GF7A 1DQJC 2H5ZA 4O34A 3LYMA 2I26L 4HP0A 1ALCA 1B7NA 1LMAA 2YDGA 1GB7A 3MGWA 2H9KA 1LMTA 1WQNA 2YBIA 3CT0A 1GE1A 1HERA 4H9EA 5DM9A 5LA8A 4NGYA 4DDCA 2A7DA 4NHSA 1LZ8A 1OUHA 1JJ0A 1MLCE 1IR8A 1NMMA 2IHLA 2DQCY 4QDNA 4BAFA 5KKIA 4RLMA 1BVXA 4E3UA 3B0OA 3W6DA 4ZIXA 1UCOA 7LYZA 1VFBC 2F30A 2HTXA 5KJ9A 1LSZA 3TXGA 134LA 1LZNA 1B5XA 4EOFA 4LYZA 4Z98A 1ZV5L 3A6CY 4B1AA 5LVHA 1YIKA 2ZIJA 4HJYA 5APEA 1F10A 1NBZC 1B5ZA 1GFVA 1LJIA 1DKJA 2DBTA 4PRQA 1IOSA 2G4NA 4II8A 2CJLA 1FKQA 4NHIA 1OP9B 2MEBA 3B6LA 5LAFA 1MELL 3TXKA 1CJ9A 1DXJA 2Z39A 4B0DA 4IJ4A 1LKRA 4WM6A 3J6KA 4HPEA 4N0JA 2BQOA 4DD9A 4OOTA 1GBXA 1OUAA 4GLVA 5LYMA 3N9EA 4TX7A 4M6DA 5D5CA 4LT2A 1XEKA 5KXNA 4DD7A 6LYTA 2HEEA 2MEIA 1GBSA 3WVXA 1IY4A 4WM5A 3RNXA 132LA 1HFYA 1CKCA 4C5FA 4FDYA 3CT1A 3W6FA 1LYOA 4B4JA 1CNSA 1YL1X 4J1BA 4PHIA 3AW6A 1IP3A 4GCBA 1WQQA 1A4VA 2MEEA 1JPOA 1UIFA 1CKDA 4GCCA 4PPOA 5E4PA 5HMJA 5LINA 3HBHA 4PGJB 4N8ZA 1HEOA 1WTMA 2MEFA 4BS7A 1IP5A 3AZ5A 3N9CA 2ZYPA 3ZEKA 1TBYA 2BLXA 3WW6A 3HBDA 4NSIA 1GFRA 3AGGG 4GN4A 5HNLA 2YBMA 5F16A 3ULRA 2Z18A 1YKXX 3LHMA 4LZTA 3T36A 3TMUA 1EQEA 1EL1A 1LZYA 4H9FA 1OQMA 4HJVA 4DDBA 5KXWA 1DKKA 3P4ZA 1IORA 8LYZA 1G7LC 1H6MA 1ZVHL 1ZVYB 1GBZA 4YENA 4LGKA 5APDA 3HFMY 4ETAA 1IP7A 4WL6A 1IO5A 2BQCA 2FYDA 4GN5C 1AKIA 4LYTA 5FELA 3T6UA 2YBJA 1BWJA 1BB7A 1GBYA 4MCKA 4Z46A 5ILFA 2EIZC 1GD6A 1GF8A 5J7CA 2YBNA 1LMNA 1REZA 3A95A 4NG1A 1IX0A 1GEZA 1J1PY 4OW1A 5LVJA 9LYZA 3AZ7A 4HV1A 4H9IA 1LSAA 1GFEA 1WVUA 1IWVA 3P66A 4H8YA 1PZYA 1QSWA 2G4PA 1IWTA 4N1CC 4H9CA 4NGIA 3AW7A 5B1GA 1UICA 207LA 2I25L 1NF5A 4DD3A 1IWUA 5KXZA 1JTOL 4G49A 3TXHA 1GF6A 1GBOA 4NHTA 1LZSA 4KT3A 3IJUA 2XTHA 1IWXA 4WM2A 1HNLA 1NBYC 1WQPA 2HEDA 3EO5A 194LA 4WG7A 5F81A 1GE4A 2MEHA 2YSSC 3D9AC 1B7PA 1I1ZA 1NKHA 1ZMYL 5APFA 1D0LA 4AGAA 1I20A 5I4WA 1KIRC 5FDJA 1B7SA 1LSDA 1VAUA 5T3FA 4DD0A 1IY3A 1KXYA 1WQMA 1NHEA 1HEPA 2BQGA 