1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
199LA 1OWYA 1LLHA 1CU3A 235LA 2LZMA 3V2WA 126LA 1P64A 222LA 115LA 3PDSA 4EKRA 1KS3A 1C6BA 3DMXA 1QT8A 252LA 214LA 3CDQA 161LA 1C6AA 3C80A 5LZMA 1P2LA 4EXMA 4DJHA 1OV5A 1LGUA 3GUPA 1L56A 1PQOA 145LA 243LA 212LA 4EKQA 1L55A 114LA 3D4SA 1L18A 4W57A 1QT3A 1L59A 257LA 1LI6A 192LA 4ARQA 2B7XA 2QB0B 1L0KA 1PQMA 4W54A 1QTZA 1SWYA 1C62A 3SB9A 1L99A 2OU8A 173LA 3C8SA 2Q9DA 1LGWA 4EPIA 1G1WA 4ARPA 4ZPUA 146LA 176LA 221LA 2B6WA 2IGCA 1QS9A 2O7AA 3SN6R 2RB1X 3HTDA 3PBLA 108LA 3HT6A 164LA 1L67A 3OE6A 4ARLA 1L32A 1L07A 4W52A 3DN4A 169LA 3HUQA 2B73A 226LA 3HH3A 1L73A 3DN6A 186LA 1L51A 260LA 1L70A 1L47A 247LA 3C7ZA 3UONA 1L15A 141LA 155LA 1L91A 4I7RA 1DYEA 1L93A 3GUNA 1C6EA 238LA 4W56A 1LYEA 258LA 1L45A 231LA 3QAKA 2O79A 1L62A 3HUAA 184LA 102LA 1P36A 177LA 3DMZA 1P37A 4EKPA 185LA 1ZYTA 1L76A 2RAYX 3HTGA 107LA 171LA 151LA 1L98A 1T8GA 4I7LA 7LZMA 1DYBA 3L64A 3SB8A 1L53A 228LA 1QS5A 4W51A 1QSBA 1C6CA 3FA0A 131LA 2OE4X 254LA 4EJ4A 237LA 2HUKA 3C7YA 137LA 4ARJA 2LC9A 205LA 1C6JA 1G0PA 1L23A 1JQUA 1QUHA 4IAPA 2RBNA 1LYFA 1QUDA 1SX2A 3V2YA 2QARC 111LA 4GRVA 1L46A 1B6IA 3C81A 104LA 130LA 1L61A 1PQIA 1JTNA 144LA 3HH5A 4LDOA 149LA 1L58A 4YX7C 3CDOA 2A4TA 3NY9A 2RBQA 109LA 223LA 3K2RA 1L86A 2NTGA 4W58A 1P5CA 3HT7A 180LA 4I7SA 1CV6A 1L94A 1L05A 1ZWNA 1CU6A 3HT9A 1G0GA 1G0LA 3LZMA 166LA 167LA 1LYGA 2B75A 162LA 211LA 1QUGA 2RBRA 3HT8A 1L13A 174LA 1CX6A 4S0WA 1L64A 3SBBC 2F32A 4LDEA 1L80A 143LA 1C67A 1KY1A 2RBOA 1L21A 2B70A 213LA 2OE9X 1L50A 1L02A 3DMVA 6LZMA 1L39A 4LZMA 1CUQA 1C6NA 3ODUA 1L41A 4DKLA 3JR6A 1L33A 239LA 246LA 152LA 1G0MA 1QT7A 4PJZA 1CX7A 1QT4A 262LA 1KY0A 1T8AA 2CUUA 2OTZX 1LYIA 4I7MA 201LA 138LA 1QTBA 1C65A 1LYJA 1SWZA 195LA 3SB6A 1L77A 112LA 1JTMA 2ANXA 1XJTA 1L95A 2F47A 1L14A 1P46A 4I7OA 1C6KA 3FI5A 1L84A 1DYGA 2B6XA 122LA 217LA 1G0QA 236LA 1L68A 215LA 3SBAA 1T6HA 2OTYX 2L78A 1C6TA 1SSYA 2B72A 3GUOA 1L40A 2OU9A 1LGXA 1C6DA 3CDRA 190LA 1L04A 1PQDA 3HU8A 3HDFA 1DYCA 1CVKA 1LWKA 1QT6A 2B6TA 2RB0X 3C7WA 