1LYJA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIAKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyjA00
1P5CA 169LA 1L53A 1QS9A 3DNAA 1JTMA 1PQOA 3SB8A 138LA 1QUGA 232LA 3GUNA 1L31A 1T97A 3DN8A 3LZMA 1L10A 1KNIA 7LZMA 173LA 1G0LA 2B7XA 3GUKA 220LA 1L80A 3DN2A 1KY0A 102LA 1QSQA 1QT8A 1CTWA 1L08A 218LA 1QT4A 216LA 125LA 2OTYX 1L15A 3DKEX 2B70A 1L14A 4K5YA 1L45A 1L82A 1G0GA 3C8QA 3FADA 1T8AA 1L50A 1L48A 3F9LA 3NYAA 126LA 1OVHA 2OU0X 1T8GA 174LA 1DYEA 4I7MA 1CU5A 1L06A 1KW5A 201LA 178LA 1L04A 2OU8A 162LA 1T6HA 1L97A 3C7ZA 139LA 1C6LA 261LA 1L99A 1LI2A 1C61A 4W56A 186LA 1LLHA 1QUHA 1L52A 159LA 3HU8A 1OWZA 4W54A 1L76A 3GUIA 3NY8A 4ARQA 224LA 114LA 146LA 1L67A 1LYEA 233LA 2HUMA 231LA 3D4SA 113LA 1D9WA 240LA 108LA 3C7WA 1CUPA 1L65A 1CU0A 2RBPA 199LA 1PQMA 1PQDA 1D3MA 150LA 1SWZA 1C6QA 1QSBA 3GULA 1P37A 1OWYA 1L73A 1L56A 1L88A 3NY9A 1C6BA 1C68A 1LYHA 1C6HA 1QTZA 248LA 3SB5A 188LA 3DN1A 2B75A 109LA 185LA 1C60A 257LA 149LA 120LA 3CDVA 156LA 1QTBA 197LA 1L55A 3EMLA 1L58A 2HULA 4ARQB 2LZMA 1L34A 4YXCA 3HT9A 1XJTA 1QT7A 219LA 1D3NA 1QTDA 1C69A 190LA 131LA 1ZURA 3SB6A 1C6PA 2B6WA 228LA 239LA 2O4WA 1L49A 1C6NA 148LE 2B73A 4PJZA 2QARC 176LA 1L77A 141LA 2B6YA 2B6XA 1QTHA 2LC9A 1L27A 3HH4A 142LA 1P36A 1CVKA 180LA 3F8VA 3HH3A 104LA 1L70A 1L30A 1D2YA 3CDRA 1QUDA 4PK0A 2A4TA 3GUJA 1KY1A 3K2RA 1D3JA 1G0PA 2RBSA 1L57A 4W51A 2RBQA 3FA0A 4W53A 1C62A 1G07A 1JQUA 1L11A 1L61A 118LA 4EKPA 1L96A 3C81A 3DN0A 1DYBA 152LA 4EPIA 3C83A 3HDEA 183LA 195LA 1C6DA 2RB0X 1L64A 198LA 246LA 3HTBA 1C6KA 1EPYA 4GBRB 1LGWA 1L51A 147LA 112LA 1L18A 4IAPA 122LA 1L92A 1LYGA 3G3VA 1L35A 1L28A 3HH6A 2IGCA 1L01A 3CDTA 247LA 128LA 1L26A 1LWGA 1L47A 1LYIA 1CV0A 1QT3A 4I7TA 1L68A 3HUKA 3SBAA 123LA 6LZMA 241LA 4I7JA 253LA 1L41A 1L05A 157LA 1WTHA 1L21A 1L75A 2F2QA 1L36A 4EJ4A 2B6TA 1L84A 1L81A 215LA 2CUUA 1SX2A 1SWYA 1L98A 3HWLA 1L62A 2O79A 1L40A 2B74A 1DYDA 1CU3A 1L13A 1QUOA 3FI5A 2RAZX 3PDSA 170LA 1C6CA 4LDEA 3OE6A 258LA 140LA 1P7SA 4I7QA 3QAKA 234LA 3GUMA 1L87A 1CV4A 2RB1X 1DYGA 1L09A 1C6EA 1C6TA 229LA 3OE9A 