1LYSA

X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313k. comparison of two independent molecules
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313 K. Comparison of two independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lysA00
194LA 1GF0A 4H9CA 1LSMA 1G7HC 4B1AA 1WTMA 2G4PA 1LSZA 2IHLA 3OJPA 5LXWA 4GN3A 1NHEA 1HHLA 1LOZA 3B0OA 1JKBA 5EBHA 2F2NA 4HV2A 4G4CA 9LYZA 5FCPA 1H87A 1PS5A 1KIRC 1B7RA 1LJIA 2EIZC 4LT2A 1B7MA 4QEQA 1IOQA 1B7OA 3WUMA 1JISA 1RFPA 2BQEA 2RSCA 3EMSA 3HBEX 3LN2A 3WVYA 2BPUA 4U3XB 1W6ZA 1GDXA 4DD2A 1C08C 1LAAA 5KXWA 1NWGA 1BVXA 2YSSC 4DDAA 1YKXX 4Z3MA 1OQMA 1F6SA 1LJ3A 1NBYC 1N4FA 1NDGC 2Y8PA 208LA 4WO6A 3TMVA 3WULA 2HU1A 4NEBA 1WQMA 1LSDA 4H92A 1RCMA 1VFBC 4TSCA 4WM4A 5KXYA 3WPJA 5B07A 133LA 1YANA 3A34A 4GN4A 4LYMA 5A3EA 3B0KA 3LYZA 5B1GA 5IHGA 2YBNA 5I53A 4NWEA 1LZ5A 3K3TA 2FYCA 1YAQA 3WW5A 154LA 2BQCA 5KY1A 1KXXA 1EQ4A 3W3EA 1HEWA 1JKCA 4ET8A 1TDYA 2BAAA 1CKCA 3LYOA 5DM9A 1JSEA 3A3RX 1DQJC 4GCBA 1UIEA 1CKHA 3A67Y 1YAOA 2EPEA 2MEHA 2HU3A 4YEOA 7LYZA 3AYQA 3D9AC 5B06A 3N9AA 4HJYA 3WPLA 1YKYX 2HECA 1BGIA 1YAPA 2PC2A 2Z19A 1UUZC 2HEEA 1GD6A 1UIHA 4TX7A 1UIBA 1GF9A 1JSFA 4B49A 4DYGA 1UIFA 4WOAA 4W94A 5I4YA 1HFXA 4KT3A 1UICA 3WYHA 1V7SA 2CGIA 2YBLA 2ZYPA 2AUBA 4R6CA 3IJVA 1IP1A 1DXJA 1G7IC 1OP9B 4H91A 3AW7A 4N8ZA 2F30A 4I8SA 1F0WA 2LZTA 4LYZA 4OOTA 5LA5A 4H94A 2DQHY 5I4WA 1LKRA 5C6IA 2W1YA 3QY4A 4ETBA 1HEMA 1LJ4A 5LAFA 1DI4A 1LSCA 4LFPA 4PJ2C 2BLXA 1HMKA 1JWRA 2HEDA 4YM8A 5IELA 1OUHA 4NSJA 5DN4A 1DPXA 4WO9A 1GBOA 4N0JA 4OWBA 4NFVA 1LZDA 1B5XA 1MLCE 2DKVA 4ETDA 4LT1A 2MEGA 4H8YA 5KXRA 1LCNA 5HLLA 5APCA 1JEFA 2F4AA 1OUFA 1OUAA 4A7DA 4II8A 2IFFY 1JKAA 1B7NA 4ET9A 4G4HA 1FLYA 1LJJA 1CJ9A 1IP6A 4GLAA 1LHKA 2Z2EA 1QQYA 5APDA 4KL7A 4NHPA 4LZTA 3GXKA 3HBHA 1AT5A 1B5UA 2LYZA 3N9CA 1IOSA 