1LSF | Genus

Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	45
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__92525040618078__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__92525040618078__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1LSF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__92525040618078__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"92525040618078","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1LSF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__92525040618078__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb8b9094e8e74666e62cd8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb8b9094e8e74666e62cd8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb8b9094e8e74666e62cd8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb8b9094e8e74666e62cd8/pdb.gz): 725 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	45
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1994-07-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1lsfA00

3IWRA 2I6ZA 1Z55A 1IOTA 1B5WA 5FELA 4UWUA 1JHLA 1LYSA 1CNSA 1LZ8A 1NBYC 2BAAA 1AKIA 4XJIA 5APCA 4NHIA 1XGRC 4C5FA 4N9RA 5LYMA 1IY3A 4NSJA 4IJ4A 1DI4A 1F6SA 3WW5A 1OUAA 1GEZA 2BQDA 1OUEA 1HFYA 1QIOA 1JJ3A 3SP3A 5C6LA 1GF6A 2BQIA 3FE0A 1HMKA 1FBIX 1RFPA 5DL9A 1HEWA 1XGTC 7LYZA 1JKBA 1AT5A 5K7OA 1HSWA 1IEEA 2IHLA 1OQMA 3OK0A 3GXRA 1BWIA 2EPEA 1LJJA 1GF9A 1IWZA 1HEQA 1IR8A 1G7JC 1KXWA 1LZTA 1JUGA 1GB6A 1REMA 4XYYA 1WQMA 3A91A 4DT3A 4WG1A 1B5ZA 4LFPA 2BQBA 2DQEY 4XADA 2AUBA 3GXKA 1B7LA 1LSCA 1IIZA 4N1EI 4NG8A 1WVUA 1LHIA 4OWBA 5HNCA 1XEKA 4NHTA 4HTKA 3B0KA 4OWHA 2W1XA 4PGJB 3P64A 1UBZA 4NY5A 1GAZA 1GE2A 4RW2A 2YSSC 1VFBC 3M3UA 3HFMY 1OUCA 3B0IA 1ZVYB 1JWRA 4G49A 4XJFA 2PC2A 1GE3A 2EKSC 194LA 4UWVA 1LAAA 4WM4A 5E4PA 1LHMA 5F16A 1JKDA 1IO5A 2YBJA 4BAPA 1QUTA 2DBTA 3CB7A 4TUNA 4W96A 1IP1A 4HPIA 5HLLA 2D6BA 3A3RX 1LSZA 1GPQC 2LHMA 193LA 3A92A 208LA 4UWNA 3A6CY 1GBSA 1PZYA 4LYOA 1FLWA 2H5ZA 1LZBA 4WM1A 1LSDA 4BS7A 5KKJA 2ZILA 1ZV5L 2BQOA 3WVYA 4GCEA 2HTXA 2F30A 1B7MA 3QY4A 1WQOA 4XENA 4G4HA 1OUGA 4OOTA 5L3IA 1CKHA 1GF3A 1LZSA 3LHMA 1GFHA 4PRQA 134LA 3AYQA 1ZVHL 1F0WA 2I26L 