1LYEA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIVKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyeA00
1T8FA 1L70A 4E97A 240LA 1G0MA 1QT6A 3HUKA 2LCBA 183LA 198LA 1G0PA 1CU2A 1L45A 1L97A 1CUQA 242LA 1L88A 1PQJA 4DAJA 1SWZA 228LA 4GRVA 1OVKA 115LA 216LA 3L64A 7LZMA 1LLHA 138LA 1CU5A 2IGCA 4W55A 2RB2X 241LA 108LA 3HTFA 1SSYA 1L29A 3G3VA 256LA 1L58A 176LA 1C6HA 3CDRA 3C82A 2Q9EA 4LDLA 1G0JA 3V2YA 4LDEA 3HH5A 4LZMA 3HWLA 1L75A 3EMLA 1G1VA 3F8VA 1L0KA 3NY8A 4PJZA 3DN0A 175LA 1CVKA 1D9WA 2RAZX 189LA 140LA 1LGXA 2ANXA 2B74A 2F2QA 250LA 3OE0A 1C6GA 3GULA 188LA 3OE8A 220LA 1QTDA 4W56A 1P7SA 249LA 3CDQA 1G0GA 2RB0X 2F32A 3DN3A 3D4SA 1L51A 167LA 1C62A 157LA 4ARQB 4I7JA 1L24A 4I7MA 4YXCA 3GUJA 238LA 158LA 1G0KA 2HUKA 3NYAA 3GUMA 3FI5A 4EKPA 177LA 1L89A 128LA 1L34A 1C6FA 4I7LA 3QAKA 113LA 1QS9A 1L09A 4ARMB 1CV6A 3ODUA 2OTZX 1L87A 3GUOA 3HTBA 114LA 1P6YA 2RBPA 3NY9A 239LA 1XJTA 137LA 1XEPA 3GUIA 1L05A 1L90A 1C6KA 1QT5A 1SX2A 1SWYA 2B75A 1L31A 110LA 3G3WA 1DYFA 1L59A 1QSQA 1SSWA 1T8AA 1G0LA 1L20A 215LA 3PBLA 1OVHA 1L36A 4W52A 2LC9A 1L25A 1L42A 2OEAX 1SX7A 3GUNA 155LA 1KNIA 161LA 212LA 191LA 3DMXA 3C8SA 1KW5A 1L13A 3C80A 1L80A 168LA 214LA 182LA 205LA 1L55A 227LA 3L2XA 1CX7A 139LA 1L60A 252LA 3LZMA 206LA 1P56A 1NHBA 1L12A 184LA 3SB5A 2B7XA 3SBBC 2RBQA 147LA 1ZWNA 1L48A 1CU3A 3SN6R 1L50A 2B73A 102LA 3DN6A 112LA 1D3JA 1L67A 1C68A 1PQOA 164LA 165LA 1G07A 4YXAC 1QT7A 2Q9DA 1LYFA 3HH4A 1LWGA 2RH1A 3HTGA 181LA 4EPIA 186LA 1L64A 226LA 1L96A 2B6TA 1C6TA 141LA 3C8RA 1OWYA 1C6BA 1EPYA 3HTDA 142LA 195LA 1QUOA 1L86A 1OV7A 4S0WA 1C64A 1DYGA 1DYEA 123LA 144LA 1LYDA 1CU0A 146LA 127LA 1C6NA 1P37A 3DN2A 1C6AA 255LA 2RBNA 3SB8A 1QTHA 4ARQA 163LA 1L66A 2RAYX 1L93A 118LA 233LA 2OU8A 149LA 1CV0A 259LA 159LA 3C8QA 1CV3A 172LA 3OE9A 232LA 170LA 1C61A 4ARMA 1QUGA 4I7NA 3F9LA 3FA0A 1CX6A 3V2WA 1LWKA 