1LZ1A

Refinement of human lysozyme at 1.5 angstroms resolution. analysis of non-bonded and hydrogen-bond interactions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refinement of human lysozyme at 1.5 A resolution analysis of non-bonded and hydrogen-bond interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1984-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz1A00
5FSTA 3J4GA 2BQOA 1GB8A 2DQDY 5HNLA 1IVMA 3P65A 3AZ7A 1D9UA 2MEFA 4NHSA 5KXRA 1VDPA 2MEEA 1LJKA 1IWYA 3LYOA 5JENB 5B59A 2BQNA 4G4CA 1B7QA 4H9EA 193LA 1IC4Y 1RFPA 1LHJA 1LMTA 3CSRA 3TXBA 2DQAA 1LJGA 2DQFC 2D91A 5I53A 2MEHA 1F10A 1GEZA 1LZ6A 1YQVY 1SQ2L 2D6BA 4RW2A 1JJ0A 2ZIJA 4NG1A 1GF7A 3A3RX 5HLLA 1NDMC 2W1YA 1FN5A 4B4JA 4YM8A 2MEBA 4QGZA 1LZEA 2C8OA 4OWEA 4N0JA 1HEPA 208LA 2I6ZA 2BQMA 3WUMA 1ZVHL 3IWRA 3RZ4A 4HP0A 1IC5Y 2ZQ3A 5FCPA 5K7OA 2BQFA 5F9UA 1I20A 2YBMA 4WM3A 4H93A 5F81A 1LYYA 2ZYCA 1B7MA 1FLUA 1IEEA 2XJWA 4WL7A 6LYZA 1SLYA 2BQEA 1YAPA 1BWJA 4XYYA 2RSCA 3WPJA 2HTXA 1UUZC 5KKIA 4NY5A 1LMOA 5C6IA 1I56A 5I4YA 1CKHA 4M6DA 1FDLY 1LMNA 4LYOA 1GPQC 1FLYA 4KPMA 1GFAA 1LZSA 4MSTA 2D4IA 2B5ZA 1CJ6A 3B0OA 4UWNA 5D5FA 2BQBA 5FHWA 3W6FA 2BQGA 3A3QA 4NGWA 1LOZA 2WARA 1GXXA 4Z41A 4NWHA 4NSHA 1C10A 2EKSC 2Z19A 1HC0A 1GF9A 1EQEA 2XBSA 2ZILA 4DD0A 4ET8A 1UCOA 3TXGA 1V7TA 1LSDA 1LSNA 132LA 3AJNA 1GDXA 2BLXA 4GCFA 4N9RA 5F14A 3WUNA 4MCKA 1GFGA 1IWTA 3CT5A 3A6CY 1HHLA 1DPXA 2AUBA 3P68A 4NWEA 1LZTA 1MELL 1PZYA 4NGOA 1IWVA 4H9BA 4GN5C 1D6PA 1GF8A 3EBAB 1WTMA 1QTKA 2LZ2A 4H1PA 1GEVA 2IFFY 1BGIA 3A96A 1GE0A 3IJUA 4ETCA 5KXZA 4Z3MA 5DM9A 1UBZA 2F30A 4LYTA 1IC7Y 1WQPA 5I4XA 1BWHA 4C5FA 1IP4A 5F9XA 1GHLA 1OUIA 1OUJA 1YAMA 2DQHY 2EQLA 1JSEA 1XFPL 5LAFA 4HV1A 1LSYA 1XEKA 4PRQA 3WU9A 4EOFA 3CT1A 2Q0MX 5ILFA 3AZ5A 1C43A 2FYDA 3A91A 4LYCA 1REZA 1GF4A 3LZ2A 4G4HA 4BS7A 2F4AA 1DZBX 1HMKA 3WYHA 1QUTA 1IR7A 4HJYA 3WVYA 4YEOA 5B05A 1DI3A 1NMMA 2BLYA 2LHMA 5EBHA 1BQLY 1G7MC 4UWVA 1TAYA 4L41A 2LYMA 3AB6A 4H9IA 4WOAA 4NGVA 3N9EA 1AZFA 1LYOA 194LA 1XEJA 4I8SA 3WMKA 1TEWA 3LYMA 3RNXA 5KXXA 4DD9A 2DQGY 