4I0CA 1HHLA 5LVGA 1LJEA 1NKHA 3LYZA 1QSAA 4NGLA 1D6QA 4OWCA 1LJIA 1BB4A 5IELA 1CJ9A 4LYCA 1GFRA 1GBWA 1GFGA 2CWIA 4QGZA 1GBXA 2Y8PA 5L9JA 3W6DA 1FN5A 2ZWBA 2C8PA 2HUBA 1GFAA 1LZAA 2MEEA 2RSCA 1IR9A 1VDQA 4HJZA 2H9KA 1QTEA 1HSXA 6LYTA 4H9CA 1UIHA 1GBOA 2BLXA 2FYCA 4LFXA 1DKJA 4DD3A 3AZ5A 1KIPC 4DC4A 3AZ4A 1LZ9A 4WM2A 4LYMA 1D0KA 2DQCY 1FKVA 132LA 4GLAA 1BB5A 1HFXA 1TAYA 2B5ZA 3TXFA 5I4YA 1D9UA 1EL1A 4ZEEA 5JENB 5LVJA 2FBDA 4WM3A 4XJBA 1B7RA 4HV1A 3RNXA 1UIEA 1W6ZA 1GWDA 5LYZA 5F9UA 1LSGA 1FDLY 1IVMA 2Z18A 5HMVA 2MECA 1B2KA 1GDXA 4W94A 2IFFY 6LYZA 1TCYA 4EOFA 3P66A 1C45A 4J1BA 3P4ZA 1A2YC 5F81A 3W6FA 4H94A 4KT3A 1YQVY 4AXTA 4H9AA 2ZNWY 1ZMYL 1GFTA 1LMCA 4GN5C 1H87A 1LMPA 1LMQA 1HEMA 2YBIA 5LVIA 1BVXA 5LXWA 3WW6A 1NMMA 4Z98A 1E8LA 3A95A 2LYZA 4MSTA 1B7OA 4LZTA 4N8ZA 2F2NA 4KXIA 2BQKA 2MEHA 135LA 2A7FA 4DD0A 4YEMA 5APFA 2MEAA 4BAFA 1RI8B 3CQLA 1YROA 2LYOA 5F14A 1GB0A 1LYOA 3LYMA 1H6MA 4AGAA 4WM5A 2ZIKA 4IASA 3VWOA 1DPXA 1HEOA 3RZ4A 1PS5A 1QTKA 1UA6Y 2ZYPA 4WMGA 4O34A 1LJNA 2VB1A 2Z19A 2YVBA 3AGIA 3AJNA 1FLQA 3G3AB 1LZ5A 1YAPA 4KPMA 4XJGA 4B4IA 2HEBA 4LT0A 5KXKA 3LZTA 1UUZC 3WPJA 2LZTA 1VDPA 5LVHA 1UIAA 4M4OA 4GCCA 1LHLA 3F6ZA 1B7SA 1GF7A 1LZ6A 1JJ0A 1O23A 2Z38A 4DDCA 3HBHA 3HBEX 4HTQA 4TWSA 4WO6A 4WLYA 1AZFA 1F6RA 1KXYA 1DPWA 1LJHA 2D4JA 5KXMA 5FEKA 3EO5A 1LYYA 2CGIA 9LYZA 1HELA 1YKYX 5HQ1A 3LYOA 1IP6A 3TXEA 1TEWA 4DD1A 4ETEA 5B05A 5B1GA 2DKVA 5LVKA 3TMVA 1LKRA 1P2CC 5C6IA 5KXTA 3TMWA 4CJ2A 3AW6A 2A7DA 1SQ2L 1GAYA 1CKFA 1XFPL 4XN6A 5E9RA 3N9CA 1YANA 5I53A 4WO9A 4NGKA 1JPOA 1LSYA 1CKDA 4NWEA 1LJKA 4H8ZA 1GFUA 1GEVA 1J1XY 4GCFA 4L41A 1QQYA 1HENA 1NBZC 1GB2A 1LSNA 1LZYA 1GE1A 2DQHY 2FBBA 2G4NA 1FKQA 3A6BY 4H9HA 5F9XA 4ZIXA 2CJLA 1UACY 2MEIA 5M1YA 1A4VA 4RDSA 5D5CA 4QY9A 1WQNA 2ZQ3A 5LAGA 2Z39A 4PHIA 4PJ2C 4RLMA 1UICA 1CJ7A 1REZA 4R0FA 3AZ7A 5KXZA 2DQDY 4QEQA 4GN4A 4LYBA 5KKIA 4MR1A 3WUMA 3HBDA 3WU8A 4B4EA 1LZRA 1JITA 1NQIA 4H9IA 2DQJY 1RE2A 4NSHA 3A3QA 1OP9B 1GE4A 1CKGA 4HP0A 2YBHA 1VEDA 1BB3A 3A93A 1IC7Y 1BGIA 1GB9A 4XJDA 4WL6A 1JIYA 1WQQA 1BB6A 2YDGA 1JSEA 1LHJA 2BQAA 2F4AA 3TXBA 5FCPA 1GD6A 4TX7A 4BADA 4ET8A 5KXSA 1KIRC 1MLCE 2BQHA 1GFJA 3A96A 1KXXA 1IORA 5APDA 1FLUA 2BPUA 4N1CC 