4BAPA 4XJBA 3CQLA 3WU9A 1LJEA 5HQ1A 4CFOA 1GPQC 1QUSA 4R6CA 1GB0A 4XJHA 153LA 5L3IA 1T3PA 4N9RA 4AXTA 1LYYA 1IEEA 1LZTA 2NWDX 1D0MA 3RZ4A 4NGZA 4ET9A 2MEGA 2DQFC 4R0FA 2F4AA 2ZILA 1CKHA 1LZ4A 1HEQA 2MECA 1GF5A 1HMLA 1JTPL 2EPEA 1DZBX 1REMA 1EQ5A 2ZWBA 1IR9A 1JSEA 1JKBA 1DPXA 2D4JA 2FBBA 4J1AA 4FJRA 1IWZA 4NSGA 4WM3A 3A8ZA 2D4IA 2D6BA 4NSHA 4C3WA 3A92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFPA 4ARQA 4IATA 5F9XA 3C8QA 1XGTC 2BQDA 176LA 5KXTA 3BKVA 1AM7A 5I4YA 3W6EA 1YKZX 1IP6A 1UIEA 1LSFA 1E8LA 1GDWA 1NQIA 3DN4A 4BADA 1NDMC 1HC0A 3TXIA 1IWWA 4WO9A 1GFUA 2DQEY 4UWNA 1L41A 1YKYX 5HNCA 5B07A 2CDSA 4ML7A 246LA 1LAAA 2RBNA 3WUMA 1CX7A 3A96A 4HTNA 2CUUA 1GB2A 210LA 3QE8A 4OWCA 1P64A 1LGXA 1P6YA 1TDYA 2BQBA 1L09A 1C10A 4YF2A 4M4OA 1CJ6A 1KIQC 5JENB 1L83A 3GUOA 1AZFA 5LYZA 5HMVA 1L75A 3CB7A 4LT3A 3J4GA 3VW7A 3A93A 1UA6Y 1JTTL 2HEAA 1B5YA 1L05A 4XYYA 2XBRA 3ATNA 1G7JC 1UIBA 1PQJA 1IIZA 3G3XA 5KY1A 1LPIA 2OEAX 4W53A 3TXDA 2Z38A 1HEWA 5M1YA 4EXMA 4H90A 1GB5A 4LT0A 3CSQA 3BKHA 178LA 143LA 1OV5A 4DD2A 5KXLA 1OUFA 1YAPA 5F14A 1IWYA 1QUOA 1JITA 1TAYA 4KL7A 1L77A 248LA 4HV2A 4ETCA 4WMGA 4D9ZA 1L08A 1XGQC 5L3HA 1L92A 3A3QA 2YBLA 4CGEA 4WO6A 109LA 4B49A 193LA 125LA 1ZWNA 3N9AA 2F4GA 1CX6A 3C8SA 1C45A 3WPJA 3DN1A 1P7SA 4I0CA 1UIDA 2ZQ4A 3D3DA 3SB6A 4PJZA 1L63A 1L86A 3WU7A 1DPWA 3K3TA 1XGUC 1WTNA 4I7LA 4W94A 1UUZC 4TSCA 4GLAA 184LA 4I8SA 4I7JA 4W59A 5AMYA 1GE0A 1P2CC 5FHWA 1LZ1A 4RLNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ANR A;  1RFP A;  1C08 C;  4IAT A;  5F9X A;  1KXX A;  1W08 A;  1QTE A;  1SLY A;  1XGT C;  1HF4 A;  1OUJ A;  2BQD A;  1YQV Y;  2ZYC A;  4WLD A;  4CJ2 A;  1B7O A;  3AZ4 A;  3TMX A;  1GB3 A;  5KXT A;  1HMK A;  3BKV A;  1AM7 A;  1CKG A;  5I4Y A;  3W6E A;  1YKZ X;  1IP6 A;  3FI7 A;  3M3U A;  4TTD A;  1UIE A;  2BAA A;  3WXT A;  1LSF A;  1E8L A;  4H8X A;  1QQY A;  