1LYHA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIGKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyhA00
2OTYX 1C65A 178LA 1QT7A 1G0MA 2B7XA 1LYIA 1SX2A 3L2XA 3HH4A 3VW7A 4E97A 3JR6A 2OU9A 2RH1A 1D2WA 255LA 1L41A 112LA 3HT8A 3SB9A 3C7WA 1L01A 1OYUA 1LYGA 1L54A 239LA 3F9LA 1L93A 7LZMA 3V2WA 1G1VA 223LA 220LA 196LA 1G0QA 1P2RA 1G1WA 2RB0X 1QUOA 225LA 1DYGA 1L38A 195LA 237LA 248LA 1QT6A 5I14A 3CDVA 4ARJA 245LA 119LA 1KY1A 1L92A 1CUQA 120LA 1L68A 1DYAA 4PJZA 3HUAA 162LA 108LA 2A4TA 1L58A 233LA 4I7SA 1XJTA 200LA 104LA 1L76A 1OWYA 1P6YA 1CV6A 1L28A 242LA 151LA 1D3FA 1OVJA 4EKRA 3SB6A 1CV0A 2L78A 3PBLA 1L52A 1LGXA 1L48A 2RB2X 1L57A 4PK0A 1P64A 3HTDA 1L63A 1L19A 3SBBC 1B6IA 1KNIA 4ARPA 1L06A 249LA 1L32A 2LC9A 3DN3A 1P2LA 230LA 1JTMA 4I7KA 1L96A 1L07A 1L77A 1QT8A 1CV3A 1C6IA 1L21A 127LA 1QT5A 1L90A 2B6WA 1JQUA 2IGCA 111LA 109LA 1G07A 166LA 226LA 260LA 228LA 1T8GA 3DN2A 4I7LA 3C8QA 1LPYA 1D3MA 3GUKA 163LA 1P46A 1L42A 1CV5A 4YXAC 1LW9A 118LA 4GRVA 1L87A 2OEAX 2RBQA 2B70A 2B6TA 3NY9A 2OTZX 2OE9X 4EJ4A 3HH6A 1SSYA 1CUPA 1L35A 4EXMA 149LA 3EMLA 1L05A 3GUJA 1CV1A 1L82A 1L00A 4I7MA 1D3NA 1L29A 1QTVA 1L30A 4ZPUA 1L74A 1G06A 1C6QA 3HT7A 2CUUA 3HT9A 261LA 113LA 3OE0A 1CU5A 3UONA 152LA 129LA 257LA 2RBNA 1DYBA 235LA 4W53A 1L15A 1P37A 2QARC 1L0KA 4ARQB 212LA 1L34A 246LA 2RAYX 187LA 4EKQA 167LA 3HUQA 1L73A 3OE6A 4LDOA 1C6HA 1L86A 232LA 176LA 1EPYA 1L36A 4I7RA 4S0WA 3CDRA 186LA 3C83A 4ARMB 1LI6A 1OVHA 3NY8A 1PQKA 1P5CA 4DJHA 160LA 243LA 2O4WA 3NYAA 177LA 2ANXA 1CU2A 1L45A 1SWYA 1PQMA 213LA 1K28A 1L98A 251LA 4W54A 1LGWA 1I6SA 1L84A 198LA 1G0PA 1ZYTA 3HH3A 1L88A 148LE 1L04A 1CX6A 3V2YA 102LA 146LA 3ODUA 1P56A 1L24A 1L59A 3HT6A 4DKLA 3CDOA 3SB5A 145LA 4DAJA 2O7AA 107LA 2RBOA 185LA 4YX7C 2RAZX 1LYJA 1CV4A 155LA 1C6GA 1L40A 1L50A 131LA 144LA 1ZURA 218LA 1L23A 1C69A 189LA 1KW5A 1SWZA 1L65A 219LA 2HULA 215LA 1C61A 1T97A 1C6DA 2Q9EA 156LA 1L69A 2F47A 4W52A 2RBSA 1C6BA 211LA 3GUPA 1L08A 1C66A 1D9WA 1L53A 1L16A 3DN8A 1QTBA 1L83A 3CDQA 3HH5A 171LA 1QSQA 1DYFA 250LA 4LDEA 4I7JA 168LA 128LA 