1LSBA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsbA00
3CT0A 1IP2A 2G4PA 1GXXA 4YF2A 5F9UA 5F14A 154LA 2DKVA 1DKKA 2PC2A 1RE2A 1V7TA 3A6CY 1XGQC 2X0AA 2ZYPA 1HEQA 4O34A 1LHLA 5T3FA 1CKDA 1LJIA 1IOSA 4WG1A 1B7RA 1QDTA 1WQMA 2BQBA 5F9XA 208LA 2Z39A 4TX7A 3WU7A 4LT3A 1IY4A 1DPWA 4GCDA 4QGZA 4M4OA 1NQIA 3ZVQA 1IVMA 1KXXA 1ZVYB 2HEFA 4LYTA 5I54A 1LZSA 2BQEA 3QNGA 4YM8A 5APFA 1IR8A 2RSCA 1UIGA 1GB9A 4N1EI 2BQIA 5HMVA 1FDLY 1KXYA 1IP6A 3QE8A 4BS7A 5I4WA 4QY9A 4BAPA 4DD3A 1LZ9A 4LZTA 1JISA 6LYTA 1LMPA 1B5WA 4DDAA 5LINA 4H9IA 1FLQA 1NF5A 3A3QA 1P2CC 1WQQA 1GE0A 4TUNA 3WYHA 1VAUA 1T6VL 4DDBA 3AGHA 1GF6A 1IP3A 3CT5A 3BKVA 5KXOA 4NG8A 4XJDA 4NY5A 1JTOL 4WM4A 2FBBA 4N8ZA 5HMJA 1LAAA 4GCEA 4NHTA 3G3BB 4H9BA 4G4BA 1C10A 2HU1A 5D5FA 1LZBA 1W6ZA 1WTNA 1NWGA 1LSZA 1GFAA 1LMNA 5E4PA 1UIBA 3F6ZA 4C5FA 1V7SA 4PRQA 2D91A 2D4JA 5APDA 1IWWA 1GE2A 4NIJA 1VDPA 4C3WA 4B49A 1IWUA 4WOAA 4H9HA 1GHLA 3W6CA 4GN5C 1IEEA 4H90A 4H91A 4RW2A 2CGIA 4WMGA 3RW8A 5LVHA 1IWVA 4NFVA 5C6JA 1LJKA 1UIFA 1CKCA 3LZTA 4B1AA 135LA 1GDXA 1GAZA 1HSXA 1ZVHL 1CKFA 1UACY 1IX0A 3VWOA 3A94A 4ETEA 1C46A 5I4YA 194LA 5I5QA 2BQOA 3B0IA 2XBSA 3CB7A 1B5UA 132LA 5LA5A 1IOCA 1CJ8A 3IWRA 2Z19A 4OW1A 4KT3A 1GFTA 2EKSC 5KKJA 2HU3A 5KXNA 2D4IA 1BVKC 1D0MA 1NDMC 1LJJA 4LYBA 4H8YA 4NSGA 4L41A 5DL9A 1XGTC 207LA 3W6BA 1IWYA 5APCA 1B7NA 4XENA 4G4CA 1LZAA 5KXRA 3EMSA 4II8A 3QY4A 1JITA 4YOPA 1UBZA 4M6DA 3GXRA 4CGEA 4J0LA 4WLTA 1HNLA 1ZMYL 3ULRA 5HLLA 1LMTA 1EQEA 4J7VA 4KPMA 4KL7A 2IHLA 1JUGA 4N9RA 4CFPA 1A2YC 4PRUA 3MGWA 4H92A 1LSPA 1REZA 5A3EA 3SP3A 1AZFA 2Z2FA 1GBWA 2HECA 1HFZA 2D6BA 5B59A 2MEIA 3RNXA 2A7DA 1TAYA 1QQYA 1YAMA 2BQGA 2H5ZA 3TXIA 3TXEA 3HBEX 1FLYA 1KIPC 4GN3A 1LSDA 1G7IC 1CNSA 4WL7A 1ALCA 4CJ2A 3AB6A 1GF4A 3W6EA 4GCCA 1FKVA 2ZNXY 