1LSN | Genus

Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	45
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITAAVNCAKKIVSNGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2953196452370377__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2953196452370377__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1LSN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2953196452370377__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2953196452370377","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1LSN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2953196452370377__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb8b3f432703609ccbc3bf/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb8b3f432703609ccbc3bf/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb8b3f432703609ccbc3bf/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb8b3f432703609ccbc3bf/pdb.gz): 1275 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	Thermal stability determinants of chicken egg-white lysozyme core mutants: hydrophobicity, packing volume, and conserved buried water molecules. pubmed rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	45
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1994-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1lsnA00

4DT3A 5B1FA 1GPQC 3WMKA 5I53A 4YEOA 1FLWA 1CKCA 3AZ6A 1YIKA 1LCNA 1LMOA 3TXIA 1LMTA 4GN5C 1C08C 4DD2A 1VDPA 1VAUA 5LYZA 1LAAA 3A91A 1LZEA 1F6RA 2DQAA 4WM6A 3CT0A 1DXJA 207LA 5T3FA 3G3BB 4NGJA 2LYZA 4CFOA 1WQNA 1JPOA 3P68A 5E4PA 1JSEA 1FLYA 1DPXA 4Z3MA 5FHWA 4HV1A 4DD9A 193LA 2W1YA 1LSFA 1P2CC 4WMGA 4XJHA 5KXPA 2G4QA 4H91A 1LZ8A 4G4HA 4NGWA 4WG1A 2LYOA 2XTHA 1J1OY 4PJ2C 1LSZA 4ETEA 5IELA 5L9JA 1GB0A 1B9OA 1XGRC 8LYZA 1CKHA 1IC4Y 2YBHA 3SP3A 1NDGC 3AZ5A 2DQFC 1G7LC 4KPMA 4QGZA 4NHIA 4C3WA 2YBJA 4LYCA 4W94A 1GBWA 2D4JA 1LHJA 1LJEA 2DQJY 5L3IA 5LA5A 1B5YA 2FYDA 2Z2FA 3IJVA 3N9EA 4WM4A 3WULA 1A2YC 1C7PA 3WPLA 4AGAA 5KXKA 1RJCB 4Z46A 4LT0A 4NSJA 1WQQA 1WQMA 4NGVA 1GFAA 5E9RA 4XADA 4J0LA 2DKVA 3M3UA 1VEDA 3AZ4A 1UIBA 4FJRA 4NFVA 4H9FA 4WLYA 4ZFPA 2ZQ3A 2LZ2A 1HELA 1GDWA 5ILCA 1UACY 2Y8PA 3WPJA 1XGPC 1NDMC 1WVUA 4H9EA 2Z37A 1B7SA 1INUA 2HUBA 1YKZX 1LJGA 1REXA 3A6BY 4GCEA 