249LA 1C64A 1L54A 172LA 3L64A 164LA 206LA 2Z6BA 3SN6R 2Q9DA 4EKQA 1DYCA 3DMZA 4YXAC 3SBBC 1G0JA 1P46A 155LA 165LA 3G3WA 3DN6A 1D3FA 3OE8A 3OE0A 196LA 4LZMA 1C66A 1C63A 1JTNA 3HUQA 4EKSA 3HT7A 4I7PA 1SSWA 1CV3A 4LDOA 4GRVA 163LA 1L22A 107LA 230LA 1PQKA 236LA 4I7SA 1XEPA 2B6ZA 145LA 166LA 4LDLA 3V2YA 4W57A 1L38A 2OE7X 1C6GA 1L63A 4DJHA 1L60A 250LA 2O7AA 2HUKA 1CV5A 1CX7A 3HUAA 2B72A 4EPFA 4EXMA 2RB2X 2ANXA 3HH5A 1L42A 1OYUA 4ARPA 3GUPA 223LA 184LA 1QT5A 3CDOA 1L72A 1LI6A 103LA 1L94A 1L17A 1PQIA 1I6SA 2OE9X 182LA 3SB7A 181LA 245LA 1L25A 4I7NA 1L19A 171LA 1SX7A 237LA 1P56A 226LA 2OU9A 1QTVA 5I14A 4DKLA 1L03A 1L16A 251LA 260LA 4W58A 1L0JA 238LA 151LA 1LYFA 1LI3A 1T8FA 3C8RA 130LA 210LA 1L71A 3HTFA 1B6IA 214LA 1L02A 2RH1A 227LA 259LA 4ARMA 209LA 3G3XA 1QTCA 242LA 221LA 1L43A 2OE4X 252LA 2ANVA 1L32A 1L66A 1L33A 222LA 1G0MA 2QB0B 3JR6A 119LA 127LA 1TLAA 3CDQA 4W52A 189LA 111LA 1L20A 3C7YA 1L79A 1P64A 3HTGA 2RBNA 1LYDA 1LPYA 3UONA 3HDFA 3RUNA 1L29A 1OVKA 143LA 1G1VA 3SB9A 1G06A 3C8SA 1DYAA 1C6MA 1L74A 1QT6A 1ZWNA 3DMXA 1OV7A 4AQNA 1L0KA 4S0WA 167LA 1L91A 4ARMB 115LA 3C80A 205LA 2NTHA 3HT6A 1L07A 192LA 217LA 3DN3A 1KS3A 4I7RA 1L37A 1CUQA 1XJUA 1C6FA 2RAYX 1PQJA 4ARLA 1LGUA 144LA 1NHBA 1LYJA 2NTGA 1D2WA 1P2RA 1P6YA 256LA 1CU2A 1L00A 3PBLA 137LA 1C67A 212LA 1L39A 4E97A 4I7OA 4I7KA 1L23A 3HT8A 161LA 1C65A 1KW7A 1L44A 168LA 1L89A 3V2WA 110LA 1LWKA 4YX7C 1ZYTA 1C6IA 1CU6A 255LA 4W55A 5LZMA 1OVJA 243LA 4OO9A 213LA 1QS5A 1L86A 2L78A 211LA 1L59A 1G1WA 3RZEA 2OEAX 4ZPUA 4ARJA 2F47A 4W59A 2OTZX 160LA 1L24A 235LA 225LA 4EKRA 129LA 2F32A 2LCBA 254LA 1CX6A 1LW9A 3DN4A 1L95A 191LA 1L83A 1SSYA 3GUOA 1G0QA 1P3NA 3L2XA 158LA 244LA 1L69A 187LA 3HTDA 200LA 262LA 4I7LA 175LA 2RBRA 1K28A 2RBOA 1OV5A 1DYFA 1L90A 1P2LA 3VW7A 1CV1A 1L85A 3DMVA 1L93A 2Q9EA 4DAJA 3ODUA 177LA 3HU9A 1C6AA 1L12A 1L46A 3C82A 1C6JA 1G0KA 1LGXA 1CV6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 3SP3A 1LPIA 1QUGA 2XBSA 1W08A 1B5XA 1NBZC 1T97A 4WL7A 3A96A 1DXJA 4NGLA 4TUNA 2XBRA 1KIRC 4DQJA 2YBHA 1GF5A 1G7MC 1LAAA 2B7XA 1LMPA 