1LYFA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVISKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyfA00
1LYHA 1L19A 189LA 1OWZA 168LA 256LA 1C66A 3HH6A 4I7OA 1G07A 3HH3A 1CU6A 1XEPA 1PQJA 4W52A 4DKLA 3SB6A 2F47A 1L31A 1LYDA 1QT5A 3UONA 217LA 3HTDA 1LYEA 1L93A 3JR6A 4W56A 3HT7A 2OE7X 1L33A 1L61A 130LA 1LPYA 1PQDA 3V2YA 3HUKA 2LCBA 4S0WA 3C7ZA 3HT8A 114LA 1JTMA 1L55A 1L98A 1QT7A 127LA 1PQIA 1L24A 5LZMA 1DYCA 4ARJA 1LGWA 2O79A 3CDOA 1T6HA 1T8AA 3CDTA 262LA 1SWYA 3K2RA 125LA 3DN2A 1L40A 230LA 1L27A 1L32A 171LA 200LA 1OWYA 234LA 1OVJA 1OYUA 3DN3A 172LA 4EPFA 1QTVA 232LA 3HDFA 2LZMA 4LDEA 1L25A 1OV7A 1P7SA 3V2WA 102LA 1P46A 2OU0X 174LA 1L74A 173LA 199LA 1CV0A 3EMLA 4ARPA 2RBRA 1L11A 3HDEA 3QAKA 1ZWNA 1T97A 2B6YA 245LA 1KW5A 1L29A 1QTHA 3OE9A 1L10A 2F32A 3GUMA 1C61A 1LYJA 4I7PA 4I7KA 1L01A 1C6KA 248LA 1LLHA 1C6JA 1L70A 250LA 140LA 185LA 1C6EA 4EXMA 1LGUA 1P36A 1L18A 1D3NA 160LA 1SX2A 4W58A 163LA 197LA 3SN6R 123LA 4LZMA 1WTHA 3OE8A 1L17A 3C8SA 1QTBA 2RH1A 2B6WA 110LA 4I7MA 1P2LA 161LA 1C65A 1L69A 1P64A 3L64A 4GRVA 1L37A 1DYEA 4EKPA 1KY1A 1L95A 3FI5A 4PJZA 218LA 4I7RA 142LA 1C6CA 158LA 3PDSA 1D3MA 1L13A 215LA 4LDLA 170LA 1L87A 4PK0A 4YXAC 1L57A 229LA 2Z6BA 1QS5A 115LA 3PBLA 1L83A 1SSYA 2RB1X 1KW7A 1L60A 249LA 1LI6A 2B6TA 1CV6A 3SB5A 1C6PA 3G3WA 3DMXA 4K5YA 1DYAA 1L38A 3GUOA 1L94A 1C6LA 3DN6A 180LA 2B73A 1LWGA 1CV4A 2OU9A 169LA 3HTGA 206LA 187LA 1K28A 4I7SA 4W51A 1L52A 164LA 1CX7A 4I7TA 1CV1A 3GUIA 3GUPA 178LA 1L0KA 3SBAA 1C63A 1L21A 4E97A 4I7LA 1L85A 224LA 3C81A 3HTFA 184LA 1L97A 6LZMA 1L46A 1T8FA 3HT6A 3SB9A 182LA 2LC9A 2NTGA 3DNAA 118LA 1L82A 4LDOA 1ZURA 4I7JA 1KY0A 3ODUA 3OE6A 4DJHA 109LA 1L16A 3D4SA 1L71A 143LA 155LA 1L99A 2NTHA 166LA 3HT9A 1T8GA 2OTZX 3HH5A 222LA 1L36A 1C64A 1CX6A 1L42A 1C6HA 2OE9X 1NHBA 1KS3A 1QUHA 223LA 1L28A 260LA 2IGCA 1C69A 1SWZA 1XJTA 246LA 