2HULA 2LCBA 3C83A 3CDTA 245LA 4I7NA 232LA 1CV0A 1CUPA 1L96A 2RH1A 150LA 2Z6BA 1LI3A 1G07A 2Q9EA 3DKEX 156LA 1LW9A 1QSQA 1QTCA 4EPFA 1SX7A 4ARMA 1C6GA 188LA 1P56A 4I7QA 1D3FA 1L34A 2RAZX 2B6ZA 3OE8A 1L11A 1LYHA 218LA 1L89A 4K5YA 3C8RA 1C6HA 160LA 1DYDA 4AQNA 1L19A 128LA 1L92A 103LA 1DYAA 196LA 139LA 120LA 3DN2A 1K28A 1KW7A 1L49A 1L31A 158LA 4W53A 4E97A 123LA 1L48A 1G06A 1L97A 225LA 1NHBA 1C66A 3HH6A 1L65A 1KNIA 4ARMB 4PK0A 3GUKA 3DN8A 129LA 1C6IA 181LA 230LA 1CU2A 178LA 113LA 1C60A 110LA 1LWGA 210LA 249LA 1L88A 4I7KA 1LI2A 1PQJA 1QTHA 2NTHA 4W55A 1L03A 1P7SA 1L36A 187LA 1C6LA 1OWZA 1P3NA 1L87A 1L71A 255LA 3FADA 1CV1A 1OVHA 1D2YA 244LA 1L79A 1T8FA 3HDEA 261LA 234LA 1L28A 1L42A 1L24A 3CDVA 4EKSA 1DYFA 1XEPA 256LA 140LA 1L20A 3GULA 240LA 3OE9A 3SB7A 157LA 2OE7X 1L66A 118LA 1CU5A 1L22A 2OU0X 1L74A 220LA 183LA 233LA 224LA 1G0JA 1LYDA 165LA 1L38A 1L0JA 3HUKA 3RZEA 1CV5A 1L00A 3G3VA 1QTDA 1WTHA 241LA 1OVJA 3VW7A 2RBPA 3C82A 168LA 1CV3A 1L09A 1L37A 1OYUA 227LA 3SB5A 3RUNA 1C61A 3GUJA 1L81A 1D3MA 3NY8A 1L75A 1L06A 1L69A 1C63A 1L57A 2ANVA 4GBRB 1C68A 1XJUA 1L12A 159LA 182LA 1L82A 4YXAC 3F9LA 1L44A 1L01A 4ARQB 3HH4A 250LA 219LA 1TLAA 3F8VA 3HU9A 251LA 1L63A 3HTFA 3DN3A 3HTBA 1L85A 3C8QA 259LA 2B6YA 1L43A 1L83A 3G3WA 1CV4A 4W59A 253LA 1QTVA 3DN1A 4DAJA 4YXCA 1D3JA 3L2XA 170LA 206LA 197LA 1CTWA 1PQKA 1P2RA 2F2QA 3GUMA 189LA 127LA 1L10A 4I7TA 5I14A 163LA 1L35A 2HUMA 200LA 1L90A 2RB2X 4I7JA 1G1VA 125LA 148LE 1L27A 242LA 1L25A 3HWLA 1C6QA 1QUOA 1SSWA 248LA 1L08A 1C64A 3EMLA 4LDLA 209LA 172LA 1C69A 1LPYA 119LA 1EPYA 1CU0A 1D2WA 229LA 2B74A 1OV7A 3NYAA 1T97A 175LA 4I7PA 198LA 1L29A 1L17A 147LA 191LA 3GUIA 1L54A 2OEAX 1L52A 142LA 1L26A 1KW5A 2RBSA 3OE0A 1L60A 1ZURA 1D3NA 1D9WA 1C6FA 1C6MA 1OVKA 3DNAA 1C6PA 1L16A 3G3XA 1L72A 1QT5A 4OO9A 1P6YA 1I6SA 1L30A 216LA 1G0KA 3DN0A 2O4WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NG8A 4HTNA 4Z98A 9LYZA 1IR9A 3TXHA 222LA 4EKRA 1J1XY 1OUGA 161LA 5LZMA 1P2LA 4EXMA 2MEAA 1BB4A 1LZGA 1XGRC 4J7VA 1AZFA 1PQOA 1GF8A 4ML7A 212LA 