1LWKA

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETRMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 42
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lwkA00
1PQJA 129LA 2HUMA 1I6SA 171LA 243LA 1LI3A 1L66A 3SB8A 2RB1X 1LYEA 1P56A 1L12A 3L2XA 3GULA 2F47A 3HDEA 144LA 3GUMA 3DN1A 1L74A 1L97A 3DNAA 255LA 2B7XA 3OE8A 6LZMA 2HULA 1L31A 3SN6R 1T8AA 1C64A 1D3JA 220LA 4ARMB 1QT8A 4ARJA 1ZURA 1L85A 3DN3A 236LA 175LA 3SB7A 4EJ4A 1G0PA 1C6IA 4DJHA 253LA 1D9WA 2RAZX 123LA 1LYHA 230LA 1C6LA 145LA 1KW5A 3HT7A 1T8GA 1L37A 3OE6A 1L08A 188LA 1L72A 3HTFA 1L92A 3DN0A 1L05A 1L95A 1L35A 1PQMA 3G3WA 3NY9A 234LA 3SB9A 1DYAA 1PQIA 239LA 2B70A 1C6FA 1L84A 1D2YA 190LA 174LA 1L93A 4W58A 3DN6A 237LA 4I7SA 1QUOA 3VW7A 1L51A 4I7TA 155LA 1OVHA 219LA 2OE7X 1L62A 4W57A 1L20A 4ZPUA 1QTZA 4DAJA 1CU5A 245LA 125LA 1DYBA 222LA 2RBNA 1LWGA 1QUGA 3V2YA 2LZMA 185LA 1L52A 254LA 1L83A 1OV5A 1L23A 4EPFA 2F2QA 122LA 3C7ZA 4YXAC 1TLAA 3HT9A 1T97A 1L0JA 3FADA 1P2LA 227LA 3G3VA 1KY0A 3HDFA 1ZYTA 107LA 1KNIA 4ARQA 1L59A 1L44A 238LA 215LA 195LA 4EKPA 176LA 1L82A 3OE0A 4I7MA 3DN8A 217LA 1L47A 140LA 4OO9A 1SX2A 3HUQA 2B73A 1L63A 181LA 1L22A 2O4WA 1L19A 4GBRB 249LA 3C82A 3C8QA 177LA 205LA 3JR6A 241LA 2QARC 1L86A 1C6KA 3FA0A 4ARPA 1L48A 212LA 1QTCA 248LA 1NHBA 3DMVA 1CU3A 1P37A 1P36A 3HU8A 4YX7C 4DKLA 147LA 1LYGA 2HUKA 165LA 1G0QA 1L49A 1L60A 142LA 1C6DA 1C6QA 1PQKA 1CV6A 2NTHA 2QB0B 1LPYA 2OTYX 1P3NA 1SSWA 1QTDA 1L46A 3NYAA 1CU0A 1G0MA 170LA 1QTHA 4PJZA 149LA 2Q9EA 4W53A 206LA 1L99A 3SB6A 1L33A 257LA 1L25A 4I7OA 151LA 4LDOA 4EPIA 2Q9DA 213LA 1L79A 221LA 218LA 1P2RA 141LA 1CV3A 3CDTA 1L64A 3PDSA 2OE4X 1P64A 3D4SA 1L71A 3G3XA 169LA 4EXMA 3GUPA 1L42A 1L81A 3CDVA 1DYGA 4W54A 1L06A 2B6XA 1QT6A 162LA 1QTBA 4I7PA 1PQDA 1C6EA 3DMZA 3HH4A 259LA 3DN4A 167LA 1SWYA 210LA 1C6PA 148LE 139LA 4AQNA 228LA 1CU2A 1L75A 1L36A 262LA 2B6TA 2F32A 4ARLA 224LA 3DMXA 130LA 131LA 1L76A 2O7AA 201LA 1QSBA 1L67A 4EKRA 2ANVA 1SWZA 1L15A 1CVKA 3C7WA 1L11A 1L27A 4I7QA 2B72A 4W51A 3HTBA 1L41A 1C6MA 1L98A 3HU9A 1LWKA 1QT3A 211LA 3GUNA 166LA 1L96A 1LLHA 