1LSNA

Thermal stability determinants of chicken egg-white lysozyme core mutants: hydrophobicity, packing volume and conserved buried water molecules
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITAAVNCAKKIVSNGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Thermal stability determinants of chicken egg-white lysozyme core mutants: hydrophobicity, packing volume, and conserved buried water molecules.
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsnA00
1VEDA 2EIZC 4NSGA 1GPQC 1RJCB 2BQEA 3FI7A 2EQLA 4DD0A 1GFRA 1IWZA 4XJHA 5LA5A 153LA 4WLXA 7LYZA 5I54A 1B9OA 2MEHA 1OUFA 3W6FA 1JSFA 2G4NA 2MEDA 1WQMA 5HMVA 4H9BA 5DN4A 1OUJA 1C43A 1LMAA 1IWWA 1REZA 2F4GA 3AYQA 4C3WA 5LYMA 1AT6A 1GFVA 1LMOA 3AGHA 1DI3A 4QEQA 1FLYA 1IWXA 2Z12A 4GCEA 1LKRA 4NGOA 1YKXX 1CKDA 1OQMA 3OK0A 4N8ZA 5F16A 5KXPA 3W6EA 5LAGA 4DD9A 2BQIA 1GFTA 1EQ5A 4NGIA 2ZWBA 2DQAA 5I4XA 1GEZA 2BQAA 2BQDA 2C8OA 3BKHA 1GF6A 1UICA 4G9SA 5E4PA 1DQJC 3LYMA 4ET8A 133LA 2WARA 1GB9A 1LHJA 1XEIA 1DZBX 1FLQA 208LA 5IHGA 2W1LA 1DXJA 1OUDA 1B5WA 2DQHY 2HEAA 2Z38A 3K3TA 1NDMC 1WVUA 4H9EA 5F81A 5T3FA 2BAAA 2DQEY 3W6AA 1LYYA 4MCKA 3QY4A 1CKGA 1DI5A 4BAPA 2LZ2A 3G3AB 1DI4A 1JKCA 4H9IA 1VDPA 1HEQA 1IP3A 1BGIA 1D6QA 1IP7A 1GF8A 1GF0A 1NKHA 4GN5C 4HJVA 3A67Y 2ZQ4A 1B7RA 5JENB 1DPXA 1LZ1A 4DD1A 4YM8A 1HEPA 4EOFA 2RSCA 4H8ZA 3WUNA 1LZYA 1IR9A 1CJ7A 1EQ4A 1G7MC 1VFBC 1TCYA 4IJ4A 4NGZA 4TUNA 4WLDA 1IP4A 2LYMA 1YAOA 4KXIA 1LCNA 1LJIA 5I5QA 4UWNA 1JITA 1BWIA 1LSZA 1RCMA 4OOOA 3WVXA 3B6LA 1BB7A 1QSAA 1UBZA 1B7MA 1NQIA 3W6DA 1HEWA 2BPUA 4ANRA 4OWCA 1FN5A 1LSBA 1GFEA 5F9UA 3AZ5A 4B4JA 3B0IA 4YENA 1CJ6A 1GBSA 3G3BB 4NHSA 1B2KA 4NHPA 5KXXA 5FELA 1LZTA 1NHEA 1UA6Y 2AUBA 1B7OA 2BQNA 4N1CC 4WL6A 1LYSA 1O23A 2A7FA 3LZTA 4DD2A 2LZTA 4NSHA 5M1YA 1NBZC 1GBXA 1LHHA 2C8PA 4LYTA 4WMGA 1LMNA 4M6DA 1JHLA 1GDWA 2D4KA 4GCFA 4OWBA 1GBWA 4B49A 4TWSA 1IR7A 2YBMA 1B5VA 3RZ4A 4WLTA 1JKAA 4XJFA 1IEEA 2ZNWY 1GFGA 4A7DA 4NHTA 4NGKA 3TXHA 1GFUA 1WQPA 1BVKC 9LYZA 3VWOA 5KKJA 1UIGA 1BQLY 2D4IA 1F10A 2BQHA 4LYOA 4WM4A 1GF7A 1HMLA 1IP1A 1HFXA 1LMCA 