1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
3UONA 3VW7A 1OWZA 1L41A 1P5CA 4I7OA 3HWLA 4I7LA 1L91A 1LYHA 3GULA 1C64A 4W55A 2B6WA 1G0MA 1L20A 1XJTA 3HTGA 129LA 1G07A 2OTZX 1CX7A 3SB5A 1L22A 1QS5A 1L07A 1DYCA 3V2WA 1C61A 1L26A 1L92A 1DYDA 1QUGA 4YXAC 144LA 221LA 1CU3A 212LA 1C60A 1C6TA 253LA 1L06A 1C69A 1L29A 4YXCA 1C6PA 1L03A 1P37A 3C83A 180LA 1SX7A 3HT8A 1PQDA 229LA 191LA 2Q9EA 1L74A 141LA 3HH5A 3HUQA 1L49A 1LYGA 1L57A 1L10A 5LZMA 1L82A 1OV5A 1QTDA 1L18A 103LA 1L36A 120LA 1DYBA 1L02A 4DAJA 1L53A 3GUOA 4W52A 125LA 235LA 1KW5A 1L14A 1QSQA 4PK0A 159LA 138LA 1C6BA 187LA 251LA 246LA 1G06A 4IAPA 1G0KA 1L88A 223LA 2O7AA 177LA 1ZYTA 1L04A 4DKLA 3HTBA 1L48A 209LA 1L05A 1C6MA 3SBBC 4EXMA 1L98A 1G1VA 172LA 4EPFA 3HUKA 4GBRB 1L85A 1L94A 1L67A 1LGWA 1C68A 2NTHA 2L78A 3HU8A 1QT5A 3HT9A 1D3MA 217LA 2O4WA 4EKPA 1TLAA 4W59A 163LA 157LA 2OU8A 1SSWA 1L60A 252LA 1CUQA 2RAZX 140LA 199LA 1NHBA 2B74A 1T8FA 228LA 3CDVA 4EKSA 110LA 1SWZA 3HH6A 2CUUA 1L0KA 2RB0X 1C6IA 150LA 262LA 3HUAA 222LA 1L71A 7LZMA 1L79A 151LA 152LA 2RBNA 1I6SA 4W53A 1L0JA 1L12A 220LA 3QAKA 1OWYA 1QT6A 245LA 142LA 3FA0A 1L35A 1L62A 1L01A 4ARQA 3DN2A 197LA 2OE4X 3G3VA 201LA 1L73A 1C6KA 3PBLA 4GRVA 2F2QA 1L45A 232LA 4ARJA 2F47A 1C6LA 1KS3A 1D3JA 1C62A 6LZMA 1L00A 1LWGA 3C7ZA 1L81A 2HUMA 1QS9A 4ARMB 3DN8A 1P36A 219LA 1L28A 1OVJA 1C6CA 3OE6A 1C63A 3L64A 3JR6A 249LA 174LA 2HULA 148LE 1JQUA 3DN1A 1PQKA 3HDEA 1L39A 1B6IA 1T8GA 4I7KA 1QTBA 131LA 2ANXA 2B75A 1L11A 4AQNA 1L17A 1C6JA 1G0JA 2Q9DA 1L87A 114LA 175LA 1L97A 162LA 1L52A 3GUNA 2RBOA 2Z6BA 4ARPA 1DYFA 173LA 1KY1A 155LA 239LA 3CDOA 198LA 104LA 227LA 4S0WA 3DKEX 1K28A 1L89A 182LA 3V2YA 118LA 168LA 1P2LA 2RH1A 1XJUA 1LYJA 242LA 2B72A 3HTFA 4W51A 4DJHA 1CU0A 3SB8A 156LA 1D2YA 2LC9A 237LA 1L50A 192LA 2OEAX 2QARC 183LA 3OE9A 1CV4A 243LA 1P3NA 2RBQA 139LA 3NY8A 108LA 1LYEA 1CU5A 1QSBA 1L58A 1OVHA 2OTYX 1OVKA 1L51A 4I7QA 261LA 1L96A 1T6HA 3SB9A 3C7WA 3DN6A 1L90A 1DYAA 1CV3A 1P2RA 127LA 2QB0B 1D3FA 1PQOA 1LYDA 3ODUA 1QT3A 2B7XA 1L55A 1L31A 1L84A 