1C6MA 1PQMA 125LA 261LA 1L11A 2OTYX 1QTVA 1P2RA 1LI2A 1L57A 2O4WA 1P36A 1L37A 120LA 1T97A 1L49A 1B6IA 1D3NA 248LA 1L23A 1DYAA 1L72A 1TLAA 2HULA 1T8GA 1LGWA 1P3NA 1QT8A 262LA 3C83A 6LZMA 192LA 1L14A 2OE4X 107LA 1L62A 3SB9A 1L77A 2B6XA 1QUDA 5I14A 222LA 1I6SA 1L22A 197LA 4W58A 1L16A 1LYHA 225LA 4I7TA 4AQNA 1CUPA 2OU9A 1L28A 185LA 1C6PA 247LA 3SB7A 1LYJA 1QTBA 1PQIA 171LA 231LA 2L78A 1L81A 4LDOA 1PQDA 3SB6A 2B70A 3HDFA 1L98A 1L39A 1L08A 1QSBA 1ZYTA 1D2WA 178LA 1L44A 1KY0A 1JTNA 3C7ZA 3HH6A 1L79A 2RBOA 2RB1X 199LA 1C6EA 4EKSA 1L84A 3CDOA 210LA 1L63A 4ARPA 4DJHA 224LA 244LA 1QUHA 4I7PA 1QTZA 3JR6A 4YX7C 4ARJA 2F47A 3CDTA 4ARLA 162LA 1P2LA 1L74A 237LA 1LI3A 1L26A 234LA 211LA 2NTGA 1C6CA 1C6LA 1L83A 2RBSA 1CU6A 3HT6A 1QT4A 169LA 4PK0A 1ZURA 4I7SA 1D3MA 1LGUA 230LA 1K28A 258LA 1D3FA 129LA 257LA 1QS5A 4I7RA 2B6ZA 3FADA 152LA 1KY1A 1P46A 2ANVA 1WTHA 1P5CA 2Z6BA 200LA 1G1WA 3G3XA 1L32A 3HDEA 1L73A 2RBRA 2B6WA 1LPYA 160LA 1CV5A 145LA 2A4TA 2CUUA 1C63A 1L17A 1L19A 3OE6A 1L47A 1P64A 130LA 4W57A 1L65A 3HUQA 2LZMA 2O7AA 150LA 3RUNA 1CTWA 254LA 2OE9X 4ZPUA 1G06A 1L95A 1C69A 3C81A 1L07A 1C6IA 3SBAA 103LA 4W53A 3HU8A 3DN8A 1LW9A 173LA 1L99A 236LA 2OU0X 151LA 3K2RA 109LA 229LA 122LA 3HT9A 2B72A 1C67A 3HT8A 1L56A 260LA 4I7KA 219LA 104LA 1KS3A 3HH3A 3C7YA 1JQUA 1L06A 4GBRB 1L68A 3C7WA 3HU9A 1L52A 1L01A 1L18A 3DN4A 1L30A 4K5YA 209LA 4I7OA 1L43A 3VW7A 3DMVA 126LA 1PQKA 1L02A 1L0JA 218LA 1L41A 3PDSA 1L04A 1C66A 2OE7X 4IAPA 143LA 4W51A 187LA 1L92A 2QB0B 1L35A 2QARC 1JTMA 1LYGA 1L38A 1L46A 4EJ4A 1C60A 1L71A 2O79A 1OVJA 1XJUA 3GUPA 2B6YA 1L61A 4OO9A 2NTHA 1KW7A 3DKEX 1C6DA 3UONA 4EKRA 1OWZA 3HT7A 3HUAA 119LA 1L82A 1L27A 1L03A 1L53A 1CV1A 3CDVA 111LA 1L91A 253LA 131LA 1C6QA 1LYIA 1L54A 213LA 217LA 1DYBA 201LA 148LE 1DYCA 1CV4A 1G0QA 3DMZA 4DKLA 190LA 4W54A 1QTCA 1L40A 4W59A 1C6JA 1L85A 4EKQA 235LA 4EXMA 