2Z38A 4NSGA 1BB4A 1LZAA 1LYZA 4IASA 1EQ5A 1JJ3A 4HSFA 5LYTA 4TSCA 1GWDA 1G7JC 4WM1A 1T3PA 1JWRA 1JTOL 1H87A 4RLNA 1G7HC 1KIQC 4XJDA 4ANRA 1LSZA 4W94A 5B07A 3ULRA 1XGPC 3A93A 3RT5X 3WUAA 1IY3A 1AT6A 4AGAA 1B5XA 1IORA 1AM7A 1IR9A 1GFTA 5E9RA 1IP3A 4J0LA 4XJBA 3TMUA 3TXEA 1LJ3A 2DKVA 1BVKC 2MEGA 5HMVA 1IP1A 1OUEA 1GD6A 1GF5A 4P2EA 1GE4A 1LMAA 1LJJA 4II8A 1OUFA 1LZCA 2BQHA 2LYZA 3B0KA 4D9ZA 1W6ZA 1UACY 1XEIA 4LT3A 1LJNA 3EO5A 3N9AA 1REXA 2BAAA 4X3BA 4GLVA 4XENA 3WULA 1UA6Y 4NEBA 1LJ4A 3W6AA 2XBRA 1LSMA 1GE1A 1B7OA 1KIRC 1MLCE 5DN5A 1N4FA 3W6CA 5KXSA 1LAAA 1JITA 4XJHA 3G3AB 4HPEA 4OWBA 3RW8A 4XADA 5II3A 1B7SA 4DDBA 1D0MA 3AGIA 4XJFA 4QDNA 5APCA 5LYZA 1VDQA 5KXOA 133LA 4XJIA 4EMNA 5L3IA 1RCMA 1LJEA 1LJFA 4J1BA 2DQCY 4B4EA 4GCEA 5LA8A 1LHKA 1LZ5A 2HEFA 4ZIXA 1Z55A 1LTMA 1NQIA 5LVIA 4GN4A 1GB5A 1GFVA 3CQLA 4B49A 5LVJA 1QDRA 4G9SA 4CJ2A 1F6RA 3AGHA 1LCNA 4H8ZA 5ILCA 1HNLA 3W6EA 3FI7A 1HFXA 1UIFA 2MEDA 3CB7A 1LYSA 3P66A 1EQ4A 5FEKA 5C6LA 3AYQA 4DD3A 1RE2A 2ZWBA 1LSGA 1AT5A 3CT0A 4NFVA 1CJ8A 1ZMYL 4WM6A 3OJPA 3ZVQB 3J6KA 2D4KA 1INUA 1LKRA 4WLYA 5IHGA 1PS5A 4ETAA 1UIGA 2F4GA 1IP6A 3KAMA 5LYMA 1LSEA 2VB1A 2CJLA 2ZNWY 3A94A 4LYZA 5KXWA 1UICA 4NGIA 2BQKA 1QUSA 4NHQA 1GF6A 1CKCA 5LAGA 1JISA 1LMCA 4YF2A 2HEAA 3M3UA 4I0CA 1C45A 3ATNA 4DD7A 2MEIA 2CDSA 9LYZA 1GBZA 1GBSA 1IP5A 1QDTA 1B7NA 2EIZC 3T6UA 1LSFA 4R0FA 1LZ9A 4PJ2C 2LYOA 1I1ZA 4B4IA 5KJ9A 1YKXX 4HJVA 4O34A 1JHLA 5KY1A 5LA5A 1LHLA 1XSFA 4H8XA 1G7LC 1LZDA 3P4ZA 1OUCA 4NSIA 1H6MA 4NGYA 2ZNXY 3W6BA 1IR8A 1LSBA 4H90A 1GB0A 4H94A 4J7VA 4H9FA 2DQJY 2G4PA 5IDDA 3SP3A 1T6VL 1UIHA 1YROA 3TMWA 1YL0X 4N1CC 4WO9A 1VDTA 3TXFA 1G7IC 1GFRA 1LZ4A 1BHZA 1XGUC 1QTEA 4HPIA 4E3UA 4LFPA 4TSBA 3TMVA 1JKAA 1GDWA 1QSWA 5DL9A 5A3EA 4ZEEA 1YILA 1TBYA 5AMYA 2NWDX 3A90A 1CKGA 1JJ1A 1HERA 4DDCA 1HFZA 1FLQA 3LYTA 1FKQA 4CHXA 207LA 4WLXA 2A7FA 1C7PA 1OP9B 2HUBA 1GF3A 1WQNA 1IOCA 2N5ZA 3GXRA 3QE8A 4NIJA 3A8ZA 4YOPA 4IATA 1IOQA 4GCCA 2ZQ4A 3LHMA 4LT1A 4DYGA 4Z46A 1FKVA 1WVUA 1LZ1A 3FE0A 3CSQA 5KXMA 1LSAA 4AXTA 5M1YA 3QNGA 1GFJA 8LYZA 3EXDA 1LJHA 