1QIOA 3ZEKA 1L18A 3TXBA 2FBBA 1L59A 2BAAA 1AKIA 3WU7A 192LA 1PQMA 4W54A 1CJ6A 4YEMA 1EQ4A 3SB9A 1UCOA 2OU8A 4C3WA 4ETCA 3TXJA 1G1WA 1LJHA 4GCBA 4GCDA 1CJ8A 1LSCA 1QS9A 1YANA 3E3DA 2D4JA 5I5QA 164LA 1L67A 4TTDA 3EMSA 1L32A 2X0AA 3DN4A 4NIJA 169LA 133LA 1H87A 3HUQA 2B73A 1SQ2L 5FEKA 3CT0A 1L73A 186LA 2Q0MX 1L70A 3LHMA 4H9EA 3B0OA 3C7ZA 155LA 1CKFA 3A95A 4I7RA 5KXYA 1N4FA 1FLWA 3J6KA 1DYEA 4NSIA 1EQ5A 4KT3A 3CSZA 2O79A 1LMTA 4DT3A 4EKPA 3N9CA 4HTKA 5I4WA 4GCEA 1UICA 1LCNA 151LA 1L98A 3WW5A 1GF6A 4W94A 4QGZA 3FA0A 131LA 237LA 4ARJA 4OWBA 1G0PA 1L23A 1FKQA 4IAPA 1LYFA 1NHEA 1SX2A 4BADA 2QARC 1B6IA 4NWEA 5C6IA 3C81A 104LA 4WM1A 2MEHA 3HH5A 1GB2A 2YBNA 4YX7C 2HEDA 109LA 4NHPA 223LA 2BQNA 4NHIA 1BWJA 1VDQA 3HT7A 1CV6A 1QDRA 3G3BB 5LYZA 1OP9B 2XJWA 5B1FA 1IO5A 4RW1A 1J1PY 5HNLA 1VAUA 4CGEA 162LA 2HUBA 211LA 1GXV2 2RBRA 2YSSC 3OK0A 4NWHA 2MEDA 3GXKA 3AYQA 5I54A 3B72A 4ET9A 1L21A 1OUEA 2MEEA 5FDJA 1L02A 3LZTA 6LZMA 5LVGA 1LJFA 1L41A 1WVVA 1LMAA 239LA 4ETBA 1IC7Y 1QT7A 1LJKA 1YL0X 1B7RA 1KY0A 1YILA 1DI3A 1JKCA 1UIHA 2OTZX 4ZIXA 1OUIA 4LZTA 5KY1A 1NQIA 2I6ZA 1L77A 1LJ4A 1JTMA 4HV2A 3P64A 1L95A 1C6KA 5KXLA 1L84A 1G0QA 3SBAA 4U3XB 2BLYA 4B1AA 5HQ1A 3GUOA 3CDRA 2CWIA 1PQDA 1DYCA 1CVKA 2B6TA 2RB0X 2FYCA 3CDTA 245LA 1IY4A 1LKRA 1IP4A 1L96A 4R0FA 2AUBA 1BHZA 1D0KA 1OUHA 5LVHA 156LA 1QSQA 1SX7A 1QSWA 5HNCA 1B5WA 5F16A 5K7OA 1UBZA 8LYZA 1D3FA 1IP5A 5HMVA 1IORA 3C8RA 1C6HA 160LA 128LA 1I1ZA 1NBYC 139LA 1B7NA 3DN2A 1K28A 5APEA 3WVXA 158LA 4W53A 4J0LA 4LYMA 4HTQA 2HTXA 3HH6A 5AMYA 1L65A 1XGQC 2RSCA 4PK0A 2FYDA 3T36A 4NGYA 4OWCA 129LA 2EPEA 1QQYA 1LZ4A 1QUTA 4NGWA 1L36A 1C46A 1OWZA 4KL7A 1L71A 1CV1A 1D2YA 4RW2A 244LA 3AB6A 1L79A 3HDEA 261LA 1B7SA 4WOAA 3CDVA 2XBRA 1AT6A 1XEIA 2Z12A 1NF5A 2MEBA 1RFPA 4FDYA 4LFXA 2OE7X 1L66A 118LA 1CU5A 1L22A 1L74A 134LA 224LA 4ZFPA 165LA 1L38A 1CV5A 3HFMY 4Z3MA 1LJGA 3G3VA 1QTDA 5I4XA 2W1LA 5JENB 1B7OA 1OVJA 4H90A 4X3BA 2RBPA 168LA 1GF0A 4BS7A 1L09A 1BB5A 4YM8A 1OYUA 227LA 3RUNA 3GUJA 2CDSA 3NY8A 1CJ7A 1HENA 1L06A 1C63A 1IVMA 3EBAB 