3HDEA 3HU8A 3HWLA 4W51A 5LZMA 3GULA 150LA 1QUHA 1QTCA 1T8AA 1WTHA 258LA 3DMXA 4EKSA 256LA 231LA 4YXCA 1C6CA 1C64A 1L17A 3GUNA 161LA 3RZEA 123LA 1OVKA 1D3JA 1L71A 3SN6R 4GBRB 188LA 1LYEA 1L89A 143LA 2O79A 1L81A 3HU9A 1QTZA 4ARLA 1QS5A 1LI3A 180LA 1CX7A 3G3WA 3OE9A 1L09A 130LA 1L02A 1C67A 4W59A 1L31A 3G3VA 157LA 1L56A 2B75A 138LA 2NTHA 174LA 1PQJA 3HTGA 1L20A 3C81A 103LA 2RBRA 1C6PA 2B6ZA 1L85A 1L62A 244LA 1T6HA 3DN1A 1G0KA 2B6XA 184LA 1L72A 2B74A 1L18A 1L13A 125LA 1L64A 4W57A 3C82A 1L22A 1JTNA 2Q9DA 2LZMA 1L11A 1L39A 259LA 216LA 2QB0B 209LA 3DMVA 172LA 1LYFA 1OV5A 126LA 1L03A 1L46A 1L61A 3SB7A 3C7YA 175LA 1C6FA 4I7TA 1L10A 1L99A 210LA 4I7QA 3QAKA 3F8VA 3RUNA 241LA 1C6TA 3HTFA 1C6NA 4K5YA 6LZMA 3FADA 3GUIA 182LA 1C6KA 1L25A 217LA 3DN4A 1G0JA 142LA 1L97A 205LA 1XJUA 247LA 206LA 122LA 183LA 2F32A 1PQIA 4LDLA 1LLHA 214LA 197LA 2B73A 3C80A 1PQDA 1QTHA 3HDFA 227LA 236LA 3D4SA 253LA 4ARQA 1LYHA 4EPIA 165LA 1L94A 4LZMA 1L80A 3DMZA 1OV7A 221LA 1L95A 158LA 2Z6BA 3OE8A 1P3NA 3PDSA 2OE4X 1L67A 110LA 3K2RA 1QUGA 3G3XA 4ARMA 137LA 1QTDA 1QT4A 3GUMA 115LA 1PQOA 192LA 222LA 1C6EA 1L51A 1C6JA 1L75A 1CU0A 1KY0A 141LA 1L66A 1QUDA 3HTBA 3GUOA 139LA 3L64A 1C6AA 2B72A 4I7OA 1C6MA 1L55A 190LA 2RBPA 164LA 1CTWA 1CU3A 2OU8A 140LA 1L33A 2HUKA 4I7PA 147LA 1C62A 262LA 1G0GA 1KW7A 2ANVA 3SBAA 3DN6A 1LWKA 1L37A 2OE7X 2RB1X 4W58A 1SX7A 229LA 254LA 3C8SA 1OWZA 3DKEX 173LA 4AQNA 1L47A 1L26A 1LGUA 4IAPA 3CDTA 2NTGA 4OO9A 4W55A 3FI5A 1L27A 1C68A 2OU0X 1T8FA 1L79A 252LA 1L91A 1SSWA 1QSBA 1NHBA 1L70A 1L49A 2B6YA 1L43A 4EKPA 1L0JA 1C60A 2F2QA 169LA 3HUKA 1XEPA 1DYDA 1L44A 3DN0A 1QS9A 199LA 3FA0A 191LA 1D2YA 3C8RA 234LA 224LA 159LA 201LA 1LWGA 3SB8A 1C6LA 2LCBA 3LZMA 4W56A 1DYEA 181LA 1LYDA 1C63A 1L12A 238LA 2HUMA 1CU6A 1L60A 4I7NA 114LA 1QT3A 1DYCA 240LA 1P7SA 3DNAA 1KS3A 1P36A 3C7ZA 4EPFA 1CVKA 1LI2A 1ZWNA 1G0LA 1L14A 1TLAA 170LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C65A 2YDGA 3WYHA 1QDRA 1G0MA 2B7XA 4J1AA 4J0LA 4XJBA 4DD2A 3VW7A 2RH1A 3WVYA 3C7WA 1VATA 3ATOA 1G1VA 1GFEA 220LA 1NDMC 2RB0X 1QUOA 