4HJVA 1AM7A 1OUGA 3A8ZA 3B6LA 4AXTA 1HEPA 1WVVA 4Z46A 4LFXA 6LYZA 3WUMA 1CJ9A 1JJ0A 2W1MA 4WM5A 2DQFC 4R0FA 4NHSA 3WPJA 3TMUA 1GB5A 3B0KA 1VATA 1VDTA 1G7HC 1HMLA 2BQMA 1REMA 2LZ2A 4ET8A 4DWXA 1WQOA 5C6IA 4CFOA 1QUSA 2Y8PA 4TTDA 2CJLA 2FYDA 1GFRA 4H94A 2HEEA 1GBYA 1IC5Y 5KXYA 1GBXA 1VEDA 2BQLA 4LYCA 5DN4A 1DI3A 2DBTA 2DQEY 1LJGA 3B72A 2BLYA 4H1PA 4WL6A 2BQHA 1T3PA 9LYZA 4HJZA 3G3AB 3WH1A 1NKHA 3WULA 3A96A 4HTNA 5FDJA 1B0DA 4WLDA 3A91A 1GE4A 1GF0A 1GFKA 4YEMA 4ZEEA 1XSFA 1TEWA 3M18B 1F6RA 1GBOA 3E3DA 1IP7A 1YQVY 1TCYA 1LJNA 4HPIA 1WQPA 2HEAA 3K3TA 1IP1A 1BVXA 2C8PA 3EXDA 5LVIA 1EQ4A 1HELA 2GV0A 5HNLA 1GF8A 3TXDA 5LYTA 1LSMA 1FLWA 1ZV5L 5HNCA 3CQLA 2YBLA 7LYZA 2BQNA 3BKHA 3N9AA 2LYOA 2ZWBA 3P65A 4J1BA 4NSJA 1OUIA 1REYA 5FELA 4ANRA 1HF4A 4ZIXA 4TWSA 4QEQA 1GB6A 1LHMA 3P68A 4DYGA 4I0CA 1IC7Y 1GD6A 1HEWA 1LSFA 5B05A 3AGIA 1JTTL 1DPXA 1OUHA 4ETCA 4H9CA 1LMAA 4LGKA 1B5YA 1GB8A 4MR1A 3A67Y 3TXHA 5KJ9A 1G7LC 2YSSC 1OP9B 5KY1A 2DQIY 4GN4A 2MEAA 4H8ZA 3AW6A 1HSWA 4UWUA 1YIKA 1LHHA 2YBNA 4U3XB 5A3ZA 4XN6A 1HHLA 3ZVQB 1IY3A 1F10A 3GXKA 5B1GA 1YAQA 4RLMA 4E3UA 3WXTA 4NSIA 5AMYA 2YDGA 3EO5A 1B2KA 1IWZA 2FBDA 4OWAA 4WG7A 5KXPA 2W1YA 2BQFA 2ZQ3A 2EQLA 1OUBA 2G4NA 5J7CA 4H9EA 1NMMA 4NG1A 153LA 1OUAA 1RFPA 1LZRA 2ZIKA 1I1ZA 1D0KA 1LZ5A 1B7MA 1LJHA 3HBHA 3W3EA 4HTKA 1GF7A 3AJNA 5KXTA 3TMWA 5APEA 4OOTA 4UWNA 1LZNA 5FHWA 3TMVA 5LAFA 1C08C 4NGKA 2DQGY 1J1XY 2DQHY 1WVUA 2HEDA 1CKHA 1REXA 1LTMA 3AGGG 4UWVA 4H93A 3RZ4A 1D6PA 1NHEA 5KXMA 2NWDX 1JKCA 1QDRA 5KXZA 5HQ1A 1LOZA 1LJEA 4DD1A 4ETAA 1GE1A 3P4ZA 4WO9A 2Z18A 5L9JA 5KXKA 1IWXA 4I8SA 4HV2A 1UUZC 4Z98A 4GCBA 1QIOA 3A95A 4LT0A 4NWEA 3WVYA 4OWHA 1NBZC 134LA 1XGUC 4TSCA 1D0LA 4HV1A 5ILCA 2W1LA 1LKSA 3TXGA 4ET9A 1QSAA 1GEZA 1GFEA 2I26L 4G4HA 1B7SA 4YEOA 