5LZMA 246LA 243LA 180LA 3RZEA 1OV5A 196LA 221LA 4EPFA 1L10A 223LA 1C65A 1L94A 3DN1A 3GUKA 166LA 1L15A 1L76A 3DNAA 1L21A 1L69A 1QT3A 1DYDA 4I7QA 251LA 174LA 1LYEA 1OYUA 1T6HA 156LA 1L33A 1D2YA 1L00A 2HUMA 1LI6A 245LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NWDX 4BADA 2CDSA 3HUKA 2LCBA 5AMYA 1HERA 2G4QA 3A8ZA 2CWIA 4NEBA 1CJ7A 1LLHA 3P68A 5LVHA 194LA 2DQDY 2HTXA 1L29A 4CHXA 3W6AA 1L58A 1B5XA 2H5ZA 5HQ1A 4DQ5A 4LDEA 4LZMA 5KXSA 1L75A 4WM5A 3DN0A 4NG1A 1YL0X 3HBHA 2RAZX 4J0LA 3A67Y 1F6RA 1GB7A 4B49A 1DKJA 1EQ4A 1LGXA 5F9UA 4LT3A 3WVYA 5APCA 1C6GA 1T6VL 3GULA 1HSXA 2C8OA 220LA 2Z12A 4W56A 1P7SA 249LA 3CDQA 3IWRA 3WPLA 2W1MA 2RB0X 3DN3A 3D4SA 5DL9A 1L51A 167LA 5EBHA 1DPWA 1L24A 4I7MA 2MEIA 1GB8A 1G0KA 1FLYA 1F0WA 4X3BA 3NYAA 3GUMA 128LA 4R0FA 2LYOA 4ARMB 3ODUA 1BWIA 5T3FA 1NWGA 5FEKA 5J7CA 2RBPA 3NY9A 4HTQA 1IC4Y 2F30A 4MCKA 3A6BY 1N4FA 5B07A 1L90A 1LYSA 5D5FA 1QT5A 2IFFY 3LYMA 1XEIA 4GCCA 215LA 1IP7A 4W52A 2OEAX 4H9FA 1LHJA 1XGTC 2MEBA 3OJPA 1OUCA 1GFEA 1LSYA 1LHLA 182LA 1GF9A 1G7HC 2MEEA 3L2XA 134LA 1YIKA 5DM9A 139LA 2G4NA 1L60A 3EXDA 4H8YA 1NHBA 3SB5A 3SBBC 1IR9A 1GXXA 5L9JA 147LA 1IWYA 1ZWNA 4EOFA 1CU3A 4KT3A 1FLUA 1L50A 2B73A 102LA 3DN6A 4NGIA 1D3JA 2A7FA 3FE0A 1L67A 1SQ2L 1QT7A 3ULRA 1LYFA 1LWGA 181LA 1BQLY 186LA 2Y8PA 1UA6Y 4NHPA 2BQLA 1UICA 141LA 1C6BA 1QUOA 4XJGA 1IOQA 1C08C 1DYGA 1QSWA 1LYDA 1HHLA 1B2KA 4LYMA 1C6AA 4H91A 163LA 1L66A 2OU8A 3B72A 4DD7A 2FYCA 4DT3A 1C61A 4I7NA 2CJLA 1BB6A 1LWKA 1PQMA 125LA 1YKZX 1GE0A 2OTYX 1P2RA 2O4WA 4QGZA 4I8SA 1L37A 1LMPA 120LA 1L49A 1D3NA 1DYAA 1L23A 1TLAA 1QUSA 4H93A 1WQMA 6LZMA 192LA 2D6BA 3KAMA 107LA 1L62A 1LJ3A 3RNXA 5I14A 222LA 3ATOA 3TXIA 4AQNA 1BGIA 1RFPA 4NGZA 1WVVA 1QTBA 1PQIA 4N9RA 1LSBA 3TXBA 231LA 2L78A 4BS7A 1B7LA 1PQDA 5KJ9A 1LSAA 1L98A 1D2WA 1C46A 1L44A 1KY0A 1L79A 2YBIA 3AYQA 1D9UA 2RB1X 5I4YA 2YBHA 1LSNA 4ARPA 