1JQUA 1XEPA 1OV7A 1QSQA 1L40A 1K28A 4YXCA 3C80A 1QTVA 191LA 1L14A 7LZMA 1C61A 1L54A 1OYUA 1L61A 1C68A 1C6NA 2A4TA 235LA 103LA 3HTDA 1G0GA 1L69A 3HH3A 1B6IA 186LA 1XJUA 4LDEA 1L68A 1LI2A 1CX7A 108LA 196LA 2LC9A 3HUKA 3QAKA 1C66A 1L04A 3CDQA 3HWLA 1L39A 1C6CA 1L73A 1LYFA 3C83A 2RBOA 2OTZX 168LA 1KS3A 1LYIA 1L57A 1L34A 1C60A 1G1VA 1DYDA 3DKEX 126LA 1L80A 1C69A 192LA 199LA 2RH1A 187LA 1L94A 3CDOA 4E97A 1OVKA 5LZMA 2O79A 3FI5A 1P5CA 1OVJA 1QUHA 2B6ZA 3DN2A 3HUAA 3RUNA 3SBAA 1WTHA 3HT6A 1L77A 1L90A 1SSYA 4GRVA 163LA 4I7NA 159LA 1L38A 3C81A 209LA 1C6HA 1D3MA 1QS9A 3HH5A 4I7JA 118LA 1L58A 2RBRA 1L0KA 109LA 1CUQA 180LA 240LA 1L56A 1QUDA 1KY1A 1CTWA 1C67A 3LZMA 150LA 1G07A 120LA 2L78A 1L10A 3C8RA 143LA 2RAYX 3HH6A 3OE9A 261LA 2CUUA 183LA 4EKSA 1C6GA 1P46A 157LA 1OWZA 1L89A 112LA 258LA 233LA 232LA 1LGXA 3GUJA 1L28A 1CV0A 2OE9X 1P7SA 1L03A 1LI6A 1C6JA 1PQOA 4ARQB 113LA 1LYDA 252LA 1DYCA 146LA 110LA 4W56A 1D3NA 1CV4A 1L50A 2OEAX 3UONA 1LYJA 4I7KA 4LDLA 1KW7A 1LGWA 1OWYA 1CU6A 1CX6A 1L09A 2B74A 1SX7A 2B6YA 137LA 1XJTA 178LA 1LGUA 1ZWNA 119LA 1CUPA 1T8FA 1C6AA 1G1WA 1L01A 173LA 189LA 1C6BA 4LZMA 2NTGA 3NY8A 2RBSA 2RB2X 102LA 3C7YA 1L13A 1QT7A 2IGCA 104LA 4W59A 1C63A 247LA 2LCBA 1EPYA 223LA 216LA 4ARMA 3L64A 152LA 1L70A 260LA 3C8SA 242LA 3F9LA 1L91A 1LW9A 3EMLA 1L53A 182LA 3SBBC 4K5YA 1G06A 3F8VA 114LA 1C62A 1L88A 3V2WA 1JTMA 1L45A 3ODUA 1C6TA 161LA 172LA 1CV1A 127LA 1QS5A 3PBLA 4W52A 1CV5A 231LA 138LA 229LA 1DYFA 1D2WA 1DYEA 250LA 2B6WA 3CDRA 2RBQA 4S0WA 1L29A 1L32A 3HTGA 4I7LA 4PK0A 3SB5A 1L00A 1L02A 197LA 1G0LA 3GUKA 3K2RA 115LA 2B75A 1C65A 160LA 184LA 1L87A 1L21A 1L43A 200LA 2OU0X 3GUOA 1D3FA 246LA 1JTNA 4I7RA 1L55A 1G0JA 1L26A 225LA 1QT4A 198LA 4EKQA 2ANXA 2Z6BA 1QT5A 1L17A 156LA 1L65A 1L18A 251LA 2RBPA 5I14A 1L16A 2RB0X 164LA 1L07A 214LA 2OU9A 1G0KA 128LA 1L30A 158LA 3RZEA 1L24A 3GUIA 244LA 1P6YA 2OU8A 3HT8A 111LA 4W55A 1T6HA 226LA 256LA 4IAPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KT3A 3RNXA 129LA 2F4AA 2HUMA 1OUHA 1WVVA 1L66A 2Z37A 4IJ4A 1LYEA 1P56A 1BVKC 3L2XA 1GFRA 3B72A 2B5ZA 