1LJN A;  1GDW A;  1RCM A;  1LJK A;  1NQI A;  2EKS C;  1LJ4 A;  1NDM C;  3W6A A;  4BAD A;  1BB5 A;  5KXM A;  1HC0 A;  1FKV A;  1LZ6 A;  1Z55 A;  1IWW A;  3RU5 A;  3TXI A;  4A7D A;  5KXX A;  2BQI A;  4WO9 A;  1GFU A;  4H8Z A;  3LYT A;  3WVY A;  1QDT A;  2DQE Y;  4LT1 A;  4UWN A;  2Q0M X;  1VDT A;  2GV0 A;  1V7T A;  1HFZ A;  3B72 A;  1YKY X;  5HNC A;  1DI5 A;  1DI3 A;  2CGI A;  4GCD A;  5B07 A;  1XGR C;  1LYS A;  2CDS A;  2BQF A;  1GAZ A;  2HEB A;  4LYM A;  4ML7 A;  4NG8 A;  5DLA A;  4WG1 A;  3RW8 A;  4TUN A;  3WYH A;  1LAA A;  4LYB A;  1LJH A;  3WUM A;  4WM1 A;  1JWR A;  3A96 A;  3AYQ A;  4HTN A;  4H9H A;  1GB2 A;  2X0A A;  3QE8 A;  4OWC A; 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 4MCK A;  4Z46 A;  5ILF A;  2EIZ C;  1GD6 A;  1GF8 A;  5J7C A;  2YBN A;  1LMN A;  1REZ A;  3A95 A;  4NG1 A;  1IX0 A;  1GEZ A;  1J1P Y;  4OW1 A;  5LVJ A;  9LYZ A;  3AZ7 A;  4HV1 A;  4H9I A;  1LSA A;  1GFE A;  1WVU A;  1IWV A;  3P66 A;  4H8Y A;  1PZY A;  1QSW A;  2G4P A;  1IWT A;  4N1C C;  4H9C A;  4NGI A;  3AW7 A;  5B1G A;  1UIC A;  207L A;  2I25 L;  1NF5 A;  4DD3 A;  1IWU A;  5KXZ A;  1JTO L;  4G49 A;  3TXH A;  1GF6 A;  1GBO A;  4NHT A;  1LZS A;  4KT3 A;  3IJU A;  2XTH A;  1IWX A;  4WM2 A;  1HNL A;  1NBY C;  1WQP A;  2HED A;  3EO5 A;  194L A;  4WG7 A;  5F81 A;  1GE4 A;  2MEH A;  2YSS C;  3D9A C;  1B7P A;  1I1Z A;  1NKH A;  1ZMY L;  5APF A;  1D0L A;  4AGA A;  1I20 A;  5I4W A;  1KIR C;  5FDJ A;  1B7S A;  1LSD A;  1VAU A;  5T3F A;  4DD0 A;  1IY3 A;  1KXY A;  1WQM A;  1NHE A;  1HEP A;  2BQG A;  4BAP A;  4XJB A;  3CQL A;  3WU9 A;  1LJE A;  5HQ1 A;  4CFO A;  1GPQ C;  1QUS A;  4R6C A;  1GB0 A;  4XJH A;  153L A;  5L3I A;  1T3P A;  4N9R A;  4AXT A;  1LYY A;  1IEE A;  1LZT A;  2NWD X;  1D0M A;  3RZ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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