1LYFA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVISKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyfA00
1L97A 1LGXA 3JR6A 1L71A 1C6IA 3DKEX 3SB5A 2B6ZA 3GUMA 3HUQA 142LA 1L44A 1L15A 1PQKA 141LA 182LA 1L74A 119LA 233LA 2QARC 187LA 1L84A 1L37A 4ARLA 1C6JA 1L90A 1T8FA 3K2RA 1C6KA 3RZEA 148LE 1QS9A 177LA 1C61A 1CU5A 130LA 2RAZX 1L08A 1L07A 1OWZA 201LA 1CU3A 1L32A 3DN1A 3GUOA 215LA 1L52A 1CV1A 2OU8A 217LA 3GUIA 1C6AA 4ZPUA 2B73A 122LA 173LA 213LA 2LZMA 156LA 3RUNA 1I6SA 262LA 4DKLA 1L60A 2OE4X 1L46A 1L50A 2QB0B 3GUKA 1OVHA 2CUUA 1L23A 211LA 246LA 3L2XA 1LI6A 1L26A 127LA 162LA 1L35A 3QAKA 2RBRA 1L73A 4PJZA 1C6PA 111LA 3FA0A 228LA 2O7AA 1KNIA 1L24A 2RBSA 1LWGA 230LA 1PQDA 1L39A 1C69A 3HT9A 4EJ4A 227LA 144LA 2O4WA 1SX7A 4I7OA 3HDEA 180LA 1LI3A 109LA 3HWLA 4ARQA 3CDVA 1KY0A 2OU0X 1OV7A 1G06A 1ZWNA 171LA 1P7SA 1PQJA 2Q9EA 245LA 107LA 1L0JA 3HH4A 199LA 3F8VA 1LPYA 3GUJA 1L87A 1QUGA 4ARQB 1PQIA 143LA 1NHBA 1T6HA 2B6YA 4AQNA 200LA 4ARMA 146LA 2ANVA 1G1VA 223LA 137LA 1L79A 259LA 1LGWA 3FADA 4DJHA 1L69A 1QUDA 1C66A 145LA 195LA 1C6FA 244LA 1C6CA 4GBRB 1L63A 1L72A 3DN6A 3SB7A 3CDQA 1L31A 1PQOA 3SBAA 1L57A 218LA 1OWYA 1L64A 186LA 4ARMB 1T8AA 4I7PA 2LC9A 1L18A 1L48A 3C8QA 118LA 1L88A 1CV6A 1L51A 4W59A 191LA 1DYAA 3OE0A 3LZMA 1G0LA 1ZYTA 1D3MA 3C80A 3G3VA 1QT6A 238LA 3C7WA 3G3WA 3DN4A 3HTGA 174LA 1CV3A 1C6NA 1L16A 1QTCA 3HT8A 1L61A 3NYAA 1ZURA 168LA 1C6TA 2B6XA 2B6TA 1L86A 3DMVA 4K5YA 129LA 131LA 1L05A 1CTWA 4EPFA 2L78A 1L29A 2F32A 3EMLA 160LA 2B7XA 1D3NA 3DN3A 3VW7A 1P37A 1JTMA 1C6QA 147LA 1P2RA 1G0JA 1QUHA 165LA 3C81A 155LA 240LA 3DN2A 4E97A 1P5CA 1L12A 3HU9A 2OE7X 1C6DA 184LA 2ANXA 3HT6A 1G0PA 5LZMA 2RBQA 4EKSA 1L43A 1C63A 3CDOA 3PBLA 1G07A 4EKRA 242LA 4YX7C 112LA 163LA 3OE9A 157LA 4LDOA 2OU9A 258LA 2B6WA 1L25A 212LA 214LA 4EXMA 1L33A 196LA 1QTBA 3GULA 236LA 3DNAA 209LA 210LA 175LA 234LA 2NTHA 140LA 1SSYA 1G1WA 4W54A 1CUQA 1QT5A 3OE8A 1QSQA 108LA 254LA 151LA 1LYIA 4YXAC 205LA 2OTZX 1L13A 3PDSA 252LA 1KW7A 1C65A 158LA 185LA 2B75A 1C62A 3SB9A 1G0KA 1D9WA 4EPIA 1L34A 3SB8A 