3GUKA 1QTEA 5HMVA 3B0KA 1REMA 1QSQA 4LYTA 7LYZA 125LA 2OTYX 2B70A 4QGZA 3NYAA 126LA 1T8GA 1GB5A 4I7MA 4NGIA 3N9EA 1L06A 3CSZA 3AB6A 4YENA 4B4IA 162LA 4EOFA 1LI2A 4XENA 1C61A 2EIZC 2HU1A 1OUAA 3IJVA 4DQ7A 3NY8A 2CJLA 5I53A 5KKJA 1L67A 2HUMA 3D4SA 5I54A 3LYZA 1IC5Y 3C7WA 3LHMA 2IHLA 3RNXA 5LYTA 1PQMA 150LA 3ATOA 1BB4A 3N9CA 1OWYA 4NHPA 4PPOA 4B4JA 3NY9A 1C6BA 5B07A 1KXWA 2A7FA 1C6HA 1QTZA 1UC0A 5D5CA 1IO5A 1LZ6A 2B75A 4G49A 1C60A 4WM6A 257LA 3WVXA 1UBZA 2LZMA 4B49A 5E9RA 2I6ZA 1C69A 4ZEEA 131LA 239LA 5K7OA 148LE 4YEMA 4IATA 4PJZA 4H8ZA 2BQAA 4TSCA 1KIPC 2BQEA 1NMMA 207LA 1OUIA 3WH1A 193LA 3W6AA 5LYZA 4CHXA 1GB2A 3HFMY 3TXIA 2BQHA 142LA 1IR8A 2DQCY 1ZV5L 104LA 1D2YA 2HUBA 1D9UA 1NBYC 1LHKA 1KY1A 4HTNA 2RBSA 4WM2A 1L57A 1B5WA 1C62A 1UIHA 4C5FA 3DN0A 152LA 1H87A 183LA 1GFVA 5LXWA 5J7CA 2RB0X 4NGYA 1CKFA 3QY4A 1GAYA 3B6LA 1GFRA 147LA 1D0MA 3G3VA 4WL6A 2DBTA 5I5QA 3LZ2A 4A7DA 1L47A 1LYIA 3QE8A 4I7TA 3SBAA 123LA 4UWVA 1L21A 5DL9A 215LA 3AGGG 4XJHA 1SWYA 4W96A 5JENB 1L98A 2O79A 2HECA 5LA5A 1XGUC 1CU3A 1L13A 1GBWA 5HQ1A 3PDSA 1C43A 5KXSA 1JJ0A 4YM8A 1BGIA 258LA 4TSBA 3LYMA 5KXOA 3QAKA 1JISA 234LA 1C10A 3GUMA 2N5ZA 1L09A 229LA 3RZ4A 3OE9A 1I1ZA 1FKQA 1GF0A 4WO6A 4LT3A 4TTDA 1B9OA 1IY3A 1JKDA 2Q9DA 1DYCA 1C45A 4XJBA 4NY5A 1G0JA 155LA 2BQDA 3B72A 2DQIY 1C63A 1JTNA 4LYZA 1IVMA 1QDRA 4UWUA 163LA 107LA 4DD2A 3AJNA 1CJ6A 1EQ4A 4W57A 1L38A 2OE7X 1GEZA 250LA 2O7AA 2HUKA 1CV5A 1IR9A 1LZSA 3CSQA 4EPFA 1DQJC 4EXMA 4B1AA 2F4GA 2ANXA 3RU5A 3HH5A 1OYUA 4ARPA 3AZ6A 4Z41A 4DD3A 2MEGA 103LA 1MLCE 1L17A 1IOSA 3SB7A 1TBYA 1XGQC 3A94A 1DKJA 1OUFA 1P56A 226LA 1FLYA 1LZ1A 251LA 1NWGA 151LA 130LA 210LA 1L71A 1JJ1A 214LA 1BVXA 1IR7A 5KXZA 2EKSC 1J1OY 1CKHA 1DPWA 4N5RA 1L32A 1L66A 1G0MA 1IY4A 1VEDA 1GF6A 3CDQA 189LA 5II3A 1YL0X 4WLDA 1L79A 1LPYA 1JIYA 1L29A 2D6BA 1G1VA 3AZ5A 4KPMA 4TX7A 1F6SA 1YILA 1L74A 3DMXA 4PHIA 1GBOA 3IJUA 2ZNXY 115LA 2NTHA 4DDAA 1L07A 3P66A 192LA 217LA 3DN3A 4GN3A 4I7RA 4GCFA 1HEOA 4HTKA 1PS5A 1FLWA 1C7PA 2DQFC 2LHMA 1CKDA 4R0FA 2BQMA 4PGJB 1C67A 1TCYA 1D0KA 4LFXA 212LA 4NWEA 1L39A 