1LGXA 1C67A 2RAZX 239LA 4ARLA 3NYAA 1L77A 1C6MA 3GUJA 2L78A 1L86A 156LA 1L50A 2CUUA 1LW9A 2Q9DA 181LA 2RB2X 252LA 3G3XA 3GUKA 3HU8A 192LA 1L43A 205LA 1CVKA 7LZMA 1CUPA 1C6DA 211LA 196LA 1CU2A 2HULA 233LA 4EPIA 1L66A 3F8VA 1P37A 3G3VA 148LE 131LA 214LA 176LA 2RBOA 1L45A 3HH4A 159LA 1CU0A 3RZEA 5I14A 3HWLA 1G1VA 1L89A 1L80A 1L84A 2F2QA 1L81A 3C8QA 1L02A 1OVKA 3NY8A 1L06A 3CDRA 1L23A 1QS9A 186LA 3HTBA 3RUNA 145LA 1D2WA 4GBRB 1L51A 4EKQA 1L03A 3HUQA 1L68A 4DAJA 167LA 216LA 1CTWA 4ARMA 4EJ4A 2RBNA 4AQNA 4ARQA 1TLAA 1L75A 4ZPUA 4I7NA 3CDVA 4ARMB 1G06A 1C6IA 2B75A 2ANVA 137LA 3C7YA 144LA 261LA 1QTCA 190LA 1QT6A 3HUAA 1C6FA 4W53A 3FADA 157LA 1L49A 259LA 2B74A 3C8RA 2OE4X 2B72A 4IAPA 1G1WA 2QARC 2O4WA 258LA 3LZMA 191LA 1L34A 1L54A 2Q9EA 3SB7A 221LA 138LA 1G0LA 1L88A 1QT4A 1C62A 1CUQA 227LA 212LA 1L09A 1L30A 165LA 226LA 2HUMA 1L12A 3HU9A 126LA 1L67A 1D3JA 2RAYX 2OU8A 4EKRA 1L04A 1L15A 1CV3A 150LA 112LA 4EKSA 2ANXA 1LI3A 210LA 1L90A 1DYFA 251LA 146LA 3GULA 4I7QA 231LA 1P6YA 1C6AA 1DYGA 1L62A 3F9LA 237LA 1L22A 1G0KA 3DN0A 1JTNA 1L20A 1L58A 1L47A 1D2YA 253LA 2RBPA 198LA 1QT8A 1G0MA 201LA 1L72A 247LA 1ZYTA 1OV5A 1LWKA 3L2XA 257LA 3VW7A 1OVHA 3FA0A 1C6GA 1LYGA 235LA 236LA 4OO9A 3SBBC 2A4TA 1LYIA 129LA 1L48A 3C83A 1L92A 139LA 1L07A 3DN1A 213LA 3DMVA 242LA 2B6ZA 1PQKA 1L00A 113LA 2B70A 1KNIA 3C80A 1L26A 1P2RA 1SX7A 1C60A 1L05A 3OE0A 3GUNA 1SSWA 4W59A 3SB8A 1L79A 111LA 1DYBA 1LYFA 151LA 1QSQA 1L35A 3DKEX 1XJUA 1DYDA 2OTYX 1CU5A 119LA 3C82A 4W55A 1L39A 1L73A 1QSBA 1L96A 1QUDA 4YXCA 1L14A 107LA 122LA 209LA 2QB0B 1I6SA 1L65A 2RB0X 1L56A 2OEAX 147LA 1CU3A 152LA 120LA 1QUGA 183LA 1L44A 1L63A 1PQMA 1P5CA 1L08A 243LA 3CDQA 244LA 2B6XA 238LA 1CV5A 1L41A 220LA 108LA 241LA 195LA 175LA 1C6BA 1L91A 2RBSA 149LA 1G0JA 1D3FA 2O7AA 4ARQB 1D9WA 228LA 1B6IA 254LA 3C7WA 3DMZA 3DN4A 4W57A 103LA 1L64A 1QT3A 1C6TA 