150LA 1P3NA 1LYFA 248LA 2F47A 2RB0X 3GUPA 4DAJA 1L06A 1G0MA 1QUOA 3G3XA 3GUNA 3F9LA 115LA 3HUKA 1L02A 4I7KA 1XEPA 3CDTA 4LDLA 1B6IA 219LA 188LA 1L10A 1L91A 2IGCA 138LA 4ARPA 1XJTA 1DYCA 2RBNA 1L75A 1CUPA 189LA 2Q9DA 1D2YA 1L77A 1L47A 1C6MA 1L56A 1WTHA 4I7LA 1L54A 178LA 4W51A 3DN0A 3NY8A 120LA 161LA 1PQMA 6LZMA 247LA 249LA 2B70A 110LA 1L14A 3NY9A 1DYDA 1L40A 256LA 2RBOA 3HH5A 190LA 222LA 237LA 2RAYX 1L95A 1L76A 1LYEA 3HU8A 1C67A 1KW5A 3C8SA 170LA 1L62A 243LA 1L27A 216LA 3CDRA 1L82A 3HH6A 1T8GA 3HDFA 102LA 1SSWA 149LA 3SB6A 1L20A 2RB1X 152LA 4W52A 4W53A 159LA 2LCBA 1C6HA 1L55A 1L38A 1QTDA 225LA 220LA 2RBPA 232LA 2O79A 1C6EA 4W55A 3ODUA 3DN8A 4W57A 2NTGA 1C64A 1OVJA 2OTYX 2B72A 1L99A 1L04A 1P64A 4ARJA 197LA 126LA 224LA 2HUMA 3L64A 1CX6A 250LA 1D2WA 1CX7A 1QS5A 166LA 1L96A 1LGUA 1QTVA 1SWZA 1L89A 1CVKA 3HT7A 3SN6R 1L80A 3C82A 2HUKA 3V2YA 4W58A 2OE9X 183LA 229LA 226LA 1LWKA 1L0KA 2RH1A 1L94A 1DYFA 1L59A 239LA 176LA 1L93A 1QT3A 1SWYA 123LA 1C68A 1JTNA 1L49A 231LA 4W56A 1TLAA 1L36A 4LDEA 1CU6A 3C7ZA 128LA 4I7SA 1D3JA 1OV5A 1L19A 2B74A 167LA 3C83A 260LA 1L21A 1OYUA 206LA 3OE6A 235LA 4I7JA 4I7MA 1KY1A 1L03A 172LA 1QTZA 1CU2A 3FI5A 181LA 3C7YA 3D4SA 4EKPA 1C6LA 4IAPA 1L22A 1LYDA 164LA 3HTBA 3HUAA 1C6BA 1CV0A 1DYBA 1K28A 1LI2A 1LYHA 1CV4A 1QT7A 3UONA 1XJUA 125LA 4I7TA 1L65A 1L53A 5I14A 3DMXA 103LA 4I7QA 253LA 2A4TA 1QSBA 1P6YA 4YXCA 241LA 1T97A 221LA 1L00A 1L42A 1L81A 1LLHA 139LA 1CV5A 1DYEA 1DYGA 1KS3A 1L67A 192LA 1JQUA 1P2LA 1C6GA 1QT4A 1SX2A 257LA 1L41A 1P56A 3C8RA 1L58A 1OVKA 261LA 4EKQA 1LYJA 4S0WA 1C60A 2OEAX 4LZMA 1EPYA 4OO9A 251LA 1L01A 3HTFA 1L70A 2Z6BA 4GRVA 1L68A 104LA 1QT8A 4PK0A 1G0QA 113LA 1L45A 3HTDA 1L98A 169LA 3SBBC 114LA 1QTHA 2F2QA 1L28A 1L92A 1CU0A 1P36A 2HULA 1L66A 1LW9A 3HH3A 1P46A 4I7RA 7LZMA 2RB2X 1D3FA 1L30A 1L17A 4I7NA 3DMZA 3V2WA 1L83A 1L09A 1L85A 1L11A 1LYGA 255LA 198LA 1G0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L97A 4LYOA 2BQCA 5LA8A 4HV1A 3CSRA 3GUMA 2DQAA 142LA 1L44A 1LZSA 2ZNWY 4ARLA 1C6JA 2D4KA 3TMWA 4GN3A 1IR8A 148LE 4BAFA 177LA 1LMQA 