1GFGA 1BHZA 4XJIA 1LSAA 4WLXA 2MEDA 2Z38A 1FN5A 1LZ4A 3LYTA 1LSBA 1G7MC 2BQAA 4IJ4A 4XADA 2YBIA 4N1CC 3CSQA 5C6LA 1GEVA 1GFUA 1LZ6A 4MCKA 1LZEA 1HMKA 5DLAA 1BWJA 1QUTA 2MECA 3WPKA 2IFFY 5IHGA 4B4EA 4H9AA 4Z3MA 4WM6A 1LSGA 4LT2A 2AUBA 1IO5A 4NHIA 5KXXA 3TXBA 1HC0A 5I53A 1GF3A 1IWTA 3LYOA 3WU8A 1JHLA 4B4IA 5LXWA 1FLUA 1IR9A 2LYZA 3A92A 1LHIA 2MEGA 2A7FA 3TMXA 1GB0A 1JKDA 1LYYA 1UICA 2BQJA 3A34A 3KAMA 4RDSA 4A7DA 4IASA 4B4JA 2Z2EA 2VB1A 4W94A 1LSCA 4W96A 3B0OA 4RW1A 2Q0MX 1DI5A 3A93A 4PHIA 1BB4A 4NGOA 1W08A 5F81A 1XGPC 2BLXA 1C45A 1VFBC 3CSRA 3WL2A 4R6CA 1LHJA 3LHMA 4NHPA 1UIEA 1XEKA 2Z37A 1GBSA 2LYMA 2FYCA 4D9ZA 5B1FA 1AT6A 1BB3A 1GAYA 5II3A 3ATNA 1INUA 4RLNA 1TBYA 3A3RX 1B7PA 1OUCA 1UA6Y 2XTHA 3FI7A 3HFMY 4HJYA 1TDYA 4WM3A 4ZFPA 5ILFA 2C8OA 4NGVA 1GDWA 5E9RA 1HERA 2MEEA 3RT5X 1IOQA 2MEHA 3WUNA 1IOTA 4G9SA 2F30A 2N5ZA 1WTMA 1H6MA 4P2EA 3TXKA 4NEBA 1AKIA 1XEJA 4GLVA 3W6AA 133LA 1DQJC 2DQCY 4TSBA 3N9EA 1HEMA 4GCFA 4DD0A 2CDSA 1J1OY 1HEOA 2Z12A 4NSHA 2BAAA 4LT1A 4NGWA 4DD2A 1LZCA 4XJBA 3A90A 1GB3A 1UIHA 3J4GA 1F0WA 1LYOA 4H8XA 1LPIA 4MSTA 3AZ5A 2F4AA 1MELL 4N5RA 5KXSA 5KKIA 1LZTA 2DQAA 3ATOA 1YKZX 1LJ3A 3WUAA 5LYMA 3WU9A 2W1XA 4CHXA 2EIZC 4PJ2C 1JWRA 1B7OA 1CJ7A 2I25L 1BB6A 1KXWA 2ZILA 5F16A 1OQMA 1I20A 4FDYA 3WVXA 1RJCB 4WO6A 1JKAA 1FKQA 1CKGA 2XJWA 5L3IA 4LYMA 2BQKA 2D4KA 3LN2A 1I56A 1VDQA 3LYMA 2F4GA 2DQJY 5EBHA 2HEBA 1GFVA 4LFPA 3WPLA 3P64A 4Z41A 1LZYA 1RI8B 1DXJA 1JPOA 1A4VA 3W6DA 1QSWA 2YBJA 4WLYA 1GXV2 1XFPL 4G49A 193LA 5LVGA 4HSFA 2HTXA 3D9AC 2YBMA 5LVKA 1LKRA 1KIQC 1LCNA 1B7QA 1LMQA 1UC0A 2BQCA 2BPUA 4DD9A 4ETBA 4FJRA 2WARA 4BAFA 3WXUA 4DDCA 4EOFA 2I6ZA 5LIOA 1SQ2L 1SLYA 1WQNA 3EBAB 2BQDA 4OWCA 1LHKA 4NGJA 4YENA 1B5VA 1PZYA 1LMCA 4PPOA 1YKYX 4B0DA 1KIRC 1B7LA 1LSYA 1LZGA 2F2NA 