1L59A 104LA 1PQOA 1L53A 1G0GA 1G0QA 3NY9A 1QTDA 1LI2A 1L76A 162LA 128LA 225LA 141LA 188LA 2RBQA 1C6QA 240LA 4W54A 177LA 2HUKA 3DN8A 4YX7C 1L0JA 1JQUA 255LA 1C68A 1QUOA 1QTZA 1P3NA 219LA 1G0PA 1C6NA 1EPYA 1P56A 2B7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 189LA 4WG7A 4B1AA 1BHZA 256LA 1C66A 3LYOA 3CQLA 2BQLA 4G4BA 1PQJA 4RW1A 3SB6A 3A6CY 1L31A 2F4GA 1B5XA 1L93A 2LYMA 3A92A 3V2YA 1UIGA 4DT3A 2LCBA 2HEDA 4B4EA 3WU7A 1QDTA 5KXXA 3FE0A 1B7PA 3A94A 5LZMA 1DYCA 4LFPA 5KKJA 2O79A 3AB6A 3E3DA 1YL0X 1T6HA 1HMKA 1HEWA 5B06A 1SWYA 125LA 2DQFC 230LA 1IR8A 1OWYA 2G4NA 1J1OY 172LA 1HEOA 4WLYA 4XJDA 2LZMA 4LDEA 1HFXA 3A3RX 1L25A 1YILA 1AKIA 5KXLA 1P7SA 1GFTA 174LA 5B05A 173LA 1CV0A 1LKSA 3KAMA 1TEWA 5A3ZA 245LA 1KW5A 1QTHA 3MGWA 4H8YA 1L10A 1LKRA 1DKJA 4I7PA 4I7KA 1L01A 1C6KA 3WW6A 1INUA 1D3NA 1SX2A 4W58A 163LA 5KXWA 4LZMA 1GXXA 1C45A 1PS5A 2RH1A 2ZYPA 161LA 4H9BA 2LYZA 4DD9A 4EKPA 5KXNA 1JJ3A 1L95A 4GN5C 3A95A 3PDSA 1L13A 1LHIA 4ML7A 215LA 2XBSA 4WM6A 1IWUA 1L57A 2HEFA 4ETBA 1LPIA 115LA 1GF4A 4HTNA 1FKVA 1LJKA 3A91A 2EQLA 1KIPC 1IC5Y 1C6LA 1GF7A 3HTGA 187LA 1K28A 1IP4A 1VDPA 2A7FA 1CX7A 4I7TA 1KIQC 1UCOA 4LYBA 178LA 1LZBA 4MR1A 1KXYA 4I7LA 1L85A 1UIDA 3C81A 3HTFA 2Z2FA 6LZMA 3SB9A 1IP5A 4KL7A 2H5ZA 3TMWA 3WYHA 3LYMA 3D4SA 5LINA 5J7CA 3LHMA 1GBSA 1T8GA 4H93A 4EOFA 1C64A 5LVKA 2EPEA 1LJJA 1UIBA 223LA 1L28A 1C67A 4PGJB 2EKSC 1CKCA 2RAZX 1WQOA 3QNGA 1XFPL 1C6MA 4LT0A 1HF4A 2Q9DA 252LA 5FSTA 5I5QA 4B4JA 4Z98A 1D9UA 4NGKA 1TDYA 7LZMA 3W6EA 1C6DA 4I0CA 1HEMA 4GCFA 4DQ5A 211LA 3P66A 4EPIA 1L66A 1QUSA 1P37A 3G3VA 148LE 2RBOA 4TWSA 4M6DA 4ZEEA 1REYA 1L89A 1XGRC 3IJUA 1IOTA 1L80A 1L84A 1NBYC 1GB8A 5DN5A 4WG1A 1WQMA 1A2YC 1IOSA 1VEDA 1L81A 5KXPA 1DPXA 1L02A 1LJFA 2Z39A 1GF0A 1L06A 2YBNA 3A34A 1BWJA 1GBXA 1L51A 5I54A 3HUQA 167LA 3TXBA 4ARMA 2LZ2A 4YOPA 1L75A 5KXSA 1GFGA 1IWTA 1YANA 2HECA 