2H9JA 1CJ9A 1LSDA 4J1AA 4RLMA 4W96A 1GD6A 5APEA 1JTPL 4GN3A 5FCPA 5FDJA 3A6CY 4R6CA 3TMVA 1YL0X 4L41A 4NFVA 4TTDA 4ETAA 3WL2A 2X0AA 1JJ0A 5HMJA 1JJ3A 4HV2A 3WH1A 1LSAA 1LMTA 1PS5A 5LVKA 3WW6A 3ATOA 4PJ2C 4LFXA 5F9XA 1HENA 2BQBA 1HMKA 3WU8A 4WO9A 2LYZA 2ZYCA 1LHMA 4PHIA 5C6LA 1GB3A 2BQKA 4H93A 4HJZA 1HSWA 1JKDA 1LJNA 1B0DA 1JEFA 1LHLA 1XGTC 4RW1A 1LAAA 4BADA 1P2CC 4CGEA 2H5ZA 5L3IA 1IY3A 1IOQA 3A92A 4ET9A 2XBSA 3CQLA 1TEWA 2MEBA 4NG1A 3WUAA 5HLLA 4LYCA 3B0KA 3AJNA 1E8LA 3WXUA 1QQYA 1BB4A 1I56A 1LSCA 2ZILA 3CSZA 3T6UA 4HSFA 4NHIA 1LZNA 1LJKA 2HU3A 4LT0A 1KIQC 1BWHA 4CFPA 3CT0A 1F6SA 3IJVA 2F30A 2ZIKA 4UWUA 1OUCA 4R0FA 1BWJA 1GE2A 4HV1A 2G4QA 2YDGA 3LN2A 2I26L 1OUBA 4EMNA 1VAUA 2BQGA 3AZ4A 5APDA 1C46A 2H9KA 4NGJA 5B07A 1KIPC 4H92A 3A34A 5KXYA 1QDRA 1XGPC 132LA 2BQFA 2F4AA 2HEDA 4N0JA 3WPJA 5KXRA 1J1PY 1HEMA 1IWTA 2B5ZA 4B4IA 1C7PA 1IR8A 1GFJA 1TBYA 4LT2A 5LINA 5F14A 4G49A 4B0DA 4GCCA 2Z18A 1BB3A 4H8YA 3ZVQB 6LYTA 2MEGA 4RW2A 3W6CA 5ILCA 1GWDA 1V7SA 1UCOA 5AMYA 1VATA 2DQFC 2D6BA 1B7LA 4WL7A 3ZVQA 1KXXA 5LXWA 1GB7A 2VB1A 4DC4A 4QY9A 1QUTA 135LA 3D9AC 1T3PA 1LSGA 1GAYA 1LJGA 1BB5A 4I0CA 1UIAA 5D5CA 3T36A 1T6VL 1LZAA 2CGIA 4OWEA 1LSPA 2DQJY 2ZNXY 4KL7A 1WQRA 1LZCA 2FYDA 1C45A 1JUGA 4NSIA 3A95A 2BLXA 1REYA 3BKVA 3B72A 4G4BA 1BHZA 4XJDA 1FLWA 4X3BA 1LZ9A 1REMA 1CJ8A 1H6MA 1OUIA 3AW6A 2CJLA 3FE0A 3QE8A 4NY5A 3WVYA 1GBOA 1YKYX 5B1FA 2HEEA 4N9RA 4HTKA 2BQJA 2XJWA 1FKVA 4I8SA 1OUGA 2PC2A 2Y8PA 4DYGA 2W1XA 5A3ZA 5FSTA 1QIOA 2YBJA 3M18B 1HC0A 1LSYA 4LYBA 5LIOA 1GAZA 1LSFA 4IATA 1IO5A 1AM7A 1LMPA 2I6ZA 3WYHA 2ZQ3A 1D6PA 4GCBA 2D91A 4N1EI 3A90A 1LSNA 2EPEA 5LVIA 5FHWA 1LYZA 1IOSA 4LFPA 4WG7A 3N9CA 3CSQA 3WW5A 2FBBA 1G7LC 4ETDA 5KXLA 1INUA 1WQNA 1HSXA 1ZVYB 3E3DA 4WOAA 3AB6A 4DDAA 5D5FA 5ILFA 1ZV5L 1OP9B 1GF3A 2Z2EA 4TX7A 3TXKA 1IC5Y 3EBAB 1J1OY 4Z98A 3WMKA 2HECA 1G7IC 194LA 1NDGC 3HBDA 1N4FA 1CNSA 1F6RA 5APFA 2MEAA 1FDLY 3GXKA 3RT5X 5DN5A 3SP3A 1UIDA 2MEEA 4ETEA 2CWIA 3AZ7A 1TAYA 1WVVA 1REXA 4WO6A 1IC7Y 4HJYA 1GB8A 3WPKA 2Z19A 1NMMA 1QTKA 2I25L 3WUMA 3TMWA 4N5RA 5C6JA 5KXMA 1XGUC 2HTXA 