4QDNA 3OJPA 1HENA 1RCMA 2ZIJA 3AYQA 3HBDA 3D3DA 4GLAA 4N0JA 4J1AA 5B06A 4WM1A 1GFHA 3FE0A 4WM2A 2CWIA 3IJVA 4NWHA 5K7OA 1OUEA 4IATA 1NBYC 4LYZA 1B5XA 5I4XA 5FCPA 4NHQA 4LYOA 1IIZA 4BADA 5JENB 1BWIA 2MEFA 1LZDA 3T6UA 2ZQ4A 1OUDA 1NDGC 3TXFA 8LYZA 1BQLY 1GPQC 1IC4Y 1D6QA 3CT1A 2LZTA 1G7JC 1IR7A 1LZ8A 2H9JA 1LJFA 3J6KA 4XYYA 1D9UA 1JJ3A 1LSNA 1JSFA 1LYSA 1YAOA 3A6BY 3RU5A 1MLCE 2H9KA 1BB7A 2EPEA 1LMOA 5IDDA 1AT5A 2ZYCA 1B5ZA 3LZ2A 4ETDA 1DZBX 5M1YA 1H87A 1GF9A 1HFYA 1UCOA 3LYZA 1IP4A 5KXWA 4HTQA 1YKXX 2XBRA 5DN5A 4DD7A 1LJ4A 1XEIA 4NGIA 1LZ1A 1B9OA 1GF5A 1OUFA 1C7PA 1PS5A 1XGRC 3AZ6A 3W6FA 5FSTA 3WW6A 3WW5A 4NGYA 1GFJA 4OWEA 5LVJA 1GE3A 1BGIA 1LSEA 5LA8A 5LAGA 1YANA 4XJHA 3T36A 3M3UA 1WQRA 2YVBA 1BWHA 1GWDA 3P66A 3OK0A 4XJFA 1C43A 3IJUA 1F6SA 1O23A 1YL1X 2LHMA 4H9FA 4NGLA 1EL1A 5FEKA 3ZEKA 1JTPL 1QTKA 1JSEA 2DQDY 4HP0A 1FBIX 1Z55A 1J1PY 1UIAA 4PGJB 5D5CA 1GBZA 5L3HA 2HUBA 2MEBA 3TXJA 3AZ4A 1E8LA 3AW7A 1DKJA 1OUJA 1JIYA 1JKBA 1N4FA 4HPEA 5DM9A 1IORA 3CSZA 3N9CA 1EQ5A 1GB2A 1UIDA 2ZNWY 1JEFA 1QTEA 3AZ7A 1IP5A 4OWBA 1VDSA 3WMKA 4X3BA 1LYZA 5KXLA 1JJ1A 2YBHA 5B07A 1BB5A 1DI4A 1YILA 4DT3A 4NGZA 2B5ZA 4KXIA 4DC4A 1YAPA 5IELA 4AGAA 4OOOA 5LYZA 4XJGA 4EMNA 4ML7A 2G4QA 1GB7A 1YROA 1HFXA 1CJ6A 1YL0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
154LA 5F9UA 2X0AA 1HEQA 122LA 1LJIA 1LYJA 262LA 1LYGA 1QDTA 3WU7A 4TX7A 1DYFA 4LT3A 4EPFA 1L34A 4LDEA 1P46A 2BQEA 4LZTA 6LYTA 177LA 181LA 1NF5A 3AGHA 1L69A 1QT8A 4H9BA 168LA 1P6YA 1WTNA 1NWGA 1GFAA 1LMNA 1UIBA 1L32A 3F6ZA 4C5FA 2D4JA 3C7WA 5APDA 4NIJA 196LA 129LA 4WOAA 3W6CA 4GN5C 4H90A 4RW2A 1PQDA 1UIFA 224LA 4B1AA 1P37A 1LYEA 5I5QA 3GUPA 1L71A 1IOCA 1CJ8A 1DYAA 2Z19A 4OW1A 2EKSC 5KKJA 3CDVA 4H8YA 4NSGA 4L41A 3W6BA 5APCA 4EKSA 5KXRA 4II8A 185LA 