2RB1X 2ANVA 1L21A 1QT7A 1ZURA 218LA 1QTCA 3CDRA 2B6TA 1L30A 1EPYA 3DN3A 1L70A 241LA 112LA 188LA 4YX7C 3DN4A 3HTDA 1L16A 1G0PA 2RB2X 2OE7X 4I7TA 1L09A 200LA 213LA 1L72A 1L23A 2A4TA 4W57A 260LA 3GUIA 248LA 1QT8A 122LA 3DMVA 1CU6A 4ZPUA 4PJZA 2O79A 3CDTA 1LYIA 1P46A 3DN0A 2RBPA 160LA 1P7SA 113LA 3RUNA 1CX6A 1L25A 109LA 1L08A 1D3NA 1L59A 1L46A 1G1WA 4W58A 3SB7A 1L68A 1L80A 1QUHA 215LA 2LCBA 1CTWA 1L33A 165LA 167LA 1L40A 1QT4A 4I7MA 1L65A 195LA 1CV0A 1DYEA 3G3WA 230LA 1CV5A 1QTZA 211LA 176LA 1L69A 1LPYA 2RAYX 1C6HA 4K5YA 1L83A 3FI5A 1L43A 4ARLA 1LI2A 3FADA 1QUOA 254LA 1LI3A 146LA 119LA 205LA 4OO9A 1CV1A 3SB6A 1L15A 1KNIA 1LWKA 1PQIA 158LA 1D2WA 234LA 3OE8A 1L19A 1L93A 3HH4A 3LZMA 257LA 3C7YA 1OYUA 2HUKA 5I14A 1L13A 1C67A 166LA 3C8SA 4I7SA 145LA 1L42A 255LA 258LA 4ARMA 4EKRA 1C65A 1JTNA 2B6XA 161LA 4LDOA 1LYFA 1CV6A 181LA 1QTVA 1T97A 4I7JA 1L66A 1L24A 102LA 244LA 2NTGA 4I7PA 1L64A 3C82A 3PDSA 1P6YA 1T8AA 2RBSA 2OU0X 189LA 1D9WA 2RBRA 137LA 1L61A 3HH3A 3L2XA 1L56A 1L47A 143LA 3GUKA 3G3XA 2OU9A 3DMXA 3HT6A 3NYAA 1DYGA 233LA 1L63A 147LA 2B6YA 1P56A 236LA 2OE9X 225LA 3OE0A 4ARQB 2IGCA 190LA 1L75A 196LA 3EMLA 1L76A 1LLHA 3C8RA 3F8VA 4EPIA 1QUDA 1C6FA 1L99A 1XEPA 4W56A 1L86A 1LW9A 1SX2A 3HT7A 126LA 1L95A 1WTHA 1SWYA 3SN6R 1CVKA 3K2RA 3RZEA 2B73A 1QTHA 1L38A 256LA 206LA 3C81A 240LA 1PQMA 238LA 1CU2A 4EKQA 4E97A 3CDQA 128LA 1LI6A 1L44A 1C6EA 259LA 1L77A 1KY0A 4LZMA 1G0GA 115LA 2B70A 4LDEA 1L34A 1P64A 1C6NA 3GUMA 1CUPA 2LZMA 3C80A 1L32A 4I7NA 3GUPA 226LA 2B6ZA 250LA 170LA 4W54A 210LA 164LA 3DMZA 169LA 1G0QA 247LA 184LA 130LA 4I7RA 107LA 185LA 186LA 1ZWNA 111LA 3HDFA 1L37A 178LA 149LA 1C6DA 224LA 3D4SA 2F32A 1LGUA 1L27A 3F9LA 3HU9A 123LA 1C6GA 1SSYA 3GUJA 1JTMA 3DNAA 3NY9A 4EJ4A 4LDLA 1C66A 216LA 3SBAA 3C8QA 1L54A 1C6AA 231LA 214LA 1OV7A 1KW7A 1LGXA 1PQJA 1G0LA 1C6QA 171LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UONA 5APFA 3VW7A 4LZTA 5LA5A 1L41A 1IO5A 3A96A 4I7LA 1GB5A 2DQHY 1BHZA 3GULA 3AB6A 1JSEA 4HTNA 3WMKA 1GB8A 4LT0A 3RNXA 3HTGA 1L20A 1HMKA 2EKSC 