225LA 1DYGA 1LHIA 5F9UA 195LA 3LN2A 5I14A 2ZIJA 3EBAB 5F14A 2BQHA 245LA 3LHMA 1L92A 1L68A 1DYAA 4YM8A 2I25L 4TTDA 4R0FA 5FELA 3J6KA 194LA 1L76A 242LA 1IX0A 3SB6A 2L78A 5I4WA 1T3PA 1P64A 1L32A 3ZVQA 1B7LA 3CB7A 3LYZA 1GBYA 1JPOA 1CNSA 1QT8A 4NGLA 1QT5A 3TMXA 1LZ5A 1TBYA 1N4FA 260LA 4OW1A 1LPYA 4M4OA 1JTTL 3TXHA 4KT3A 1CV5A 1RJCB 1LSNA 2B70A 2B6TA 4HTKA 2OE9X 4BS7A 3HH6A 1CKDA 1LMQA 1L05A 5IHGA 1L82A 1D3NA 1G06A 1C6QA 2F30A 1CU5A 3UONA 4DDCA 5II3A 3TXJA 1EL1A 257LA 1LZSA 1GBOA 235LA 1GDXA 1L15A 5LVJA 1LSAA 2H9KA 4NHPA 2X0AA 2HEEA 4CFPA 3T36A 187LA 167LA 2DQCY 3P64A 1YKXX 2W1XA 1L73A 1C6HA 176LA 2Y8PA 3QNGA 1DKKA 4DD3A 5I4YA 2ZYPA 1HFXA 1LMAA 4WOAA 3CDRA 4ZIXA 1OVHA 2YBJA 3TXDA 1P5CA 1LYSA 1G7IC 2N5ZA 160LA 1HFZA 2BQMA 3AW7A 177LA 1LKSA 5L3IA 4NG8A 2ANXA 1HSWA 1PQMA 4WM6A 1CJ6A 1K28A 1L98A 1LPIA 4L41A 1I6SA 4WL6A 1L88A 1GAYA 1QTEA 1L04A 3ODUA 1GAZA 1L59A 2H5ZA 2RBOA 1OP9B 2RAZX 154LA 4LT1A 3TXKA 1GD6A 1CV4A 1UIBA 2YBMA 3N9CA 1KXWA 3A8ZA 4ZEEA 1IP3A 1GF8A 2BLYA 218LA 1L23A 2VB1A 4NSGA 1KW5A 3CQLA 219LA 215LA 1C6DA 1L69A 1LTMA 3GUPA 1AKIA 4LT2A 207LA 5B05A 1L16A 3DN8A 2HEAA 5LVGA 5B07A 171LA 1QSQA 3OJPA 2MEFA 4DDAA 4CFOA 3GULA 1GFRA 1T8AA 1QTCA 3A95A 258LA 3IJUA 231LA 4YXCA 3B0OA 161LA 1BB3A 1GE3A 1OVKA 1GHLA 4YENA 1GE0A 1IC4Y 3SN6R 4CHXA 188LA 4NGKA 143LA 1QSWA 1LAAA 1LI3A 1CX7A 4DD9A 2HEDA 2FBDA 3G3AB 4LT3A 3W6BA 3TXIA 1HELA 1IVMA 1PQJA 3HTGA 1IR8A 244LA 1ZMYL 4Z46A 1CJ8A 2B74A 1WQNA 5DLAA 1IOSA 1L64A 3F6ZA 1JTNA 5FSTA 1W08A 5LAFA 1UICA 259LA 2QB0B 3DMVA 1LZ6A 4TWSA 1L61A 4N9RA 3C7YA 1C6FA 4I7TA 1C6TA 4LYTA 1C6NA 1G7LC 3RZ4A 3FADA 3GUIA 4LYOA 1C6KA 217LA 2G4NA 1LSBA 206LA 5B1GA 1GB8A 3WW6A 1I20A 3D4SA 1H87A 1IORA 4QEQA 1LYHA 1UBZA 1LOZA 4HJVA 3BKVA 4LZMA 4ETEA 3N9EA 1YKZX 1A2YC 1XGQC 1YAQA 2LZ2A 1L67A 110LA 3G3XA 4TSCA 1IR9A 3KAMA 4KL7A 4PJ2C 1LJFA 3P66A 135LA 1L75A 1YKYX 141LA 1FDLY 3AGGG 1GFAA 3GUOA 4NGIA 1C6AA 4DQJA 4I7OA 2RBPA 1L55A 1IWZA 164LA 1CTWA 2D4JA 208LA 2Z37A 1LSGA 4GN4A 1G0GA 3SBAA 4I0CA 1C10A 4W58A 2YSSC 254LA 3DKEX 4G49A 1NMMA 1LGUA 1KXXA 3EXDA 3P68A 1IP5A 3A91A 