1HEOA 1WQQA 3MGWA 3M18B 4ZFPA 5LVHA 2CGIA 2D4JA 1IWUA 4WL6A 1KXXA 1YAQA 1YL1X 1CKDA 4GCDA 2EPEA 2I26L 4WM4A 5D5CA 3TXIA 2W1MA 3B72A 1BB5A 4WM5A 1YAOA 3LYZA 5C6JA 1EL1A 1LJIA 1B2KA 4GN3A 4QEQA 1UIEA 4GCBA 4LT0A 1E8LA 1J1XY 1HSXA 2IHLA 4B1AA 4ETBA 2HU1A 4RLMA 5LINA 1FBIX 1JKDA 2YVBA 1IX0A 2DQEY 4ML7A 4WG1A 1GB9A 1JTTL 1UIDA 5IELA 153LA 1YKZX 2H9JA 1HSWA 4PPOA 4WM2A 4DWXA 1VATA 6LYTA 5KXNA 3QY4A 4DD1A 4KT3A 3E3DA 4H91A 3TXJA 5I54A 1B5YA 1IOSA 1WQOA 3TXKA 4WLDA 1JTPL 4H9AA 1GB2A 3A34A 1DKJA 1LKSA 1OUBA 4FJRA 3HBDA 5HMJA 4DD2A 2YBIA 4XN6A 5HQ1A 5APFA 1LSPA 4J1AA 3AGGG 4ET9A 4XJGA 4DT3A 1B5WA 2Z39A 1NWGA 2GV0A 2FBBA 1LPIA 1P2CC 4H92A 4OWAA 4M4OA 4LFXA 1JKCA 1KXWA 5B06A 2BQIA 2MECA 3T36A 2FYCA 1IP2A 1GBOA 1LMQA 4NGZA 1YANA 5LIOA 3RU5A 1WQMA 1F6SA 1IIZA 5LXWA 4NHPA 4TUNA 1OQMA 1OUAA 4W96A 1GAZA 3TXHA 4N8ZA 1IP7A 3A95A 4H9HA 2W1LA 4H8YA 3VWOA 134LA 4R6CA 1GBXA 4DC4A 3HBEX 3W6DA 3ZEKA 3AW7A 7LYZA 3F6ZA 3WU7A 1LZ8A 4BAPA 1LZGA 5I5QA 4CFPA 5J7CA 2Z37A 5FELA 2ZIKA 1OUDA 4OWHA 4BAFA 3A6BY 1B5ZA 1B0DA 1LZYA 2BQDA 1ZV5L 2A7DA 2H9KA 2ZYPA 3AZ6A 2YBNA 5FDJA 1GAYA 2W1XA 1HEQA 4B0DA 4RW1A 1VAUA 2PC2A 3W3EA 4KL7A 4YEMA 2DBTA 1F0WA 2XTHA 1LHMA 4LGKA 2Z2FA 1HELA 1GB6A 1LMPA 5A3ZA 2I25L 5L9JA 2Z2EA 1HENA 3GXKA 1RI8B 3WW6A 3D3DA 1NBZC 2YDGA 3IJVA 3ZVQA 4WLTA 3D9AC 1DPWA 2YBJA 2Y8PA 1JIYA 1DXJA 1GE3A 1WQRA 2YSSC 3AW6A 5B1GA 4WG7A 4NGKA 3EMSA 3K3TA 1D0LA 1HMLA 1C46A 3ATOA 5I4WA 4HTQA 1CKFA 1XGTC 2FBDA 4TWSA 4ETEA 1GFUA 5KXPA 2HEEA 1JUGA 3TMXA 4HTNA 3B6LA 1XGQC 1GFKA 1DKKA 1JPOA 135LA 1B5VA 1J1OY 3LN2A 2YBHA 4HJZA 1AKIA 3WPLA 2H5ZA 1HEWA 1KXYA 4G4BA 2HEDA 4PGJB 4ETDA 4LYMA 1OUGA 1B7LA 5APDA 3WXTA 4N5RA 4OWCA 4HV2A 2BQAA 4Z98A 3WH1A 3WVXA 1QSAA 3BKVA 4FDYA 5DLAA 5T3FA 1OUHA 1GFHA 1NBYC 2G4NA 3WW5A 2BQLA 1LHHA 154LA 1VEDA 2MEAA 4KXIA 4NGJA 5LVKA 5KXLA 1B7PA 3LZTA 5LVGA 2YBLA 4DDAA 4CGEA 4MR1A 1ZVYB 2G4QA 1GBYA 1DI5A 1HFYA 3A92A 1BB6A 4NHTA 1UC0A 5F16A 2BPUA 1ALCA 1NKHA 2BQJA 1BVXA 1GXV2 4TX7A 1GB7A 2CWIA 3OK0A 1TDYA 4HTKA 4NG8A 4NGLA 1J1PY 4U3XB 1BWIA 5KXKA 2C8PA 1NHEA 4H9CA 