4DD3A 137LA 5LAFA 144LA 3IWRA 1C6FA 4H9AA 3AZ4A 1I20A 5KXRA 2LZTA 1F0WA 1YIKA 2QARC 2O4WA 4GN4A 3A93A 3LZMA 191LA 1L54A 2Q9EA 4H9FA 3SB7A 3WU8A 1OUFA 1L88A 4WO9A 3EMSA 1LZ1A 1F6RA 5D5FA 165LA 2HUMA 4LT1A 2CWIA 1L67A 1IX0A 4NGJA 1D3JA 1QIOA 4EKRA 3WMKA 1IWZA 1CV3A 7LYZA 2ANXA 1LI3A 1XGTC 251LA 3GULA 1BVXA 1P6YA 1KXXA 1C6AA 1L62A 1B5VA 1LHKA 3DN0A 1L58A 2BQBA 1L47A 253LA 2YBHA 1LJHA 1HELA 1FKQA 2ZIKA 1OV5A 2MEIA 1ALCA 3L2XA 1VFBC 1OVHA 3HFMY 5ILCA 4QGZA 1LYGA 4HTQA 236LA 1YAQA 4YF2A 2A4TA 4ET9A 4TSCA 1CKGA 3P65A 1TBYA 4HV2A 3TXJA 3C83A 1JEFA 1L92A 139LA 1SQ2L 1IR9A 1PQKA 1LMNA 3RU5A 3QY4A 113LA 135LA 1LYSA 2B70A 3AZ7A 3N9CA 1L26A 1P2RA 1JKDA 4II8A 3OE0A 5APEA 3AW6A 3GUNA 2WARA 1SSWA 3G3BB 1OUDA 111LA 1L35A 3DKEX 3WUNA 1DYDA 1LSGA 2OTYX 1GF3A 1GEZA 4N9RA 1B9OA 2BQAA 122LA 3WPLA 5FEKA 1NKHA 1L65A 4UWNA 2BQKA 1RCMA 120LA 1CKHA 1JKAA 1PQMA 3W6FA 4NHPA 4DWXA 1MLCE 244LA 1GF9A 241LA 1LAAA 3W6CA 1G0JA 2N5ZA 5KXOA 1D3FA 1D9WA 254LA 1PZYA 1L53A 4WLXA 128LA 225LA 188LA 1HERA 177LA 240LA 4W54A 3DN8A 2DQIY 4LZTA 1L0JA 2IHLA 4OWCA 1C68A 1QTZA 5KXTA 1G07A 5F16A 4D9ZA 4NHSA 4R0FA 1DKKA 3HH6A 4I7OA 3WUMA 3HH3A 5LVHA 2W1MA 1LZDA 1LYDA 1QT5A 1OUIA 4OOOA 5F81A 217LA 1LYEA 3JR6A 1LSAA 4Z46A 4GCEA 1UIHA 1VAUA 3HT7A 4YEMA 4MSTA 5IDDA 3B0IA 4KPMA 1L61A 1LPYA 1O23A 2MEGA 1LZGA 3TMUA 3AGIA 1GDWA 1CJ6A 4M4OA 4QEQA 1IVMA 1VDSA 4LYZA 1MELL 2D4KA 1PQIA 1L24A 4ARJA 1IP1A 4N5RA 1BQLY 4DD7A 1GAZA 3DN2A 1EQ4A 4XJFA 1GB5A 1L27A 1L32A 171LA 3AZ6A 200LA 3AGGG 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHH A;  189L A;  4WG7 A;  4B1A A;  1BHZ A;  256L A;  1C66 A;  3LYO A;  3CQL A;  2BQL A;  4G4B A;  1PQJ A;  4RW1 A;  3SB6 A;  3A6C Y;  1L31 A;  2F4G A;  1B5X A;  1L93 A;  2LYM A;  3A92 A;  3V2Y A;  1UIG A;  4DT3 A;  2LCB A;  2HED A;  4B4E A;  3WU7 A;  1QDT A;  5KXX A;  3FE0 A;  1B7P A;  3A94 A;  5LZM A;  1DYC