4H9IA 4AGAA 5C6JA 5KXXA 4Z98A 5DL9A 1XGQC 5LYTA 4PRUA 2C8PA 3F6ZA 1B7LA 4XADA 3M3UA 6LYZA 1LHLA 1A4VA 1B7QA 2Z39A 3RZ4A 4WM1A 4AXTA 4WG7A 5KXNA 2BQJA 4N1EI 4OWAA 3TXDA 1C46A 2DQIY 2LHMA 5KXSA 2MEAA 4MR1A 1QSAA 4UWNA 1LMCA 4HP0A 1GF5A 1LMOA 1LMNA 3A95A 4H9EA 2H9KA 1GXXA 1BB6A 2MEFA 2CJLA 2LZ2A 3A92A 2LYMA 3A90A 3A8ZA 1UBZA 207LA 4LYCA 1LMPA 1DI5A 4NGZA 1IWTA 5L3IA 1V7TA 1KIQC 1EQEA 4B0DA 5FDJA 5LAGA 1GFTA 3RT5X 2ZNXY 1IVMA 2I6ZA 3G3BB 1UIAA 1QDRA 2I25L 4R0FA 1LZ4A 4PPOA 1B9OA 1GF7A 5LVKA 1D6PA 5APFA 4H90A 2ZQ3A 1LZSA 4X3BA 4PHIA 1LZGA 1BB4A 1GFAA 1JJ0A 3WU8A 3TXBA 1IEEA 5LVGA 1QIOA 2ZYCA 1YROA 4NSGA 1HFYA 2HEAA 1IR7A 1GAZA 1LJHA 1GFEA 4J1AA 4NHIA 4CFPA 3CT1A 1GE4A 3ULRA 1AT6A 3A96A 3LYTA 4BAFA 1OUGA 1LZNA 3FI7A 1LYSA 5KKJA 4ZFPA 3RW8A 1O23A 1B2KA 3WVXA 4QGZA 1QTEA 1GBZA 1JTPL 1IR9A 1HFZA 1ZVYB 1YL1X 4ZIXA 5J7CA 4HTQA 3BKHA 5APEA 1LKSA 4NIJA 2FYDA 1GB0A 4WL6A 3W6EA 1ZV5L 4H93A 5F9UA 1D0LA 1WTNA 5KXOA 3AGIA 1VDTA 1XFPL 1FLUA 3WL2A 5LIOA 1GFKA 1XSFA 1FLWA 3AZ6A 3CQLA 1WQQA 3N9EA 4LYBA 4XJHA 3WMKA 4P2EA 2D91A 1VDSA 1UC0A 2A7FA 1D9UA 2BQNA 1IIZA 1IWVA 2MEIA 1IWYA 1B7PA 3LHMA 1IP4A 3TXIA 3AGHA 2C8OA 1G7MC 5D5FA 3WPKA 3AGGG 4HJVA 2H5ZA 1YL0X 3E3DA 1NQIA 5LA8A 3WUNA 5JENB 5FHWA 1B5VA 4TTDA 3A6BY 1FKQA 4XYYA 3ZEKA 4H8XA 4PGJB 135LA 4XENA 1LPIA 1NF5A 2CDSA 1XEJA 2ZIKA 3WXTA 4UWUA 5LINA 4TUNA 4YEMA 4XJIA 5AMYA 4YENA 5HQ1A 1OUBA 4NHSA 5B1FA 2BQMA 2YBJA 3ATNA 5HNLA 1HSXA 3W6AA 1IOCA 4FJRA 3LYMA 3WU7A 4WM5A 4H9FA 3WU9A 4IJ4A 4M4OA 1JJ3A 3TXKA 1IC4Y 1OUEA 1REXA 4GCCA 1F10A 5HNCA 4WM2A 4WMGA 4B4IA 1LYZA 4L41A 4DT3A 4TSBA 3W6CA 1LSPA 2BQBA 4DD9A 5B05A 3T6UA 3EO5A 1EL1A 4FDYA 4RW2A 1DKJA 1FBIX 1T6VL 1IR8A 1D0MA 1UACY 2BQFA 1IWXA 3AZ7A 4WM3A 4TWSA 4NSHA 1DKKA 1DZBX 1LSEA 4HSFA 4J7VA 5DN5A 1HELA 4ETEA 3WXUA 1WQPA 5KXLA 1LZBA 4HTNA 