1L74A 1GBOA 3DNAA 3WVYA 1WTNA 3A94A 3WW5A 1GB8A 3M18B 4XJHA 3TXGA 2HULA 1QUTA 1B7SA 3SN6R 1C64A 2IHLA 1DI3A 1ZURA 1WQMA 1TAYA 3SB7A 1HELA 2DBTA 230LA 1ZVYB 1KW5A 4GCFA 188LA 1FLQA 1GBWA 1L92A 1L05A 4OWAA 1L35A 6LYTA 4LYTA 4XYYA 1PQIA 239LA 3AZ6A 1C6FA 1L84A 1LMAA 190LA 3D3DA 1G7MC 4GCEA 1L93A 2HECA 1V7TA 4W58A 1GBSA 4WO6A 4LFXA 3WPLA 1YQVY 2DQIY 2MEDA 125LA 2XBSA 2BLXA 1LYYA 2LZMA 185LA 1L83A 5B07A 1L23A 1BB5A 1T97A 1QQYA 227LA 3G3VA 1KNIA 4ARQA 4HJVA 4N9RA 1GF4A 3RZ4A 5LVHA 1YIKA 3OE0A 4I7MA 5D5FA 140LA 4WLDA 4ZEEA 181LA 1L22A 3TMXA 3LZ2A 4DD7A 1IY4A 2Z18A 2QARC 3FA0A 5LYTA 1FLYA 1BB7A 4OWCA 4ARPA 2Z19A 3A95A 4TWSA 1QTCA 2IFFY 3DMVA 1CU3A 1P36A 3A92A 5KJ9A 4YX7C 3AGHA 1LHLA 1GB7A 1G0QA 1LKRA 4YEMA 3P65A 1LPYA 3WH1A 2OTYX 1YANA 1CU0A 2YBJA 1QDRA 4H90A 1LSDA 4J1BA 1C45A 4NY5A 3B0IA 1ZVHL 2D4KA 2Q9EA 3SB6A 1L33A 4EPIA 2Q9DA 141LA 1CV3A 3CDTA 4GLVA 3PDSA 1GFAA 1RJCB 2OE4X 3D4SA 1RE2A 1I56A 1AKIA 1QT6A 1NKHA 4I7PA 4KPMA 1PQDA 1LZ1A 1SWYA 210LA 1JTTL 1DI4A 139LA 1OUEA 2PC2A 1YROA 1CU2A 1LJIA 4DQ7A 1L36A 1SLYA 1FDLY 4ARLA 4DQJA 4DD0A 4OWEA 1QSBA 1IP1A 1L67A 4UWNA 4ZFPA 1SWZA 2LZ2A 1L27A 1CKGA 2B72A 3KAMA 5LA5A 166LA 1GB2A 1XGPC 3AGGG 2DQGY 1OV7A 4N1CC 5KY1A 1C10A 3B0OA 5KXYA 1C61A 1OYUA 5KXZA 4DYGA 2A4TA 1C6NA 2HEBA 103LA 3WXUA 1CKDA 1G7IC 1L69A 5DN4A 4DDBA 2HEEA 1B7RA 3CSRA 4LDEA 2F4GA 2BQLA 1HEOA 2LC9A 4CHXA 4IATA 1GFUA 1LMNA 1GXXA 1HSWA 2RBOA 2ZNWY 4X3BA 2H9JA 1LYIA 5HMVA 2DQEY 1JKCA 1L80A 5KXNA 5KXRA 1OVKA 193LA 1LSEA 2AUBA 1TCYA 3T36A 4Z3MA 3FI5A 3HUAA 1OVJA 3RUNA 2B6ZA 3DN2A 4DD3A 4LYMA 1L90A 1BWHA 4GRVA 4I7NA 1L38A 3C81A 1C6HA 1D3MA 3HH5A 3AYQA 3A91A 1GE3A 4I7JA 1LJ3A 2BLYA 1JPOA 1CUQA 3QY4A 3W6EA 208LA 3AZ5A 1L56A 1C67A 1GE1A 1G07A 4ET9A 1UBZA 1A4VA 2L78A 1KXXA 1GB9A 2CUUA 4EKSA 1C6GA 2G4PA 4Z46A 3P4ZA 4U3XB 3GUJA 5KXTA 2OE9X 1P7SA 2Z38A 5KXPA 4NSIA 5LA8A 4NG1A 1IOSA 4NGVA 1DXJA 4Z98A 1D3NA 1B5YA 1NQIA 1CV4A 3UONA 3WU8A 5C6LA 3A3RX 5FELA 3AW7A 1SX7A 2B6YA 137LA 4Z41A 1LGUA 4RLMA 1ZWNA 4KL7A 1CUPA 173LA 1VDQA 3A8ZA 2NTGA 4LZMA 4NGWA 2RB2X 2DKVA 4LT1A 3C7YA 2ZWBA 1GWDA 223LA 3HBEX 4ETDA 