1LYDA

Crystal structure of t4-lysozyme generated from synthetic coding dna expressed in escherichia coli
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of T4-lysozyme generated from synthetic coding DNA expressed in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lydA00
3GUIA 1KNIA 2RB1X 4E97A 216LA 1G1WA 1CV5A 1C6QA 3DMVA 1L08A 3EMLA 3HT6A 2HUKA 1DYEA 144LA 165LA 1L06A 2O79A 3C7ZA 1KY0A 191LA 1TLAA 3HTFA 3SB7A 206LA 1ZURA 1L49A 1D2YA 1L61A 1T8AA 114LA 170LA 7LZMA 1PQDA 2O4WA 1CV4A 190LA 1P2RA 1G06A 3DKEX 1LYHA 156LA 4EKPA 236LA 1D3FA 1P64A 2LCBA 4EKSA 261LA 1L40A 151LA 1L62A 168LA 1CU6A 141LA 4I7RA 131LA 1L00A 4W56A 4EXMA 1KY1A 184LA 2B73A 2NTHA 1XJUA 231LA 1L33A 3C7WA 2F2QA 159LA 1ZWNA 178LA 104LA 3FADA 3DN4A 1T97A 4LDEA 245LA 1PQKA 1JTNA 1LI6A 108LA 103LA 221LA 4EKQA 119LA 146LA 240LA 1KS3A 1L55A 1L39A 1L92A 1LYJA 1SWZA 174LA 6LZMA 212LA 229LA 1C6EA 5LZMA 1L26A 3UONA 1C6BA 1C64A 1L54A 1LYGA 250LA 4LDOA 1SSYA 4YXCA 4LDLA 1G0KA 1WTHA 1D3JA 4W52A 180LA 1QS9A 3VW7A 1QUGA 1C6NA 1QTCA 3V2WA 2OU9A 1L17A 4I7NA 1L77A 1LPYA 205LA 254LA 4ARPA 259LA 2NTGA 1L19A 1L14A 3FI5A 217LA 1QT5A 4S0WA 1C62A 1C6HA 3HDFA 1G0PA 1L74A 1LGUA 2RBOA 1L98A 1XEPA 211LA 102LA 1P37A 1D9WA 1L70A 3C8QA 1L18A 1G0QA 118LA 1C6KA 1L25A 1L12A 1P5CA 4K5YA 1QTBA 253LA 1DYCA 2B6XA 4GBRB 127LA 1QUDA 1XJTA 1CU0A 2RB0X 2RBSA 4AQNA 3G3WA 2ANVA 225LA 3DMXA 1QTZA 1SWYA 2B6WA 3SB6A 1QTDA 158LA 1OV7A 246LA 1C60A 1L60A 3RUNA 1C6FA 4W55A 137LA 1CV1A 1C6PA 1L43A 1QS5A 2RAZX 4I7SA 1D2WA 1KW7A 1L50A 1L79A 1L57A 3SN6R 1L11A 1CUPA 1L15A 249LA 1L63A 1L46A 1C6AA 192LA 182LA 3HUKA 3DNAA 1PQJA 1LI2A 252LA 145LA 1LYFA 160LA 1T6HA 166LA 4OO9A 167LA 1C6MA 3G3XA 1QT7A 3LZMA 1P2LA 1QUOA 255LA 2B6TA 3SB9A 1ZYTA 3ODUA 4PJZA 3GUPA 109LA 1L76A 218LA 143LA 155LA 4I7MA 1L07A 1L13A 2RBRA 257LA 256LA 2Q9DA 123LA 1SSWA 1L0JA 1P3NA 2QB0B 1CV6A 1L29A 2OTYX 3HU8A 2HULA 220LA 2B72A 262LA 1KW5A 2Q9EA 1L67A 149LA 2Z6BA 177LA 3CDQA 152LA 4W51A 188LA 3C8SA 1L88A 2QARC 157LA 4ARQB 173LA 237LA 4I7LA 195LA 1L56A 1L64A 1QUHA 1G0LA 234LA 2RBQA 3C80A 3CDOA 1L52A 139LA 1G0GA 1CU2A 113LA 