3CT0A 2NWDX 1ZMYL 1DPWA 2EQLA 3GXRA 4WLXA 1BB5A 1WQNA 2BQHA 1LZEA 4GLVA 1GF6A 1IP7A 4XJBA 3LZTA 3P65A 1GF8A 3W6FA 1H6MA 3TMXA 4BS7A 3M18B 1OUIA 1JPOA 1IWZA 1YKZX 1JITA 1NMMA 4CFOA 1KXYA 4H1PA 4DD1A 4DWXA 5FELA 1J1OY 1NKHA 1XEKA 3J6KA 1HEOA 1CJ8A 1D0KA 1FDLY 1NBZC 1AZFA 2BQLA 4NY5A 3ZVQB 1E8LA 4MCKA 1IX0A 1LHHA 1CJ6A 5L9JA 2LYOA 1QTKA 2W1MA 1C10A 1BWHA 3TXHA 1IY3A 1LSAA 1LSFA 1IORA 1BVKC 1RJCB 4WLYA 4RLNA 5HMVA 4GCFA 1UIGA 4IASA 4LYOA 5B59A 1BB7A 5F81A 1C7PA 4LFXA 1KIPC 1I1ZA 1LMTA 1IY4A 1JIYA 2BQGA 8LYZA 1CJ7A 4NWHA 1LJGA 1HENA 1NDMC 4C3WA 5C6LA 4ANRA 1F6RA 3W6BA 4NG1A 1LZAA 1VDPA 1LZTA 1GPQC 1JKDA 3AZ4A 4NGJA 5DLAA 5L3HA 1VDQA 1G7JC 4XN6A 3WW6A 5KKIA 5E4PA 3BKVA 3QNGA 1LMQA 1GXV2 2X0AA 1WQOA 3P68A 5F14A 1Z55A 4HV1A 1W08A 1B0DA 1WVUA 5I4XA 1HERA 1GE1A 4QDNA 6LYTA 4BAPA 1LZRA 5LVJA 4O34A 1LYYA 4LYTA 1GBSA 3QE8A 1IC5Y 5KJ9A 2W1LA 4CHXA 3VWOA 1INUA 1G7LC 3LZ2A 4IATA 1XGUC 1LJKA 4Z46A 4I0CA 1JJ1A 1OUCA 2BQIA 1JUGA 4ZEEA 5K7OA 4WG1A 1LZ6A 4DDBA 4KPMA 4NGYA 3TXGA 4ETAA 1LZ8A 1REZA 4EMNA 3CB7A 4H9HA 4NGWA 4GCEA 2VB1A 4GN5C 1C45A 1MELL 2B5ZA 1GFUA 3RU5A 1HEQA 1RI8B 1GEVA 1B7SA 1GWDA 1UCOA 2YDGA 3ATOA 4N5RA 4YOPA 3CSQA 1GB9A 1TEWA 2G4QA 3HBDA 1CKDA 4RLMA 1QSWA 1YILA 4G4BA 4B4EA 5ILCA 2YBMA 3FE0A 4XJGA 2DQDY 1A2YC 1GFRA 1P2CC 2DQCY 4HTKA 4G49A 1UA6Y 1GB5A 1LSYA 1T3PA 4XJFA 5KXMA 1LHMA 2CWIA 1AKIA 5F16A 3IJUA 1WQRA 1TAYA 1XEIA 2I26L 1GE2A 2DQEY 1GDWA 4OW1A 4XJDA 1IP2A 1LSNA 5KXPA 1WVVA 1GFJA 1C43A 1UIDA 4NGLA 2EKSC 3D3DA 4J0LA 4PRQA 2HEBA 3TMUA 5E9RA 1GFGA 3B6LA 1CNSA 4GCDA 1HC0A 1YAMA 2XJWA 1LJFA 3AZ5A 1GF3A 1TBYA 1BWIA 1IWUA 2ZWBA 1VAUA 4NGOA 4H8ZA 3AJNA 1PZYA 2FBDA 3A3QA 2MECA 3P4ZA 4OOOA 2BQOA 4UWVA 2BLYA 4NHQA 1LSGA 4NHTA 1J1PY 3IWRA 4DC4A 1HMLA 5KXZA 4EOFA 1DI3A 2A7DA 1HF4A 1I56A 4CJ2A 1SQ2L 2FBBA 1GFHA 4WL7A 1IP5A 3WUAA 