A;  4LFP A;  5KKJ A;  2O79 A;  3AB6 A;  3E3D A;  1YL0 X;  1T6H A;  1HMK A;  1HEW A;  5B06 A;  1SWY A;  125L A;  2DQF C;  230L A;  1IR8 A;  1OWY A;  2G4N A;  1J1O Y;  172L A;  1HEO A;  4WLY A;  4XJD A;  2LZM A;  4LDE A;  1HFX A;  3A3R X;  1L25 A;  1YIL A;  1AKI A;  5KXL A;  1P7S A;  1GFT A;  174L A;  5B05 A;  173L A;  1CV0 A;  1LKS A;  3KAM A;  1TEW A;  5A3Z A;  245L A;  1KW5 A;  1QTH A;  3MGW A;  4H8Y A;  1L10 A;  1LKR A;  1DKJ A;  4I7P A;  4I7K A;  1L01 A;  1C6K A;  3WW6 A;  1INU A;  1D3N A;  1SX2 A;  4W58 A;  163L A;  5KXW A;  4LZM A;  1GXX A;  1C45 A;  1PS5 A;  2RH1 A;  2ZYP A;  161L A;  4H9B A;  2LYZ A;  4DD9 A;  4EKP A;  5KXN A;  1JJ3 A;  1L95 A;  4GN5 C;  3A95 A;  3PDS A;  1L13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LHH A;  189L A;  4WG7 A;  4B1A A;  1BHZ A;  256L A;  1C66 A;  3LYO A;  3CQL A;  2BQL A;  4G4B A;  1PQJ A;  4RW1 A;  3SB6 A;  3A6C Y;  1L31 A;  2F4G A;  1B5X A;  1L93 A;  2LYM A;  3A92 A;  3V2Y A;  1UIG A;  4DT3 A;  2LCB A;  2HED A;  4B4E A;  3WU7 A;  1QDT A;  5KXX A;  3FE0 A;  1B7P A;  3A94 A;  5LZM A;  1DYC A;  4LFP A;  5KKJ A;  2O79 A;  3AB6 A;  3E3D A;  1YL0 X;  1T6H A;  1HMK A;  1HEW A;  5B06 A;  1SWY A;  125L A;  2DQF C;  230L A;  1IR8 A;  1OWY A;  2G4N A;  1J1O Y;  172L A;  1HEO A;  4WLY A;  4XJD A;  2LZM A;  4LDE A;  1HFX A;  3A3R X;  1L25 A;  1YIL A;  1AKI A;  5KXL A;  1P7S A;  1GFT A;  174L A;  5B05 A;  173L A;  1CV0 A;  1LKS A;  3KAM A;  1TEW A;  5A3Z A;  245L A;  1KW5 A;  1QTH A;  3MGW A;  4H8Y A;  1L10 A;  1LKR A;  1DKJ A;  4I7P A;  4I7K A;  1L01 A;  1C6K A;  3WW6 A;  1INU A;  1D3N A;  1SX2 A;  4W58 A;  163L A;  5KXW A;  4LZM A;  1GXX A;  1C45 A;  1PS5 A;  2RH1 A;  2ZYP A;  161L A;  4H9B A;  2LYZ A;  4DD9 A;  4EKP A;  5KXN A;  1JJ3 A;  1L95 A;  4GN5 C;  3A95 A;  3PDS A;  1L13 A; 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