4GBRB 1XJUA 1QSAA 1L82A 2CGIA 1HF4A 4CFOA 4ARQB 2LYOA 3HH4A 251LA 2DQHY 3CQLA 1L63A 2I26L 3HTBA 3C8QA 3CB7A 3G3WA 3J4GA 3W6BA 2W1XA 4G4CA 1D3JA 206LA 4OWEA 5LYTA 5B06A 3AZ4A 1LSAA 1LSDA 1HEQA 2ZWBA 1DI5A 5DLAA 4I7TA 2HUMA 4KPMA 4EMNA 4DQJA 1FBIX 4WL7A 4DD3A 2Z2EA 1C6QA 1TBYA 209LA 1LZ8A 2H9KA 1B5XA 5KXXA 1CU0A 3W6EA 4H93A 229LA 1OV7A 1T97A 1L17A 191LA 1L54A 2BQBA 1KW5A 1ZURA 5LVKA 1B5VA 153LA 1LKSA 1QTKA 1G0KA 3DN0A 1FLUA 1LZTA 1JHLA 2DQAA 1GE0A 3N9AA 2D4IA 126LA 1P64A 2FBDA 1AT5A 3PDSA 1DQJC 2WARA 2LZ2A 1G7IC 4DDAA 252LA 214LA 3C80A 3F6ZA 4DJHA 1LGUA 4H91A 1UIFA 2BQLA 1IOCA 145LA 1LSGA 4EKQA 1GBXA 1YAMA 1HSXA 257LA 1GBOA 2QB0B 1L0KA 1IOTA 1QTZA 2Y8PA 1SWYA 2HEAA 1L99A 5KXPA 5J7CA 3C8SA 2Q9DA 1LGWA 4NGVA 1B7PA 221LA 2BQAA 2IGCA 4IJ4A 2O7AA 3A90A 2G4QA 3HTDA 3PBLA 108LA 1AM7A 3OE6A 1OUFA 1NMMA 3AGIA 2A7FA 226LA 2GV0A 1L51A 4WM6A 2YDGA 3UONA 1LJJA 141LA 1L91A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NG8 A;  4HTN A;  4Z98 A;  9LYZ A;  1IR9 A;  3TXH A;  222L A;  4EKR A;  1J1X Y;  1OUG A;  161L A;  5LZM A;  1P2L A;  4EXM A;  2MEA A;  1BB4 A;  1LZG A;  1XGR C;  4J7V A;  1AZF A;  1PQO A;  1GF8 A;  4ML7 A;  212L A;  1QIO A;  3ZEK A;  1L18 A;  3TXB A;  2FBB A;  1L59 A;  2BAA A;  1AKI A;  3WU7 A;  192L A;  1PQM A;  4W54 A;  1CJ6 A;  4YEM A;  1EQ4 A;  3SB9 A;  1UCO A;  2OU8 A;  4C3W A;  4ETC A;  3TXJ A;  1G1W A;  1LJH A;  4GCB A;  4GCD A;  1CJ8 A;  1LSC A;  1QS9 A;  1YAN A;  3E3D A;  2D4J A;  5I5Q A;  164L A;  1L67 A;  4TTD A;  3EMS A;  1L32 A;  2X0A A;  3DN4 A;  4NIJ A;  169L A;  133L A;  1H87 A;  3HUQ A;  2B73 A;  1SQ2 L;  5FEK A;  3CT0 A;  1L73 A;  186L A;  2Q0M X;  1L70 A;  3LHM A;  4H9E A;  3B0O A;  3C7Z A;  155L A;  1CKF A;  3A95 A;  4I7R A;  5KXY A;  1N4F A;  1FLW A;  3J6K A;  1DYE A;  4NSI A;  1EQ5 A;  4KT3 A;  3CSZ A;  2O79 A;  1LMT A;  4DT3 A;  4EKP A;  3N9C A;  4HTK A;  5I4W A;  4GCE A;  1UIC A;  1LCN A;  151L A;  1L98 A;  3WW5 A;  1GF6 A;  4W94 A;  4QGZ A;  3FA0 A;  131L A;  237L A; 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