5DN4A 5FDJA 5IHGA 4NGYA 1LMOA 5LIOA 1T6VL 5HMJA 2D91A 2DQAA 2EIZC 2HEDA 4ZFPA 4H92A 2XBSA 4B1AA 1LHHA 1G7HC 5ILCA 1B5UA 2MEGA 4NFVA 3WXTA 3B0OA 1GF0A 4NHSA 1IWVA 1AT6A 4N0JA 4CFPA 5KXRA 1GF4A 3CSZA 1IOCA 3T36A 1LJFA 2ZQ4A 3M18B 3K3TA 3WPKA 1YIKA 1B7PA 2HEFA 3ATNA 1TDYA 4DDBA 3T6UA 2ZIJA 1GB8A 1IP2A 4H9BA 4NGZA 4P2EA 4GCDA 5B59A 5KXYA 2BQCA 1B7NA 4XJHA 1REYA 4B0DA 1LSBA 4Z46A 1JTTL 4HSFA 4DDAA 3W3EA 2BQMA 1GFEA 1CKCA 5B1FA 1IWXA 1IC4Y 1OUFA 1LZGA 154LA 1GFVA 1NHEA 1YL1X 3CT1A 3J4GA 1LZ4A 4LGKA 3WPLA 1INUA 2G4QA 4J0LA 1YAMA 3TXKA 4H1PA 1YILA 1V7TA 4YF2A 5LYTA 2BQGA 1DZBX 5D5FA 2W1YA 153LA 2Z2FA 4NGJA 3TMUA 5DLAA 2LZ2A 8LYZA 1J1PY 4OW1A 1LZCA 1YKXX 2I25L 4NGIA 2BQLA 5KJ9A 1OUBA 1C10A 1OUHA 1B5YA 3E3DA 3FI7A 1WVVA 1GB5A 2MEDA 5II3A 4RLNA 5KXWA 2WARA 2D4KA 1BQLY 3D3DA 5EBHA 2BLYA 4QDNA 3EMSA 3WVXA 1LCNA 207LA 4I8SA 1B5XA 1JJ1A 4H9EA 1RCMA 1V7SA 3EXDA 1GF5A 4YOPA 1YAQA 5LA5A 1B5VA 5J7CA 1VAUA 3B72A 3CSQA 3TXHA 2MEFA 2HEEA 1LHKA 4CFOA 1J1OY 5LAFA 4WLXA 3W6EA 1HNLA 3WL2A 3CT5A 1LZEA 3AW7A 1NDGC 4OWAA 4DD7A 4Z41A 1IY4A 2GV0A 3TMXA 4M6DA 4LT1A 1OUDA 1XSFA 1GFKA 1GBZA 4G4BA 2BQJA 5KY1A 3W6CA 4HJVA 1B0DA 4TSCA 4ETCA 1QDTA 2ZYCA 5FSTA 1BB7A 4N5RA 1LMTA 1G7IC 3QNGA 3WMKA 4EMNA 3TXJA 1LPIA 2G4PA 3ATOA 2MEBA 4J1AA 1HERA 1LJGA 3WUAA 1C7PA 1QUSA 1D0MA 3G3BB 1WTMA 5KXOA 4WG7A 5HNLA 4G4CA 2XTHA 2Z12A 5T3FA 2HU3A 1DI3A 4H91A 4DD2A 4ETBA 1UIDA 3W6AA 3AGGG 1EQ4A 2D4IA 4CGEA 5I5QA 1D6PA 1RJCB 1UIBA 2C8OA 4GN3A 2Q0MX 3D9AC 5I4WA 3WU7A 1IWYA 2X0AA 2Z2EA 4NWHA 1GB3A 1XGUC 2DQIY 5L3HA 1C46A 4II8A 1IX0A 4NHPA 4ETDA 4WM6A 3AGHA 1C43A 1LZ1A 3A94A 4G9SA 5APEA 2EQLA 4FJRA 4OWEA 4H90A 3BKHA 4WL7A 5B06A 3RT5X 4LYTA 1TBYA 3N9AA 4LYZA 4D9ZA 4PRUA 1F10A 3B6LA 3WULA 4YENA 2N5ZA 5IDDA 1JKAA 4WLDA 4ET9A 1YL0X 1CJ8A 1NWGA 4CHXA 4HV2A 1JTPL 1LZDA 2HEAA 4GCBA 4PPOA 4ETAA 4NGOA 4FDYA 4HPEA 4IATA 3KAMA 2DQGY 1D0LA 1G7LC 3IJVA 3WYHA 3TXGA 2Z37A 5LINA 2HU1A 1BWJA 4R6CA 1JKCA 1IOSA 4ML7A 5DN5A 1DKKA 1C08C 1LKSA 5A3ZA 4A7DA 1EQEA 4ANRA 1IP4A 1KIQC 3LN2A 3ZEKA 5I4XA 4LT3A 1JSFA 3LZ2A 3ZVQB 3AB6A 1EQ5A 1LYZA 2BQFA 1OUIA 3ULRA 4DD9A 1LJ4A 1B9OA 4C3WA 4MCKA 1DQJC 1NDMC 1VDSA 3WH1A 4Z3MA 4NSGA 2BQEA 3WUNA 2W1LA 2W1MA 1ALCA 1BWHA 