1REZA 1L22A 1L26A 2YBNA 1CU3A 1C69A 1L03A 1P37A 5I53A 1PQDA 5AMYA 191LA 4NG1A 5KXLA 3HFMY 3HH5A 2Z2EA 1B5YA 4PRQA 1L82A 1L02A 3GUOA 1JEFA 2C8PA 2EQLA 1WQMA 1KW5A 3ZVQA 4GCDA 1ZV5L 2MEDA 138LA 2YVBA 187LA 251LA 1LOZA 223LA 2O7AA 177LA 4NHTA 4WM3A 3A3QA 4DKLA 1L05A 3SBBC 3WH1A 2DQJY 1OUDA 5A3EA 4L41A 4GBRB 4NGOA 2Y8PA 3TXKA 1L67A 2B5ZA 1JUGA 1FN5A 4EKPA 1HEQA 1JISA 3RZ4A 1BB7A 1B7NA 1WQNA 4WG1A 3A6BY 157LA 4NEBA 3GXKA 4G4HA 4H8ZA 5F9UA 4BADA 140LA 1T8FA 1HMLA 1XEKA 2MEGA 3CDVA 1SWZA 1AT6A 1L0KA 1QDRA 1IOQA 2VB1A 4A7DA 262LA 4N0JA 1L71A 1L79A 152LA 4OOOA 4NHQA 3LYOA 4C5FA 4N1CC 4HJVA 4KT3A 4NGYA 1L62A 1L01A 1L73A 1C6KA 5HQ1A 3TXEA 232LA 2BQNA 4ARJA 5EBHA 4B49A 2F47A 1C6LA 1XEIA 1KS3A 5KXTA 135LA 5IHGA 1INUA 1GE3A 6LYTA 2D4KA 1YROA 4YEOA 4ARMB 3DN8A 1P36A 1AT5A 4WG7A 219LA 4NGVA 1L28A 1C6CA 1LZEA 2YDGA 2W1MA 3JR6A 1EQ4A 1IP4A 5HMVA 148LE 1JQUA 1PQKA 1T8GA 1LYSA 1B5VA 2ANXA 1IWVA 1GF7A 1AM7A 1G0JA 1LJJA 2Q9DA 3CSZA 1J1XY 4M6DA 4PPOA 1L97A 5LYMA 4XJHA 1B5UA 2Z6BA 1KY1A 4OWCA 1W08A 3WVYA 227LA 4S0WA 3AZ7A 3V2YA 1UICA 168LA 2ZIJA 5L3HA 1CU0A 3SB8A 156LA 1D2YA 1DI5A 1VAUA 192LA 1WTMA 2PC2A 183LA 1DPWA 3OE9A 5HNLA 1P3NA 139LA 5KXWA 4LFPA 108LA 4Z3MA 4R6CA 1CU5A 3B72A 1XGQC 1L58A 3W6EA 4J0LA 4ZEEA 5LYZA 1QSAA 1T6HA 3WUNA 3DN6A 1L90A 1DYAA 1P2RA 2FBBA 2MEBA 3A6CY 1JWRA 1NF5A 2B7XA 2ANVA 3LN2A 5DN4A 1D0LA 2N5ZA 1OUGA 2B6TA 4ETBA 1EPYA 2XBSA 1UBZA 3DN3A 1B7SA 2BPUA 4QGZA 1B7PA 1G7JC 3ATNA 1LSNA 112LA 1HENA 3DN4A 1KIRC 4J7VA 5LVGA 1G0PA 2Q0MX 2RB2X 4B0DA 2OE7X 3OJPA 213LA 4DD2A 1D6QA 4BS7A 1ZMYL 260LA 3TMXA 1JKBA 4DD9A 1QT8A 4HV2A 4XYYA 3DMVA 1LZ9A 4PJZA 5E4PA 4Z98A 194LA 4DD3A 2RBPA 160LA 4YEMA 1CX6A 1D3NA 3WPKA 1L59A 1G1WA 3TXIA 215LA 4LYMA 4HJZA 5IELA 4I7MA 195LA 1CV0A 4GN4A 1GF8A 134LA 4NIJA 1FKVA 4N8ZA 154LA 5B05A 4ARLA 3CQLA 5LAFA 119LA 4OO9A 1LSFA 3SB6A 4H9CA 2XJWA 4NSIA 4H8YA 4HTQA 1YAQA 3IWRA 1G7LC 3B0OA 2A7DA 1FBIX 1V7SA 1D2WA 234LA 4CGEA 1SQ2L 2NWDX 3HH4A 257LA 4XJGA 4HV1A 2BQEA 1C67A 3TXFA 1GD6A 145LA 1LHLA 1IP7A 4ARMA 2BQMA 1C65A 4WM2A 4NG8A 