1LJEA 5KXWA 1HNLA 4D9ZA 2EKSC 1UACY 1UC0A 1QTEA 5HQ1A 1LJHA 1LMQA 1RE2A 2YBNA 3HBHA 4B1AA 3LYOA 1LZ5A 4LT3A 3RNXA 4PGJB 4AXTA 1JWRA 5KXSA 2G4PA 1GF4A 4LYZA 4OWHA 3WU7A 5B05A 2FYCA 154LA 1GXV2 1HELA 1LPIA 4YEMA 1IP2A 4NEBA 1W08A 1UIFA 3RW8A 4GCDA 1YKZX 5KXKA 1LSEA 1IP6A 2W1MA 3TXGA 5LVGA 1W6ZA 1HHLA 1RI8B 2HEBA 4ETCA 5I4YA 3HFMY 3ATNA 1WQOA 3P64A 1YAMA 4Z3MA 2DQCY 4H9HA 4TSBA 1WTMA 1IX0A 1JTTL 5LYTA 3EMSA 3P4ZA 4J0LA 2BQLA 1XGRC 4LT1A 1V7TA 3QNGA 1LJ3A 3W3EA 1YAPA 1B5ZA 1XEKA 1VDSA 4WM5A 1IORA 207LA 2BLYA 4HPEA 4DDCA 3LHMA 1UUZC 1XFPL 4GN4A 3AGGG 4BAFA 1VDQA 4FDYA 3N9EA 1BVXA 1HF4A 4XYYA 4GLVA 1XSFA 4NSJA 4MSTA 1EQEA 1GB5A 3KAMA 4NGWA 4TSCA 5FEKA 5KXZA 5C6IA 4AGAA 4E3UA 4YF2A 1IWYA 1IOTA 1RFPA 1LZDA 2ZIJA 3TXBA 3OJPA 3P66A 3CB7A 2CDSA 5APCA 1AKIA 4ZEEA 1YQVY 4NWHA 3ULRA 4ZFPA 1UIBA 5LVJA 2IHLA 3W6BA 3TXEA 3M3UA 1NWGA 3A96A 1J1XY 1B7SA 1B7PA 1MLCE 3AZ6A 4NIJA 1C08C 1DKJA 3LYTA 1UIEA 3A8ZA 4XADA 4XJIA 4J1BA 1LZGA 2NWDX 4NGVA 4CJ2A 2HEFA 4PRUA 4H1PA 5I4WA 1FLUA 2N5ZA 1JTOL 1GFKA 1I1ZA 1LZ6A 4II8A 1GE3A 4XJGA 4B4EA 1F0WA 2XTHA 3LZ2A 1YILA 1IVMA 4U3XB 1QSWA 1LSMA 4LGKA 4PRQA 4DWXA 3IJUA 2YSSC 1WTNA 4HTNA 4GLAA 4J7VA 1YL1X 3A94A 4XJBA 5B06A 1OUEA 2Z37A 2F2NA 4FJRA 4PPOA 1DKKA 3MGWA 3CT5A 4WM1A 2DQDY 8LYZA 1D0KA 5B1GA 3P68A 2LHMA 2DBTA 4H9AA 1AT5A 2BQOA 193LA 1PZYA 4NHQA 4NGLA 4O34A 1BB6A 1YROA 2DKVA 3A93A 3LYZA 1IY4A 5B59A 1B7QA 5KXOA 3D3DA 1WQQA 1LJ4A 1UIHA 4HP0A 3F6ZA 4HPIA 4WM2A 1VDTA 3AGIA 4WM3A 3ZEKA 5HNCA 3IWRA 2DQGY 4QGZA 4OW1A 1GXXA 4KT3A 3A91A 2MEFA 5A3EA 2MEIA 2YVBA 2HU1A 4ETBA 2YBLA 1KXWA 1GE4A 5KXNA 1B7NA 3TXJA 1CKFA 1SQ2L 1IP5A 4MR1A 4H9FA 1KIRC 2GV0A 4CFOA 5KY1A 5K7OA 3A3RX 1JSEA 2Z39A 4OOTA 1B5UA 3WULA 1CKCA 1HFZA 3RU5A 4M4OA 1IWVA 1HEOA 1NBYC 1D0LA 1LZ4A 4C5FA 2IFFY 1QDTA 1LJFA 1GE1A 5L9JA 5LVHA 1JISA 4H90A 1GBZA 4HTQA 1LHKA 5DM9A 2Q0MX 5KXTA 4RLNA 3CSRA 1GHLA 5II3A 4OWAA 1GF9A 1LYOA 1JPOA 1FKQA 3J6KA 1H87A 3TXDA 4XN6A 5LA8A 5E9RA 1I20A 1G7JC 1LJJA 1C10A 1DPWA 4WLYA 3HBEX 3WPLA 1MELL 4WM6A 1XGQC 4H9CA 1LZBA 5L3HA 4H94A 3A3QA 5LYZA 1OUAA 4G4CA 3B0OA 1B5YA 