2RAYX 1P56A 1L93A 3GUNA 197LA 198LA 3SB5A 3DN6A 2OE9X 3OE8A 1L48A 4DJHA 1L32A 1L10A 226LA 3V2YA 1QSQA 3DN2A 1OVHA 3G3VA 2RBNA 1DYGA 1OVJA 1CU5A 2OE4X 1DYDA 1DYFA 169LA 1CVKA 1L97A 2CUUA 1CX7A 175LA 1PQIA 1L73A 230LA 1C6CA 4DAJA 4ARMB 1C65A 3F9LA 3HTDA 1C6DA 4I7PA 1L81A 1NHBA 3D4SA 2ANXA 1CU3A 2B6ZA 4I7JA 1T8FA 2OE7X 3CDVA 162LA 1L58A 1L84A 3GUOA 1L22A 2O7AA 1L38A 128LA 1L99A 1OVKA 2OEAX 3HTBA 1C66A 1C61A 1L65A 4W59A 3GUMA 161LA 115LA 120LA 1C6IA 3HU9A 147LA 200LA 1L72A 4EPFA 1L02A 3HH4A 1CX6A 1C6GA 1L05A 3C7YA 1L71A 1L24A 1L75A 3K2RA 172LA 2HUMA 3NY8A 1L82A 1L0KA 1OYUA 189LA 1L51A 1LYEA 3HT9A 3OE0A 201LA 1L53A 3CDTA 1C6TA 164LA 125LA 1L85A 1L35A 2A4TA 1QT4A 122LA 1EPYA 3HH6A 242LA 2B74A 1DYBA 1LGXA 224LA 140LA 1P7SA 227LA 4PK0A 2B70A 1L31A 4ZPUA 3HT8A 2RB2X 3HUQA 107LA 3L64A 1L04A 3FA0A 2LZMA 1K28A 3PDSA 4IAPA 232LA 1L16A 4W58A 2IGCA 1LWGA 3HH5A 4LZMA 1P6YA 1JTMA 1L27A 1L36A 1LYIA 3OE6A 219LA 2B6YA 243LA 2B75A 1C6JA 1L66A 244LA 3HDEA 112LA 3C8RA 3NY9A 1G0JA 3HT7A 186LA 1QT8A 1LYDA 1L03A 129LA 1L37A 1T8GA 3C83A 1L01A 148LE 2RH1A 1L34A 142LA 247LA 228LA 1D3MA 181LA 187LA 3DN1A 1L23A 1L45A 196LA 4GRVA 223LA 3F8VA 3SBBC 4EPIA 111LA 1G0MA 1L91A 2F47A 3GULA 258LA 1CV3A 1L09A 1G07A 239LA 4YXAC 1L21A 3QAKA 4DKLA 1L41A 251LA 1PQMA 1PQOA 3C81A 1L95A 1OWZA 222LA 1L86A 199LA 4I7OA 5I14A 1CUQA 1D3NA 3HH3A 248LA 2LC9A 1LLHA 150LA 1CTWA 1C68A 1P46A 1C69A 1L28A 3HWLA 4W57A 1L94A 2L78A 163LA 3PBLA 213LA 2OU0X 138LA 1L87A 1L90A 1P36A 185LA 1QT6A 4YX7C 4EKRA 1QSBA 1LW9A 3C82A 1SX7A 1QTVA 4ARQA 4I7TA 1B6IA 238LA 2B7XA 4ARJA 1L96A 1LWKA 130LA 1CV0A 1L44A 1LI3A 4I7QA 4W53A 2F32A 1L68A 1L69A 3CDRA 1QTHA 3NYAA 260LA 3GUKA 214LA 1G1VA 1L30A 1C6LA 233LA 3DN8A 215LA 3SBAA 3HUAA 2RBPA 1C67A 241LA 2OU8A 4W54A 110LA 1L83A 4EJ4A 3SB8A 176LA 1L20A 1L47A 1OV5A 3RZEA 209LA 3OE9A 1L59A 2OTZX 1SX2A 3HTGA 1LGWA 1JQUA 4I7KA 4ARLA 3JR6A 4ARMA 1C63A 210LA 1L42A 1OWYA 171LA 3GUJA 1L89A 126LA 183LA 1DYAA 3DN3A 1QT3A 3DN0A 3L2XA 1L80A 235LA 1I6SA 3DMZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHIA 4B4JA 1IR8A 2Z37A 5D5FA 216LA 1G1WA 5FSTA 5IDDA 