1B5WA 4HTKA 4LT2A 5LA8A 1BGIA 1LOZA 1OUFA 1D6PA 3WXTA 1B7QA 3RT5X 3B0IA 3RU5A 1JKBA 4HV2A 1FLQA 1LJNA 4HPEA 1JIYA 2BAAA 6LYZA 1JITA 1JKCA 1JISA 1GBZA 3AW6A 4G49A 1LSPA 3CT5A 9LYZA 3CQLA 2D6BA 4D9ZA 1JTOL 2DQEY 5DN4A 1LHHA 1KIRC 5HNLA 2HEFA 5F14A 1EQ4A 3ZVQA 3WYHA 5I4XA 1GB9A 2VB1A 1IEEA 1DI4A 1WQPA 1HNLA 4LYTA 1LZGA 1JKDA 1YKYX 4GLAA 3GXKA 4LT3A 3LYOA 4YM8A 4J1AA 1B7RA 1C43A 4U3XB 3W3EA 5B07A 5KXLA 4NGLA 4HJVA 3AZ7A 4ET9A 1LJ3A 4KL7A 4A7DA 1LZCA 1B0DA 4CJ2A 1GD6A 1YQVY 1QUSA 1UIAA 1IWWA 1GBOA 3BKVA 1YL0X 5F9UA 2BPUA 3KAMA 5HNCA 1EL1A 1N4FA 2I25L 1NKHA 2MEGA 3A94A 4NG8A 3TXJA 1CNSA 2N5ZA 4WO6A 1RFPA 1HFZA 3WVXA 4BAFA 2A7DA 1LSAA 3TXGA 4XJFA 1FBIX 3A92A 1GFUA 2ZWBA 1REZA 2D4IA 1GB8A 1IWXA 1HMKA 1QIOA 208LA 2YBIA 1IOTA 3AB6A 5FELA 5ILFA 4DDAA 5KXMA 1CJ7A 1IP5A 1IP1A 133LA 1IR7A 2ZYCA 4OOTA 4B4JA 2XBRA 3J6KA 1YROA 4RLNA 4BAPA 4BS7A 1LMCA 3F6ZA 3IWRA 3K3TA 1AT5A 1CKDA 1HEOA 1LJ4A 2AUBA 2ZYPA 4M6DA 1JUGA 3WU9A 1C45A 5IHGA 2FYCA 1JTTL 5B06A 1REMA 4B1AA 4R0FA 3AYQA 4NSHA 3EO5A 4H9BA 4XYYA 2MEDA 3EXDA 1QTEA 3LYZA 1HEPA 4HP0A 4IATA 4J1BA 5I4YA 1GE2A 1UA6Y 3W6BA 1H87A 4YF2A 4N5RA 4TSCA 1NMMA 1LSNA 1GFHA 5LIOA 4LT1A 1OUBA 4RDSA 3WUAA 2BQJA 2LYMA 5LAFA 4QDNA 4N0JA 1OUAA 1HENA 1LSMA 3TMXA 1IC5Y 1HSWA 3W6FA 1LPIA 3P4ZA 4NGKA 4H9CA 3LN2A 4NWEA 3TXBA 1JHLA 4DD0A 4IJ4A 4BADA 2FBDA 3A67Y 2GV0A 3A3RX 4OOOA 4DD1A 3WPKA 2F30A 1PS5A 5FEKA 4YEMA 4Z98A 1LYYA 1QDRA 2D4KA 1BVXA 2Z2EA 3G3AB 5D5CA 4ETDA 5II3A 1W08A 3IJUA 5F9XA 4NHPA 1B7MA 1D0KA 4RLMA 1EQ5A 4ET8A 1KXYA 1G7IC 3CB7A 1CKFA 5KXYA 4OWBA 4XENA 1D9UA 3VWOA 1IO5A 3FE0A 4HSFA 1O23A 1RI8B 3N9AA 4WL6A 3W6DA 4DD7A 4H8ZA 4O34A 2W1XA 1XGUC 1D0LA 2F2NA 1OUGA 5APDA 5LYMA 1LJHA 1HFXA 3HBDA 4NHQA 3ATOA 1NHEA 1OP9B 1W6ZA 2B5ZA 1I56A 2MEIA 1B7LA 4WOAA 1WQRA 1LZNA 3J4GA 4L41A 3A95A 1CJ9A 4UWUA 4G4BA 3RNXA 1TDYA 2MEFA 1G7HC 1CKGA 1GB2A 1TBYA 4ML7A 3WH1A 4DWXA 3D3DA 2ZIKA 1GF3A 3A96A 2HU3A 4XN6A 3RW8A 1UIEA 2C8OA 1LJFA 1LMQA 1PZYA 5KXXA 1H6MA 4LYMA 1B2KA 1G7MC 5IDDA 5HQ1A 2YDGA 1GE0A 1E8LA 2YBMA 3HBEX 1HHLA 1KIPC 2I6ZA 1LSBA 1REYA 1D6QA 2HU1A 4TTDA 1IP4A 1FLUA 1YAOA 5EBHA 4WM3A 3W6CA 1LHMA 1HC0A 1F6SA 5DN5A 1BB3A 1GF5A 2MEBA 4CFPA 2DQCY 2ZQ4A 5I4WA 2ZNWY 3A3QA 4B49A 2G4NA 4GCDA 2F4GA 2Z12A 4WLTA 1UBZA 1HFYA 3TXDA 1ALCA 1ZVHL 1HEWA 