4I7OA 1B5YA 1VAUA 161LA 1UIFA 1IP4A 6LYTA 1J1XY 1UCOA 3HBHA 1C6IA 255LA 4OOTA 243LA 6LYZA 3TXJA 3VWOA 1QS5A 2ZWBA 1TDYA 3RZEA 5APCA 2Z2EA 4ARJA 3J6KA 160LA 3AGIA 3BKVA 2LYZA 1ZVHL 3A95A 1E8LA 129LA 1GB0A 1CX6A 191LA 1SSYA 3WMKA 1IWUA 200LA 262LA 4RW2A 1K28A 1IWXA 2IFFY 3VW7A 3T36A 1REZA 1CV1A 1HSWA 1LSGA 3DMVA 4XJGA 1L93A 4NGKA 2X0AA 2HU3A 1L12A 3C82A 1DPXA 1GEVA 1LGXA 1CV6A 3A90A 4LYMA 3DNAA 2ZIKA 2ZILA 3SB8A 1OUGA 4J1BA 4Z98A 1L31A 5KXWA 3DN8A 3LZMA 3WVYA 5B05A 1KNIA 4OWEA 1AZFA 173LA 1G0LA 1GF7A 5FSTA 1LJHA 3TMXA 1QT8A 1L08A 1QT4A 1L15A 4L41A 1RFPA 4K5YA 1L45A 1L82A 5HLLA 3FADA 5KXKA 1L50A 1L48A 3F9LA 3WW5A 1MELL 2OU0X 1DYEA 2FBBA 1CU5A 1BWJA 201LA 1L04A 1T6HA 1L97A 3C7ZA 139LA 2BAAA 4DDCA 1GBXA 5L9JA 1GBZA 1UA6Y 4W56A 186LA 1L52A 159LA 1OWZA 1L76A 5ILFA 4ARQA 1CNSA 1LYEA 233LA 4MSTA 231LA 113LA 1G7JC 108LA 1LMAA 1LZ9A 1HHLA 1FBIX 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHH A;  3SP3 A;  1LPI A;  1QUG A;  2XBS A;  1W08 A;  1B5X A;  1NBZ C;  1T97 A;  4WL7 A;  3A96 A;  1DXJ A;  4NGL A;  4TUN A;  2XBR A;  1KIR C;  4DQJ A;  2YBH A;  1GF5 A;  1G7M C;  1LAA A;  2B7X A;  1LMP A;  3GUK A;  1QTE A;  5HMV A;  3B0K A;  1REM A;  1QSQ A;  4LYT A;  7LYZ A;  125L A;  2OTY X;  2B70 A;  4QGZ A;  3NYA A;  126L A;  1T8G A;  1GB5 A;  4I7M A;  4NGI A;  3N9E A;  1L06 A;  3CSZ A;  3AB6 A;  4YEN A;  4B4I A;  162L A;  4EOF A;  1LI2 A;  4XEN A;  1C61 A;  2EIZ C;  2HU1 A;  1OUA A;  3IJV A;  4DQ7 A;  3NY8 A;  2CJL A;  5I53 A;  5KKJ A;  1L67 A;  2HUM A;  3D4S A;  5I54 A;  3LYZ A;  1IC5 Y;  3C7W A;  3LHM A;  2IHL A;  3RNX A;  5LYT A;  1PQM A;  150L A;  3ATO A;  1BB4 A;  3N9C A;  1OWY A;  4NHP A;  4PPO A;  4B4J A;  3NY9 A;  1C6B A;  5B07 A;  1KXW A;  2A7F A;  1C6H A;  1QTZ A;  1UC0 A;  5D5C A;  1IO5 A;  1LZ6 A;  2B75 A;  4G49 A;  1C60 A;  4WM6 A;  257L A;  3WVX A;  1UBZ A;  2LZM A;  4B49 A;  5E9R A;  2I6Z A;  1C69 A;  4ZEE A;  131L A;  239L A;  5K7O A;  148L E;  4YEM A;  4IAT A;  4PJZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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