1IY4A 1LZRA 4OOOA 2HECA 2X0AA 2Z12A 1HEMA 4PRUA 1JEFA 1RJCB 1W08A 1HF4A 4TTDA 5APEA 5L3HA 4QY9A 5HNCA 1XGRC 1GFEA 2DQIY 1KIPC 4NHIA 1REYA 1GBWA 1IWWA 1UIAA 4LYBA 1QQYA 1BB7A 4WO6A 1B9OA 1LHIA 1O23A 4LT2A 1FLWA 1IWZA 1B5UA 1IO5A 3WL2A 1D0KA 1V7SA 3N9CA 2BQCA 4RDSA 1JSFA 4G49A 5KXYA 5KXTA 1LSCA 4N1EI 1C08C 1LZBA 4NSJA 2F2NA 1BB3A 1CJ7A 1A4VA 3WPKA 3P64A 4BADA 1YIKA 1LZNA 1JKBA 1CNSA 4IJ4A 3A67Y 4OOTA 5B1FA 4CFOA 1GE2A 3BKHA 3G3BB 5DN4A 4LZTA 1DQJC 1NDGC 5KKJA 1DI4A 4GLAA 1GB3A 1NF5A 4YENA 5E4PA 1YKYX 1B7RA 1VFBC 2HEBA 3B0IA 1WTNA 1IWXA 1GF0A 3AZ4A 2LZTA 3WXUA 4A7DA 1REMA 2Z18A 4OW1A 1CJ9A 3WU8A 1WVVA 4UWUA 1IOTA 1TCYA 4WMGA 3HBHA 3TXDA 1D6QA 1VDSA 3CSZA 1A2YC 3HFMY 4PHIA 1UIBA 1QIOA 2HU3A 4C3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB8A 1L30A 1L62A 3P65A 1L89A 1LJKA 1IWYA 188LA 5B59A 2BQNA 4G4CA 1L35A 1LJGA 4PJZA 2D91A 1P36A 1GEZA 1SQ2L 1L92A 1JJ0A 4NG1A 3A3RX 2Q9EA 3C7ZA 2MEBA 4QGZA 1L81A 1LZEA 113LA 1HEPA 228LA 2I6ZA 2BQMA 1L44A 129LA 2ZQ3A 4I7QA 4W58A 1L02A 2RH1A 1SLYA 123LA 4NY5A 1LMOA 1T8FA 152LA 1GPQC 1LZSA 4MSTA 239LA 1L82A 5D5FA 4NWHA 4NSHA 1C10A 3L2XA 4DQ5A 4DD0A 4ET8A 1CU2A 1V7TA 132LA 5F14A 3SB9A 3WUNA 2F32A 1GFGA 1PQOA 1HHLA 2AUBA 252LA 4NWEA 235LA 4GN5C 1D6PA 3EBAB 3NYAA 1GEVA 2IFFY 2F30A 5I4XA 1IP4A 1GHLA 1OUJA 1CU0A 2EQLA 1JSEA 3WU9A 3CT1A 3A91A 4LYCA 3WYHA 1CV5A 1QUTA 2BLYA 1L37A 1BQLY 1G7MC 4L41A 2LYMA 4H9IA 1QT7A 1L83A 3N9EA 1LYOA 2B75A 194LA 137LA 5KXXA 2Z38A 1LZAA 4IASA 3OE0A 4W55A 1JJ3A 1CU6A 3CDOA 1JTOL 1QTHA 1G7HC 1KIQC 4ANRA 5B07A 1LPYA 109LA 1GFTA 250LA 1P7SA 5E9RA 1C6TA 1DYBA 1L68A 2DKVA 1BVKC 1IP1A 4P2EA 1GF5A 1OUFA 1LZCA 3B0KA 1UACY 214LA 198LA 166LA 1L93A 260LA 1L31A 1L53A 1JITA 1L32A 4HPEA 4ARLA 4OWBA 3RW8A 1B7SA 4XJFA 5APCA 5LYZA 1VDQA 4XJIA 1XJTA 4J1BA 1L34A 4GCEA 5LA8A 1LHKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FST A;  3J4G A;  2BQO A;  1GB8 A;  2DQD Y;  5HNL A;  1IVM A;  3P65 A;  3AZ7 A;  1D9U A;  2MEF A;  4NHS A;  5KXR A;  1VDP A;  2MEE A;  1LJK A;  1IWY A;  3LYO A;  5JEN B;  5B59 A;  2BQN