5T3FA 1BHZA 1BWHA 130LA 2RAZX 1L08A 201LA 1L32A 4U3XB 1IP5A 4TTDA 1CV1A 2OU8A 3P65A 5LVIA 1P2CC 4ZPUA 2B73A 3RUNA 1I6SA 4H9EA 5JENB 194LA 3LHMA 2CUUA 1XEJA 2DBTA 1L23A 1BGIA 4H94A 4NGOA 3L2XA 1PS5A 1L26A 1VDSA 2IHLA 1FKVA 1L73A 1YKXX 1UCOA 2BQAA 3A6BY 5HNLA 1HFXA 111LA 1OUDA 1CNSA 228LA 2Z12A 4IJ4A 1YKYX 2HEEA 154LA 1JHLA 2DQFC 1B9OA 3HT9A 2ZYPA 3TMXA 3AZ4A 4BAPA 227LA 1F0WA 3B0IA 144LA 2HEFA 4ETCA 1CJ9A 4I7OA 1JISA 3TXEA 1GB7A 109LA 3HWLA 3ULRA 3CDVA 4CFPA 4OOTA 2LYOA 3CQLA 1RI8B 3AW7A 2OU0X 4TUNA 1G06A 3RNXA 1P7SA 245LA 1BB7A 2Z2FA 4ARQB 1L87A 1G7HC 143LA 1DI5A 1NHBA 4ARMA 1GFVA 1GBYA 137LA 1LGWA 5APFA 145LA 195LA 244LA 1L63A 1L72A 3DN6A 4NGJA 3SB7A 3CDQA 1LSZA 1L57A 1IWZA 134LA 1C43A 1L18A 3C8QA 1LJKA 1QUSA 118LA 1L88A 4Z41A 4W59A 5LAGA 1DYAA 2XTHA 4GN5C 1LJJA 1ZYTA 2YBJA 3G3VA 4N5RA 4GCCA 1IC7Y 1FLQA 1DI4A 5LAFA 2C8PA 1C6NA 1QTCA 2BQMA 168LA 2B6XA 5HMJA 1L86A 1O23A 3A96A 1GE4A 4PPOA 2F32A 4B4EA 3EMLA 1IWYA 1JJ3A 1GB0A 1LMOA 4DQ7A 4H9IA 1C6QA 1P2RA 240LA 3W6BA 1GHLA 1P5CA 1L12A 3TXHA 5LZMA 4WL7A 1HFYA 1NMMA 242LA 4E3UA 157LA 1GFAA 4WM6A 4H1PA 2A7FA 4XJHA 2NWDX 1L25A 1GAYA 2HU1A 2DKVA 3OJPA 2MEEA 4EXMA 3CT0A 1LYYA 210LA 3RZ4A 4W54A 1G1WA 1WQMA 3OE8A 5IHGA 4WM4A 254LA 1LYIA 5APDA 205LA 252LA 158LA 5KXPA 3TMUA 3SB9A 2ZIKA 1D9WA 1P3NA 2XJWA 1LYFA 248LA 2F47A 1L06A 4LYMA 5C6LA 115LA 1XEPA 1B5XA 1LYOA 1L10A 1L91A 4NSHA 1GAZA 2IGCA 4NHSA 1B5YA 4DD7A 4ARPA 4P2EA 189LA 2HEBA 1L77A 1AM7A 1L56A 3B0OA 4LYCA 3SP3A 1L54A 4G9SA 2BLXA 4XJGA 3LYZA 2DQHY 4ETAA 1UICA 3WH1A 2A7DA 1OUCA 1EQ4A 2DQGY 237LA 3BKVA 2H9KA 1L95A 1IWUA 2C8OA 1LYEA 4HP0A 3C8SA 1DKKA 2EPEA 5L9JA 3CDRA 3HH6A 5LYTA 1HEPA 1IVMA 1T8GA 3HDFA 4ET8A 193LA 1SSWA 3SB6A 1BVKC 1L20A 1LSBA 2RB1X 4NEBA 4W53A 5KXTA 1C6HA 1GF3A 1QTDA 5F9UA 225LA 3WW6A 2O79A 1OUEA 4W55A 4W57A 1C64A 3A90A 3FE0A 3D9AC 1L04A 1P64A 5KXOA 4MCKA 1YL0X 133LA 2HUMA 3L64A 1LZDA 3P66A 2LYMA 250LA 1D2WA 1QS5A 1L96A 2B5ZA 2HTXA 1QTVA 4Z3MA 1L89A 4LGKA 1CVKA 4AGAA 3WUNA 3B72A 3HT7A 3C82A 4PJ2C 2OE9X 1YIKA 5B07A 3P64A 4WO9A 1GE1A 1GBWA 1KXWA 1DYFA 4ZEEA 3MGWA 4O34A 