3FI5A 2DBTA 4LYZA 4WM4A 2OU0X 4UWVA 4H9CA 4TUNA 3TMUA 4WM2A 1TAYA 4H91A 5FDJA 1CKHA 4M6DA 1L70A 2B6YA 1L0JA 3W6FA 1LCNA 3P4ZA 4GLAA 1XEPA 1DYDA 1L44A 199LA 5A3EA 4DQ7A 1IC7Y 224LA 1GFJA 201LA 3AZ6A 1HEOA 2LCBA 1REMA 3AB6A 5KXWA 4H93A 1V7TA 238LA 3A90A 4W94A 1CU6A 5DM9A 1QT3A 1DYCA 240LA 1P7SA 1IWTA 1WQOA 4FJRA 1FLYA 1TLAA 5C6IA 2NWDX 1SX2A 2OU9A 4N0JA 3HT8A 3OK0A 1L01A 1LYGA 2FYDA 2DQHY 1L54A 3A96A 3WPKA 1WQQA 1L93A 7LZMA 3V2WA 223LA 2BQGA 1G0QA 1IWXA 1P2RA 4Z98A 3TXGA 1LZYA 2YBHA 248LA 1YILA 119LA 1CUQA 120LA 5D5CA 4PJZA 162LA 2HU3A 3M18B 1CV6A 4C3WA 1XGRC 1OVJA 1B7MA 4WLDA 2ZQ4A 4XYYA 3HTDA 1L63A 1KNIA 4ARPA 1L06A 249LA 3DN3A 230LA 1OUAA 1RCMA 4IATA 1OUCA 1L90A 1AT5A 4OOOA 109LA 1DQJC 1GF4A 1D0MA 226LA 4B4IA 4BAPA 3C8QA 3GUKA 163LA 1P46A 4XJFA 1VFBC 1HSXA 1LZ1A 2BQKA 3AJNA 2XBRA 1SQ2L 2Z39A 1CUPA 4DDBA 1IIZA 1UIDA 1L00A 2DKVA 3WL2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1C65 A;  2YDG A;  3WYH A;  1QDR A;  1G0M A;  2B7X A;  4J1A A;  4J0L A;  4XJB A;  4DD2 A;  3VW7 A;  2RH1 A;  3WVY A;  3C7W A;  1VAT A;  3ATO A;  1G1V A;  1GFE A;  220L A;  1NDM C;  2RB0 X;  1QUO A;  225L A;  1DYG A;  1LHI A;  5F9U A;  195L A;  3LN2 A;  5I14 A;  2ZIJ A;  3EBA B;  5F14 A;  2BQH A;  245L A;  3LHM A;  1L92 A;  1L68 A;  1DYA A;  4YM8 A;  2I25 L;  4TTD A;  4R0F A;  5FEL A;  3J6K A;  194L A;  1L76 A;  242L A;  1IX0 A;  3SB6 A;  2L78 A;  5I4W A;  1T3P A;  1P64 A;  1L32 A;  3ZVQ A;  1B7L A;  3CB7 A;  3LYZ A;  1GBY A;  1JPO A;  1CNS A;  1QT8 A;  4NGL A;  1QT5 A;  3TMX A;  1LZ5 A;  1TBY A;  1N4F A;  260L A;  4OW1 A;  1LPY A;  4M4O A;  1JTT L;  3TXH A;  4KT3 A;  1CV5 A;  1RJC B;  1LSN A;  2B70 A;  2B6T A;  4HTK A;  2OE9 X;  4BS7 A;  3HH6 A;  1CKD A;  1LMQ A;  1L05 A;  5IHG A;  1L82 A;  1D3N A;  1G06 A;  1C6Q A;  2F30 A;  1CU5 A;  3UON A;  4DDC A;  5II3 A;  3TXJ A;  1EL1 A;  257L A;  1LZS A;  1GBO A;  235L A;  1GDX A;  1L15 A;  5LVJ A;  1LSA A;  2H9K A;  4NHP A;  2X0A A;  2HEE A;  4CFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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