1DKKA 1F10A 1XEIA 2LZTA 4H1PA 4H9AA 4MR1A 2HEAA 2DQHY 1AKIA 4GCBA 4NGIA 2BLXA 3ZEKA 4ETAA 1LSCA 3B0KA 2Z18A 4MSTA 3TXEA 1EQEA 4UWVA 1AT6A 1LZBA 1LJJA 3A90A 4XJDA 4WM2A 3FI7A 1HEQA 1T3PA 4Z41A 3ULRA 1FKQA 2BQKA 4NGOA 2Q0MX 1OQMA 1SQ2L 3EBAB 1GFGA 1HF4A 3B0OA 5M1YA 1GB3A 1IR8A 1C46A 1TCYA 3B72A 3WU7A 3OK0A 4GLVA 1FKVA 134LA 1G7JC 1XGQC 1LTMA 4H8YA 4NGZA 3WUNA 4HPIA 1GBSA 5KXTA 3QNGA 3CSRA 2ZILA 4NIJA 135LA 3TMUA 5LYTA 1IWYA 4W96A 4WL7A 5I54A 154LA 1IX0A 1IP3A 5KJ9A 1IOCA 1BB6A 1LMNA 1DZBX 1QSWA 2RSCA 1DPWA 4OWCA 1RE2A 4EMNA 4ETBA 2H5ZA 5B1GA 4B4EA 2HEEA 1GF4A 1GFVA 3A8ZA 1GDXA 1JTPL 1QSAA 5LVKA 1NQIA 1GFTA 4OWEA 6LYTA 1GXV2 1HERA 1LZRA 1LHLA 1I1ZA 2YBLA 3ZVQB 1UIDA 4WO9A 4B0DA 4J7VA 2C8PA 3AGIA 1GFJA 2BQOA 5HMVA 2BQDA 2YBNA 5C6LA 3M18B 4H93A 1FN5A 1UC0A 3CT1A 4RW1A 1GE4A 4OW1A 1TEWA 5KY1A 1GF0A 1GB7A 2ZIJA 1T6VL 4RW2A 1UUZC 4NG1A 2H9KA 3WW6A 5LVGA 1I20A 4XJIA 1SLYA 3LYMA 4HTNA 1AM7A 3P66A 1B5VA 4NGYA 2BQBA 1LHKA 3OJPA 5KXWA 2PC2A 4II8A 1V7SA 3WL2A 5FSTA 2MEEA 1IWUA 194LA 2YSSC 4I0CA 4NHTA 4AXTA 4DC4A 1BB5A 1LMPA 1LMAA 2YVBA 2LHMA 1KIQC 2MEAA 5F16A 1LKSA 1DQJC 4WG7A 4XJBA 1LSEA 1BB7A 2BQEA 4TWSA 5DLAA 1GFEA 4WLXA 3N9CA 4LZTA 1LJKA 5DM9A 5LXWA 4LFPA 5HLLA 1GAYA 1BWJA 1LYOA 2HECA 3EMSA 2EQLA 3QY4A 1GWDA 1VFBC 1LZ4A 5KXZA 5C6IA 3HBHA 1BB4A 1MLCE 4M4OA 4TSBA 4N1EI 1F0WA 1OUCA 1JJ0A 1B5XA 1UCOA 2Z39A 4X3BA 5AMYA 4DDBA 1QUTA 2DQGY 2Z19A 3E3DA 1IY4A 4LYBA 3TMVA 3QE8A 5D5FA 4DD3A 1LZDA 4GCCA 4H94A 3T36A 1VDTA 5LVHA 1JJ3A 4H9HA 2MECA 1IOSA 2D91A 3LYTA 1WTMA 1QDTA 1UIHA 4WM1A 3CSZA 4GCFA 1LHIA 1IWZA 1ZV5L 1GF6A 1GF7A 2BQLA 1GXXA 2W1LA 5KKIA 5KXRA 1BWIA 1IR9A 2WARA 1YAMA 1IY3A 4H8XA 1DI3A 2CDSA 2DQIY 1JEFA 4PHIA 1XEJA 5B05A 2XJWA 1Z55A 4NHSA 1RCMA 2ZNXY 4PRQA 4PRUA 4ANRA 1GHLA 1OUDA 2FBBA 4QY9A 1DI5A 3TXHA 5KXSA 1D0MA 1LZ9A 1FDLY 1LZAA 1IWTA 1KXXA 1C10A 4LYOA 1LKRA 2DQDY 1LZYA 1YANA 2HEDA 4HJZA 3B6LA 5KXNA 1VDSA 2BQAA 5B59A 1LSYA 3BKHA 4G4CA 3LHMA 5LINA 1CJ6A 4R6CA 1VDQA 4DDCA 1B5UA 1IC7Y 2BQGA 4PGJB 1NBYC 3P65A 1GBYA 2G4PA 2I26L 3GXRA 4N8ZA 3LZTA 1A4VA 1LZSA 2EIZC 2BQCA 4LGKA 1QQYA 1GAZA 4C5FA 2BQFA 1LZTA 1TAYA 4KT3A 2H9JA 2IHLA 7LYZA 3AGHA 1GBXA 4ZIXA 5FCPA 1GE3A 4H90A 4P2EA 2BQIA 5A3EA 4KXIA 2NWDX 1MELL 2CWIA 3LZ2A 1NF5A 2HEBA 1NWGA 4N9RA 5APEA 1YILA 1BVKC 