1LHIA 5ILFA 4D9ZA 1KXWA 2Z2FA 1LZ1A 1FLQA 1REYA 2BQAA 1I20A 4WLTA 1IO5A 2HTXA 4MSTA 1J1XY 2YBIA 1BWJA 1GB6A 3P64A 3MGWA 2XBRA 1JTOL 1IP3A 1OUDA 1LZYA 3WH1A 1AM7A 4CGEA 1LJEA 1GFVA 4HPIA 3TXFA 1IOTA 4DDCA 1B5ZA 2G4NA 3A6CY 4H9AA 1GE3A 1LMAA 5FEKA 5KXTA 4OWEA 2BQDA 2W1XA 1QDTA 4C5FA 1GB8A 2DQFC 1QUSA 3EBAB 4RDSA 1GAYA 5F9XA 5LYZA 1RE2A 3A94A 4HPEA 134LA 1GBXA 2XBSA 4HJZA 5LVHA 5M1YA 4OWCA 3B0IA 2YVBA 3G3AB 2XTHA 4NGKA 3SP3A 3RNXA 1GB2A 4NGVA 1LTMA 1CKGA 3A93A 1IWWA 1GBWA 1VEDA 1HNLA 5D5CA 2ZQ4A 5KXKA 2Q0MX 1ZVHL 3B72A 1YQVY 1GF4A 4ETCA 2DBTA 132LA 2F4GA 1LHJA 2DQAA 1YIKA 2ZNWY 3CSZA 1GEZA 2YBHA 2Z38A 3KAMA 3A91A 4B4JA 1JHLA 1JTTL 2H9JA 3CT5A 4J1BA 1HSWA 1LZ9A 2D4IA 1LSBA 4DD0A 1BQLY 2Z12A 5LVIA 3W6DA 1GB3A 3HFMY 5HMJA 1FN5A 4E3UA 3EXDA 5II3A 153LA 1ALCA 4LT0A 4YF2A 1GE0A 1OUJA 2HEFA 4DD3A 4Z41A 4NG8A 4DD7A 3T36A 1GHLA 3ZVQA 1QUTA 1LJNA 3P66A 3J4GA 3TMWA 1TCYA 5I5QA 1FKVA 2WARA 1BB3A 1GB7A 2GV0A 2ZILA 1EQ5A 2DQGY 4N1CC 1LZCA 1VATA 2HUBA 193LA 2Z18A 1GBYA 1IC7Y 2DQJY 2MEBA 4G9SA 4ML7A 4RW1A 4WM6A 1D6QA 5FSTA 5T3FA 2N5ZA 1XGRC 1B5WA 3AB6A 4W96A 5IDDA 1BHZA 2D4KA 4OWHA 4M6DA 4LT3A 4QY9A 1XGTC 4N9RA 3TXEA 1LYOA 3CSRA 3TXJA 1CKFA 3AW6A 4LGKA 1SLYA 4NGIA 2D4JA 1HEPA 2MEDA 4KXIA 4WLDA 5LYMA 1B5YA 2ZIJA 3OK0A 4H9BA 5A3ZA 2BQKA 2D6BA 2MEEA 4NSIA 2Z37A 4BADA 5I54A 1REMA 1XGPC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LI3A 1L39A 4B1AA 3GUMA 2G4PA 1LSZA 5LXWA 1NHEA 5EBHA 2F2NA 4G4CA 2RBOA 1IOQA 3EMSA 2BQEA 185LA 2BPUA 1L16A 1L51A 1YKXX 4Z3MA 246LA 3TMVA 4WO6A 3WULA 2HU1A 1LSDA 5KXYA 4WM4A 1VFBC 3WPJA 4GN4A 2RBRA 3B0KA 1L07A 2YBNA 1L00A 1LZ5A 2BQCA 4IAPA 1HEWA 1JKCA 5DM9A 3A3RX 1UIEA 3A67Y 4YEOA 1D3FA 3G3WA 4EKPA 5B06A 1YKYX 2OTYX 2PC2A 112LA 4TX7A 239LA 1JSFA 4W94A 4W54A 109LA 4EJ4A 1IP1A 1G7IC 166LA 3C7ZA 4H94A 2DQHY 2W1YA 