1CV5A 3HT6A 1B7NA 4L41A 4WL6A 165LA 1NWGA 1LSAA 1OUBA 1WTNA 2RSCA 7LZMA 170LA 1PQDA 1CV4A 4NHPA 3AW7A 1G06A 3DKEX 4AXTA 3AZ6A 2F2NA 4EKPA 5KXSA 236LA 2F4AA 1P64A 2LCBA 2DQGY 1L40A 1LZAA 1L62A 3MGWA 1QSAA 1CU6A 3AGGG 1YKXX 5C6JA 1L00A 1VATA 2BQBA 2B73A 2LYOA 2CWIA 1GB6A 3T36A 1GBWA 178LA 1LSYA 3WVYA 4EOFA 2Z19A 1PQKA 1LKRA 1W08A 1LHKA 1IP4A 1JSFA 4EKQA 2HU3A 3P66A 3J4GA 5L3HA 119LA 3RT5X 1OUGA 1L55A 1J1OY 1SWZA 3LN2A 4OWHA 1JTPL 4RLMA 2BQEA 1C6EA 5LZMA 4HTKA 250LA 1IR9A 1SSYA 3VWOA 1HEOA 4LYTA 4NY5A 5FELA 2FBBA 4ETEA 3IJVA 1EL1A 4QGZA 3BKVA 2OU9A 5KXLA 1L77A 1NDGC 2W1YA 1LPYA 205LA 2EPEA 2NTGA 1L19A 1L14A 3FI5A 4WM2A 1QT5A 4PPOA 1LGUA 2RBOA 2HUBA 1YL0X 3QE8A 1GF7A 3ULRA 4HJYA 1C6KA 4HP0A 4K5YA 3TXHA 4DQJA 1JJ1A 1LMNA 1DYCA 4GBRB 1DQJC 1JITA 1XJTA 4TSBA 1LYSA 4NGLA 225LA 2B6WA 3RUNA 1UA6Y 3W3EA 4ETBA 2RAZX 4DDCA 1IY4A 1D2WA 4XJBA 4H8XA 2YBHA 1QDRA 192LA 4HJVA 1J1XY 2HEAA 4H9EA 252LA 2F4GA 1LYFA 160LA 1VDQA 3KAMA 1C6MA 1HMKA 4GCEA 1F10A 1QUOA 255LA 4C5FA 1LMTA 2BQKA 4TTDA 3ODUA 3GUPA 218LA 155LA 2RBRA 4NWHA 4H1PA 4B49A 1SSWA 1L0JA 3A67Y 4DDBA 3HU8A 1BQLY 4W96A 1GB2A 1IC4Y 4DT3A 5D5CA 4GCCA 4N9RA 3CDQA 1L88A 5I4XA 1GFGA 3WU7A 1L64A 2BQOA 234LA 1G0LA 3C80A 139LA 1OUFA 4BADA 1YKYX 1IC5Y 1LZGA 3SB5A 1BB5A 2OE9X 1GB5A 3V2YA 3B0IA 2YSSC 1OVHA 3G3VA 4HV1A 2YVBA 1CVKA 4LT1A 175LA 4N0JA 4WO6A 1LZEA 1C6CA 1OUAA 4ARMB 3P4ZA 1TAYA 1JTOL 4QEQA 1C6DA 1GB9A 4I7PA 4MSTA 4XADA 1L81A 2OE7X 2IFFY 1EQEA 1B0DA 3GUOA 1RI8B 2O7AA 4G4CA 3OJPA 1GFKA 1UUZC 1L99A 2OEAX 4PRUA 2BQFA 1XGQC 4WLXA 1C66A 1G7IC 4NGYA 1GXV2 4W59A 120LA 1C6IA 4EPFA 1L02A 2B5ZA 9LYZA 3C7YA 1L71A 1L75A 3EMSA 3K2RA 4WM3A 3WUMA 3LYZA 1BGIA 189LA 1XSFA 4ET8A 3HT9A 201LA 4G4BA 1LSGA 122LA 3P65A 1W6ZA 1LJGA 4PK0A 1GBZA 1IP3A 4HJZA 2RB2X 107LA 3L64A 3G3AB 3PDSA 4IAPA 232LA 2Z39A 1CJ9A 1B7RA 4LZMA 1WVVA 219LA 153LA 243LA 4RW2A 3C8RA 3NY9A 1G0JA 1LZNA 4Z98A 1DPWA 2DQHY 1LYDA 1L03A 1T8GA 1T6VL 1WQNA 3C83A 1XGTC 142LA 1B9OA 4PGJB 1GB8A 2YBNA 1IY3A 4NSJA 196LA 223LA 3F8VA 2BPUA 4EPIA 111LA 1JTTL 1G0MA 1L91A 2F47A 1LJ4A 3F6ZA 3QAKA 2D6BA 2VB1A 1GB3A 4GLVA 1QIOA 4NGJA 5KXXA 1OWZA 