1XEIA 3WU9A 2BQNA 1YAOA 1HMLA 1MELL 3EBAB 1UIGA 1XEJA 1IP7A 3TXIA 1REXA 3QE8A 5AMYA 3BKVA 3P68A 1JISA 4WLTA 2YBNA 3IJUA 1HF4A 3N9EA 4NSIA 1QDRA 5LA8A 1QSWA 4OOOA 1I1ZA 2XBRA 5C6JA 133LA 1HEPA 3CSRA 4YEOA 5FHWA 1IWWA 4H93A 1BVKC 1VDTA 1DI5A 1IP3A 1CJ6A 1LSAA 1SLYA 4J7VA 1AM7A 3A34A 4DYGA 1LZNA 4NGWA 2XJWA 2HECA 1BHZA 4X3BA 3WXUA 1IOQA 1W08A 1LSFA 1JEFA 3CT0A 1XGPC 1LSPA 4HJYA 1LMNA 2FYDA 3LYTA 1IWUA 1VATA 4HTNA 4TTDA 4KL7A 1DXJA 1G7MC 3A8ZA 5KXPA 4U3XB 4NIJA 1GF8A 3W6BA 4YM8A 1FLYA 2ZNXY 2F4GA 1GDWA 1GXV2 3MGWA 3ZVQA 4E3UA 1LJ3A 2H9JA 3J6KA 4H9FA 2NWDX 4WOAA 4NEBA 5KXLA 1LSMA 4NG1A 1OUJA 4GLVA 4H8YA 4DWXA 2CDSA 2DQFC 4H8XA 1GBYA 5I54A 4NHQA 1HFZA 1N4FA 1GB7A 3A67Y 3RW8A 1B7QA 1WQRA 1LTMA 1WTNA 1IR7A 1LMAA 1T3PA 2YBMA 5KXXA 1IC5Y 1HC0A 4B49A 1LSEA 1IWTA 1NF5A 1WQPA 1IP5A 1LOZA 3AZ6A 3TXDA 5A3EA 5ILFA 1UC0A 1GHLA 1JTOL 1XGQC 1UCOA 1YKZX 3P65A 2LYMA 5DM9A 4B4JA 1I56A 4NGVA 4RW1A 1UIFA 1I20A 3RU5A 5KXNA 3OJPA 1GXXA 4TSBA 2YBLA 1GE0A 3A90A 5B07A 4LT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

219LA 3RZEA 1LPYA 3RUNA 3WW5A 1OUAA 1GEZA 1HFYA 1QIOA 2BQIA 188LA 1L0JA 2RAZX 1AT5A 1HSWA 1P2LA 1IR8A 2O79A 4DT3A 3A91A 2DQEY 4XADA 2AUBA 1IIZA 3SB9A 1KW5A 165LA 3B0KA 2NTGA 4HTKA 2W1XA 4OWHA 1L71A 4RW2A 3M3UA 3B0IA 1ZVYB 2PC2A 1LAAA 1L13A 1JKDA 1IO5A 1KY1A 1QUTA 3CB7A 4W96A 1L92A 1IP1A 208LA 1FLWA 4WM1A 3WVYA 4GCEA 2HTXA 1I6SA 5I14A 4XENA 4G4HA 3DMZA 1ZVHL 1F0WA 2I26L 4LZMA 3GUKA 183LA 1P3NA 4LYCA 1DYDA 1GFRA 1GBWA 2Y8PA 1QTZA 2ZWBA 1VDQA 1DKJA 4OO9A 2RB1X 1KIPC 1L48A 4DC4A 1LZ9A 1D0KA 4GLAA 246LA 5JENB 2FBDA 4XJBA 1L58A 4W57A 2Z18A 237LA 142LA 4W94A 1TCYA 1D3MA 258LA 3DN3A 3OE8A 4AXTA 1L45A 3DN1A 110LA 2RBSA 4H9AA 1GFTA 1LMCA 4GN5C 1LMPA 2YBIA 1SX7A 4Z98A 3A95A 255LA 1L46A 2BQKA 1L09A 1EPYA 224LA 4YEMA 2MEAA 4I7OA 1YROA 2LYOA 3LYMA 1H6MA 4IASA 4WMGA 2B72A 3AGIA 4KPMA 4B4IA 171LA 3LZTA 3WPJA 4GCCA 1GF7A 1LZ6A 1L91A 4HTQA 4TWSA 4WO6A 4WLYA 1QSBA 5FEKA 3EO5A 5HQ1A 4ETEA 1TEWA 4DD1A 3F9LA 1C6MA 3TMWA 123LA 146LA 1SQ2L 3V2WA 180LA 1L55A 1LYFA 127LA 4NGKA 1JPOA 1LJKA 1QTDA 1L07A 4H8ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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