1VDTA 4I7JA 4LFXA 1GFGA 1L64A 3PDSA 5HMJA 4NWEA 2BLYA 2OU0X 4OWBA 2HUBA 2X0AA 3DMXA 3HT6A 3NYAA 8LYZA 1HEPA 1L63A 3WVXA 5I4YA 5LAGA 1YQVY 3CT1A 1IVMA 3CSQA 1P56A 3W6BA 1UIFA 1LZ4A 1LZCA 1HFXA 225LA 2IGCA 1IIZA 196LA 2H9JA 4LT2A 1C6FA 4RLMA 1Z55A 3WPLA 4FJRA 126LA 1L95A 3K2RA 2Z19A 1QTHA 206LA 1WQRA 240LA 1LHMA 2I26L 238LA 1CU2A 3CDQA 1LI6A 2F4AA 5FELA 1L77A 3A8ZA 2BQCA 4LDEA 3EO5A 3W6DA 1LJIA 1LJNA 1B5WA 3C80A 1L32A 2DQDY 3J4GA 4I7NA 226LA 4QDNA 4W54A 164LA 1LZ1A 5KXSA 5M1YA 4N1EI 1ZWNA 1L37A 4LYOA 5KXYA 149LA 1C6DA 3D4SA 4XJBA 4AGAA 1T3PA 1YKXX 3GUJA 1JTMA 2BQDA 4C3WA 1FLUA 214LA 4OWEA 2F2NA 1RFPA 1GFRA 1WVVA 171LA 1TEWA 1BB6A 1DKJA 1DI4A 1OWZA 1JITA 2YBIA 2CDSA 4OWAA 1QTEA 2B6WA 2ZQ4A 129LA 1G07A 3SB5A 1GE0A 1DYCA 3VWOA 2D6BA 1DYDA 4YXAC 4CHXA 1C60A 1C6TA 1CJ9A 253LA 4YXCA 1C6PA 1SX7A 5DN5A 1F6SA 1REYA 1IWXA 1V7TA 1OQMA 5K7OA 3HUQA 133LA 1L49A 1LYGA 4GN3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UON A;  5APF A;  3VW7 A;  4LZT A;  5LA5 A;  1L41 A;  1IO5 A;  3A96 A;  4I7L A;  1GB5 A;  2DQH Y;  1BHZ A;  3GUL A;  3AB6 A;  1JSE A;  4HTN A;  3WMK A;  1GB8 A;  4LT0 A;  3RNX A;  3HTG A;  1L20 A;  1HMK A;  2EKS C;  1REZ A;  1L22 A;  1L26 A;  2YBN A;  1CU3 A;  1C69 A;  1L03 A;  1P37 A;  5I53 A;  1PQD A;  5AMY A;  191L A;  4NG1 A;  5KXL A;  3HFM Y;  3HH5 A;  2Z2E A;  1B5Y A;  4PRQ A;  1L82 A;  1L02 A;  3GUO A;  1JEF A;  2C8P A;  2EQL A;  1WQM A;  1KW5 A;  3ZVQ A;  4GCD A;  1ZV5 L;  2MED A;  138L A;  2YVB A;  187L A;  251L A;  1LOZ A;  223L A;  2O7A A;  177L A;  4NHT A;  4WM3 A;  3A3Q A;  4DKL A;  1L05 A;  3SBB C;  3WH1 A;  2DQJ Y;  1OUD A;  5A3E A;  4L41 A;  4GBR B;  4NGO A;  2Y8P A;  3TXK A;  1L67 A;  2B5Z A;  1JUG A;  1FN5 A;  4EKP A;  1HEQ A;  1JIS A;  3RZ4 A;  1BB7 A;  1B7N A;  1WQN A;  4WG1 A;  3A6B Y;  157L A;  4NEB A;  3GXK A;  4G4H A;  4H8Z A;  5F9U A;  4BAD A;  140L A;  1T8F A;  1HML A;  1XEK A;  2MEG A;  3CDV A;  1SWZ A;  1AT6 A;  1L0K A;  1QDR A;  1IOQ A;  2VB1 A;  4A7D A;  262L A; 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