A;  4G4C A;  1B7Q A;  4H9E A;  193L A;  1IC4 Y;  1RFP A;  1LHJ A;  1LMT A;  3CSR A;  3TXB A;  2DQA A;  1LJG A;  2DQF C;  2D91 A;  5I53 A;  2MEH A;  1F10 A;  1GEZ A;  1LZ6 A;  1YQV Y;  1SQ2 L;  2D6B A;  4RW2 A;  1JJ0 A;  2ZIJ A;  4NG1 A;  1GF7 A;  3A3R X;  5HLL A;  1NDM C;  2W1Y A;  1FN5 A;  4B4J A;  4YM8 A;  2MEB A;  4QGZ A;  1LZE A;  2C8O A;  4OWE A;  4N0J A;  1HEP A;  208L A;  2I6Z A;  2BQM A;  3WUM A;  1ZVH L;  3IWR A;  3RZ4 A;  4HP0 A;  1IC5 Y;  2ZQ3 A;  5FCP A;  5K7O A;  2BQF A;  5F9U A;  1I20 A;  2YBM A;  4WM3 A;  4H93 A;  5F81 A;  1LYY A;  2ZYC A;  1B7M A;  1FLU A;  1IEE A;  2XJW A;  4WL7 A;  6LYZ A;  1SLY A;  2BQE A;  1YAP A;  1BWJ A;  4XYY A;  2RSC A;  3WPJ A;  2HTX A;  1UUZ C;  5KKI A;  4NY5 A;  1LMO A;  5C6I A;  1I56 A;  5I4Y A;  1CKH A;  4M6D A;  1FDL Y;  1LMN A;  4LYO A;  1GPQ C;  1FLY A;  4KPM A; 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 1ZVY B;  2G4Q A;  1GBY A;  1DI5 A;  1HFY A;  3A92 A;  1BB6 A;  4NHT A;  1UC0 A;  5F16 A;  2BPU A;  1ALC A;  1NKH A;  2BQJ A;  1BVX A;  1GXV 2;  4TX7 A;  1GB7 A;  2CWI A;  3OK0 A;  1TDY A;  4HTK A;  4NG8 A;  4NGL A;  1J1P Y;  4U3X B;  1BWI A;  5KXK A;  2C8P A;  1NHE A;  4H9C A;  1IY4 A;  1LZR A;  4OOO A;  2HEC A;  2X0A A;  2Z12 A;  1HEM A;  4PRU A;  1JEF A;  1RJC B;  1W08 A;  1HF4 A;  4TTD A;  5APE A;  5L3H A;  4QY9 A;  5HNC A;  1XGR C;  1GFE A;  2DQI Y;  1KIP C;  4NHI A;  1REY A;  1GBW A;  1IWW A;  1UIA A;  4LYB A;  1QQY A;  1BB7 A;  4WO6 A;  1B9O A;  1LHI A;  1O23 A;  4LT2 A;  1FLW A;  1IWZ A;  1B5U A;  1IO5 A;  3WL2 A;  1D0K A;  1V7S A;  3N9C A;  2BQC A;  4RDS A;  1JSF A;  4G49 A;  5KXY A;  5KXT A;  1LSC A;  4N1E I;  1C08 C;  1LZB A;  4NSJ A;  2F2N A;  1BB3 A;  1CJ7 A;  1A4V A;  3WPK A;  3P64 A;  4BAD A;  1YIK A;  1LZN A;  1JKB A;  1CNS A;  4IJ4 A;  3A67 Y;  4OOT A;  5B1F A;  4CFO A;  1GE2 A;  3BKH A;  3G3B B;  5DN4 A;  4LZT A;  1DQJ C;  1NDG C;  5KKJ A;  1DI4 A;  4GLA A;  1GB3 A;  1NF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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