1GD6A 2I25L 152LA 2DQJY 4I0CA 3WVXA 242LA 1LW9A 1FLWA 2FYCA 1D0LA 1G06A 4G49A 3LYOA 1L88A 3V2WA 1IY3A 1L45A 3ODUA 5LYZA 1C6TA 3CT5A 4W52A 138LA 1LJ4A 1WQQA 2BQAA 4S0WA 4I7LA 2DQHY 197LA 1G0LA 1NDGC 1J1OY 3K2RA 1LJFA 1JSFA 160LA 184LA 200LA 1EL1A 3GUOA 1D3FA 2X0AA 246LA 1JTNA 1EQ4A 1LSGA 4TSBA 1OUGA 225LA 5D5CA 4EKQA 1GAYA 1VEDA 1L17A 156LA 1L65A 1IWUA 5T3FA 1L16A 3RZEA 3GUIA 1KIRC 4NGJA 226LA 5KKIA 1DQJC 1PQJA 4B0DA 5KXOA 3T6UA 1I6SA 2CWIA 243LA 1NHEA 3SB8A 4TX7A 3RW8A 3J6KA 2C8PA 2W1XA 5B1FA 1VDSA 1KXYA 3HBDA 1FKVA 1L97A 4LYCA 154LA 3TXDA 1OUAA 1XSFA 6LZMA 1OUIA 1L31A 1VDPA 4LGKA 1D3JA 4ARMB 1QT8A 2LYOA 4LT3A 4ARJA 3A6CY 1LSYA 3DN3A 1QSWA 1G0PA 1EQEA 2RSCA 1D9WA 1DKJA 3LN2A 1GB5A 1OUCA 4DWXA 5HLLA 1L72A 1L95A 3G3WA 3NY9A 234LA 1DYAA 1HEMA 4M4OA 1IEEA 2C8OA 4I7SA 1OVHA 219LA 1GXV2 4NHTA 4W57A 4DAJA 3M3UA 245LA 1LMQA 4B1AA 1DYBA 3WW6A 3EO5A 222LA 2ZYPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KT3 A;  3RNX A;  129L A;  2F4A A;  2HUM A;  1OUH A;  1WVV A;  1L66 A;  2Z37 A;  4IJ4 A;  1LYE A;  1P56 A;  1BVK C;  3L2X A;  1GFR A;  3B72 A;  2B5Z A;  1L74 A;  1GBO A;  3DNA A;  3WVY A;  1WTN A;  3A94 A;  3WW5 A;  1GB8 A;  3M18 B;  4XJH A;  3TXG A;  2HUL A;  1QUT A;  1B7S A;  3SN6 R;  1C64 A;  2IHL A;  1DI3 A;  1ZUR A;  1WQM A;  1TAY A;  3SB7 A;  1HEL A;  2DBT A;  230L A;  1ZVY B;  1KW5 A;  4GCF A;  188L A;  1FLQ A;  1GBW A;  1L92 A;  1L05 A;  4OWA A;  1L35 A;  6LYT A;  4LYT A;  4XYY A;  1PQI A;  239L A;  3AZ6 A;  1C6F A;  1L84 A;  1LMA A;  190L A;  3D3D A;  1G7M C;  4GCE A;  1L93 A;  2HEC A;  1V7T A;  4W58 A;  1GBS A;  4WO6 A;  4LFX A;  3WPL A;  1YQV Y;  2DQI Y;  2MED A;  125L A;  2XBS A;  2BLX A;  1LYY A;  2LZM A;  185L A;  1L83 A;  5B07 A;  1L23 A;  1BB5 A;  1T97 A;  1QQY A;  227L A;  3G3V A;  1KNI A;  4ARQ A;  4HJV A;  4N9R A;  1GF4 A;  3RZ4 A;  5LVH A;  1YIK A;  3OE0 A;  4I7M A;  5D5F A;  140L A;  4WLD A;  4ZEE A;  181L A;  1L22 A;  3TMX A;  3LZ2 A;  4DD7 A;  1IY4 A;  2Z18 A;  2QAR C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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