1HEMA 5LAFA 4LZMA 1HMKA 2HEDA 1QT3A 5DN4A 4OWBA 3V2WA 4ETDA 4LT1A 2F4AA 2IFFY 1C6LA 1XJUA 1LW9A 4GLAA 5APDA 1B5UA 4H9IA 5LYTA 4PRUA 1A4VA 1B7QA 4AXTA 4WG7A 174LA 2BQJA 4OWAA 2DQIY 110LA 2OU8A 2LZMA 3HH5A 114LA 1QSAA 1T8GA 1QTHA 4HP0A 1GF5A 3A95A 2O7AA 1BB6A 3A92A 1L0JA 261LA 1L20A 1IWTA 1L50A 5L3IA 1KIQC 249LA 5FDJA 1GFTA 1DYBA 2I25L 1LZ4A 1CU6A 4YX7C 1GF7A 5LVKA 5APFA 4PHIA 1JJ0A 1I6SA 1HFYA 1LJHA 188LA 4NHIA 3CT1A 4YXAC 3LYTA 2NTGA 3RW8A 1O23A 4QGZA 3BKHA 4NIJA 4WL6A 3W6EA 4H93A 5F9UA 3CDOA 4DJHA 5KXOA 1VDTA 1XFPL 209LA 103LA 3K2RA 1GFKA 4I7PA 3N9EA 2A7FA 1QUGA 2MEIA 146LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 194L A;  1GF0 A;  4H9C A;  1LSM A;  1G7H C;  4B1A A;  1WTM A;  2G4P A;  1LSZ A;  2IHL A;  3OJP A;  5LXW A;  4GN3 A;  1NHE A;  1HHL A;  1LOZ A;  3B0O A;  1JKB A;  5EBH A;  2F2N A;  4HV2 A;  4G4C A;  9LYZ A;  5FCP A;  1H87 A;  1PS5 A;  1KIR C;  1B7R A;  1LJI A;  2EIZ C;  4LT2 A;  1B7M A;  4QEQ A;  1IOQ A;  1B7O A;  3WUM A;  1JIS A;  1RFP A;  2BQE A;  2RSC A;  3EMS A;  3HBE X;  3LN2 A;  3WVY A;  2BPU A;  4U3X B;  1W6Z A;  1GDX A;  4DD2 A;  1C08 C;  1LAA A;  5KXW A;  1NWG A;  1BVX A;  2YSS C;  4DDA A;  1YKX X;  4Z3M A;  1OQM A;  1F6S A;  1LJ3 A;  1NBY C;  1N4F A;  1NDG C;  2Y8P A;  208L A;  4WO6 A;  3TMV A;  3WUL A;  2HU1 A;  4NEB A;  1WQM A;  1LSD A;  4H92 A;  1RCM A;  1VFB C;  4TSC A;  4WM4 A;  5KXY A;  3WPJ A;  5B07 A;  133L A;  1YAN A;  3A34 A;  4GN4 A;  4LYM A;  5A3E A;  3B0K A;  3LYZ A;  5B1G A;  5IHG A;  2YBN A;  5I53 A;  4NWE A;  1LZ5 A;  3K3T A;  2FYC A;  1YAQ A;  3WW5 A;  154L A;  2BQC A;  5KY1 A;  1KXX A;  1EQ4 A;  3W3E A;  1HEW A;  1JKC A;  4ET8 A;  1TDY A;  2BAA A;  1CKC A;  3LYO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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