222LA 1L86A 5I14A 4R6CA 1GFVA 1GFTA 1UIEA 1LLHA 1CTWA 4OWBA 1DXJA 1T3PA 2L78A 3PBLA 163LA 5FHWA 2G4QA 1L90A 4CFOA 4PRQA 4BAFA 4EKRA 1IWUA 2MEEA 3A8ZA 1HF4A 1LWKA 4NG1A 1LI3A 1LKSA 4D9ZA 1XGPC 5HQ1A 1B7QA 5LVHA 1L30A 4LYBA 5L9JA 3DN8A 1RJCB 2LZ2A 3HUAA 3WW5A 5LVIA 1L83A 4EJ4A 1CJ7A 4XJHA 1GDWA 209LA 1UIFA 1L59A 2OTZX 1OUIA 3HTGA 1DKKA 4MR1A 5KXRA 3JR6A 1LOZA 3GUJA 1NHEA 1DYAA 3L2XA 3W6AA 1G7MC 235LA 2Q0MX 4QDNA 3GUIA 1KNIA 2RB1X 2ZQ4A 3K3TA 3CT1A 1F6SA 3DMVA 5KXPA 2HUKA 3P64A 1B5XA 4WG1A 5DN5A 5C6IA 2H9JA 1L06A 3C7ZA 4OOOA 4DD7A 2HEDA 2HECA 3TMWA 206LA 4KPMA 1L49A 3TXGA 2DQCY 4GCBA 2XBRA 4NHSA 4LGKA 2MEIA 2O4WA 1GFJA 5KXNA 4WM6A 190LA 1LYHA 156LA 1D3FA 3M3UA 4EKSA 261LA 3CSZA 5HNLA 4N8ZA 3HBHA 3M18B 1CNSA 2YBIA 1B7SA 1CKDA 2NTHA 3WMKA 2DQIY 1IO5A 2D4IA 1L33A 3WH1A 2F2QA 3SP3A 104LA 4GN5C 3FADA 1ZV5L 1GPQC 1T97A 4H9AA 3CB7A 4U3XB 1OUDA 4EMNA 1GD6A 1PS5A 2CJLA 1HFZA 146LA 1BWIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHI A;  4B4J A;  1IR8 A;  2Z37 A;  5D5F A;  216L A;  1G1W A;  5FST A;  5IDD A;  1CV5 A;  3HT6 A;  1B7N A;  4L41 A;  4WL6 A;  165L A;  1NWG A;  1LSA A;  1OUB A;  1WTN A;  2RSC A;  7LZM A;  170L A;  1PQD A;  1CV4 A;  4NHP A;  3AW7 A;  1G06 A;  3DKE X;  4AXT A;  3AZ6 A;  2F2N A;  4EKP A;  5KXS A;  236L A;  2F4A A;  1P64 A;  2LCB A;  2DQG Y;  1L40 A;  1LZA A;  1L62 A;  3MGW A;  1QSA A;  1CU6 A;  3AGG G;  1YKX X;  5C6J A;  1L00 A;  1VAT A;  2BQB A;  2B73 A;  2LYO A;  2CWI A;  1GB6 A;  3T36 A;  1GBW A;  178L A;  1LSY A;  3WVY A;  4EOF A;  2Z19 A;  1PQK A;  1LKR A;  1W08 A;  1LHK A;  1IP4 A;  1JSF A;  4EKQ A;  2HU3 A;  3P66 A;  3J4G A;  5L3H A;  119L A;  3RT5 X;  1OUG A;  1L55 A;  1J1O Y;  1SWZ A;  3LN2 A;  4OWH A;  1JTP L;  4RLM A;  2BQE A;  1C6E A;  5LZM A;  4HTK A;  250L A;  1IR9 A;  1SSY A;  3VWO A;  1HEO A;  4LYT A;  4NY5 A;  5FEL A;  2FBB A;  4ETE A;  3IJV A;  1EL1 A;  4QGZ A;  3BKV A;  2OU9 A;  5KXL A;  1L77 A;  1NDG C;  2W1Y A;  1LPY A;  205L A;  2EPE A;  2NTG A;  1L19 A;  1L14 A;  3FI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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