4GLVA 1MELL 244LA 2Z37A 4I7PA 1QTZA 4YX7C 1P2LA 237LA 2MEFA 3WPJA 1LI3A 5FSTA 1H87A 1L26A 234LA 1WTMA 211LA 2NTGA 1C6LA 1BVKC 1F6SA 1JWRA 2ZIKA 2DQHY 5FDJA 2FBDA 1QT4A 3EO5A 5DN5A 4I7SA 1D3MA 257LA 3FADA 152LA 1B7MA 2ANVA 4XYYA 3WW5A 2DQIY 1L32A 3AZ5A 2HU1A 3CQLA 2RBRA 1C43A 1LPYA 1D6QA 1C7PA 1GBOA 2BQAA 4Z98A 1C63A 1L17A 1QUTA 3ZVQA 1P64A 130LA 3W6DA 3RU5A 5I5QA 1JHLA 254LA 3RUNA 4PPOA 4ZPUA 1UACY 2ZIJA 3CT5A 4CGEA 1XSFA 2XBSA 1REYA 1OUIA 1IOCA 1OP9B 1LW9A 3HBEX 1YILA 3WPKA 1GF4A 5LAFA 3K2RA 4ET9A 229LA 1B5YA 5FHWA 2B72A 4NG8A 1LZYA 4HV1A 1JQUA 4PRQA 4NHTA 3QY4A 1L52A 1L01A 207LA 3DN4A 209LA 4TSBA 4B4IA 1L43A 3VW7A 5FCPA 126LA 1GBZA 1GFTA 3CSQA 1LZSA 218LA 3CSRA 1L41A 2F4GA 3PDSA 2OE7X 5HMVA 2QB0B 1FKQA 1LYGA 5LYZA 1LZ6A 1DQJC 4EJ4A 2ZQ3A 2O79A 1IWWA 1LSCA 4RLMA 4ZIXA 3DKEX 4DD3A 1XEJA 1LYYA 1G7JC 119LA 4FDYA 1L82A 1I20A 3CDVA 1YQVY 1L53A 1CV1A 111LA 1C45A 1C6QA 1LYIA 1L54A 4WOAA 1GF6A 1G7IC 2YSSC 1IR7A 148LE 1G0QA 2BQKA 190LA 1WQQA 4H9CA 4EKQA 1HC0A 235LA 1NKHA 5LZMA 4EXMA 4H90A 5F16A 243LA 4EPFA 1L10A 223LA 1C65A 2BQGA 166LA 3DNAA 1IWZA 2DQFC 251LA 2F4AA 1EQEA 1BHZA 4XENA 1YAQA 1L33A 4WM3A 2HUMA 2G4PA 1YAMA 245LA 4E97A 240LA 1G0MA 3W6BA 198LA 1EL1A 5KXKA 1L45A 5JENB 1HEWA 3QE8A 1F10A 1UCOA 1PQJA 3A3QA 3CT0A 1SWZA 4XN6A 4OOOA 3WL2A 115LA 216LA 4PJ2C 1CU5A 2YDGA 241LA 1VEDA 2BQFA 108LA 1W08A 4CJ2A 1SSYA 3G3VA 3CDRA 4N0JA 2MEGA 4NGWA 3C82A 2Q9EA 3TXGA 3AW6A 3HWLA 4NSHA 1IOSA 1LHHA 4WLDA 4LYOA 1G1VA 2BQBA 3F8VA 4PJZA 175LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NWD X;  4BAD A;  2CDS A;  3HUK A;  2LCB A;  5AMY A;  1HER A;  2G4Q A;  3A8Z A;  2CWI A;  4NEB A;  1CJ7 A;  1LLH A;  3P68 A;  5LVH A;  194L A;  2DQD Y;  2HTX A;  1L29 A;  4CHX A;  3W6A A;  1L58 A;  1B5X A;  2H5Z A;  5HQ1 A;  4DQ5 A;  4LDE A;  4LZM A;  5KXS A;  1L75 A;  4WM5 A;  3DN0 A;  4NG1 A;  1YL0 X;  3HBH A;  