3WU9A 3TXIA 5KKIA 1LZEA 5DLAA 4CHXA 4DD3A 1HFYA 5LAFA 3GXRA 4WG1A 1GE0A 3N9AA 1D9UA 4LYMA 1OUHA 2YBIA 4DD7A 3EO5A 5DL9A 1GBYA 3WXTA 3A6BY 1LTMA 1GEVA 3CT1A 4QDNA 134LA 1GDXA 1Z55A 2BQMA 1GFHA 3TMUA 1B5XA 1IC4Y 2DQIY 4YEOA 2FBDA 4YOPA 5I53A 4Z46A 1A2YC 2LYOA 1EL1A 3P65A 4W94A 1G7HC 1AZFA 1GB0A 4Z41A 1XEJA 2YBHA 3AW7A 1YAQA 1LZRA 1SLYA 4NWEA 4KPMA 1YIKA 3TXFA 2BQCA 1GF5A 2W1YA 4IASA 3TMXA 1JJ1A 1YANA 4G4HA 1HERA 1D0MA 4UWVA 3J4GA 2MECA 5KJ9A 1FBIX 1GFAA 2D4JA 4XENA 4NGYA 1KXYA 1JKBA 1IOCA 1CKHA 2XBRA 1A4VA 4H91A 4P2EA 4LZTA 1GB2A 1LOZA 2A7DA 1ALCA 2HUBA 1LKSA 4RDSA 4ZIXA 6LYZA 5IELA 1ZVHL 5J7CA 4H8XA 1IWUA 1QUSA 4ML7A 1LZSA 3EXDA 4BS7A 1TDYA 5EBHA 1LHIA 1LZ8A 1GB6A 2Z2FA 2ZYPA 5HNLA 5IDDA 1ZMYL 4DDBA 4NG8A 4DT3A 1JIYA 1NF5A 1IIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L38A 1RJCB 2BQEA 4DD0A 4XJHA 4WLXA 1C6IA 4W57A 2RBQA 2G4NA 2MEDA 2B6WA 3AYQA 1D3FA 1AT6A 1G0PA 1LMOA 3AGHA 115LA 1FLYA 1IWXA 261LA 2B75A 5LAGA 4DD9A 3G3VA 2RBPA 1C6GA 2BQDA 2C8OA 1GF6A 211LA 2B7XA 4G9SA 4ET8A 2WARA 1GB9A 1DZBX 1DXJA 2B6ZA 131LA 1B5WA 3K3TA 2Z38A 252LA 1G07A 2BAAA 1DI5A 2LZ2A 4H9IA 1JKCA 1VDPA 4GN5C 1DYDA 3SB9A 5JENB 4DD1A 3HTFA 1VFBC 1L90A 1QS5A 1L55A 3B6LA 3W6DA 4B4JA 3B0IA 4E97A 1B2KA 205LA 4DD2A 1L48A 2LZTA 5M1YA 1NBZC 1LHHA 2C8PA 4M6DA 3EMLA 4OWBA 1IR7A 3RZ4A 1G1VA 1CU3A 4A7DA 1TLAA 4NGKA 1BVKC 150LA 2BQHA 3C80A 198LA 1L91A 3A6CY 1YL0X 1L85A 1JJ0A 1JJ3A 185LA 1LMTA 1PS5A 1L96A 1HENA 1L47A 2BQBA 4WO9A 220LA 5C6LA 118LA 1L60A 4W58A 199LA 1JEFA 1L70A 213LA 4RW1A 1LAAA 4CGEA 1IOQA 1L69A 3HDFA 3CQLA 3OE8A 1TEWA 3WUAA 2OU8A 3CDOA 4I7OA 2HU3A 4LT0A 229LA 1BWHA 3CT0A 2ZIKA 3C81A 2A4TA 1L58A 253LA 4R0FA 1LYGA 1T97A 1LYHA 4W52A 132LA 2BQFA 2F4AA 3HT7A 243LA 219LA 2B5ZA 4B4IA 1IR8A 1GFJA 230LA 5LINA 1CU6A 5F14A 1CU5A 1BB3A 6LYTA 1L82A 3HUQA 1VATA 3ZVQA 5LXWA 4DC4A 177LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VED A;  2EIZ C;  4NSG A;  1GPQ C;  1RJC B;  2BQE A;  3FI7 A;  2EQL A;  4DD0 A;  1GFR A;  1IWZ A;  4XJH A;  5LA5 A;  153L A;  4WLX A;  7LYZ A;  5I54 A;  1B9O A;  2MEH A;  