1DKJA 1WTNA 4HTQA 1HMLA 1LSDA 1WVVA 1XEKA 1GEZA 3D9AC 1GEVA 3WVYA 1UIFA 4HJYA 1LZ1A 4WLDA 1YL1X 3WUMA 1IWVA 2MEHA 1JJ1A 3AW7A 3TXFA 4YOPA 1AZFA 4PPOA 4OWAA 5KKJA 2XBSA 4LFXA 3P64A 4H9IA 4NEBA 3RZ4A 4MCKA 5I5QA 3TXKA 1LZ6A 5JENB 1ZVYB 3A93A 3WU8A 1QTKA 4CHXA 4ETCA 1B5ZA 4GN4A 2CGIA 2A7FA 1WQOA 1B7NA 1BWHA 1NBZC 4WM5A 4B4IA 1HSXA 3WW5A 2BLYA 1UICA 1YAQA 3A6CY 4CGEA 3W6AA 1IP7A 1GF9A 1JKAA 2Z38A 3HFMY 2IFFY 2W1MA 1B7PA 5F81A 1JSFA 2BQMA 1B7OA 5L3HA 1IP2A 4TX7A 1IIZA 4OWHA 1OUEA 1JWRA 3TMWA 153LA 3AJNA 1LYZA 4XJGA 3A34A 1OUIA 1J1XY 1BQLY 1XSFA 2HTXA 1LSGA 1HEMA 5LAGA 1VATA 3W6EA 1YKXX 2BQNA 1OUHA 4UWNA 4GN3A 1XGTC 1GFRA 3CSQA 3T6UA 4N1CC 4TUNA 4QEQA 1GB5A 1UIGA 4YENA 1V7TA 2F4AA 2CJLA 1IOQA 4ZEEA 2EPEA 4H92A 1GFKA 4DYGA 4IASA 2BQHA 4NSGA 4NWHA 5A3ZA 1BHZA 1YAPA 3ATNA 4G9SA 3WXUA 1GE1A 1IVMA 132LA 4NY5A 5J7CA 1J1PY 1IP6A 1LJIA 1KXWA 1ZMYL 2EKSC 4E3UA 1LZ5A 1GF8A 1CJ8A 4I8SA 5APCA 5C6JA 5LVIA 3AGGG 4NSIA 5LVJA 4EOFA 1IORA 4LYZA 3MGWA 1OUJA 5FDJA 5KXOA 4FDYA 5K7OA 2X0AA 2DBTA 5HMJA 1GB6A 1LYSA 5DL9A 5APFA 1XFPL
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DT3 A;  5B1F A;  1GPQ C;  3WMK A;  5I53 A;  4YEO A;  1FLW A;  1CKC A;  3AZ6 A;  1YIK A;  1LCN A;  1LMO A;  3TXI A;  1LMT A;  4GN5 C;  1C08 C;  4DD2 A;  1VDP A;  1VAU A;  5LYZ A;  1LAA A;  3A91 A;  1LZE A;  1F6R A;  2DQA A;  4WM6 A;  3CT0 A;  1DXJ A;  207L A;  5T3F A;  3G3B B;  4NGJ A;  2LYZ A;  4CFO A;  1WQN A;  1JPO A;  3P68 A;  5E4P A;  1JSE A;  1FLY A;  1DPX A;  4Z3M A;  5FHW A;  4HV1 A;  4DD9 A;  193L A;  2W1Y A;  1LSF A;  1P2C C;  4WMG A;  4XJH A;  5KXP A;  2G4Q A;  4H91 A;  1LZ8 A;  4G4H A;  4NGW A;  4WG1 A;  2LYO A;  2XTH A;  1J1O Y;  4PJ2 C;  1LSZ A;  4ETE A;  5IEL A;  5L9J A;  1GB0 A;  1B9O A;  1XGR C;  8LYZ A;  1CKH A;  1IC4 Y;  2YBH A;  3SP3 A;  1NDG C;  3AZ5 A;  2DQF C;  1G7L C;  4KPM A;  4QGZ A;  4NHI A;  4C3W A;  2YBJ A;  4LYC A;  4W94 A;  1GBW A;  2D4J A;  1LHJ A;  1LJE A;  2DQJ Y;  5L3I A;  5LA5 A;  1B5Y A;  2FYD A;  2Z2F A;  3IJV A;  3N9E A;  4WM4 A;  3WUL A;  1A2Y C;  1C7P A;  3WPL A;  4AGA A;  5KXK A;  1RJC B;  4Z46 A;  4LT0 A;  4NSJ A;  1WQQ A;  1WQM A;  4NGV A;  1GFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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