3GXRA 246LA 1CV4A 140LA 3ULRA 5HLLA 223LA 1L39A 1JUGA 4PRUA 4LZMA 3MGWA 1LSPA 1GBWA 2HECA 1HFZA 2D6BA 240LA 2A7DA 1YAMA 1K28A 1L48A 232LA 1L89A 1CNSA 1C63A 2OE9X 4HJVA 2OE4X 1HEPA 4W51A 150LA 4LFXA 1QUDA 1JJ0A 1VDTA 1REMA 1WQOA 5C6IA 1L72A 4W59A 230LA 1GFRA 2HEEA 3SBBC 1GBXA 4LYCA 2DBTA 236LA 4I7QA 213LA 9LYZA 4HJZA 1L30A 1GF0A 1TEWA 1JQUA 4W55A 1GBOA 3FA0A 3HDFA 1IP7A 1L82A 250LA 2HEAA 1IP1A 3EXDA 1EQ4A 1LWKA 1FLWA 1QUOA 1ZV5L 1C6MA 2HUMA 2OEAX 7LYZA 1C6EA 2LYOA 4YX7C 4J1BA 4NSJA 1OUIA 110LA 4ARJA 3DNAA 1OV5A 1L55A 4I0CA 3DN0A 1JTTL 2F47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CT0 A;  1IP2 A;  2G4P A;  1GXX A;  4YF2 A;  5F9U A;  5F14 A;  154L A;  2DKV A;  1DKK A;  2PC2 A;  1RE2 A;  1V7T A;  3A6C Y;  1XGQ C;  2X0A A;  2ZYP A;  1HEQ A;  4O34 A;  1LHL A;  5T3F A;  1CKD A;  1LJI A;  1IOS A;  4WG1 A;  1B7R A;  1QDT A;  1WQM A;  2BQB A;  5F9X A;  208L A;  2Z39 A;  4TX7 A;  3WU7 A;  4LT3 A;  1IY4 A;  1DPW A;  4GCD A;  4QGZ A;  4M4O A;  1NQI A;  3ZVQ A;  1IVM A;  1KXX A;  1ZVY B;  2HEF A;  4LYT A;  5I54 A;  1LZS A;  2BQE A;  3QNG A;  4YM8 A;  5APF A;  1IR8 A;  2RSC A;  1UIG A;  1GB9 A;  4N1E I;  2BQI A;  5HMV A;  1FDL Y;  1KXY A;  1IP6 A;  3QE8 A;  4BS7 A;  5I4W A;  4QY9 A;  4BAP A;  4DD3 A;  1LZ9 A;  4LZT A;  1JIS A;  6LYT A;  1LMP A;  1B5W A;  4DDA A;  5LIN A;  4H9I A;  1FLQ A;  1NF5 A;  3A3Q A;  1P2C C;  1WQQ A;  1GE0 A;  4TUN A;  3WYH A;  1VAU A;  1T6V L;  4DDB A;  3AGH A;  1GF6 A;  1IP3 A;  3CT5 A;  3BKV A;  5KXO A;  4NG8 A;  4XJD A;  4NY5 A;  1JTO L;  4WM4 A;  2FBB A;  4N8Z A;  5HMJ A;  1LAA A;  4GCE A;  4NHT A;  3G3B B;  4H9B A;  4G4B A;  1C10 A;  2HU1 A;  5D5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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