1OUF A;  3W6F A;  1JSF A;  2G4N A;  2MED A;  1WQM A;  5HMV A;  4H9B A;  5DN4 A;  1OUJ A;  1C43 A;  1LMA A;  1IWW A;  1REZ A;  2F4G A;  3AYQ A;  4C3W A;  5LYM A;  1AT6 A;  1GFV A;  1LMO A;  3AGH A;  1DI3 A;  4QEQ A;  1FLY A;  1IWX A;  2Z12 A;  4GCE A;  1LKR A;  4NGO A;  1YKX X;  1CKD A;  1OQM A;  3OK0 A;  4N8Z A;  5F16 A;  5KXP A;  3W6E A;  5LAG A;  4DD9 A;  2BQI A;  1GFT A;  1EQ5 A;  4NGI A;  2ZWB A;  2DQA A;  5I4X A;  1GEZ A;  2BQA A;  2BQD A;  2C8O A;  3BKH A;  1GF6 A;  1UIC A;  4G9S A;  5E4P A;  1DQJ C;  3LYM A;  4ET8 A;  133L A;  2WAR A;  1GB9 A;  1LHJ A;  1XEI A;  1DZB X;  1FLQ A;  208L A;  5IHG A;  2W1L A;  1DXJ A;  1OUD A;  1B5W A;  2DQH Y;  2HEA A;  2Z38 A;  3K3T A;  1NDM C;  1WVU A;  4H9E A;  5F81 A;  5T3F A;  2BAA A;  2DQE Y;  3W6A A;  1LYY A;  4MCK A;  3QY4 A;  1CKG A;  1DI5 A;  4BAP A;  2LZ2 A;  3G3A B;  1DI4 A; 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 3TXD A;  4XN6 A;  5LA8 A;  5E9R A;  1I20 A;  1G7J C;  1LJJ A;  1C10 A;  1DPW A;  4WLY A;  3HBE X;  3WPL A;  1MEL L;  4WM6 A;  1XGQ C;  4H9C A;  1LZB A;  5L3H A;  4H94 A;  3A3Q A;  5LYZ A;  1OUA A;  4G4C A;  3B0O A;  1B5Y A;  3WU9 A;  3TXI A;  5KKI A;  1LZE A;  5DLA A;  4CHX A;  4DD3 A;  1HFY A;  5LAF A;  3GXR A;  4WG1 A;  1GE0 A;  3N9A A;  1D9U A;  4LYM A;  1OUH A;  2YBI A;  4DD7 A;  3EO5 A;  5DL9 A;  1GBY A;  3WXT A;  3A6B Y;  1LTM A;  1GEV A;  3CT1 A;  4QDN A;  134L A;  1GDX A;  1Z55 A;  2BQM A;  1GFH A;  3TMU A;  1B5X A;  1IC4 Y;  2DQI Y;  4YEO A;  2FBD A;  4YOP A;  5I53 A;  4Z46 A;  1A2Y C;  2LYO A;  1EL1 A;  3P65 A;  4W94 A;  1G7H C;  1AZF A;  1GB0 A;  4Z41 A;  1XEJ A;  2YBH A;  3AW7 A;  1YAQ A;  1LZR A;  1SLY A;  4NWE A;  4KPM A;  1YIK A;  3TXF A;  2BQC A;  1GF5 A;  2W1Y A;  4IAS A;  3TMX A;  1JJ1 A;  1YAN A;  4G4H A;  1HER A;  1D0M A;  4UWV A;  3J4G A;  2MEC A;  5KJ9 A;  1FBI X;  1GFA A;  2D4J A;  4XEN A;  4NGY A;  1KXY A;  1JKB A;  1IOC A;  1CKH A;  2XBR A;  1A4V A;  4H91 A;  4P2E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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