1L93A 1QT3A 3M3UA 3CT5A 1C68A 231LA 4CHXA 1CJ8A 1WVUA 4LYZA 2YBMA 1D3JA 4ML7A 4DD2A 2BQDA 1L21A 1XEKA 2D4IA 3WMKA 4I7MA 172LA 181LA 1XGTC 3C7YA 1C46A 4EKPA 1UACY 1QIOA 4LT3A 1GF8A 1CV0A 1DYBA 1LYHA 1H6MA 4XJBA 4I7TA 1L65A 1L53A 4QEQA 3WXTA 5I14A 4ETBA 241LA 1T97A 3B0KA 1B7RA 1LZ4A 1LLHA 1FDLY 3OK0A 1QDTA 5FCPA 1CV5A 1DYEA 1L67A 3RU5A 1F10A 1HEMA 5HQ1A 4S0WA 4LZMA 4UWUA 4WL6A 3TXKA 1LHLA 1W6ZA 1IP1A 2Z6BA 4GRVA 1L68A 3HTDA 2F2QA 1XEIA 1G7JC 1L66A 1NQIA 7LZMA 1IOCA 1LZGA 3DMZA 1UIFA 1L09A 4TWSA 1GWDA 1IX0A 4WMGA 1L71A 1C6IA 3DKEX 5KJ9A 3AGGG 3T6UA 1B5VA 5K7OA 1EQ5A 1PQKA 182LA 233LA 1L84A 1LSFA 1L90A 1T8FA 3K2RA 5LYMA 1UIBA 1C6KA 3WYHA 4Z46A 2RSCA 1WQOA 1CU5A 2ZNXY 1JKAA 1L07A 3DN1A 3GUOA 1QUTA 1GDWA 4NWHA 2CWIA 122LA 173LA 2Z38A 5I5QA 262LA 4DKLA 4EOFA 3TXIA 2OE4X 1L46A 1YAPA 2ZQ3A 1OVHA 1B7QA 1YROA 2BQLA 127LA 162LA 1BQLY 2ZWBA 4NWEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L97 A;  4LYO A;  2BQC A;  5LA8 A;  4HV1 A;  3CSR A;  3GUM A;  2DQA A;  142L A;  1L44 A;  1LZS A;  2ZNW Y;  4ARL A;  1C6J A;  2D4K A;  3TMW A;  4GN3 A;  1IR8 A;  148L E;  4BAF A;  177L A;  1LMQ A;  5T3F A;  1BHZ A;  1BWH A;  130L A;  2RAZ X;  1L08 A;  201L A;  1L32 A;  4U3X B;  1IP5 A;  4TTD A;  1CV1 A;  2OU8 A;  3P65 A;  5LVI A;  1P2C C;  4ZPU A;  2B73 A;  3RUN A;  1I6S A;  4H9E A;  5JEN B;  194L A;  3LHM A;  2CUU A;  1XEJ A;  2DBT A;  1L23 A;  1BGI A;  4H94 A;  4NGO A;  3L2X A;  1PS5 A;  1L26 A;  1VDS A;  2IHL A;  1FKV A;  1L73 A;  1YKX X;  1UCO A;  2BQA A;  3A6B Y;  5HNL A;  1HFX A;  111L A;  1OUD A;  1CNS A;  228L A;  2Z12 A;  4IJ4 A;  1YKY X;  2HEE A;  154L A;  1JHL A;  2DQF C;  1B9O A;  3HT9 A;  2ZYP A;  3TMX A;  3AZ4 A;  4BAP A;  227L A;  1F0W A;  3B0I A;  144L A;  2HEF A;  4ETC A;  1CJ9 A;  4I7O A;  1JIS A;  3TXE A;  1GB7 A;  109L A;  3HWL A;  3ULR A;  3CDV A;  4CFP A;  4OOT A;  2LYO A;  3CQL A;  1RI8 B;  3AW7 A;  2OU0 X;  4TUN A;  1G06 A;  3RNX A;  1P7S A;  245L A;  1BB7 A;  2Z2F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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