2RAZ X;  4J0L A;  3A67 Y;  1F6R A;  1GB7 A;  4B49 A;  1DKJ A;  1EQ4 A;  1LGX A;  5F9U A;  4LT3 A;  3WVY A;  5APC A;  1C6G A;  1T6V L;  3GUL A;  1HSX A;  2C8O A;  220L A;  2Z12 A;  4W56 A;  1P7S A;  249L A;  3CDQ A;  3IWR A;  3WPL A;  2W1M A;  2RB0 X;  3DN3 A;  3D4S A;  5DL9 A;  1L51 A;  167L A;  5EBH A;  1DPW A;  1L24 A;  4I7M A;  2MEI A;  1GB8 A;  1G0K A;  1FLY A;  1F0W A;  4X3B A;  3NYA A;  3GUM A;  128L A;  4R0F A;  2LYO A;  4ARM B;  3ODU A;  1BWI A;  5T3F A;  1NWG A;  5FEK A;  5J7C A;  2RBP A;  3NY9 A;  4HTQ A;  1IC4 Y;  2F30 A;  4MCK A;  3A6B Y;  1N4F A;  5B07 A;  1L90 A;  1LYS A;  5D5F A;  1QT5 A;  2IFF Y;  3LYM A;  1XEI A;  4GCC A;  215L A;  1IP7 A;  4W52 A;  2OEA X;  4H9F A; 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 3WPK A;  1GF4 A;  5LAF A;  3K2R A;  4ET9 A;  229L A;  1B5Y A;  5FHW A;  2B72 A;  4NG8 A;  1LZY A;  4HV1 A;  1JQU A;  4PRQ A;  4NHT A;  3QY4 A;  1L52 A;  1L01 A;  207L A;  3DN4 A;  209L A;  4TSB A;  4B4I A;  1L43 A;  3VW7 A;  5FCP A;  126L A;  1GBZ A;  1GFT A;  3CSQ A;  1LZS A;  218L A;  3CSR A;  1L41 A;  2F4G A;  3PDS A;  2OE7 X;  5HMV A;  2QB0 B;  1FKQ A;  1LYG A;  5LYZ A;  1LZ6 A;  1DQJ C;  4EJ4 A;  2ZQ3 A;  2O79 A;  1IWW A;  1LSC A;  4RLM A;  4ZIX A;  3DKE X;  4DD3 A;  1XEJ A;  1LYY A;  1G7J C;  119L A;  4FDY A;  1L82 A;  1I20 A;  3CDV A;  1YQV Y;  1L53 A;  1CV1 A;  111L A;  1C45 A;  1C6Q A;  1LYI A;  1L54 A;  4WOA A;  1GF6 A;  1G7I C;  2YSS C;  1IR7 A;  148L E;  1G0Q A;  2BQK A;  190L A;  1WQQ A;  4H9C A;  4EKQ A;  1HC0 A;  235L A;  1NKH A;  5LZM A;  4EXM A;  4H90 A;  5F16 A;  243L A;  4EPF A;  1L10 A;  223L A;  1C65 A;  2BQG A;  166L A;  3DNA A;  1IWZ A;  2DQF C;  251L A;  2F4A A;  1EQE A;  1BHZ A;  4XEN A;  1YAQ A;  1L33 A;  4WM3 A;  2HUM A;  2G4P A;  1YAM A;  245L A;  4E97 A;  240L A; 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